Un protocolo de seguridad define las reglas para comunicaciones diseñadas para soportar ataques maliciosos. Protegerse contra todos los ataques es costoso, así que los protocolos se diseñan considerando los riesgos. Algunos protocolos populares son IPsec, que provee seguridad a nivel de red; GRE, que se usa para crear redes virtuales; PPTP, que encapsula paquetes PPP en datagramas IP; y SSH, que usa claves públicas y privadas para autenticar usuarios y encriptar sesiones.