Suivi Transparence mammifères semi-aquatiques - 2014 - GREGE

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Rapport réalisé pour le compte de
Février 2015

3
GREGE 2015 – LGV SEA - Suivi expérimental de 10 premiers ouvrages en 2014.
SOMMAIRE
I. CONTEXTE ET OBJET DU DOCUMENT .......................................................................................................5
II. PRESENTATION DES OUVRAGES HYDRAULIQUES SUIVIS..........................................................................6
III. METHODOLOGIES ....................................................................................................................................9
III.1. MISE EN PLACE DE CAPTEURS D’EMPREINTES.....................................................................................................9
III.1.1. Les plaques à empreintes...............................................................................................................9
III.1.2. Protocole de suivi.........................................................................................................................10
III.1.3. Relevé et identification des empreintes .......................................................................................10
III.1.4. Analyse des données....................................................................................................................13
III.2. MISE EN PLACE DE PIEGES PHOTOGRAPHIQUES ................................................................................................14
III.2.1. Généralités...................................................................................................................................14
III.2.2. Ouvrages concernés.....................................................................................................................14
III.2.3. Analyse des données....................................................................................................................16
III.3. RECHERCHE D’INDICES DE PRESENCE DE LA LOUTRE ..........................................................................................16
III.3.1. Protocole......................................................................................................................................16
III.3.2. Autres données de présence ........................................................................................................17
III.4. MISE EN PLACE DE TUBES CAPTEURS D’INDICES POUR LES MICROMAMMIFERES......................................................17
III.4.1. Types de tubes et distribution au sein de l’ouvrage.....................................................................17
III.4.2. Tubes capteurs de fèces pour la Crossope aquatique et les Soricidés..........................................18
III.4.3. Tubes capteurs de poils pour les micromammifères....................................................................19
III.4.4. Caractéristiques des ouvrages suivis et de leurs abords ..............................................................20
IV. RESULTATS............................................................................................................................................. 20
IV.1. EVALUATION DE LA FREQUENTATION A L’AIDE DE CAPTEURS D’EMPREINTES...........................................................20
IV.1.1. Données générales.......................................................................................................................20
IV.1.2. Analyse par groupe d’espèces......................................................................................................22
IV.1.2.1. Les petits carnivores sauvages ............................................................................................................... 22
IV.1.2.1.1. Approche par ouvrage ..................................................................................................................... 22
IV.1.2.1.2. Approche par banquette.................................................................................................................. 23
IV.1.2.2. Les micromammifères............................................................................................................................ 25
IV.1.2.3. Les Amphibiens....................................................................................................................................... 27
IV.1.3. Evaluation de la fréquentation des « encoches Musaraigne » vs passage hors
encoche .....................................................................................................................................................28
IV.1.4. Evaluation de l’intérêt de quatre contrôles par rapport à trois contrôles ...................................28
IV.1.5. Bilan .............................................................................................................................................30
IV.2. RESULTATS OBTENUS A L’AIDE DES PIEGES PHOTOGRAPHIQUES ...........................................................................33
IV.2.1. Résultats généraux ......................................................................................................................33
IV.2.2. Résultats par ouvrage hydraulique..............................................................................................34
IV.2.2.1. Ouvrage de la Grande Eau...................................................................................................................... 34
IV.2.2.2. Ouvrage de la Viveronne ........................................................................................................................ 35
IV.2.2.3. Ouvrage de la Cabourne......................................................................................................................... 37
IV.2.2.4. Ouvrage des Quatre Puits....................................................................................................................... 38
IV.2.2.5. Ouvrage de Fontgerveau ........................................................................................................................ 38
IV.2.3. Bilan .............................................................................................................................................39
IV.3. EVALUATION DE LA FREQUENTATION DES OUVRAGES ET DES PARTIES AMONT PAR LA LOUTRE....................................40
IV.3.1. Résultats des prospections spécifiques ........................................................................................40
IV.3.2. Autres données de présence ........................................................................................................43
IV.3.3. Bilan de la fréquentation des ouvrages et des parties amont par la Loutre ................................43
IV.4. EVALUATION DE LA FREQUENTATION DES OUVRAGES PAR LES MICROMAMMIFERES A L’AIDE DE TUBES
CAPTEURS D’INDICES................................................................................................................................................44

4
IV.4.1. Bilan des études préalables sur la présence de la Crossope aquatique aux abords de
la LGV .....................................................................................................................................................44
IV.4.2. Fréquentation des ouvrages suivis...............................................................................................45
IV.4.2.1. Données issues des tubes capteurs de fèces.......................................................................................... 45
IV.4.2.2. Données issues des tubes capteurs de poils........................................................................................... 48
IV.4.3. Bilan .............................................................................................................................................50
V. CONCLUSIONS........................................................................................................................................ 50
VI. BIBLIOGRAPHIE...................................................................................................................................... 54

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I. CONTEXTE ET OBJET DU DOCUMENT
La Ligne à Grande Vitesse SEA Tours – Bordeaux totalise 340 km de voies nouvelles, et intercepte plus
88 cours d’eau principaux et plusieurs dizaines d’écoulements présentant des enjeux écologiques
majeurs, notamment en accueillant les derniers noyaux de population de Vison d’Europe (Mustela
lutreola), espèce en danger critique d’extinction au niveau mondial, la Loutre d’Europe (Lutra lutra),
bien présente au sud et en phase de recolonisation au nord mais également la Musaraigne ou
Crossope aquatique (Neomys fodiens).
Ainsi, afin de réduire significativement le cloisonnement des Mammifères semi-aquatiques pouvant
être induit par cette infrastructure, le constructeur a proposé d’assurer la circulation de la petite
faune à hauteur de tous les cours d’eau et écoulements par des dispositifs particuliers, et
notamment l’aménagement des rives des ouvrages hydrauliques, dans le but d’y faciliter le
cheminement des espèces quel que soit le niveau d’eau.
Le GREGE est en charge de l’évaluation de la fréquentation des ouvrages hydrauliques, témoin de
l’efficacité des aménagements mis en place. Le déroulement de l’étude et sa réalisation ont été
conformes à la proposition technique soumise à LISEA.
L’étude a trois objectifs : 1) tester la faisabilité technique des protocoles mis en pratique, 2) juger de
la pertinence de ces protocoles par rapport aux objectifs de l’étude et 3) estimer les besoins
d’ajustement pratique ou technique concernant le suivi de cette fréquentation, ou concernant les
dispositifs visant à assurer la circulation de la petite faune.
Ce rapport présente les résultats de la session de suivi réalisée fin 2014 sur un premier échantillon de
10 ouvrages et a été constitué par les personnes suivantes :
Christine FOURNIER GREGE
Contrôle qualité
Validations scientifiques
Pascal FOURNIER GREGE
Coordination du dossier
Développements techniques
Relecture générale
Catherine BOUT
Estelle LAOUE
Vanessa MAURIE
GREGE
GREGE
GREGE
Réalisation des Inventaires
Catherine BOUT
Estelle LAOUE
Vanessa MAURIE
Pascal FOURNIER
GREGE
GREGE
GREGE
GREGE
Rédaction du dossier
Cartographie SIG

6
II. PRESENTATION DES OUVRAGES
HYDRAULIQUES SUIVIS
Les techniques de suivi présentées dans le présent rapport ont concerné chacun des dix ouvrages
dont les caractéristiques sont synthétisées dans le Tableau I.

7
Tableau I : Synthèse des ouvrages suivis et de leurs caractéristiques techniques et environnementales.
Ouvrage
Nom de
l’ouvrage
PK Lot Photo Type
Nombre de banquettes
rive droite/rive gauche
Caches à
musaraignes
Encoche à
Musaraigne
Lit cheminable
lors du suivi
Description du milieu environnant
Description de l’ouvrage et de ses
abords
Grande Eau PRA2270 227,090 12 Voûte 2 / 2
Sur les deux
rives
Aucune Oui
Cours d'eau agricole d'environ 1,5 m de
large, aux ripisylves arbustives avec une
strate herbacée dense discontinue. Le niveau
d'eau varie de 0,5 à un mètre de profondeur.
Les berges sont raides et le lit est à substrat
limoneux-pierreux et dépourvu de
végétation aquatique ou immergée.
Cours d'eau d'environ 2 m de largeur,
très peu profond, dont le lit est
reconstitué de terre et pierres offrant
un cheminement à l'étiage. Les berges
sont à pente raide et peu végétalisées.
Faye PRA2304 230,450 12 Voûte 2 / 2
Sur les deux
rives
Sur les deux
rives
Oui
Cours d'eau agricole d'environ un mètre de
large et aux ripisylves boisées avec une strate
herbacée dense et continue. Le niveau d'eau
est assez profond, de 0,5 à un mètre. Les
berges sont raides et le lit est à substrat
graveleux-limoneux avec des patchs de
végétation aquatique.
Cours d'eau de moins d'un mètre de
large, peu profond, dont le lit
méandriforme est reconstitué de terre
et pierres offrant un cheminement toute
l'année. Les berges sont à pente douce
et peu végétalisées.
Viveronne PRA2409 240,975 13 Voûte 2 / 2
Sur les deux
rives
Aucune Oui
Cours d'eau agricole d'environ un mètre de
large et aux ripisylves arbustives avec une
strate herbacée dense et continue. Le niveau
d'eau varie de 30 à 50 cm de profondeur. Les
berges sont raides et le lit est à substrat
limoneux-pierreux et dépourvu de
très peu profond, dont le lit est
reconstitué de terre et pierres offrant
un cheminement à l'étiage. Les berges
sont extrêmement raides mais très
végétalisées.
Chez Balais PRA2473 247,341 13 Voûte 2 / 2
Sur les deux
rives
Aucune Oui
Cours d'eau forestier de moins d'un mètre de
largeur, aux berges non végétalisées mais
avec de nombreux systèmes racinaires. Le
niveau d'eau est d'une trentaine de
centimètre. Les berges sont raides et le lit
présente un substrat sableux dépourvu de
peu profond, dont le lit est reconstitué
de graviers et terre et offre des berges
cheminables à l'étiage. Les berges aux
abords de l'ouvrage sont à pente raide
Cabourne OHD2504 250,482 13 Cadre simple 2 / 2
Sur les deux
rives
Aucune Non
Craste forestière, aux berges non
végétalisées mais avec de nombreux
systèmes racinaires. Le niveau d'eau est
d'une trentaine de centimètres. Le lit à
substrat sableux est dépourvu de végétation
aquatique ou immergée.
largeur, peu profond. Le lit n'est pas
reconstitué, il s'agit du fond bétonné de
l'ouvrage. Les berges sont raides et peu
végétalisées.

8
Ouvrage
Nom de
l’ouvrage
PK Lot Photo Type
Nombre de banquettes
rive droite/rive gauche
Caches à
musaraignes
Encoche à
Musaraigne
Lit cheminable
lors du suivi
Description du milieu environnant
Description de l’ouvrage et de ses
abords
Quatre Puits PRA2546 254,600 14 Voûte 2 / 2
Sur les deux
rives
Sur les deux
rives
Oui
Zone humide ouverte, avec une strate
herbacée très dense et continue. Le niveau
d'eau est peu profond. Le lit méandriforme à
substrat limoneux est recouvert en totalité
de végétation aquatique et immergée.
peu profond. Le lit est reconstitué de
graviers et terre et offre des berges
cheminables à l'étiage. Les berges aux
abords de l'ouvrage sont à pente raide
Nauve PRA2606 260,600 14 Cadre simple 1 / 2 Aucune En rive gauche Oui
substrat limoneux est recouvert de
végétation aquatique et immergée.
largeur, peu profond, dont le lit est
reconstitué de graviers et terre et offre
des berges cheminables. Les berges aux
abords de l'ouvrage sont à pente douce
Baudet PRA2799 279,900 14 Cadre simple 1 /2 En rive gauche En rive gauche Non
substrat limoneux est recouvert en totalité
de végétation aquatique et immergée.
Cours d'eau d'environ 1,50 m de largeur,
profond avec un fort débit, dont la
majorité du lit reconstitué de pierres et
immergé. Les berges ont une pente
douce et son peu végétalisées.
Fontgerveau PRA2818 281,827 15 Cadre simple 0 / 2 Dans le lit Aucune Oui
Cours d'eau forestier étroit et méandriforme
avec de nombreux systèmes racinaires,
végétalisé avec des mares adjacentes
entièrement recouvertes de végétation
aquatique, le substrat du fond est limoneux.
Cours d'eau d'environ 1,50 m de largeur
et peu profond qui méandre dans un lit
reconstitué en pierres et graviers,
dépourvu de végétation aquatique et
immergée. Les berges sont raides, et la
végétation a entièrement recouvert les
souches rapportées sur les berges.
Lafont PRA2895 289,560 15 Cadre simple 2 / 0 Aucune Aucune Oui
Zone humide boisée avec des berges à pente
douce et une strate herbacée dense et
continue, le niveau d'eau est peu profond
avec un lit méandriforme dans la zone
humide. Le lit à substrat limoneux est
recouvert de végétation aquatique est
immergée.
Cours d'eau d'environ 1,50 m de largeur
et peu profond qui méandre dans un lit
reconstitué en pierres et graviers,
dépourvu de végétation aquatique et
immergée. Les berges sont raides et
dépourvues de végétation.

9
III. METHODOLOGIES
Quatre types de suivis ont été associés pour évaluer la fréquentation des 10 ouvrages par la faune :
 Deux méthodes d’inventaire non spécifiques susceptibles de détecter toutes les espèces : les
capteurs d’empreintes et les pièges photographiques.
 Deux méthodes d’inventaires plus ciblées : la recherche spécifique d’indices de Loutre et
l’utilisation de tubes capteurs d’indices de micromammifères.
III.1. MISE EN PLACE DE CAPTEURS D’EMPREINTES
III.1.1. Les plaques à empreintes
Les plaques à empreintes sont constituées de deux éléments de base couvrant toute la largeur de
l’aménagement : une feutrine imbibée d’une encre spécifique, et, de part et d’autre, des feuilles de
papier (format A4) préalablement imbibées d’un révélateur et séchées. Ainsi, tout animal qui passe
sur la feutrine dans un sens comme dans l’autre, s’imprègne les pieds d’encre puis appose ses
empreintes (instantanément révélées) sur les feuilles disposées sur sa trajectoire. Par conséquent, ce
capteur ne cible pas une espèce en particulier, mais vise à inventorier toute espèce empruntant les
banquettes.
Les éléments de base se présentent sous forme de planches en contre-plaqué (50 x 30 x 1 cm ou 50 x
50 x 1 cm) qui sont fixées sur les banquettes. Les tests réalisés lors de la mise au point de la
technique ont montré une absence de détection de certains passages, liée à l’enjambement de la
feutrine et/ou des feuilles révélatrices, lorsque ceux-ci mesuraient 30 cm de long : chaque élément
doit donc présenter une longueur minimale de 50 cm, portant ainsi la longueur minimale de la
plaque à empreintes à 1,50 m. Par ailleurs, la standardisation des éléments de base aux largeurs 30
et 50 cm confère un caractère modulable à l’ensemble, facilitant ainsi l’équipement de banquettes
de différentes largeurs (30 cm, 50 cm, 80 cm, 100 cm, etc…), tout en respectant la longueur minimale
(Planche-photos 1).
Planche-photos 1 : Illustrations de deux typologies de plaques à empreintes.
Ouvrage de la Cabourne : les quatre banquettes,
larges de 50 cm, présentent des plaques à empreintes
standards, avec six éléments de 50x30 cm (V. Maurie
– GREGE)
Ouvrage de la Faye : la plaque à empreintes a été
élargie grâce à un élément de 50 cm et un élément de
30 cm, afin de couvrir les 80 cm des banquettes
supérieures. (C. Bout – GREGE)

10
III.1.2. Protocole de suivi
Au total, 34 plaques à empreintes (soit 213 planches) ont été mises en place sur l’ensemble des
banquettes des 10 ouvrages hydrauliques suivis (Tableau II) entre le 30 septembre et le 2 octobre
2014.
La première session de suivi a démarré avec la mise en fonctionnement des capteurs les 15 et 16
octobre 2014. Puis, un contrôle a été réalisé tous les 10 jours environ, pour un total de 43 jours de
suivi par capteur, soit quatre contrôles.
Six des 34 banquettes suivies sont équipées d’une encoche à Musaraigne. Sur ces banquettes, les
capteurs ont été installés de manière à suivre également la fréquentation dans ces encoches.
Tableau II : Descriptif des aménagements des ouvrages suivis
Ouvrage PK Lot
Nombre de
banquettes
Largeurs des banquettes
(cm)
Nombre d’encoches à
Musaraigne
Grande Eau 227,090 12 4 47 (x2) ; 55 (x2) 0
Faye 230,450 12 4 80 (x2) ; 50 (x2) 2
Viveronne 240,975 13 4 90 (x2) ; 50 (x2) 0
Chez Balais 247,341 13 4 90 (x2) ; 50 (x2) 0
Cabourne 250,482 13 4 50 0
Quatre Puits 254,600 14 4 60 2
Nauve 260,600 14 3 99 (x1) ; 56 (x2) 1
Baudet 279,900 14 3 98 ; 50 ; 60 1
Fontgerveau 281,827 15 2 48 0
Lafont 289,560 15 2 48 0
III.1.3. Relevé et identification des empreintes
A chaque contrôle, les feuilles révélatrices ont été enlevées et remplacées par des feuilles vierges dès
que la présence d’empreintes de mammifères et/ou d’amphibiens était constatée.
Toutes les feuilles ont ensuite été analysées afin, d’une part, de déterminer le nombre de passages
(c’est-à-dire le nombre de voies différentes dans chacun des sens de déplacement) et, d’autre part,
d’attribuer chacune des voies et des empreintes la constituant à une espèce ou un groupe d’espèces.
Pour les espèces de taille moyenne (de la Belette au Chien), le nombre de passages a été déterminé
par comptage précis à vue. En revanche, pour les petits micromammifères, deux cas de figure se
présentent : 1) fréquentation constituée de quelques passages bien identifiables et comptables à
vue ; 2) Fréquentation très intense compliquant la lisibilité et ne permettant pas d’identifier chacun
des passages. (Planche-photos 2). Dans ce deuxième cas, une méthode a été développée pour
estimer le nombre de passages : toutes les empreintes ont été dénombrées dans une bande de 10
cm adjacente à la feutrine et le nombre obtenu a été divisé par le nombre moyen d’empreintes
déposées par les micromammifères pour un passage sur une voie de 10 cm (ce nombre moyen a été
défini dans le cadre d’une évaluation expérimentale menée par le GREGE sur 56 planches de
référence de micromammifères). C’est cette estimation du nombre de passages qui servira
d’indicateur pour chaque contrôle.

11
Planche-photos 2 : Exemple de planches de petits micromammifères analysées. (©GREGE)
Le nombre de passages est facilement estimable à vue : on distingue deux passages.
La densité d’empreintes complique la lisibilité des passages, le nombre d’empreintes est alors compté dans une
bande de 10 cm adjacente à la feutrine. On compte 33 empreintes dans la zone de 10 cm, ce qui correspond à
cinq passages de petits micromammifères selon la méthode estimative développée par le GREGE (V. Maurie –
GREGE.).

12
Les identifications reposent sur une clé spécifique aux capteurs d’empreintes à encre développée par
le GREGE (Maurie, 2013). Cette dernière permet de distinguer les empreintes de petits carnivores
sauvages ou domestiques entre eux (excepté la Belette de l’Hermine, faute d’empreintes de
référence d’Hermine), mais aussi d’autres espèces de mammifères, telles que l’Ecureuil, les Gliridés,
le Ragondin ou le Hérisson par exemple. En revanche, pour les micromammifères, faute
d’empreintes de référence exhaustives des espèces, la clé n’a à ce jour pas encore été finalisée et
seuls deux groupes ont été distingués en fonction de la taille des empreintes : les « petits
micromammifères » correspondant aux petits muridés, aux petits campagnols et aux musaraignes, et
les « grands micromammifères » correspondant aux gros muridés Rattus sp. et aux grands
campagnols Arvicola sp (incluant ainsi le Campagnol amphibie). Le taux d’erreur d’identification des
quatre collaborateurs du GREGE, toutes catégories confondues, est de 1,8 %. En complément, les
passages d’amphibiens ou de reptiles peuvent également être identifiés.
Dans le cadre de cette étude, les espèces ou groupes identifiés ont été les suivants :
- Belette/Hermine
- Fouine
- Martre
- Martes sp
- Putois
- Putois/Martre (Qualité des empreintes ne
permettant pas de discriminer les deux)
- Vison sp
- Vison/Fouine (Qualité des empreintes ne
- Vison/Martes sp (Qualité des empreintes
ne permettant pas de discriminer les
deux)
- Mustélidé
- Chat
- Genette
- Genette/Chat (Qualité des empreintes ne
- Chien
- Loutre/Canidé (Qualité des empreintes
insuffisante)
- Renard
- Carnivore (Qualité des empreintes
insuffisante)
- Ragondin
- Grands micromammifères
- Petits micromammifères
- Anoures
- Urodèles
Planche-photos 3 : Illustrations d’empreintes pouvant être obtenues par capteur d’empreintes pour quatre
espèces fréquentant les ouvrages hydrauliques. (© GREGE)
Genette Urodèle
Vison d’Europe Surmulot / Arvicola sp

13
III.1.4. Analyse des données
Dans le cadre de cette étude, la fréquentation des ouvrages hydrauliques a été évaluée par le
nombre de passages par espèce et/ou groupe d’espèces, ainsi que par la diversité spécifique
(nombre d’espèces différentes ayant fréquenté l’ouvrage).
Bien que le Chat et le Chien aient été détectés lors des analyses d’empreintes, ces espèces
domestiques ont été écartées des traitements de données. Les passages « Genette/Chat » étant
constamment associés aux ouvrages où du chat était présent, ces passages ont également été exclus
des petits carnivores lors des analyses.
Après une analyse de la fréquentation générale des ouvrages toutes espèces confondues, des
analyses plus précises ont été réalisées distinctement sur trois groupes, en considérant que ces
derniers ne présentent potentiellement pas les mêmes « préférences » écologiques pour leurs
déplacements : les petits carnivores (Belette/Hermine, Mustélidés moyens et Genette), les
micromammifères (petits et grands), et les amphibiens (Anoures et Urodèles). La fréquentation par
ouvrage et/ou par niveau de banquette (inférieure ou supérieure) a ainsi été étudiée.
Afin d’évaluer l’intérêt pour les micromammifères des « encoches à Musaraigne », un sous-groupe a
été constitué à partir des banquettes qui en étaient équipées et la fréquentation de ces encoches a
été comparée à celle de la zone découverte de la même banquette.
Face à certains échantillons trop réduits, aucun test statistique n’a pu être réalisé et seuls les
résultats bruts sont présentés et le cas échéant commentés. Les méthodologies de test utilisées sont
présentées dans le tableau ci-dessous. Pour tous les tests, les différences ont été considérées
significatives pour p 0,05.
Tableau III : Tests statistiques utilisés selon les comparaisons recherchées
Comparaison
Test χ² suivi des tests de
comparaisons multiples
Test χ²
(conformité)
Test de
Wilcoxon
Comparaison des fréquentations des niveaux de banquette
entre la Genette, la Fouine et la Belette/Hermine
X
Pour les « petits micromammifères », comparaison des
fréquentations des niveaux de banquette entre les différents
ouvrages
X
Pour les « petits micromammifères », comparaison des
fréquentations encoche/hors encoche entre les différents
ouvrages
X
Comparaison de la répartition des passages de la
Belette/Hermine en fonction du niveau de la banquette, tous
ouvrages confondus
X
Comparaison de la répartition des passages de la Genette en
fonction du niveau de la banquette, tous ouvrages confondus
X
Comparaison de la répartition des passages de la Fouine en
fonction du niveau de la banquette, tous ouvrages confondus
X
Pour chaque ouvrage, comparaison de la répartition des
passages de « petits micromammifères » en fonction du
niveau de la banquette
X
Comparaison de la répartition des passages d’amphibiens
selon encoche/hors encoche, tous ouvrages confondus
X
Comparaison du nombre moyen d’espèces détectées entre
les contrôles 4 et 3
X

14
III.2. MISE EN PLACE DE PIEGES PHOTOGRAPHIQUES
III.2.1. Généralités
Le « piège photographique » est une méthode d’inventaire complémentaire, qui permet, grâce à
l’installation judicieuse d’appareils photos à déclenchement automatique, d’obtenir des clichés ou
des films des espèces fréquentant la zone détectée par l’appareil. Cette méthode, loin d’être
exhaustive, apporte des compléments d’information importants par rapport aux autres méthodes
d’inventaire utilisées, car elle peut permettre d’identifier plus facilement certaines espèces, d’évaluer
éventuellement le nombre d’individus circulant au même moment sur la banquette, mais également
d’obtenir des informations sur le comportement des animaux, notamment concernant les rythmes
d’activité ou l’utilisation des cheminements potentiels.
A l’heure actuelle, les modèles disponibles sur le marché sont très variés, et les résultats obtenus
dépendent en grande partie du choix du modèle et des réglages réalisés, en fonction des objectifs
des études et des espèces ciblées. Dans le cadre de cette étude, et lors de cette première session de
suivi des ouvrages hydrauliques, trois modèles d’appareils ont été utilisés : le Reconyx HC 500, le
Moultrie 990 I et le Bushnell TC 119436. Le matériel est constitué d’un kit comprenant l’appareil
photo à déclenchement automatique, un boîtier de protection métallique, et un câble avec un
cadenas pour fixer et sécuriser l’ensemble.
III.2.2. Ouvrages concernés
Des pièges photographiques ont été installés les 6 et 7 novembre 2014 dans cinq des dix ouvrages
suivis, et couplés à l’une des plaques à empreintes en place (Tableau IV ; Planche-photos 4). Chaque
piège photographique a été mis en place à l’aval de l’ouvrage et tourné vers l’amont. Ainsi, un animal
pris de face se dirige vers l’aval, excepté pour celui de l’ouvrage de Fontgerveau qui a été placé à
l’amont et orienté vers l’aval. Les pièges photographiques ont été contrôlés au même rythme que les
plaques à empreintes associées, c'est-à-dire à une dizaine de jours d’intervalle, pendant une
trentaine de jours, soit trois contrôles.
Chaque contrôle d’un piège photographique comporte les vérifications de l’installation, de la prise de
vue de l’appareil, des réglages de sensibilité et du nombre de prises de vue successives, ainsi que le
changement de la carte SD et le changement des piles si nécessaire. Les cartes SD ont été contrôlées
rapidement sur place grâce à un petit lecteur, permettant de s’assurer du bon fonctionnement du
matériel. Le contenu des cartes a ensuite été visionné en plein écran sur un ordinateur, et l’ensemble
des informations liées à chaque relevé saisi dans une géodatabase ArcGis dédiée. Tous les clichés ont
été visionnés, mais seuls les clichés de Mammifères ont été saisis dans la base de données.
Le choix des cinq banquettes à suivre par pièges photographiques s’est basé sur les résultats de
fréquentation issus du premier contrôle des capteurs d’empreintes : les banquettes les mieux
fréquentées (plusieurs passages et/ou plusieurs espèces) ont été privilégiées, excepté pour
Fontgerveau, où la fréquentation était extrêmement faible, et où l’intérêt de la pose d’un piège
photographique était de vérifier si cette faible fréquentation était réelle ou si elle provenait d’un
problème d’ordre technique.

15
Tableau IV : Détails du suivi des ouvrages par pièges photographiques
Ouvrage PK Modèle
Date de
pose
Date de
retrait
Durée du suivi
(nuits)
Banquette ciblée
Grande Eau 227,090 Moultrie 990I 6/11/2014 8/12/2014 32 Banquette haute, rive gauche
Viveronne 240,975 Moultrie 990I 6/11/2014 8/12/2014 32 Banquette basse, rive gauche
Cabourne 250,482 Reconyx HC 500 6/11/2014 8/12/2014 32 Banquette basse, rive droite
Quatre Puits 254,600 Bushnell TC 119437 7/11/2014 8/12/2014 31 Banquette haute, rive gauche
Fontgerveau 281,827 Reconyx HC 500 7/11/2014 8/12/2014 31 Banquette basse, rive gauche
Planche-photos 4 : Illustrations du positionnement des cinq pièges photographiques. (V. Maurie – GREGE)
Ouvrage de la Grande Eau Ouvrage de la Viveronne
Ouvrage de la Cabourne Ouvrage des Quatre Puits
Ouvrage de Fontgerveau

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III.2.3. Analyse des données
Une série de clichés successifs d’un même animal à un même horaire a été considérée comme une
seule et même observation. Pour chaque observation, ont été notés et saisis, l’horaire du premier
cliché, le nombre total de prises de vue, le nombre d’individus différents observés en même temps,
la position de l’animal sur le cliché (de dos, de face, perpendiculaire,…), et toute remarque ou
observation particulières sur l’animal observé ou son comportement.
Selon la qualité du cliché et/ou la position de l’animal par rapport à l’objectif, l’identification des
espèces observées a été plus ou moins précise, également selon la vitesse de déplacement de
l’animal et donc le nombre de clichés successifs. En effet, la présence de plusieurs clichés successifs
facilite une identification certaine de l’espèce observée, l’individu changeant de position et faisant
apparaître une autre partie de son corps ou des critères supplémentaires caractéristiques.
Cependant, cette pluralité de clichés nécessite que l’animal ait une allure modérée au passage
devant l’appareil, voire même qu’il s’arrête, pour sentir le capteur ou pour marquer la zone, par
exemple.
III.3. RECHERCHE D’INDICES DE PRESENCE DE LA LOUTRE
La Loutre d’Europe, mustélidé semi-aquatique, a été retenue comme espèce indicatrice de
l’évaluation de la fréquentation des ouvrages de la LGV SEA par les petits mammifères. Pour cela, le
suivi de la fréquentation par la Loutre de l’ouvrage lui-même et des milieux situés en amont de la
LGV nous permettra d’évaluer dans la durée l’efficacité des aménagements réalisés à l’intérieur des
ouvrages. L’indicateur sera le taux d’ouvrages fréquentés et le taux de places de marquage
fréquentées à l’amont.
Les prospections menées cet automne 2014 sur un premier échantillon de 10 ouvrages avaient pour
objectif d’engager les premiers suivis, de tester le protocole proposé et d’évaluer sa faisabilité dans
le temps en mettant en évidence les éventuelles difficultés techniques.
III.3.1. Protocole
L’inventaire de la Loutre est basé sur la recherche d’indices indirects tels que coulées, empreintes et
surtout épreintes (crottes ou fèces) caractéristiques de l’espèce. Le protocole le plus couramment
utilisé est celui proposé par l’IUCN pour son inventaire (600m de linéaire de berge parcourus à la
recherche d’indices). Cependant, nous nous sommes orientés vers un autre protocole plus adapté
aux prospections répétées dans le temps et devant montrer une évolution de l’utilisation des
territoires par la Loutre.
Le protocole proposé s’inspire de celui décrit par Chanin (2005) pour le suivi de l’espèce dans les sites
Natura 2000. Il est basé sur le repérage, la sélection et le suivi de places de marquage potentielles
(pont, confluence, banc de sable…) en considérant que l’évolution de la fréquentation de ces stations
prédéfinies est le reflet de l’occupation et/ou de l’utilisation de l’espace par la Loutre.
Dans notre cas, cinq places potentielles de marquage ont été uniformément réparties en amont de la
ligne. Elles ont été sélectionnées à partir de la visite d’un nombre supérieur de points d’accès faciles
au cours d’eau (ponts essentiellement) le long desquels 50 mètres ont été parcourus pour trouver la
place adéquate pouvant être facilement suivie jusqu’en 2025.
Ces places ont été visitées une fois au cours de l’automne 2014. Les indices découverts ont été
dénombrés et effacés pour matérialiser les nouvelles fréquentations lors des futurs suivis.
En complément, l’ouvrage a été parcouru pour rechercher des épreintes et leur position sur les
cheminements potentiels dans l’ouvrage a été notée (banquette inférieure ou supérieure ou lit).

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L’ouvrage étant une zone de marquage préférentiel, il a été visité à deux reprises au cours de cet
automne 2014 avec dénombrement des indices et effacement pour matérialiser les nouvelles
fréquentations.
Planche-photos 5 : Exemples d’indices caractéristiques de Loutre.
Marquage de la Loutre, épreintes (E. Laoué - GREGE) Empreinte, gratté et épreinte de Loutre sur banc de
sable (E. Laoué – GREGE)
III.3.2. Autres données de présence
A l’occasion de toutes les visites de terrain menées par le GREGE, tout indice de circulation de la
Loutre aux abords de l’ouvrage a également été noté, pouvant ainsi venir renforcer le jeu de données
recueilli à l’aide des prospections standardisées.
III.4. MISE EN PLACE DE TUBES CAPTEURS D’INDICES POUR
LES MICROMAMMIFERES
III.4.1. Types de tubes et distribution au sein de l’ouvrage
Deux typologies de tubes capteurs d’indices ont été utilisées dans le cadre de ce suivi. Les tubes
capteurs de fèces, qui ciblent spécifiquement par l’appât la Crossope aquatique et les autres
Soricidés, et les tubes capteurs de poils, qui sont utilisés afin de capter un panel plus large d’espèces
de micromammifères. L’un comme l’autre, ces tubes ont été répartis à l’intérieur et à l’extérieur de
l’ouvrage, afin d’évaluer et de comparer la présence des espèces à l’intérieur de l’ouvrage et à ses
abords. Pour cela, ils ont été distribués à l’intérieur au nombre de trois tubes par niveau de
circulation (banquettes et atterrissements du lit), un sur le tiers amont de l’ouvrage, un au centre,
puis un sur le tiers aval. A l’extérieur, quatre tubes ont été disposés, un par rive et par côté amont /
aval.
Le nombre de tubes capteurs d’indices a donc été dépendant du nombre de cheminements dans les
ouvrages, et a été en moyenne d’une vingtaine de tubes par ouvrage (7 -22).

18
III.4.2. Tubes capteurs de fèces pour la Crossope aquatique et
les Soricidés
L’inventaire de la Crossope aquatique au sein des ouvrages a été fait à l’aide de tubes capteurs de
fèces, appâtés avec des larves de mouches congelées maintenues dans un porte-appât.
Conformément au protocole développé par le GREGE (Bout, 2010), les tubes sont restés en place
durant six nuits consécutives. Lors de leur fréquentation, les micromammifères sont susceptibles d’y
laisser des déjections qui sont alors récoltées. Le contenu des fèces est ensuite analysé soit par
identification génétique, soit par recherche directe des proies aquatiques caractéristiques du régime
alimentaire de la Crossope aquatique.
Pour les prélèvements réalisés cet automne 2014, ils ont tous été traités par analyse génétique pour
calibrer la technique, évaluer les taux d’identification et définir les contraintes pratiques de
conditionnement. Ces analyses sont en cours et les résultats finaux ne seront disponibles qu’en mars-
avril 2015.
Planche-photos 6 : Photographies illustratives de la pose des tubes sur différents cheminements.
Tube collecteur de fèces sur une banquette d’ouvrage
hydraulique (C. Bout - GREGE)
Tube collecteur de fèces disposé dans le lit de
l’ouvrage, proche d’un refuge à
micromammifères (C. Bout – GREGE).
Le suivi proposé en 2014 consistait à réaliser un sondage sur chacun des 10 ouvrages, afin de
répondre à deux objectifs :
 Mettre en évidence la présence de l’espèce aux abords des ouvrages hydrauliques.
 Evaluer l’importance la fréquentation à l’intérieur des ouvrages, ainsi que la fréquentation
des aménagements, afin de caractériser l’efficacité des dispositifs mis en place pour assurer
la transparence de l’infrastructure pour ce cortège.
Dans le cadre de ce suivi, 190 tubes capteurs de fèces ont été mis en place dans les 10 ouvrages
suivis en deux opérations, l’une du 8 au 14 octobre 2014 et la seconde du 29 octobre au 4 novembre
2014.

19
III.4.3. Tubes capteurs de poils pour les micromammifères
Les tubes capteurs de poils visent à détecter différentes espèces de micromammifères.
Deux types de tubes ont été utilisés :
 Des tubes de 50 mm de diamètre, appâtés avec un mélange de beurre de cacahuètes,
noisettes et millet afin de cibler les espèces les plus petites.
 Des tubes de 80 mm de diamètre, ciblant les plus gros rongeurs, tels que Campagnol
amphibie et rats. En effet, ces espèces sont par ailleurs détectées par les plaques à
empreintes, et ces tubes viennent en complément : ils ont donc été disposés uniquement au
centre de l’ouvrage sur chaque niveau de cheminement, soit de deux à huit tubes par
ouvrage.
Le dispositif de captage se compose d’une plaquette adhésive et amovibler. Ces tubes ont été laissés
en place durant un mois.
Planche-photos 7 : Photographies illustratives de la pose des tubes à poils.
Tube collecteur de poils – Diam. 50 mm (C. Bout -
GREGE)
Tube collecteur de poils – Diam 80 mm (C. Bout –
GREGE).
Lors de la récupération finale, les capteurs chargés de poils ont été conditionnés pour permettre une
analyse qui est de deux types :
 Une analyse microscopique de la structure des poils permettant de discriminer des groupes,
voire des espèces.
 Une analyse génétique permettant une identification jusqu’à l’espèce, dès lors que la
quantité et qualité de l’ADN sont suffisantes. Pour limiter les analyses, les prélèvements
collectés ont été regroupés en 5 pools maximum par ouvrage, correspondant aux zones (1)
amont, (2) aval, (3) aux cheminements dans le lit, (4) sur les banquettes inférieures, (5) sur
les banquettes supérieures de l’ouvrage.
Pour les poils collectés en 2014, il s’agissait de calibrer la technique génétique, c'est-à-dire de tester
et d’évaluer les techniques d’extraction des follicules pileux des plaquettes adhésives, de définir les
contraintes pratiques de conditionnement et d’évaluer les taux d’identification avec le protocole
actuel de collecte. Ces analyses sont en cours et les résultats finaux ne seront disponibles qu’en
mars-avril 2015.

20
III.4.4. Caractéristiques des ouvrages suivis et de leurs abords
Cette analyse descriptive a pour objectif d’évaluer l’influence des caractéristiques générales et
locales des ouvrages et des aménagements fréquentés par la Crossope aquatique et les Soricidés.
Des paramètres spécifiquement relevés pour le suivi de la fréquentation des micromammifères sont
venus compléter les paramètres descriptifs des ouvrages communs à toutes les techniques.
Une première analyse a été réalisée en prenant en compte divers caractéristiques descriptives des
ouvrages hydrauliques :
 La présence d’un lit cheminable dans l’ouvrage.
 La présence de caches à musaraignes dans l’ouvrage.
 La présence d’une encoche à Musaraigne dans l’ouvrage.
 La présence simultanée d’une encoche et de caches à musaraignes.
Une seconde analyse a été réalisée en prenant en compte les paramètres de configuration de pose
liés au positionnement du tube lui-même :
 La localisation dans l’ouvrage : extérieur amont, extérieur aval, tiers intérieur amont de
l’ouvrage, tiers intérieur aval de l’ouvrage et centre de l’ouvrage.
 Le niveau du cheminement : atterrissement du lit, banquette inférieure (50 cm de hauteur),
banquette supérieure (100 cm de hauteur).
 La position du tube : contre la paroi, au milieu de la banquette, dans une cache à
musaraignes, dans l’encoche à Musaraigne ou à la jonction de l’encoche avec une cache à
musaraignes.
IV. RESULTATS
IV.1. EVALUATION DE LA FREQUENTATION A L’AIDE DE
CAPTEURS D’EMPREINTES
IV.1.1. Données générales
Les dix ouvrages hydrauliques suivis par plaques à empreintes ont été fréquentés, avec un total de
698 passages observés sur les banquettes. Un seul de ces passages n’a pu être identifié et a été
classé comme «espèce indéterminée ».
Sur les 697 passages identifiés (Tableau V), 45 ont été attribués aux Amphibiens et 652 aux
mammifères dont les carnivores domestiques. Parmi ces mammifères, 23 % des passages
appartiennent aux espèces domestiques détectées, à savoir le Chat et Chat/Genette (142 passages)
et le Chien (7 passages).
Neuf ouvrages sur les 10 ont été fréquentés par au moins une espèce sauvage dont huit par les petits
carnivores.
Au sein des espèces sauvages, les petits carnivores sauvages représentent 18 % des passages de
mammifères, contre 72 % pour les micromammifères, dont 93 % de petits micromammifères. Enfin,
seules deux autres espèces de mammifères ont été contactées, le Ragondin et le Renard, et
représentent à elles deux moins de 1 % des passages mis en évidence.
En moyenne, 55 passages toutes espèces sauvages confondues ont eu lieu par ouvrage au cours des
43 jours de suivi, dont 40 de micromammifères, 10 de petits carnivores, le reste étant d’autres
mammifères (Renard, Ragondin) ou des Amphibiens.

21
Tableau V : Synthèse par ouvrage du nombre de passages par espèce ou groupe d’espèces.
Les « Mustélidés indéterminés » correspondent à des mustélidés de taille moyenne, c’est-à-dire autres que la Loutre et la Belette/Hermine.
Ouvrage PK
Nombre de passages
Chien
Chat
Genette/Chat
Totalespècesdomestiques
Indéterminée
Genette
Belette/Hermine
Fouine
Martre
Martessp
Putois
Putois/Martre
Visonsp
Vison/Fouine
Mustélidéindéterminé
TotalPetitscarnivores
PetitsMicromammifères
Grandsmicromammifères
TotalMicromammifères
Ragondin
Carnivoreindéterminé
Renard
TotalMammifèressauvages
Anoure
Urodèle
TotalAmphibiens
Totaltoutesespècessauvages
confondues
%del’ouvrageparrapportau
nombretotaldepassagestoutes
espècessauvagesconfondues
Grande Eau 227,090 0 0 0 0 0 5 2 1 1 1 0 0 0 0 1 11 39 4 43 2 1 1 58 0 0 0 58 11%
Faye 230,450 0 8 3 11 0 1 3 14 0 0 0 0 0 1 0 19 32 7 39 1 1 0 60 0 1 1 61 11%
Viveronne 240,975 2 5 3 10 0 4 6 6 1 2 1 0 1 0 5 26 131 0 131 0 2 0 159 0 0 0 159 29%
Chez Balais 247,341 3 12 6 21 1 0 0 5 2 1 0 0 0 1 0 9 20 0 20 0 0 0 29 0 5 5 34 6%
Cabourne 250,482 0 0 0 0 0 0 0 3 1 3 0 1 0 1 6 15 11 0 11 0 0 0 26 0 1 1 27 5%
Quatre Puits 254,600 0 3 0 3 0 5 0 1 0 0 0 0 0 0 1 7 23 0 23 0 0 0 30 0 4 4 34 6%
Nauve 260,600 1 39 2 42 0 0 0 3 1 0 0 0 0 1 1 6 17 1 18 0 0 0 24 9 20 29 53 10%
Baudet 279,900 1 14 7 22 0 3 0 0 0 1 0 0 0 1 1 6 86 0 86 0 1 0 93 0 5 5 98 18%
Fontgerveau 281,827 0 8 1 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0%
Lafont 289,560 0 30 1 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 14 24 0 0 0 24 0 0 0 24 4%
TOTAL 7 119 23 149 1 18 11 33 6 8 1 1 1 5 15 99 369 26 395 3 5 1 503 9 36 45 548 100%

22
Au regard du nombre total de passages toutes espèces confondues, cinq des dix ouvrages suivis se
distinguent avec une proportion de passages supérieure ou égale à 10 % du nombre total de
passages sur l’ensemble des ouvrages (Tableau V). L’ouvrage de la Viveronne est le plus fréquenté
avec 159 passages (soit 29 % du total). Vient ensuite le Baudet avec 98 passages (18%). Les ouvrages
de la Faye, de la Grande Eau et de la Nauve sont les trois autres les plus fréquentés avec entre 53 et
61 passages (10 à 11%).
L’ouvrage de Fontgerveau est l’ouvrage actuellement sans fréquentation d’espèce sauvage et une
fréquentation exclusive par le Chat domestique.
Il convient de préciser qu’une partie des résultats présentés est influencée par les cheminements
potentiels dans le lit qui, lors de ce suivi, n’étaient pas équipés de capteurs. Il conviendra à l’avenir
de concevoir des dispositifs permettant d’évaluer cette fréquentation qui, à elle seule, peut assurer
la fonctionnalité de l’ouvrage et expliquer certaines absences de passages sur telle ou telle
banquette.
La suite des analyses est concentrée sur les deux cortèges indicateurs retenus que sont pour l’heure
« les petits carnivores » et « les micromammifères ». Un cas particulier sera fait des données
enregistrées sur les Amphibiens permettant d’envisager d’utiliser la technique comme outil
d’évaluation de la transparence des ouvrages pour le cortège.
IV.1.2. Analyse par groupe d’espèces
IV.1.2.1. Les petits carnivores sauvages
IV.1.2.1.1.Approche par ouvrage
Une fréquentation par des petits carnivores sauvages a été mise en évidence dans huit des dix
ouvrages suivis. Aucun petit carnivore n’a été détecté dans les ouvrages de Fontgerveau et du
Lafont, excepté du Chat domestique (dont deux passages de Genette/Chat considérés comme ayant
une forte probabilité d’être du Chat ; Tableau V).
Les huit ouvrages positifs aux petits carnivores ont tous été fréquentés par des Mustélidés de taille
moyenne, avec un total de 70 passages alors que seulement cinq d’entre eux l’ont été par la Genette.
La Fouine est l’espèce la plus courante avec 33 passages et aucune Loutre n’a été détectée.
Il est intéressant de noter qu’un contact « Vison sp. » a été enregistré sur l’ouvrage de la Viveronne.
Il convient de rester prudent sur cette première identification réalisée sur seulement deux
empreintes.
La Belette n’est pour l’heure détectée que sur la Grande Eau, la Faye et la Viveronne avec
notamment deux passages observés dans une encoche à Musaraigne (cf. IV.1.3).
Les ouvrages de la Faye, la Viveronne et la Cabourne sont les plus fréquentés puisqu’ils
comptabilisent à eux trois 57 % des passages de Mustélidés (Tableau VI). Il est intéressant de noter
que trois ouvrages, celui de la Grande Eau, de la Faye et de la Viveronne, ont été simultanément
fréquentés par la Genette, la Belette/Hermine et d’autres Mustélidés de taille moyenne (Tableau VI).

23
Tableau VI : Nombre de passages par groupe d’espèces et diversité spécifique de petits carnivores par
ouvrage. Les « Mustélidés moyens » regroupent tous les passages identifiés à l’espèce et tous ceux attribués
aux Mustélidés mais dont l’identification de l’espèce est incertaine.
Typologie
d'aménagement
Ouvrage PK Lot
Nombre de passages Diversité
spécifiquede
petits carnivoresGenette Belette/Hermine
Mustélidés
moyens
Deux banquettes sur
chaque rive
Grande Eau 227,090 12 5 2 4 4
Faye 230,450 12 1 3 15 3
Viveronne 240,975 13 4 6 16 6
Chez Balais 247,341 13 0 0 9 3
Cabourne 250,482 13 0 0 15 2
Quatre Puits 254,600 14 5 0 2 2
Deux banquettes en
rive gauche et une
seule en rive droite
Nauve 260,600 14 0 0 6 3
Baudet 279,900 14 3 0 3 2
Seulement deux
banquettes en rive
gauche
Fontgerveau 281,827 15 0 0 0 0
Seulement deux
banquettes en rive
droite
Lafont 289,560 15 0 0 0 0
TOTAL 18 11 70
IV.1.2.1.2.Approche par banquette
Bien que les effectifs actuels ne permettent pas d’estimer statistiquement les cheminements
préférentiels pour toutes les espèces détectées (Tableau VII), les analyses montrent tout de même
que la Genette a significativement plus utilisé les banquettes inférieures que les supérieures alors
que le constat est inversé pour la Fouine (Tableau VIII). Pour la Belette/Hermine, la distribution des
passages en fonction du niveau de la banquette n'a pas varié de façon significative.
Ces résultats sont d’ailleurs corroborés par les comparaisons des espèces entre elles (χ²=16,156,
p<0,001 ; ddl = 2) montrant que la Fouine a une utilisation significativement différente de la Genette
et de la Belette/Hermine (Tableau IX).

24
Tableau VII : Nombre total de passages par ouvrage et par banquette pour ceux identifiés à l’espèce ou au
groupe d’espèce le plus précis possible (cas de Belette/Hermine et Vison sp). Les passages qui ont eu lieu sur
les rives qui ne présentent qu’une seule banquette ont été exclus de l’analyse statistique.
Typologie
d'aménagement
Ouvrage PK Niveau de banquette
Nombre de passages
Genette Belette/Hermine Fouine Martre Putois Vison sp
Deux
banquettes sur
chaque rive
Grande Eau 227,090
Banquette supérieure 2 2 1 1 0 0
Banquette inférieure 3 0 0 0 0 0
Faye 230,450
Viveronne 240,975
Chez Balais 247,341
Cabourne 250,482
Quatre Puits 254,600
Deux
banquettes en
rive gauche et
une seule en
rive droite
Nauve 260,600
Baudet 279,900
Seulement
deux
banquettes en
rive gauche
Fontgerveau 281,827
Seulement
deux
banquettes en
rive droite
Lafont 289,560
TOTAL 16 11 30 5 1 1
Tableau VIII : Répartition des passages en fonction du niveau de la banquette pour les trois petits carnivores
les plus détectés (tous ouvrages avec deux banquettes sur chaque rive confondus (n=6)).
Espèce
Nombre
d’ouvrages
fréquentés
Nombre de passages
Banquette
supérieure
Banquette
inférieure
Total
Résultat du test du χ²
(ddl=1)
Genette 4 3 12 15 Χ²=5,400; p=0,020
Belette/Hermine 3 3 8 11 Χ²=2,270 ; p=0,131
Fouine 6 23 7 30 Χ²=8,533 ; p=0,003
(En rose, les différences significatives)

25
Tableau IX : Résultats des tests de comparaisons multiples des espèces entre elles relatifs à l’utilisation des
banquettes supérieures et inférieures.
au seuil α’=0,017 et ddl=1 Genette Belette/Hermine
Belette/Hermine test de Fisher, p=1 -
Fouine χ²=10,942, ddl=1, p<0,001 χ²=6,469, p=0,011
IV.1.2.2. Les micromammifères
IV.1.2.2.1.Approche par ouvrage
Des petits micromammifères ont été contactés dans la quasi-totalité des ouvrages (Tableau V),
excepté celui de Fontgerveau. Les ouvrages de la Viveronne et du Baudet sont les plus fréquentés par
ce groupe puisqu’ils présentent plus de 20 % des passages.
Les grands micromammifères ont été mis en évidence dans 4 des 10 ouvrages suivis (la Faye, la
Grande Eau, la Nauve et le Lafont) mais l’ouvrage du Lafont est le plus fréquenté puisqu’un peu plus
de la moitié des passages de ce groupe y ont été enregistrés. Ils ont tous été fréquentés
simultanément par des petits micromammifères.
IV.1.2.2.2.Approche par banquette
Pour les petits micromammifères, la fréquentation des niveaux de banquettes diffère entre les
ouvrages (Tableau X ; test du χ² sur les six ouvrages dont les deux rives sont équipées de deux
banquettes : χ²= 16,931, ddl=5, p=0,005). Les comparaisons multiples inter-ouvrages ne montrent
des différences qu’entre la Cabourne et la Grande eau (au seuil α’=0,0034, test de Fisher, p<0,003) et
entre la Cabourne et la Viveronne (au seuil α’=0,0034, test de Fisher, p<0,003)
Si on analyse ouvrage par ouvrage cette fréquentation différentielle selon les niveaux, les ouvrages
de la Grande Eau, de la Faye de la Viveronne, de Chez Balais, et des Quatre Puits ne montrent pas de
différence significative. Par contre, pour la Cabourne, la Nauve, le Baudet et le Lafont, les banquettes
inférieures ont été significativement plus fortement fréquentées par les petits micromammifères que
les banquettes supérieures (Tableau X).
En ce qui concerne les grands micromammifères, les données actuelles restent à ce jour, trop peu
nombreuses. Pour les ouvrages équipés de deux banquettes sur chaque rive, au total huit passages
ont été observés sur la banquette inférieure contre trois sur la banquette supérieure. Pour l’ouvrage
du Lafont équipé sur une seule rive, tous les passages de grands micromammifères ont eu lieu sur la
banquette inférieure.

26
Tableau X : Nombre total par ouvrage et par niveau de banquette de passages des petits micromammifères.
Les passages qui ont eu lieu sur les rives qui ne présentent qu’une seule banquette ne sont pas comptabilisés.
Typologie d'aménagement Ouvrage PK Typologie de banquette
Nombre de passages de
Petits micromammifères
Résultat du test du χ² (ddl=1 ; p=0,05)
pour les petits micromammifères
Deux banquettes sur chaque rive
Grande Eau 227,090
Banquette supérieure 25 χ²=3,103
p=0,0782Banquette inférieure 14
Faye 230,450
Viveronne 240,975
Chez Balais 247,341
Cabourne 250,482
p<0,001Banquette inférieure 11
Deux banquettes en rive gauche et une seule en rive droite
Nauve 260,600
p<0,001Banquette inférieure 15
Baudet 279,900
p=4,041e-16Banquette inférieure 72
Seulement deux banquettes en rive gauche Fontgerveau 281,827
Banquette supérieure 0
-
Banquette inférieure 0
Seulement deux banquettes en rive droite Lafont 289,560
p=0,002
Banquette inférieure 10
TOTAL 356

27
IV.1.2.3. Les Amphibiens
IV.1.2.3.1. Approche par ouvrage
Les Urodèles sont le groupe d’Amphibiens le plus détecté dans les ouvrages puisque six ouvrages ont
été fréquentés par ces espèces, pour un total de 36 passages, contre seulement neuf pour les
Anoures (Tableau V).
L’ouvrage de la Nauve est non seulement l’ouvrage le plus fréquenté par les Urodèles, mais il
présente également la totalité des passages d’Anoures. Cet ouvrage est donc considéré comme le
plus intéressant du point de vue de sa fréquentation par les amphibiens.
IV.1.2.3.2. Approche par banquette
Les données actuelles restent à ce jour, trop peu nombreuses pour évaluer des éventuels
cheminements préférentiels sur un niveau de banquette. Pour autant, dans l’ouvrage de la Nauve, la
quasi-totalité des passages a eu lieu sur la banquette inférieure.
Tableau XI : Nombre total de passages d’Amphibiens par ouvrage et par niveau de banquette. Les passages
qui ont eu lieu sur les rives qui ne présentent qu’une seule banquette ne sont pas comptabilisés.
Typologie d'aménagement Ouvrage PK Typologie de banquette
Nombre de passages
Anoures Urodèles
Deux banquettes sur chaque rive
Grande Eau 227,090
Banquette supérieure 0 0
Banquette inférieure 0 0
Faye 230,450
Viveronne 240,975
Chez Balais 247,341
Cabourne 250,482
Deux banquettes en rive gauche et
une seule en rive droite
Nauve 260,600
Baudet 279,900
Seulement deux banquettes en rive
gauche
Fontgerveau 281,827
Seulement deux banquettes en rive
droite
Lafont 289,560
TOTAL 9 28

28
IV.1.3. Evaluation de la fréquentation des « encoches
Musaraigne » vs passage hors encoche
Au moins une encoche à Musaraigne a été fréquentée dans chacun des ouvrages en comportant.
Trois groupes d’espèces ont été détectés dans cinq encoches sur les six suivies, pour un total de 47
passages (Tableau XII) : les petits micromammifères, le groupe Belette/Hermine et les Anoures. En
revanche, aucun grand micromammifère n’a été détecté dans les encoches.
Lorsqu’on oppose par espèce le nombre de passages sous l’encoche et en dehors de l’encoche, des
premières indications peuvent être dégagées pour confirmer l’intérêt du dispositif (Tableau XII).
Sur les trois passages de Belette/Hermine identifiés à l’ouvrage de la Faye, deux ont concerné
l’encoche.
Parmi les 23 passages d’Amphibiens comptabilisés sur ces banquettes, la prédominance de la
circulation hors encoche est significative (test du χ², ddl=1, χ²=15,658, p<0,001), avec 21 passages
hors encoche dont 14 d’Urodèles et 7 d’Anoures.
Enfin, pour les micromammifères, les résultats sont pour l’heure divergents selon les ouvrages. Ainsi,
les encoches ont parfois été privilégiées par les petits micromammifères, comme dans l’ouvrage du
Baudet (test du χ², ddl=1, χ²=6,750, p=0,009), alors qu’elles paraissent évitées dans les ouvrages de la
Faye et de la Nauve (tests du χ², ddl=1 ; Nauve : χ²=5,400, p=0,020 ; Faye: χ²=14,000, p<0,001).
Tableau XII : Nombre de passages dans et hors encoche par groupe d’espèces et par ouvrage.
Ouvrage
Petits Micromammifères
Grands Micromammifères
Belette/Hermine
Nombre de passages
d’Amphibiens
Encoche Hors
encoche
Encoche Hors
encoche
Encoche Hors
encoche
Encoche Hors
encoche
Baudet 33 15 0 0 0 0 0 0
Faye 0 14 0 7 2 1 0 0
Nauve 3 12 0 0 0 0 2 21
Quatre Puits 7 4 0 0 0 0 0 0
TOTAL 43 45 0 7 2 1 2 21
IV.1.4. Evaluation de l’intérêt de quatre contrôles par rapport à
trois contrôles
Dans un clair objectif d’optimisation du protocole de suivi, l’analyse proposée vise à évaluer si les
résultats et conclusions obtenus après trois contrôles restent sensiblement identiques à ceux
obtenus après quatre contrôles. Si cela est confirmé, cela permettra par la suite de supprimer ce
dernier passage sans hypothéquer les analyses et de reporter l’effort sur d’autres ouvrages.
Pour cela, nous nous sommes intéressés à deux paramètres que sont la diversité d’espèces et le
nombre de passages cumulés ramenés à 10 jours.
Le nombre d’espèces détectées après trois contrôles n’est pas significativement différent du nombre
maximal d’espèces détectées après quatre contrôles (Figure 1 ; test de Wilcoxon, p=0,174) : un
ouvrage est resté sans détection jusqu’au quatrième contrôle et pour six des neufs ouvrages
fréquentés, la diversité maximale détectée a été atteinte au troisième contrôle. Sur les ouvrages de
la Faye et de la Viveronne, quatre des six espèces détectées à l’issue de la session ont été contactées
au bout de trois contrôles, contre six sur sept pour l’ouvrage de la Grande Eau.

29
Figure 1 : Evolution au fil des contrôles de la proportion d’espèces détectées par rapport au nombre total
détecté à l’issue de la session de suivi.
Le taux de passages par contrôle reste pour l’heure très variable en fonction des ouvrages et ne
permet pas de conclure statistiquement (Figure 2). Pour autant, pour la plupart des ouvrages, le taux
de passages cumulé ne semble pas dépendant du nombre de contrôles. Il se stabilise à partir du
deuxième ou du troisième contrôle. Seuls le Lafont et Fontgerveau présentent une courbe croissante
jusqu’au quatrième contrôle. Il est à noter qu’il s’agit des ouvrages ayant été les moins fréquentés et
cet accroissement pourrait être le reflet d’une fréquentation réellement croissante de ces ouvrages
suite à l’achèvement des travaux.
Au final, la réduction du nombre de contrôle à trois au lieu de quatre ne semble pas affecter
significativement les conclusions qui pourraient ressortir des évaluations à venir.

30
Figure 2 : Evolution du taux de passages cumulés de la faune sauvage par contrôle pour chacun des ouvrages
suivis.
IV.1.5. Bilan
Cette première phase de déploiement de plaques à empreintes sur les banquettes a permis de
confirmer la faisabilité du suivi, l’intérêt et la « sensibilité » du dispositif, et de mettre en évidence
certaines améliorations à décliner dans le futur.
Ce suivi dans les ouvrages hydrauliques fournit un bilan positif sur les premières fréquentations des
aménagements construits. Neuf des dix ouvrages suivis lors de cette phase expérimentale de 43
jours ont été fréquentés (dont huit par les petits carnivores) avec une moyenne de 55 passages par
ouvrage, soit plus d’un par nuit.
Parmi l’ensemble des passages recensés, on compte 23 % d’espèces domestiques (Chat et Chien) qui
pourraient venir interférer avec la circulation des espèces sauvages. Cette hypothèse d’interaction
sera, si possible, étudiée dans le futur.
Cinq ouvrages ont été plus particulièrement fréquentés par les espèces sauvages. L’ouvrage de la
Viveronne est le mieux fréquenté puisque il présente le plus grand nombre de passages (159
passages, dont 131 de petits micromammifères et 26 de petits carnivores), et la plus grande diversité
de petits carnivores : la Genette, le groupe Belette/Hermine, la Fouine, la Martre, un Putois et un
Vison y ayant été détectés.
La seconde plus grande fréquentation revient à l’ouvrage du Baudet, avec 93 passages comptabilisés,
dont 86 de micromammifères et 7 passages de carnivores. On trouve ensuite la Faye, la Grande eau
et la Nauve qui présentent chacun plus de 50 passages avec plus de 10 passages de petits carnivores
0,00
1,00
2,00
3,00
4,00
5,00
6,00
7,00
8,00
9,00
10,00
1 2 3 4
Tauxdepassages
Contrôle
Balais Baudet Cabourne
Faye Fontgerveau GrandeEau
Lafont Nauve QuatrePuits
Viveronne

31
pour les deux premiers et un nombre important d’Amphibiens pour la Nauve. Il s’agit d’ailleurs pour
ce dernier de l’ouvrage le mieux fréquenté par les Amphibiens : il compte à lui seul 64% des passages
et les deux groupes y ont été détectés.
Parmi tous ces passages, la fréquence des Amphibiens a été surprenante avec 45 passages identifiés,
dont 9 Anoures et 36 Urodèles. En effet, la découverte d’empreintes ne correspondant pas aux
critères habituellement appliqués par le GREGE a imposé d’élargir la clé jusqu’ici développée pour
aboutir à cette identification en deux groupes. Ce constat confirme un réel intérêt des plaques à
empreintes en tant qu’outil d’inventaire innovant pour ce cortège. Cela permet d’envisager une
évaluation de la circulation des amphibiens en dehors de l’eau dans les différents ouvrages. La
recherche de critères spécifiques des espèces permettrait d’affiner l’évaluation. Pour cela, nous
proposons d’engager une approche expérimentale ayant pour objectif de capturer si possible
toutes les espèces potentiellement présentes pour faire des relevés d’empreintes de référence.
A l’opposé, deux ouvrages ont été nettement moins fréquentés : la fréquentation du Lafont se
résume à la détection de 14 passages de grands micromammifères, et aucune autre espèce sauvage.
Dans l’ouvrage de Fontgerveau, aucune espèce n’a été détectée. Cette absence de fréquentation
pourrait être la résultante d’une fréquentation exclusive des cheminements naturels existants
présents dans l’ouvrage et non équipés lors de cette phase. La poursuite du suivi devra, le cas
échéant, déterminer si cette absence de fréquentation des banquettes peut être liée à une cause
externe à l’ouvrage ou à une cause intrinsèque à l’aménagement.
Ce constat de lits cheminables soit par des atterrissements quasi continus, des petits enrochements
ou encore un assèchement marqué voire total de l’écoulement, a été fait sur huit ouvrages sur les 10
suivis. Ces cheminements n’ont pas été équipés de plaques à empreintes et cela laisse supposer que
les résultats actuels ne reflètent qu’une fréquentation à minima. De plus, les espèces plus aquatiques
comme la Loutre ou le Campagnol amphibie peuvent aisément cheminer dans un lit peu en eau. Ceci
pourrait expliquer la non-détection de la Loutre dans les ouvrages par cette technique. Ces
cheminements impactent de fait l’ensemble des résultats et il apparait indispensable de les évaluer.
La difficulté réside dans la fluctuation de la largeur de ces cheminements et leur submersion. La
solution proposée à développer et à évaluer serait l’installation d’un système flottant muni d’une
plaque à empreintes suffisamment souple pour suivre l’évolution du cheminement. L’avantage de ce
dispositif est la sécurisation du capteur par rapport aux risques de submersion ou d’enlèvement par
le courant. Ce dispositif nécessite un développement expérimental de manière à assurer sa parfaite
« étanchéité » pour les espèces les plus petites et être adapté à l’évolution de la forme de la berge.
Les données actuelles étant restreintes à 10 ouvrages, il n’a pas été possible d’évaluer tous les
paramètres pouvant influencer les fréquentations. Cependant, des premières indications ont été
présentées et confirment la sensibilité du protocole. Ainsi, la comparaison de la fréquentation entre
les banquettes supérieures et les banquettes inférieures a montré des disparités entre ouvrages et
espèces: la Genette est les micromammifères ont d’avantage fréquenté la banquette inférieure, alors
que la banquette supérieure a été préférentiellement empruntée par la Fouine. Toutefois, la
configuration des milieux, des dépendances extérieures et la qualité des raccordements devraient
dans le futur être étudiées pour tenter d’apporter un éclairage sur les causes de certains
particularismes.

32
Planche-photos 8 : Illustrations des modalités de raccordement à la berge des banquettes pouvant
influencer les probabilités de cheminement des espèces.
L’ouvrage de Chez Balais présente un raccordement des deux banquettes au plus près du cours d’eau
contrairement aux trois autres ouvrages où la banquette inférieure est desservie par une surface plus
importante de cheminement. (V. Maurie – GREGE)
Ouvrage de Chez Balais. Ouvrage du Baudet.
Ouvrage de la Nauve présentant un défaut de
raccordement de la banquette supérieure.
Ouvrage des Quatre Puits.
Le suivi de quatre ouvrages équipés d’encoches à Musaraigne montre déjà tout l’intérêt du
dispositif spécifiquement développé lors du chantier avec leur utilisation par des petits
micromammifères, et même par le groupe Belette/Hermine. Cependant, leur utilisation a été très
variable en fonction des ouvrages et les futurs suivis tenteront d’apporter des éclairages sur ces
disparités. Par exemple, à l’ouvrage du Baudet, elle est préférentiellement empruntée par les
micromammifères, peut-être à cause de la luminosité de l’ouvrage, le déplacement à découvert sur
la banquette augmentant le risque de détection par les prédateurs ; elle jouerait ainsi pleinement
son rôle initialement imaginé de refuge ou d’effet protecteur. A l’inverse, les encoches n’ont pas été
fréquentées par ces espèces à l’ouvrage de la Faye, mais par le groupe Belette/Hermine : les
micromammifères évitent peut-être ces encoches en raison d’une trace odorante de leur prédateur.

33
IV.2. RESULTATS OBTENUS A L’AIDE DES PIEGES
PHOTOGRAPHIQUES
IV.2.1. Résultats généraux
Sur les 32 jours de suivi de cinq ouvrages par pièges photographiques, 1060 clichés ont été recueillis
et visionnés (Tableau XIII) : 18 % de ces clichés concernent des mammifères, le reste étant soit des
oiseaux, soit des passages humains, soit des déclenchements intempestifs ou trop lents.
Tableau XIII : Synthèse du nombre de clichés visionnés (« Total ») et du nombre de clichés de mammifères
(« Mammifères ») par ouvrage et par date de contrôle.
Ouvrage PK Lot
18/11/2014 27/11/2014 08/12/2014 Ensemble du suivi
Total Mammifères Total Mammifères Total Mammifères Total Mammifères
Grande Eau 227,090 12 84 12 176 8 40 24 300 44
Viveronne 240,975 13 84 52 40 20 29 4 153 76
Cabourne 250,482 13 15 15 20 0 30 5 65 20
Quatre Puits 254,600 14 24 0 423 0 15 0 462 0
Fontgerveau 281,827 15 40 25 35 20 5 5 80 50
TOTAL 247 104 694 48 119 38 1060 190
Au total, les pièges photographiques se sont déclenchés 37 fois suite à la détection de mouvements,
et 42 individus appartenant à sept espèces distinctes (Tableau XIV) ont pu être observés sur les
clichés, avec une moyenne de cinq clichés par détection.
Quatre des 42 individus n’ont pu être identifiés à l’espèce : trois, dont seuls le dos, les oreilles voire
les vibrisses ont pu être visibles, sont passés sur la banquette située sous l’appareil et ont été classés
comme « Mustélidé » ou « Indéterminé » ; le quatrième est un petit carnivore assez éloigné de
l’appareil et vu de dos.
Tableau XIV : Synthèse du nombre de passages et d’individus détectés par les pièges photographiques dans
les ouvrages
Identification Nombre de passages Nombre d'individus
Chat domestique 5 5
Chien 2 2
Fouine 6 6
Martre 2 2
Martes sp 3 3
Mustélidé 1 1
Petit carnivore 1 1
Indéterminé 2 2
Mulot 5 5
Surmulot 4 4
Ragondin 6 11
Total 37 42

34
IV.2.2. Résultats par ouvrage hydraulique
IV.2.2.1. Ouvrage de la Grande Eau
Le piège photographique, placé au-dessus de la banquette supérieure s’est déclenché pour neuf
passages appartenant à six espèces de mammifères (Tableau XV ; Planche-photos 9) : pour huit de
ces passages, les animaux se dirigeaient vers l’amont, dont sept sur la banquette et un dans le lit du
cours d’eau, et pour le neuvième, l’animal allait vers l’aval sur la banquette.
Tableau XV : Synthèse des observations par piège-photographique dans l’ouvrage de la Grande Eau.
Espèce De face, se dirigeant vers l’aval De dos se dirigeant vers l’amont Lieu de cheminement
Martes sp. 1 1 Banquette supérieure
Petit carnivore 0 1 Banquette supérieure
Ragondin 0 1 Banquette supérieure
Surmulot 0 1 Banquette supérieure
Mulot 0 3 Banquette supérieure
Chien 0 1 Lit du cours d'eau
TOTAL 1 8
Planche-photos 9 : Illustrations des clichés obtenus dans l’ouvrage de la Grande Eau. (©GREGE)
Un individu du genre Martes sp intrigué par l’odeur du capteur.
Un mulot de dos, longeant la paroi.

35
Planche-photos 9 : Illustrations des clichés obtenus dans l’ouvrage de la Grande Eau. (©GREGE)
Un ragondin passant tranquillement sur la banquette.
IV.2.2.2. Ouvrage de la Viveronne
Quinze passages de mammifères ont été détectés sur la rive opposée au piège photographique : dix
passages ont eu lieu sur la banquette ciblée et cinq autres dans le lit du cours d’eau, dont quatre
ragondins et une fouine (Planche-photos 10). Un passage de chien a été observé sur la banquette
supérieure mais uniquement grâce au passage du chasseur sur la banquette ciblée. Deux autres
passages de mammifères, dont l’espèce n’a pu être identifiée, ont été détectés sur la banquette sous
l’appareil. Treize des passages se dirigeaient vers l’amont contre cinq vers l’aval (Tableau XVI).
Tableau XVI : Synthèse des observations à l’ouvrage de la Viveronne.
Espèce Se dirigeantvers l’aval Se dirigeant vers l’amont Lieu de cheminement
Fouine 1 4 Banquette inférieure
Fouine 1 0 Lit du cours d'eau
Martes sp 0 1 Banquette inférieure
Ragondin 1 3 Lit du cours d'eau
Mulot 1 1 Banquette inférieure
Surmulot 0 2 Banquette inférieure
Indéterminée 1 1 Banquette sous l'appareil
Chien 0 1 Banquette supérieure
TOTAL 5 13

36
Planche-photos 10 : Illustrations des clichés obtenus dans l’ouvrage de la Viveronne. (© GREGE)
Une fouine ayant détecté le piège photographique.
Un autre cliché de fouine cheminant dans le lit du cours d’eau et évitant de fait la plaque à empreintes .
Un surmulot remontant du lit du cours d’eau par les cailloux des caches à Musaraigne.
Un ragondin passé inaperçu sur la plaque à empreintes, puisque passant dans le lit du cours d’eau.

37
IV.2.2.3. Ouvrage de la Cabourne
Trois passages de mammifères ont été détectés (Tableau XVII) : deux fois, une martre sur la
banquette inférieure de la rive opposée au piège photographique, une fois allant vers l’aval (Planche-
photos 11) et l’autre vers l’amont, et un mustélidé se dirigeant vers l’amont en passant sur la
banquette sous l’appareil.
Tableau XVII : Synthèse des observations à l’ouvrage de la Cabourne.
Espèce Se dirigeant vers l'aval Se dirigeant vers l'amont Lieu de cheminement
Martre 1 1 Banquette inférieure
Mustélidé 0 1 Banquette sous l'appareil
Total 1 2
Planche-photos 11 : Illustrations des clichés obtenus à l’ouvrage de la Cabourne. (© GREGE)
Une martre se dirigeant vers l’aval de l’ouvrage.
Deux oreilles de mustélidé d’un individu passant sur la banquette sous l’appareil (possiblement Martes sp.).

38
IV.2.2.4. Ouvrage des Quatre Puits
Sur les 31 nuits de suivi, aucun mammifère n’a été détecté, excepté plusieurs humains dans la
journée.
IV.2.2.5. Ouvrage de Fontgerveau
Douze passages de mammifères ont été mis en évidence à l’aide du piège photographique : quatre
de chat sur la banquette inférieure, et huit dans le lit du cours d’eau, dont un « convoi familial » vers
l’amont de sept ragondins (Planche-photos 12) et un surmulot.
Tableau XVIII : Synthèse des observations à l’ouvrage de Fontgerveau.
Espèce De face, se dirigeantvers l’amont De dos, se dirigeant vers l’aval Lieu de cheminement
Chat domestique 2 2 Banquette inférieure
Surmulot 1 0 Lit du cours d'eau
Ragondin 7 0 Lit du cours d'eau
Total 10 2
Planche-photos 12 : Illustrations des clichés obtenus dans l’ouvrage de Fontgerveau. (GREGE)
Un chat domestique apposant ses pattes antérieures sur la feutrine de la banquette inférieure.
Une famille de ragondin remontant l’ouvrage dans le lit du cours d’eau.

39
IV.2.3. Bilan
Les 31 ou 32 jours de suivi par piège photographique ont permis de détecter deux à dix passages
(espèces sauvages et domestiques) par aménagement, voire aucun dans le cas de l’ouvrage des
Quatre Puits. Des mustélidés ont notamment été observés dans les ouvrages de la Grande Eau, de la
Viveronne et de la Cabourne.
En accord avec les résultats du suivi par plaques à empreintes, la fréquentation de l’aménagement de
l’ouvrage de la Viveronne est la plus élevé avec dix passages, dont sept du genre Martes sp. La
banquette de l’ouvrage de la Grande Eau a également été bien fréquentée avec huit passages, dont
trois de petits carnivores. La fréquentation à l’échelle de la banquette semble refléter celle à l’échelle
de l’ouvrage.
Le visionnage des clichés a permis de confirmer l’existence de cheminements d’individus dans le lit
du cours d’eau, lorsque le piège photographique était placé de manière à détecter une partie de ces
passages, comme à la Grande Eau ou à Fontgerveau.
Au total sur les cinq banquettes ciblées par les pièges photographiques, douze passages de petits
carnivores, huit passages de chat domestique, un de grand micromammifère et dix-huit de petits
micromammifères ont été comptabilisés sur les plaques à empreintes. Or, les pièges
photographiques ont détecté, sur ces mêmes banquettes, neuf petits carnivores, quatre chats, deux
surmulots et cinq mulots. Ainsi, le bilan de détection du piège photographique est donc nettement
en sa défaveur par rapport aux plaques à empreintes : 22 passages dont 7 d’espèces de taille
moyenne ont été ratés par le piège photographique sur les 39 détectés par les plaques à empreintes,
soit un taux de détection de 44 % des passages. Ces échecs déjà constaté par le GREGE dans le cadre
d’autres suivis et pour toutes les marques d’appareils, résultent d’une combinaison « trop faible
sensibilité des capteurs » et « vitesse de déclenchement trop lente ». Ce constat persiste malgré un
rapprochement testé des appareils au plus près du cheminement, restreignant de fait la zone de
captage. Ainsi, avec le matériel aujourd’hui à disposition sur le marché, le piège photographique ne
peut être à lui seul utilisé pour évaluer cette fréquentation des ouvrages. Il vient en complément des
pièges à empreintes pour illustrer les passages. Une réflexion est en cours au GREGE pour
développer avec un partenaire en électronique un piège approchant 100% de détection des
passages, y compris pour les très petites espèces.
Un autre enseignement apporté par ces résultats de fréquentation est une sélection trop rapide des
sites à équiper de pièges photographiques. En effet, le choix de l’équipement d’une banquette ou
d’une autre s’est basé sur les observations au premier contrôle. Or, l’absence de clichés aux Quatre
Puits aurait probablement pu être évitée si la faible fréquentation de la banquette avait été observée
sur plusieurs contrôles, l’appareil aurait alors été posé plus judicieusement. Il serait donc préférable
d’attendre d’avoir déjà des renseignements sur la fréquentation des banquettes notamment lors de
la première session pour cibler l’ouvrage et sa banquette.
Le piège photographique reste par contre un outil complémentaire utile pour l’étude du
comportement des espèces (modalités d’abord, horaires de passage, simultanéité ou proximité des
déplacements…). Ces données seront, dans le futur, analysées sur un jeu de données plus étoffé.

40
IV.3. EVALUATION DE LA FREQUENTATION DES OUVRAGES ET
DES PARTIES AMONT PAR LA LOUTRE
Les prospections Loutre ont été menées sur 10 sites répartis sur les lots 15 à 12 comprenant un
passage sur les parties amont et deux passages dans les ouvrages, mutualisés avec le contrôle des
plaques à empreintes.
La typologie des cours d’eau prospectés nous a contraints à adapter le protocole. En effet, certains
ouvrages positionnés sur des très petits ruisseaux, ne présentaient qu’un linéaire très court sur
lequel mener la sélection de cinq places de marquage était quasiment impossible. Ainsi, dans le cas
où le linéaire en amont de l’ouvrage de la LGV était inférieur à 1,5 km et le nombre de places
repérées inférieur à trois, un transect pédestre de 600m maximum a été parcouru depuis l’ouvrage, à
la recherche d’indices de présence.
Au total, ce sont 28 places de marquages potentielles qui ont été repérées (de une à cinq par site),
géolocalisées et contrôlées une fois pour l’amont et deux fois pour l’ouvrage. L’ensemble du linéaire
a par contre été entièrement parcouru pour Fontgerveau, la Nauve, Chez Balais et la Viveronne. A
chaque passage, les indices découverts ont été enlevés pour permettre d’évaluer le taux de
fréquentation et la fréquence des passages de la loutre sur les places de marquages ou le transect.
Tableau XIX : Cours d’eau suivis, linéaire des parties amont et type de relevés effectués.
Site PK Lot
Longueur amont
(km)
Type de relevé et nombre de places de marquage
recensées
Grande Eau 227,090 12 1,7 3 places de marquage
Faye 230,450 12 4 2 places de marquage
Viveronne 240,970 13 0,6 Transect pédestre dont 1 place de marquage
Chez Balais 247,340 13 0,8 Transect pédestre dont 1 place de marquage
Cabourne 250,480 13 1,4 Transect pédestre dont 1 place de marquage
Quatre Puits 254,600 14 1,3 Transect pédestre dont 1 place de marquage
Nauve 260,600 14 0,4 Transect pédestre dont 1 place de marquage
Baudet 279,900 14 1,0 2 places de marquage
Fontgerveau 281,820 15 0,2 Transect pédestre dont 1 place de marquage
Lafont 289,560 15 1,3 5 places de marquage
IV.3.1. Résultats des prospections spécifiques
Sur 38 contrôles, seuls cinq ont été positifs, confirmant toutefois le début des fréquentations par
l’espèce. Sur 10 ouvrages suivis, trois ont révélé des indices de fréquentation par la Loutre au niveau
de l’ouvrage dont un (Chez Balais) positif lors des deux passages et un (La Grande Eau) présentait une
fréquentation uniquement en amont, à 1,5 km de la LGV.

41
Tableau XX : Résultats des prospections standardisées.
Site PK Lot ID Point Place de marquage Date passage
Résultat
prospections
Grande Eau 227,090 12
25 Ouvrage LGV 17/11/2014 Négatif
26 Confluence 17/11/2014 Négatif
27 Pont 17/11/2014 Positif
28 Etang 17/11/2014 Négatif
Faye 230,450 12
23 Pont 17/11/2014 Négatif
24 Pont 17/11/2014 Négatif
Viveronne 240,970 13
21 Tronc 17/11/2014 Négatif
Chez Balais 247,340 13
18 Ouvrage LGV 31/10/2014 Positif
19 Etang 31/10/2014 Négatif
Cabourne 250,480 13
17 Banc de sable 31/10/2014 Négatif
Quatre Puits 254,600 14
15 Confluence 31/10/2014 Négatif
Nauve 260,600 14
13 Zone humide 31/10/2014 Négatif
Baudet 279,900 14
10 Zone humide 31/10/2014 Négatif
11 Ouvrage SNCF 31/10/2014 Négatif
Fontgerveau 281,820 15
Lafont 289,560 15
2 Ouvrage SNCF 31/10/2014 Négatif
4 Digue 31/10/2014 Négatif
5 Buse route 31/10/2014 Négatif
6 Amont A62 31/10/2014 Négatif

42

43
IV.3.2. Autres données de présence
Des indices de présence de Loutre ont été découverts dans cinq ouvrages sur les 10 suivis, quatre
préalablement au suivi, au moment des visites des aménagements servant au choix des sites
(Fontgerveau, Chez Balais, Viveronne et Grande Eau), ainsi qu’un au moment du contrôle des tubes à
musaraigne (Quatre Puits). Ces résultats confirment tout l’intérêt des multisessions pour contourner
le caractère aléatoire de la fréquentation du site par la Loutre et du dépôt de marquage dans
l’ouvrage.
Tableau XXI : Données de présences fortuites.
Site PK Lot Données fortuites Date
Grande Eau 227,090 12 Epreinte et empreintes à l'amont et dans l'ouvrage 03/06/2014
Faye 230,450 12 RAS
Viveronne 240,970 13 Epreintes et empreintes dans cache musaraigne 02/06/2014
Chez Balais 247,340 13 Epreintes et empreintes dans l'ouvrage 02/06/2014
Cabourne 250,480 13 RAS
Quatre Puits 254,600 14 Epreinte amont de l'ouvrage 27/08/2014
Nauve 260,600 14 RAS
Baudet 279,900 14 RAS
Fontgerveau 281,820 15 Epreintes dans l'ouvrage 17/04/2014
Lafont 289,560 15 RAS
IV.3.3. Bilan de la fréquentation des ouvrages et des parties
amont par la Loutre
Sur les 10 sites suivis durant l’automne 2014, six ont permis de confirmer la circulation de la Loutre
avec des taux de fréquentation relativement bas pour le moment. Seuls quatre ouvrages restent
pour l’heure négatifs, dont le Lafont et la Faye sur lesquels les indices de présence relevés en phase
chantier étaient réguliers. Ces résultats négatifs peuvent découler d’une fréquentation irrégulière ou
saisonnière de certains ruisseaux et la réitération des contrôles permettra de mieux appréhender les
facteurs explicatifs.
D’un point de vue purement « technique », ce premier suivi a permis d’éprouver le protocole, de
confirmer son efficience, tout en révélant quelques limites et ajustements nécessaires :
1. Ainsi, les résultats compilés confirment l’intérêt des regards croisés entre espèces lors de la
mise en œuvre des différentes méthodes d’inventaires, puisque des découvertes fortuites
dans l’ouvrage ont permis de détecter des indices là où les prospections spécifiques avaient
été négatives (ce fut le cas pour Fontgerveau et la Viveronne). Les ouvrages étant des places
de marquages préférentiels pour la Loutre, une évaluation de la fréquentation à partir d’un
nombre de contrôles supérieur dans l’année permettra de mieux contourner le caractère
aléatoire ou saisonnier des fréquentations et du dépôt d’épreintes. Nous proposons donc
que soit porté à quatre le nombre de relevés annuels au sein de l’ouvrage et qu’ils soient,
entre autres, couplés avec les autres méthodes d’inventaires des mammifères.
2. Pour mieux appréhender la fréquentation du ruisseau lui-même lors de la visite des parties
amont, nous proposons de porter à sept le nombre de places de marquage suivies par
ouvrage. (1 ouvrage et 6 hors ouvrage). Ainsi, il est proposé de repérer neuf places de
marquages de référence (six en amont, trois en aval) dès le commencement de l’étude ; Par

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la suite, il conviendra d’en visiter six lors de chaque passage et de faire trois en aval lorsque
les trois premières amont sont négatives lors du contrôle, sinon les six en amont. Cela
permettrait ainsi de comparer trois places en amont à trois places en aval pour mieux
apprécier la saisonnalité de la fréquentation du ruisseau et la distinguer de l’influence de
l’ouvrage dans l’absence d’indices en amont.
3. Pour les ouvrages installés sur des ruisseaux présentant moins de 1500 m de linéaire amont,
le suivi des places de marquages sera transformé en une prospection de 600 mètres de
berges si moins de 3 places potentielles de marquage peuvent être recensées.
Tableau XXII : Compilation des données de présence de la Loutre.
Site PK Lot Détection dans
l’ouvrage (prospections
et données fortuites)
Détection en amont
Grande Eau 227,090 12 Positif Positif
Faye 230,450 12 Négatif Négatif
Viveronne 240,970 13 Positif Négatif
Chez Balais 247,340 13 Positif Négatif
Cabourne 250,480 13 Positif Négatif
Quatre Puits 254,600 14 Positif Négatif
Nauve 260,600 14 Négatif Négatif
Baudet 279,900 14 Négatif Négatif
Fontgerveau 281,820 15 Positif Négatif
Lafont 289,560 15 Négatif Négatif
IV.4. EVALUATION DE LA FREQUENTATION DES OUVRAGES
PAR LES MICROMAMMIFERES A L’AIDE DE TUBES CAPTEURS
D’INDICES
IV.4.1. Bilan des études préalables sur la présence de la
Crossope aquatique aux abords de la LGV
Différentes données de Crossope aquatique ont été collectées sur le tracé du projet :
 2011 : Inventaires de l’état initial.
 2012 : Données fortuites récoltées lors d’accompagnements de la phase chantier.
 2013 : Sondages réalisés dans le cadre du suivi des corridors en phase chantier et données
fortuites collectées lors des différents suivis de corridors.
Du nord au sud, la Crossope aquatique a été mise en évidence sur les cours d’eau suivants (en gras et
souligné, ceux suivis à l’automne 2014) :
 La Veude (PK 62,3) ;
 Champallu (PK 79,6) ;
 Le Bief 2 (PK 1,2) ;
 L’Ecly (PK 219 ,7) ;
 Font Ladre (PK 222,9) ;
 La Grande Eau (PK 227,1) ;
 La Faye (PK 230,5) ;

45
 Ruisseau de la Viveronne (PK 241,5) ;
 Les Lorettes Nord (PK 244,9) ;
 L’Agrière (PK 252,9) ;
 La Nauve (PK 260,6) ;
 Le Baudet (PK 279,9) ;
 Ruisseau de Fontgerveau (PK 281,9) ;
 Ruisseau du Lafont (PK 289,5) ;
 Estey de Verdun (PK 295,6).
L’espèce est donc régulièrement présente sur l’ensemble du tracé et elle est donc déjà connue aux
abords de la LGV sur sept des ouvrages suivis cet automne 2014.
IV.4.2. Fréquentation des ouvrages suivis
Toutes les données récoltées l’ont été lors des suivis standardisés, aucune donnée fortuite n’a été
collectée.
IV.4.2.1. Données issues des tubes capteurs de fèces
Compte tenu de la mise en génétique de la totalité des prélèvements, les résultats actuels ont été
attribués au groupe des « Soricidés » avec certitude (groupe auquel appartient la Crossope
aquatique) mais sans confirmation de l’identification de l’espèce. Ils seront confirmés d’ici avril 2015.
Sur les 10 ouvrages inventoriés, six ont révélé la présence de « Soricidés », dont deux à l’intérieur
des ouvrages avec un tube chacun. Les autres sites sont positifs avec de un à deux tubes positifs par
sondage. Le taux de détection au tube est de 4% (huit sur 190). Les deux tubes positifs à l’intérieur
des ouvrages étaient positionnés l’un sur le tiers amont de l’ouvrage, l’autre sur le tiers aval, tous
deux sur la banquette supérieure et positionnés contre la paroi.
Néanmoins il est important de préciser que sur l’ensemble des 10 ouvrages inventoriés, 22 tubes ont
eu leur appât consommé, dont 10 à l’intérieur des ouvrages, traduisant une fréquentation dont
l’espèce ne pouvait être identifiée, faute de fèces déposée. Aussi, de l’ADN a certainement été
déposé sur la compresse support de l’appât, ADN qui pourrait peut-être être exploité, la compresse
fonctionnant comme piège à salive. La vérification de cette hypothèse est une piste intéressante à
explorer lors d’une phase expérimentale dédiée pour élargir la détection des espèces circulant.
Tableau XXIII: Résultats de l’inventaire de la Crossope aquatique à l’aide de tubes capteurs.
Sites Ouvrages Résultat aux Soricidés
Positif à l’intérieur
ouvrages
La Grande Eau PRA2270 Positif Oui
La Faye PRA2304 Positif Oui
La Viveronne PRA2409 Positif Non
Chez Balais PRA2473 Négatif -
La Cabourne OHD2504 Négatif -
Les Quatre Puits PRA2546 Négatif -
La Nauve PRA2606 Positif Non
Le Baudet PRA2799 Positif Non
Fontgerveau PRA2818 Positif Non
Le Lafont PRA2895 Négatif -

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A ce stade du suivi, le faible échantillonnage ne permet pas de faire de comparaisons. Seuls les
tableaux de données sont présentés pour information et montrent que pour la localisation par
rapport à l’ouvrage, comme pour le niveau de cheminement, toutes les configurations ont été
fréquentées au moins une fois.
Tableau XXIV : Répartition du nombre de tubes positifs aux fèces de Soricidés et des tubes dont l’appât a été
consommé en fonction des différents paramètres de pose des tubes capteurs.
Paramètres Classes
Tubes positifs aux fèces
de Soricidés (n=8)
Tubes avec appâts
consommés (n=22)
Nombre de tubes
posés dans cette
configuration
Localisation vis-à-vis de
l’ouvrage (n=190)
Extérieur amont 2 3 22
1/3 amont 1 4 48
Centre 0 1 47
1/3 aval 1 5 50
Extérieur aval 4 9 23
Niveau de cheminement dans
l’ouvrage (n=145)
Lit (h=0 cm) 0 4 42
Banquette 1 (h=50 cm) 1 2 55
Banquette 2 (h=100 cm) 2 4 48
Position du tube sur le
cheminement (n=145)
Contre la paroi 2 9 115
Milieu de banquette 0 0 3
Dans l’encoche 0 0 9
Dans une cache 0 1 17
Dans l’encoche au
niveau d’une cache
0 0 1

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