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3IntroductionIntroduction140140 àà 150 esp150 espèècesces plasmodialesplasmodiales connues infectant desconnues infectant ...
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6Red: indicates species for which sequencingis requested( John Adams et al, 2007 )Blod : species already sequenced,Phyloge...
7Projets de génome Plasmodium Connus( Carlton J, 2003)
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20RRééfféérence bibliographiquerence bibliographiqueCarlton J, 2003: The Plasmodium vivax genome sequencing project, Revie...
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Projet génome de Plasmodium: Approches utilisées et résultats attendus

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Projet génome de Plasmodium: Approches utilisées et résultats attendus - Présentation de la 6e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - KARENZO Jeanne et LABOUDI Majda

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Projet génome de Plasmodium: Approches utilisées et résultats attendus

  1. 1. Ministère de la Santé, du PlanningFamilial et de la Protection SocialeMadagascarProjet GProjet Géénome denome de PlasmodiumPlasmodium ::Approches utilisApproches utiliséées et res et réésultats attendussultats attendusPrésentéeParMelle LABOUDI Majda Dr KARENZO JeanneEVALUATIONpar les FACILITATEURS
  2. 2. 2PlanPlanII-- IntroductionIntroductionIIII-- Pourquoi les projets gPourquoi les projets géénomenome PlasmodiumPlasmodium??IIIIII-- IntIntéérêt des projets grêt des projets géénome dunome du PlasmodiumPlasmodiumIVIV-- Projets de gProjets de géénomenome PlasmodiumPlasmodium connusconnusVV-- PlasmoPlasmo DBDBVIVI-- Approches utilisApproches utiliséés dans le projet gs dans le projet géénomenome PlasmodiumPlasmodiumVIIVII-- RRéésultats attendussultats attendusVIIIVIII-- Pourquoi le sPourquoi le sééquenquenççage du gage du géénomenome PlasmodiumPlasmodium desdesanimaux?animaux?ConclusionConclusionPerspectivesPerspectives
  3. 3. 3IntroductionIntroduction140140 àà 150 esp150 espèècesces plasmodialesplasmodiales connues infectant desconnues infectant desvertvertéébrbrééssP.P. malariaemalariaeP. ovaleP. ovaleP.P. vivaxvivaxP.P. falciparumfalciparum,,ll’’homme ethomme etaux grandsaux grandssingessingesspspéécifiques de lcifiques de l’’hommehomme
  4. 4. 4Pourquoi les projets gPourquoi les projets géénomenomePlasmodium?Plasmodium?L’échec de toutes les tentatives de vaccin.L’apparition de résistances aux AntipaludiquesLe faible nombre de nouvelles cibles thérapeutiques,lié au fait que le génome de P. falciparum n’est pas trèsbien connu
  5. 5. 5IntIntéérêt des projets grêt des projets géénome dunome duPlasmodiumPlasmodiumRecherche des nouvelles méthode de diagnostic du PlasmodiumIdentification des gIdentification des gèènes rnes réésistantssistants-- Permet de comprendre le mPermet de comprendre le méécanismecanisme- Recherche de nouveaux médicaments- Développement de nouveaux outils performants de suiviévaluation des activités de lutte contre le paludismePermet le dPermet le dééveloppement des nouvelles stratveloppement des nouvelles stratéégiesgies RecherchevaccinaleAvoir une base de données sur le génome de Plasmodium accessiblepar le webComprendre la biologie du parasiteComprendre la biologie du parasite
  6. 6. 6Red: indicates species for which sequencingis requested( John Adams et al, 2007 )Blod : species already sequenced,Phylogenetic tree of Plasmodium**: Denotes species that infect humans
  7. 7. 7Projets de génome Plasmodium Connus( Carlton J, 2003)
  8. 8. 8Projets génome plasmodium réalisés parWellcome Trust Sanger Institute(http://www.sanger.ac.uk,Wellcome trust Sanger institut (2007) projet de génome deP. falciparum)
  9. 9. 9SangerSangerTIGRTIGRSangerSangerSangerSangerTIGRTIGRTIGR, USA,TIGR, USA,SangerSangerInstitutInstitutPubPubPubPubEnEn prprééppPubPubInIn prepprepPubPubSituationSituation4X4X5X5X8X8X2x2x10X10XSSééquencequencecomplcomplèèteteFinal dataFinal data14.970*14.970*5,8785,878NKNKNKNKNKNK5.4035.403## GGèènesnes24,324,322,822,8~~ 3535NKNK~~ 454519,419,4(G+C) %(G+C) %14141414nknkNKNK14141414## ChromosomeChromosome16,916,923?123?1~~ 2525NKNK~~ 272723,323,3Taille( Mo)Taille( Mo)RodentRodentRodentRodentMonkeyMonkeyChimpChimpHumanHumanHumanHumanHôteHôteNK: non connu; En prép: en préparation; TIGR: The Institute for Genomic Research;* Une surestimation en raison du caractère partiel des données du génomeCaractéristiques du génome de PlasmodiumP.P.falciparumfalciparumP.P.vivaxvivaxP.P.relictumrelictumP.P.knowlesiknowlesiP.P.yoeliiyoeliiP.P.ChabaudiChabaudi
  10. 10. 10Global distribution of P. falciparumparasites that have been sequenced( John Adams et al, 2007 )
  11. 11. 11Approches utilisApproches utiliséés danss dansle Projets de gle Projets de géénomenome PlasmodiumPlasmodiumUn consortium aUn consortium a ééttéé formforméé en 1996 pour sen 1996 pour sééquencer lequencer leggéénomenomele travail est rle travail est rééparti entre trois groupes :parti entre trois groupes :-- LeLe Wellcome Trust Sanger Institute ---- LuniversitLuniversitéé dede StanfordStanford..-- Linstitut pour la recherche gLinstitut pour la recherche géénomique/ Centre navalnomique/ Centre navalde recherches mde recherches méédicalesdicales(http://www.sanger.ac.uk,Wellcome Trust Sanger Institute, 2007)
  12. 12. 12LeLe PlasmoDBPlasmoDBAugmenter lutilisation des vastes quantités de données émergeant desprojets génome par la communauté mondiale de recherches sur le paludismeBut:(www.plasmoDB.org)Base de donnBase de donnéées officielle de ses officielle de sééquence de gquence de géénomenome P.P. falciparumfalciparum,,RRéésultat dsultat d’’un consortium dun consortium d’’Institutions de recherchesInstitutions de recherchesActuellementActuellementBanque dBanque d’’information sur 5 espinformation sur 5 espèèces parasitairesces parasitairesdonne des outils pour la comparaison croisdonne des outils pour la comparaison croiséée entre les espe entre les espèècesces
  13. 13. 13DonnDonnéées disponible danses disponible danslele plasmoDBplasmoDBContient des donnContient des donnéées finie et non finie sures finie et non finie surla sla sééquence du gquence du géénome de 5 espnome de 5 espèèces duces duPlasmodiumPlasmodium :: P.P. falciparumfalciparumP.P. vivaxvivax..P.P. yoeliiyoeliiP.P. chabaudichabaudiP.P. bergheiberghei
  14. 14. 14Pourquoi le sPourquoi le sééquenquenççage du gage du géénome denome dePlasmodiumPlasmodium des animaux ?des animaux ?Permettra de connaPermettra de connaîître le comportement des parasites detre le comportement des parasites dePlasmodiumPlasmodium avec leurs hôtes et les vecteursavec leurs hôtes et les vecteursFacilitera lesFacilitera les éétudes biologiques, biochimiques et cellulairestudes biologiques, biochimiques et cellulairesddéétailltailléées dues du PlasmodiumPlasmodium
  15. 15. 15Pourquoi faire le sPourquoi faire le sééquenquenççage du gage du géénomenomedede PlasmodiumPlasmodium des animaux ?des animaux ?Modèle d’étude des aspects biologiques duparasiteP. bergheiModèle dans la recherche des vaccins agissantau niveau du stade pré-erythrocytaireP. yoelii:Réponse immunologiques et la virulence dansle paludismeP. chabaudiP. vivax : les études sur l’efficacité desmédicamentsP. cynomolgiUsageEspècesplasmodiales( John Adams et al, 2007 )
  16. 16. 16RRéésultats attendussultats attendusLa découverte d’un nouveau traitementanti-paludiqueL’importante utilisation des données génome permettra dedévelopper un vaccin efficace contre le paludismeProgresser dans linventaire des cibles possiblespour des traitements antipaludiques
  17. 17. 17ConclusionConclusionLa comparaison des génomes entre les espèces de Plasmodium pourraitalors fournir une indication plus claire sur la position phylogénétique duPlasmodium et constituer un repère génétiqueLa détermination du génome de Plasmodium et lanalyse moléculaire despopulations de parasites devrait augmenter le potentiel pour la découverteLe temps et les fonds nécessaires pour générer les Ressourcesgénomique et postgénomques du Plasmodium sont importantsInvestissement est indispensable pour progresserdans la recherche
  18. 18. 18Perspectives (1)Perspectives (1)ccomprendre comment et pourquoi les espomprendre comment et pourquoi les espèècescesplasmodialesplasmodiales entraentraîînent la maladie et survivent dansnent la maladie et survivent dansleurs hôtes et vecteurs:leurs hôtes et vecteurs:--les interactions hôteles interactions hôte –– parasiteparasite-- vecteurvecteur -- parasiteparasite-- vecteurvecteur -- hôtehôteEEtudiertudier ll’’expression des gexpression des gèènes et les caractnes et les caractèèresresstructurels des protstructurels des protééinesinesccomprendre les gomprendre les gèènes clefs qui sont impliqunes clefs qui sont impliquéés dans las dans lavie du parasites du paludisme humain aux diffvie du parasites du paludisme humain aux difféérentesrenteséétapes qui se produisent chez le hôte et le vecteurtapes qui se produisent chez le hôte et le vecteur
  19. 19. 19Perspectives (2)Perspectives (2)DDéévelopper des systvelopper des systèèmes modmes modèèles animaux et desles animaux et deséétudes humaines de population qui aideronttudes humaines de population qui aideront àà rréépondrepondreaux questions scientifiques concernant leaux questions scientifiques concernant le Plasmodium.Plasmodium.DDéévelopper des nouveaux mvelopper des nouveaux méédicaments,dicaments,des vaccins?des vaccins?EEtablirtablir uneune ccomparaison des gomparaison des géénomes des diffnomes des difféérentesrentesespespèèces deces de PlasmodiumPlasmodium
  20. 20. 20RRééfféérence bibliographiquerence bibliographiqueCarlton J, 2003: The Plasmodium vivax genome sequencing project, Review,TRENDS in Parasitology, Vol.19 N°5, P: 227 -231,http://parasites.trends.comCarlton J, 2007 : Génomique comparative des parasites eucaryotes,,http://http://www.vivaxmalaria.comwww.vivaxmalaria.comJohn Adams et al, 2007: Comprehensive sequencing proposal for PlasmodiumWellcome Trust Sanger Institute, 2007: projet de génome de P. falciparum,http://www.sanger.ac.ukGardner, M.J. et al, 2002: Genome sequence of the human malaria parasitePlasmodium falciparum. Nature 419, 498–511www.sgpp.org/structures.shtmlwww.plasmoDB.orgMouchetMouchet J et al, 2004:J et al, 2004: BiodiversitBiodiversitéé dudu paludismepaludisme dansdans lele mondemonde, Editions J., Editions J.LibbeyLibbey..Jane Carlton, 2007: génomique comparative des parasites eucaryotes,Institute for Genome Research, Medical parasitologyPoonam Verma & Y.D. Sharma, 2003: Malaria genome project and its impacton the disease, Vect Borne Dis 40, p 9–15
  21. 21. 21

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