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  1. 1. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Projet FSOV/SAM
  2. 2. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Les Partenaires ● INRA ● Clermont-Ferrand – Unité Génétique, Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC) [Coordinateur] ● MIG (!) ● ARVALIS - Institut du végétal ● UFS (Union Française des Semenciers)
  3. 3. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome L'objectif ● Le partage de connaissances entre partenaires en forme d'une... Base de Connaissances ● Base de données extraite de la bibliographie ● Vérifiée, testée par les experts & des expériences (ex . phénotypage) ● Mise à jour en continu
  4. 4. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome L'organisation ● En trois années ● Création de la base ● Validation ● ... ● MIG est impliqué surtout dans la phase 1 – création de la base
  5. 5. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Nos propres objectifs ● Moteur de recherche (AlvisIR) ● Aide à la recherche manuelle par les partenaires ● Permet le retour par les partenaires ● Ontologie ● Gène ● Marqueur ● Variété ● Caractère (phénotype)
  6. 6. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Notre Partie * l'étoile indique 'In progress/Coming' ● Extraction des articles à partir du web – Trouver – Récupérer – Transformer en texte ● TAL des articles – Définir les bons outils (lexiques, termes etc) ● Aide par des Experts ● Transformer l'information en Ontologie ● Créer une Base de Données
  7. 7. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Extraction d'Information à partir du Web [1] ● Collection: recherche par mots-clés ou par « Related/Citing » - offline , batch ● Web of Science – Thomson Reuters ● Web service pour les détails bibliographiques – Pas de liens vers les éditeurs/article – Identifient unique Thomson/Reuters ● « Article Match Retrieval » Service (xml toujours) – DOI/PupMed ID/etc – Liens vers la page normale de WoS
  8. 8. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Extraction d'Information à partir du Web [2] ● Récupérer le lien vers l'éditeur ● DOI : dx.doi.org ● PMID : google-scholar * ● UT : WoS (à voir) * ● Récupérer le pdf / html chez l'éditeur ● Transformer en texte * ● PDF – Acrobat / Pdftotext – Abbyy ● HTML ***
  9. 9. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Traitement du texte ● Utilisation d' AlvisNLP ● Les bons lexiques ● Utilisation des ressources disponibles : * – Données BIO: GrainGenes, MASWheat, SwissProt,... – Données Agro : GG,MASWheat, listes Arvalis, commerciales... ● Validation par les experts nécessaire * – mais pas donnée.... surtout pour les données type 'langue naturelle' + agronomiques
  10. 10. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Moteur de Recherche [1] ● Utilisation d' AlvisIR ● Recherches par mots-clés, catégories, … - online* ● Résultats avec « valeur ajoutée » ● Snippets, étiquettés et coloriés ● Lien vers la source ● Structures et statistiques extraites ● Question des privilèges des utilisateurs (partenaires) *
  11. 11. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Moteur de Recherche [2] ● Adaptation d'AlvisIR * ● Info biliographique ● Structures/champs pertinents ● Autres idées bienvenues ● Retour par les utilisateurs * ● Validation/ évaluation des résultats par les utilisateurs – Utilisation de cette information (?)
  12. 12. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Ontologie ● La même nécessité des lexiques et validation ● PLUS : ● Relations entre les termes à – Définir à la main * – Donner par les experts * – Apprendre * – Valider par les experts * ● Interface appropriée
  13. 13. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Base de Données ● A voir … **** ● Questions de caractère – Informatique – Administratif – Pratique – De stratégies / préférences des partenaires
  14. 14. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Prochaines Étapes ● L'utilisation et verification de la base de connaissance par les partenaires
  15. 15. Dialekti Valsamou ~ 17 Février 2011 Réunion Équipe Bibliome Merci de votre patience ! D'autres questions ?

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