Le « grand livre »
de PubMed
à lire sur ordinateurs
ou sur tablettes
Philippe Eveillard
phe@club-internet.fr
Pour le téléc...
Téléchargement du « grand livre »
• Sur votre ordinateur, il suffit de vous inscrire à Slideshare
(l’inscription est gratu...
Ouverture
Iconoclaste
PubMed est une banque de données bibliographiques qu’il
convient d’apprivoiser en parlant son langag...
Ouverture
Iconoclaste (suite et fin)
A l’évidence, c’est le cadet des soucis des tutoriels (vidéos et copies d’écran),
plu...
Si vous n’avez pas lu le texte d’ouverture
jusqu’au bout, la synthèse en image est
dans les pages suivantes
L’essentiel est dit :
les détails sont à venir
Présentation
PubMed
PubMed n’est
pas MEDLINE
Comprendre
PubMed n’est
pas Google
01 02 03 04
Formuler
La 1ére
équation n’es...
PubMed ≠ MEDLINE
01Trois composants
Trois conséquences
Indexée = MEDLINE
Non indexée
Les 2 parties de PubMed
Deux parts de camembert
PubMed rassemble plus de 24 millions de références
réparties en 2 catégories (voir la page précéde...
Trois conséquences
Première conséquence
Toute équation de recherche formulée en langage
d’indexation n’affiche que des réf...
Comprendre les fondamentaux
02
L’équation de recherche
L’affiliation descripteur/qualificatif
Les champs
Au secours !
Désolé, les fondamentaux
sont un passage obligé
Antibacterial Agents/TU AND
Respiratory Tract Infections/DT
AND Pseudomonas Infections
[mh] AND review [pt]
Recherche des ...
L’équation-type
Les références de PubMed sont indexées avec des
descripteurs (des termes du thesaurus MeSH), des
affiliati...
Antibacterial Agents/TU AND Respiratory Tract Infections/DT
AND Pseudomonas Infections [mh] AND review [pt]
Les deux affil...
L’index
L’index rassemble les termes choisis par le
documentaliste pour caractériser le contenu de
l’article.
Les termes i...
Exemple d’index
Index de l’article :
Döring G, Flume P, Heijerman H, Elborn
JS; Consensus Study Group.
Treatment of lung i...
PubMed n’est pas
Google China par bfishadow Licence CC BY
Interroger PubMed à la Google
L’interrogation à la Google consiste à entrer dans la
fenêtre d’interrogation de PubMed les ...
Comparaison PubMed - Google
Interprétation de l’équation
formulée selon PubMed
(d’après Search Details)
"asthma/drug
thera...
Automatic Term Mapping : le gâchis
La gestion d’une requête à la Google par un
automate (Automatic Term Mapping) est
désas...
Notice = étiquette
La notice est l’étiquette accrochée à chaque article.
La notice est disponible sous 3 formats :
- summa...
Attention : à partir de maintenant et pendant
quelques pages, ce que vous allez rencontrer
« c’est du lourd »
L’affiliation descripteur/qualificatif est
au cœur de l’équation de recherche
Greece sunset par MattJP licence Cc BY
L’affiliation est un obstacle à franchir
L’affiliation descripteur/qualificatif est
l’obstacle qui se dresse devant tout u...
L’affiliation est au cœur de l’équation
Une affiliation descripteur/qualificatif :
• Associe un descripteur et un qualific...
Les descripteurs : le thesaurus
Les descripteurs sont les termes du thesaurus* de
PubMed (thesaurus MeSH – Medical Subject...
Fondamentaux
Le thesaurus MeSH est un arbre
avec neuf branches maitresses.
Les deux principales branches
maitresses sont :...
Fondamentaux
L’explosion est l’extension d’une requête sur un
descripteur aux descripteurs de niveau hiérarchique
inférieu...
Fondamentaux
Une requête avec le descripteur
Asthma est étendue (par défaut) aux
4 descripteurs de niveau
hiérarchique inf...
Fondamentaux
C’est la pondération.
Elle est indiquée dans l’index par un astérisque
accompagnant certains termes : descrip...
Fondamentaux
Les qualificatifs sont « condamnés » à se combiner
aux descripteurs sous la forme d’affiliations
descripteur/...
Détendez-vous : la notion de champ est plus
simple que celle d’affiliation
Un champ indique la
nature ou la localisation
d’un mot-clé
[mh]
Fondamentaux
L’intérêt des champs ne fait aucun doute.
Vous interrogez PubMed sur les accidents vasculaires
cérébraux (en ...
Fondamentaux
La liste des champs est affichée dans les appendices
du menu help (rubrique : search field descriptions
and t...
Fondamentaux
Nature
Descripteur [mh]
Type de publication [pt]
Date de publication [dp]
Concept supplémentaire [nm]
Titre d...
Fondamentaux
L’automate est votre
ennemi
Les champs sont ajoutés de façon
automatique quand vous :
- interrogez PubMed « à...
Fondamentaux
Ne pas indiquer le champ d’un mot clé expose à un
défaut de précision.
Formuler une équation de recherche san...
Besoin d’aide ??
Help et MeSH Database
volent à votre secours
P1010206 par Perin J-C Licence CC BY
Fondamentaux
L’aide du service Help est concentrée dans la rubrique
appendices.
Dans cette rubrique, trois intitulés sont ...
Fondamentaux
La banque de données du MeSH (MeSH Databse) est
le service-clé pour formuler une affiliation en 2 temps.
Prem...
Fondamentaux
Premier temps : entrée de bariatric dans la fenêtre
d’interrogation de MeSH Database.
Deuxième temps : parmi ...
Vous entrez (enfin) dans le vif du sujet
Formuler
03
Les mots clés et la grammaire
La première équation
Filtrer ?
Reformuler
Stratégie
La requête est formulée directement
dans la fenêtre d’interrogation
Last in thought par _MaRiNa_ Licence CC BY
Formuler
Où ? : dans la fenêtre d’interrogation
L’apprentissage de la formulation passe par
l’adoption d’emblée des bonnes...
Formuler
Pourquoi ? : pour établir une liste de références
PubMed est une banque de données bibliographiques.
Son interrog...
Formuler
Comment ? : avec des mots clés et une grammaire
L’équation de recherche est composé de mots clés
reliés par des a...
Dans la fenêtre, le mot clé est
combiné à un autre mot clé ou
accompagné d’un champ
New-Year’s Eve 2012-2013 par bortescri...
Formuler
Les mots clés (1) : l’obstacle
Le choix des mots clés et la façon de les utiliser
constituent le seul véritable o...
Formuler
Les mots clés (2) : la méthode
La première série de mots clés destinés à intégrer le
« tableau des mots clés » es...
Formuler
Les mots clés (3) : les 3 types
Les mots clés figurent dans un tableau qui rassemble :
- des mots du langage cour...
Formuler
Les mots clés (4) : les aides
Le PTS
Le Portail terminologique
de santé est un des
services du catalogue du
CHU d...
Formuler
Les mots clés (5) : le tableau (thèse)
Thèmes Mots clés Synonymes Descripteurs
Suivi périnatal Suivi périnatal Su...
Formuler
Les mots clés (6) : le tableau (article)
Le titre : Vieillissement et infection par le VIH : suivi de 149 patient...
La grammaire
combine, accompagne
et relie les mots
SAKURAKO – Came with me par MIKI Yoshihito
Formuler
La grammaire (1) : la combinaison
La combinaison d’un descripteur et d’un qualificatif
(affiliation descripteur/q...
Formuler
La grammaire (2) : l’accompagnement
Chaque mot clé, que ce soit un descripteur isolé, un
type de publication, une...
Formuler
La grammaire (3) : les agents de liaison
Dans PubMed, les opérateurs booléens sont AND,
OR et NOT.
Leur utilisati...
Formuler
La grammaire (4) : les dates
Date précise
Une année
2005 [dp]
Un mois
2005/03 [dp]
Un jour
2005/03/15 [dp]
Crénea...
Formuler
La grammaire (5) : les classes d’âge
Les documentalistes de la National Library of Medicine
indexent les classes ...
Formuler
La grammaire (6) : les classes d’âge
La contraception de l’adolescente
est un bon exemple de recherche
ciblée sur...
Formuler
La grammaire (7) : les classes d’âge
Cet exemple montre les particularités
des relations hiérarchiques du
thesaur...
Formuler
La grammaire (8) : les médicaments
A la différence des MeSH
Terms (descripteurs),
les supplementary
concepts n’on...
One par andrechinn Licence CC BY
Il n’y a qu’une seule bonne façon de
formuler la première équation
Formuler
La première équation (1)
Dans une affiliation descripteur
qualificatif, le qualificatif peut être
formulé sous fo...
Formuler
La première équation (2)
Une affiliation et un descripteur
Asthma/diagnosis AND Bronchial Provocation Tests [mh]
...
Formuler
La première équation (3)
Deux affiliations descripteur qualificatif
Asthma/etiology AND Bronchiolitis/complicatio...
Formuler
La première équation (4)
Equation complexe
Asthma/DT AND Growth/CI AND Adrenal
Cortex Hormones/AE AND Administrat...
Les filtres, c’est pas
automatique
Bicolor Filter par Fr Antunes Licence CC BY 2.0
Formuler
La mise en place d’un filtre dans la première équation
de recherche est rarement justifiée.
Elle peut le devenir ...
Formuler
Les filtres sont alignés dans la colonne de gauche de
la page de résultat. Ils sont sélectionnés en naviguant
dan...
Nuage de tags réalisé avec Wordle
Formuler
La liste des champs constitue l’éventail des filtres
que vous pouvez utiliser. Ainsi, le champ [mh] est un
filtre...
La hiérarchie des types de publication
Nuage de tags réalisé avec Wordle
Formuler
Les revues générales (Review) sont les types de
publication les plus fréquemment mentionnés dans
les équations de...
La hiérarchie des sous rubriques
Nuage de tags réalisé avec Wordle
Formuler
Trois sous rubriques forment le gros de la troupe des
« subsets » les plus souvent mentionnés dans les
équations ...
Restez vigilant car la notion de reformulation est
originale, nouvelle et surtout… inconnue des tutoriels
La première équation, c’est juste pour voir
car la reformulation est systématique
Poker par Boa-sorte&Careca Licence CC BY...
Formuler
Pour être en accord avec le langage et la « façon de
faire » de PubMed, la première équation de recherche
doit co...
Formuler
Après avoir formulé l’équation « de la bonne façon »,
trois éventualités se présentent :
 c’est parfait… mais ce...
Comment définir
et améliorer la sensibilité ?
SometimesICry–I’mOnlyHumanparMarleahJoyLicenceCCBY
Formuler
La sensibilité d’une recherche peut être assimilée à la
sensibilité d’un test diagnostique (v. page suivante le
t...
Formuler
La sensibilité d’une recherche (2)
La sensibilité d’une recherche
documentaire est assimilée à
celle d’un test di...
Formuler
Pour améliorer la sensibilité de cette
équation de recherche, il est possible
de supprimer le qualificatif preven...
Formuler
Dans cette équation, le descripteur
Stroke est uni (opérateur OR) au terme
voisin cerebrovascular accident.
Cereb...
Formuler
Le champ [mh] est le champ des
descripteurs figurant dans l’index.
Le champ [tw] est le champ de tous les
mots cl...
Comment définir
et améliorer la précision ?
_MG_6890.jpg par BF_OBrien Licence CC BY
Formuler
La précision d’une recherche peut être assimilée à la
valeur prédictive positive d’un test diagnostique (v. la
pa...
Formuler
La précision d’une recherche (2)
La précision d’une recherche
documentaire est assimilée à
la valeur prédictive p...
Formuler
Dans l’équation prise en exemple, la
pondération peut être appliquée soit à
Stroke/PC, soit à Hypertension/TH, so...
Formuler
Dans l’arborescence de la catégorie
Diseases, les descripteurs Stroke et
Hypertension donnent naissance à des
des...
Formuler
Tout ajout d’un membre dans l’équation
de recherche améliore la précision.
Cet ajout concerne le plus souvent un
...
La « référence adéquate » est au
cœur de la stratégie
ChessplayparCarlosSauvageotLicenceCCBY
Formuler
La première équation de recherche est formulée
selon le langage et la « grammaire » de PubMed en
s’aidant du tabl...
Formuler
La première difficulté concerne un mot clé pour lequel
vous ne trouvez pas le descripteur correspondant.
C’est un...
Formuler
Si la recherche d’un descripteur dans MeSH Database
échoue, il reste la possibilité de le trouver par la
stratégi...
Formuler
Premier exemple
Vous recherchez le descripteur correspondant au mot-
clé microtraumatismes.
L’exploration de la b...
Formuler
Deuxième exemple
Vous recherchez le descripteur correspondant au mot-
clé maladie de Sever.
L’exploration de la b...
Formuler
Troisième exemple
Vous recherchez le descripteur correspondant au mot-
clé métastases hépatiques.
L’exploration d...
Formuler
La stratégie de l’index des références adéquates (1)
Exemple d’équation justifiant un coup d’œil sur l’index des ...
Formuler
Deux « références adéquates »
Juhl C, Christensen R, Roos EM, Zhang W, Lund H.
Impact of exercise type and dose o...
Formuler
La stratégie de l’index des références adéquates (3)
L’équation modifiée pour tenir compte des 2 remarques
Exerci...
Prêtez une attention particulière aux pages suivantes :
elles sont « nulle part ailleurs »
Veiller
04
Une équation plus qu’un service
Les deux parties de PubMed
Fromage et dessert
Les flux RSS, outils de la veille
Avant d’être un
service, la veille
est une équation
Le sémaphore veille le jour par 8Uhr Licence CC BY
La veille
My NCBI est le service de PubMed chargé de la veille.
Vous formulez une équation et la placez dans l’espace
de s...
non
indexé
indexé = MEDLINE
PubMed
La veille porte sur tout le camembert
La veille
Chaque notice au format abstract contient un des
4 intitulés permettant de distinguer les références
indexées de...
La veille
Faire de la veille, c’est « marquer à la culotte » les
articles les plus récents.
Certains articles sont indexée...
La veille
L’équation de veille est composée de deux équations :
une qui explore la partie indexée et l’autre qui
interroge...
La veille
Dans la partie non indexée, les mots clés sont les
descripteurs (sans virgule) de la partie indexée
auxquels son...
L’équation de veille, c’est
fromage et dessert
French Restaurant par RubyGoes Licence CC BY 2.0
La veille
Les deux membres de l’équation, celui de la partie
indexée et celui de la partie non indexée sont liés
avec l’op...
La veille
Le schéma
Descripteur [mh] OR ((descripteur [tiab] OR synonyme1
[tiab] OR synonyme2 [tiab]) NOT MEDLINE [sb])
Sc...
La veille
Premier exemple d’équation de veille
Osteoarthritis, knee/SU OR ((osteoarthritis of knee* [tiab]
OR knee osteoar...
La veille
Deuxième exemple d’équation de veille
Hypertension/TH AND Exercise therapy [mh] OR
((hypertension [tiab] OR high...
La veille
Deux règles
Les mots qui encadrent l’opérateur OR sont mis entre
parenthèses
Dans une équation, il doit y avoir ...
Les flux RSS sont l’outil privilégié
de la veille
RSS par marycat879 Licence CC BY
La veille
Un flux RSS (ou fil RSS) est un lien avec une page
évolutive.
Une page évolutive est une page dont le contenu
ch...
La veille
La gestion des flux RSS se fait en 3 temps.
Premier temps : repérage d’une « page à flux » :
- soit dans la barr...
La veille
Dans PubMed, le logo Create RSS s’affiche sous la
fenêtre d’interrogation dès que le résultat de
l’équation est ...
Plus
+Moulinettes et guide-âne
Originalité du guide
Maintenant, le « Grand Livre » aborde sur la pointe
des pieds des services qu’il estime peu utiles, puis
conclut avec les ...
Les moulinettes
sont-elles utiles ?
Boy making applesauce par woodleywonderworks Licence CC BY 2.0
Utiles ?
Votre objectif est de remplir une fenêtre
d’interrogation avec des mots clés, conformément au
langage et à la gra...
Utiles ?
Les moulinettes « moulinent » votre équation pour :
- interroger PubMed à la Google ( Automatic Term
Mapping) ;
-...
Utiles ?
Les guide-âne sont des poteaux indicateurs, des
cadrans, des manettes ou des boutons qui jalonnent
le chemin à em...
Utiles ?
Rien sauf faire fonctionner une usine à gaz qui :
- veille (mal) car nulle part n’est indiquée comment
formuler u...
C’est la fin…
En prime : une « quatrième de couverture » qui
rassemble les dix points originaux, ceux que les vidéos
et le...
MERCII
Aux photographes dont les clichés (sous
licence Creative Commons Paternité CC BY
2.0) illustrent le Grand Livre de ...
MERCII
Aux photographes dont les clichés (sous
licence Creative Commons Paternité CC BY
2.0) illustrent le Grand Livre de ...
Grand livre de PubMed
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Recherche et veille bibliographique dans PubMed.
Une approche originale et iconoclaste s'appuyant plus sur les fondamentaux de la recherche que sur la navigation dans l'interface.

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Grand livre de PubMed

  1. 1. Le « grand livre » de PubMed à lire sur ordinateurs ou sur tablettes Philippe Eveillard phe@club-internet.fr Pour le téléchargement voir page suivante Version mai 2015
  2. 2. Téléchargement du « grand livre » • Sur votre ordinateur, il suffit de vous inscrire à Slideshare (l’inscription est gratuite) pour effectuer le téléchargement. • Sur votre tablette, vous devez non seulement vous inscrire, mais aussi télécharger l’application Slideshare Presentations sur Google Play (Android) ou App Store (iOS) à l’adresse : http://bit.ly/1uWUS1D Pour être tenu au courant des prochaines versions du « grand livre », devenez un de mes « followers » (suiveur).
  3. 3. Ouverture Iconoclaste PubMed est une banque de données bibliographiques qu’il convient d’apprivoiser en parlant son langage et en tenant compte des modalités de son exploration. Ce n’est pas la façon habituelle de présenter le mode d’emploi de cet outil de recherche. Les vidéos sur le Web et les copies d’écran sur papier sont la norme. Comme si PubMed était une machine à laver avec des cadrans, des manettes et des boutons dont il faut connaitre le maniement. En réalité, il est inutile de savoir à quoi servent les intitulés qui occupent la partie basse de la page d’accueil et les cadres qui entourent la page de résultat car la seule question qui se pose est : qu’est-ce que je mets dans la fenêtre ?
  4. 4. Ouverture Iconoclaste (suite et fin) A l’évidence, c’est le cadet des soucis des tutoriels (vidéos et copies d’écran), plus préoccupés de décrire l’environnement des différentes fonctionnalités que d’aider l’internaute à franchir l’obstacle de la « fenêtre blanche ». Premier obstacle : comment traduire en termes simples ce que vous cherchez dans la banque de données ? Un temps de réflexion est nécessaire. La création d’un tableau de mots clés est conseillée. Deuxième obstacle : comment traduire ces termes simples en langage adapté et comment tenir compte des modalités d’exploration de l’outil ? Le « grand livre » de PubMed tente de remédier aux insuffisances des tutoriels classiques. Il se donne pour objectif de « remplir » la fenêtre d’interrogation sans l’aide des automates et algorithmes censés faire le travail à votre place mais qui, en retour, vous font perdre le contrôle de votre requête. Philippe Eveillard (décembre 2014 – mai 2015)
  5. 5. Si vous n’avez pas lu le texte d’ouverture jusqu’au bout, la synthèse en image est dans les pages suivantes
  6. 6. L’essentiel est dit : les détails sont à venir
  7. 7. Présentation PubMed PubMed n’est pas MEDLINE Comprendre PubMed n’est pas Google 01 02 03 04 Formuler La 1ére équation n’est pas la bonne Veiller Veiller n’est pas rechercher
  8. 8. PubMed ≠ MEDLINE 01Trois composants Trois conséquences
  9. 9. Indexée = MEDLINE Non indexée Les 2 parties de PubMed
  10. 10. Deux parts de camembert PubMed rassemble plus de 24 millions de références réparties en 2 catégories (voir la page précédente) : - les références indexées ; c’est la catégorie la plus grande ; elle constitue la banque de données MEDLINE ; ses références sont étiquetées indexed for MEDLINE ; - les références non indexées ; certaines sont en cours ou en attente d’indexation et étiquetées in process ou as supplied by publisher ; d’autres proviennent des périodiques de PubMed Central non indexés dans MEDLINE et sont étiquetées PubMed. PubMed ne se limite pas à MEDLINE et ce n’est pas sans conséquences PubMed
  11. 11. Trois conséquences Première conséquence Toute équation de recherche formulée en langage d’indexation n’affiche que des références MEDLINE. Deuxième conséquence Les équations de recherche à la Google élargissent le champ de la recherche. Elles prennent en compte la présence des mots clés dans l’index, le titre, le résumé et la notice de l’article. Troisième conséquence L’équation de veille unit (OR) une recherche dans la partie indexée et une dans la partie non indexée. Langage d’indexation = langage utilisé pour indexer les articles = langage composé de termes appartenant au thesaurus MeSH PubMed
  12. 12. Comprendre les fondamentaux 02 L’équation de recherche L’affiliation descripteur/qualificatif Les champs Au secours !
  13. 13. Désolé, les fondamentaux sont un passage obligé
  14. 14. Antibacterial Agents/TU AND Respiratory Tract Infections/DT AND Pseudomonas Infections [mh] AND review [pt] Recherche des revues générales sur le traitement antibiotique des infections respiratoires à Pseudomonas
  15. 15. L’équation-type Les références de PubMed sont indexées avec des descripteurs (des termes du thesaurus MeSH), des affiliations descripteur/qualificatif (des combinaisons originales entre un descripteur et un qualificatif) et des mots clés correspondant à des types de publication et des substances. Conséquence : il est logique de formuler l’équation de recherche avec ces mots plutôt qu’avec des mots du langage courant (interrogation dite à la Google). Le thesaurus MeSH rassemble des termes (descripteurs) constituant le vocabulaire utilisé pour caractériser les articles. Fondamentaux
  16. 16. Antibacterial Agents/TU AND Respiratory Tract Infections/DT AND Pseudomonas Infections [mh] AND review [pt] Les deux affiliations n’ont pas besoin de champ car PubMed reconnait qu’il s’agit d’affiliations descripteur/qualificatif. En revanche, la nature de Pseudomonas Infections (descripteur) et celle de review (type de publication) sont reconnues par leur champ : [mh] pour le descripteur et [pt] pour le type de publication. Cette équation de recherche est composée de 2 affiliations (Antibacterial Agents/TU et Respiratory Tract Infections/DT), d’un descripteur (Pseudomonas Infections) et d’un type de publication (review). Les qualificatifs (therapeutic use et drug therapy) sont sous leur forme abrégée. Fondamentaux L’équation de recherche
  17. 17. L’index L’index rassemble les termes choisis par le documentaliste pour caractériser le contenu de l’article. Les termes indexés sont : - des descripteurs et des affiliations descripteur/qualificatif (MeSH Terms) ; - des types de publication (Publication Types) ; - des substances (Substances) qui sont soit des molécules, soit des classes thérapeutiques, soit des concepts supplémentaires (v. plus loin) L’index est situé sous le résumé de la notice au format abstract. La notice au format abstract s’affiche en activant le lien de l’article dans la page de résultat. Fondamentaux
  18. 18. Exemple d’index Index de l’article : Döring G, Flume P, Heijerman H, Elborn JS; Consensus Study Group. Treatment of lung infection in patients with cystic fibrosis: current and future strategies. J Cyst Fibros. 2012 Dec;11(6):461-79. doi: 10.1016/j.jcf.2012.10.004. Epub 2012 Nov 6. Review. Publication Types Review MeSH Terms Anti-Bacterial Agents/therapeutic use* Cystic Fibrosis/microbiology* Humans Pneumonia, Bacterial/drug therapy* Pneumonia, Bacterial/microbiology Pseudomonas Infections/drug therapy* Pseudomonas aeruginosa* Substances Anti-Bacterial Agents Fondamentaux
  19. 19. PubMed n’est pas Google China par bfishadow Licence CC BY
  20. 20. Interroger PubMed à la Google L’interrogation à la Google consiste à entrer dans la fenêtre d’interrogation de PubMed les mots clés les uns à côté des autres, séparés par un espace. L’équation à la Google relative aux recommandations sur le traitement de l’asthme s’écrit : Asthma « drug therapy » guideline L’équation selon PubMed est formulée différemment : Asthma/drug therapy AND Guideline [pt] Dans la page suivante figure la comparaison des 2 formulations. L’interprétation d’une requête par PubMed s’affiche dans le cadre search details. Le cadre search details se trouve dans la colonne de droite de la page de résultat. Fondamentaux
  21. 21. Comparaison PubMed - Google Interprétation de l’équation formulée selon PubMed (d’après Search Details) "asthma/drug therapy"[Mesh Terms] AND guideline[pt] 104 références le 3/01/2015 Interprétation de l’équation formulée à la Google (d’après Search Details) ("asthma"[MeSH Terms] OR "asthma"[All Fields]) AND "drug therapy"[All Fields] AND ("guideline"[Publication Type] OR "guidelines as topic"[MeSH Terms] OR "guideline"[All Fields]) 1265 références le 3/01/2015 Fondamentaux Commentaire L’équation selon PubMed a été interprétée comme elle a été formulée. L’équation à la Google a subi l’assaut de l’Automatic Term Mapping qui a reformulé l’équation initiale en comparant les mots clés entrés dans la fenêtre d’interrogation à des tables de correspondance (descripteurs MeSH – Auteur – Titre de périodique). V. page suivante
  22. 22. Automatic Term Mapping : le gâchis La gestion d’une requête à la Google par un automate (Automatic Term Mapping) est désastreuse. Comme le montre l’exemple des recommandations sur le traitement de l’asthme, l’automate compare les mots clés à des tables de correspondance (descripteur ; titre de périodique ; auteurs). Quand la moisson est incomplète, il étend sa recherche à tous les champs (all fields), soit au contenu de la notice complète (titre, résumé, auteur, titre de périodique, index…). Fondamentaux Une interrogation à la Google génère du bruit, parfois assourdissant
  23. 23. Notice = étiquette La notice est l’étiquette accrochée à chaque article. La notice est disponible sous 3 formats : - summary  l’étiquette se résume à la référence ; - abstract  l’étiquette rassemble la référence, le résumé et l’index ; - MEDLINE  la notice est complète. Dans l’exploration de PubMed, le meilleur résultat est obtenu quand la fenêtre d’interrogation contient des termes figurant dans la notice au format abstract des articles (ou dans celle au format MEDLINE). Fondamentaux Hors de la notice point de salut
  24. 24. Attention : à partir de maintenant et pendant quelques pages, ce que vous allez rencontrer « c’est du lourd »
  25. 25. L’affiliation descripteur/qualificatif est au cœur de l’équation de recherche Greece sunset par MattJP licence Cc BY
  26. 26. L’affiliation est un obstacle à franchir L’affiliation descripteur/qualificatif est l’obstacle qui se dresse devant tout utilisateur. En cause : le caractère inhabituel et insolite du concept. C’est un concept suffisamment déstabilisant pour être systématiquement occulté par tous les tutoriels pour ne pas effrayer les débutants. Pourtant, une ou plusieurs affiliations doivent figurer dans toute équation de recherche comme l’atteste leur présence dans les index de tous les articles hébergés dans PubMed. Fondamentaux Premier saut par Joseph Sardin Licence CC BY
  27. 27. L’affiliation est au cœur de l’équation Une affiliation descripteur/qualificatif : • Associe un descripteur et un qualificatif qui précise le sens du descripteur. • Est formée de la juxtaposition des deux termes, simplement séparés par un slash. • N’a pas besoin de champ* pour être reconnue comme une expression du langage de PubMed. *Champ : indication de la nature d’un mot clé. Cette notion de champ sera développée plus loin. Fondamentaux Asthma/drug therapy Asthma/DT Note : le qualificatif peut être sous forme abrégée
  28. 28. Les descripteurs : le thesaurus Les descripteurs sont les termes du thesaurus* de PubMed (thesaurus MeSH – Medical Subject Headings). Ils sont plus de 25 000 dans la version 2015 du thesaurus. Ces descripteurs ont entre eux des relations hiérarchiques illustrées par la structure arborescente du thesaurus. * Un thesaurus est un « vocabulaire contrôlé » dont les termes ont entre eux des relations hiérarchiques. Fondamentaux Le thesaurus MeSH est actualisé chaque année
  29. 29. Fondamentaux Le thesaurus MeSH est un arbre avec neuf branches maitresses. Les deux principales branches maitresses sont : - la branche maladies (Diseases) qui donne 26 branches secondaires; - la branche médicaments (Chemicals and Drugs). La structure arborescente du thesaurus rend compte du phénomène de l’explosion (v. page suivante). Respiratory Tract Diseases Bronchial Diseases Asthma Asthma, Aspirin-Induced Asthma, Exercise- Induced Asthma, Occupational Status Asthmaticus Arborescence du descripteur Asthma avec 2 descripteurs de niveau hiérarchique supérieur et 4 de niveau hiérarchique inférieur Les descripteurs : l’arborescence
  30. 30. Fondamentaux L’explosion est l’extension d’une requête sur un descripteur aux descripteurs de niveau hiérarchique inférieur. L’explosion se produit par défaut, c’est-à-dire dans tous les cas sauf mention contraire (non-explosion). La non-explosion est indiquée dans le champ du descripteur ou de l’affiliation descripteur/qualificatif. La non-explosion participe à la précision de la requête (cette notion sera abordée plus loin). Explosion Asthma [mh] Asthma/DT Non-explosion Asthma [mh:noexp] Asthma/DT [mh:noexp] Les descripteurs : l’explosion
  31. 31. Fondamentaux Une requête avec le descripteur Asthma est étendue (par défaut) aux 4 descripteurs de niveau hiérarchique inférieur : - Asthma, Aspirin-Induced - Asthma, Exercise-Induced - Asthma, Occupational - Status Asthmaticus Respiratory Tract Diseases Bronchial Diseases Asthma Asthma, Aspirin-Induced Asthma, Exercise- Induced Asthma, Occupational Status Asthmaticus Arborescence du descripteur Asthma avec 2 descripteurs de niveau hiérarchique supérieur et 4 de niveau hiérarchique inférieur Les descripteurs : l’explosion (exemple)
  32. 32. Fondamentaux C’est la pondération. Elle est indiquée dans l’index par un astérisque accompagnant certains termes : descripteurs ou affiliations (v. ci-contre). L’internaute qui interroge PubMed peut demander dans sa requête que seuls les termes pondérés soient recherchés. La pondération est indiquée par le champ [majr]. Elle augmente la précision de la requête. Asthma [majr] ; Asthma/diagnosis [majr] Asthma/diagnosis Asthma/etiology Asthma/therapy* Disease Management* Humans Index de l’article : Newer strategies in the management of asthma Les descripteurs : leur accorder du poids
  33. 33. Fondamentaux Les qualificatifs sont « condamnés » à se combiner aux descripteurs sous la forme d’affiliations descripteur/qualificatif (asthma/diagnosis). Dans les index de PubMed, les qualificatifs n’existent pas en dehors d’une affiliation avec un descripteur. Il y a 83 qualificatifs. Un qualificatif s’affilie à un descripteur si « affinité ». Pour vérifier l’affinité d’un qualificatif pour un descripteur, consulter la banque de données du MeSH (MeSH Database). Pas de qualificatif sans descripteur Les qualificatifs : toujours affiliés
  34. 34. Détendez-vous : la notion de champ est plus simple que celle d’affiliation
  35. 35. Un champ indique la nature ou la localisation d’un mot-clé [mh]
  36. 36. Fondamentaux L’intérêt des champs ne fait aucun doute. Vous interrogez PubMed sur les accidents vasculaires cérébraux (en langage MeSH : Stroke). Le 20 janvier 2015, l’entrée de stroke dans la fenêtre d’interrogation de PubMed (interrogation à la Google) affiche 223 178 références… … mais, l’entrée de stroke : avec le champ [mh] en affiche 87 576 avec le champ [ta] 16 842 avec le champ [ti] 62 897 avec le champ [tw] 189 639 Stroke peut être : - un descripteur [mh] - un titre de journal [ta] - un mot du titre [ti] - un mot de la notice [tw] Les champs : pourquoi ?
  37. 37. Fondamentaux La liste des champs est affichée dans les appendices du menu help (rubrique : search field descriptions and tags). Il y a 51 champs, mais une dizaine seulement sont d’usage courant (v. page suivante). Certains indiquent la nature du mot clé : descripteur, langue de publication, type de publication, date… D’autres, la localisation du mot clé qui peut se trouver dans le titre, le titre et le résumé ou dans la notice. Une dizaine de champs sont d’usage courant Les champs : combien ?
  38. 38. Fondamentaux Nature Descripteur [mh] Type de publication [pt] Date de publication [dp] Concept supplémentaire [nm] Titre de périodique [ta] Langue [la] Auteur [au] Localisation Mot du titre [ti] Mot du titre et du résumé [tiab] Mot de la notice [tw] Les champs : nature et localisation
  39. 39. Fondamentaux L’automate est votre ennemi Les champs sont ajoutés de façon automatique quand vous : - interrogez PubMed « à la Google » (avec l’Automatic Term Mapping) ; - passez par MeSH Database pour formuler une équation de recherche avec des descripteurs et des affiliations descripteur/qualificatif ; - sélectionnez vos mots clés (date, type de publication…) à partir du cadre des filtres dans la partie gauche de la page de résultats. Les champs « automatiques »
  40. 40. Fondamentaux Ne pas indiquer le champ d’un mot clé expose à un défaut de précision. Formuler une équation de recherche sans indiquer le champ des mots clés fait du « bruit ». Un grand nombre de références affichées dans la page de résultats n’ont qu’un lointain rapport avec votre requête. Il ne sert à rien d’avoir une banque de données structurée si c’est pour l’interroger n’importe comment, sans tenir compte ni de son langage ni de son usage. Les champs : synthèse Path par Nichola A. Tonelli Licence CC BY
  41. 41. Besoin d’aide ??
  42. 42. Help et MeSH Database volent à votre secours P1010206 par Perin J-C Licence CC BY
  43. 43. Fondamentaux L’aide du service Help est concentrée dans la rubrique appendices. Dans cette rubrique, trois intitulés sont précieux : • Search field descriptions and tags qui fournit la liste des champs avec leur abréviation et leur description. • MeSH Subheadings hierarchies qui précise les relations hiérarchiques entre les qualificatifs. • PubMed Publication Types qui donne la liste complète des types de publication. Help Help – I Need Somebody – Help par Au Kirk Licence CC BY 2.0
  44. 44. Fondamentaux La banque de données du MeSH (MeSH Databse) est le service-clé pour formuler une affiliation en 2 temps. Premier temps : trouver l’équivalent MeSH du mot clé correspondant à votre requête. Entrez votre mot clé (en anglais) dans la fenêtre de MeSH Database. Parmi les descripteurs qui s’affichent sélectionnez celui en adéquation avec votre requête. Deuxième temps : formuler l’affiliation. Affichez le descripteur et choisissez le qualificatif adéquat. Entrez dans la fenêtre de PubMed le descripteur et le qualificatif accolés. MeSH Database MeSH Database est en échec dans 5 à 10% des cas (v. stratégie : en cas d’échec)
  45. 45. Fondamentaux Premier temps : entrée de bariatric dans la fenêtre d’interrogation de MeSH Database. Deuxième temps : parmi les descripteurs qui s’affichent, sélection de Bariatric Surgery. Dans la page Bariatric Surgery, repérage du qualificatif adverse effects. Au lieu de solliciter l’automate « PubMed Search Builder », l‘affiliation Bariatric Surgery/adverse effects est formulée et entrée directement dans la fenêtre d’interrogation de PubMed. MeSH Database (exemple) Formuler une équation de recherche sur les effets indésirables de la chirurgie bariatrique
  46. 46. Vous entrez (enfin) dans le vif du sujet
  47. 47. Formuler 03 Les mots clés et la grammaire La première équation Filtrer ? Reformuler Stratégie
  48. 48. La requête est formulée directement dans la fenêtre d’interrogation Last in thought par _MaRiNa_ Licence CC BY
  49. 49. Formuler Où ? : dans la fenêtre d’interrogation L’apprentissage de la formulation passe par l’adoption d’emblée des bonnes habitudes. L’entrée de l’équation de recherche directement dans la fenêtre d’interrogation est la plus représentative de ces bonnes habitudes. Même si vous avez besoin de passer par MeSH Database pour trouver l’équivalent MeSH de votre mot clé et le qualificatif qui lui convient, ne sollicitez pas la formulation automatique add to search builder – search PubMed, mais formulez directement dans la fenêtre de PubMed avec les 2 termes. L’automate est votre ennemi
  50. 50. Formuler Pourquoi ? : pour établir une liste de références PubMed est une banque de données bibliographiques. Son interrogation affiche des références d’articles et ne fournit pas des informations pour résoudre telle ou telle situation clinique. Il y a d’autres outils pour cela. En général, ils proposent des réponses immédiates (CRAT, Antibioclic) ou différées (Dynamed, UpToDate, CISMeF, BDBfr…). La docdudoc sur le site de la SFMG propose une liste cohérente d’espaces documentaires pour les médecins. L’article de Jean-Gabriel Jeannot dans la Revue Médicale Suisse (2015, 1060-1063) fait de même. PubMed, c’est juste pour établir une liste de références
  51. 51. Formuler Comment ? : avec des mots clés et une grammaire L’équation de recherche est composé de mots clés reliés par des agents de liaison. Les mots clés sont les termes qui expriment le mieux le thème de la recherche. Ces termes obéissent à une grammaire. ils sont : - soit combinés à un autre mot clé et on parle alors d’affiliation descripteur/qualificatif (v. fondamentaux) - soit accompagnés d’un champ précisant leur nature ou leur localisation (v. fondamentaux). Les agents de liaison sont les 3 opérateurs booléens. Dans la fenêtre, le mot clé n’est jamais seul. Il est toujours combiné ou accompagné
  52. 52. Dans la fenêtre, le mot clé est combiné à un autre mot clé ou accompagné d’un champ New-Year’s Eve 2012-2013 par bortescristian Licence CC BY
  53. 53. Formuler Les mots clés (1) : l’obstacle Le choix des mots clés et la façon de les utiliser constituent le seul véritable obstacle d’une recherche bibliographique dans PubMed. C’est aussi le seul obstacle qui ne peut être franchi aisément que par des professionnels de santé aguerris (étudiants en fin de cursus ; praticiens). Les autres obstacles (navigation dans l’interface ; fonctions annexes) ne sont que les faire-valoir des tutoriels qui fleurissent ici et là. Ils sont à la portée des enfants (niveau grande section de maternelle). PubMed, c’est juste une fenêtre à remplir
  54. 54. Formuler Les mots clés (2) : la méthode La première série de mots clés destinés à intégrer le « tableau des mots clés » est obtenue par une démarche en 2 temps. Premier temps Décomposition du titre de l’article ou de la thèse en plusieurs thèmes : un thème central et un ou plusieurs thèmes complémentaires. Deuxième temps Attribution des mots clés (du langage courant) à chacun des thèmes et intégration dans la partie du tableau qui leur est réservée (2è colonne). La première série de mots clés oriente le choix des synonymes, puis celui des termes MeSH (v. exemples)
  55. 55. Formuler Les mots clés (3) : les 3 types Les mots clés figurent dans un tableau qui rassemble : - des mots du langage courant (placés dans la 2è colonne) ; - les synonymes de ces mots (3è colonne) ; - les descripteurs appartenant au thesaurus MeSH et correspondant aux mots du langage courant et aux synonymes (dernière colonne). Trois outils vous aident à construire ce tableau : - le Portail terminologique de santé (PTS) ; - le grand dictionnaire terminologique (GDT) ; - la banque de données du MeSH (MeSH Database). Les détails sur les aides et des exemples de tableau sont dans les pages suivantes
  56. 56. Formuler Les mots clés (4) : les aides Le PTS Le Portail terminologique de santé est un des services du catalogue du CHU de Rouen (CISMeF). Il a 2 fonctions : il traduit les mots clés du langage courant (français) en descripteurs et propose des synonymes des descripteurs. MeSH Database MeSH Database est le meilleur outil de traduction d’un mot clé du langage courant (anglais) en descripteur MeSH. MeSH Database propose une liste de synonymes de chaque descripteur. Le GDT Le Grand dictionnaire terminologique est un dictionnaire français- anglais. Sa particularité est d’indiquer les différents domaines et sens dans lequel un mot est employé.
  57. 57. Formuler Les mots clés (5) : le tableau (thèse) Thèmes Mots clés Synonymes Descripteurs Suivi périnatal Suivi périnatal Surveillance périnatale Soins périnataux Perinatal Care Médecin généraliste Médecin généraliste Médecin de premier recours Médecine de famille Physicians, Primary Care Family Medicine Le titre : Etat des lieux du suivi périnatal par le médecin généraliste dans l’Audomurois et le littoral (Thèse Lille 2014) La liste de référence concerne le suivi périnatal par le médecin généraliste. La première équation : Perinatal Care [mh] AND (Physicians, Primary Care [mh] OR Family Medicine [mh]) Pour améliorer la précision affilier le qualificatif organisation & administration à Perinatal Care ou éviter l’explosion de Perinatal Care.
  58. 58. Formuler Les mots clés (6) : le tableau (article) Le titre : Vieillissement et infection par le VIH : suivi de 149 patients âgés de plus de 60 ans infectés par le VIH (La Presse Médicale. 2013;42(5):e145-52) La première équation : HIV infections/EP AND Aging [mh] AND Disease Progression [mh] Pour améliorer la sensibilité : supprimer Disease Progression et le qualificatif epidemiology. Thèmes Mots clés Synonymes Descripteurs Vieillissement Vieillissement Sénescence Avancée en âge Aging Infection par le VIH Infection à VIH HIV infections Suivi Surveillance Evolution Disease progression
  59. 59. La grammaire combine, accompagne et relie les mots SAKURAKO – Came with me par MIKI Yoshihito
  60. 60. Formuler La grammaire (1) : la combinaison La combinaison d’un descripteur et d’un qualificatif (affiliation descripteur/qualificatif) est l’élément central de la grammaire de PubMed. Un coup d’œil sur l’index de chaque référence (sous le résumé de la notice au format abstract) suffit pour s’en convaincre. Tous les index contiennent au moins une affiliation descripteur/qualificatif. Conclusion : formuler une équation de recherche sans au moins une affiliation est incohérent… … même si cela ne semble pas contrarier un grand nombre d’utilisateurs. Le « grand livre de PubMed » est un plaidoyer en faveur de l’utilisation de l’affiliation descripteur/qualificatif
  61. 61. Formuler La grammaire (2) : l’accompagnement Chaque mot clé, que ce soit un descripteur isolé, un type de publication, une sous-rubrique, une langue ou une date doit être accompagné d’un champ. Ne pas le faire, c’est interroger à la Google, laisser le champ libre à l’Automatic Term Mapping et ouvrir la porte au grand n’importe quoi. Le « bruit », souvent assourdissant, est la rançon du manque de précision lié à l’absence d’indication de champ, celui-ci précisant la nature ou la localisation du mot clé. Seule l’affiliation descripteur/qualificatif n’a nul besoin de l’indication d’un champ
  62. 62. Formuler La grammaire (3) : les agents de liaison Dans PubMed, les opérateurs booléens sont AND, OR et NOT. Leur utilisation obéit à certaines règles : - leur saisie se fait obligatoirement en lettres capitales ; - l’opérateur AND ne doit pas être remplacé par un espace (comme dans Google) ; - les mots clés qui encadrent l’opérateur OR sont mis entre parenthèses. Note : la gestion des parenthèses, plus complexe dans certaines équations, sera abordée avec la veille. George Boole (1815- 1864) est un mathématicien anglais créateur des opérateurs logiques (booléens).
  63. 63. Formuler La grammaire (4) : les dates Date précise Une année 2005 [dp] Un mois 2005/03 [dp] Un jour 2005/03/15 [dp] Créneau de dates D’une année à une autre 2005:2010 [dp] D’un mois à un autre 2005/03:2010/03 [dp] D’un jour à l’autre 2005/03/15:2010/03/15 [dp] Au cours des… 15 derniers jours « last 15 days » [dp] 10 derniers mois « last 10 months » [dp] 3 dernières années « last 3 year » [dp]
  64. 64. Formuler La grammaire (5) : les classes d’âge Les documentalistes de la National Library of Medicine indexent les classes d’âge d’un article en fonction des populations décrites dans le chapitre « Methods ». Ainsi, plusieurs classes d’âge peuvent figurer dans l’index quand elles correspondent aux différentes populations étudiées dans l’article. C’est une éventualité très fréquente dans PubMed. Conséquence : dans certaines requêtes ciblées sur une classe d’âge, il peut être justifié d’écarter les autres classes. Deux exemples. Arborescence des classes Adolescent Adult Aged Aged, 80 and over Frail Elderly Middle Aged Young Adult Child Child, Preschool Infant Infant, Newborn Infant, Low Birth… Infant, postmature Infant, Prémature
  65. 65. Formuler La grammaire (6) : les classes d’âge La contraception de l’adolescente est un bon exemple de recherche ciblée sur une classe d’âge. La classe d’âge à éliminer est celle des adultes. Elle se fait simplement avec l’opérateur NOT. Premier exemple Contraception/MT AND Adolescent [mh] NOT Adult [mh] La contraception de l’adolescente Le résultat est très sélectif puisqu’il divise par 5 le nombre de références. Le 4 avril 2015, la requête contraception/MT AND Adolescent [mh] affiche 1088 références quand celle excluant les adultes en affiche 229.
  66. 66. Formuler La grammaire (7) : les classes d’âge Cet exemple montre les particularités des relations hiérarchiques du thesaurus MeSH. L’équation de recherche Sleep Disorders/EP AND Aged [mh] NOT Adult [mh] n’affiche aucune référence. Deuxième exemple Sleep Disorders/EP AND Aged [mh] NOT Adult [mh:noexp] Les troubles du sommeil de la personne âgée La raison en est que Aged fait partie de la descendance de Adult. Formuler Aged NOT Adult revient à formuler Aged NOT Aged. La solution consiste à éviter l’explosion de Adult (Adult [mh:noexp]).
  67. 67. Formuler La grammaire (8) : les médicaments A la différence des MeSH Terms (descripteurs), les supplementary concepts n’ont pas de qualificatifs Les médicaments (molécules et spécialités) sont identifiés : - soit par des descripteurs (MeSH Terms), - soit par des Supplementary Concepts. En pratique, les médicaments intégrés dans la banque de données avant le milieu des années « 80 » l’ont été comme MeSH Terms et ceux intégrés après l’ont été comme Supplementary Concepts. MeSH Terms : digoxin, streptomycin, indomethacin Supplementary Concepts : valsartan, ezetimib, olanzapine…
  68. 68. One par andrechinn Licence CC BY Il n’y a qu’une seule bonne façon de formuler la première équation
  69. 69. Formuler La première équation (1) Dans une affiliation descripteur qualificatif, le qualificatif peut être formulé sous forme abrégée. Exemples : Asthma/DI (diagnosis); Asthma/CO (complications) Asthma/ET (etiology). Une affiliation descripteur qualificatif Asthma/diagnosis Diagnostic de l’asthme Rappel : Dans une équation de recherche, l’affiliation descripteur/qualificatif n’a pas besoin de champ, sauf si l’affiliation est pondérée ([Majr]) ou si vous souhaitez éviter son explosion ([mh:noexp] ou [majr:noexp]).
  70. 70. Formuler La première équation (2) Une affiliation et un descripteur Asthma/diagnosis AND Bronchial Provocation Tests [mh] Les tests de provocation bronchique dans le diagnostic de l’asthme Dans cette équation, l’affiliation n’a pas besoin de champ (v. page précédente). En revanche, le descripteur Bronchial Provocation Tests doit être reconnu comme tel et identifié avec le champ [mh] (terme du MeSH). En l’absence de champ, l’expression « bronchial provocation tests » sera interprétée par PubMed (cadre Search Details) comme un mot clé de « tous les champs ». "Bronchial Provocation Tests"[All Fields]
  71. 71. Formuler La première équation (3) Deux affiliations descripteur qualificatif Asthma/etiology AND Bronchiolitis/complications L’asthme, complication des bronchiolites Le croisement de deux affiliations descripteur/qualificatif est l’équation de base dans PubMed. Souvent, il existe un phénomène de correspondance entre les qualificatifs : le qualificatif du premier descripteur entrainant celui du second. Exemples de correspondance Etiology  Complications Drug therapy  Therapeutic Use Chemically induced  Adverse effects Ref : Tout savoir sur le MeSH ou presque (F. Dailland)
  72. 72. Formuler La première équation (4) Equation complexe Asthma/DT AND Growth/CI AND Adrenal Cortex Hormones/AE AND Administration, Inhalation [mh] AND Child [mh] Retentissement des corticoïdes inhalés sur la croissance de l’enfant asthmatique L’équation est plus compliquée : elle est composée de 3 affiliations (Asthma/drug therapy, Adrenal Cortex Hormones/adverse effects, Growth/chemically induced) et de deux descripteurs (administration, Inhalation et Child). Noter l’existence d’une correspondance entre le qualificatif de Growth (chemically induced) et celui de Adrenal Cortex Hormones (adverse effects). Cette correspondance est évoquée dans la page précédente.
  73. 73. Les filtres, c’est pas automatique Bicolor Filter par Fr Antunes Licence CC BY 2.0
  74. 74. Formuler La mise en place d’un filtre dans la première équation de recherche est rarement justifiée. Elle peut le devenir au moment de la reformulation (v. plus loin) quand un type de publication ou un créneau de date peut améliorer la précision si cette dernière est nécessaire Dans les cas (rares) où la requête comporte une indication de filtre, celui-ci fait souvent partie des Publication Type (review ; guideline) ou des subsets comme Free Full Text ou Core Clinical Journals. Les filtres, c’est pas systématique Quand filtrer ?
  75. 75. Formuler Les filtres sont alignés dans la colonne de gauche de la page de résultat. Ils sont sélectionnés en naviguant dans des rubriques et en activant des items. Cette façon de faire n’est pas la meilleure car elle fait appel à des automatismes et nécessite de gérer à la fois la sélection et sa suppression (régulièrement oubliée) quand vous formulez une nouvelle équation. La meilleure façon consiste à connaitre les principales familles de filtres et, dans ces familles, les filtres auxquels vous faites appel le plus souvent (v. plus loin : la hiérarchie des filtres de deux familles) Comment filtrer ? Les filtres, c’est pas automatique
  76. 76. Nuage de tags réalisé avec Wordle
  77. 77. Formuler La liste des champs constitue l’éventail des filtres que vous pouvez utiliser. Ainsi, le champ [mh] est un filtre (comparez une requête avec Asthma et une avec Asthma [mh] !). En réalité, il y a 4 grandes familles de filtres : - les types de publication, famille la plus sollicitée ; - les sous rubriques (subsets), autre famille majeure ; - les 2 dernières (date et langue de publication) sont plus accessoires. Fait capital : contrairement aux idées reçues, l’auteur et le titre du journal sont encore plus « accessoires » et leur utilisation doit rester anecdotique. Les champs des quatre principaux filtres Type de publication : [pt] Sous rubrique [sb] Date de publication [dp] Langue de publication [la] Les 4 grandes familles de filtres
  78. 78. La hiérarchie des types de publication Nuage de tags réalisé avec Wordle
  79. 79. Formuler Les revues générales (Review) sont les types de publication les plus fréquemment mentionnés dans les équations de recherche. Trois types de publication sont sollicités avec la même fréquence : les recommandations (Practice Guideline), les essais cliniques contrôlés (Randomized Controlled Trial) et les méta-analyses (Meta-analysis). Les lettres (Letter) et les éditoriaux (Editorial) sont généralement cités pour les écarter de la requête avec l’opérateur NOT (NOT Letter [pt]). Il y a 72 types de publication… mais moins d’une dizaine sont couramment utilisés La hiérarchie des types de publication
  80. 80. La hiérarchie des sous rubriques Nuage de tags réalisé avec Wordle
  81. 81. Formuler Trois sous rubriques forment le gros de la troupe des « subsets » les plus souvent mentionnés dans les équations : Systematic (pour Systematic Reviews), Core Clinical Journals et Free Full Text. Il est parfois judicieux de les associer : Systematic [sb] AND Core Clinical Journals [sb] AND Free Full Text [sb]. MEDLINE est formulé systématiquement dans les équations de veille pour l’écarter de l’exploration de la partie non indexée de PubMed (v. plus loin). Dans PubMed, 20% des articles sont disponibles en texte intégral La hiérarchie des sous rubriques
  82. 82. Restez vigilant car la notion de reformulation est originale, nouvelle et surtout… inconnue des tutoriels
  83. 83. La première équation, c’est juste pour voir car la reformulation est systématique Poker par Boa-sorte&Careca Licence CC BY 2.0
  84. 84. Formuler Pour être en accord avec le langage et la « façon de faire » de PubMed, la première équation de recherche doit comporter : - une ou deux affiliations descripteur/qualificatif, - ou une affiliation et un descripteur, - ou plusieurs affiliations ou plusieurs descripteurs. Dans la première équation, il est rarement nécessaire d’ajouter un filtre (date ou type de publication). Dans la première équation, il n’est pas justifié de pondérer ou d’éviter l’explosion d’un membre. Le croisement de deux affiliations est la plus fréquente des équations de base Une seule « bonne » façon de formuler…
  85. 85. Formuler Après avoir formulé l’équation « de la bonne façon », trois éventualités se présentent :  c’est parfait… mais ce n’est qu’un rêve !  c’est silencieux ; les références affichées, même si elles sont adéquates, sont trop peu nombreuses ; vous devez reformuler pour améliorer la sensibilité.  c’est bruyant ; un grand nombre de références n’ont qu’un lointain rapport avec votre requête ; vous devez reformuler votre équation pour améliorer la précision. La reformulation est le seul moyen d’obtenir un meilleur résultat … mais ce n’est jamais la bonne !
  86. 86. Comment définir et améliorer la sensibilité ? SometimesICry–I’mOnlyHumanparMarleahJoyLicenceCCBY
  87. 87. Formuler La sensibilité d’une recherche peut être assimilée à la sensibilité d’un test diagnostique (v. page suivante le tableau à deux entrées) L’adéquation des documents est appréciée par : - l’internaute dans la page de résultat ; - les « experts » dans la banque de données. Note : les experts ont analysé le contenu de la banque de données (ou une partie de celle-ci). Exemple Une banque de données contient 100 documents en adéquation avec le thème de la requête. L’interrogation de la banque en retrouve 75. La sensibilité est de 75% La sensibilité d’une recherche (1) Document adéquats trouvés par l’outil de recherche Sensibilité = Documents adéquats trouvés par les experts
  88. 88. Formuler La sensibilité d’une recherche (2) La sensibilité d’une recherche documentaire est assimilée à celle d’un test diagnostique Sensibilité = a/a+c Test diagnostique Recherche documentaire
  89. 89. Formuler Pour améliorer la sensibilité de cette équation de recherche, il est possible de supprimer le qualificatif prevention & control de l’affiliation Stroke/PC et/ou le qualificatif therapy de l’affiliation Hypertension/TH. Améliorer la sensibilité… … en supprimant un qualificatif Stroke/PC AND Hypertension/TH Équation de départ Stroke [mh] AND Hypertension/TH Equation après suppression du qualificatif prevention & control Si vous supprimez un qualificatif, il est capital d’attribuer un champ au descripteur avec lequel le qualificatif était affilié. Pour cela vous n’avez guère le choix : le champ d’un descripteur est [mh] (MeSH Terms).
  90. 90. Formuler Dans cette équation, le descripteur Stroke est uni (opérateur OR) au terme voisin cerebrovascular accident. Cerebrovascular est considéré comme un mot de la notice (champ [tw]). Améliorer la sensibilité… … en unissant deux termes voisins Stroke [mh] AND Hypertension/TH Équation de départ (Stroke [mh] OR Cerebrovascular accident [tw]) AND Hypertension/TH Equation après union (opérateur OR) de Stroke et de Cerebrovascular Accident Deux rappels Vous devez respecter la règle des OR : - les mots clés qui encadrent l’opérateur OR sont mis entre parenthèses ; - les opérateurs sont saisis en lettres capitales.
  91. 91. Formuler Le champ [mh] est le champ des descripteurs figurant dans l’index. Le champ [tw] est le champ de tous les mots clés figurant dans la notice, notamment les mots du titre et du résumé. Améliorer la sensibilité… … en changeant un champ [mh] en champ [tw] (Stroke [mh] OR Cerebrovascular accident [tw]) AND Hypertension/TH Équation de départ (Stroke [tw] OR Cerebrovascular accident [tw]) AND Hypertension/TH Equation après changement de champ pour Stroke Au terme des 3 reformulations, l’équation finale affiche 5026 références quand l’équation de départ en affichait 1075. L’interrogation de PubMed a été faite le 22 février 2015.
  92. 92. Comment définir et améliorer la précision ? _MG_6890.jpg par BF_OBrien Licence CC BY
  93. 93. Formuler La précision d’une recherche peut être assimilée à la valeur prédictive positive d’un test diagnostique (v. la page suivante et le tableau à 2 entrées). Dans la page de résultat : - l’adéquation des documents affichés est appréciée par l’internaute, - et le nombre de documents considérés comme adéquats est comparé à celui des documents affichés. Exemple L’équation de recherche affiche 100 documents dont 30 sont en adéquation avec le thème de la recherche. La précision est de 30% La précision d’une recherche Document adéquats trouvés par l’outil de recherche Précision = Le total des documents trouvés par l’outil de recherche
  94. 94. Formuler La précision d’une recherche (2) La précision d’une recherche documentaire est assimilée à la valeur prédictive positive d’un test diagnostique précision = a/a+b Test diagnostique Recherche documentaire
  95. 95. Formuler Dans l’équation prise en exemple, la pondération peut être appliquée soit à Stroke/PC, soit à Hypertension/TH, soit éventuellement aux deux affiliations. La pondération de l’affiliation est indiquée par le champ [majr]. Améliorer la précision… … en pondérant une affiliation Stroke/PC AND Hypertension/TH Équation de départ Stroke/PC [majr] AND Hypertension/TH Equation après pondération de Stroke/PC En donnant du poids à une des deux affiliations, vous limitez l’espace documentaire à explorer. Seul l’espace où l’affiliation a été pondérée par le documentaliste est pris en compte par l’outil de recherche.
  96. 96. Formuler Dans l’arborescence de la catégorie Diseases, les descripteurs Stroke et Hypertension donnent naissance à des descripteurs qui sont des branches de niveau hiérarchique inférieur . Ils peuvent donc exploser. Améliorer la précision… … en évitant l’explosion d’une affiliation Stroke/PC [majr] AND Hypertension/TH Équation de départ Stroke/PC [majr:noexp] AND Hypertension/TH Equation après l’indication de la non explosion de Stroke Cette capacité à exploser est la condition pour que la non explosion améliore la précision. La non explosion est indiquée dans le champ mh ([mh:noexp]) ou dans le champ majr ([majr:noexp]).
  97. 97. Formuler Tout ajout d’un membre dans l’équation de recherche améliore la précision. Cet ajout concerne le plus souvent un type de publication (review ; guideline ; randomized controlled trial) ou un créneau de dates. Améliorer la précision… … en ajoutant un membre à l’équation Stroke/PC [majr:noexp] AND Hypertension/TH Équation de départ Stroke/PC [majr:noexp] AND Hypertension/TH AND review [pt] Equation après changement de champ pour Stroke Au terme des 3 reformulations, l’équation finale affiche 211 références quand l’équation initiale en affichait 1075. L’interrogation de PubMed a été faite le 23 février 2015.
  98. 98. La « référence adéquate » est au cœur de la stratégie ChessplayparCarlosSauvageotLicenceCCBY
  99. 99. Formuler La première équation de recherche est formulée selon le langage et la « grammaire » de PubMed en s’aidant du tableau des mots clés. Conséquence Il n’y a qu’une seule façon de la formuler : avec 2 ou 3 affiliations (ou 2 ou 3 descripteurs) croisés avec l’opérateur AND. Les équations suivantes sont formulées en fonction du résultat de la première : - trop « bruyant »  formuler plus précis ; - trop « silencieux »  formuler plus sensible. Ce n’est pas le nombre de références affichées qui authentifie la « bonne stratégie » La stratégie générale
  100. 100. Formuler La première difficulté concerne un mot clé pour lequel vous ne trouvez pas le descripteur correspondant. C’est une éventualité rencontrée dans 5 à 10% des cas quand vous faites appel à MeSH Database. Cette difficulté est résolue par la recherche du mot clé dans le titre de l’article et l’analyse des index affichés. La deuxième difficulté est rencontrée quand le résultat de votre formulation ne répond pas à votre attente. Cette difficulté est résolue par la reformulation de l’équation en s’appuyant sur le contenu de l’index d’une référence adéquate. Les deux stratégies sont développées dans les pages suivantes La stratégie en cas de difficultés
  101. 101. Formuler Si la recherche d’un descripteur dans MeSH Database échoue, il reste la possibilité de le trouver par la stratégie du « mot clé dans le titre ». Le mot clé pour lequel vous cherchez un équivalent dans le thesaurus MeSH est recherché dans le titre des articles (champ [ti]). Vous analysez les index (format abstract – MeSH Terms) des 3 premières références indexed for MEDLINE. Il y a de grandes chances pour que vous trouviez le descripteur correspondant à votre mot- clé. Pour afficher d’emblée les références indexed for MEDLINE, il suffit d’associer un descripteur au mot clé recherché dans le titre. Voir les 3 exemples dans les pages suivantes La stratégie du « mot clé dans le titre »
  102. 102. Formuler Premier exemple Vous recherchez le descripteur correspondant au mot- clé microtraumatismes. L’exploration de la banque de données du MeSH (MeSH Database) ne donne rien. PubMed est interrogé avec l’équation : Microtrauma [ti] AND Joint Diseases [mh] L’index d’une des références est dans l’encadré. Le descripteur correspondant à microtraumatismes est Cumulative Trauma Disorders Animals Cartilage Diseases/etiology Cartilage Diseases/pathology Cartilage Diseases/physiopath. Cartilage Articular/injuries Cartilage Articular/pathology Cartilage Articular/physiopath. Cumulative Trauma Disorders Synovitis/etiology Synovitis/pathology Synovitis/physiopathology Fengler H, Franz R [microtauma and cartilage injury] Beitr. Orthop Traumatol 1989 ; 36 (10-11) : 498:502 La stratégie du « mot clé dans le titre »
  103. 103. Formuler Deuxième exemple Vous recherchez le descripteur correspondant au mot- clé maladie de Sever. L’exploration de la banque de données du MeSH (MeSH Database) ne donne rien. PubMed est interrogé avec l’équation : Sever’s Disease [ti] AND Bone Diseases [mh] L’index d’une des références est dans l’encadré. Deux descripteurs correspondent à la maladie et doivent être associés Calcaneus et Osteochondritis Adolescent Calcaneus Case-Control Studies Child Foot Humans Male Muscle, Skeletal/physiopath. Osteochondritis Weight-Bearing/physiology Becerro de Bengoa Vallejo R, Losa Iglesias ME, and all. Plantar pressures in children with and without sever's disease. J Am Podiatr Med Assoc. 2011 Jan- Feb;101(1):17-24 La stratégie du « mot clé dans le titre »
  104. 104. Formuler Troisième exemple Vous recherchez le descripteur correspondant au mot- clé métastases hépatiques. L’exploration de la banque de données du MeSH (MeSH Database) ne donne rien. PubMed est interrogé avec l’équation : Liver metastasis [ti] AND Neoplasms [mh] L’index d’une des références est dans l’encadré. Les métastases hépatiques sont formulées : Liver Neoplasms/secondary Colorectal Neoplasms/mortality Colorectal Neoplasms/surgery Hepatectomy/mortality Humans Liver Neoplasms/secondary Liver Neoplasms/surgery Neoplasm Staging Neoplasms, Multiple Primary/surgery Prognosis Survival Rate Kelly ME, Spolverato G, Lê GN, Mavros MN, Doyle F, Pawlik TM, Winter DC. Synchronous colorectal liver metastasis: a network meta- analysis review comparing classical, combined, and liver-first surgical strategies. J Surg Oncol. 2015 Mar;111(3):341-51 La stratégie du « mot clé dans le titre »
  105. 105. Formuler La stratégie de l’index des références adéquates (1) Exemple d’équation justifiant un coup d’œil sur l’index des références adéquates Exercise therapy [mh] AND Osteoarthritis, Knee/TH AND Pain/TH Impact de l’exercice aérobie sur la douleur du genou du patient arthrosique Le 21 avril 2015, cette équation affiche 70 références et suscite les 2 remarques suivantes. Première remarque Certaines références concernent les exercices en résistance, ce qui justifie de les exclure (NOT Resistance training) Deuxième remarque L’analyse de deux « références adéquates » montre que le qualificatif therapy mérite d’être changé. Dans la page suivante : - les 2 « références adéquates »; - l’index d’une d’entre elles.
  106. 106. Formuler Deux « références adéquates » Juhl C, Christensen R, Roos EM, Zhang W, Lund H. Impact of exercise type and dose on pain and disability in knee osteoarthritis: a systematic review and meta-regression analysis of randomized controlled trials. Arthritis Rheumatol. 2014 Mar;66(3):622-36. Henriksen M, Klokker L, Graven-Nielsen T, Bartholdy C, Schjødt Jørgensen T, Bandak E, Danneskiold-Samsøe B, Christensen R, Bliddal H. Association of exercise therapy and reduction of pain sensitivity in patients with knee osteoarthritis: a randomized controlled trial. Arthritis Care Res (Hoboken). 2014 Disabled Persons Exercise therapy/methods Osteoarthritis,knee/rehabilitat ion Pain/rehabilitation Quality of Life Randomized Controlled Trials as topic Index de la première référence La stratégie de l’index des références adéquates (2)
  107. 107. Formuler La stratégie de l’index des références adéquates (3) L’équation modifiée pour tenir compte des 2 remarques Exercise therapy [mh]AND Osteoarthritis, Knee/RH AND Pain/RH NOT Resistance Training [mh] Impact de l’exercice aérobie sur la douleur du genou du patient arthrosique Le 22 avril 2015, cette équation affiche 21 références. Elle est donc plus précise et correspond mieux à la requête. Le qualificatif rehabilitation a remplacé le qualificatif therapy. En revanche le qualificatif methods n’a pas été affilié à Exercise therapy (précision confinant au silence). L’exclusion du descripteur Resistance Training améliore l’adéquation des résultats de l’équation de recherche.
  108. 108. Prêtez une attention particulière aux pages suivantes : elles sont « nulle part ailleurs »
  109. 109. Veiller 04 Une équation plus qu’un service Les deux parties de PubMed Fromage et dessert Les flux RSS, outils de la veille
  110. 110. Avant d’être un service, la veille est une équation Le sémaphore veille le jour par 8Uhr Licence CC BY
  111. 111. La veille My NCBI est le service de PubMed chargé de la veille. Vous formulez une équation et la placez dans l’espace de sauvegarde de la requête (saved searches) de My NCBI. Vous récupérez le résultat de votre veille : - soit en allant visiter régulièrement l’espace de stockage de vos sauvegardes ; - soit dans la boite aux lettres de votre messagerie si c’est l’option que vous avez choisie. Note : vous devez être « inscrit » à My NCBI. « Mauvaise pioche » car My NCBI ne vous dit pas que vous devez formuler une équation de veille, ni surtout comment le faire ! My NCBI : le (très) mauvais choix
  112. 112. non indexé indexé = MEDLINE PubMed La veille porte sur tout le camembert
  113. 113. La veille Chaque notice au format abstract contient un des 4 intitulés permettant de distinguer les références indexées de celles qui ne le sont pas. Les références indexées sont celles signalées par l’intitulé PubMed - Indexed for MEDLINE. Les références non indexées sont celles qualifiées : - PubMed - in process (en cours d’indexation) ; - PubMed - as supplied by publisher (en attente d’indexation) ; - PubMed (référence d’un périodique de PubMed Central non indexé dans MEDLINE). La veille porte sur les références indexées et sur celles qui ne le sont pas Ce qui est indexé et ce qui ne l’est pas
  114. 114. La veille Faire de la veille, c’est « marquer à la culotte » les articles les plus récents. Certains articles sont indexées immédiatement et c’est relativement simple. C’est le cas des articles des périodiques comme NEJM, Jama ou Annals of Internal Medicine. D’autres qui représentent le gros de la troupe des articles les plus récents sont en cours ou en attente d’indexation. Ils n’en méritent pas moins d’être surveillées, même si c’est plus compliqué et moins précis en raison de l’absence d’index. L’objectif est de ne pas « laisser sur la touche » les articles non indexés Indexés + non indexés : pourquoi ?
  115. 115. La veille L’équation de veille est composée de deux équations : une qui explore la partie indexée et l’autre qui interroge celle qui ne l’est pas. La partie indexée de PubMed est interrogée de façon classique, selon le langage et la grammaire de PubMed. La partie non indexée est interrogée de façon originale, avec des mots clés recherchés dans le titre et le résumé des articles (puisqu’il n’y a pas d’index), en écartant de l’interrogation la partie indexée (NOT MEDLINE). La précision caractérise la requête de la partie indexée et la sensibilité celle de la partie non indexée Indexés + non indexés : comment ?
  116. 116. La veille Dans la partie non indexée, les mots clés sont les descripteurs (sans virgule) de la partie indexée auxquels sont associés leurs synonymes. Ces synonymes sont ceux de la banque de données du MeSH (MeSH database), à l’exception de ceux (parfois nombreux) comportant une virgule. Dans l’équation de la partie non indexée, les descripteurs et les synonymes sont unis par l’opérateur OR ; sont recherchés dans le titre et le résumé des articles ([tiab]) et exclusivement dans la partie non indexée de PubMed (NOT MEDLINE). Les synonymes avec une virgule sont exclus car ils ne figurent jamais ni dans les titres, ni dans les résumés Partie non indexée : quels mots clés ?
  117. 117. L’équation de veille, c’est fromage et dessert French Restaurant par RubyGoes Licence CC BY 2.0
  118. 118. La veille Les deux membres de l’équation, celui de la partie indexée et celui de la partie non indexée sont liés avec l’opérateur OR. Il peut paraitre paradoxal que la veille qui concerne la partie indexée ET la partie non indexée se traduise dans l’équation finale par l’opérateur OR. En réalité, le paradoxe n’est qu’apparent car l’opérateur OR en unissant les deux membres de l’équation affiche : - les résultats de la partie indexée, - et ceux de la partie non indexée. L’équation de veille, c’est fromage et dessert ou le ET est formulé comme un OU Partie indexée OR partie non indexée
  119. 119. La veille Le schéma Descripteur [mh] OR ((descripteur [tiab] OR synonyme1 [tiab] OR synonyme2 [tiab]) NOT MEDLINE [sb]) Schéma simplifié d’une équation de veille Une équation de veille sur l’asthme Asthma [mh] OR ((asthma [tiab] OR asthmas [tiab] OR bronchial asthma [tiab]) NOT MEDLINE [sb]) Il est peu probable qu’un praticien mette en place une veille sur un thème général comme celui de l’asthme. Mais, l’exemple permet de se rendre compte de la structure de l’équation. L’essentiel des difficultés réside dans la mise en place des parenthèses. Les 2 exemples suivants, plus conformes aux thèmes habituels de veille, permettront de les aborder.
  120. 120. La veille Premier exemple d’équation de veille Osteoarthritis, knee/SU OR ((osteoarthritis of knee* [tiab] OR knee osteoarthritis [tiab]) AND (surgery [tiab] OR operations [tiab] OR operative procedures [tiab] OR invasive procedures [tiab]) NOT MEDLINE [sb]) Equation de veille sur la chirurgie de la gonarthrose (une affiliation descripteur/qualificatif) Le choix des synonymes porte à la fois sur le descripteur et sur le qualificatif. Les mots clés de la partie non indexée sont recherchés dans les titres et les résumés. Dans l’équation de la partie non indexée, les parenthèses encadrent : - l’union (opérateur OR) des mots clés ; - l’exclusion (opérateur NOT) de la partie non indexée de PubMed (MEDLINE).
  121. 121. La veille Deuxième exemple d’équation de veille Hypertension/TH AND Exercise therapy [mh] OR ((hypertension [tiab] OR high Blood Pressure* [tiab]) AND (treatment [tiab] OR disease management [tiab]) AND (exercise therapy [tiab] OR exercise therapies [tiab]) NOT MEDLINE [sb]) Equation de veille sur l’activité physique dans le traitement de l’HTA (croisement d’une affiliation descripteur/qualificatif et d’un descripteur) mot (pressure et pressures). Cette troncature droite est plus évidente dans la page précédente ou le mot clé knee est recherché en tant que knee et en tant que knees. L’astérisque indique la troncature droite, c’est-à-dire l’extension de la recherche à tous les mots qui commencent par « pressure », en pratique, cela correspond au singulier et au pluriel du
  122. 122. La veille Deux règles Les mots qui encadrent l’opérateur OR sont mis entre parenthèses Dans une équation, il doit y avoir autant de parenthèses entrantes que de sortantes. Deux exceptions Si l’opérateur OR est le premier opérateur de l’équation, les parenthèses sont superflues. Si l’opérateur NOT concerne une partie seulement de l’équation, placer une parenthèse au début de la partie concernée et à la fin mot clé1 AND (mot clé2 OR mot clé 3) mot clé1 OR mot clé 2 AND mot clé 3 mot clé1 OR ((mot clé 2 OR mot clé 3) NOT mot clé 4) Parenthèses : règles et exceptions
  123. 123. Les flux RSS sont l’outil privilégié de la veille RSS par marycat879 Licence CC BY
  124. 124. La veille Un flux RSS (ou fil RSS) est un lien avec une page évolutive. Une page évolutive est une page dont le contenu change fréquemment. Exemples : la page d’actualités d’un site ou la page d’accueil d’un blog. Dans PubMed, la page de résultat d’une équation de veille est aussi un bon exemple de page évolutive. Son contenu change très régulièrement selon l’entrée des références dans la banque de données bibliographiques. Dans PubMed, la veille se fait au mieux avec un fil RSS accroché à l’équation de veille. Qu’est-ce qu’un flux RSS ?
  125. 125. La veille La gestion des flux RSS se fait en 3 temps. Premier temps : repérage d’une « page à flux » : - soit dans la barre de commandes du navigateur ; - soit dans la page elle-même (logo RSS ou XML). Deuxième temps : intégrer le flux dans votre navigateur en suivant la procédure correspondant à votre navigateur. Dernier temps : veiller sur vos flux. Là encore, cette veille s’exerce dans l’espace qui lui est réservé dans votre navigateur. La gestion de vos flux se fait au mieux dans votre navigateur. Plus simplement que dans un agrégateur de flux de type Netvibes. Comment gérer vos flux RSS ?
  126. 126. La veille Dans PubMed, le logo Create RSS s’affiche sous la fenêtre d’interrogation dès que le résultat de l’équation est à l’écran. Pour intégrer le flux dans votre navigateur, vous devez : - d’abord, suivre la procédure indiquée par PubMed qui consiste à créer un fichier XML et à l’activer; - ensuite, vous conformer aux modalités d’intégration du flux dans votre navigateur, ce qui suppose de vous abonner au flux. L’intégration et la gestion des flux RSS dépend de votre navigateur (Explorer, Firefox ou Safari) Le flux RSS d’une équation de veille
  127. 127. Plus +Moulinettes et guide-âne Originalité du guide
  128. 128. Maintenant, le « Grand Livre » aborde sur la pointe des pieds des services qu’il estime peu utiles, puis conclut avec les 10 points qui font son originalité
  129. 129. Les moulinettes sont-elles utiles ? Boy making applesauce par woodleywonderworks Licence CC BY 2.0
  130. 130. Utiles ? Votre objectif est de remplir une fenêtre d’interrogation avec des mots clés, conformément au langage et à la grammaire de PubMed. Toutes les procédures plus ou moins automatiques qui vous détournent de cet objectif doivent être abandonnées. C’est le cas des moulinettes, guide-âne et autres services (de type MyNCBI) dont l’intérêt s’avère, à la longue, des plus douteux et dont l’utilisation ne peut être considérée comme sensée. PubMed n’est pas une machine à laver avec des cadrans, des boutons et des programmes qui justifient son apprentissage à l’aide de vidéos ou de copies d’écran. Une utilisation sensée
  131. 131. Utiles ? Les moulinettes « moulinent » votre équation pour : - interroger PubMed à la Google ( Automatic Term Mapping) ; - formuler des équations toutes faites (Clinical Queries) ; - afficher des références voisines (Related Citations in PubMed). Ce n’est plus vous qui formulez, mais un robot qui compare vos mots clés à des tables de correspondance, ajoute un filtre à votre équation ou algorithme cette dernière. Les moulinettes vous font perdre le contrôle de vos équations Les moulinettes
  132. 132. Utiles ? Les guide-âne sont des poteaux indicateurs, des cadrans, des manettes ou des boutons qui jalonnent le chemin à emprunter pour interroger PubMed. Désolé, mais vous n’avez nul besoin de signalétique particulière pour trouver la fenêtre d’interrogation : elle crève les yeux dès que la page d’accueil est à l’écran. Et formuler une équation de recherche ne nécessite nullement de flécher un parcours, mais plus simplement de comprendre ce qu’il faut mettre dans la fenêtre. Pourquoi emprunter un chemin détourné, même balisé, quand la fenêtre d’interrogation vous tend les bras. Les guide-âne
  133. 133. Utiles ? Rien sauf faire fonctionner une usine à gaz qui : - veille (mal) car nulle part n’est indiquée comment formuler une équation de veille ! - stocke (médiocrement) vos références car elle ne peut être comparée à une bibliothèque de références (comme End Note ou, à un degré au dessus, Zotero); - personnalise les filtres (inutilement) car la gamme des filtres est facilement accessible et rien ne justifie d’avoir à portée de mains ceux que vous utilisez le plus souvent. Les principales fonctions de MyNCBI sont mieux assurées par d’autres outils Que faire avec MyNCBI ?
  134. 134. C’est la fin… En prime : une « quatrième de couverture » qui rassemble les dix points originaux, ceux que les vidéos et les copies d’écran ont oublié de mentionner…
  135. 135. MERCII Aux photographes dont les clichés (sous licence Creative Commons Paternité CC BY 2.0) illustrent le Grand Livre de PubMed How to photograph a squirrel par Mostly Dans https://www.flickr.com/photos/dannyboymalinga/5111632774/ Mozilla Paris Bugs Squashing Party#1 par mozilla paris https://www.flickr.com/photos/123602897@N04/14292486269/ Le catalogue à roue de la BIUM par marleneDD https://www.flickr.com/photos/marlened/4486618966/ Reine par florent chretien Licence CC BY https://www.flickr.com/photos/125664736@N03/14641583414/ [5/365] Silence in the Library (Explored) par pasukaru76 (domaine public Licence CC0 1.0) https://www.flickr.com/photos/38451115@N04/4960069667 Google China par bfishadow Licence CC BY https://www.flickr.com/photos/bfishadow/5668460325/ Greece sunset par MattJP licence CC BY https://www.flickr.com/photos/mattphipps/14471666201/ Premier saut par Joseph Sardin https://www.flickr.com/photos/14328577@N08/4003784017/ Path par Nicholas A Tonelli https://www.flickr.com/photos/14922165@N00/5236087033/ P1010206 par Perin J-C https://www.flickr.com/photos/114382574@N05/12291407953/ Help – I Need Somebody – Help par Au Kirk https://www.flickr.com/photos/64441474@N06/8730928210/ Lost in thought par _MaRiNa_ https://www.flickr.com/photos/marinadelcastell/15123637900/ New-Year’s Eve 2012-2013 par borteschristian https://www.flickr.com/photos/79653482@N00/8334263595/ SAKURAKO – Came with me par MIKI yoshihito https://www.flickr.com/photos/7940758@N07/4568357972/ One par andrechinn https://www.flickr.com/photos/andrec/2893549851/ Bicolor Filter par Fr Antunes https://www.flickr.com/photos/12285897@N00/2181507282/ Poker par Boa-sorte&Careca https://www.flickr.com/photos/boasorteecareca/2568385468/ Sometimes I Cry – I’m Only Human par MarleahJoy https://www.flickr.com/photos/93969271@N03/13153221935/ _MG_6890.jpg par BF_OBrien https://www.flickr.com/photos/bfobrien/5886335491/ Chess Play par Carlos Sauvageot https://www.flickr.com/photos/131586579@N03/16791241012/
  136. 136. MERCII Aux photographes dont les clichés (sous licence Creative Commons Paternité CC BY 2.0) illustrent le Grand Livre de PubMed Le sémaphore veille le jour par 8Uhr Licence CC BY https://www.flickr.com/photos/44007425@N05/8307649138/ French Restaurant par RubyGoes https://www.flickr.com/photos/rubygoes/13972035023/ RSS par marycat879 https://www.flickr.com/photos/53384689@N06/4972331761/ Boy making applesauce par woodleywonderworks https://www.flickr.com/photos/wwworks/6223920013/ Photograph of Lady Bird Johnson Visiting a Classroom The US National Archives/Aucune restriction de droits d’auteur connue https://www.flickr.com/photos/usnationalarchives/4100754477/ Tree par Robert Couse-Baker https://www.flickr.com/photos/29233640@N07/14724197800/ Scrable like game par Gergely Schmidt https://www.flickr.com/photos/schmidtgergely/3276642328/ Doing math at Story Brook par Bryan Alexander https://www.flickr.com/photos/bryanalexander/17182506391/ Whiteboard par Anders Sandberg https://www.flickr.com/photos/arenamontanus/2392587656/ Untitled vs untitled par Procsilas Moscas https://www.flickr.com/photos/procsilas/1283513775/ Enjoying a chat onboard ship, Brisbane State Library of Queensland/Flickr : The Commons https://www.flickr.com/photos/statelibraryqueensland/4442639 474/ A Nancy Duarte qui a créé les slidedocs et les modèles de maquette qui permettent de participer à l’aventure de ces présentations « à lire ». http://www.duarte.com/fr/slidedocs/ Au site Haiku Deck qui permet de faire des présentations ou seul l’essentiel est dit. https://www.haikudeck.com/

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