ctualités
7Spectra ANALYSE n° 301 • Décembre 2014
Actualités
A
ActualitésInterview
Au laboratoire d’agronomie de Paris
Le ...
Actualités
8 Spectra ANALYSE n° 301 • Décembre 2014
ctualitésA
– le pH – à l’eau et au KCl – résistivité ou conductivité é...
Actualités
10 Spectra ANALYSE n° 301 • Décembre 2014
ctualitésA
clés des recommandations. Enfin, les utilisateurs, jardini...
Prochain SlideShare
Chargement dans…5
×

AgiLIMS au laboratoire d'agronomie de la ville de Paris - Spectra Analyse

951 vues

Publié le

Interview du directeur du laboratoire d'agronomie de la ville de Paris paru en décembre 2014 dans la revue Spectra Analyse.

Publié dans : Technologie
0 commentaire
0 j’aime
Statistiques
Remarques
  • Soyez le premier à commenter

  • Soyez le premier à aimer ceci

Aucun téléchargement
Vues
Nombre de vues
951
Sur SlideShare
0
Issues des intégrations
0
Intégrations
125
Actions
Partages
0
Téléchargements
0
Commentaires
0
J’aime
0
Intégrations 0
Aucune incorporation

Aucune remarque pour cette diapositive

AgiLIMS au laboratoire d'agronomie de la ville de Paris - Spectra Analyse

  1. 1. ctualités 7Spectra ANALYSE n° 301 • Décembre 2014 Actualités A ActualitésInterview Au laboratoire d’agronomie de Paris Le jardinier et son LIMS Spectra Analyse : Comment s’est constitué le laboratoire d’agronomie de la Ville de Paris ? François Nold : Le laboratoire est né de la néces- sité de mieux gérer la fertilité des nombreux espaces verts de la ville. Il est aujourd’hui indispensable d’op- timiser les apports d’intrants en fonction de l’usage des parcelles et des plantes qu’elles portent ainsi que de leur environnement et de la qualité des sols. Le la- boratoire est chargé de l’analyse de ces différents sols en appliquant les protocoles normalisés AFNOR / CEN / ISO. Placé sous l’égide de la Direction des es- paces verts et de l’environnement de la Mairie de Pa- ris, il a d’abord été hébergé dans les locaux de l’école du Breuil, un établissement qui enseigne l’horticul- ture et les arts paysagers, préparant à l’obtention de bacs professionnels jusqu’à la licence profes- sionnelle en partenariat avec l’université d’Orsay et le Muséum d’Histoire Naturelle. Il est maintenant implanté au sein du Parc Floral de Paris – Bois de Vincennes. Spectra Analyse : Quels sont les effectifs du laboratoire ? François Nold : Nous sommes six fonction- naires titulaires ainsi qu’une septième personne en contrat d’avenir. Nous comptons aussi en per- manence deux apprentis de niveau BTS d’analyse et nous recevons régulièrement des stagiaires, d’un niveau licence à master, pas forcément sur les sciences analytiques. Les sujets que nous confions à nos stagiaires et apprentis sont en lien avec l’agronomie ou l’application de méthodes. Typi- quement, pour un BTS d’analyse et biotechnolo- gies, nous les faisons travailler sur la mise au point d’une méthode de terrain. Ce travail nous per- met de valider nos résultats à l’aide de mesures in situ. Par exemple, pour un dosage de la biomasse biomasse microbienne, si une technique d’ana- lyse normalisée AFNOR, CEN ou ISO, nous per- met bien de la caractériser, nous l’appliquons sur nos différentes parcelles afin de savoir si les résul- tats varient en fonction de leurs natures, pelouse, terres recouvertes de mulch, etc., une façon de va- lider la méthode au sein du laboratoire. Spectra Analyse : Quelles ont été les évolutions dans l’agronomie des jardins de la Ville de Paris ? FrançoisNold:Aujourd’hui,lavilles’estorientéevers une gestion écologique de ses espaces verts, ce qui si- gnifie l’exclusion des traitements phytosanitaires par des pesticides et l’usage d’engrais de synthèse au profit d’engrais organiques. Cela a des impacts sur le fonc- tionnement du sol et nous cherchons à les évaluer dans toutes les situations offertes par les parcelles que nous gérons : selon les formes d’engrais choisies, les paillages, écorces de pin, paillette de lin, etc., nous ne trouverons pas la même vie microbienne, ni la même faune. Le mode de gestion des parcelles influe sur la biodiversité. Nous collectons des données pour cer- ner cette évolution sur le long terme. Spectra Analyse : Comment fonctionne le laboratoire en pratique ? François Nold : Nous recevons les échantillons envoyés par les demandeurs, c’est à dire les jardi- niers de la ville ou de leurs agents de maî- trise. Le prélèvement devant être représen- tatif pour garantir la qualité de l’analyse, nous leurs donnons des instructions de protocole. L’échantillon est sou- mis à une analyse pondérale qui com- mence par un séchage et se poursuit par des analyses telles que la granulométrie – les teneurs en sables, en limons, et en argiles Le laboratoire d’agronomie de la ville de Paris gère l’ensemble des parcelles plantées de la capitale, du simple rond-point engazonné aux massifs plantés du parc floral. C’est là que le savoir-faire des agronomes s’est retrouvé synthétisé dans un système de gestion informatisée : grâce à lui, les jardiniers bénéficient d’une assistance d’expertise automatisée lorsqu’il s’agit de gérer les intrants d’une parcelle ou de la faire évoluer du gazon au jardin botanique. François Nold, son directeur nous détaille cette révolution de jardin. Sac d’échantillonnage de sol
  2. 2. Actualités 8 Spectra ANALYSE n° 301 • Décembre 2014 ctualitésA – le pH – à l’eau et au KCl – résistivité ou conductivité élec- trique, le dosage du calcaire total et du calcaire actif, de la ma- tière organique au travers du carbone total, de l’azote total, d’où le rapport C/N et enfin, les éléments fertilisants : phos- phore, potasse, magnésium, calcium ainsi que le sodium dont la présence suite à un salage hivernal peut s’avérer gênante, ainsi que les oligo-éléments essentiels (fer, zinc, cuivre, man- ganèse, bore). Nous analysons également les terres végétales et des sols agricoles destinées à reconstituer un sol de jardin ou d’espace vert. Nous vérifions également que la terre proposée correspond au cahier des charges et contrôlons l’approvisionnement pour s’assurer que le matériau attendu est effectivement livré. Spectra Analyse : Quelle est votre charge de travail ? François Nold : En moyenne, nous recevons entre 600 et 1000 échantillons de terre ou de substrat par an, avec 15 à 20 paramètres à mesurer, dont certains, comme l’analyse granu- lométrique, peuvent nécessiter jusqu’à un jour et demi de tra- vail, même avec un automate fonctionnant la nuit. Quant au dosage du phosphore par exemple,il peut nécessiter jusqu’à 24h d’extraction suivant la méthode retenue. Enfin les pesées comme de nombreuses tâches restent manuelles. Nos effectifs étant constant, nous cherchons à traiter plus ra- pidement les échantillons et à augmenter le nombre de déter- minations. Nous avons pour cela besoin d’outils qui facilitent le travail, comme par exemple, notre analyseur de pH auto- matisé. Le LIMS fait partie de ces outils. Spectra Analyse : Quel a été le contexte de votre collaboration avec Agilab ? François Nold : Les tâches de retranscription, qu’elles soient faites depuis les cahiers de laboratoire, ou pour échanger des données entre systèmes informatiques, prenaient un temps considérable et étaient sources d’erreurs. La société Agilab a été longtemps soutenue par l’incubateur Paris Région Lab, et hébergée par la pépinière de startup de la ville de Paris. Nous les avons rencontrés au tout début de leur développement. Ils étaient intéressés par notre référence et nous, par un LIMS ef- ficace et sur mesure. Ils ont adaptés leur structure de LIMS à nos propres besoins, ce qui leur a permis de tester leur capa- cité à répondre à différentes configurations et des sujets par- ticuliers. Spectra Analyse : Comment s’est passé ce travail ? François Nold : Nous avons collaboré à l’amélioration du LIMS de base d’Agilab afin de créer « Laboagro », qui au fur et à mesure de ses évolutions successives est venu s’ajuster à nos besoins particuliers. Ainsi, l’une de nos premières requêtes était de rendre possible les saisies de demandes d’analyse par les jardiniers ou les agents de maîtrise et via l’Intranet de la ville, ce qu’ils réalisent aujourd’hui. Une fois la fiche saisie, le LIMS lui attribue un numéro d’échantillon que les jardiniers reporteront sur leurs sacs de prélèvement. Grâce à ce numé- ro, les résultats d’analyse sont automatiquement identifiés par Laboagro sans erreurs possibles. De l’autre côté, le demandeur peut consulter en temps réel l’avancée du traitement analytique. Un message automatique l’informe de la fin de l’analyse et il reçoit le bulletin avec, s’il en fait la demande, un plan de fertilisation des sols. Spectra Analyse : Ce plan de fertilisation des sols sort du champ habituel des LIMS. Comment ce transfert d’expertise s’est-il effectué ? François Nold : Agilab faisait des LIMS et logiquement, les premières versions se bornaient à délivrer un bulletin d’ana- lyse sommaire. Des projets divers d’archivage dynamique et de base de données nous ont permis de progresser bien au delà. Au fur et à mesure du développement, l’équipe d’Agi- lab s’est en effet rendue compte qu’elle pouvait également construire un outil d’interprétation capable de générer ce plan de fertilisation à partir des données saisies sur la fiche de de- mande, des résultats d’analyse et de ceux consignés dans la base de donnée du LIMS. C’est la grande innovation de La- boagro. Générée par un système expert intégré au LIMS, ce plan de fertilisation résulte de l’application des règles de rai- sonnement agronomiques qui ont été élaborées au laboratoire. Spectra Analyse : Comment ces règles ont-elles été transcrites dans Laboagro ? François Nold : Nous utilisions déjà ATOLL - Analyse de Terre Obtenue par LogicieL - un logiciel qui avait été élabo- ré dans les années 1980 par les informaticiens de la ville de Paris et constituait l’un des premiers systèmes experts de son époque. Il générait des recommandations de conduite des parcelles à partir des résultats d’analyse du sol. Cependant, il fallait tout ressaisir et souvent éditer le bulletin généré, une tâche chronophage pour le directeur du laboratoire. L’équipe d’Agilab était la mieux placée pour proposer une intégra- tion d’ATOLL au LIMS Laboagro et cette intégration a pris la forme du module Laboexpert, l’extension que nous avons va- lidée cet été. Laboexpert comme ATOLL croisent différentes bases de données permettant de couvrir toutes les situations possibles et relient les différents paramètres à des phrases clés qui mises ensembles, constituent la conduite à tenir. Ces phrases ont été élaborées par le travail des personnels du la- boratoire et affinées manuellement au cours du temps. La- boexpert a repris la structure d’ATOLL en lui ajoutant des paramètres supplémentaires et en le réorientant vers une ges- tion écologique des sols. Spectra Analyse : Quels sont les avantages de cette intégration dans le LIMS ? François Nold : Ils sont multiples. Tout d’abord, pour l’ingé- nieur agronome, le gain de temps est considérable puisque les sai- sies des résultats d’analyse sont automatiques. Ensuite, ce passage d’ATOLL à Laboexpert s’est accompagné d’une sophistication des réponses et d’une augmentation des paramètres pris en compte, avec la possibilité d’améliorer ces réponses en jouant sur les diffé- rents facteurs qui fondent les choix successifs ainsi que les phrases Au laboratoire d’agronomie de Paris – Le jardinier et son LIMS (suite) Un écran de Laboagro
  3. 3. Actualités 10 Spectra ANALYSE n° 301 • Décembre 2014 ctualitésA clés des recommandations. Enfin, les utilisateurs, jardiniers et agents de maîtrise, ont un accès direct à une expertise agronomique fondée sur les paramètres actualisés des sols des parcelles qu’ils ont à gérer. L’interactivité permise par le système Laboagro/Laboexpert leur offre un outil de gestion si précis qu’il permet de simuler un changement d’usage, par exemple, d’une pelouse en massif floral, ou l’effet d’un pail- lage amené à se décomposer sur le sol. Cette décomposition libèrera des sels minéraux et de la matière organique que La- boexpert déduira de la fertilisation. Spectra Analyse : En pratique, comment font les jardiniers pour obtenir leurs recommandations de fertilisants ? François Nold : Une fois le rapport d’analyse établi, les uti- lisateurs ont des estimations de besoin en Kg/Ha pour cha- cun des éléments d’apport et ils peuvent choisir les produits commerciaux qui leur sont accessibles. Là où ATOLL don- nait des quantités d’un engrais commercial que les utilisa- teurs n’avaient pas forcément sous la main, Laboexpert leur permet de tester différentes variantes d’apports ou de pra- tiques culturales. Ils y trouvent par exemple, une liste d’en- grais du commerce et peuvent simuler les quantités d’un mélange de différentes spécialités afin de caler l’apport des différents éléments C, N, P, Ca, Mg tel que recommandé par Laboexpert. La navigation dans la fiche de simulation se fait via des menus contextuels. Seules les questions pertinentes sont posées, mais l’utilisateur garde une certaine marge de manœuvre comme le choix de l’engrais qu’il va utiliser. Spectra Analyse : Pourquoi est-ce intéressant que les utilisateurs puissent choisir leurs engrais ? François Nold : Les conventions d’achat passées avec des fournisseurs ne durent que cinq ans au maximum, intervalle recommandé entre deux analyses de fertilité du sol, et plus souvent deux ou trois ans. Cette durée de cycle a entraîné une variété dans la disponibilité des engrais selon la gestion locale pratiquée et les changements successifs de marché pu- blic. En cas de changement en cours de période, les utilisa- teurs peuvent retourner dans Laboagro, rappeler l’analyse du sol de leur parcelle, qui n’a normalement pas changé entre temps, et relancer le choix d’engrais avec une liste éventuel- lement actualisée. Laboexpert leur indique si leur choix en- traîne un éventuel apport indésirable. Tout au long de la pro- cédure, la liste des engrais est automatiquement expurgée de ceux qui apportent des éléments non attendus ou déjà pour- vus. En outre, l’indexation du prix des engrais offre aux uti- lisateurs la possibilité de simuler des choix selon le critère économique.. Spectra Analyse : La précision du système et son ergonomie permettrait-elle de se passer d’un ingénieur agronome ? François Nold : Si les utilisateurs ont accès aux décisions du système expert, celui-ci ne peut être entretenu et validé que par une démarche parallèle et permanente d’évaluation. De plus, d’éventuelles modifications, par exemple pour tenir compte de résultats récents issus de la recherche en agrono- mie, ne peuvent être apportée que par un expert. Pour cela, le cœur de Laboexpert n’est accessible qu’aux personnels autorisés du laboratoire. La phase d’évaluation ne fait d’ail- leurs que commencer. Des analyses complémentaires nous permettrons de vérifier le comportement des sols des par- celles gérées via Laboexpert. Nous poursuivrons également les tests d’utilisation afin de vérifier qu’il n’y ait pas de bug. Enfin, pour la maintenance, nous aurons un contrat permet- tant d’éventuels ajustements majeurs en collaboration avec Agilab. Spectra Analyse : Comment procédez-vous pour tester un LIMS-expert ? François Nold : Nous nous servons d’un échantillon test dont les paramètres peuvent être modifiés. Cet échantillon de test a été un défi pour Agilab car un LIMS normal ne laisse pas la possibilité de modifier un résultat ultérieurement à son en- registrement. Il a fallu créer une exception sans remettre en question l’architecture du LIMS. Cet échantillon modifiable nous a permis de tester les configurations de toutes les typolo- gies de parcelles de la ville de Paris. Nous avons ainsi pu véri- fier que les recommandations de Laboexpert correspondaient bien à celles qu’un ingénieur agronome aurait pu donner et que les variations de paramètre, que ce soit les résultats d’ana- lyse, l’usage de la parcelle, les apports d’engrais ou la présence de fabacées, correspondaient à des variations dans les recom- mandations de gestion des sols. Par exemple, les pelouses, qui sont aujourd’hui plus extensives que celles d’autrefois, ne sont plus systématiquement sélectionnées via des herbicides. En plus des graminées, elles peuvent comporter des dicotylédones, pâ- querettes, plantain plantain, voire des fabacées comme le trèfle, la vesce, la luzerne ou le lotier ; ces dernières ayant la capaci- té de fixer une certaine quantité d’azote atmosphérique. Nous avons vérifié que Laboexpert tient compte de leur présence et du pourcentage de surface qu’elles occupent sur la parcelle pour évaluer leur contribution à la nutrition azotée des cultures. Spectra Analyse : Quels ont été les facteurs de succès dans votre travail d’élaboration de ces outils ? François Nold : Dans notre démarche, nous avons trouvé la bonne société au bon moment. Nous avions des bases de don- nées utilisables et Agilab, la capacité à les utiliser à bon escient. Ainsi nous disposions d’une liste de toutes les parcelles, réfé- rencées avec un numéro de code, indépendant par exemple, des noms des rues qui ont pu changer avec le temps. Les uti- lisateurs pouvaient ainsi retrouver leur parcelle dans une liste déroulante, avec toutes les caractéristiques collectées précé- demment, d’où une utilisation facile garantissant une mise en place accélérée et une adoption immédiate de l’outil. Pour le laboratoire d’agronomie de la Ville de Paris, le gain de produc- tivité se verra très vite. Je ne prendrai pas pour autant des va- cances, car le temps gagné avec Laboagro pourra être investi dans des activités de recherche. Au laboratoire d’agronomie de Paris – Le jardinier et son LIMS (suite) Un écran de Laboexpert

×