23 AUGUST 2016
THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION
Origins of data: examples and
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Référentiel
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Spécimens conservés
dans du formol, de
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Literature
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Thèses (PhD) et
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notes
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de terrain
Fieldwork records and notes
Logs, field notes
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Notes et enregistrements de terrain
Carnets de terrain,
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Other origins of data
Autres origines possibles
de données
Other origins of data
Paper maps or
atlas; prints of
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Other supports:
pictures, audio,
video recordings
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Autres origines possibles de données
Cartes papier et
atlas ; impressions
d’images satellites
Autres supports :
photos,
en...
Results of the pre-workshop
questionnaire (origins of data)
Résultats du questionnaire
pré-atelier (origines des
données)
Datasets managed by the training participants
(by origin of data)
Dataoriginsfromparticipants
Jeux de données gérés par les participants à
l’atelier (par origines de données)
riginesdesdonnéesdespartcipants
Datasets managed by the training participants
(by taxa)
Dataoriginsfromparticipants
Jeux de données gérés par les participants à
l’atelier (par taxons)
riginesdesdonnéesdespartcipants
Databases management and sharing (1 / 2)
Dataoriginsfromparticipants
Gestion et partage des bases de données (1 /
2)
Dataoriginsfromparticipants
Databases management and sharing (2 / 2)
Dataoriginsfromparticipants
Gestion et partage des bases de données (2 /
2)
Dataoriginsfromparticipants
Origins of data and
Darwin Core concepts
Origines de données et
concepts Darwin Core
Darwin Core standard: Cores and Extensions
DataoriginsandDarwinCore
Darwin Core : Coeurs de standard et Extensions
OriginesdedonnéesetDwC
Darwin Core standard: Cores and Extensions
DataoriginsandDarwinCore
Darwin Core standard = Core of standard + possible Ext...
Standard Darwin Core : Coeurs de standard
et extensions
OriginesdedonnéesetDwC
Standard Darwin Core = Coeur de standard + ...
Occurrence core
Coeur de standard
Occurrences
Choose the Occurrence Core on the IPT
OccurrenceCore
Choisir le coeur de standard Occurrence sur l’IPT
OccurrenceCore
Mapping for Occurrence Data
OccurrenceCore
Mapping pour les données d’Occurrence
OccurrenceCore
Taxon Core
Coeur de standard Taxon
Choose the Taxon Core on the IPT
TaxonCore
Choisir le coeur de standard Taxon sur l’IPT
TaxonCore
Mapping for Taxonomic Data
TaxonCore
Mapping pour les données taxonomiques
TaxonCore
Event Core
Coeur de standard
Evénement
d’échantillonnage
Choose the Event Core on the IPT
EventCore
Choisir le coeur de standard Événement sur l’IPT
EventCore
Mapping for Event Core (Sampling Data)
EventCore
Mapping pour les données d’échantillonnage
EventCore
Darwin Core Extensions
Extensions du Darwin Core
Where to find the Extensions
DarwinCoreExtensions
Où trouver les Extensions
ExtensionsduDarwinCore
A few examples of existing Extensions
DarwinCoreExtensions
Quelques exemples d’Extensions disponibles
ExtensionsduDarwinCore
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Origins of data: examples and
illustrations Sophie Pamerl...
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Origines des données :
exemples et illustrationsSophie Pa...
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BID CE workshop 1 session 05 - Origins of Biodiversity Data

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Presentation supporting a practical session to identify which kind of data people are dealing with and useful information to digitize in priority. Includes group discussions and roleplays to familiarize with different kinds of data (collections, observations, sampling-event, taxonomic, possibly pictures) and how to best share the related information.
---
Présentation utilisée dans une session pratique pour identifier les types de données avec lesquelles les participants travaillent, ainsi que les informations utiles à numériser en priorité. Cette session comprend des discussions de groupe et des jeux de rôle afin de se familiariser avec les différents types de données existants (collections, observations, données d’échantillonnage, données taxonomiques, données multimédia…) et de mieux partager les informations correspondantes.

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BID CE workshop 1 session 05 - Origins of Biodiversity Data

  1. 1. 23 AUGUST 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Origins of data: examples and illustrations Sophie Pamerlon
  2. 2. 23 AUGUST 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Origines des données : exemples et illustrations Sophie Pamerlon
  3. 3. Checklists and other taxonomical resources
  4. 4. Référentiels taxonomiques et autres listes de taxons
  5. 5. Checklists and taxonomical resources Taxon list of reference: a valid list of species/taxa present in a given area, with their hierarchy and synonyms Red list (at national, regional or local level): a list of taxa present in a given area with their vulnerability status Checklist: a simple list of taxa present in a given area
  6. 6. Référentiels et listes taxonomiques Référentiel taxonomique : liste valide d’espèces/taxons présents dans une région donnée, avec leur hiérarchie et synonymes Liste rouge (nationale, régionale ou locale) : list de taxons présents dans une région donnée avec leur statut de vulnérabilité Checklist: une liste simple de taxons présents dans une région donnée
  7. 7. Specimens and natural history collection materials
  8. 8. Spécimens et échantillons issus de collections d’histoire naturelle
  9. 9. Specimens and materials Preserved specimens in formol, alcohol (fishes, herpetology collections…); mounted specimens (birds, mammals, insects) Fossils and other paleontological materials (amber, teeth, bones…); animal or vegetal samples (DNA, organs, skin, fur, faeces…) Herbarium sheets and vegetal materials (seeds, foliage, branches, bark, dried/preserved fruits…)
  10. 10. Spécimens et échantillons Spécimens conservés dans du formol, de l’alcool (collections de poissons, d’herpétologie...) ; spécimens montés (oiseaux, mammifères, insectes...) Fossiles et autres matériels paléontologiques (ambre, dents, os…) ; échantillons animaux ou végétaux (ADN, organes, peaux, fourrures, faeces…) Planches d’herbier et matériel végétal (graines, feuilles, branches, écorce, fruits séchés ou conservés…)
  11. 11. Literature
  12. 12. Littérature
  13. 13. Examples of literature documents PhD or Master thesis Reports and other written documents Published or in press scientific articles
  14. 14. Exemples de documents de littérature Thèses (PhD) et rapports de Master Rapports et autres documents écrits Articles scientifiques publiés ou sous presse
  15. 15. Fieldwork records and notes
  16. 16. Notes et enregistrements de terrain
  17. 17. Fieldwork records and notes Logs, field notes with taxa observed or collected; notes about the protocol used on the field Citizen science logs Surveys, assessments
  18. 18. Notes et enregistrements de terrain Carnets de terrain, fiches et listes de taxons observés ou collectés, notes sur le(s) protocole(s) utilisé(s) sur le terrain Données de sciences participatives Enquêtes, études d’impact
  19. 19. Other origins of data
  20. 20. Autres origines possibles de données
  21. 21. Other origins of data Paper maps or atlas; prints of satellite pictures Other supports: pictures, audio, video recordings Remote sensing data: GPS, radar or satellite data; camera traps;
  22. 22. Autres origines possibles de données Cartes papier et atlas ; impressions d’images satellites Autres supports : photos, enregistrements audio ou vidéo Données obtenues à distance : GPS, données radar ou satellite, pièges photo/caméra
  23. 23. Results of the pre-workshop questionnaire (origins of data)
  24. 24. Résultats du questionnaire pré-atelier (origines des données)
  25. 25. Datasets managed by the training participants (by origin of data) Dataoriginsfromparticipants
  26. 26. Jeux de données gérés par les participants à l’atelier (par origines de données) riginesdesdonnéesdespartcipants
  27. 27. Datasets managed by the training participants (by taxa) Dataoriginsfromparticipants
  28. 28. Jeux de données gérés par les participants à l’atelier (par taxons) riginesdesdonnéesdespartcipants
  29. 29. Databases management and sharing (1 / 2) Dataoriginsfromparticipants
  30. 30. Gestion et partage des bases de données (1 / 2) Dataoriginsfromparticipants
  31. 31. Databases management and sharing (2 / 2) Dataoriginsfromparticipants
  32. 32. Gestion et partage des bases de données (2 / 2) Dataoriginsfromparticipants
  33. 33. Origins of data and Darwin Core concepts
  34. 34. Origines de données et concepts Darwin Core
  35. 35. Darwin Core standard: Cores and Extensions DataoriginsandDarwinCore
  36. 36. Darwin Core : Coeurs de standard et Extensions OriginesdedonnéesetDwC
  37. 37. Darwin Core standard: Cores and Extensions DataoriginsandDarwinCore Darwin Core standard = Core of standard + possible Extensions (star schema) Different Cores can be used depending on the origin of the data: - Occurrence Core for natural history collection specimens and field simple observations - Taxon Core for taxonomical lists (checklists, redlists) - Event Core for sampling events (surveys, transects, quadrats, traps…) Extensions are used for giving more details about the data: - Simple Multimedia Extension for exchanging metadata about multimedia resources, in particular links to image, video and audio files. - Taxon Description to exchange simple text/paragraph based taxon descriptions. - Measurement or Facts to add information about biotic and abiotic variables - Trait descriptor - Material sample - And many more! NOTE: Some Cores can be used as extensions too, such as the Occurrence one that can be used in addition to the Event Core.
  38. 38. Standard Darwin Core : Coeurs de standard et extensions OriginesdedonnéesetDwC Standard Darwin Core = Coeur de standard + éventuelles Extensions (schéma en étoile) Différents coeurs de standard peuvent être utilisés en fonction de l’origine des données : - Coeur de standard Occurrence Core pour les collections d’Histoire Naturelle et les observations simples de terrain - Coeur de standard Taxon pour les listes taxonomiques (référentiels, listes rouges,...) - Coeur de standard Événement (Event Core) pour les données d’échantillonnage (relevés, transects, quadrats, pièges…) Les Extensions sont utilisées afin de partager plus de détails sur les données : - Simple Multimedia Extension pour échanger des métadonnées sur les ressources multimédia associées aux données, notamment des fichiers image, audio ou vidéos - Taxon Description pour échanger des descriptions de taxons sous forme de texte simple. - Measurement or Facts pour ajouter des informations sur des variables biotiques (taille, couleur des fleurs…) ou abiotiques (pH, température de l’eau, hygrométrie…) - Description de traits d’histoire de vie - Material Sample pour décrire des échantillons (peau, os, ADN…) - Et plus encore ! NOTE: Certains coeurs de standard peuvent être utilisés comme des Extensions, comme le coeur de standard Occurrence qui peut être lié au coeur de standard Événement.
  39. 39. Occurrence core
  40. 40. Coeur de standard Occurrences
  41. 41. Choose the Occurrence Core on the IPT OccurrenceCore
  42. 42. Choisir le coeur de standard Occurrence sur l’IPT OccurrenceCore
  43. 43. Mapping for Occurrence Data OccurrenceCore
  44. 44. Mapping pour les données d’Occurrence OccurrenceCore
  45. 45. Taxon Core
  46. 46. Coeur de standard Taxon
  47. 47. Choose the Taxon Core on the IPT TaxonCore
  48. 48. Choisir le coeur de standard Taxon sur l’IPT TaxonCore
  49. 49. Mapping for Taxonomic Data TaxonCore
  50. 50. Mapping pour les données taxonomiques TaxonCore
  51. 51. Event Core
  52. 52. Coeur de standard Evénement d’échantillonnage
  53. 53. Choose the Event Core on the IPT EventCore
  54. 54. Choisir le coeur de standard Événement sur l’IPT EventCore
  55. 55. Mapping for Event Core (Sampling Data) EventCore
  56. 56. Mapping pour les données d’échantillonnage EventCore
  57. 57. Darwin Core Extensions
  58. 58. Extensions du Darwin Core
  59. 59. Where to find the Extensions DarwinCoreExtensions
  60. 60. Où trouver les Extensions ExtensionsduDarwinCore
  61. 61. A few examples of existing Extensions DarwinCoreExtensions
  62. 62. Quelques exemples d’Extensions disponibles ExtensionsduDarwinCore
  63. 63. 23 August 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Origins of data: examples and illustrations Sophie Pamerlon
  64. 64. 23 AUGUST 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Origines des données : exemples et illustrationsSophie Pamerlon

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