Rapport d’activité 2011-2012           Développement d’une application web avec le framework                              ...
Sommaire     Présentation Sanofi     La médecine translationnelle au cœur de la recherche     pharmaceutique     La nécess...
Présentation de Sanofi                                     Création en 2004 Contexte                    110 000          (...
Organigramme Contexte   Médecinetranslationnelle    Le POC     Travail    effectué     Bilan4
Médecine translationnelle    Contexte                   Enjeux : intégrer les découvertes de la                   recherch...
Les enjeux du Proof of Concept    Contexte                     Société d’informations, notamment médicale   Médecinetransl...
Les enjeux du Proof of Concept    Contexte       Phases de recherche d’un médicament   Médecinetranslationnelle    Le POC ...
Mise en place du Proof of Concept    Contexte       Scénario général   Médecinetranslationnelle                           ...
Architecture du logiciel    Contexte   Médecinetranslationnelle    Le POC     Travail    effectué                   Applic...
Développement : Etape 1/3     Contexte         Point d’entrée de l’application   Médecinetranslationnelle                 ...
Développement : Etape 1/3     Contexte      Création de la servlet principale « pathwaymapviewer »   Médecine        Et re...
Développement : Etape 1/3     Contexte        Recherche de la cible parmi les cartes   Médecinetranslationnelle           ...
Développement : Etape 2/3     Contexte      But : Construction de la carte mappée   Médecine            Création liste1 : ...
Développement : Etape 2/3     Contexte                      Données                                   Sanofi de   Médecine...
Développement : Etape 3/3     Contexte      But : Affichage des données de Sanofi   Médecine           Requête sur TARtran...
Développement : Etape 3/3     Contexte                   Résultat de l’étape 3 :   Médecinetranslationnelle     Le POC    ...
Explication des résultats     Contexte      Problèmes rencontrés   Médecine        Evolution / Exploitation du POC        ...
Conclusion     Contexte      Bilan personnel   Médecine           Compétences techniquestranslationnelle                  ...
Conclusion     Contexte   Médecinetranslationnelle     Le POC      Travail     effectué                            Merci. ...
Annexe : Planning20
Annexe : Structure XML21
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Rapport d'activité 2012

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  • TRANSITION Domaine innovant encore dans ses balbutiements : l’émergence de la médecine translationnelle.
  • La médecine translationnelle est le chaînon manquant entre la recherche fondamentale et la recherche clinique . Elle permet d’accélérer l’application des recherches les plus récentes au bénéfice du patient . Elle assure le continuum entre la recherche et les soins et permet aux patients de bénéficier plus rapidement des innovations diagnostiques et thérapeutiques. Le flux de connaissances ente la recherche fondamentale et la recherche clinique doit être bidirectionnelle : de la recherche vers le patient et du patient vers la recherche. La recherche translationnelle consiste donc soit à explorer une découverte en recherche fondamentale pour développer des applications en clinique, soit à partir d’une observation clinique pour explorer les voies biologiques associées et développer des applications en clinique. TRANSITION S’appuyer sur des données externes pour compléter les données internes. D’où TR.
  • But du projet : intégrer les données sous forme de maps fournies par TR avec les données internes à Sanofi. Faire le lien entre les données internes et celles établies par des sources extérieures TRANSITION Phase d ’étude de faisabilité
  • Pourquoi ? Comment? Avec quoi? Avec qui? Structure + cible = découverte But : Démontrer le POC techniquement et vérifier l’intérêt, prendre une décision après démonstration.
  • Le but : en visualisant l’ensemble des données, le chercheur doit pouvoir voir les liens, et se poser les bonnes questions. « tiens, ma cible est proche de ce composé, le médicament marcherait mieux si je l’activais » …
  • Utilisation de Spring comme framework de développement.
  • Tout ce qui est de la forme *.html sera transféré sur la servlet pathwaymapviewer. Cette servlet incluse dans Spring est de type DispatcherServlet, et a comme particularité de pouvoir rediriger vers d’autres servlet. A la manière d’un répartiteur.
  • D’où l’intérêt depuis le répartiteur de créer la servlet principale.
  • Algorithme simplifié. A chaque vérification, une boucle parcours l’aire -> les symboles -> les synonymes. On sert ici du XML : 1 carte, contenant des gènes et des protéines identifiés par une liste de symboles et de synonymes. « Si j’ai le temps je m’attarderai sur la structure du XML » TRANSITION Le chercheur choisit une carte en cliquant sur Show
  • Important : Utilisation d’une autre Servlet : ValiderServlet qui capte le /valider de la requête. (passer rapidement sur la 2eme partie)
  • MAIS on ne peut pas se lancer aveuglément dans ce domaine sans avoir évalué toutes les possibilités…
  • D’abord de cette expérience de cet été … Puis sur l’année…
  • A détailler si il reste du temps.
  • A détailler si il reste du temps.
  • Rapport d'activité 2012

    1. 1. Rapport d’activité 2011-2012 Développement d’une application web avec le framework Spring MVC Cartelle Jérémy
    2. 2. Sommaire Présentation Sanofi La médecine translationnelle au cœur de la recherche pharmaceutique La nécessité du POC Travail réalisé Bilan / Evolutions2
    3. 3. Présentation de Sanofi Création en 2004 Contexte 110 000 (achat Aventis) collaborateurs Médecine Rechercher, produire,translationnelle commercialiser, suivre : Le POC 100 pays •Génériques Travail •Vaccins humains effectué Bilan 1ère puissance •Santé grand public Française •Diabète •Maladies rares 33,4 •Produits innovants Mds€ CA Croissance de •Santé animale 3,2%3
    4. 4. Organigramme Contexte Médecinetranslationnelle Le POC Travail effectué Bilan4
    5. 5. Médecine translationnelle Contexte Enjeux : intégrer les découvertes de la recherche fondamentale plus rapidement et Médecinetranslationnelle plus efficacement dans la pratique médicale. Le POC ie Travail ad al effectué m a rl su es Bilan n né io n t ica do d de In x u Je Bio marqueurs Ci bl es C om po sé s5
    6. 6. Les enjeux du Proof of Concept Contexte Société d’informations, notamment médicale Médecinetranslationnelle Le POC Travail effectué Bilan Objectifs :6
    7. 7. Les enjeux du Proof of Concept Contexte Phases de recherche d’un médicament Médecinetranslationnelle Le POC Travail effectué Les enjeux du POC : Bilan Permettre au chercheur de voir le lien entre les cibles Lever les questions techniques et obtenir des performances acceptables  Démontrer la faisabilité du projet7
    8. 8. Mise en place du Proof of Concept Contexte Scénario général Médecinetranslationnelle R ec h Le POC erche d’une cible Travail effectué Bilan ge Af ficha8
    9. 9. Architecture du logiciel Contexte Médecinetranslationnelle Le POC Travail effectué Application web hébergée sur un serveur interne à Bilan Sanofi Accessible sur le réseau depuis un navigateur9
    10. 10. Développement : Etape 1/3 Contexte Point d’entrée de l’application Médecinetranslationnelle http://localhost:8080/pathwaymapviewer-webapp/assistant.html Le POC Résultat : Travail effectué Un fichier web.xml chargé du routage des requêtes Bilan10
    11. 11. Développement : Etape 1/3 Contexte Création de la servlet principale « pathwaymapviewer » Médecine Et redirection vers le bon contrôleurtranslationnelle Avec la vue correspondante Le POC Travail effectué Bilan11
    12. 12. Développement : Etape 1/3 Contexte Recherche de la cible parmi les cartes Médecinetranslationnelle Pour chaque fichier xml du répertoire Le POC Pour chaque aire de la carte Si la cible apparait dans le nom de l’aire, d’un symbole, ou d’un synonyme Alors on ajoute cette aire à la liste Travail FinSi effectué FinPour FinPour Bilan Fin Etape 1 :12
    13. 13. Développement : Etape 2/3 Contexte But : Construction de la carte mappée Médecine Création liste1 : données Sanofi et liste2 : données XMLtranslationnelle Pour chaque aire Le POC Distinguer si l’aire est un lien ou non Si c’est un lien, on définit simplement le nom tel quel Données Sinon Pour chaque objet XML Travail Pour chaque gène effectué Récupération du nom, du code, et de l’espèce FinPour FinPour Bilan FinSinon Si l’aire a un nom Récupération des coordonnées de l’aire Données Sanofi Zone cliquable Création de la zone cliquable Enregistrements des données via Javascript Si la cible existe en interne + Ajouter l’aire dans la liste 1 Si la cible est directement concernée par l’aire Ajouter l’aire dans la liste 2 FinSi FinPour13
    14. 14. Développement : Etape 2/3 Contexte Données Sanofi de Médecinetranslationnelle la cible Le POC carte Travail effectué Bilan Détails de la carte14
    15. 15. Développement : Etape 3/3 Contexte But : Affichage des données de Sanofi Médecine Requête sur TARtranslationnelle Le POC Travail effectué Bilan Récupération des données avec AJAX Mise en page15
    16. 16. Développement : Etape 3/3 Contexte Résultat de l’étape 3 : Médecinetranslationnelle Le POC Travail effectué Bilan16
    17. 17. Explication des résultats Contexte Problèmes rencontrés Médecine Evolution / Exploitation du POC Lenteur de l’applicationtranslationnelle Gestion des alias Fonctionnel, retours positifs lors de la Le POC démonstration. Problèmes techniques : configuration Maven, fonctionnalités Mise en transmission de paramètres la mise en place Spring, évidence des possibilités de Travail effectué d’une telle solution Bilan Mais mis en attente17
    18. 18. Conclusion Contexte Bilan personnel Médecine Compétences techniquestranslationnelle Gestion de projet dynamique et réactive Le POC Phase de recherche de solution innovante, grande autonomie Travail effectué Immersion dans une grande entreprise Mise en situation sur plusieurs projets Bilan18
    19. 19. Conclusion Contexte Médecinetranslationnelle Le POC Travail effectué Merci. Bilan Avez-vous des questions?19
    20. 20. Annexe : Planning20
    21. 21. Annexe : Structure XML21

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