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Prof. Dra. Adriana Dantas
UERGS – Bento Gonçalves
• Watson e Crick propuseram, em
  1953, um modelo de molécula de
  DNA, que seria em DUPLA
  DNA
  HÉLICE e em ESPIRAL, com
  duas cadeias de nucleotídeos
  ligados por PONTES DE
  HIDROGÊNIO.
Informações disponíveis, quais eram:
1- a molécula de DNA era grande, longa, fina e composta de nucleotídeos:
   adenina; guanina; timina e citosina;
2- Os estudos de difração de raios X, realizados por Maurice King e Rosalind
   Franklin sugeriam a forma helicoidal;
3- Linus Pauling (1950), descreveu a estrutura helicoidal com um filamento
   mantida por pontes de hidrogênio em proteínas e sugeriu que o mesmo
   pudesse ocorrer com o DNA;
4- Erwin Chargaff havia demonstrado que a proporção entre os nucleotídeos
   A e T era de 1:1, o mesmo acontecendo entre G e C.
Difração de Raios-X   Estrutura Molecular




                      34A
O Ácido
Desoxirribonucléico é um
polinucleotídeo formado
por duas “fitas” ou hélices
ligadas entre si por pontes
de hidrogênio entre as bases
nitrogenadas.
O pareamento das bases
sempre segue a mesma
ordem: Adenina com Timina
e Guanina com Citosina.
Polímero longo:
         Base
            1     1. A ligação entre a base
        Pentose   nitrogenada e a pentose é
                  feita covalentemente através
                  de uma ligação N-glicosídica
                  com a hidroxila ligada ao
                  carbono-1 da pentose.
4       1
    2
2                 •2. Os nucleotídeos são
                  unidos por ligações
                  fosfodiéster covalentes que
                  ligar o carbono 5´de um grupo
                  desoxirribose (pentose + base)
                  ao carbono 3´do próximo
Portanto:
                               :
            1)    ÁCIDOS      NUCLEICOS        são
            compostos por nucleotídeos ligados
            entre si através de ligação covalente.


            2) NUCLEOTÍDEOS são as unidades
            fundamentais dos ácidos nucléicos.
            Cada nucleotídeo é constituído por
            um grupo fosfato, uma pentose e uma
            base.


                       Purinas: Adenina, Guanina
               BASES

DNA ≠ RNA               Pirimidinas: Citosina, Timina, Uracila
Adenina                 Guanina

                  Purinas




Citosina          Timina                Uracil


                Pirimidinas
A Importância do DNA
-Transportar muita informação, de célula para célula e de geração
para geração;
-Capacidade de produzir cópias exatas de si mesmo, pois os
cromossomos são copiados em cada divisão celular;
-Capacidade de “replicar erros” de cópia, como se fossem o gene
original;
-Apresenta mecanismo de decodificação da informação
armazenada, traduzindo-as através da produção de
enzimas/proteínas;
-O DNA é chamado de “molécula da vida” pois contém o código
pra construção das proteínas em todos os seres vivos;
-Nos eucariontes, o DNA é encontrado no núcleo celular formando
os cromossomos e também nas mitocôndrias e nos cloroplastos;
-Nos procariontes encontra-se uma molécula de DNA circular
(cromossomo bacteriano) e outras moléculas circulares chamadas
plasmídeos;
As seqüências ose-
fosfato são
representadas pelas
linhas, e as seqüências
de pares de bases é
aleatória
 Se replicação é semi-conservativa e a
  polimerização deve ser sempre no sentido 5
  ´→3´
 Mas o DNA é antiparalelo ou seja, uma fita
  ocorre no sentido 5’ → 3’ e a outra no sentido
  3’ → 5’
 Como ocorre então a replicação nos dois
  sentidos?
   A dupla hélice é como um zíper que se abre,
    começando por uma ponta, a deselicoidizaçao
    dos dois filamentos irá expor as bases isoladas de
    cada filamento.

   Cada base exposta irá se parear apenas com sua
    base complementar;

   Um dos filamentos isolados irá agir como molde e
    começará a formar uma dupla hélice idêntica a que
    foi aberta;

   Os nucleotídeos será adicionados supostamente
    vem de reservatório livre presentes na células
Replicação
  do DNA
O mecanismo de
replicação está
baseado no
pareamento das
bases da dupla
hélice do DNA.
A estrutura do
DNA contém a
informação
necessária para
perpetuar sua
seqüência de
bases
Origens de replicação
   A replicação da E. coli começa a partir de uma origem
    fixa, progride bi-direcionalmente


   A forquilha se move em ambas as partes, terminando num
    local chamado término


   A origem única é chamada oriC , tem 245 pb de
    comprimento;


   Seqüência em tandem com 13 pb, chamada seqüência de
    consenso;


   Seqüência de pontos de ligação com uma proteína, onde
OriC -
cromossomo
de E.coli
Nos eucariotos são abertos várias "bolhas
de replicação" ou replicons
   Autoradiografias feitas por J.
    Cairns (1963) em DNA de E.
    coli tratadas com meio
    contendo Trimidina
    comprovaram que a replicação
    é semi-conservativa,
    bidirecional e que o DNA e
    circular.
A replicação do cromossomo circular
Replicon: Unidade do DNA onde está ocorrendo um
evento de replicação

Replicon:
• Origem + Término
• Ativados apenas uma única vez em cada
  ciclo celular
• O genoma de uma célula procariótica
  constitui um único replicon
• Cada cromossomo eucariótico constitui
  vários replicons e todos são ativados uma
  única vez no ciclo celular ainda que não
  simultaneamente
O genoma bacteriano circular constitui um único replicon
                                           Origem da replicação



                                           Forquilhas
                                               de
                                           replicação


                                            Fitas novas


                                           Fitas velhas




• A velocidade da forquillha de replicação bacteriana é 50000pb/min
• Um única origem de replicação em E.coli (OriC, 245 pb)
O genoma eucariótico constitui vários replicons




   A velocidade da forquillha de replicação eucariótica é 2000
pb/min
   Os replicons eucarióticos tem 40-100 kb e são iniciados em
tempos diferentes
   Fase S demora ~ 6hrs em uma célula somática
   A síntese de DNA deve ser iniciada com um primer,
    oligonucleotideos curtos, que gera um segmento de DNA
    duplex;
   A replicação de cromossomos de E. coli usa primers de
    RNA, são sintetizados ou pela RNA polimerase ou pela
    enzima primase;
   Primase sintetiza um trecho curto (aproximadamente 30
    pb) de RNA complementar a uma região especifica do
    cromossomo;
   A Cadeia de RNA é então amplificada com DNA pela DNA
    polimerase
   A primase de E. coli forma um complexo com o
    molde de DNA e proteínas adicionais, com dnaB,
    dnaT, priB e priC. O complexo total é chamado de
    primossomo;

   DNA polimerase sintetizam novas cadeias no
    sentido 5’- 3’;

   Devido a polaridade inversa da molécula de DNA,
    movem-se no sentido 3’- 5’no filamento molde;

   Enquanto o filamento leading(novo) é sintetizado
    continuamente, o lagging é sintetizado em
    segmentos curtos e descontínuos
   O novo filamento cresce em sentido oposto da
    forquilha de replicação

   Em E.coli a poli III faz a maior parte da síntese
    do DNA em ambos os filamentos, a poli I completa
     os espaço deixados no filamento lagging, que
    então são fechados pela DNA ligase
            Fita contínua (líder)




            Fita descontínua
Polimerases de DNA:
As enzimas que
sintetizam DNA
 A síntese de DNA ocorre
pela adição de nucleotídeos
a extremidade 3´OH da
cadeia em crescimento.
 O precursor da síntese é
o desoxiribonucleosídeo 5
´trifosfato
 Sentido da síntese
sempre é 5’ → 3’
 A replicação é um
processo extremamente fiel.
 As DNA-polimerases tem
atividade revisora
DNA polimerase

•A DNA polimerase estendem a cadeia,
(polimerização) mas não podem iniciar a
 polimerização
cadeia
•DNA polimerase - enzima que catalisa a
reação de replicação
•Reação funciona com as formas de
trifosfato dos nucleotídeos
•Quantidade total de DNA ao final da
reação pode ser de até 20 vezes a
quantidade original de DNA.
As enzimas e suas ações

   Polimerases: todas podem tanto adicionar
    como remover nucleotídeos, somente no
    sentido 5’ → 3’;

    Quando removem do final do filamento são
    chamadas de exonucleases

    Se os removem em algum outro lugar do
    filamento, são chamadas de
    endonucleases .

    A remoção é feita no sentido inverso, ou
    seja 3’ → 5’.
Desoxiribonucleosídeo
 5´trifosfato
 (precursor)




Fita sendo
polimerizada




Fita molde
As DNA-polimerases sempre requerem um iniciador
previamente pareado ao molde que será copiado
Atividade revisora 3’ → 5’ garante a fidelidade da replicação
Tipo                 Função
DNA Polimerase I     Catalisa o crescimento da cadeia no sentido
                     5´3´
                     Atividade de exonuclease 3´5´ e 5´3´
                     Preenche pedaços pequenos de DNA
                     durante a replicação e processo de reparo
DNA Polimerase II    Polimerase alternativa de reparo, mas
                     também pode replicar DNA quando o filamento
                     molde é danificado

DNA Polimerase III   Catalisa o crescimento da cadeia no sentido 5
                     ´3´. É a polimerase primária durante a
                     replicação normal do DNA
   Helicases são enzimas que rompem pontes de hidrogênio que
    unem os dois filamentos de DNA na dupla hélice;


   Entre as helicases de E.coli estão a proteína dnaB e rep;


   Gera torções no DNA circular que tem que ser removidas para
    permitir que a replicação continue;


   A superelicoidizaçao pode ser criada ou relaxada por enzimas
    chamadas topoisomerases;


   As topoisomerases podem induzir ou remover alças, ou
    ligações em uma cadeia.
   Proteínas de iniciação identificam a origem da replicação e
    participam da ligação da DNA helicase ao DNA;

   A proteína de iniciação acoplada à DNA helicase abre o DNA
    na junção “Y”.

   As pontes de H se rompem e a molécula se abre como um
    zíper e se desespiraliza e a ela unem-se a primase e outras
    proteínas

   (DNA helicase + primase + outras proteínas = primossomo)

   As fitas se mantêm separadas durante a replicação graças à
    ação de uma proteína a Single-strand binding proteins - SSB
   A primase (que é uma RNA-polimerase) constrói o primer de
    RNA em uma região não coberta pelas SSB;
   A topo isomerase alivia a tensão da espiralização provocada pela
    abertura do DNA Ex. DNA girase;
   A DNA polimerase (III) sintetiza as novas cadeias.
   Capturam os nucleotídeos, prontos com um trifosfato, os levam
    ao molde, retiram dois fosfatos e os ligam ao C 3’ do
    nucleotídeo anterior.
   A polimerização ocorre muito rapidamente (100.000 nucl./min).
                                                      nucl./min)
   Outras DNA polimerases preenchem as falhas e corrigem erros.
   Os Fragmentos de Okazaki (complementam o filamento lagging);

   É formado um primer de RNA pela enzima primase;

   Os primers são continuados pela DNA polimerase III até o primer do
    próximo fragmento de Okasaki;

   DNA polimerase I retira o primer de RNA e completa o pedaço com
    nucleotídeos corretos;

   Os fragmentos são ligados pelas DNA ligases.
   Duas DNA polimerases III ficam unidas e trabalham
    conjuntamente, a helicase e a primase movem-se ao longo
    do DNA;

   O filamento leading é alimentado imediatamente pela
    polimerase;

   O filamento lagging não é complementado pela polimerase
    até que um primer seja colocado sobre o filamento.;

   Isto significa: que um longo pedaço de DNA fica aberto
         significa
    durante o processo e que a replicação que ocorre
    primeiro no filamento leading enquanto a do filamento
A subunidade
Beta da
DNA-
polimerase
III envolve o
duplex das
fitas-filhas
Proteínas presentes na origem de Replicação de E.coli

DnaA                 Reconhece a origem e abre a dupla fita em
                     sítios específicos
DnaB (helicase)      Desenrola o DNA
DnaC                 Auxilia a ligação de DnaB na origem
HU                   Proteína do tipo histona que estimula a
                     iniciação
Primase (DnaG)       Sintetiza os primers de RNA
Single strand binding Liga a fita simples de DNA
(SSB)
RNA polimerase       Facilita a ação da DnaA
DNA girase           Alivia a tensão torsional gerada pela
                     abertura da dupla-fita
Dam Metilase         Metila as sequências GATC na OriC
A síntese do DNA é semi-descontínua e requer um
            iniciador (primer) de RNA


                  Síntese da Fita descontínua




                           Fita descontínua

                       Fita contínua




             Síntese da Fita Contínua
Fragmentos
de Okasaki
ocorrem na fita
descontínua
  A DNA
polimerase III
é responsável
pela síntese da
maior parte do
DNA
   A DNA
polimerase I
remove o
primer de RNA
e preenche as
lacunas
   A DNA
ligase sela as
quebras
A DNA ligase sela as quebras
Proteínas presentes na forquilha de Replicação de E.coli


SSB                  Liga a fita simples de DNA
DnaB (helicase)      Desenrola o DNA
Primase (DnaG)       Sintetiza os primers de RNA
DNA Polimerase III   Sintese da fita nova
DNA Polimerase I     Preenche as lacunas e excisa os primers
DNA Ligase           Liga os fragmentos
DNA girase           Superenrolamento
O complexo de
replicação

  A proteína DNA B
(helicase) é responsável
pelo movimento para
frente da forquilha
  Cada core catalítico
da DNA PolIII sintetiza
uma das fitas-filhas
  O primossomo afasta
uma das fitas molde
  Proteínas SSB
mantem as fitas
parentais separadas
Forquilha         Forquilha
sentido           sentido
antihorário       horário




   Terminação   Terminação
   A replicaçao do DNA de bacterias como a E. coli,
    segue bidirecionalmente ao redor do
    cromossomo.
   Duas forquilhas de replicação movem-se em
    direções opostas, para longe da origem de
    replicação
   Como cromossomo bacteriano é um alça
    fechada, as forquilhas de replicação acabam se
    encontrando quando a replicação esta completa
   Após a replicação cada célula filha recebe uma
    copia da molécula nova de DBA, isto é – um
    cromossomo completo.
DNA Polimerase em   Função
eucariotos
DNA Polimerase α    Replicação do cromossomo
                    nuclear (fita lagging)
DNA Polimerase β    Reparo de DNA no preenchimento
                    de espaços do cromossomo
                    nuclear. Análoga a Polimerase I
DNA Polimerase γ    Replicação de DNA mitocondrial

DNA Polimerase δ    Replicação do filamento leader a
                    da lagging do cromossomo nuclear
DNA Polimerase ε    Reparo do DNA do cromossomo
                    nuclear
DNA Polimerase ζ    Aparentemente reparo de DNA
 Nos fragmentos de Okasaky, os primers de
  RNA são removidos por uma Rnase que é
  complementado por uma polimerase de
  reparo.
 A finalização da replicação é feita com a
  formação de estruturas complexas no topo do
  cromossomo, os telômeros
 Os telômeros são replicados com a ajuda das
  telomerases.
voltar
TRANSCRIÇÃO : EUCARIOTO X PROCARIOTO

EUCARIOTOS              PROCARIOTOS
 Fita complementar de RNA a partir de uma
  DNA
 TRÊS tipos de RNA em procariotos:
     RNA mensageiro – codifica a informação
     RNA ribossômico – maquina para síntese protéica

     RNA de transferência
   RNA polimerase liga-se ao DNA em local denominado
    promotor. Somente uma das duas fitas serve de molde para
    síntese de RNA para um dado gene
   O RNA é sintetizado na direção 5’- 3’
   RNA polimerase monta nucleotídeos livres em uma cadeia
    nova, utilizando o pareamento complementar
   A medida que a cadeia nova de RNA cresce, RNA polimerase
    se move ao longo do DNA
   A síntese de RNA continua até que a RNA polimerase atinja
    um local no DNA denominado terminador.
   A RNA polimerase e o mRNA recém-formado de fita simples
    são liberados do DNA
Transcrição

   Gene ativo                          RNA polimerase

     5’               T G CA C         3’
                    A      3’
      ATGGC                        A
                    AU
      TACCG                GC A    T
                    TA
     3’                   C G T      5’
     5’
                C



          AU GG          DNA - Fita molde


Molécula de RNA nascente complementar a fita molde
•Fita única
•No lugar da Timina haverá uma Uracila
Tradução
           Cada códon é traduzido num AA específico
                                                         AA livre
           Ribossomo                                   His

                                                Gly
                                         Phe
                                  Glu
Proteína                  Asp
           Met
           Ala     Cys
                                        tRNA
    5’                                                        3’
     AUGGCAUGCGACGAAUUCGGACACAUA


Molécula de mRNA
                                                      codon

     Direção do avanço do ribossomo
Gly   His
                             Phe
                       Glu
                 Asp
     Met
     Ala   Cys

5’                                             3’
 AUGGCAUGCGACGAAUUCGGACACAUA
Ile
            Met               His
            Ala         Gly
            Cys
            Asp
            Glu
                  Phe

5’                                        3’
 AUGGCAUGCGACGAAUUCGGACACAUA
Met
                      Ala
                      Cys
                      Asp
                      Glu          Asn
                      Phe
                      Gly
                      His
                       Ile
                      Lys
                      Leu    Met

5’                                 3’
 GACGAAUUCGGACACAUAAAAUUAAUG
Ala Cys Asp Glu Phe
                 Met               Gly
                                   His
                                    Ile
                                   Lys
                                Leu
                               Met
                             Asn
                           Pro
                         Gln


5’                                   STOP   3’
     AUAAAAUUAAUGAACCCACAAUAATAC
Ala Cys Asp Glu Phe
                    Met                Gly
                                     His
                                    Ile
                        Gln       Lys
                         Pro    Leu
                         Asn Met




5’                                           3’
     AUAAAAUUAAUGAACCCACAAUAATAC




        RNAm será degradado
Ala Cys Asp Glu Phe
   Met                Gly
                    His
                   Ile
       Gln       Lys
        Pro    Leu
        Asn Met




PROTEÍNA NORMAL
Exemplo hipotético de uma mutação pontual
 Gene Normal = Proteína Normal
                   5’               T G CA C         3’
                           ATGGC A                  A
                           TACCG T                  T
                                   A C G T
                        3’                           5’                   3’
 5’
           AUGGCAUGCGACGAAUUCGGACACAUA
                                                                      mRNA
              Alanina



Gene Mutado =Proteína Anormal - G               T
                         5’          T G CA C         3’
                                   A
                          ATGGA                     A
                          TACCT   TA                T
                         3’             C G T        5’
      5’                                                                  3’
            AUGGAAUGCGACGAAUUCGGACACAUA
                                                                      mRNA
             Acido Glutâmico
A Tradução
   O RNAm transcrito no núcleo
    chega ao citoplasma e se liga
    a um ou mais ribossomos.
   O ribossomo “lê” o primeiro
    códon e um RNAt com o
    anticódon correspondente
    transporta um aminoácido e
    se liga ao códon.
   O ribossomo se desloca, no
    sentido 5’3’ e lê o próximo
    códon.
   Os aminoácidos são unidos
    por ligações peptídicas.
   Ao final da tradução o
    polipeptídeo se desliga e se
    constituí na proteína.
Ala Cys Asp Glu Phe
   Met                Gly
                    His
                   Ile
       Gln       Lys
        Pro    Leu
        Asn Met

                                                       e
                                             p Glu   Ph G ly
                                       As
                                        s
PROTEÍNA NORMAL                       Cy                  His
                                Glu
                                                           I le
                                      t                       Lys
                                 Me
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                                               ro
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Replicacao e transcriçao DNA procariotos

  • 1. Prof. Dra. Adriana Dantas UERGS – Bento Gonçalves
  • 2. • Watson e Crick propuseram, em 1953, um modelo de molécula de DNA, que seria em DUPLA DNA HÉLICE e em ESPIRAL, com duas cadeias de nucleotídeos ligados por PONTES DE HIDROGÊNIO.
  • 3. Informações disponíveis, quais eram: 1- a molécula de DNA era grande, longa, fina e composta de nucleotídeos: adenina; guanina; timina e citosina; 2- Os estudos de difração de raios X, realizados por Maurice King e Rosalind Franklin sugeriam a forma helicoidal; 3- Linus Pauling (1950), descreveu a estrutura helicoidal com um filamento mantida por pontes de hidrogênio em proteínas e sugeriu que o mesmo pudesse ocorrer com o DNA; 4- Erwin Chargaff havia demonstrado que a proporção entre os nucleotídeos A e T era de 1:1, o mesmo acontecendo entre G e C.
  • 4. Difração de Raios-X Estrutura Molecular 34A
  • 5. O Ácido Desoxirribonucléico é um polinucleotídeo formado por duas “fitas” ou hélices ligadas entre si por pontes de hidrogênio entre as bases nitrogenadas. O pareamento das bases sempre segue a mesma ordem: Adenina com Timina e Guanina com Citosina.
  • 6. Polímero longo: Base 1 1. A ligação entre a base Pentose nitrogenada e a pentose é feita covalentemente através de uma ligação N-glicosídica com a hidroxila ligada ao carbono-1 da pentose. 4 1 2 2 •2. Os nucleotídeos são unidos por ligações fosfodiéster covalentes que ligar o carbono 5´de um grupo desoxirribose (pentose + base) ao carbono 3´do próximo
  • 7. Portanto: : 1) ÁCIDOS NUCLEICOS são compostos por nucleotídeos ligados entre si através de ligação covalente. 2) NUCLEOTÍDEOS são as unidades fundamentais dos ácidos nucléicos. Cada nucleotídeo é constituído por um grupo fosfato, uma pentose e uma base. Purinas: Adenina, Guanina BASES DNA ≠ RNA Pirimidinas: Citosina, Timina, Uracila
  • 8. Adenina Guanina Purinas Citosina Timina Uracil Pirimidinas
  • 9. A Importância do DNA -Transportar muita informação, de célula para célula e de geração para geração; -Capacidade de produzir cópias exatas de si mesmo, pois os cromossomos são copiados em cada divisão celular; -Capacidade de “replicar erros” de cópia, como se fossem o gene original; -Apresenta mecanismo de decodificação da informação armazenada, traduzindo-as através da produção de enzimas/proteínas; -O DNA é chamado de “molécula da vida” pois contém o código pra construção das proteínas em todos os seres vivos; -Nos eucariontes, o DNA é encontrado no núcleo celular formando os cromossomos e também nas mitocôndrias e nos cloroplastos; -Nos procariontes encontra-se uma molécula de DNA circular (cromossomo bacteriano) e outras moléculas circulares chamadas plasmídeos;
  • 10. As seqüências ose- fosfato são representadas pelas linhas, e as seqüências de pares de bases é aleatória
  • 11.  Se replicação é semi-conservativa e a polimerização deve ser sempre no sentido 5 ´→3´  Mas o DNA é antiparalelo ou seja, uma fita ocorre no sentido 5’ → 3’ e a outra no sentido 3’ → 5’  Como ocorre então a replicação nos dois sentidos?
  • 12. A dupla hélice é como um zíper que se abre, começando por uma ponta, a deselicoidizaçao dos dois filamentos irá expor as bases isoladas de cada filamento.  Cada base exposta irá se parear apenas com sua base complementar;  Um dos filamentos isolados irá agir como molde e começará a formar uma dupla hélice idêntica a que foi aberta;  Os nucleotídeos será adicionados supostamente vem de reservatório livre presentes na células
  • 13. Replicação do DNA O mecanismo de replicação está baseado no pareamento das bases da dupla hélice do DNA. A estrutura do DNA contém a informação necessária para perpetuar sua seqüência de bases
  • 14. Origens de replicação  A replicação da E. coli começa a partir de uma origem fixa, progride bi-direcionalmente  A forquilha se move em ambas as partes, terminando num local chamado término  A origem única é chamada oriC , tem 245 pb de comprimento;  Seqüência em tandem com 13 pb, chamada seqüência de consenso;  Seqüência de pontos de ligação com uma proteína, onde
  • 16. Nos eucariotos são abertos várias "bolhas de replicação" ou replicons
  • 17. Autoradiografias feitas por J. Cairns (1963) em DNA de E. coli tratadas com meio contendo Trimidina comprovaram que a replicação é semi-conservativa, bidirecional e que o DNA e circular.
  • 18. A replicação do cromossomo circular
  • 19. Replicon: Unidade do DNA onde está ocorrendo um evento de replicação Replicon: • Origem + Término • Ativados apenas uma única vez em cada ciclo celular • O genoma de uma célula procariótica constitui um único replicon • Cada cromossomo eucariótico constitui vários replicons e todos são ativados uma única vez no ciclo celular ainda que não simultaneamente
  • 20. O genoma bacteriano circular constitui um único replicon Origem da replicação Forquilhas de replicação Fitas novas Fitas velhas • A velocidade da forquillha de replicação bacteriana é 50000pb/min • Um única origem de replicação em E.coli (OriC, 245 pb)
  • 21. O genoma eucariótico constitui vários replicons A velocidade da forquillha de replicação eucariótica é 2000 pb/min Os replicons eucarióticos tem 40-100 kb e são iniciados em tempos diferentes Fase S demora ~ 6hrs em uma célula somática
  • 22. A síntese de DNA deve ser iniciada com um primer, oligonucleotideos curtos, que gera um segmento de DNA duplex;  A replicação de cromossomos de E. coli usa primers de RNA, são sintetizados ou pela RNA polimerase ou pela enzima primase;  Primase sintetiza um trecho curto (aproximadamente 30 pb) de RNA complementar a uma região especifica do cromossomo;  A Cadeia de RNA é então amplificada com DNA pela DNA polimerase
  • 23. A primase de E. coli forma um complexo com o molde de DNA e proteínas adicionais, com dnaB, dnaT, priB e priC. O complexo total é chamado de primossomo;  DNA polimerase sintetizam novas cadeias no sentido 5’- 3’;  Devido a polaridade inversa da molécula de DNA, movem-se no sentido 3’- 5’no filamento molde;  Enquanto o filamento leading(novo) é sintetizado continuamente, o lagging é sintetizado em segmentos curtos e descontínuos
  • 24. O novo filamento cresce em sentido oposto da forquilha de replicação  Em E.coli a poli III faz a maior parte da síntese do DNA em ambos os filamentos, a poli I completa os espaço deixados no filamento lagging, que então são fechados pela DNA ligase Fita contínua (líder) Fita descontínua
  • 25.
  • 26.
  • 27. Polimerases de DNA: As enzimas que sintetizam DNA  A síntese de DNA ocorre pela adição de nucleotídeos a extremidade 3´OH da cadeia em crescimento.  O precursor da síntese é o desoxiribonucleosídeo 5 ´trifosfato  Sentido da síntese sempre é 5’ → 3’  A replicação é um processo extremamente fiel. As DNA-polimerases tem atividade revisora
  • 28. DNA polimerase •A DNA polimerase estendem a cadeia, (polimerização) mas não podem iniciar a polimerização cadeia •DNA polimerase - enzima que catalisa a reação de replicação •Reação funciona com as formas de trifosfato dos nucleotídeos •Quantidade total de DNA ao final da reação pode ser de até 20 vezes a quantidade original de DNA.
  • 29. As enzimas e suas ações  Polimerases: todas podem tanto adicionar como remover nucleotídeos, somente no sentido 5’ → 3’; Quando removem do final do filamento são chamadas de exonucleases Se os removem em algum outro lugar do filamento, são chamadas de endonucleases . A remoção é feita no sentido inverso, ou seja 3’ → 5’.
  • 31. As DNA-polimerases sempre requerem um iniciador previamente pareado ao molde que será copiado
  • 32. Atividade revisora 3’ → 5’ garante a fidelidade da replicação
  • 33. Tipo Função DNA Polimerase I Catalisa o crescimento da cadeia no sentido 5´3´ Atividade de exonuclease 3´5´ e 5´3´ Preenche pedaços pequenos de DNA durante a replicação e processo de reparo DNA Polimerase II Polimerase alternativa de reparo, mas também pode replicar DNA quando o filamento molde é danificado DNA Polimerase III Catalisa o crescimento da cadeia no sentido 5 ´3´. É a polimerase primária durante a replicação normal do DNA
  • 34. Helicases são enzimas que rompem pontes de hidrogênio que unem os dois filamentos de DNA na dupla hélice;  Entre as helicases de E.coli estão a proteína dnaB e rep;  Gera torções no DNA circular que tem que ser removidas para permitir que a replicação continue;  A superelicoidizaçao pode ser criada ou relaxada por enzimas chamadas topoisomerases;  As topoisomerases podem induzir ou remover alças, ou ligações em uma cadeia.
  • 35. Proteínas de iniciação identificam a origem da replicação e participam da ligação da DNA helicase ao DNA;  A proteína de iniciação acoplada à DNA helicase abre o DNA na junção “Y”.  As pontes de H se rompem e a molécula se abre como um zíper e se desespiraliza e a ela unem-se a primase e outras proteínas  (DNA helicase + primase + outras proteínas = primossomo)  As fitas se mantêm separadas durante a replicação graças à ação de uma proteína a Single-strand binding proteins - SSB
  • 36. A primase (que é uma RNA-polimerase) constrói o primer de RNA em uma região não coberta pelas SSB;  A topo isomerase alivia a tensão da espiralização provocada pela abertura do DNA Ex. DNA girase;  A DNA polimerase (III) sintetiza as novas cadeias.  Capturam os nucleotídeos, prontos com um trifosfato, os levam ao molde, retiram dois fosfatos e os ligam ao C 3’ do nucleotídeo anterior.  A polimerização ocorre muito rapidamente (100.000 nucl./min). nucl./min)  Outras DNA polimerases preenchem as falhas e corrigem erros.
  • 37. Os Fragmentos de Okazaki (complementam o filamento lagging);  É formado um primer de RNA pela enzima primase;  Os primers são continuados pela DNA polimerase III até o primer do próximo fragmento de Okasaki;  DNA polimerase I retira o primer de RNA e completa o pedaço com nucleotídeos corretos;  Os fragmentos são ligados pelas DNA ligases.
  • 38. Duas DNA polimerases III ficam unidas e trabalham conjuntamente, a helicase e a primase movem-se ao longo do DNA;  O filamento leading é alimentado imediatamente pela polimerase;  O filamento lagging não é complementado pela polimerase até que um primer seja colocado sobre o filamento.;  Isto significa: que um longo pedaço de DNA fica aberto significa durante o processo e que a replicação que ocorre primeiro no filamento leading enquanto a do filamento
  • 39. A subunidade Beta da DNA- polimerase III envolve o duplex das fitas-filhas
  • 40. Proteínas presentes na origem de Replicação de E.coli DnaA Reconhece a origem e abre a dupla fita em sítios específicos DnaB (helicase) Desenrola o DNA DnaC Auxilia a ligação de DnaB na origem HU Proteína do tipo histona que estimula a iniciação Primase (DnaG) Sintetiza os primers de RNA Single strand binding Liga a fita simples de DNA (SSB) RNA polimerase Facilita a ação da DnaA DNA girase Alivia a tensão torsional gerada pela abertura da dupla-fita Dam Metilase Metila as sequências GATC na OriC
  • 41.
  • 42.
  • 43. A síntese do DNA é semi-descontínua e requer um iniciador (primer) de RNA Síntese da Fita descontínua Fita descontínua Fita contínua Síntese da Fita Contínua
  • 44. Fragmentos de Okasaki ocorrem na fita descontínua A DNA polimerase III é responsável pela síntese da maior parte do DNA A DNA polimerase I remove o primer de RNA e preenche as lacunas A DNA ligase sela as quebras
  • 45. A DNA ligase sela as quebras
  • 46. Proteínas presentes na forquilha de Replicação de E.coli SSB Liga a fita simples de DNA DnaB (helicase) Desenrola o DNA Primase (DnaG) Sintetiza os primers de RNA DNA Polimerase III Sintese da fita nova DNA Polimerase I Preenche as lacunas e excisa os primers DNA Ligase Liga os fragmentos DNA girase Superenrolamento
  • 47. O complexo de replicação A proteína DNA B (helicase) é responsável pelo movimento para frente da forquilha Cada core catalítico da DNA PolIII sintetiza uma das fitas-filhas O primossomo afasta uma das fitas molde Proteínas SSB mantem as fitas parentais separadas
  • 48. Forquilha Forquilha sentido sentido antihorário horário Terminação Terminação
  • 49. A replicaçao do DNA de bacterias como a E. coli, segue bidirecionalmente ao redor do cromossomo.  Duas forquilhas de replicação movem-se em direções opostas, para longe da origem de replicação  Como cromossomo bacteriano é um alça fechada, as forquilhas de replicação acabam se encontrando quando a replicação esta completa  Após a replicação cada célula filha recebe uma copia da molécula nova de DBA, isto é – um cromossomo completo.
  • 50. DNA Polimerase em Função eucariotos DNA Polimerase α Replicação do cromossomo nuclear (fita lagging) DNA Polimerase β Reparo de DNA no preenchimento de espaços do cromossomo nuclear. Análoga a Polimerase I DNA Polimerase γ Replicação de DNA mitocondrial DNA Polimerase δ Replicação do filamento leader a da lagging do cromossomo nuclear DNA Polimerase ε Reparo do DNA do cromossomo nuclear DNA Polimerase ζ Aparentemente reparo de DNA
  • 51.  Nos fragmentos de Okasaky, os primers de RNA são removidos por uma Rnase que é complementado por uma polimerase de reparo.  A finalização da replicação é feita com a formação de estruturas complexas no topo do cromossomo, os telômeros  Os telômeros são replicados com a ajuda das telomerases.
  • 53. TRANSCRIÇÃO : EUCARIOTO X PROCARIOTO EUCARIOTOS PROCARIOTOS
  • 54.  Fita complementar de RNA a partir de uma DNA  TRÊS tipos de RNA em procariotos:  RNA mensageiro – codifica a informação  RNA ribossômico – maquina para síntese protéica  RNA de transferência
  • 55.
  • 56. RNA polimerase liga-se ao DNA em local denominado promotor. Somente uma das duas fitas serve de molde para síntese de RNA para um dado gene  O RNA é sintetizado na direção 5’- 3’  RNA polimerase monta nucleotídeos livres em uma cadeia nova, utilizando o pareamento complementar  A medida que a cadeia nova de RNA cresce, RNA polimerase se move ao longo do DNA  A síntese de RNA continua até que a RNA polimerase atinja um local no DNA denominado terminador.  A RNA polimerase e o mRNA recém-formado de fita simples são liberados do DNA
  • 57. Transcrição Gene ativo RNA polimerase 5’ T G CA C 3’ A 3’ ATGGC A AU TACCG GC A T TA 3’ C G T 5’ 5’ C AU GG DNA - Fita molde Molécula de RNA nascente complementar a fita molde •Fita única •No lugar da Timina haverá uma Uracila
  • 58. Tradução Cada códon é traduzido num AA específico AA livre Ribossomo His Gly Phe Glu Proteína Asp Met Ala Cys tRNA 5’ 3’ AUGGCAUGCGACGAAUUCGGACACAUA Molécula de mRNA codon Direção do avanço do ribossomo
  • 59. Gly His Phe Glu Asp Met Ala Cys 5’ 3’ AUGGCAUGCGACGAAUUCGGACACAUA
  • 60. Ile Met His Ala Gly Cys Asp Glu Phe 5’ 3’ AUGGCAUGCGACGAAUUCGGACACAUA
  • 61. Met Ala Cys Asp Glu Asn Phe Gly His Ile Lys Leu Met 5’ 3’ GACGAAUUCGGACACAUAAAAUUAAUG
  • 62. Ala Cys Asp Glu Phe Met Gly His Ile Lys Leu Met Asn Pro Gln 5’ STOP 3’ AUAAAAUUAAUGAACCCACAAUAATAC
  • 63. Ala Cys Asp Glu Phe Met Gly His Ile Gln Lys Pro Leu Asn Met 5’ 3’ AUAAAAUUAAUGAACCCACAAUAATAC RNAm será degradado
  • 64. Ala Cys Asp Glu Phe Met Gly His Ile Gln Lys Pro Leu Asn Met PROTEÍNA NORMAL
  • 65. Exemplo hipotético de uma mutação pontual Gene Normal = Proteína Normal 5’ T G CA C 3’ ATGGC A A TACCG T T A C G T 3’ 5’ 3’ 5’ AUGGCAUGCGACGAAUUCGGACACAUA mRNA Alanina Gene Mutado =Proteína Anormal - G T 5’ T G CA C 3’ A ATGGA A TACCT TA T 3’ C G T 5’ 5’ 3’ AUGGAAUGCGACGAAUUCGGACACAUA mRNA Acido Glutâmico
  • 66. A Tradução  O RNAm transcrito no núcleo chega ao citoplasma e se liga a um ou mais ribossomos.  O ribossomo “lê” o primeiro códon e um RNAt com o anticódon correspondente transporta um aminoácido e se liga ao códon.  O ribossomo se desloca, no sentido 5’3’ e lê o próximo códon.  Os aminoácidos são unidos por ligações peptídicas.  Ao final da tradução o polipeptídeo se desliga e se constituí na proteína.
  • 67. Ala Cys Asp Glu Phe Met Gly His Ile Gln Lys Pro Leu Asn Met e p Glu Ph G ly As s PROTEÍNA NORMAL Cy His Glu I le t Lys Me Leu G ln t ro P sn Me A PROTEÍNA DEFEITUOSA