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Mendeley
logiciel de gestion des références
bibliographiques

francoismagnan@gmail.com
http://www.francoismagnan.info

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Plan
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générale
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b) Capture de références
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Introduction
Mendeley : présentation générale
◦ Permet de capturer gérer insérer les
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et documents, traitement annotation
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◦ Site, réseau social : visibilité
◦ Capture des références en ligne puis
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En ligne : clic sur Web importer : capture de la page
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Lecteur PDF pour annoter et surligner
les passages
 Navigateur d'annotation dans lecteur
PDF

Exercices
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 Annoter surligner un pdf, remarquer le
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documents PDF pour les renommer
automatiquement
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d) Insertions dans le traitement
de texte
Styles bibliographiques
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grâce au langage CSL, format libre
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groupes
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Traitement de texte
Tools Install pour installer plugin
 Word 2007 : ruban références
 Insert citation, recherche
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Exercices
Insérer trois citations
 Insérer la bibliographie
 Modifier une citation
 Modifier le style
 Dans Mendeley, ...
Editeur de style visuel
Mendeley
Mendeley propose env. 2800 styles
 Exigences des revues scientifiques
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Editeur de style visuel
Mendeley
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Partir d’un style existant pour le
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2 / En ligne
a) Fonctions sociales :
gratuit, payant, public, privé
b) Groupes de travail
a) Fonctions sociales :
gratuit, payant, public, privé
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

Flux d’activité de vos
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Groupes


Trouver des groupes de travail publics
People
Editer le profil
Réglages profils

Réglages importants : qui verra votre
« profil » (CV, publications, etc.)
a) Ce qui est gratuit ou payant, ce
qui est public ou privé
compte gratuit/compte payant
Stockage gratuit 2 gigas
 Moins cher des comptes payants 5
euros par mois : stockage total 5...


Synchronisation pas automatique :
clic sur Sync Library pour que
captures en ligne parviennent en local
ou pour que les...
Ce qui est public, visible à tous
Informations que vous placez sur
votre profil
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Ce qui est privé
Groupes privés
 Bibliothèque
 Messagerie
 Dashboard, flux d'information
 Onglet People, recherche de ...
b) Groupes de travail
Les groupes de travail permettent la
collaboration et le partage de
documents dans un cadre privé
 Si publics seules les ...
Créer un groupe : panneau de gauche
 Page overview sur le logiciel, page en
ligne indique activités du groupe
 Pour ajou...
Ensemble des annotations apparaît
dans un volet qui permet navigation
 Possibilité d'exporter le PDF annoté
via le menu f...
c) Le catalogue de recherche
Accessible à tous sur l'onglet papers
près de 34 millions de document ou
références
 Constitués de doc. mis en ligne dans...
Recherche avancée filtrage par type
de document et auteur
 Recherche simple donne aussi de
bon résultats sur un mot
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Pour chaque résultat un nombre de
lecteurs est précisé
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III PERSPECTIVES
A/ MENDELEY ACHETÉ
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Opportunité de
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Faits 1
Avril 2013 : l’éditeur Elsevier achète
Mendeley pour la somme de $69M$100M selon Techcrunch
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Faits 2
Elsevier possède les outils Scopus et
ScienceDirect
 Scopus : base de données scientifique
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Engagements de Mendeley
« L'espace de stockage est doublé : le
compte gratuit Mendeley dispose de
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Engagements de Mendeley
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utilisateurs « nous continuerons à
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Interopérabilité des outils
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◦ Exportation des données et...
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III PERSPECTIVES
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Mendeley installé au niveau d’un
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revues scientifiques (Swets =
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Pour les chercheurs : accès à la
version pro de Mendeley en
association avec l’accès aux
abonnements
 Pour les
bibliothéc...
Accès à des statistiques de lecture et
de publication
 Lecture : quelles sont les revues les
plus lues, les revues dans l...
Visibilité des lacunes dans les
collections : les titres consultés par les
chercheurs et absents des collections
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Mendeley gestion de bibliographies et réseau social scientifique

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Mendeley gestion de bibliographies et réseau social scientifique.
Support pour les stages : Urfist de Toulouse le 14/11/2013
Obsevatoire Midi Pyrénées le 20/11/2013.
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  1. 1. Mendeley logiciel de gestion des références bibliographiques francoismagnan@gmail.com http://www.francoismagnan.info Support pour les stages : Urfist de Toulouse le 14/11/2013 Observatoire Midi Pyrénées le 20/11/2013
  2. 2. Plan Introduction : Mendeley : présentation générale I En local a) Présentation de l’interface b) Capture de références c) Capturer les documents, traitement du pdf d) Insertions traitement de texte II En ligne a) Fonctions sociales : gratuit, payant, public, privé b) Groupes de travail c) La catalogue de recherche III Perspectives
  3. 3. Introduction Mendeley : présentation générale
  4. 4. ◦ Permet de capturer gérer insérer les références bibliographiques et documents, traitement annotation des PDF ◦ Logiciel propriétaire, gratuit Windows Macintosh et Linux ◦ En anglais ◦ Smartphone, tablettes : apps IOS et Android ◦
  5. 5. ◦ Site, réseau social : visibilité ◦ Capture des références en ligne puis passent en local si synchro. ◦ Catalogue de recherche (millions de références) ◦ Groupes de travail : partage, annotation pdf ◦ Ouvrir un compte est obligatoire En ligne : 2 giga gratuit bibliothèque + 500 mega gratuits groupes de travail
  6. 6. ◦ 2008 : Initiative de deux doctorants allemands et d'un développeur anglais : prototype ◦ Un investisseur de LastFM : lancement de la version beta publique début 2009 ◦ Juillet 2011 : première version non beta ◦ Investors & Advisers : aujourd’hui viennent de Last.fm, Skype, Warner, aussi
  7. 7. Eté 2012 : 2 millions utilisateurs, 270 millions documents chargés par utilisateurs, 65 millions documents uniques.  Parmi les utilisateurs : 30 % sciences biomédicales  20 % sciences de l'ingénieurs, informatique, technologies de l'information,  20 % sciences sociales humaines 
  8. 8. 1/ En local De la capture à l’insertion des références
  9. 9. a) Présentation de l’interface Et des dossiers
  10. 10. Interface 3 panneaux 3 1 2 1/ Bibliothèque et dossiers  2/ Eléments du dossier sélectionné  3/ Informations bibliographiques de l’élément sélectionné 
  11. 11. Organisation des dossiers  Recently added, Favorites, needs review : permet de « distinguer » des références  Dossier My Publications : permet aux auteurs de mettre en ligne leurs articles sur leur page profil personnel
  12. 12. Modifier les références  Le 3ème panneau indique le type du document (livre ou chapitre de livre, article de revue, thèse, page web etc : 20 types)  Ainsi que les autres informations bibliographiques
  13. 13. b) Capture de références
  14. 14. Installation du Web Importer  Le faire glisser dans la barre de favoris du navigateur
  15. 15. Liste de sites compatibles
  16. 16. Utiliser le Web Importer Sur la page web contenant une liste de résultats : clic sur le bookmarklet… …Dans l’onglet qui s’ouvre clic sur “import” afin d’importer les référence de votre choix
  17. 17. Utiliser le Web Importer Sur une page web contenant un et un seul résultat Plus de possibilités : classement dans un dossier, tags, n otes, enregistre ment de lapage
  18. 18. Mendeley : utiliser le Web Importer View in your Mendeley Library permet de compléter l’édition de la référence directement dans la bibliothèque
  19. 19. Mendeley : utiliser le Web Importer Après avoir cliqué sur View in your Mendeley Library La référence bibliographique peut être complétée directement dans l’interface web
  20. 20. Mendeley : utiliser le Web Importer  Dans Mendeley desktop (le logiciel, en local) il faudra synchroniser pour que les captures du web importer apparaissent
  21. 21. Mendeley : quand le site n’est pas compatible Clic sur le Web Importer enregistrera une copie de la page  Dans Mendeley desktop : Add Documents puis Add Entry Manually (pour entrer manuellement les références) 
  22. 22.      Exercices : Si sur un catalogue, la liste de résultats ne peut être récupérée, essayez d’importer depuis un résultat sur sa propre page 1/ Sur Pubmed, recherches sur le terme de votre choix (par exemple paleontology) en choisissant le catalogue PMC. En simultané, récupérer les PDF. 1/ Science direct : 3 références de votre choix 2/ Réfdoc : 3 références de votre choix
  23. 23. 3/ Nature : ajouter 3 références de votre choix revue Nature  4/ Catalogue Mendeley : 3 références  5/ Catalogue du Sudoc : 3 références  6 / Comment faire sur un site non compatible : Archipel http://catalogue.biu-toulouse.fr/ 
  24. 24. c) Capturer les documents, les PDF Traitement des PDF
  25. 25. Mendeley : capturer les documents En ligne : clic sur Web importer : capture de la page html, ou du PDF affiché par le navigateur si Mendeley peut récupérer ses métadonnées  En local : faire glisser les documents dans Mendeley (tous les formats)  En local : menu Add Document  ◦ Add file : ajout de fichier un par un ◦ Add folder : ajout des pdf (seuls les pdf) d’un dossier ◦ Watch folder : surveillance permanente d’un dossier et ajout automatique des fichiers pdf qu’il contient ◦ Dès qu’un PDF est ajouté, Mendeley – lorsque c’est possible - en extrait les métadonnées
  26. 26. Lecteur PDF pour annoter et surligner les passages  Navigateur d'annotation dans lecteur PDF 
  27. 27. Exercices Récupérer le dossier articles PDF  Annoter surligner un pdf, remarquer le navigateur d’annotations et l’export des annotations 
  28. 28. Dans Mendeley, clic droit sur des documents PDF pour les renommer automatiquement  Module pour classer renommer les documents PDF dans un dossier externe  ◦ ◦ ◦ ◦ ◦ Tools/Option/File Organizer choisir les paramètres de classement Folder Path nom de dossier Filename : noms de fichiers => Faites un dossier avec les PDF, dossiers : nom revue, fichiers : avec
  29. 29. d) Insertions dans le traitement de texte
  30. 30. Styles bibliographiques Sur Mendeley et Zotero, standardisés grâce au langage CSL, format libre élaboré selon les usages de présentation bibliographique utilisés par les revues scientifiques Liste de styles CSL mendeley http://www.mendeley.com/citationstyle s/
  31. 31. Les styles bibliographiques peuvent être séparés en deux grands groupes le système dit de « Vancouver » avec des citations numériques qui renvoient à un numéro d'apparition dans la liste bibliographique (classement par ordre d'apparition dans le texte)
  32. 32.  le système de « Harvard » avec des citations « auteur-date » : binôme (auteur + date) pour la citation dans le texte , références dans la liste bibliographique (par ordre alphabétique et chronologique).  http://infolit.be/LELiS/ch04s02.html d'après Bernard POCHET- Université de Liège
  33. 33.  http://infolit.be/LELiS/ch04s02.html  Bernard POCHET- Université de Liège
  34. 34. http://infolit.be/LELiS/ch04s02.html  Bernard POCHET- Université de Liège 
  35. 35. Styles numérotation : Les possibles insertions dans le traitement de texte (1) Numéro d’appel => inséré par icône « citation » Réf zone bas de page par ordre de numéro => insérée par icône « citation » Bibliog. fin de document par ordre alphab. auteur => insérée par icône bibliography
  36. 36. Styles numérotation : Les possibles insertions dans le traitement de texte (1) Styles CSL avec numéro d’appel, références numérotées en zone bas de page et biblio finale classée selon ordre alpha. auteurs Modern Humanities Research Association Note with bibliography Chicago Manual of style (full note) Chicago Manual of style (note)
  37. 37. Styles numérotation : Les possibles insertions de dans le traitement de texte (2) Numéro d’appel => inséré par icône « citation » Bibliog. fin de document par ordre numérotation => insérée par icône « bibliography »
  38. 38. Styles numérotation : Les possibles insertions dans le traitement de texte (2) Styles CSL avec Numéro d’appel, (pas de références numérotées en zone bas de page) et biblio finale classée selon ordre apparition dans le texte IEEE Nature Journal Vancouver
  39. 39. Styles au format (auteur date) American Anthropological Association American Psychological Association 6th Edition Cell Chicago Manual of Style author date Elsevier’s Harvard Style (with titles) Modern Langage Association
  40. 40. Styles auteur date : Les possibles insertions dans le traitement de texte Auteur et date => insérés par icône « citation » Bibliog. fin de document par ordre alphab. auteur => insérée par icône bibliography
  41. 41. Traitement de texte Tools Install pour installer plugin  Word 2007 : ruban références  Insert citation, recherche  ou Go to Mendeley et sélectionner la référence clic sur Send to citation  Insert bibliography  Changer de style avec menu style  Mise à jour : refresh 
  42. 42. Exercices Insérer trois citations  Insérer la bibliographie  Modifier une citation  Modifier le style  Dans Mendeley, changer le nom d’un auteur, puis mettre à jour le document 
  43. 43. Editeur de style visuel Mendeley Mendeley propose env. 2800 styles  Exigences des revues scientifiques pour les styles : prolifération avec différences minuscules  Mendeley dispose d’un éditeur visuel CSL en ligne pour les personnaliser  http://csl.mendeley.com/  Tutoriel : https://github.com/citation-styleeditor/csl-editor/wiki/User-guide-for-theCSL-Editor 
  44. 44. Editeur de style visuel Mendeley  Partir d’un style existant pour le personnaliser : soit recherche par nom dans l’éditeur, soit recherche par échantillon  Pour personnaliser, sélectionner un élément d'une citation, en modifier le format afin d'élaborer un nouveau style, l’enregistrer au format CSL, puis l’ajouter à Mendeley
  45. 45. 2 / En ligne a) Fonctions sociales : gratuit, payant, public, privé b) Groupes de travail
  46. 46. a) Fonctions sociales : gratuit, payant, public, privé
  47. 47. Dashboard  Flux d’activité de vos contacts, groupes
  48. 48. Groupes  Trouver des groupes de travail publics
  49. 49. People
  50. 50. Editer le profil
  51. 51. Réglages profils Réglages importants : qui verra votre « profil » (CV, publications, etc.)
  52. 52. a) Ce qui est gratuit ou payant, ce qui est public ou privé
  53. 53. compte gratuit/compte payant Stockage gratuit 2 gigas  Moins cher des comptes payants 5 euros par mois : stockage total 5 gigas jusqu'à 10 groupes privés  Compte payant : bénéficier de conseils de lecture d'articles personnalisés en fonction de la bibliothèque 
  54. 54.  Synchronisation pas automatique : clic sur Sync Library pour que captures en ligne parviennent en local ou pour que les annotations PDF en local soient prises en compte sur le compte en ligne  Afin de ne pas dépasser la limite de stockage : paramétrer par vous-même ce qui va être mis en ligne : sur un dossier clic droit Edit settings
  55. 55. Ce qui est public, visible à tous Informations que vous placez sur votre profil  => vous pouvez les rendre privées (My Account, privacy)  Catalogue  Groupes publics  Les profils publics 
  56. 56. Ce qui est privé Groupes privés  Bibliothèque  Messagerie  Dashboard, flux d'information  Onglet People, recherche de profils 
  57. 57. b) Groupes de travail
  58. 58. Les groupes de travail permettent la collaboration et le partage de documents dans un cadre privé  Si publics seules les références peuvent être partagées  Si privés document notamment PDF peuvent être partagés et annotés en commun  Participants doivent posséder un compte  Possibilité 10 membres 5 groupes max. 
  59. 59. Créer un groupe : panneau de gauche  Page overview sur le logiciel, page en ligne indique activités du groupe  Pour ajouter document au groupe simplement le faire glisser  Possibilité annoter surligner le document une couleur par personne 
  60. 60. Ensemble des annotations apparaît dans un volet qui permet navigation  Possibilité d'exporter le PDF annoté via le menu fichier du lecteur PDF  Possibilité d'exporter les annotations seules  Sur le document exporté les noms des différents commentateurs seront distincts 
  61. 61. c) Le catalogue de recherche
  62. 62. Accessible à tous sur l'onglet papers près de 34 millions de document ou références  Constitués de doc. mis en ligne dans le dossier my publications par les utilisateurs  Aussi documents scientifiques crawlés par Mendeley  Références issues de sites d'éditeurs 
  63. 63. Recherche avancée filtrage par type de document et auteur  Recherche simple donne aussi de bon résultats sur un mot  Possible restreindre la recherche aux documents en accès libre et gratuit  Documents trouvés peuvent être sauvegardés directement dans la bibliothèque 
  64. 64. Pour chaque résultat un nombre de lecteurs est précisé  => Outil garde des statistiques de lecture qui sont anonymes  Résultats peuvent être partagés sur les réseaux sociaux Facebook Twitter  A côté d'un résultat conseil de document similaire et statistiques de lecture comme pourcentage de lecteurs par discipline scientifique 
  65. 65. III PERSPECTIVES A/ MENDELEY ACHETÉ PAR ELSEVIER Opportunité de développement ou menace ?
  66. 66. Faits 1 Avril 2013 : l’éditeur Elsevier achète Mendeley pour la somme de $69M$100M selon Techcrunch  Les 50 membres de l’équipe de Mendeley rejoignent les 7000 employés d’Elsevier.  Or Elsevier critiqué pour ses pratiques de prix excessives 
  67. 67. Faits 2 Elsevier possède les outils Scopus et ScienceDirect  Scopus : base de données scientifique de citations et de résumés bibliographiques  ScienceDirect donne accès payant à 11 million articles de 2,500 revues  SciVerse, un hub (point central) pour interroger les outils d’Elsevier, Scopus, ScienceDirect, etc. 
  68. 68. Engagements de Mendeley « L'espace de stockage est doublé : le compte gratuit Mendeley dispose de 2Go, Mendeley Plus et comptes MIE à 5 Go, et Mendeley comptes Pro à 10Go.  Mendeley promet qu’il y aura toujours une version gratuite. (comprendre accessible sans verser de l’argent à Elsevier) 
  69. 69. Engagements de Mendeley  Données toujours en possession des utilisateurs « nous continuerons à soutenir les standards ouverts et les formats de données pour l'importation et l'exportation et à veiller à leur portabilité »  Continuer à travailler avec les autres éditeurs, ne pas favoriser les contenus d'Elsevier sur son propre moteur de recherche et de recommandation
  70. 70. Interopérabilité des outils  « Scopus et ScienceDirect seront interopérable avec Mendeley : ◦ Exportation des données et document vers Mendeley facilitée ◦ Enrichies des données de Mendeley (recommandations, statistiques du lectorat)  Objectif : créer un « centre de découverte, un workflow et réseau de collaboration pour la communauté scientifique mondiale »
  71. 71. Perspectives Aujourd’hui Mendeley toujours gratuit, une offre plus intéressante : capacité de stockage dans le cloud.  Discours de Mendeley : promet de continuer à promouvoir une science plus ouverte et collaborative  Quid de l’avenir pour un petit outil adossé à un géant de l’édition scientifique ?  Fonctionnalités de Mendeley pas menacées actuellement, mais pourra t’on demain utiliser cet outil sans se lier à Elsevier ? 
  72. 72. III PERSPECTIVES B) MENDELEY INSTITUTIONAL EDITION Offre conjointe Mendeley Swets
  73. 73. Mendeley installé au niveau d’un établissement.  En liaison avec les abonnements aux revues scientifiques (Swets = entreprise de services d’abonnements) 
  74. 74. Pour les chercheurs : accès à la version pro de Mendeley en association avec l’accès aux abonnements  Pour les bibliothécaires/administrateurs : Tableau de bord : visibilité des revues dans lesquels les membres ont publiés, visibilité du lectorat de leurs publications 
  75. 75. Accès à des statistiques de lecture et de publication  Lecture : quelles sont les revues les plus lues, les revues dans lesquelles les chercheurs publient le plus  Combien d’articles de vos propres collections sont ajoutées aux bibliothèques virtuelles de votre institution les plus lues, ceux qui ne sont pas lus 
  76. 76. Visibilité des lacunes dans les collections : les titres consultés par les chercheurs et absents des collections  Comparer les statistiques de lecture des articles écrits par les chercheurs de votre institution par rapport aux autres institutions 
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