1. 121213 ver 1.0
A road to AMBER Simulations
∼ CentOS 6.2 on Mac OS X ∼
Contents
1. CentOS/rEFlt on Mac OS X
2. CentOS/VirtualBox on Mac OS X
3. AMBER12 on CentOS 6.2
4. VMD on CentOS 6.2
5. MPI on CentOS 6.2
Satoshi Kume, Osaka prefecture university
2. 1. How to boot CentOS/rEFlt on Mac OS X
1. ディスクユーティリティによるディスク検証
※ アプリケーション ユーティリティ ディスクユーティリティ
※ First Aid ディスクのアクセス権を検証・修復
※ First Aid ディスクを検証・修復
2. デフラグ (iDefrag4) ※ ハードの断片化がヒドい場合(有料)
3. rEFltのダウンロード・インストール
※ パソコン立ち上げ時に、選択可能 http://refit.sourceforge.net/
4. CentOS 6のダウンロード・ isoディスクの作成
※ isoディスクの作成は、ディスクユーティリティを使ってDVDに焼く
5. (再起動) CentOS 6 メディアから起動・インストール http://www.centos.org/
※ 起動後、60 秒くらい待つ (Auto installでないとエラーが起こる)
※ Rootパスワードの入力
※ パーティションの設定: 40 GB (et3)、2048 MB (SWAP)、1 GB (Free)。
※ 起動設定: Desktopを選択してインストールする
※ Start Partition Tool MBRのupdate パソコンの再起動 CentOSの起動 ユーザーの設定
3. 2. How to install CentOS6/VirtualBox on Mac OS X
1. Oracle VM VirtualBoxのダウンロード
2. CentOS 6のダウンロード ※ iso形式のまま使用する
3. VirtualBoxの起動
※ 新規 LINUX Red Hat 64bitを選択
https://www.virtualbox.org/
※ 設定 ストレージ CD/DVDドライブとしてiso fileを選択する
※ 元の画面に戻って、起動ボタンを押す
※ CentOSのインストール (各種設定は、別章参照)
※ Nit Disconnect errorの場合の対処法: Ctrl + Alt + F1 (or F2) login % shutdown -h now
4. 3. How to install Amber12 on CentOS 6.2
0. CentOS 6の設定
RootでのLog in
(Log in の際に) Other → Username: root → Password: (任意) → O.K.
a. スーパーユーザー (root)の権限取得
(Applications System Tools ターミナルの起動)
% su - // -だけ
(rootパスワードを入力)
/rootからはじまる
b. root時における書き換え権限の設定
% cd /usr
% chmod 777 local // local(ファイル名)での書き換え権限を与える
% cd local
% mkdir amber12 // local内に、amber12 fileをつくる
% chmod 777 amber12
1. AmberTools12のダウンロード・解凍
user/local/amber12内に、configureなどの
AmberTools12の中身をおく。
http://ambermd.org/AmberTools-get.html