7. Blast
Blast : Basic Local Alignment Search Tool
E value : the number of
hits one can "expect" to
see by chance when
searching a database of
a particular size.
8. exercices :
1.- printer le reverse complement de la
séquence “AACTGCCAATGGGCT”
2.- printer le reverse de la séquence.
3.- printer le AT content
4.- transcrire en ARNm la séquence
5.- traduire la séquence jusqu’au premier
codon stop.
9. exercices v2 :
1.- télécharger la séquence de la gfp
depuis le fichier genbank de NCBI.
( id : 7011691 )
2.- faire un code qui fait
blast de la gfp et print
chaque alignement
trouvé
Ingrid Moen, Charlotte Jevne, Jian Wang, Karl-Henning Kalland, Martha Chekenya,
Lars A Akslen, Linda Sleire, Per Ø Enger, Rolf K Reed, Anne M Øyan and Linda EB
Stuhr: Gene expression in tumor cells and stroma in dsRed 4T1 tumors in eGFPexpressing mice with and without enhanced oxygenation. In: BMC Cancer. 2012,
12:21
3.- faire un code qui prend en paramètre un id et
un chiffre n et qui renvoie les n alignement les plus
proches
10. liens utiles
tuto - http://www.csc.kth.se/utbildning/kth/kurser/DD2397/appbio09/docs/BioPython.pdf
doc http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
intro http://www.biotnet.org/sites/biotnet.org/files/documents/25/biopython_intro.pdf ← bien fait
cours http://ece.uprm.edu/~bvelez/courses/ComputingBioinformatics/Python/PythonCourseBioInformatics.pdf ← p75
cours http://www1.chapman.edu/~fahy/bioinformatics/ ← sehr gut
tuto http://jacksimpson.com.au/biopython/