1. Kenneth Devloo, 2e Ma CW:MMC Promotors: Philip Dutré Abram Aertsen Distributie en segregatie van cellulaire schade in bacteriële populaties

2. Inhoud Achtergrond/doel Uitdagingen Algoritme/tests Implementatie Bronnen Planning

3. Achtergrond/Doel Groei van populatiecellenvolgen Cellenautomatischtracken door videobeelden Filmpje Toepassing

4. Uitdagingen Wisselendekwaliteitbeelden Robuustheid Geen replica bestaandetoepassingen Gebruik van info verschillende frames voorsegmentatie

5. Algoritme/tests: Software Matlab Fiji Cellprofiler

6. Algoritme/tests: Algoritme Detectie Beschrijving Tracking Correctie

7. Algoritme/tests: Detectie Uitdagingen Beeldkwaliteit Overlap Achtergrond

8. Algoritme/tests: Detectie Preprocessing: wisselendekwaliteit/achtergrondtegengaan Bilateral Normalisatie Detectiemogelijkheden Regio: Morfologie Threshold Watersheds/Floodfill Level set snakes Edge: Canny Flexible hough Wavelet Cellenonderscheiden: tegen overlap Distance maps/Skeletonisation Gebruik van data verschillende frames

9. Algoritme/tests: Detectietests Thresholding Probleem: histogram Probleem: valse features Oplossing: achtergrondwegwerken Rolling ball algoritme Gray scale morphology

10. Algoritme/tests: Detectietests Bilateral filter Achtergrond/cellen smoothen met respect voor rand Grayscale morphology Donkereobjectenzoeken Kleinereobjectenelimineren Minder valse features Achtergrondelimineren Histogram meerbruikbaar Floodfill http://kenneththesis.wordpress.com/2010/12/22/preprocessing-thresholding1/

11. Algoritme/tests: Detectietests

12. Algoritme/tests: Beschrijving Uitdagingen Nietveelvariatie in 1 cel Omgevingverandert constant Beschrijving Omgeving met SIFT-’achtig’ Celzelf, distributie, breedte, lengte, hoek.. Positietovpopulatie (relatief) Lengte

13. Algoritme/tests: Tracking Uitdagingen Verschuivendebeelden Detectienognietzeker 100% correct Meerderepopulaties Tracking Alignment op achtergrond Correctie Kennis van gedeeldecellengebruiken in andere frame Geenbeslissing op algoritme

14. Implementatie C++ met openMP Qt openCL?

15. Implementatie: Tools Fast Bilateral filter (bestaande code) Morfologie op deel van afbeelding Normalisatie Threshold: iso-data Distance maps Skeletons Region Growing Region merging ->Vormanalyseren

16. Implementatie: Tools Fast Bilateral filter (bestaande code) Morfologie op deel van afbeelding Normalisatie

17. Implementatie: Tools Threshold: iso-data Distance maps

18. Implementatie: Tools Threshold op distance Region growing

19. Implementatie: Tools Distance per cel skeleton

20. Implementatie: Tools Distance per cel skeleton

21. Implementatie: Tools Growing

22. Implementatie: Tools Per celanalyse (omrekeingtehouden met variatie per afbeelding) Windowed Hoek Breedte Lengte ..

23. Implementatie: herbruikbaarheid Weinigafhankelijkheden van klasses Templates Documentatie : file://localhost/C:/Users/Kenneth/Desktop/master/html/index.html

24. Tekst Abstract Inleiding situering doel Theorie: zonder in te gaan op het probleem zelf de theorie(waaronder literatuurstudie dus) overlopen Image processing Detectie/beschrijving/tracking Enkele bestaande (deel-)oplossingen Algoritme Uit de theorie wordt een algoritme samen gesteld en verantwoord voor deze toepassing preprocessing/detectie Beschrijving/tracking Implementatie Technologie+motivering Back-end (algoritme) front-end (gui) Resultaten lineages, gui, verklaring van al dan niet goede resultaten Besluit

25. Bronnen Bestaandetoepassingen Implementatie/test Detection Description Tracking Tiff Vakken http://kenneththesis.wordpress.com/bronnen/

26. Planning Tragerdanverwacht 2e week febr.: beschrijving 25 februari: tracking Begin maart: correctie van gedetecteerdecellen Eindmaart/begin april: applicatie Half mei: tekst

27. Vragen? kenneththesis.wordpress.com