Suivi Cistude d'Europe - 2013 et 2014 - NE17

Bilan de deux années de suivi des populations de Cistude d’Europe Emys
orbicularis des étangs de La Goujonne (Montguyon, 17) et de La Clinette
(Neuvicq, 17)
2013 - 2014
Evaluation de l’impact de la LGV SEA
Rédaction/Validation : Nastasia WISNIEWSKI & Olivier ROQUES (Nature Environnement 17)
Analyse des données de CMR : Pauline PRIOL (consultante indépendante en suivis scientifiques)
Décembre 2014

Bilan de deux années de suivi des populations de Cistude d’Europe Emys
orbicularis des étangs de La Goujonne (Montguyon, 17) et de La Clinette
(Neuvicq, 17)
2013 - 2014
Evaluation de l’impact de la LGV SEA
Nature Environnement 17
Groupe Scolaire DESCARTES
Av. de Bourgogne, Port-Neuf
17 000 La Rochelle
La Rochelle, Décembre 2014
Rédaction/Validation : Nastasia WISNIEWSKI & Olivier ROQUES (Nature Environnement 17)
Analyse des données de CMR : Pauline PRIOL (Consultante indépendante en suivis scientifiques)

Bilan de deux années de suivi des populations de Cistude d’Europe Emys orbicularis des étangs de La Goujonne (Montguyon,
17) et de La Clinette (Neuvicq, 17) - Nature Environnement 17, 2014 2
Sommaire
Sommaire................................................................................................................................................ 2
Contexte de l’étude ................................................................................................................................ 3
Hypothèses et objectifs.......................................................................................................................... 4
Présentation de la Cistude d’Europe...................................................................................................... 5
Systématique....................................................................................................................................... 5
Description de l’espèce ....................................................................................................................... 5
Répartition........................................................................................................................................... 6
Biologie et écologie ............................................................................................................................. 8
Habitats ........................................................................................................................................... 8
Rythme d’activité ............................................................................................................................ 8
Reproduction................................................................................................................................... 8
Prédation......................................................................................................................................... 8
Alimentation.................................................................................................................................... 9
Statut de conservation et protection légale........................................................................................ 9
Présentation du site d’étude................................................................................................................ 10
Etang de la Goujonne ........................................................................................................................ 10
Etang de la Clinette ........................................................................................................................... 10
Matériel et méthode ............................................................................................................................ 12
Etude par capture-marquage-recapture........................................................................................... 12
Principe.......................................................................................................................................... 12
Matériel utilisé .............................................................................................................................. 12
Déroulement et effort de piégeage............................................................................................... 12
Marquage et mesures biométriques............................................................................................. 15
Etude des déplacements par radiopistage........................................................................................ 17
Principe.......................................................................................................................................... 17
Matériel......................................................................................................................................... 17
Nombre d’individus équipés ......................................................................................................... 17
Déroulement du suivi.................................................................................................................... 17
Analyse des résultats......................................................................................................................... 17
Données de capture-marquage-recapture.................................................................................... 17
Calcul des domaines vitaux ........................................................................................................... 18
Autres analyses statistiques .......................................................................................................... 18
Résultats................................................................................................................................................ 19
Etude par capture-marquage-recapture........................................................................................... 19
Bilan des captures : données brutes ............................................................................................. 19
Analyse des données de Capture-marquage-recapture : estimation de la taille des populations20
Structure démographique............................................................................................................. 21
Sex-ratio......................................................................................................................................... 22
Etude des déplacements par radiopistage........................................................................................ 23
Cartographie.................................................................................................................................. 23
Calcul des domaines vitaux ........................................................................................................... 28
Discussion.............................................................................................................................................. 30
Goujonne........................................................................................................................................... 30
Clinette .............................................................................................................................................. 31
Importance d’une réflexion à grande échelle ................................................................................... 32
Conclusion et perspectives................................................................................................................... 34
Bibliographie......................................................................................................................................... 36
Annexe 1 : Calendriers de réalisation 2013 et 2014 ............................................................................. 39
Annexe 2 : Calendrier prévisionnel 2015 .............................................................................................. 41

Contexte de l’étude
La Cistude d’Europe est une espèce protégée sur le territoire national et inscrite aux Annexes II et IV
de la Directive « Habitats-Faune-Flore » de 1992 (listant respectivement les espèces communautaires
dont la conservation nécessite la désignation de Zones Spéciales de Conservation et celles
nécessitant une protection stricte). Elle est de plus classée par l’UICN sur les Listes Rouges comme
« Vulnérable » (2009) au niveau européen et « Quasi menacée » sur le territoire de France
métropolitaine (2009). Enfin, elle est déterminante en Poitou-Charentes pour la création de Zones
Naturelles d’Intérêt Ecologique, Faunistique et Floristique et bénéficie d’un Plan National d’Actions.
La Charente-Maritime compte le plus grand nombre de données régionales avec des effectifs encore
importants et fonctionnels, notamment dans le Marais de Brouage et la Double saintongeaise.
De par ces enjeux de conservation majeurs, une étude initiale a été réalisée en 2006 sur deux sites
témoins impactés par le passage de la Ligne à Grande Vitesse Sud Europe Atlantique (étangs de la
Goujonne et de La Clinette) par Nature-Environnement 17, à la demande de RFF. Pour chaque étang,
les principaux objectifs étaient :
- d’évaluer la taille des populations,
- de connaître l’occupation du site et son évolution saisonnière,
- de localiser et caractériser des sites de ponte et d’hivernation,
- de proposer des mesures d’évitement, de réduction et de compensation d’impacts.
Réalisée avant la phase de construction de la LGV, cette étude constitue un état initial. Il s’agit, à
notre connaissance, du seul état initial aussi détaillé et précis concernant une espèce protégée
impactée par un tel projet. Les conclusions de ce rapport ont notamment permis des travaux de
restauration par COSEA (les 5 et 7 décembre 2012) de sites de pontes identifiés à l’époque sur les
marges de l’étang de la Goujonne.
Une nouvelle étude a été initiée en 2013 et reconduite en 2014. Réalisée pendant la phase de
construction de la ligne, elle constitue la suite logique de celle de 2006. Les objectifs sont :
- d’évaluer sur le long terme les éventuels impacts de la LGV SEA sur une espèce
emblématique, en application de l’article 23 de l’arrêté du 24 février 2012 portant
dérogation à la destruction des espèces protégées,
- d’évaluer la transparence écologique des ouvrages de franchissement mise en œuvre sur le
chantier de la LGV SEA pour l’espèce, comme stipulé dans les arrêtés « espèces protégées »
des 24 février et 21 décembre 2012.
La reproductibilité du protocole suivi en 2006 permet d’obtenir des données comparables dans le
temps et d’en tirer des conclusions objectives quant aux réels impacts des travaux et de la mise en
service de la ligne.

Hypothèses et objectifs
Les hypothèses de cette étude sont les suivantes :
- les perturbations occasionnées pendant la phase de construction et par la mise en service de
la ligne (impacts liés à la modification des corridors de déplacement et impacts ponctuels liés
aux vibrations, à la circulation des engins de chantier, des trains, etc.), entraînent une
modification des déplacements des individus et modifient ainsi les domaines vitaux utilisés
ainsi que la localisation des sites de ponte et d’hivernation,
- les perturbations occasionnées pendant la phase de construction et par la mise en service de
la ligne ont un impact négatif sur la survie, la taille, voire sur le sex-ratio des populations de
Cistude,
- les travaux de restauration réalisés sur les sites de ponte historiques de l’étang de la
Goujonne (figure 1) les rendent à nouveau attractifs et permettront leur utilisation à court
terme par l’espèce,
- les mesures d’accompagnement et de réduction mises en œuvre ont permis le maintien
d’une taille de population constante pendant la phase travaux,
- les mesures de compensation permettront le maintien à long terme d’une population
fonctionnelle dont les effectifs sur les étangs étudiés ne seront pas modifiés.
Figure 1 : Site de ponte et mares au sud de l’étang de la Goujonne avant (à g.) et après restauration (à d.)
Les objectifs sont donc de vérifier ces hypothèses en caractérisant les populations de Cistude. Afin
d’obtenir des données comparables à celles de 2006, il convient :
- de quantifier les effectifs présents au sein des étangs en appliquant la méthode de Capture-
Marquage-Recapture,
- de définir leurs domaines vitaux sur la base de l’analyse de données géographiques obtenues
par un suivi télémétrique d’un échantillon d’individus,
- de définir et de caractériser les sites de ponte et d’hivernation,
- d’évaluer l’efficacité des mesures d’accompagnement, de réduction et de compensation mis
en œuvre sur les étangs,
- d’évaluer les éventuels impacts de la LGV SEA.
Le présent rapport dresse le bilan de deux années de suivis : 2013 et 2014.

Présentation de la Cistude d’Europe
Systématique
Les Reptiles sont des vertébrés poïkilothermes, à peau écailleuse et sèche. En Europe, ils regroupent
les ordres des Chéloniens (tortues) et des Squamates (lézards et serpents). Si la plupart des Reptiles
ont des mœurs terrestres, quelques espèces sont plus ou moins inféodées aux milieux humides voire
aquatiques. En dehors des espèces marines, la Cistude d’Europe Emys orbicularis compte parmi les
Reptiles européens les plus aquatiques. Comme tous les Chéloniens, elle possède une carapace
formée d’un bouclier dorsal (dossière) et d’un plastron ventral. Ses mâchoires sont dépourvues de
dents et forment un bec corné.
Classification de la Cistude d’Europe
Règne : Animalia
Embranchement : Chordata
Classe : Reptilia
Sous-classe : Chelonii
Ordre : Testudines
Famille : Emydidae
Nom binomial : Emys orbicularis (Linnaeus, 1758)
Description de l’espèce
La Cistude d’Europe, tortue boueuse, tortue des marais ou localement « Fangearde », est une tortue
de couleur sombre. Sa carapace, hydrodynamique, est donc peu bombée. Elle est constituée par :
- le bouclier dorsal, variant du brun noirâtre au verdâtre en passant par le rougeâtre et le
grisâtre et parfois orné de points ou de raies de couleur jaunâtre,
- le plastron qui peut varier du jaune-vert marbré au brun-noir uni (figure 3).
Les pattes palmées sont munies de longues et fortes griffes et présentent généralement des bandes
ou macules jaunâtres. Le cou est allongé et le museau assez pointu possède un bec verdâtre à bords
coupants (figure 2). La queue est longue et effilée. Le dessus de la tête, brun, est piqueté de points
jaunes ou rayés de bandes jaunâtres.
Les yeux de la Cistude varient du jaune vif au
rouge orangé.
L’adulte mesure en moyenne de 138 à 160 mm
de longueur de dossière pour les mâles, et de
140 à 180 mm pour les femelles (DUGUY et al,
1998). Notons que chez le mâle le plastron est
légèrement concave, contrairement à la femelle,
chez qui il est plat. Cette configuration facilite le
chevauchement lors des accouplements.
Figure 2 : Photo de la tête d’une Cistude d’Europe

Figure 3 : Plastron (à gauche) et dossière (à droite)
Répartition
L’aire de répartition de l’espèce s’étend du nord de l’Afrique au sud, jusqu’à la Pologne au nord, du
Portugal à l’ouest jusqu’à la mer d’Aral en Asie centrale à l’est (figure 4). En France, l’espèce est
répartie de manière hétérogène sur les 2/3 sud du territoire. Elle est présente dans 11 régions :
Aquitaine, Auvergne, Bourgogne, Centre, Corse, Languedoc-Roussillon, Limousin, Midi-Pyrénées,
Poitou-Charentes, PACA, Rhône-Alpes.
Figure 4 : Distribution européenne de la Cistude d’Europe (sources : MNHN/SPN & SEH, 1997)

La Cistude d’Europe est signalée dans les quatre départements de Poitou-Charentes, bien qu’elle
n’ait pas été revue dans les Deux-Sèvres depuis son signalement par Michel Fouquet dans les années
80 dans les étangs de l’Argentonnais (figure 5). Les principaux noyaux de populations en Charente-
Maritime se trouvent désormais dans le Marais de Brouage et dans la Double saintongeaise. En
dehors de ces localités, sa répartition est de plus en plus fragmentée. Notons que la seule donnée
insulaire pour l’atlantique français est à attribuer à l’île d’Oléron où la première mention de l’espèce
remonte à 1904 (ALLENOU et al, 2001). En Charente, les populations du sud semblent être en
continuité avec celles de Charente-Maritime. La répartition actuelle de la Cistude semble être limitée
au sud d’une ligne Barbezieux à Montbron (THIRION et al, 1998). Pour la Vienne, une des premières
mentions remonte à la capture d’un individu dans le Clain par MAUDUYT en 1844. La seule population
connue bien établie semble être limitée aux étangs de la région de Montmorillon. Un important
travail d’actualisation des connaissances dans ce département permettra d’avoir une idée plus
précise de sa répartition. En dehors de ces localités, plusieurs mentions de Cistude en Poitou-
Charentes semblent être attribuables à la découverte d’individus épars sans doute échappés de
jardins (DUGUY et THIRION, 2002).
Figure 5 : Répartition de la Cistude d’Europe en Poitou-Charentes (Poitou-Charentes Nature, 2002)

Biologie et écologie
Habitats
La Cistude est une espèce aquatique, capable d’effectuer d’importants déplacements terrestres pour
la ponte, mais aussi au cours de déplacements d’un milieu aquatique à un autre. Elle fréquente des
zones humides variées : étangs, rivières, mares, marais d’eau douce à légèrement saumâtre, fossés,
canaux… Les nids de ponte sont généralement creusés sur des milieux ouverts, bien exposés, non
inondables et meubles (avec une prédilection pour les sols de nature sableuse ou argilo-limoneuse).
Il s’agit en général de prairies et pelouses sèches, mais aussi, par défaut, de digues, de surfaces
cultivées ou de chemins, dont la pente est orientée préférentiellement vers le sud.
L’espèce hiverne sous l’eau, dans des zones de végétation dense présentant une importante couche
de vase dans laquelle elle peut s’enfouir (cariçaies, roselières, queues d’étangs, mares forestières…).
La Cistude dépend donc d’une mosaïque d’habitats dont chaque élément est indispensable à
l’accomplissement de son cycle biologique. Pour se déplacer d’un milieu à un autre, elle utilise des
zones de transition : les corridors écologiques. Il peut s’agir de cours d’eau, de canaux, fossés, etc. ou
bien des milieux terrestres (notamment forestiers qui offrent couvert et protection).
Rythme d’activité
La Cistude d’Europe est un animal ectotherme (dont la température corporelle dépend de la
température extérieure). Elle utilise donc le soleil comme source de chaleur externe pour faire
fonctionner son métabolisme. En conséquence, son cycle de vie annuel est marqué par l’alternance
de périodes d’activité au printemps et en été, puis de périodes de ralentissement d’activité ou
d’hivernation en saison froide.
La saison d’activité débute en février-mars et se poursuit jusqu’en octobre-novembre. La sortie
d’hivernation est marquée par une courte période pendant laquelle les individus effectuent des
petits déplacements au sein du milieu d’hivernation. Les Cistudes se dispersent ensuite sur
l’ensemble de l’habitat disponible.
Reproduction
La Cistude a une longévité qui peut atteindre 120 ans en captivité (ROLLINAT, 1934).
Les individus acquièrent leur maturité sexuelle tardivement : 8-9 ans chez le mâle, 11-12 ans chez la
femelle (DUGUY et BARON, 1998).
Des accouplements ont lieu dès le mois de mars, même si la plupart interviennent en avril-mai. Ils
peuvent en réalité s’étaler tout au long de la période annuelle d’activité. Des couples (mâle
chevauchant une femelle) ont été observés dans le Marais de Brouage entre le 30 mars et le 8
octobre (Ibidem).
Les pontes ont lieu principalement entre fin mai et la première quinzaine de juillet selon la
température avec un pic au mois de juin. Il est possible pour des femelles de déposer leurs œufs en
deux fois (Ibidem). Ainsi une même tortue peut être observée en train de pondre à deux reprises
avec un mois d’intervalle (Ibidem). La femelle est capable de parcourir de quelques mètres à 4
kilomètres pour atteindre un site de ponte favorable. Elle dépose alors le plus souvent ses œufs au
crépuscule. Les cistudons éclosent au terme d’environ 90 jours d’incubation, autour de septembre.
Ils peuvent alors émerger directement ou passer la mauvaise saison au sein du nid, pour n’émerger
qu’au printemps suivant, en fonction des conditions météorologiques.
Prédation
Les pontes et les jeunes Cistudes peuvent être prédatées par les Renards Vulpes vulpes, les Sangliers
Sus scrofa, tous les Mustélidés, mais aussi par de nombreux oiseaux tels que les Corvidés (ROLLINAT,
1934 ; SERVAN, 1988).
Le taux de prédation des nids est variable et dépend intimement de la disponibilité de milieux
favorables à la ponte. De manière générale, la raréfaction des sites de ponte induit leur
concentration sur de faibles surfaces et un accroissement significatif de la prédation.

Une évaluation expérimentale du taux de prédation a eu lieu dans le marais de Saint-Sornin
(Charente-Maritime) par Guillaume BARON, René ROSOUX et Raymond DUGUY (2001) : des œufs de
caille de Chine ont été enfouis dans d’anciens nids de Cistudes répartis sur 4 sites de ponte. Cette
expérience a mis en évidence des taux de prédation variant de 33.3% à 100% suivant les sites, et sur
une période de 10 à 20 jours (G. Baron, obs. pers.). Dans le massif des Maures (Var), des pièges
photographiques ont montré que les pontes de la Tortue d’Hermann faisaient l’objet d’une
importante prédation de la part de la Fouine Martes foina et, dans une moindre mesure, du Sanglier,
du Blaireau Meles meles, du Renard, du Hérisson Erinaceus europaeus, du Rat surmulot Rattus
norvegicus et du Geai des chênes Garrulus glandarius (MADEC, 1997, MADEC, CHEYLAN, com.pers.).
En Camargue, on soupçonne le Putois Mustela putorius d’avoir consommé plus de 400 nids de
Cistudes en 2000 (CHEYLAN, com.pers.).
Alimentation
La Cistude est essentiellement carnivore, même si elle consomme de plus en plus d’aliments
d’origine végétale en vieillissant. Elle se nourrit de poissons morts, d’insectes aquatiques, de
crustacés et de mollusques. Elle peut aussi consommer des larves et adultes d’Amphibiens, des
poissons et alevins. Hors de l’eau, la Cistude s’attaque volontiers aux hannetons tombés sur le sol,
aux escargots, aux limaces, et aux vers de terre sortis après une bonne pluie (ROLLINAT, 1934). Des
cadavres de mammifères et oiseaux peuvent venir agrémenter son menu.
Statut de conservation et protection légale
Le déclin de la Cistude est un constat général à l’échelle du continent européen (HONEGGER, 1978 ;
CORBETT, 1989 ; FRITZ, 1996 ; PODLOUCKY, 1997). La Cistude aurait disparu de Suisse, Belgique et des
Pays-Bas. L’Autriche, l’Allemagne, la Pologne et la Tchécoslovaquie ne possèdent plus que des
populations relictuelles (PODLOUCKY, 1997). De beaux noyaux de populations sont encore présents en
France, Hongrie, Italie, et Espagne.
Malgré cela, en France, la situation de la Cistude est relativement préoccupante. Sa disparition ne
date pas d’hier, en effet, on peut citer comme exemple la Vendée où elle aurait disparu à l’époque
gallo-romaine (HAFFNER, 1994). D’après SERVAN (1986), l’espèce a disparu des marais de Meschers au
début des années 60 et est en voie de raréfaction dans les marais de Saint-Georges-de-Didonne et de
Royan (Charente-Maritime).
A l’époque préhistorique, elle était présente dans la majeure partie du territoire, comme on peut le
constater dans certains sites archéologiques (PARENT, 1983 ; CHEYLAN, 1998).
Les menaces pesant sur l’espèce sont nombreuses : perte d’habitat, dégradation de la qualité des
habitats terrestres et aquatiques, fragmentation des populations, pratiques agricoles et piscicoles
défavorables, prédation et prélèvements d’individus, incendies, concurrence avec une espèce
exotique : la tortue à tempes rouges Trachemys scripta.
De ce fait, l’espèce est reprise à l’annexe II de la Convention de Berne en tant qu’espèce animale
strictement protégée et aux annexes II et IV de la Directive « Habitats-Faune-Flore ». De plus, en
application des articles L.211-1, L.211-2 et R211-1 du Code Rural, l’espèce est inscrite sur la liste des
Amphibiens et Reptiles protégés sur l’ensemble du territoire (JORF du 09/09/1993) au titre de
l’Article 1. Elle est également mentionnée sur la Liste Rouge nationale comme espèce « Quasi
menacée », c’est-à-dire bientôt menacée si des mesures de conservation ne sont pas mises en place.
Espèce Nom scientifique DH CB PN LRN Dét PC
Cistude d’Europe Emys orbicularis II, IV II x NT x
Légende : DH : Directive Habitats Faune Flore (1992) : II : Annexe II listant les espèces animales et végétales d’intérêt communautaire dont
la conservation nécessite la désignation de zones spéciales de conservation ; IV : Annexe IV listant les espèces animales et végétales
d’intérêt communautaire qui nécessitent une protection stricte ; CB : Convention de Berne (1979) : II : Annexe II listant les espèces qui
doivent faire l'objet de dispositions législatives ou règlementaires appropriées, en vue d'assurer leur conservation ; PN : Protection
nationale au titre de l’arrêté du 9 septembre 1993 ; LRN : Liste Rouge nationale UICN : NT : Quasi-Menacé ; Dét PC : espèces déterminantes
en Poitou-Charentes

Présentation du site d’étude
Les étangs de la Goujonne et de la Clinette se situent dans le sud de la Charente-Maritime, en Haute
Saintonge, respectivement à l’est des communes de Montguyon et de Neuvicq.
Etang de la Goujonne
L’étang de la Goujonne appartient à Madame CAILLOUX et est géré à Monsieur LAROCHE. D’une
surface d’environ 5 000 m², il est connecté au site Natura 2000 FR5402010 « Vallées du Lary et du
Palais » par le ruisseau de la Goujonne, affluent direct du Palais en eau toute l’année (figure 7). Les
habitats autour de cet étang sont principalement composés de prairies sableuses, de boisements
(forêt acidiphile à Chêne tauzin et plantation de Pins maritimes) et, dans une moindre mesure, de
cultures et de vignes sur du petit parcellaire. L’étang est fréquenté occasionnellement par des
pêcheurs.
Figure 6 : Etang de la Goujonne photographié le 15 mai 2014
Etang de la Clinette
L’étang de la Clinette est situé sur l’exploitation agricole de Monsieur et Madame BOISBLEAU et
couvre une surface d’environ 11 000m². L’activité de la ferme est basée sur la production d’ovins et
sur l’exploitation forestière. Au sein de cette exploitation, sont présents de nombreuses mares et
étangs utilisés comme abreuvoirs. Comme l’étang de la Goujonne, celui de la Clinette est connecté
au Palais par le ruisseau de Châteauroux, qui s’assèche partiellement en été (figure 7). Il est entouré
de prairies sableuses, de boisements de pins et de Chênes tauzin et de boisements humides à Aulne
glutineux. Cette mosaïque d’habitats est très favorable à la présence de la Cistude d’Europe.
L’étang de la Clinette est encaissé entre des prairies. Les berges de l’étang sont en pentes douces, et
très peu végétalisées. En queue d’étang, située à l’ouest, des joncs poussent sous forme de
« touradons » et constituent des placettes de thermorégulation, des îlots de refuge, voire de
nidification intéressants pour certaines espèces (une couvée de canard colvert en 2014). L’étang
principal et ses abords subissent de faibles pressions anthropiques liées à la pêche, au piétinement
par les ovins et aux passages d’engins agricoles à proximité.

Figure 7 : Présentation du site d’étude
Palais
Goujonne
Châteauroux
Les Quatre Puits

Matériel et méthode
Etude par capture-marquage-recapture
Principe
La méthode de capture-marquage-recapture (CMR) permet de caractériser une population en
évaluant sa taille, sa structure d’âge, son sex-ratio et sa survie.
Elle consiste à effectuer un premier prélèvement dans la population, à appliquer une marque
permettant d’identifier individuellement les individus capturés et à les relâcher sur place. Après un
temps de dispersion où les individus marqués se mélangent aux autres individus de la population, un
nouveau prélèvement est effectué. Parmi les individus capturés, certains porteront déjà une marque
et d’autres non. Ces derniers seront marqués à leur tour et l’ensemble des individus sera relâché. Le
nombre de prélèvement dans la population dépend des objectifs de l’étude. Les données collectées
sont alors testées selon différents modèles statistiques grâce à un logiciel d’analyse démographique
(MARK) et le plus pertinent (celui dont les paramètres collent le mieux aux réalités de terrain) est
retenu.
Matériel utilisé
Les pièges utilisés sont des nasses cylindriques (type tambours à deux entrées) d’une longueur
d’environ 60 cm et d’un diamètre de 30 cm (figure 8). Ils sont appâtés avec du foie de porc et placés
dans l’eau au niveau des berges, fixés avec une cordelette. Un flotteur (bouteille en plastique vide)
est placé à l’intérieur de chaque piège de manière à maintenir une partie des nasses émergée et
d’éviter que les individus capturés se noient. Les entrées sont, quant à elles, immergées et si possible
en contact avec le fond l’étang.
Figure 8 : Nasse
Déroulement et effort de piégeage
Sur chaque étang, 16 pièges-nasses ont été posés (figures 9 et 10). Chaque session de piégeage se
déroule sur 5 jours. La pose des pièges a lieu au jour J. Un relevé est effectué aux jours J+1, J+2, J+3
et J+4 avec un marquage et un relâché immédiat des individus capturés. Les pièges sont retirés au
jour J+4 puis installés de nouveau après un délai de 9 jours pour la session suivante.
Au total, sur chaque étang, 10 sessions de piégeage ont été réalisées entre mars et juillet en 2013 et
12 sessions entre mars et août en 2014 (annexe 1).

Figure 9 : Disposition des pièges sur l’étang de la Goujonne

Figure 10 : Disposition des pièges sur l’étang de la Clinette

Marquage et mesures biométriques
Le marquage consiste à faire une ou plusieurs encoches, grâce à une lime triangulaire, sur les écailles
marginales selon un code (figure 11) permettant d’identifier individuellement tout individu
recapturé. Ce marquage est pérenne et permet une reconnaissance sur le long terme.
Figure 11 : Encoche sur une écaille marginale et code
Chaque individu capturé fait l’objet de mesures biométriques. Les mensurations de la carapace et du
plastron sont mesurées à l’aide d’un pied à coulisse (figure 12). La masse est mesurée avec une
balance (précision : 1g).
Figure 12 : Mesures de la dossière et du plastron
Le sexe et la classe d’âge (émergent, juvénile, adulte ou vieux) sont déterminés.
La Cistude présente un dimorphisme sexuel important permettant une distinction rapide des sexes
(figure 13).
La distinction entre juvénile (individu en croissance) et adulte (dont la croissance est achevée)
s’opère au niveau de la ligne médiane de croissance du plastron. Lorsqu’elle est claire et légèrement
renflée, l’individu est en croissance. Lorsqu’elle est fine et sombre, l’individu a achevé sa croissance.
Chez la Cistude, la croissance est cyclique, comprenant un arrêt hivernal, caractérisé sur les écailles
par un sillon. L’âge peut être ainsi évalué lors des premières années de vie, par le décompte des
lignes d’arrêt de croissance, jusqu’à la maturité sexuelle, qui s’accompagne d’un resserrement des
lignes dans la zone médiane du plastron. Chez les vieux individus, ces lignes ne sont plus visibles, les
écailles du plastron ayant été polies avec le temps et les déplacements (figure 14).

Mâle Femelle
Queue
Large avec un renflement pénien
séparant le plastron du cloaque
Fine et effilée sans renflement
pénien
Plastron
Très souvent concave Très souvent plat
Œil
Généralement rouge orangé Généralement jaune
Figure 13 : Critères de dimorphisme sexuel
Emergent Juvénile Adulte Vieil individu
Figure 14 : Plastrons des différentes classes d’âge
Avant et pendant la période de ponte, les femelles capturées font systématiquement l’objet d’une
palpation afin de déterminer leur état de gravidité.

Etude des déplacements par radiopistage
Principe
Le radiopistage (ou suivi télémétrique) consiste à fixer sur un animal un émetteur muni d’une
batterie qui émet, sur une fréquence hertzienne déterminée, un signal pulsé sous forme d’ondes
électromagnétiques qui se propagent dans le milieu. Ce signal est alors capté par une antenne reliée
à un récepteur, qui rend le signal audible pour l’opérateur sous forme de signaux sonores. Le signal
s’intensifie alors au fur et à mesure que l’antenne se rapproche ou s’oriente vers le récepteur
émettant sur la fréquence réglée sur le récepteur.
Il permet l’étude des déplacements dans le but de :
- mesurer les domaines vitaux des individus (aire utilisée par un individu au cours d’une
période considérée),
- déterminer l’évolution saisonnière de l’utilisation de l’espace par les tortues (notamment
identifier les sites de ponte et d’hivernation),
- évaluer l’efficience des actions de restauration menées sur le site de la Goujonne,
- prévoir les mesures de conservation à mettre en œuvre.
Matériel
Les émetteurs utilisés pour l’étude pèsent 15 g. Il s’agit d’émetteurs à émission continue, réglés sur
une fréquence comprise entre 150 et 151 MHz (fréquence adaptée à la propagation du signal à la fois
dans l’air et dans l’eau). L’émetteur est fixé sur la carapace, à l’avant de la dossière, avec de la colle
Epoxy à prise rapide.
Le système de réception mobile utilisé est une antenne à trois brins associée à un récepteur de type
Wildlife Track. La localisation de chaque individu contacté est enregistrée à l’aide d’un GPS Garmin.
La cartographie est réalisée sous un logiciel SIG (Système d’Information Géographique).
Nombre d’individus équipés
Il était idéalement prévu de suivre un échantillon de 12 individus par étang (6 mâles et 6 femelles).
Cet objectif a été atteint sur l’étang de la Goujonne dès 2013. En revanche, sur l’étang de la Clinette,
le piégeage n’a pas permis d’atteindre l’échantillon voulu. En 2013, 6 individus (2 mâles et 4
femelles) ont pu être capturés et équipés pour le suivi sur l’étang de la Clinette. En 2014, le suivi
télémétrique s’est poursuivi sur seulement 5 de ces individus, l’un des deux mâles ayant perdu son
émetteur et aucun nouvel individu, suffisamment lourd pour être équipé, n’ayant été capturé cette
même année. De la même manière, le mâle dont l’émetteur s’est décollé n’a pas été recapturé et n’a
donc pu être rééquipé.
Déroulement du suivi
Le suivi est réalisé à raison d’un passage tous les deux jours en dehors de la période de ponte,
pendant laquelle le suivi des femelles devient quotidien afin d’optimiser les chances de détecter leur
départ sur les sites de ponte (calendrier en annexe 1).
Analyse des résultats
Données de capture-marquage-recapture
Les méthodes de CMR reposent sur l’hypothèse que tous les individus ne sont pas détectés lors d’un
passage sur le terrain. Elles permettent d’estimer la probabilité de détecter les individus afin
d’obtenir une estimation non-biaisée de l’abondance d’un site.
Les analyses de données de capture-marquage-recapture peuvent être envisagées selon trois
grandes classes de modèles, les modèles de populations fermées, les modèles de populations
ouvertes et le Robust-design :

Les modèles de populations fermées ou « closed-capture » (OTIS et al. 1978; WILLIAMS et al. 2002)
visent à estimer l’abondance pour laquelle la population concernée est échantillonnée sur une courte
période durant laquelle aucune entrée (naissance ou immigration) ou sortie (mort ou émigration) ne
modifie la taille de la population et au sein de laquelle tous les individus présentent la même
probabilité de capture. Ces analyses sur des données d’espèces longévives telles que la Cistude
d’Europe peuvent donc être envisagées par année.
Par contraste, les modèles de populations ouvertes (SCHWARZ & ARNASON, 1996) s’intéressent à la
dynamique de la population concernée par l’estimation, de la survie, de la probabilité de capture et
du taux d’entrée de nouveaux individus. La population peut alors être échantillonnée sur de plus
grandes périodes permettant entrées et sorties (MAZEROLLE et al. 2007). Dans ces modèles les
individus doivent être homogènes dans leurs survies et leurs probabilités de détection, les
émigrations doivent être permanentes, les animaux capturés doivent être relâchés immédiatement
et les marques doivent être lisibles sans erreurs.
Le dernier type de modèle, le Robust-design consiste à partitionner chaque période primaire de
capture en plusieurs périodes secondaires. Les périodes primaires (ici les années) sont considérées
ouvertes aux gains et aux pertes tandis que les périodes secondaires (ici les sessions de capture) sont
considérées fermées sans entrée ni sortie dans la population. Ce modèle est normalement
relativement robuste à certains types de violations de l’hypothèse de fermeture au sein des périodes
primaires (KENDALL, 1999).
Afin de choisir la ou les meilleures méthodes d’analyses pour ces données de CMR de Cistude
d’Europe, un test d’hypothèse de fermeture (STANLEY & BURNHAM, 1999) a été réalisé en utilisant le
programme CloseTest (STANLEY & RICHARDS, 2011).
Les modèles ont été testés et ajustés à l’aide du logiciel Mark (WHITE & BURNHAM, 1999).
L’ensemble des combinaisons possibles pour chaque classe de modèle a été ajusté dans Mark à l’aide
d’algorithmes de maximum de vraisemblance et comparés selon le critère d’Aikaike pour petits
échantillons (AICc) (BURNHAM & ANDERSON, 2002). Lorsque plusieurs modèles sont équivalents
(ΔAIC<2), le poids d’AIC et une procédure de model-averaging sont utilisés afin d’obtenir les estimés
moyens (Burnham & Anderson, 2002).
Calcul des domaines vitaux
L’ensemble des localisations d’un individu permet de calculer son domaine vital. Il s’agit de l’aire
occupée par l’animal pour ses activités normales. Pour calculer le domaine vital des Cistudes, nous
avons utilisé la méthode MCP (Minimum Convex Polygon). Elle consiste à connecter les points de
localisations extrêmes pour dessiner un polygone, puis de calculer la surface de ce polygone. Les
inconvénients majeurs de cette méthode sont une surestimation de la taille des domaines vitaux et
d’englober une portion non négligeable d’habitats non réellement utilisés. Pour éviter ce biais, nous
n’avons utilisé que 95% des localisations pour obtenir un domaine vital plus réaliste. 5% des points
les plus éloignés du barycentre du domaine vital calculé sont alors exclus de ce calcul. Les domaines
vitaux ont été calculés à l’aide du logiciel R (package « adehabitatHR »).
Autres analyses statistiques
Les proportions de mâles et de femelles ont été comparées avec un test du Chi-deux.
Les distributions en classe d’âge et les sex-ratios ont été comparés avec un test exact de Fisher. Ce
test statistique permet de comparer entre elles plusieurs distributions observées. Contrairement au
test du Chi-deux, il est adapté aux petits échantillons (N≤ 30).
Les domaines vitaux ont été comparés avec un test de Wilcoxon. Ce test est adapté aux
comparaisons de moyenne sur des petits échantillons ou sur des variables ne suivant pas une loi
normale (comme c’est le cas ici).
Ces analyses statistiques ont été effectuées avec le logiciel R.

Résultats
Etude par capture-marquage-recapture
Bilan des captures : données brutes
En 2013, 21 individus ont été capturés sur l’étang de la Goujonne. Parmi eux, 7 (33%) avaient été
marqués en 2006. En 2014, 24 individus ont été capturés. 5 des 7 mêmes individus, marqués en 2006
et recapturés en 2013, ont été recapturés et 12 individus capturés cette même année (50%) ont été
marqués en 2013. Les 21% restants sont de nouveaux individus, jamais contactés lors des précédents
suivis (figure 15). Le nombre de captures sur la Goujonne est relativement stables depuis 2006.
0
5
10
15
20
25
30
2006 2013 2014
Année du suivi
Nombred'individuscapturés
Marquage 2014
Marquage 2013
Marquage 2006
Figure 15 : Nombre de Cistudes capturées sur la Goujonne au cours des suivis réalisés en 2006, 2013 et 2014
et année de leur marquage.
En 2013, 7 individus ont été capturés au total sur l’étang de la Clinette et seulement 5 individus en
2014. En observant l’évolution du nombre de captures depuis 2006, on constate un déclin évident
(figure 16). 4 individus capturés en 2013 (57%) étaient des individus marqués en 2006. Au cours du
suivi 2014, 3 de ces 4 individus ont été recapturés et 1 individu capturé a été nouvellement marqué
en 2013. Le dernier individu capturé est un nouvel individu, jamais contacté les années précédentes.
0
5
10
15
20
25
2006 2013 2014
Année du suivi
Nombred'individuscapturés
Marquage 2014
Marquage 2013
Marquage 2006
Figure 16 : Nombre de Cistudes capturées sur la Clinette au cours des suivis réalisés en 2006, 2013 et 2014 et
année de leur marquage.

Analyse des données de Capture-marquage-recapture : estimation de la taille des
populations
Au vu du faible nombre de tortues capturées sur ces deux étangs, les données ont du être analysées
en regroupant l’ensemble des tortues sans différenciation d’âge et de sexe. Les résultats doivent
donc être pris avec précaution, car ce regroupement peut induire le non respect de l’une des
hypothèses des modèles de populations ouvertes, à savoir l’homogénéité de survie et de probabilité
de capture entre les différents individus ; les adultes et les juvéniles d’espèces longévives ne
présentant en général ni la même capturabilité ni la même survie.
L’hypothèse de fermeture n’étant pas respectée pour l’étang de la Goujonne la population
concernée doit être considérée comme ouverte.
Un modèle POPAN (population ouverte) (Schwarz & Arnason, 1996) et a été utilisé.
Les modèles de POPAN permettent d’estimer l’abondance (N), la probabilité de capture (p), la
probabilité de survie et la probabilité d’entrée (pent, ici la probabilité d’entrer dans la zone d’étude).
Ils permettent d’inclure l’influence de facteurs sur les paramètres de capture, de survie et d’entrée.
Au sein de cette étude, nous avons testé des probabilités de survie constantes dans le temps (.) ou
dépendantes de l’année (an), des probabilités de capture constantes dans le temps (.), dépendantes
de l’année (an) ou du mois de réalisation (mois) et des probabilités d’entrées, constantes dans le
temps (.) ou dépendantes de l’année (an). Un total de 12 modèles a donc été ajusté.
Le meilleur modèle est celui considérant la survie variant annuellement, les entrées constantes et la
probabilité de capture variable en fonction du mois de capture (tableau 1). Il présente une survie de
0.99 (entre 0.92 et 0.99) en 2013 et de 0.94 (entre 0.88 et 0.97) pour 2014, une probabilité de
capture située entre 0.15 et 0.61 en fonction du mois de capture (figure 17) et une probabilité
d’entrée dans la zone d’étude constante de 0.03 (entre 0.016 et 0.045). L’estimation de l’effectif de
la population est de 29 individus (entre 28 et 36).
Tableau 1 : 5 premiers modèles POPAN de population ouverte ajustés et classés par AICc
Le modèle de POPAN montre clairement une meilleure probabilité de capture en juin et juillet sur ces
deux années de suivi (figure 17).
Une estimation des paramètres selon POPAN en ne considérant que ces 4 meilleures sessions en
2013 et en 2014 mène d’ailleurs à des résultats très similaires. Le meilleur modèle simplifié à 8
sessions, présente une survie constante à 0.92 (entre 0.82 et 0.97), une probabilité de capture située
entre 0.57 (entre 0.42 et 0.72) pour les mois de juin et 0.61 (entre 0.43 et 0.76) pour les mois de
juillet, une probabilité d’entrée dans la zone d’étude constante de 0.05 (entre 0.023 et 0.10).
L’estimation de l’effectif de la population dans ce cas est de 28 individus (entre 26 et 35).
En 2006, l’abondance avait été estimée à 25,23 individus (entre 14 et 34). La taille de la population
de la Goujonne est donc relativement stable depuis 2006, voire en légère augmentation au vu des
résultats 2013 et 2014.

Figure 17 : Probabilité de capture estimée sur la Goujonne en 2013 et 2014 en fonction du mois de capture
Les modèles de populations fermées ont été privilégiés, le test d’hypothèse de fermeture n’ayant pas
révélé d’ouverture de la population et le faible nombre d’individus capturé ne permettant pas
l’utilisation des autres modèles.
Les captures réalisées sur l’étang de la Clinette étant très peu nombreuses, les résultats des modèles
sont à prendre avec précautions. Le meilleur modèle de 2013 estime l’abondance à 6 individus (±
0.53) et la probabilité de capture à 0.4 tandis que celui de 2014 estime l’abondance à 4 individus ((±
0.11) et la probabilité de capture à 0.44
En 2006, l’abondance avait été estimée à 21,5 individus (entre 12 et 27). La taille de la population de
la Clinette a donc chuté entre 2006 et 2014.
Structure démographique
Sur l’étang de la Goujonne, les captures ont concerné majoritairement des individus adultes (figure
18). La proportion de juvéniles est de 19% en 2013 et de 25% en 2014.
Il n’y a pas de différence significative entre la structure démographique de 2013 et celle de 2014
(Test exact de Fisher : p = 0,8166). De même, il n’y a pas de différence significative entre la
distribution en classe d’âge de 2006 et celle de 2014 (Test exact de Fisher : p = 0,4876) (figure 18).
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
2006 2013 2014
Année du suivi
Nombredecistudescapturées
Juvénile
Adulte
Vieux
Figure 18 : Comparaison des structures démographiques observées sur la Goujonne en 2006, 2013 et 2014

Sur l’étang de la Clinette, les captures ont majoritairement concerné de vieux individus en 2013 et en
2014 (figure 19). Aucun juvénile n’a été capturé en 2013. En 2014, la proportion de juvéniles s’élève à
20% (le seul nouvel individu de la population était un juvénile).
Il n’y a pas de différence significative entre les structures démographiques de 2013 et de 2014 (Test
exact de Fisher : p = 0,7348). De même, il n’y a pas de différence significative entre la structure
démographique de 2006 et celle de 2014 (Test exact de Fisher : p = 0,8171) (figure 19).
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
2006 2013 2014
Année du suivi
Juvénile
Adulte
Vieux
Figure 19 : Comparaison des structures démographiques observées sur la Clinette en 2006, 2013 et 2014
Sex-ratio
Sur l’étang de la Goujonne, davantage de mâles ont été capturés sur les deux années de suivi (figure
20). En 2013, on compte ainsi 11 mâles (64,7%) pour 6 femelles (35,3%). En 2014, on compte 11
mâles (57,1%) pour 8 femelles (42,9%). Le sex-ratio semble déséquilibré en faveur des mâles mais les
analyses statistiques révèlent que cette différence n’est pas significative. Le sex-ratio n’est pas
significativement différent de l’équilibre en 2013 (χ² = 1,4706 ; ddl = 1 ; p = 0,2253), ni en 2014 (χ² =
0,4737 ; ddl = 1 ; p = 0,4913).
La comparaison des sex-ratios de 2013 et 2014 révèle qu’il n’y a pas de différence significative (Test
Exact de Fisher : p = 0,9259). De même, il n’y a pas de différence significative entre les sex-ratio de
2006 et de 2014 (Test Exact de Fisher : p = 0,4876).
0
2
4
6
8
10
12
14
2006 2013 2014
Année du suivi
Mâle
Femelle
Figure 20 : Comparaison des sex-ratios observés sur la Goujonne en 2006, 2013 et 2014

Sur l’étang de la Clinette, les captures ont majoritairement concerné des femelles en 2013 et en 2014
(figure 21). En 2013, on compte 4 femelles (57,1%) pour 3 mâles (42,9%). En 2014, on compte 3
femelles (75%) pour 1 mâle (25%). Les analyses statistiques révèlent que le sex-ratio n’est pas
significativement différent de l’équilibre en 2013 (χ² = 0,1429 ; ddl = 1 ; p = 0,7055) et en 2014 (χ² = 1
; ddl = 1 ; p = 0,3173).
Il n’y a pas de différence significative entre les sex-ratios de 2013 et de 2014 (Test exact de Fisher : p
= 0,7348). De même, il n’y a pas de différence entre les sex-ratios de 2006 et de 2014 (Test exact de
Fisher : p = 0,2178).
0
2
4
6
8
10
12
14
2006 2013 2014
Année du suivi
Mâle
Femelle
Figure 21 : Comparaison des sex-ratios observés sur la Clinette en 2006, 2013 et 2014
Etude des déplacements par radiopistage
Cartographie
Les figures 23 et 24 présentent l’ensemble des contacts télémétriques de 2013 et 2014 des individus
capturés et équipés d’émetteurs sur les étangs respectifs de la Goujonne et de la Clinette. Le suivi
spécifique des femelles en début d’été a permis la mise en évidence de sites de ponte. En 2013, deux
sites ont été identifiés sur la Clinette et deux autres sur la Goujonne. En 2014, un site de ponte a été
identifié sur la Clinette et quatre autres sur la Goujonne. Tous les contacts de femelles en
comportement de ponte sont cartographiés sur la figure 25.
Sur la Goujonne, tous les nids ont été creusés sur des milieux ouverts à proximité immédiate de
l’étang. Hormis un nid situé sur la berge nord, tous ont été observés sur la berge sud :
- sur la prairie de fauche sableuse,
- sur le chemin d’accès au chantier,
- sur l’ancien site de ponte, utilisé en 2006 et restauré en 2013 (figure 22),
- au sein même de l’emprise, au pied d’une pile du viaduc.
Sur la Clinette, seul un nid a pu être identifié à proximité immédiate de l’étang, au niveau d’une
pelouse sableuse et rase située sur sa berge nord ouest. Les 2 autres nids creusés par des femelles
capturées sur cet étang se trouvent :
- à 400 m à l’ouest de l’étang le long d’une lande à fougère,
- à 1 200 m à l’ouest de l’étang sur une prairie sableuse.

Figure 22 : Site de pontes restauré au sud est de l’étang de la Goujonne (11/06/2014)

Figure 23 : Contacts télémétriques 2013 et 2014 des individus capturés et équipés sur l’étang de la Goujonne

Figure 24 : Contacts télémétriques 2013 et 2014 des individus capturés et équipés sur l’étang de la Clinette

Figure 25 : Sites de ponte utilisés par les femelles capturées sur les étangs de la Goujonne et de la Clinette

Calcul des domaines vitaux
Au début de la saison d’activité, les mâles présentent un domaine vital supérieur à celui des femelles.
Le domaine vital des mâles atteint son maximum en avril-mai. Mais la tendance s’inverse à partir du
mois de mai. Le domaine vital des femelles augmente fortement pour atteindre logiquement son
maximum au mois de juin, pendant la période de ponte. Les mêmes tendances sont observées en
2013 et 2014 (figures 26 et 27).
0,00
0,50
1,00
1,50
2,00
2,50
3,00
avril mai juin juillet
Domainesvitauxmoyens(ha)
Femelles
Mâles
Global
Figure 26 : Evolution mensuelle des domaines vitaux moyens (ha) en 2013
0,00
0,20
0,40
0,60
0,80
1,00
1,20
1,40
1,60
avril mai juin juillet
Domainevitalmoyen(ha)
Femelles
Mâles
Global
Figure 27 : Evolution mensuelle des domaines vitaux moyens (ha) en 2014
Le tableau 2 regroupe les domaines vitaux moyens calculés par année de suivi pour la population de
la Goujonne et la population de la Clinette. Les domaines vitaux ont également été compilés par sexe
et par année de suivi, pour chacun des deux étangs.
La comparaison des deux étangs révèle qu’il n’y a pas de différence significative entre le domaine
vital moyen de la population de la Goujonne et le domaine vital moyen de la population de la Clinette
en 2013 (Test de Wilcoxon : W = 43, p = 0,5532) et en 2014 (Test de Wilcoxon : W = 35, p = 0,6461).

Tableau 2 : Domaines vitaux moyens (en ha)
Le domaine vital moyen de la population de la Clinette ne varie pas significativement entre 2013 et
2014 (Test de Wilcoxon : W = 14, p = 0,9307).
Il n’y a pas de différence significative entre le domaine vital moyen des mâles et celui des femelles en
2013 (Test de Wilcoxon : W = 4, p = 1) et en 2014 (Test de Wilcoxon : W = 1, p = 0,8).
Le domaine vital moyen des femelles n’évolue pas entre 2013 et 2014 (Test de Wilcoxon : W = 7, p =
0,8857). Celui des mâles n’évolue pas non plus entre 2013 et 2014 (Test de Wilcoxon : W= 0, p =
0,6667).
Le domaine vital moyen de la population de la Goujonne ne varie pas significativement entre 2013 et
2014 (Test de Wilcoxon : W = 57, p = 0,4095).
En 2013, il n’y a pas de différence significative entre le domaine vital moyen des mâles et celui des
femelles (Test de Wilcoxon : W = 22, p = 0,5887). En revanche, en 2014, celui des mâles est
significativement plus élevé que celui des femelles (Test de Wilcoxon : W = 2, p = 0,008658).
Le domaine vital moyen des femelles n’évolue pas entre 2013 et 2014 (Test de Wilcoxon : W = 22, p =
0,5887). Celui des mâles n’évolue pas non plus entre 2013 et 2014 (Test de Wilcoxon : W= 6, p =
0,06494).

Discussion
Goujonne
La population de Cistudes de la Goujonne semble fonctionnelle. Le sex-ratio et la structure
démographique sont équilibrés. Toutes les classes d’âge sont représentées avec une prédominance
d’adultes et une proportion de juvéniles de 25%. Cette structure démographique est semblable à
celle observée dans d’autres populations de Cistudes, notamment celles du Marais de Brouage
(Duguy et Baron, 1999) et des étangs de la Brenne (Servan, 1988).
La reproduction est effective. Le suivi télémétrique a permis de mettre en évidence 6 pontes en 2013
et 2014. La prairie au sud de l’étang présente un caractère favorable pour la ponte : ouverte, bien
exposée et non-inondable avec la présence de petites mares. Peu profondes et avec un couvert
végétal important, ces mares situées à proximité des sites de ponte, peuvent servir de sites « relais »
pour la croissance des juvéniles.
Cette prairie avait été identifiée comme étant un site de ponte au cours de l’étude initiale en 2006.
Une partie ayant été utilisée entre temps comme décharge, elle avait fait l’objet de travaux de
restauration en 2012 par COSEA. Le bilan de ces travaux est donc positif puisque le suivi télémétrique
met en évidence le caractère attractif du site pour la ponte.
On note une fidélité au site de ponte entre 2013 et 2014 pour la femelle T42. Ce comportement est
un phénomène connu chez la Cistude, mis en évidence par de nombreuses études (Najbar 2007,
Mitrus, 2006 ; Cadi et al., 2008 ; Ayres et Cordero, 2007). Cependant, ce phénomène n’est pas une
règle générale et ce comportement est variable selon les individus (Mitrus, 2006). C’est notamment
le cas pour la femelle T01. Elle a pondu dans la prairie au sud de l’étang en 2013 mais a changé de
site de ponte en 2014 pour pondre au nord de l’étang, sur une butte au pied de l’ouvrage.
Dans la littérature, les domaines vitaux moyens de l’espèce varient entre 1 et 30 ha. Le domaine vital
annuel moyen calculé pour la population de la Goujonne est donc relativement faible. La taille des
domaines vitaux chez les Cistudes dépend de la configuration des sites, de la surface en eau
disponible et des individus (Priol, 2009 ; Cadi 2008). Dans le cas présent, le milieu de vie aquatique,
les sites de ponte et d’hivernation sont situées proches les uns des autres, ce qui limite les
déplacements et réduit le domaine vital des individus.
L’étude des déplacements par télémétrie révèle que les mâles sont plus mobiles que les femelles. Ces
dernières restent principalement cantonnées à l’étang de la Goujonne, tandis que les mâles se
déplacent entre les différents étangs du bassin versant. Ce phénomène est plus marqué en 2014,
avec un domaine vital des mâles significativement plus élevé que celui des femelles. Un mâle a
d’ailleurs réalisé un changement de bassin versant, de la Goujonne vers celui des Quatre Puits. Alors
que le Palais apparaissait comme le corridor aquatique le plus logique (figure 7), cet individu a
vraisemblablement emprunté les milieux terrestres et les milieux aquatiques « relais » situés en tête
de bassin (figure 23), au nord-ouest de la Goujonne.
D’une manière générale, la Cistude est une espèce très fidèle à son site. Les femelles sont
caractérisées par une plus forte philopatrie (Ayres and Cordero, 2007 ; Cadi and Miquet, 2004 ;
Duguy et Baron 1999). Cette sédentarité est liée à la disponibilité et à la qualité des sites de ponte.
Chez les mâles, les mouvements de dispersion sont plus importants (Olivier 2010). Ce comportement
exploratoire est lié à la recherche de partenaires pour la reproduction et il assure le brassage
génétique (Duguy et Baron 1999).
La comparaison de l’évolution mensuelle des domaines vitaux moyens entre les mâles et les femelles
révèle une différence nette. Au début de la saison d’activité, les mâles ont un domaine vital plus
important que les femelles. Cette période correspond au pic d’activité sexuelle durant lequel les
mâles sont à la recherche de partenaires pour l’accouplement, ce qui les rend plus mobiles et

augmente leur domaine vital. A partir de mai-juin, la tendance s’inverse. Le domaine vital des mâles
diminue tandis que celui des femelles augmente. Cette période est en effet marquée par la fin des
accouplements et le début de la période de ponte pour les femelles, qui s’étend de mi-mai à mi-
juillet. Durant cette période, les femelles peuvent être amenées à réaliser de grands déplacements
pour trouver des sites de ponte favorables (Meeske et Mulhenberg 2004).
La taille de la population de la Goujonne, ainsi que sa structure démographique et son sex-ratio,
semblent stables depuis 2006. La destruction d’habitats constitue la principale menace pour la
Cistude. Si le chantier LGV SEA apparaît comme une menace pour la pérennité de cette population, il
semble donc que, jusqu’en 2014, l’impact n’ait pas de répercussion sur sa dynamique. La
conservation du profil de l’étang et le fait d’avoir privilégié son franchissement par un viaduc, plutôt
que par le remblai de sa moitié est (comme le suggérait alors RFF début 2006) fait sans doute partie
des facteurs décisifs au succès apparent des mesures de réduction d’impact. L’absence
d’intervention sur la zone d’hivernation et la restauration des sites de ponte identifiés en 2006 sont
autant de facteurs positifs.
Les données récoltées en 2006 sur les déplacements étant insuffisantes pour calculer le domaine
vital, il n’est pas possible de déterminer l’influence du chantier sur le domaine vital moyen de la
population. En revanche, on constate que le domaine vital est constant entre 2013 et 2014. L’impact
du dérangement engendré par le chantier de construction de la LGV sur la population de Cistudes sur
la Goujonne n’est pas notable. Mais cela ne signifie pas qu’il est nul. Ces résultats sont en effet à
prendre avec précautions. La Cistude est une espèce longévive, caractérisée par un accès tardif à la
maturité sexuelle, un succès reproducteur faible et un temps de génération long (environ 12 ans).
Avec deux années de suivi, le recul n’est pas suffisant pour déterminer l’impact de la LGV sur la
dynamique de la population.
Clinette
La population de la Clinette est vieillissante et ne semble pas fonctionnelle. La taille de la population
a subi une forte baisse depuis 2006. La structure démographique de la population et son sex-ratio
sont restés stable depuis 2006. Cela signifie que la diminution des effectifs concerne toutes les
classes d’âges et les deux sexes. 60% des individus capturés en 2014 sur la Clinette ont été marqués
en 2006. Il apparaît donc qu’une forte proportion d’individus appartienne aujourd’hui à un relicat de
la population présente en 2006, sans qu’il y ait eu de renouvellement efficace.
Plusieurs hypothèses peuvent être émises pour expliquer ce déclin :
→ Un manque de transparence hydraulique de l’étang pouvant entraîner une mortalité directe :
D’après Monsieur Boisbleau, à plusieurs reprises, des tortues sont restées coincées au niveau de la
grille de l’exutoire lors des fortes crues et sont mortes noyées.
Ce manque de transparence hydraulique est préoccupant. Il pourrait expliquer en partie le déclin de
la population. L’espèce étant longévive avec un accès tardif à la maturité sexuelle et un faible succès
reproducteur, la mortalité des adultes a en effet un impact catastrophique sur la dynamique d’une
population (CORDERO & AYRES, 2004 ; PAUL, 2004) ;
→ Un dérangement causé par les activités de loisir sur l’étang (baignade et pêche) :
La fréquentation de l’étang pour la baignade et la pêche est susceptible d’entraîner un dérangement
qui peut conduire à la dispersion des Cistudes et/ou impacter directement la survie de la population
(Cordero et Ayres 2004). En effet, les Cistudes sont des animaux farouches, plongeant à l’approche
du moindre intrus. Or l’exposition au soleil est un comportement basique chez la Cistude et la
présence continuelle de l’Homme, peut empêcher les tortues de thermoréguler (Cordero et Ayres
2004).

La pêche peut également avoir un impact important sur une dynamique de population. NEMOZ et al
(2004) ont étudié l’impact de la pêche de loisir sur la Cistude en réalisant une étude comparative en
Isère. Deux populations de Cistudes ont été suivies par piégeage et radiopistage : l’une fréquentant
un étang protégé, où la pêche est interdite et l’autre fréquentant un étang où l’activité de pêche est
importante. L’étude met en évidence une mortalité de 20% des femelles suivies sur l’étang de pêche.
Elles meurent par étranglement ou noyade en se prenant dans les lignes perdues. Certaines ont
même été tuées par des pêcheurs. En comparaison, aucun individu n’est mort au cours du suivi dans
l’autre étang.
Sur la Clinette, la mortalité potentielle induite par les activités de pêche s’ajouterait donc à celle
imputable aux noyades au niveau de l’exutoire et apparaît donc, pour les mêmes raisons, sans doute
très dommageables pour la dynamique d’une telle population ;
→ Un dérangement causé par le chantier de construction de la LGV :
Les perturbations engendrées par le chantier (vibrations, bruit, circulation des engins…) ont pu
engendrer une dispersion des Cistudes vers des zones plus tranquilles.
GOUJONNE CLINETTE
Evolution des effectifs depuis 2006 Stable Négative
Evolution des effectifs entre 2013 et 2014 Stable Négative
Structure démographique Fonctionnelle Vieillissante
Evolution de la structure démographique depuis 2006 Stable Négative
Evolution de la structure démographique entre 2013 et 2014 Stable Stable
Sex-ratio Equilibré Equilibré
Evolution de la sex-ratio depuis 2006 Stable Stable
% de nids localisés à proximité immédiate de l’étang 100% 33%
Facteurs de dérangement (hors LGV SEA) Faibles Moyens
Domaines vitaux Faibles Plus élevés
Connexions au reste du bassin versant Bonnes Moyennes
Tableau 3 : Synthèse des facteurs démographiques et environnementaux observés sur les 2 étangs
Importance d’une réflexion à grande échelle
Les constats sont donc bien différents sur les 2 étangs. Alors que les indicateurs plaident largement
pour le déclin de la population de la Clinette, rien ne permet aujourd’hui d’affirmer que le chantier
opéré sur la Goujonne ait eu un quelconque impact sur la population de Cistudes d’Europe. Ce
constat peut paraître surprenant et presque contre intuitif puisque sur la Goujonne, le chantier se
déroule à proximité immédiate de l’étang, de part et d’autre du milieu aquatique fréquenté toute
l’année par certaines tortues. Au contraire, sur la Clinette, les Cistudes peuvent bénéficier d’une
relative quiétude et, contrairement à la Goujonne, le chantier n’impacte pas directement les berges
de l’étang. Les hypothèses émises plus haut suffisent-elles donc à expliquer le déclin observé sur la
Clinette ? Si c’est le cas, pourquoi n’a-t-il pas opéré avant 2006 ?
Toutes ces questions restent pour l’instant sans réponse et montrent bien la complexité que
constituent les problématiques de conservation. Si elles sont soumises à l’apparition de grandes
infrastructures impactantes pour la fonctionnalité des écosystèmes, des modifications paysagères ou
hydrauliques à moindre échelle peuvent également représenter des facteurs limitant pour la
pérennité de certaines espèces. Par ailleurs, le suivi télémétrique sur les deux étangs montre bien
l’utilisation à court terme (pour une espèce longévive comme la Cistude, 2 années représentent bien
un court terme) d’une trame paysagère importante et d’un vaste secteur géographique. A ce titre,
notons qu’en 2014, un individu capturé sur la Goujonne a réalisé un changement de bassin versant.
Si, du bassin de la Goujonne à celui des Quatre Puits, le Palais apparaissait comme le corridor le plus
logique (figure 7), l’individu a majoritairement emprunté, contre toute attente, des milieux terrestres
en tête de bassin, en se servant de différents points d’eau plus ou moins espacés comme de relais

dans lesquels il séjournait un certain temps avant de continuer son « périple » (figure 28). Ces
échanges sont primordiaux puisqu’ils sont, entre autres, à l’origine du brassage génétique
indispensable à la pérennité des populations des étangs de la Double saintongeaise. Il est facile
d’imaginer que des modifications de la trame paysagère utilisée par cet individu nuisent
considérablement à sa perméabilité et, qu’à terme, elles soient à l’origine d’un isolement de
plusieurs noyaux de populations qui, génétiquement, ne pourraient se suffire à eux-mêmes.
Figure 28 : Etang des Grenouillis, en amont de l’étang de la Goujonne, sur lequel de nombreux individus
équipés d’émetteurs ont été contactés en transit
Pour ces raisons, il nous apparaît important de replacer cette étude dans un contexte local plus large
que celui de la LGV SEA. Il serait donc intéressant que les différentes collectivités locales concernées
(commune et canton de Montguyon, communauté de Communes de Haute-Saintonge…) puissent
prendre connaissance de ce travail pour en tenir compte lors de leurs prises de décision concernant
l’aménagement de leur territoire ou simplement pour sensibiliser leurs administrés. Il serait par
conséquent souhaitable que ce rapport soit largement diffusé par LISEA, avec l’aide de Nature
Environnement 17 et des partenaires locaux.

Conclusion et perspectives
La construction de la LGV engendre une profonde modification du paysage, avec la destruction
directe d’habitats. En constituant souvent une barrière physique, elle s’oppose potentiellement aux
déplacements des animaux, engendrant une fragmentation des populations. Il est à noter que les
ouvrages de transparence mis en place au niveau des cours d’eau traversés par la LGV doivent
permettre de limiter cet effet barrière. Le présent suivi vise notamment l’évaluation de ce paramètre
sur le long terme.
Comme beaucoup d’espèces, la Cistude d’Europe s’organise en métapopulations. Une
métapopulation se définit comme une population structurée spatialement en unités distinctes (sous-
populations) connectées par des mouvements d’individus (dispersion). La dispersion permet ainsi la
connexion des populations vivant dans des habitats favorables (patchs) et séparées par une matrice
qui leur est défavorable. Les sous-populations subissent tour à tour des extinctions locales et des
recolonisations. Les mouvements de dispersion des individus permettent d’assurer l’équilibre entre
extinctions et recolonisations.
Lorsqu’une métapopulation se retrouve fragmentée par une perturbation d’origine anthropique,
comme c’est le cas avec la LGV, les populations peuvent se retrouver isolées les unes des autres,
rendant impossible les déplacements d’individus entre les patchs, ou du moins les diminuant. Le
risque est alors de rompre l’équilibre et d’avoir à terme des extinctions de populations. Le
phénomène de fragmentation a également pour effet, en limitant les déplacements d’individus, de
diminuer le brassage génétique. La conséquence est une diminution de la diversité génétique, qui est
une condition nécessaire pour s’adapter et répondre aux changements environnementaux et ainsi
assurer la viabilité à long terme de l’espèce (ALACS et al., 2007).
Les tortues d’eau douce sont particulièrement affectées par les perturbations d’origine anthropique
telles que la fragmentation, la dégradation ou la destruction d’habitats. Il s’agit de la principale
menace (BÖHM et al., 2013). En effet, les tortues aquatiques sont très fidèles à leur site (philopatrie)
et ont de faibles capacités de dispersion. Elles sont de ce fait très vulnérables à des perturbations
environnementales.
Cependant, les conséquences de la dégradation de l’habitat sur la structure et sur la survie des
Cistudes sont mal connues et difficiles à estimer (ALACS et al., 2007). L’espèce étant longévive, avec
un temps de génération long (environ 12 ans), la réponse à un changement environnemental peut
être longue à observer dans une population (de l’ordre de 10 ans) (CADI et al., 2004). Par conséquent,
l’impact des facteurs environnementaux sur une population doit être étudié sur le très long terme
afin d’acquérir des données précises et non biaisées sur les paramètres démographiques d’une
population (taux de survie, taille de population). OLIVIER et al. (2010) insistent sur l’intérêt de l’étude
par CMR pour estimer ces paramètres.
A ce jour, nous disposons finalement de peu d’études menées sur le long terme et il est difficile
d’établir un lien direct entre un déclin de population ou un changement des paramètres
démographiques et des facteurs environnementaux. Nous avons ici une opportunité unique
d’étudier l’impact de la modification des habitats et de la fragmentation engendrée par la
construction de la LGV SEA sur la Cistude d’Europe. Les résultats obtenus au cours de deux années de
suivi sont encourageants et les efforts doivent être poursuivis sur le long terme, comme stipulé dans
le dossier COSEA de demande de dérogation.
Afin de ne pas alourdir le programme et de limiter les coûts pour le concessionnaire, nous proposons
de limiter le suivi 2015 au seul renouvellement des émetteurs de chacun des individus équipés et à
une localisation mensuelle de ces individus. L’objectif est alors de s’offrir la possibilité de suivre les
mêmes individus pendant plusieurs années (les émetteurs fonctionnant sur des batteries dont la
durée de vie est limitée) et de vérifier si des individus traversent la LGV au cours de l’année 2015. Ces

relevés télémétriques permettraient en outre de parfaire les connaissances concernant l’utilisation
qu’ont les Cistudes des différents éléments paysagers au cours de leur cycle biologique. Une
proposition de calendrier de réalisation 2015 est présentée en annexe 2.
En 2016, la technique de capture-marquage-recapture serait reconduite sur l’étang de la Goujonne
(au vu des résultats peu encourageants obtenus sur la Clinette, il nous apparaît prématuré de
reconduire le même protocole dès 2016) afin d’obtenir une estimation plus fiable des paramètres
démographiques. Ces derniers ne seraient ensuite estimés par CMR que tous les 3 ans, soit sur les 2
étangs à partir de 2019. En fonction des opportunités foncières, des sessions de piégeage pourraient
être menées sur des milieux aquatiques situés à l’amont et à l’aval des étangs, sur les bassins
versants de la Goujonne et du Châteauroux. Les années où est pratiquée la CMR, les relevés seraient
réalisés, comme en 2013 et 2014, tous les 2 jours. Ils seraient mensuels les autres années.

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AcademicPress,SanDie

Annexe 1 : Calendriers de réalisation 2013 et 2014
2013
Mars Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Octobre Novembre Décembre
1
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Légende
CMR+Télémétrie
CMR
Télémétrie
CMR + Télémétrie + Suivi ponte
Télémétrie + Suivi ponte

Bilan de deux années de suivi des populations de Cistude d’Europe Emys orbicularis des étangs de La Goujonne (Montguyon, 17) et de La Clinette (Neuvicq, 17) - Nature Environnement 17, 2014 40
Annexe 1 (suite) : Calendriers de réalisation 2013 et 2014
2014
Mars Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Octobre Novembre Décembre
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Légende
CMR+Télémétrie
CMR
Télémétrie
CMR + Télémétrie + Suivi ponte
Télémétrie + Suivi ponte

Bilan de deux années de suivi des populations de Cistude d’Europe Emys orbicularis des étangs de La Goujonne (Montguyon, 17) et de La Clinette (Neuvicq, 17) - Nature Environnement 17, 2014 41
Annexe 2 : Calendrier prévisionnel 2015
2015
Janvier Février Mars Avril Mai Juin Juillet Août Sept. Oct. Nov. Déc.
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29
30
31
Légende
Télémétrie + changement des
émetteurs
Télémétrie
Cartographie, synthèse des
résultats et rédaction

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