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doc http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
intro http://www.biotnet.org/sites/biotnet.org/files/documents/25/biopython_intro.pdf ← bien fait
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  • 2. DNA Alphabet IUPAC - International Union of Pure and Applied Chemistry Unambiguous DNA Ambiguous DNA
  • 4. Central dogma of molecular biology
  • 5. Protein translation tables UGA AUA Genetic code Ile Trp AGA Stop AGG Stop Vertebrate mitochondrial genetic code
  • 7. Blast Blast : Basic Local Alignment Search Tool E value : the number of hits one can "expect" to see by chance when searching a database of a particular size.
  • 8. exercices : 1.- printer le reverse complement de la séquence “AACTGCCAATGGGCT” 2.- printer le reverse de la séquence. 3.- printer le AT content 4.- transcrire en ARNm la séquence 5.- traduire la séquence jusqu’au premier codon stop.
  • 9. exercices v2 : 1.- télécharger la séquence de la gfp depuis le fichier genbank de NCBI. ( id : 7011691 ) 2.- faire un code qui fait blast de la gfp et print chaque alignement trouvé Ingrid Moen, Charlotte Jevne, Jian Wang, Karl-Henning Kalland, Martha Chekenya, Lars A Akslen, Linda Sleire, Per Ø Enger, Rolf K Reed, Anne M Øyan and Linda EB Stuhr: Gene expression in tumor cells and stroma in dsRed 4T1 tumors in eGFPexpressing mice with and without enhanced oxygenation. In: BMC Cancer. 2012, 12:21 3.- faire un code qui prend en paramètre un id et un chiffre n et qui renvoie les n alignement les plus proches
  • 10. liens utiles tuto - http://www.csc.kth.se/utbildning/kth/kurser/DD2397/appbio09/docs/BioPython.pdf doc http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html intro http://www.biotnet.org/sites/biotnet.org/files/documents/25/biopython_intro.pdf ← bien fait cours http://ece.uprm.edu/~bvelez/courses/ComputingBioinformatics/Python/PythonCourseBioInformatics.pdf ← p75 cours http://www1.chapman.edu/~fahy/bioinformatics/ ← sehr gut tuto http://jacksimpson.com.au/biopython/