DEUXIÈME_LABO_                                                   56 BD AUGUSTE BLANQUI                                    ...
Deuxième labo• Elifsu  Sabuncu                                                                   • Antoine                ...
Plan...• Web 2.0, science 2.0• 2 belles histoires• Des usages et des outils       – Prendre des notes de façon collaborati...
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Les outils 2.0 pour la recherche : pourquoi ? comment ?

  1. 1. DEUXIÈME_LABO_ 56 BD AUGUSTE BLANQUI F_75013 – PARIS – FRANCELes outils 2.0 pour la recherche :pourquoi ? comment ? séminaire  ResMO  -­‐  Biarritz  29  janvier  2013   | Elifsu Sabuncu | | 28_01_2013 | co-fondatrice _ Deuxième labo | | __________________|_____________________________________________________________
  2. 2. Deuxième labo• Elifsu Sabuncu • Antoine BlanchardP_ 2HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  3. 3. Plan...• Web 2.0, science 2.0• 2 belles histoires• Des usages et des outils – Prendre des notes de façon collaborative... – Rendre ses articles accessibles sur le web – Faire sa biblio et la partager – Faire sa veille et la partager – Parler de sa recherche – Alimenter Wikipedia – Se mettre en réseau avec d’autres chercheurs – Discuter, veiller, recruter• 3 dernières choses dont vous devez avoir entendu parlerP_ 3HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  4. 4. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses On a dit « web 2.0 » ? • Définition (http://fr.wikipedia.org/wiki/Web_2.0) • Un web accessible sans connaissance technique et interactif (permettant à chacun, de contribuer, déchanger et de collaborer) • Termes proches – crowdsourcing : faire faire aux autres – réseaux sociaux • Et la science 2.0 ? – le commentaire des pairs – science contributive – carnets de recherche – résolution de problèmes à plusieurs sur un wiki dédié (avaient commencé sur les blogs qui permettaient de suivre une discussion) P_ 4 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  5. 5. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Deux belles histoires
  6. 6. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses 1. Riemann, ArXiv, des blogueurs Fieldés 1/3 «Tout démarre quand Xian-Jin Li publie sur le site de pré-publications arXiv une preuve de la mythique hypothèse de Riemann, qui résiste depuis 150 ans aux mathématiciens du monde entier, le 1er juillet 2008.» Texte extrait de : http://press.openedition.org/172 P_ 6
  7. 7. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses 1. Riemann, ArXiv, des blogueurs Fieldés 2/3 «Le lendemain, un lecteur du blog du mathématicien et lauréat de la médaille Fields Terence Tao laisse un commentaire pour signaler cette pré-publication, en ajoutant que ce n’est pas un canular vu la réputation de l’auteur. Un jour plus tard, le 3 juillet, Terence Tao répond en expliquant qu’il y a une erreur dans l’équation (6.9) de la page 20 et que la démonstration ne tient pas. Entre temps, un autre commentaire est déposé chez Alain Connes, fameux mathématicien et autre lauréat de la médaille Fields et blogueur également, pour attirer l’attention des lecteurs vers la pré-publication de Xian-Jin Li. Alain Connes répond dans la foulée et souligne une incohérence à la page 31. Nous sommes alors le 3 juillet.» Texte extrait de : http://press.openedition.org/172 P_ 7
  8. 8. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses 1. Riemann, ArXiv, des blogueurs Fieldés 3/3 «Le 6 juillet, Xian-Jin Li retire la quatrième version de son article, amendé entre temps à cause d’une erreur à la page 29. En l’espace de quelques jours et grâce à la combinaison d’un site de pré-publications et des blogs, ce travail potentiellement révolutionnaire aura donc été porté à la connaissance de la communauté scientifique, analysé, modifié et définitivement traité. Surtout, la blogosphère ne s’est pas limitée à l’avis « éclairé » de quelques mathématiciens reconnus et a arbitré, commenté, pris position, etc. La recherche, elle, peut poursuivre sa route, l’intégralité de ces échanges restant disponible grâce aux rétroliens fournis par arXiv qui permettent de retrouver les blogs qui ont discuté la pré-publication.» Texte extrait de : http://press.openedition.org/172 P_ 8
  9. 9. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses 2. Une collaboration née sur un blog 1/3 • Un article publié en novembre 2005 dans la fameuse revue Plant Cell, propose une explication alternative à la nouvelle forme d’hérédité (dite non mendélienne, car ne respectant pas les règles établies par Gregor Mendel en 1866) observée quelques mois auparavant chez la plante modèle Arabidopsis thaliana extrait  de  h*p:// press.openedi2on.org/172 P_ 9 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  10. 10. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses 2. Une collaboration née sur un blog 2/3 «Mais on pouvait prendre connaissance de ce morceau de recherche plus de six mois auparavant, en mars 2005, sur le blog de Reed Cartwright. Comme de nombreux blogueurs, ce doctorant avait pris connaissance du résultat étonnant et de tout le bruit qui fut fait autour, puis avait réagi sur son blog en proposant sa vision des choses et en critiquant la revue Nature pour avoir survendu ce résultat. Et l’histoire aurait pu s’arrêter là : ce blogueur a fait connaître au monde entier son point de vue et passe à autre chose.» P_ 10 extrait  de  h*p://press.openedi2on.org/172
  11. 11. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses 2. Une collaboration née sur un blog 3/3 «Sauf que le chercheur Luca Comai a eu exactement la même idée et l’a soumise à la revue Plant Cell. Il fait une recherche Google par acquit de conscience et s’aperçoit qu’il a été scoopé par un blogueur ! Plusieurs options s’offrent à lui et il choisit la plus généreuse et honnête, en proposant à Reed Cartwright de devenir co-auteur de l’article. Celui-ci accepte, tout heureux de ce concours de circonstances qui lui apporte sur un plateau son premier article scientifique ! Ce que montre cette histoire, c’est la façon dont les frontières se brouillent entre billet de blog et article académique, qui peuvent proposer le même contenu et sont traités indifféremment par les moteurs de recherche Internet, mais aussi comment le blog accélère la recherche en s’affranchissant du délai nécessaire pour écrire, soumettre et publier un article académique.» extrait  de  h*p://press.openedi2on.org/172 P_ 11
  12. 12. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Prise de notes collaboratives OuEls  possibles  :   •  les  «pads»  (Piratepad,  par  ex.) •  les  ouEls  accessibles  en  se  créans  un  compte  Google  (google  docs,  etc.) •  Skype  pour  travailler  ensemble •  un  wiki P_ 12 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  13. 13. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Rendre accessibles ses articles en ligne ? • Choisir de publier dans des revues en accès libre («open access gold» • Auto-archivage sur le site web du labo («open access green») • Archives ouvertes, ex. HAL http://hal.archives- ouvertes.fr/ . • Attention : règles différentes d’un éditeur à l’autre • Voir aussi l’article http://phylogenomics.blogspot.fr/ 2013/01/ten-simple-ways-to-share-pdfs-of-your.html • P_ 13 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  14. 14. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Veille bibliographique partagée P_ 14 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  15. 15. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Bibliographies partagées : à savoir • Sont souvent basés sur un réseau socio-numérique, permettant de suivre les bibliographies de vos contacts, et de savoir qui lit le même article que vous. Loutil propose parfois des articles "similaires" ou "proches", ce qui permet de diversifier sa bibliographie. • On peut souvent attacher les PDF en texte intégral à ces outils (mais pas les partager sauf dans des groupes fermés), et avoir tout au même endroit. Annoter le PDF, rajouter des mots clés et des notes concernant larticle, pour un meilleur usage futur. • Les bases permettent souvent export et import de lensemble des références dans des formats compatibles. Donc on peut passer de l’un à l’autre. • Parfois les différentes communautés disciplinaires utilisent plus ou moins un outil : ça vaut la peine de regarder. • Il existe de nombreux comparateurs en ligne. Taper dans google les noms de plusieurs logiciels à la suite. Ou chercher "reference manager". Même une page WP : http://en.wikipedia.org/wiki/ Comparison_of_reference_management_software • Souvent il s’agit de services gratuits quon peut augmenter en payant. • Souvent il y a d’une part une version en ligne et d’autre un logiciel à installer sur votre ordinateur. Même avec les services en ligne, on peut synchroniser souvent avec les donnés en local. Il existe souvent des versions iphone, ipad, etc. • Comment se lancer ? Profiter de larrivée dun étudiant qui aime le web dans votre labo pour sy mettre. Se répartir les références à entrer. • Tenir à jour une bibliographie pointue et la rendre visible est également un outil de visibilité et de mise en valeur de l’expertise personnelle/d’un groupe. Exemples http://www.deuxieme-labo.fr/biblio/index.php et http://www.programme-repere.fr/biblio/ P_ 15 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  16. 16. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Trois outils de gestion de bibliographie • Zotero [http://www.zotero.org/] "Zotero is a free, easy-to- use tool to help you collect, organize, cite, and share your research sources. It lives right where you do your work—in the web browser itself." • Mendeley http://www.mendeley.com/ "Mendeley is a free reference manager and academic social network that can help you organize your research, collaborate with others online, and discover the latest research." • CiteUlike http://www.citeulike.org/ : "citeulike is a free service for managing and discovering scholarly references" P_ 16 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  17. 17. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Partager ses pages préférées : le « Bookmarking social » • http://fr.wikipedia.org/wiki/Social_bookmarking • Nombreux outils, pour tous les goûts : Delicious, Digg, Diigo, Pearltrees, Reddit, Stumbleupon... • Aller voir des comparateurs • Usage minimal : avoir accès à ses propres «favoris» sur différents ordinateurs. • Permet également de découvrir des pages intéressantes (on cherche dans une sous-partie du web). Exemple : https://delicious.com/delifsu/ twitter+recherche# donne 2 articles parlant de l’usage de Twitter dans des contextes de recherche P_ 17 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  18. 18. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Les flux RSS : faire venir l’info des sites dynamiques • Les sites dynamiques (dont le contenu change souvent, les sites dinformation, les blogs, etc) produisent automatiquement des flux RSS avec les titres des derniers articles consultables en ligne. Il suffit alors de les récolter. • On peut les installer dans son navigateur (Firefox, Chrome, Safari, etc.), son maileur , un logiciel dédié (lecteur de RSS type RSSowl, Juice etc.) ou des services en ligne (ex. Netvibes et google reader). • Cela permet de retrouver au même endroit lactualité de tous les sites que lon veut suivre. P_ 18 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  19. 19. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Les blogs de science et de recherche • Les repérer > lire > laisser des commentaires > écrire ses propres articles ou dans le désordre :) • Des « communautés » de blogs/ blogueurs – Association «Café des sciences» – Hypotheses.org P_ 19 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  20. 20. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses La plateforme de blogs Hypotheses.org P_ 20 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  21. 21. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses La plateforme de blogs Café des sciences P_ 21
  22. 22. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Le Café des sciences : les thèmes P_ 22
  23. 23. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Que faire de Wikipedia ? P_ 23
  24. 24. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Le modèle Wikipedia • Comme le peer reviewing : une communauté s’organise pour établir les règles de sa légitimité. • Savoir construit, méthodologie rigoureuse. Possède un protocole clair, méthodique, transparent, traçable, élaboré collectivement et sur lequel vous pouvez agir ! • Surveillance a posteriori de plusieurs niveaux • Traçabilité = Pages «modifications», «discussions» • http://fr.wikipedia.org/wiki/Wikip %C3%A9dia#R.C3.A9daction • Wikipédia : 7è place des sites les + consultés en France, près de 16 millions de visiteurs uniques/mois (Médiamétrie, août 2011) ; 2012 : 20 millions de visiteurs unique P_ 24 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  25. 25. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Les « Facebook de chercheurs » 1/2 • http://academia.edu/ Academia.edu is a place to share and follow research. Share your papers. See analytics on your profile and papers. Follow other people in your field. http://fr.wikipedia.org/wiki/Academia.edu • http://www.researchgate.net/ For Scientists. Your reputation. Your terms. ResearchGate was built for scientists, by scientists, with the idea that science can do more when its driven by collaboration. http://fr.wikipedia.org/wiki/ResearchGATE P_ 25 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  26. 26. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Les « Facebook de chercheurs » 1/2 • Les espaces collaboratifs de travail mis en place par les institutions. • Fournissent généralement des outils de blog, de forums, de partage de fichiers, de mise en réseau des profils dutilisateurs, de gestion de groupes dutilisateurs, dagrégation de données, de gestion de contenu, de moteurs de recherche, etc. Servent parfois aussi de vitrine dynamique pour l’extérieur. • Exemples – CORE du CNRS https://intra.core-cloud.net/projets/sic2013/ SitePages/Accueil.aspx – «Carnets» de l’Université Paris Descartes http:// carnets.parisdescartes.fr/ P_ 26 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  27. 27. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses Twitter : une magie difficile à décrire Un guide pratique bientôt en ligne ici : http://penserclasser.wordpress.com/2013/01/30/un-outil-des-usages-mes- conseils-twitter/ http://twitter.theinfo.org/296552978901508097 Autres réponses reçues : “@tmorsellino: @squintar veille, communauté, offre demploi, connaissances, hotline, fast Q/A...” “@K_rho: @squintar Twitter est une formidable hotline LaTeX :)” “@Alexis_Verger: @squintar veille, création dun réseau, instantanéité, entraide, réactivité, convivialité, dissémination des ses résultats et projets.” P_ 27
  28. 28. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  autres  choses Twitter : et la matière organique ? 1/2 P_ 28 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  29. 29. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  autres  choses Twitter : et la matière organique ? 2/2 P_ 29 28 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  30. 30. 3 dernières choses
  31. 31. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses 1. Évaluation et activités de diffusion • Pourquoi ne pas être évalué aussi sur ce qu’on fait en dehors de ses publications scientifiques ? • Nouvelles “métriques” pour mesurer l’impact d’une publication en regardant sa diffusion sur les réseaux sociaux   => http://www.altmetric.com/ • Eysenbach G. Can Tweets Predict Citations? Metrics of Social Impact Based on Twitter and Correlation with Traditional Metrics of Scientific Impact J Med Internet Res 2011;13(4):e123 P_ 31 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  32. 32. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses 2. Les chercheurs ouverts sur la société sont aussi les plus actifs académiquement ! • Étude statistique sur 3 500 chercheurs du CNRS (rapports d’activité). Trois modalités de diffusion ont été étudiées : la vulgarisation, l’obtention de contrats et l’enseignement. • Résumé : les chercheurs qui vulgarisent, enseignent (un peu, jusquà 30h par an) ou qui trouvent des contrats avec des industriels ou des partenaires institutionnels sont plus actifs également du point de vue académique (plus de publications et à plus fort impact). Et contrairement aux idées reçues, ces activités ne sont pas pénalisantes pour leur carrière. • Réf. : Pablo Jensen, Jean-Baptiste Rouquier, Pablo Kreimer and Yves Croissant, Science and Public Policy August 2008 Scientists who engage with society perform better academically • http://perso.ens-lyon.fr/pablo.jensen/spp.pdf • http://perso.ens-lyon.fr/pablo.jensen/vulgaCNRS.pdf P_ 32 HTTP://WWW.DEUXIEME-LABO.FR ELIFSU@DEUXIEME-LABO.FR @DEUXIEME_LABO @SQUINTAR
  33. 33. Web  2.0,  science  2.0  |2  belles  histoires  |  Des  usages  et  des  ouEls  |  3  dernières  choses 3. Communiquer, ça peut servir à être cité •  Les  arEcles  avec  un  communiqué  de  presse  sont  plus  cités...par  les  chercheurs   eux-­‐mêmes  !  Très  belle  étude  avec  très  belle  méthodo  (contrôle  historique,   astucieux  et  élégant)  hZp://www.nejm.org/doi/full/10.1056/ NEJM199110173251620 P_ 33
  34. 34. DEUXIÈME_LABO_ 56 BD AUGUSTE BLANQUI F_75013 – PARIS – FRANCEÀ vous de jouer ! | Elifsu Sabuncu | | 28_01_2013 | co-fondatrice _ Deuxième labo | | __________________|_____________________________________________________________

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