Saisie et exploitation des données cliniques

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Saisie et exploitation des données cliniques - Conférence de la 2e édition du Cours international « Atelier Paludisme » - GRILLET Gérard - société OPTIMA, France - ggrillet@optima-europe.com

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Saisie et exploitation des données cliniques

  1. 1. Programmes de recherchesur le paludisme: Saisie et exploitation statistique des données Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 1
  2. 2. Saisie et exploitation desdonnées statistiques1. Quelques concepts principaux2. Une méthodologie de travail3. Les outils statistiques Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 2
  3. 3. 1. Quelques concepts principaux Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 3
  4. 4. L’existant! une multiplicité de fichiers de donnéesentrainant! un éventail de types de traitement de données Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 4
  5. 5. Une multiplicité de fichiers dedonnéesExemples:! fiches d’observations médicales dans le cadre de l’essai thérapeutique! fiche d’évaluation de l’efficacité thérapeutique sur protocole x jours! entretiens semi-directifs! données entomolgiques basées sur le comportement de la famille! données écologiques basées sur le comportement de la famille Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 5
  6. 6. Une multiplicité de fichiers dedonnées (suite)Exemples (suite):! données sur l’observance! données socio-démographiques! données issues de l’analyse in vitro des souches! données comparatives entre goutte épaisse et bandelettes! données comparatives entre moustiquaires imprégnées et moustiquaires non imprégnées Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 6
  7. 7. Un éventail de types detraitement de données! Fiches d’observation médicales dans le cadre de l’essai thérapeutique ! unité d’analyse: le patient ! objectif: comparer ! outils: ! comparaison de deux moyennes ! comparaison de deux fréquences ! etc… Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 7
  8. 8. Un éventail de types dedonnées! Fiches d’évaluation de l’efficacité thérapeutique sur protocole x jours ! unité d’analyse: la crise de paludisme chez un patient ! objectif: mesurer le suivi de la crise ! outils: ! comparaison de moyennes ! mesures répétées ! etc… Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 8
  9. 9. Un éventail de types dedonnées! Entretiens semi-directifs ! unité d’analyse: le patient ou la famille ! objectif: analyser son discours ! outils: ! lexicométrie ! analyse de contenu ! recodage de textes ! etc… Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 9
  10. 10. Un éventail de types dedonnées! Données sur l’observance ! unité d’analyse: le patient ! objectif: analyser le comportement du patient ! outils: ! analyse univariée ! analyse bivariée (liens de causalité) ! etc… Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 10
  11. 11. Un éventail de types dedonnées! Données socio-démographiques ! unité d’analyse: le groupe familial ou le groupe social ! objectif: compréhension des mécanismes socio- démographiques ! outils: analyses multivariées ! ACP ! AFC ! typologie ! etc… Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 11
  12. 12. Un éventail de types dedonnées! Données comparatives entre goutte épaisse et bandelettes ! unité d’analyse: le support d’analyse de sang ! objectif: comparer les résultats ! outils: ! comparaison de moyennes ! comparaison de fréquences ! etc… Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 12
  13. 13. Une multiplicité de fichiers de données 1er conceptUn éventail de types de traitement 2ème concept Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 13
  14. 14. Une multiplicité de fichiers dedonnées1er concept :! Une approche globale dans le programme de recherche sur le paludisme: données cliniques, données socio-démographiques, données écologiques, données entomologiques, données économiques,… Une approche de toute l’interdépendance des données! Découverte de nouveaux liens de causalité qui permettront d’élaborer de nouveaux plans d’action Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 14
  15. 15. Un éventail de types de données 2ème concept:! Nécessité d’une même méthodologie de travail garantissant une rigueur impérative Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 15
  16. 16. 2. Une mêmeméthodologie de travail
  17. 17. Méthodologie de travail 100% 10% 80% exploitation statistique 60% protocole 90% 40% 20% 0% Charge de travail Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 17
  18. 18. Méthodologie de travailQ Q O Q C CQuoi Qui Où Quand Combien Comment Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 18
  19. 19. Méthodologie de travail! Quoi : Quels sont les objectifs, les buts à atteindre, les hypothèses à tester : comparaison de deux thérapeutiques, efficacité d’un nouveau produit, influence de la famille sur l’observance,… Le détail et la précision des objectifs à atteindre sont les garants de la construction et de la pertinence d’un bon questionnaire. Il ne faut pas hésiter à investir du temps à cette étape. Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 19
  20. 20. Méthodologie de travail! Qui : Quelle est la cible à atteindre : ! nombre de groupes en parallèle ( deux ou plus) ou population à enquêter, ! critères d’inclusion (maladie : type de paludisme, malades : âge, consentement,…) ! critères de non-inclusion (maladie : type de paludisme, malades : femmes enceintes, nourrissons,….., traitements non compatibles), ! non-respects, perdus de vue,….. ! … Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 20
  21. 21. Méthodologie de travail! Où Les lieux d’enquête ou de recueil des données : ! dispensaire, ! domicile de la personne, ! … Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 21
  22. 22. Méthodologie de travail! Quand Date de début d’enquête ou de recueil des données Date de fin d’enquête ou de recueil des données Saison des pluies Saison sèche Date de chaque événement (ex : crise de paludisme) et date de mesure du critère de jugement (ex : température ou imprégnation des moustiquaires,…) Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 22
  23. 23. Méthodologie de travail! Combien Détermination de la population totale Détermination de l’échantillon : ! taille ! constitution ( stratification ou tirage au sort,…) ! représentativité Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 23
  24. 24. Méthodologie de travail! Comment ! Construction du questionnaire : anonyme ou non, choix des critères de jugement, ! Test du questionnaire, ! Recueil des données et remplissage des questionnaires en T0, T1, …..Tn, ! Saisie : logiciel et logistique ! Traitements statistiques : logiciels et logistique ! Analyses thématiques et globale. Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 24
  25. 25. Grande importance du«qui »: unité d’observation oud’analyse! Des niveaux différents Exemple: ! Fiche protocole 3 jours crise paludisme ! Observance patient ! Fiche socio-démographique famille! Ces données doivent pouvoir être lues et traitées ensemble (approche globale)! Le critère commun: l’identification de regroupement: la famille Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 25
  26. 26. Grande importance du«qui »: unité d’observation oud’analyse! Structuration des données en grappe traitement 1 personne 1 traitement 2 traitement 3! Famille personne 2 personne 3Données sur la familleDonnées sur la personneDonnées5 56 34 42 le– Fax : 33 5 56Société07 - Email :- 32 Avenue Ariane - 33700-Mérignac -:France Tél : 33 sur 16 traitement 34 42 OPTIMA info@optima-europe.com Site Web www.optima-europe.com Page 26
  27. 27. Grande importance du«qui »: unité d’observation oud’analyse! Support informatique: ! ce n’est plus un tableur (ex: Excel) mais ! une base de données (ex: Access) Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 27
  28. 28. Exemple:QQOQCC et les essaiscomparatifs ou essais de phase 3! Précision du QQOQCC qualité du protocole donc de l’étude! Rédaction nécessaire! Collaboration cliniciens-statisticiens Zoom sur: ! quoi ! qui ! comment Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 28
  29. 29. Exemple:QQOQCC et les essaiscomparatifs ou essais de phase 3! Quoi ! Situation unilatérale ou bilatérale: ! Situation unilatérale démontrer l’efficacité d’un nouveau produit: le nouveau traitement est-il mieux que rien ou plus efficace que le produit de référence dont l’efficacité est connue ? ! Situation bilatérale (cas le plus courant) comparer deux thérapies: le nouveau traitement est-il plus ou moins efficace que le produit de référence ou quel est le meilleur des 2 traitements (recherche de la différence)? Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 29
  30. 30. Exemple:QQOQCC et les essaiscomparatifs ou essais de phase 3! Quoi (suite) ! Pour quel critère de jugement (analyse statistique) ! 1 seul critère, celui qui mesure le mieux l’effet attendu du traitement (cas idéal) ! une combinaison numérique de critères indépendants, qui résume l’état du malade Le critère est généralement quantitatif Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 30
  31. 31. Exemple:QQOQCC et les essaiscomparatifs ou essais de phase 3! Qui ! Nécessité d’une comparaison ! entre un nouveau traitement sur un groupe et ! le traitement connu pour être plus efficace ou un placebo sur le groupe témoin Il peut y avoir plusieurs groupes Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 31
  32. 32. Exemple:QQOQCC et les essaiscomparatifs ou essais de phase 3! Qui (suite) ! Nécessité d’un tirage au sort Pour obtenir des groupes de malades comparables: ! comparables pour tous les caractères connus ou inconnus autres que les traitements, ! afin de porter un jugement de causalité, il faut attribuer les traitements aux malades par tirage au sort, le tirage étant: ! équilibré ou non, ! stratifié ou non Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 32
  33. 33. Exemple:QQOQCC et les essaiscomparatifs ou essais de phase 3! Qui (suite) ! Nécessité d’un tirage au sort sur une population éligible ! critères d’inclusion ! maladie: critères cliniques, biologiques,… ! malade: âge, sexe,… ! critères de non inclusion ! maladie, ! malade, ! traitements antérieurs ou actuels Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 33
  34. 34. Exemple:QQOQCC et les essaiscomparatifs ou essais de phase 3! Qui (suite) ! Traitements des cas particuliers ! patients ne respectant pas le protocole ! patients perdus de vue Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 34
  35. 35. Exemple:QQOQCC et les essaiscomparatifs ou essais de phase 3! Comment ! Essai en aveugle ! essai en double aveugle: malade et médecin ignorent la nature du traitement ! essai en simple aveugle: seul le malade ignore la nature du traitement Les traitements administés en aveugle doivent être indiscernables. Seule l’administration en double aveugle garantit le maintien de la comparabilité Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 35
  36. 36. Exemple:QQOQCC et les essaiscomparatifs ou essais de phase 3! Comment (suite) ! Importance du recueil de données ou questionnaire ! document permettant la lecture en clair des données (le codage est ultérieur) ! document à tester ! sur le fond (clarté et précision) ! sur l’enchaînement de questions ! organisation qui le remplit, à quel moment, qui le contrôle et l’enregistre ? Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 36
  37. 37. 3. Les outilsstatistiques
  38. 38. Les outils statistiquesLes types de variables:! Variables quantitatives ou métriques ! discrètes ! continues Une variable continue peut être transformée en discrète! Variables qualitatives ! nominales ! ordinales ! à réponse multiple Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 38
  39. 39. Les outils statistiquesEn général:! Variable quantitative: ! critère de jugement ! variable à expliquer ! variable explicative! Variable qualitative ! variable de stratification ! variable explicative ! variable de résultat (succès / échec) Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 39
  40. 40. Les outils statistiquesLe type de variables à traiter structureles arbres de décision pour le choix destraitements statistiques Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 40
  41. 41. Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - FranceTél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 41
  42. 42. Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - FranceTél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 42
  43. 43. Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - FranceTél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 43
  44. 44. Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - FranceTél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 44
  45. 45. Les principaux logiciels:! logiciels généralistes! logiciels à vocation « analyse des données »! logiciels à vocation « traitement d’enquêtes » Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 45
  46. 46. Logiciels généralistes avec une spécialisation ! SAS ! EPI INFO ! JMP ! STATBOX ! SPSS ! STATA ! S-PLUS ! STATISTICA ! SYSTAT ! BMDP ! SIGMA STAT ! STAT GRAPHICS ! MINITAB ! XLSTAT ! … Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 46
  47. 47. Logiciels d’analyse de Logiciels dedonnées! Les logiciels généralistes traitement! SPAD d’enquêtes! ALICE! … ! ETHNOS ! EOLE ! MODALISA ! QUESTION ! SPHINX ! … Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 47
  48. 48. Paramètres de choix d’unlogiciel! la richesse fonctionnelle! la lisibilité des résultats! la documentation! la complexité d’utilisation! la notoriété! le prix Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 48
  49. 49. En conclusion Le statisticien est cet homme qui prétend qu’avoir la tête dans une fournaise et les pieds dans la glace permet de bénéficier d’une température moyenne agréable Société OPTIMA - 32 Avenue Ariane - 33700 Mérignac - France Tél : 33 5 56 34 42 16 – Fax : 33 5 56 34 42 07 - Email : info@optima-europe.com - Site Web : www.optima-europe.com Page 49

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