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1. Quel est l’aspect général de la molécule ? Combien y a-t-il de chaînes ? Quellesremarques pouvez-vous faire concernant ...
Comparer les chaînes deux à deux.3. Quelle conclusion définitive peut-on établir sur l’organisation des chaînes ?II. Compa...
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Mise en évidence de la structure des anticorps à l'aide de Rastop et Anagène

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  1. 1. TP 16 Organisation fonctionnelle des anticorps.Le vocabulaire (et non pas Le veau qu’a bu l’air…)Les antigènes (que l’on notera Ag) sont des substances macromoléculaires quidéclenchent une réponse immunitaire. La majorité de ceux-ci sont des protéines.Au sein de leur édifice moléculaire existent des portions spatiales, tridimensionnelles,appelées les déterminants antigéniques. Si ces molécules sont reconnues comme deséléments du “ non soi ”, comme éléments étrangers, elles vont déterminer la productionau sein de l’organisme de protéines spécifiques de forme exactement complémentaire decelle des déterminants antigéniques. Ces protéines sont appelées des anticorps (que l’onnotera Ac)Les Ac sont des protéines capables de se combiner spécifiquement à l’Ag qui a conduit àleur synthèse. Il existe donc en principe autant d’Ac que d’Ag.[note complémentaire : les “ soi ” possède aussi des Ag (cellules cancéreuses parexemple); tous les Ag ne sont donc pas étrangers]Problématique.On recherche ce qui, dans la structure d’un anticorps (= son organisation), expliquesa capacité à se lier spécifiquement à un antigène (= sa fonction).I. Organisation général d’un anticorps.Lancer le logiciel RASTOPCharger le fichier « AC-TOTAL.pdb »Choisir la représentation en rubansChoisir Colorer par chaîne
  2. 2. 1. Quel est l’aspect général de la molécule ? Combien y a-t-il de chaînes ? Quellesremarques pouvez-vous faire concernant ces chaînes ? Quelle est la nature moléculaired’un anticorpsEn positionnant le curseur sur une chaîne et en cliquant en un point quelconque de celle-ci trois informations sont disponibles en bas de l’écran :Le nom de la chaîne, la position et la nature de l’acide aminé au sein de la chaîne (iciTHR : la Thréonine)Ouvrir le menu Commande à partir de Editer ; dans la fenêtre qui s’ouvre tapez le scriptci-dessous :Après validation l’ensemble des acides aminés du type thréonine apparaissent (enmagenta bien sûr !) sur les différentes chaînes.Réalisez la même opération avec deux autres acides aminés de votre choix (en prenantdes couleurs différentes)[liste des couleurs disponibles : green, blue, greenblue, cyan, violet, orange, red,redorange, black, white, purple, magenta][liste des acides aminés et correspondance Abréviation – Nom à la fin du présentdocument]2. Appelez l’adulte, à priori responsable, qui doit déambuler dans la salle afin qu’il vérifiele résultat de votre travail.A partir des dispositions des différents acides aminés retenus, quelle remarque pouvez-vous faire sur l’organisation des chaînes dans l’anticorps étudié ?Lancer le logiciel ANAGENEOuvrir le fichier « anticorps-sida.edi », qui comme son nom l’indique est un anticorpsdirigé contre un antigène du VIH (virus du SIDA)
  3. 3. Comparer les chaînes deux à deux.3. Quelle conclusion définitive peut-on établir sur l’organisation des chaînes ?II. Comparaison des séquences polypeptidiques de différents anticorps.Toujours dans ANAGENE (mais il peut être judicieux de fermer les fenêtresprécédentes) ouvrir le fichier «differents-anticorps.edi »Ce fichier comprend d’une part, les séquences des chaînes lourdes :  d’un anticorps anti-GP120 (chaîne H1F58)  d’un autre anticorps anti-GP120 (chaîne H ACY).  d’un anticorps anti-GP 24 (1 NDL chaîne lourde).  d’un anticorps anti-GP 41 (1 E 6J chaîne lourde).et d’autre part les séquences des chaînes légères de ces mêmes anticorps.[Remarque : les chaînes lourdes correspondent aux chaînes longues et les légères auxcourtes]Comparer les chaînes légères puis les chaînes lourdes.1. Quelles constatations s’imposent ?2. Ce petit deux est inutile puisque cette activité ne donne lieu qu’à une seule question.III. Etude de la position des régions variables de la structure 3D de l’anticorps.Sur une molécule d’anticorps, les régions variables sont situées sur les deux branches duY.Hypothèse : la spécificité des anticorps est due à la partie variable.Si cela est vrai alors l’association entre l’antigène et l’anticorps doit se faire au niveaude cette partie variable.Les fichiers suivants que vous chargerez avec RASTOP montrent une partie d’unanticorps lié à son antigène.Fichiers : « 1ACY.pdb », « 1E6J.pdb » et « 1F58.pdb ».Utilisez les fonctionnalités du logiciel (la plupart ont été utilisées précédemment) pourvalider l’hypothèse (En clair, débrouillez-vous !) et expliquez votre démarche.BILAN : Présentez les caractéristiques structurales et fonctionnelles des anticorps.
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