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Plateformes - CLARA - 1er sem. 2014

  1. 1. 1er sem. 2014 Annuaire des plateformes FINANCEMENT CLARA
  2. 2. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com Centre Hygée Centre Hygée - Centre régional de prévention des cancers Domaine d’expertise Prévention, recherche, éducation, réduction des inégalités sociales Réseau Institut de cancérologie Lucien Neuwirth Plateforme du Cancéropôle CLARA Réseau RIEPCA (réseau national pour l'information, l'éducation à la santé et la prévention des cancers) Responsable Franck CHAUVIN centrehygee@icloire.fr Situation 108 bis avenue Albert Raymond 42270 Saint-Priest en Jarez Site web http://www.centrehygee.fr/ Le développement des activités du centre est guidé par deux objectifs : 1. Développer une ingénierie de prévention des cancers Le thème général développé peut-être résumé ainsi : le cancer : du fléau social à la maîtrise individuelle des risques. Cette approche concerne les 3 temps de prévention (primaire, secondaire, tertiaire). 2. Porter une dynamique inter-régionale de promotion de la recherche en prévention • La réduction des inégalités sociales de santé • Le Centre Hygée est un Centre Ressources d’informations validées • Le Centre Hygée est un fédérateur des acteurs régionaux de prévention des cancers Offre de services Le Centre Hygée est organisé autour de 2 pôles fonctionnels considérés comme des laboratoires d’usage (living lab) dont la conception et l’évaluation scientifique des nouvelles approches préventives développées sont assurées par une équipe de Recherche Mixte (santé publique, sciences humaines et sociales, sciences de l’éducation). 1. Un pôle Espace Prévention 2. Un pôle Patient / Proches Conditions d’accès Scolaires et jeunes adultes / Patients et leurs proches. Equipements 1. Le pôle Espace Prévention comprend un parcours pédagogique interactif, utilisant largement les NTIC, à destination des scolaires et des jeunes adultes. Il vise à développer une prévention fondée sur l’éducation. 2. Le pôle Patient / Proches permet aux patients et à leurs familles de bénéficier d’une information adaptée, d’une prise en charge coordonnée orientée et des programmes d’éducation thérapeutique conçus par les chercheurs et éducateurs soignants du centre. L’objectif de cette plateforme expérimentale et unique en France est de développer le mouvement de l’autonomisation des patients recommandé dans la prise en charges des maladies chroniques (prévention primaire). Dans la mythologie grecque, Panacée et Hygée sont les deux filles d'Asclépios, ou Esculape chez les Romains, dieu de la médecine. Hygée est la déesse de la prévention tandis que Panacée est la déesse de la thérapeutique. Hygée a donné son nom à hygiène. Description
  3. 3. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com GAIA Plateforme d'imagerie nucléaire Domaine d’expertise Oncologie, métabolisme, neuroscience, cardiologie, imagerie TEP, imagerie SPECT, imagerie CT, échographie Réseau France Life Imaging Labellisation : IbiSa Responsable Catherine GHEZZI catherine.ghezzi@chu-grenoble.fr Situation CHU Grenoble Rond point de la Chantourne 38100 Grenoble Site web http://www.imagerie-grenoble.fr/ GAIA est localisé au sein de l'UMR 1039 qui regroupe le Laboratoire Radiopharmaceutique Biocliniques (LRB) et la clinique de Médecine Nucléaire du CHU de Grenoble. Cette unité développe depuis plus de 25 ans des radiopharmaceutiques, molécules marquées par des atomes radioactifs et utilisées pour le diagnostic et la thérapie. Les compétences développées sur la plateforme vont du marquage radioactif de composés aux études précliniques et cliniques. Offre de services Radiomarquage de divers composés (molécules organiques, protéines, anticorps, sucres, peptides, bactéries, ADN, ARN, cellules,…) Evaluation in vivo de la pharmacocinétique et de la biodistribution d'une molécule d'intérêt pharmaceutique Evaluation de l'efficacité thérapeutique de composés d'intérêt (tumeur, ischémie, métabolisme,...) Etude de phénommènes biologiques chez l'animal en utilisant des radiotraceurs existants (suivi de croissance tumorale, mesures de perfusion cérébrale ou cardiaque, ou encore études métaboliques) Validation de modèles animaux Conditions d’accès Prestations de services, mise à disposition d'équipements, conseils/expertise, collaborations de recherche académiques / industrielles Equipements Caméra SPECT/CT Bioscan Caméra PET/CT Bioscan Caméra Cliniques SPECT et TEP Echographe Vevo Autoradiographie Moyens biologiques Infrastructures spécifiques Plateforme animalerie : petits et gros animaux, animalerie agrémentée, microchirurgie Radiochimie : radio-HPLC, radio-CCM, activimètres, compteurs Gamma et Bêta Description
  4. 4. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com ISA-CRMN Centre Européen de Résonance Magnétique Nucléaire à Très Hauts Champs Domaine d’expertise Profilage métabolique, Métabonomique, Biologie Structurale, Cristallographie et Chimie des Matériaux Réseau RALF-NMR : Rhône-Alpes Large-Scale Facility for high-field NMR IR-RMN: Très Grandes Infrastructures de Recherche RMN Très Hauts Champs - Infrastructure Nationale Bio-NMR : European I3 (Integrated Infrastructure Initiative) NMR facility (FP7) Responsable Bénédicte ELENA-HERRMANN benedicte.elena@ens-lyon.fr Situation Institut des Sciences Analytiques - 5 rue de la Doua 69100 Villeurbanne Site web http://www.ens-lyon.fr/crmn/crmn/index.html Le Centre de RMN à Très Hauts Champs de l'Institut des Sciences Analytiques (ISA, unité mixte CNRS/ ENS Lyon / UCB Lyon 1) a pour mission de fournir l’environnement nécessaire à des développements méthodologiques et technologiques de pointe en RMN et à l’application de cette spectroscopie, en phase liquide comme en phase solide, à l’étude de problèmes clés dans les domaines de la biologie, de la médecine et des matériaux. Son infrastructure intégrée de recherche est ouverte à la communauté nationale et internationale des utilisateurs de RMN. Offre de services Les axes de recherche prioritaires sont : • La développement de la métabolomique par RMN pour la cancérologie, notamment pour le diagnostic précoce sur biofluides ou tissus biologiques, la biologie médicale et la génomique fonctionnelle ; • Les applications analytiques en chimique et en biologie, notamment en biologie structurale et en science des matériaux ; • L’instrumentation et les développements techniques, incluant la chimie moléculaire et, notamment, l’approche structurale des matériaux bio-organiques solides et liquides. Conditions d’accès •Accès pour les utilisateurs français aux spectromètres 800 MHz et plus par le biais du programme CNRS IR-RMN (Grande Infrastructure de Recherche pour la RMN Très Hauts Champs) • Accès possible pour les industriels via un partenariat de recherche permettant la publication des données obtenues. • Accès pour les utilisateurs européens dans le cadre du programme Bio-NMR (projet I3 FP7) Equipements La plate-forme du CRMN est constituée : • d’un spectromètre 1000 MHz SB Bruker (liquide cryo et solide). Il est le seul spectromètre 1 GHz au monde; • d’un spectromètre 800 MHz SB Bruker (liquide, solide et HR-MAS, équipé pour le haut debit en solution); • d’un spectromètre 800 MHz WB Bruker équipé d’un gyrotron à 527 GHz pour les études de DNP (polarisation dynamique nucléaire). • d’un spectromètre 700 SB Bruker (liquide, solide et HR- MAS) ; • d’un spectromètre 600 SB Bruker (liquide) avec cryosonde et équipé pour le haut débit ; • d’un spectromètre 500 WB Bruker (solide) ; • d’un spectromètre 400 MHz, avec gyrotron pour la DNP. Moyens biologiques Infrastructures spécifiques 1 Laboratoire de chimie et 2 laboratoires de biologie pour la préparation des échantillons RMN Description
  5. 5. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com EDyP Service Etude de la Dynamique des Protéomes Domaine d’expertise spectrométrie de masse, bioinformatique, identification et charactérisation de protéines, quantification Réseau ProFI (Proteomics French Infrastructure) PRIME-XS Labellisation : IbiSa, ISO9001 Effectif : 41 Responsable Christophe BRULEY christophe.bruley@cea.fr Situation 17 avenue des Martyrs 38000 Grenoble Site web www.edyp.fr Fort d’une expertise de plus de 10 ans dans le domaine de la protéomique, l’équipe EDyP met à disposition de la communauté scientifique un ensemble de technologies de pointe. Sa plate-forme de services labellisée IBISA est destinées à la caractérisation à haut-débit des protéines et des protéomes. Offre de services Entre autres, nous vous proposons : - Identification de protéines - Caractérisation de complexes protéiques - Caractérisation de modifications post-traductionnelles (phosphorylations, acétylations, ponts disulfures) - Quantification relative de protéines - Quantification absolue de protéines - Analyse bioinformatique des données Conditions d’accès EDyP-Service accepte des demandes d'analyses protéomiques émanant de laboratoires académiques et industriels. Le traitement de vos projets par la plate-forme EDyP-Service peut s'effectuer selon plusieurs modalités. Equipements nLC, OrbiTrap VELOS nLC, QExactive nLC, LTQ-FT nLC, OrbiTrap XL nLC, QTrap 4000 nLC, QTrap 5500 Robot Préparation EVO 150 Description
  6. 6. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com EpiMed Plateforme Epigénétique Médicale Domaine d’expertise Analyses genome-wide par les approches NGS, découverte/validation de marqueurs et de cibles épigénétiques dans les cancers Réseau INSERM-Université Grenoble U823 Labellisation : Effectif : 4 Responsable Sophie ROUSSEAUX sophie.rousseaux@ujf-grenoble.fr Situation Institut Albert Bonniot Rond point de la Chantourne 38700 La Tronche Site web http://www-iab.ujf-grenoble.fr/plf_d.php?b=2&c=23&i=64 EpiMed a pour vocation de faciliter une recherche translationnelle dans le domaine de l’épigénétique entre les équipes de recherche fondamentale et les équipes médicales dans le cadre de collaborations nationales et internationales entre académiques et industriels. Un projet important mené au sein d’EpiMed concerne le domaine de la cancérologie. Il consiste à utiliser les expressions dérégulées « hors contexte » de gènes dans les tumeurs pour une utilisation comme marqueurs et/ou cibles thérapeutiques. Offre de services EpiMed a pour but de promouvoir recherche translationnelle dans le domaine de l'épigénétique et à ce titre intervient de deux manières: i/ en facilitant l'établissement de projets translationnels basés sur de nouveaux concepts et idées émergeant des équipes de recherche fondamentale ii/ en apportant un soutien technique soit biologique pour la validation de tests ou de nouvelles approches thérapeutiques, soit une aide bioinformatique pour des analyses pangénomiques (transcriptomiques, NGS...). Conditions d’accès Les porteurs de projets doivent prendre contact avec les responsables de la plateforme afin d'examiner la pertinence, la faisabilité et les modalités d'intégration d'un nouveau projet. Equipements L’activité d’EpiMed repose largement sur ses capacités d’analyse des données à grande échelle.Une cellule d’analyse bioinformatique a été constituée et dotée des moyens nécessaires (ordinateurs, logiciels...). La plateforme apporte aussi un soutien pour la validation biologique utilisant notamment les acquisitions en matériel faites avec le soutien du CLARA (PCR quantitative Stratagene, Bioruptor, culture cellulaire...) Moyens biologiques Dans le cadre des collaborations déjà établies, la plateforme a un accès à des tumorothèques, ainsi qu'à des données cliniques et moléculaires à grande échelle. Elle a aussi accès à certaines classes de drogues épigénétiques, à des modèles cellulaires et des modèles animaux (xénogreffes). Infrastructures spécifiques EpiMed fonctionne au sein de l'équipe 6 dirigée par Saadi Khochbin dans le CR UJF-INSERM U823 (Institut Albert Bonniot à Grenoble) et bénéficie de l'infrastructure de cette équipe et du CRI. Description
  7. 7. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com GINA Plate-forme de Génotypage à Haut Débit GINA Domaine d’expertise oncogénétique, cancer hormono-dépendants, sein, prostate, ovaire Réseau GIS IBiSA Labellisation : Certification ISO9001 renouvelée en octobre 2013 Effectif : 5 Responsable Yannick BIDET Yannick.Bidet@cjp.fr Situation Département d'Oncogénétique du Centre Jean Perrin 58 Rue Montalembert 63000 Clermont-Ferrand Site web http://www.clermont-universite.fr/GINA-Sequencage-haut-debit La plateforme GINA de séquençage à haut débit compose, avec l’unité de génotypage GENAP de l’INRA, la structure GENTYANE. La structure GENTYANE rassemble donc deux palteforme l’une travaillant sur l’Humain (GINA) et l’autre dans le domaine végétal (GENAP). Les plateaux GINA et GENAP proposent des outils de séquençage et d’analyse complémentaire et, fortes de leur spécificité et complémentarité thématique, ces deux portes d’entrées accueillent de nombreux projets de séquençage portés par des chercheurs ou des industriels. Après analyse du besoin, GENTYANE oriente le projet de séquençage vers l’un ou l’autre des plateaux techniques disposant des ressources les plus appropriées pour le traitement et l’analyse. Les deux plateaux GINA et GENAP peuvent donc être amenés à réaliser des prestations hors de leur thématique d’origine et à élargir leurs champs d’activité respectifs. La plateforme GINA est une unité fonctionnelle du département d'Oncologie Moléculaire du Centre Jean Perrin. À ce titre, elle est donc fortement connectée à la fois au laboratoire d'oncogénétique moléculaire (LOM) et au laboratoire de diagnostic médical du Centre Jean Perrin (OncoGénAuvergne). Concernant les projets de Cancérologie, la plateforme est spécialisée sur les cancers hormono-dépendants et en particulier sur l’oncogénétique du sein. Offre de services Les prestations se négocient et vont de la production simple de données à la collaboration de recherche, incluant l’analyse. GINA est adaptée au séquençage de petits génomes ou de fractions de génomes complexes. Les logiciels fournis permettent l’assemblage et l’orientation des contigs de novo. Ils permettent également de comparer les séquences assemblées à une séquence de référence, et ainsi de détecter des polymorphismes. La combinaison des longues lectures (6 à 800 nucléotides) et de l’approche « paired ends » permet une traversée efficace des régions répétées et donc une meilleure construction de la structure des génomes non annotés. D’autres logiciels de la plateforme autorisent le séquençage simultané d’un grand nombre de produits PCR afin d’analyser un grand nombre de petites régions d’intérêt et/ou d’échantillons. Cela peut être utile en génétique humaine à visée diagnostique, pour la recherche d’hétérogénéité dans une population d’individus (cellules d’un tissu, bactéries, virus...), en métagénomique... Le séquençage d’amplicons est l’un des domaines d'expertise de la plateforme GINA. L’approche « Deep Sequencing » permet d’augmenter la couverture de l’échantillon afin de déceler des mutations présentes dans moins de 1% de l’ADN de l’échantillon. Cette approche est privilégiée pour la détection de mutations somatiques dans les tumeurs. Tout type d’acides nucléiques, issu de tout type de traitement, peut être séquencé sur la plateforme. Les études de méthylation, d’ARN non codants ou le Equipements Outils de quantification et de qualification des acides nucléiques (Lecteur Tecan Infinite200, BioAnalyzer 2100 Agilent). Robotique de pipetage (Tecan evo100 pré-PCR, Beckman BioMek FXP post-PCR). Thermocycleurs (14 blocs pour plaques 96 puits). Pyroséquenceur GS-FLX+ (Jusqu’à 1 million de lectures indépendantes par run, 600 à 800 nucléotides par lecture, Séparation physique des échantillons en 2, 4, 8 ou 16 zones, Multiplexage jusqu’à 1536 échantillons) Pyroséquenceur GS-Junior (Jusqu’à 100 000 de lectures indépendantes par run, 600 à 800 nucléotides par lecture, Multiplexage jusqu’à 96 échantillons) Moyens biologiques La tumorothèque à disposition est axée sur les cancers hormono-dépendants (sein, ovaire, prostate). La tumorothèque du Centre Jean Perrin est labellisée par le Description
  8. 8. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com ImmunAlp Plateforme d'immunomonitoring Domaine d’expertise monitorage immunologique, ELISA, PCR, SPR Réseau Centre de Recherche INSERM-UJF U823, Institut A Bonniot Effectif : 2 Responsable Patrice MARCHE patrice.marche@ujf-grenoble.fr Situation Rond point de la Chantourne 38700 La Tronche Site web www.immunalp.com L’équipe INSERM/UJF de P. Marche ont mis en place des méthodes innovantes pour l’analyse des paramètres du système immunitaire. En outre, des outils originaux issus d’innovations technologiques et couverts par des brevets y sont développés puis validés dans des applications bio-médicales. Il s’agit en particulier de l’évaluation des réponses immunes par l’analyse des anticorps (profilage de spécificité, analyse quantitative et qualitative) et de la recherche de marqueurs circulants sériques par desdes systèmes miniaturisés comme des puces peptide-protéines utilisant une détection en temps réel par imagerie de de la résonnance de surface (iSPR). Offre de services Mesures de la réponses anticorps à partir du sang ou de fluides biologiques : quantification, paramètres cinétiques. Evaluation de la toxicité et des effets inflammatoires de composés, en paticuliers de nano matériaux dans le cadre de développement de nano particules thérapeutiques. Conditions d’accès Collaboration ou prestation de service. Equipements Les instruments sont installés dans le Centre de Recherche INSERM-UJF U823, soit dans le bâtiment Institut Albert Bonniot. Omnigrid Micro (Genomic Solutions® OmniGrid) piloté par le logiciel AxSysTM Imageur de Surface Plasmon Resonance (SPRi-PLEX, et SPRiLab, GenOptics) Robot pour ELISA (Evolis, BioRad) Moyens biologiques Infrastructures spécifiques Laboratoire P2. Description
  9. 9. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com IRMaGe Plateforme spécialisée en IRM et neurophysiologie Domaine d’expertise IRM, neuroimagerie, explorations fonctionnelles (EEG, TMS, NIRS) et métaboliques, imagerie fonctionnelle de la vascularisation Réseau France Life Imaging Labellisation : IbiSa Responsable Chantal REMY chantal.remy@ujf-grenoble.fr Situation Bâtiment Edmond J. Safra, Université Joseph Fourier - Site Santé, Chemin Fortuné Ferrini 38700 La Tronche Site web https://irmage.ujf-grenoble.fr/accueil?destination=node/850 Spécialisée en neuroimagerie et explorations fonctionnelles associées, IRMaGe est le partenaire idéal pour accompagner des projets de recherche sur petit animal et primate non humain, des projets de recherche à visée clinique ou cognitive, mais également pour le développement méthodologique d'imagerie et de spectroscopie RMN ou neurophysiologie. Dans le contexte de la cancérologie, peuvent être réalisés, pour des études pharmacologiques, des suivis longitudinaux du volume tumoral, des œdèmes, du métabolisme, de la vascularisation et de l'angiogenèse sur des modèles orthotopiques ou sous-cutanés (rat ou souris) ou chez l'homme. Offre de services Développement méthodologiques (animal, homme) Phénotypage de souris transgéniques Suivi de l'évolution de pathologies (animal, homme) Études pharmacologiques (animal, homme) Evaluation de l'efficacité de nouveaux traitements (animal, homme) Imagerie cellulaire et moléculaire (animal) Évaluation de nouveaux agents de contraste (animal) Recherche cognitive (homme) Exploration fonctionnelles cérébrales (homme) Evaluation de la compatibilité RMN de matériaux Etude d'échantillons tissulaires à haute résolution Conditions d’accès Prestations de services, mise à disposition d'équipements, conseils, collaborations de recherche académiques / industrielles Equipements 3 IRMs petit animal : 4,7 T, 7,0 T et 9,4 T (rat, souris) - monitoring physiologique 2 IRMs corps entier : 3T 3 EEGs (électro-encéphalographie) haute résolution, compatibles TMS et IRM TMS (stimulation magnétique transcrânienne) neuronaviguée et robotisée Appareil de spectroscopie proche infra-rouge (NIRS) Enregistrements multi-unitaires Coordination possible pour imagerie multimodale (IRM, optique, nucléaire) Moyens biologiques Modèles de tumeurs cérébrales Infrastructures spécifiques Accès à une plateforme d'animalerie : Souris, rats, primates Animalerie agréée ISO9001 Salles de microchirurgie Lemasson B et al., NMR in Biomedicine 2011; 24:473-482. Lux F et al., Angewandte Chemie int Ed Engl, 2011, 50: 12299 –12303. Coquery N et al., PLoS ONE, 2012; 7:e40567 Lemasson B et al, Radiology. 2012; 265:743-752. Bouchet et al., Radiother Oncol. 2013; 108:143-148. Description
  10. 10. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com ProfileXpert Plateforme de Génomique & MicroGénomique Domaine d’expertise séquençage haut débit, microgénomique, acides nucléiques, microarray, microdissection laser, oncologie, infectiologie, neurosciences Réseau GIS IBiSA, Intergroupe francophone du myélome Labellisation : Certification ISO 9001, Habilitation « Micro-organismes pathogènes et toxines – MOT » Effectif : 15 Responsable Joel LACHUER contact@profilexpert.fr ou joel.lachuer@univ-lyon1.fr Situation Faculté de Médecine et de Pharmacie Rockefeller 8 avenue Rockefeller, Aile 3B et 2C 69008 Lyon Site web http://www.profilexpert.fr La plateforme ProfileXpert de génomique et microgénomique est dédiée à l'analyse de l'ADN, à l'analyse de l'expression génique et à l'analyse de la régulation des gènes . ProfileXpert-LCMT est spécialisé dans l'analyse de petite quantité d'acides nucléiques provenant de cellules isolées (microgénomique). Les activités de ProfileXpert-LCMT sont centralisées autour de trois missions principales : • une activité de service à destinée de l’ensemble des laboratoires académiques et privés de la région Rhône-Alpes: transcriptome, génome, épigénome, régulome • une activité de formation à ces nouvelles technologies, • une activité de Recherche & Développement (R&D) au sein de programmes de R&D nécessitant ces nouvelles approches de génomique à haut débit: identification de biomarqueurs (3 brevets, > 100 publications), développement technologique (protocoles de microgénomique et bases de données) Offre de services ProfileXpert fournit des services suivants: • Analyse du Transcriptome, (cRNA et ncRNA, variants d'épissage, nouveaux transcrits, petits ARN (sn, miRNA) • Analyse du génome (Séquençage de novo, reséquençage, amplicons, génotypage et analyse de CNV, LOH, SNP) • Analyse de l’Epigénome et du Régulome (ChIPchip, ChIPseq, MeDIPchip, MeDIPseq, BS, RRBS, beadarrays après traitement bisulfite) • Séquençage de Génomes et Métagénomes Associés à ces services, ProfileXpert fournit également des services support de: • Microdissection laser par CLM • Etablissement de lignées lymphoïdes • Préparation des échantillons • Capture et Enrichissement de régions : exons, groupe de gènes spécifiques, génomes viraux. • Aqcuisition et traitement des données (analyses bioinformatiques, biostatistiques, modélisation, réseaux d'interaction, base de données) Conditions d’accès La plateforme ProfileXpert est ouverte à l'ensemble des chercheurs et industriels de l'inter-région Auvergne Rhône- Alpes, voire à des équipes extérieures qui seraient associées à des projets scientifiques Equipements PREPARATION D'ECHANTILLONS acides nucléiques et librairies: bioanalyzer 2100, Nanodrop, Fluorometer Qubit, Qiacube, Fastprep, Tissue lyser, NucliSENS easyMAG + Experion, thermocyclers (4), sonicateur bioruptor (Diagenode) DECOUVERTE DE BIOMARQUEURS Puces : Station iScan/beadarray (Illumina), Plate-forme Agilent pour étude des puces d’expression et de CGH- arrays, Station GeneChip® Fluidics Station 450 (Affymetrix), Scanner GeneChip® Scanner 3000 7G (résolution des puces SNP array 6.0 et tiling) (Affymetrix, Inc), Access array (fluidigm) Sequenceur NGS : Séquenceur Hiseq 2500 Illumina et Séquenceur MiSeq illumina, MICRODISSECTION LASER Microdissecteur laser Arcturus pixcell II + cryostat VALIDATION DE DONNEES PCR en temps réel et PCR en multiplex : QRT-PCR Lightcycler (Roche), TLDA 7900 Applied microfluidique (Applied Biosystem), CFX 96 Real time PCR biorad, Luminex Flexmap 3D ANALYSE DE DONNEES Logiciels: GeneSpring, Ingenuity IPA, dCHIP, Genotyping console, TAS, Pathway studio, Partek + Serveur HP 48To mémoire 8 coeurs Moyens biologiques Infrastructures spécifiques Description
  11. 11. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com PARCC-ARA Plateforme d’Aide à la Recherche Clinique en Cancérologie en Auvergne Rhône-Alpes Domaine d’expertise Méthodologie des essais cliniques, conception, analyse statistique, gestion de données, qualité des études cliniques Labellisation : Ligue Nationale Contre le Cancer Responsable David PEROL evelyne.gauthier@lyon.unicancer.fr Situation 28 rue Laënnec 69373 Lyon Cedex 8 Site web http://www.parcc-plateforme-lncc.fr/ La PARCC est une structure multi-institutionnelle dont la finalité est de soutenir la recherche clinique en Cancérologie des régions Auvergne et Rhône-Alpes. Fondée en 2004, grâce au soutien de la Ligue Nationale Contre le Cancer, la PARCC : • a établi un partenariat inter-régional réunissant toutes les structures concernées par la recherche clinique en cancérologie en Auvergne & Rhône-Alpes • anime l'axe de recherche clinique du Cancéropôle Lyon Auvergne et Rhône-Alpes (CLARA) • dispose de ressources humaines et d'une expertise méthodologique et logistique qu’elle met à disposition des porteurs de projets de recherche clinique des régions Auvergne et Rhône-Alpes. Offre de services • Soutien méthodologique, statistique et logistique pour la recherche clinique en cancérologie à des institutions partenaires • Aide à la soumission des projets aux différents Appels d'Offres nationaux (PHRC-K, PRME-K, INCa, LNCC, ARC...) • Aide à la formation en recherche clinique et à la promotion de manifestations scientifiques • Aide à la valorisation et à la publication des essais cliniques (traduction, medical writing) Conditions d’accès Investigateurs : •des différentes institutions prenant en charge le cancer •du secteur public ou du secteur privé •des régions Auvergne & Rhône-Alpes Equipements La PARCC a été labellisée en tant que Centre de Traitement des Données par l'INCa en 2007 ; elle met ainsi à la disposition des porteurs de projets des solutions techniques et logistiques en termes de gestion des données cliniques et biologiques, et d'analyse statistique. Moyens biologiques NA Infrastructures spécifiques NA L’activité opérationnelle de la PARCC est structurée autour de deux entités opérationnelles : le Comité de Pilotage et le Comité Méthodologique, soutenu par des experts cliniciens si besoin, au service des investigateurs des structures partenaires (à noter que la PARCC n’est pas promoteur des études cliniques au sens de la loi ; les centres partenaires sont les promoteurs). Description
  12. 12. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com EUCAN Observatoire Européen du Cancer Domaine d’expertise épidémiologie, incidence, mortalité, prévalence, cancers, Europe Réseau Organisation Mondiale de la Santé (OMS) Responsable Jacques FERLAY ferlay@iarc.fr Situation Centre International de Recherche sur le Cancer - 150 Cours Albert Thomas 69372 Lyon CEDEX 08 Site web http://eco.iarc.fr/EUCAN/Default.aspx Le but d’EUCAN est de diffuser l'information sur l’impact du cancer dans chaque pays européen à l'aide d'un site Internet facile à utiliser et en langue Française. EUCAN présente les estimations nationales de l'incidence, de la mortalité et de la prévalence par types de cancer et par pays d'Europe depuis 2006. La première version du site EUCAN a été lancée en mai 2009 avec le soutien du CLARA et la Commission européenne. Elle regroupait les estimations pour l'année 2008. La dernière mise à jour du site web présente les dernières estimation pour l'année 2012. Ces estimations sont effectuées à l'aide des données d'incidence collectées par les registres du cancer en Europe membres du "Reseau européen des registres du cancer" (ENCR) et en utilisant les données de mortalité nationales disponibles à l’OMS à Genève. Le site web http://eco.iarc.fr/EUCAN/Default.aspx est administré par le Centre international de Recherche sur le Cancer. Offre de services Les estimations nationales pour l'année 2012 par type de données (incidence, mortalité, prévalence) par sexe (homme, femme, deux sexes confondus) par cancer (25 types de cancers) ou par pays (40 pays d'Europe) sont disponibles sur le site web sous forme d'histogrammes, de camemberts, de tableaux ou cartes avec données exportables. Le nombre de nouveaux cas de cancer (incidence), de décès par cancer (mortalité) ou de cas prévalent à un, trois ou cinq années ainsi que des taux standardisés sont présentés soit par type de cancer (fiches cancer), soit par pays (fiches pays). Enfin, un glossaire, un guide utilisateur et des liens vers les sources de données sont également disponibles sur le site. Conditions d’accès Site internet avec accès gratuit Equipements Le site Internet est hébergé et administré par le Centre international de Recherche sur le Cancer (CiRC) au sein du service des technologies de l’information. Les estimations sont effectuées au sein de la section "données du cancer". La méthodologie et les résutats sont publiés dans des revues scientifiques (European Journal of Cancer). Moyens biologiques Infrastructures spécifiques EUCAN est une des composantes du site "European Cancer Observatory" (http://eco.iarc.fr), qui présente également les données collectées par les registres du cancer en Europe (EUREG), ce qui améliore encore la visibilité des estimations nationales effectuées grâce au soutien du Clara. Description
  13. 13. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com Plateforme de cytométrie de flux Domaine d’expertise cytométrie de flux, tri cellulaire, cytokine, immunomonitoring Réseau Accord de fonctionnement avec la plate-forme de microscopie photonique et Imagerie cellulaire de l'IAB Labellisation : Labellisation IBISA Effectif : 0 Responsable Christian VILLIERS christian.villiers@ujf-grenoble.fr Situation Institut Albert Bonniot, INSERM/UJF/U823 Rond point de la Chantourne 38700 La Tronche Site web http://www-iab.ujf-grenoble.fr/plf_d.php?b=2&c=23&i=12 La plate-forme de cytométrie du CR Inserm/UJF (U823) est dédiée à l’analyse et au tri de populations cellulaires sur des critères de taille, granulométrie et fluorescence. La coordination du plateau est assurée par Christian Villiers, soutenu par Mylène Pezet (responsable technique). Un comité de pilotage formé de membres des équipes utilisatrices se réunit au moins une fois par an pour analyser le fonctionnement et l'évolution de la plate-forme. Des exposés scientifiques sont réalisés au cours de ces réunions afin de promouvoir les avancées scientifiques permises par ces équipements. Offre de services La plateforme assure les prestations suivantes : Détection de molécules de surface et intra-cellulaires Analyse du cycle cellulaire. Quantification de la prolifération cellulaire Détection de l'apoptose/nécrose Détection de cytokines intra-cellulaires Quantification des cytokines dans les surnageants de culture (Cytometric Bead Array ) Numération cellulaire Le service assure également les missions suivantes : Gestion de l’utilisation des équipements Formation des utilisateurs, assistance et conseils sur l’utilisation des appareils Diffusion du savoir-faire, formation théorique et pratique Conditions d’accès sur rendez-vous pour les personnes non formées à l'utilisation des appareils et via un planing informatisé pour les autres. La plate-forme est ouverte aux utilisateurs extérieurs à l'Institut. Equipements 1 analyseur C6 (BD-Accuri) 1 FACS Aria (BD) 1 LSRII (BD) Description
  14. 14. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com Plateforme Détection moléculaire in situ Domaine d’expertise immunohistochimie, FISH, CISH, extraction ADN/ARN, immunomarquages, extraction nucléotides, investigations des banques de tumeurs Réseau INSERM U823 Centre de recherche Albert Bonniot ; CHU Albert Michallon Departement DACP Labellisation : INSERM, IBISA Effectif : 0 Responsable Elisabeth BRAMBILLA ebrambilla@chu-grenoble.fr Situation Rond point de la Chantourne 38700 La Tronche Site web http://www-iab.ujf-grenoble.fr/plf_d.php?b=2&c=23&i=63 Cette plateforme technologique a pour objectif spécifique la détection des protéines in situ par immunohistochimie, des acides nucléiques (ARN, ADN) par FISH, (hybridation in situ fluorescente), CISH (hybridation in situ chromogénique) et SISH. La plateforme dispose également des outils nécessaires pour l’extraction ADN, ARN, miRNA à partir de coupes tissulaires macro- disséquée ou non et des équipements pour contrôler la quantité et la qualité des extraits tissulaires obtenus. Offre de services Cette plateforme technologique a été optimisée pour l'analyse immunohistochimique de plus de 500 protéines différentes et représente sur le site la seule plateforme d'investigation de nouvelles molécules anticorps proposées par les laboratoires privés ou publics incluant les équipes du CR-IAB. Cette plateforme représente un continuum de fonctionnement entre soins et patients, validation et détection de nouveaux biomarqueurs. La totalité de la mise en évidence des protéines à visée diagnostique, thérapeutique ou dépendante des signatures moléculaires qui font partie des voies de signalisation étudiées par les équipes du CR-IAB sont investiguées et validées sur cette plateforme. Conditions d’accès Equipements 1 Automate Ventana Discovery et, 3 Modules Ventana Benchmark XT permettant la réalisation de technique IHC et CISH automatisée, 1 hybridizer, 4 Cryostats, 1 Automate Pathos d’inclusion rapide à effet micro-ondes, 1 Tissu arrayeur de type Beetcher destiné à la préparation des tissus microarrays, 1 magnalyser (broyeur de tissu pour extraction ADN /ARN), 1 thermomixer, accès à un nanaodrop et bioanalyser Agilent Moyens biologiques La plateforme est adossée a une tumorothéque labellisée de tumeurs pulmonaires, cérébrales et lymphomes Elle est chargée des evaluations tissulaires sur ces prélévements. Infrastructures spécifiques La plateforme opére l'analyse des tissus de modéles murins dans le cadre de l'INSERM (Institut Albert Bonniot). Description
  15. 15. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com PROMETHEE Plateforme de protéomique Prométhée Domaine d’expertise protéomique, phosphoprotéome, acétylome, identification de biomarqueurs Réseau Labellisation : IbiSa Effectif : 10 Responsable Michel SEVE michel.seve@ujf-grenoble.fr Situation Institut de Biologie et Pathologie, CHU Grenoble, CS 10217 0 Grenoble Site web www.proteomique.fr PROMETHEE est une plateforme de protéomique médicale localisée au cœur du pôle Santé, dans l'enceinte du CHU de Grenoble. La plateforme est également rattachée à l'Institut Albert Bonniot (UJF / INSERM U 823) spécialisé dans la recherche sur le cancer du poumon. La plateforme a développé son expertise dans la maitrise des techniques innovantes en protéomique tels que le fractionnement peptidique par OFF-GEL et la quantification par iTRAQ, ainsi que dans la recherche de biomarqueurs et des mécanismes fondamentaux biologiques à travers l'analyse protéique de liquides biologiques (plasma, lavage bronchique,...) ou de cellules. Offre de services Nous vous proposons des prestations répondant à vos besoins, de la vérification de l'identité d'une protéine purifiée à l'analyse de l'effet de drogues sur le contenu protéique de vos cellules. De nombreuses applications sont possibles, tels que: Contrôle de l'identité de protéines, Etude de modifications post-traductionnelles (principalement phosphorylation et acétylation), Caractérisation de protéines, Identification de biomarqueurs à partir d'échantillons cliniques, Cartographie protéique, Analyse différentielle et quantitative, Investigation de mécanismes pathologiques, Analyse et intégration des données en vue d'une approche systémique Conditions d’accès Evaluation de la faisabilité sur demande Equipements LC préparative U3000 Dionex Robot pour la préparation d'échantillons et la digestion tryptique (EVO 150, Tecan) 3 NanoHPLC U3000 (Dionex) Robot spotter pour plaques MALDI (Probot, Dionex) Spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF 4800 (AB Sciex) Spectromètre de masse ESI-QTRAP 4000 (AB Sciex) Systèmes informatiques et programmes bioinformatiques Description
  16. 16. Annuaire des Plateformes – CLARA – 1er sem. 2014 Cancéropôle Lyon Auvergne Rhône-Alpes http://www.canceropole-clara.com OPTIMAL Plateforme d'imagerie optique du petit animal Domaine d’expertise Oncologie, thérapie ciblée du cancer, drug delivery, nanoparticules, angiogénèse Réseau France Life Imaging Labellisation : IbiSa Effectif : 4 Responsable Veronique JOSSERAND veronique.josserand@ujf-grenoble.fr Situation Institut Albert Bonniot, BP170 La Tronche 38042 Grenoble cedex 9 38042 Grenoble cedex 9 Site web http://www.imagerie-grenoble.fr/ Au sein de l’équipe «Thérapie ciblée, diagnostic précoce et imagerie du cancer» dirigée par le Dr Jean Luc Coll de l’INSERM U823, l’équipe OPTIMAL s’est développée sous la direction du Dr Véronique Josserand pour promouvoir l’innovation technologique et méthodologique dans le domaine de l’imagerie optique du petit animal. OPTIMAL permet à l'ensemble des chercheurs du monde académique ou industriel d'avoir accès à des méthodes d'imagerie sophistiquées, sous la forme de projet collaboratifs ou de prestations de service prises en charge par du personnel hautement spécialisé. Offre de services Etudes pharmacocinétiques de biodistribution in vivo Nombreuses lignées cancéreuses bioluminescentes Développement à façon de lignées cancéreuses bioluminescentes Nombreux modèles in vivo pour l’oncologie Evaluation de l’efficacité thérapeutique de candidats anticancéreux Imagerie de l’angiogénèse in vivo Imagerie per opératoire en fluorescence temps réel Evaluation de vecteurs pour la thérapie génique in vivo Suivi d’infections bactériennes, virales ou fongiques in vivo Conditions d’accès Prestations de services personnalisées, mise à disposition d'équipements, conseils, collaborations de recherche académiques / industrielles Equipements Imagerie de bioluminescence in vivo Imagerie de fluorescence 2D in vivo en temps réel aux longueurs d’ondes de 480 à 800 nm Imagerie FRET in vivo Imagerie de Fluorescence 3D in vivo Imagerie de Fluorescence macroscopique à capacité de zoom de 1 à 1600x aux longueurs d’ondes de 360 à 750 nm Systèmes portatifs d’imagerie de fluorescence pour l’imagerie per opératoire des petits et gros animaux Imagerie microCT à haute résolution (<14 µm) Tous nos instruments sont équipés de systèmes d’anesthésie gazeuse et de maintien de température Moyens biologiques Nombreuses lignées cellulaires cancéreuses murines ou humaines exprimant la luciférase de façon stable. Nombreux modèles animaux de cancers murins ou humains implantés en sous cutané ou sur leur site naturel (orthotopique) ou sur leur site métastatique : Cancer primaire du poumon Cancer primaire mammaire métastasant au poumon, au cerveau, aux os Cancer primaire colorectal métastasant au foie Glioblastome Cancer primaire de la prostate Carcinose péritonéale (cancer ovarien) Mélanome Cancer du pancréas Infrastructures spécifiques Animalerie agréée pour l'hébergement des souris (y compris nudes et transgéniques) et des rats Description

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