presentation_orale

102 vues

Publié le

0 commentaire
0 j’aime
Statistiques
Remarques
  • Soyez le premier à commenter

  • Soyez le premier à aimer ceci

Aucun téléchargement
Vues
Nombre de vues
102
Sur SlideShare
0
Issues des intégrations
0
Intégrations
6
Actions
Partages
0
Téléchargements
1
Commentaires
0
J’aime
0
Intégrations 0
Aucune incorporation

Aucune remarque pour cette diapositive

presentation_orale

  1. 1. Université Paris-Diderot - Master In Silico Drug Design – Spécialité : « Analyse in silico des complexes médicaments-macromolécules biologiques » Développement d'un outil pour analyser des trajectoires de dynamique moléculaire de gouttelette lipidique Laboratoire d'accueil : CNRS UMR 7592 Équipe de dynamique des membranes et trafic intracellulaire 15, rue Hélène Brion, 75013 Paris, Bureaux 144B Co-responsables : - Cathy JACKSON - Jean-Marc VERBAVATZ Encadrant : BACLE Amélie Étudiant : SAIDOUN Hassiba
  2. 2. 2 Fonctions de la gouttelette lipidique - Métabolisme des lipides - Trafic intracellulaire Beller & al, 2008, journal. Pbio Walter & al, 2012, Annu. Rev. Biochem
  3. 3. 3 Structure de la GL - Monocouche en interaction avec des protéines - Cœur en lipides neutres → 34 % esters cholestérols → 44 % triglycérides Walter & al, 2012, Annu. Rev. Biochem Bart & al. 2007. Journal of lipid research
  4. 4. 4 Hypothèse
  5. 5. 5 Matériels - Système simplifié de la GL
  6. 6. 6 Espèces majoritaires dans la composition de la GL Palmitoyloleoylphosphatidylcholine (POPC, 16:0,18:1) Trioléine (TO, 18:1,18:1,18:1) Cholestéryl oléate (CO, 18:1) Hsieh & al. 2012. Advance Online Article
  7. 7. 7 Systèmes étudiés 10%TO & 90%CO 50%TO & 50%CO - Utilisation de la dynamique moléculaire → Trajectoires
  8. 8. 8 Comment détecter une insertion sur n'importe quel cliché ?
  9. 9. 9 → Sélection des atomes les plus à l’intérieur des deux monocouches (C50) → Sélection des coordonnées z sur tous les clichés → Moyennes => 2 seuils d’insertions sur chaque cliché Seuils d’insertions  C50 C50 Seuils d'insertion Z
  10. 10. 10 - Sélection de l'atome central du glycérol C50 - Comparaison du z aux seuils d’insertion C50 - Détection du début et fin des insertions Détection des insertions des résidus TO Z
  11. 11. 11 Détection des insertions des résidus CO → Insertion du CO - Sélection du centre de masse (CM) - Comparaison z (CM) aux seuils - Détection du début et fin des insertions C50 C50 Z
  12. 12. 12 Résultats du système 10%TO &90%CO - Trajectoire entière → Nombre insertions CO > > Nombre insertions TO - Block averaging (moyenne(trajectoire/3)) → Temps d'insertion CO dans les monocouches ≠ Résidu Mono-couche Nombre d’événement d’insertions Temps moyen d'insertion (ns) TO haut 2 61,6 bas 0 0 CO haut 320 0,25 bas 264 0,29 Mono-couche Moyenne d'insertions CO Moyenne du temps d'insertion CO (ns) Mono-couche haut 107 ± 15 0,24 ± 0,02 Mono-couche bas 94 ± 34 0,29 ± 0,04
  13. 13. 13 Résultats du système 50%TO &50%CO   → Trajectoire entière → Nombre insertions CO > > Nombre insertions TO → Block averaging (moyenne(trajectoire/3)) → Temps d'insertion monocouche haut = temps insertion monocouche bas Résidu Mono-couche Nombre d’événement d’insertions Temps moyen d'insertion (ns) TO haut 0 0 bas 0 0 CO haut 352 0,25 bas 277 0,24 Mono-couche Moyenne d'insertions CO Moyenne du temps d'insertion CO (ns) Mono-couche haut 118 ± 7 0,25 ± 0,07 Mono-couche bas 92 ± 30 0,24 ± 0,03
  14. 14. 14 Insertion des résidus TO 10%TO & 90%CO 50%TO & 50%CO 2 événements d’insertion Liés à 1 résidu TO Aucun événement d'insertion du résidu TO
  15. 15. 15 Insertion des résidus TO Insertion TO Pas d'insertions TO → La composition du système influence sur les insertions des résidus TO ? 10%TO & 90%CO 50%TO & 50%CO
  16. 16. 16 Insertion des résidus TO => Temps insertion TO > > Temps insertion CO 61,6 ns > > 0,24ns / 0,25ns / 0,29ns
  17. 17. 17 Insertion des résidus CO 10%TO & 90%CO 50%TO & 50%CO Nombre insertions CO Nombre insertions CO =
  18. 18. 18 Insertion des résidus CO Temps insertion CO monocouche haut =/= Temps insertion monocouche bas système 10%TO&90%CO
  19. 19. 19 Insertion des résidus CO Temps insertion CO monocouche haut =/= Temps insertion monocouche bas → Influence de l'insertion du TO dans monocouche du haut ? 10%TO & 90%CO ?
  20. 20. 20 Conclusion → Significatives ? → D'autres simulations doivent être effectuées Temps insertion CO monocouche haut =/= Temps insertion monocouche bas Insertion TO Aucun insertion de TO 10%TO & 90%CO 50%TO & 50%CO Pas d'insertions TO
  21. 21. 21 Conclusion - Insertions lipides neutres →Interactions protéines-lipides directes →Modification propriétés physico-chimiques de la monocouche
  22. 22. 22 Merci pour votre attention
  23. 23. 23 Dynamique moléculaire ● Préparation du système : - champs de force + modèle d'eau - Structure mise dans une boite → système fermé - Solvatation ● Chauffage / équilibrage - Température constante - Pression constante ● Production (trajectoires) ● Analyse
  24. 24. 24 Champs de force
  25. 25. 25 Systèmes étudiés - Même nombre de POPC + 300 lipides neutres - Analyses : 150ns – 500ns - Entre chaque cliché : 100ps
  26. 26. 26 Système plat
  27. 27. 27 Comment détecter sur quelle monocouche s’insère un résidu?
  28. 28. 28 Seuil de séparation du système → Sélection des P8 (1 cliché) P8 → Moyenne des coordonnées z => Seuil de séparation du système en deux P8 Moyenne P8 Seuil de séparation
  29. 29. 29 Temps d'insertion TO/CO Volume TO > > Volume CO Coût énergétique insertion TO > > Coût énergétique insertion TO Insertion TO par la partie polaire

×