Reaxys®, base de données
spécialisée en chimie organique,
organométallique, et minérale.
Octobre 2015
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Plan Diapo
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• Commencer une recherche 6
• Ask Reaxys 7
• Substances, Names, Formulas 8
• Reactions 12
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Reaxys® est une plateforme de recherche d’informations spécialisées en
chimie organique, organométallique, et minérale.
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Reaxys® donne accès aux brevets :
• américains (US) depuis 1971
• européen (EP) depuis 1979
• de la base mondiale (WO) dep...
Types de données contenues dans la base :
•Les composés (nom, structure, n°CAS, etc);
• Les références bibliographiques;
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Commencer une recherche
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C’est une recherche rapide en langage naturel.
Exemples :
On peut rechercher par nom de...
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Recherche par numéro
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nom chimique, etc
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numéros d’identification, formule brute...
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ainsi que des liens pour copier la
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composés.
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• Les produits de départ, reactants, (starting material) sont les composés qui
ajoutent au moins un atome de carbone au...
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composé.
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sont affichés. Pour chaque réactio...
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•la référence
bibliographique
• le résumé
• les réactions
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Recherches à partir de données de bioactivités
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Possible de lancer
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par méthodes
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Créer un compte
Pour créer des alertes, personnaliser son interface, se créer un rapport et enregistrer
ses recherches,...
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A partir de la page
des résultats de
recherche, il faut
cliquer sur le lien
Create Alert.
Les alertes
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La liste de
résultats peut
être exportée à
partir du bouton
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Les résultats de
recherche sont
exportables dans
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29
My Settings permet de personnaliser son interface de recherche. Pour y accéder, il
faut s’identifier (voir diapo 26). I...
30
Report
La fonction Report permet de récupérer des résultats et de les envoyer par
mail.
En cliquant sur les coins
rouge...
31
Onglet "Help" de Reaxys avec des
guides et tutoriels
Aide
Bibliothèques de l’Université de Perpignan Via Domitia – bu.u...
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  1. 1. Reaxys®, base de données spécialisée en chimie organique, organométallique, et minérale. Octobre 2015 Bibliothèques de l’Université de Perpignan Via Domitia – bu.univ-perp.fr Licence Creative Commons CC BY-NC-SA
  2. 2. Plan Diapo • Reaxys 3 • Commencer une recherche 6 • Ask Reaxys 7 • Substances, Names, Formulas 8 • Reactions 12 • Open Analysis View 17 • Literature 18 • Synthesis Plans 20 • Medicinal Chemistry 21 • Ajout de champs de recherche 23 • Physical, Spectra, Natural Product 24 • ReaxysTree 25 • Créer un compte 26 • Les alertes 27 • Export de résultats de recherche 28 • My Settings 29 • Report 30 • Aide 31 2
  3. 3. Reaxys® est une plateforme de recherche d’informations spécialisées en chimie organique, organométallique, et minérale. Reaxys® est issue de 3 bases : • CrossFire Beilstein (composés organiques) • CrossFire Gmelin (composés minéraux et organométalliques) • Patent Chemistry Database (brevets) Certaines références peuvent remonter à 1771 Plus de 16000 revues sont indexées dont 400 "core journals" avec extraction des données, des composés et des réactions. Reaxys ne donne pas la liste des revues dépouillées. 3
  4. 4. Reaxys® donne accès aux brevets : • américains (US) depuis 1971 • européen (EP) depuis 1979 • de la base mondiale (WO) depuis 1978 (en anglais) Reaxys® intègre les données de PubChem et Emolecules. PubChem : banque de données de molécules chimiques gérée par le National Center for Biotechnology Information (NCBI) Emolecules : base de données de molécules chimiques issues de fournisseurs de l’industrie chimique et pharmaceutique 4
  5. 5. Types de données contenues dans la base : •Les composés (nom, structure, n°CAS, etc); • Les références bibliographiques; •Les caractéristiques des réactions (réactifs, catalyseurs, solvants, temps de réaction, température, pression, rendement, etc); • Les propriétés physiques, physico-chimiques; • Les propriétés toxicologiques, pharmacologiques ainsi qu'écologiques. 5
  6. 6. 6 Commencer une recherche Query : Reaxys propose plusieurs façons de commencer une recherche dans la base. Une recherche simple à partir de mots-clés (auteur, nom de composé, etc) Une recherche avancée à partir : • des réactions • des composés, des formules • des références bibliographiques • de l’arborescence ReaxysTree Une recherche à partir des données factuelles ou de données de produits naturels (conditions de réactions, données physiques, données spectroscopiques, …)
  7. 7. 7 La recherche simple : Ask Reaxys C’est une recherche rapide en langage naturel. Exemples : On peut rechercher par nom de composés, numéro CAS, formule, propriété de composés, par type de synthèse, nom de réaction, nom d’auteur, sujet, etc.
  8. 8. 8 Recherche à partir du dessin d’un composé Recherche par numéro Reaxys, numéro CAS, nom chimique, etc Les liens Lookup permettent de choisir un terme parmi les champs indexés Substances, Names, Formulas
  9. 9. 9 La liste des résultats s’affiche par structure du composé avec ses données (nom, numéros d’identification, formule brute, …) ainsi que des liens supplémentaires vers les données disponibles (données physiques, données spectroscopiques, bio activité, …) et les références bibliographiques. Il est possible d’affiner les résultats de la recherche avec les filtres. Substances, Names, Formulas
  10. 10. 10 Affichage de la formule brute, de la masse moléculaire, du numéro CAS ainsi que des liens pour copier la structure et poursuivre la recherche. Disponibilité du composé dans le commerce. Affichage des données de ce composé provenant des bases PubChem et eMolecules. La recherche interroge les 3 bases : Reaxys, PubChem et eMolecules. Substances, Names, Formulas
  11. 11. 11 Le lien Synthesize permet d’accéder au schéma de la réaction de ce composé en tant que produit sur Synthesis Plans (voir diapo 20). InChIKey (International Chemical Identifier) : identifiant utilisé pour les composés chimiques de l’IUPAC (International Union of Pure and Applied Chemistry). Substances, Names, Formulas
  12. 12. 12 • La plupart des réactions sont enregistrées en tant que réaction de préparation des composés. • Les synthèses à faibles rendements ne sont indexées que si elles ont une utilité préparative. • On trouve de nombreuses réactions multi-étapes (multi-step reaction ) • Lors d’une interrogation par réaction, seuls les produits de départ (reactants) et produits de la réaction (products) figurent dans l’équation de réaction. Les solvants, les catalyseurs et les réactifs ne sont pas mentionnés lors de l’interrogation. Reactions
  13. 13. 13 • Les produits de départ, reactants, (starting material) sont les composés qui ajoutent au moins un atome de carbone au squelette au produit d’arrivée. • Les reagents sont les composés qui prennent place dans la réaction mais ne contribuent pas au squelette carbone du produit d’arrivée. • Les catalysts sont dans Reaxys catégorisés avec les reagents. Reactions
  14. 14. 14 Recherche à partir du dessin d’un composé. A partir d’un nom de composé, Create Structure Template from Name va dessiner le composé. Ici on recherche des réactions à partir d’un produit. On peut ajouter des données de réaction à la recherche (rendement, solvant, catalyseur, température de réaction, …) Reactions
  15. 15. 15 En double cliquant sur la zone de dessin, il est possible de créer un composé avec l’éditeur de structures. 4 éditeurs de structures sont disponibles : MarvinSketch (nécessite Java), MarvinJS, Elemental et GGA Ketcher Editeur de structures
  16. 16. 16 Les résultats se présentent sous forme de réactions, seuls les reactants et produits sont affichés. Pour chaque réaction, sont indiqués le rendement, les conditions de réaction et les références liées. Reactions
  17. 17. 17 Elle permet d’affiner une recherche grâce à deux histogrammes de visualisation. Open Analysis View est disponible sur la page des résultats pour les substances et les réactions. La fonction « Open Analysis View »
  18. 18. 18 Recherche par auteur(s), titre de revue, titre d’article, année de publication, DOI, mots-clés, … Les liens Lookup permettent de choisir un terme indexé dans la base. Il est possible de compléter la requête avec la structure ou la formule d’un composé. Il est aussi possible de supprimer ou d’ajouter des champs pour la recherche. Literature
  19. 19. 19 Pour chaque résultat de la recherche, on retrouve : •la référence bibliographique • le résumé • les réactions • les composés mis en jeu Le lien Full Text permet d’être redirigé vers l’article Le lien View citing articles permet de voir la liste des articles citant cette référence Literature
  20. 20. 20 A partir du lien Synthesize d’un composé, on obtient sa rétrosynthèse. Les références associées sont mentionnées sous les réactions. Différentes fonctionnalités permettent, entre autre, de sauvegarder, renommer, imprimer le schéma. Synthesis Plans
  21. 21. 21 Recherches à partir de données de bioactivités Medicinal Chemistry
  22. 22. 22 Les résultats de recherche sont sous forme de tableau en mettant en relation les composés avec leurs cibles. Medicinal Chemistry
  23. 23. 23 Ajout de champs de recherche Pour toute recherche, il est possible d’ajouter à la requête différentes données tels que le dessin de la substance, la formule moléculaire, la composition d’un alliage et d’ajouter d’autres propriétés.
  24. 24. 24 A partir de données physiques, de données spectroscopiques et de la présence de produits naturels, on peut rechercher des composés. Physical, Spectra, Natural Product
  25. 25. 25 ReaxysTree Possible de lancer des recherches par type de réaction, par méthodes d’analyse physico- chimique, par propriété physico- chimique, …
  26. 26. 26 Créer un compte Pour créer des alertes, personnaliser son interface, se créer un rapport et enregistrer ses recherches, il faut s’enregistrer sur le Reaxys. Attention pour s’enregistrer, le mot de passe doit contenir au moins une majuscule, une minuscule et un chiffre.
  27. 27. 27 A partir de la page des résultats de recherche, il faut cliquer sur le lien Create Alert. Les alertes
  28. 28. 28 La liste de résultats peut être exportée à partir du bouton "Output". Les résultats de recherche sont exportables dans différents formats. Export de résultats de recherche
  29. 29. 29 My Settings permet de personnaliser son interface de recherche. Pour y accéder, il faut s’identifier (voir diapo 26). Il est possible d’installer d’autres plugin d’éditeurs de structures. My Settings
  30. 30. 30 Report La fonction Report permet de récupérer des résultats et de les envoyer par mail. En cliquant sur les coins rouges on peut envoyer dans Report des données (structures, réactions, synthèses, citations, etc)
  31. 31. 31 Onglet "Help" de Reaxys avec des guides et tutoriels Aide Bibliothèques de l’Université de Perpignan Via Domitia – bu.univ-perp.fr Licence Creative Commons CC BY-NC-SA

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