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Taille grandissante des élevages
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L'assignation : un nouveau moyen d'obtenir des parentés, par Isabelle PALHIERE (INRA GenPhyse)

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Les 31 mars et 1er avril dernier, les Journées Techniques Caprines ont vécu leur 5ème édition en Haute-Savoie. Les contenus des interventions techniques sont disponibles pour les participants et tous les autres !

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L'assignation : un nouveau moyen d'obtenir des parentés, par Isabelle PALHIERE (INRA GenPhyse)

  1. 1. 1 www.idele.fr 5èmes Journées Techniques Caprines – 31 mars et 1er avril 2015 L’assignation, un nouveau moyen d’obtenir des parentés Isabelle PALHIERE INRA, UMR 1388 GenPhySE, Toulouse Equipe Génétique et Sélection des Petits Ruminants UMT Gestion génétique et génomique des petits ruminants
  2. 2. 25èmes Journées Techniques Caprines – 31 mars et 1er avril 2015 Contexte Taille grandissante des élevages Main d’œuvre moins nombreuse Simplification du travail Obtention des paternités = une contrainte Evolution du % de femelles de père connu dans les élevages au CLO 46% en Alpine 37% en Saanen
  3. 3. 35èmes Journées Techniques Caprines – 31 mars et 1er avril 2015 Pourquoi vouloir les paternités ? - Tri sur ascendance : choix du renouvellement - « Evaluation du potentiel des mâles de MN » - Gestion de la variabilité génétique : consanguinité Meilleure gestion du troupeau - Intensité de sélection - Précision des index (CD) - Connexion entre les élevages Meilleure efficacité du schéma de sélection
  4. 4. 45èmes Journées Techniques Caprines – 31 mars et 1er avril 2015 L’assignation, une alternative intéressante Réalisé après la naissance de l’animal on s’affranchit des lots de lutte en paternité A partir de marqueurs génétiques nécessité de prélever du sang (ou autre) et d’envoyer à un laboratoire d’analyse Mère Père 1 Père 2 A A C C ? B C ? Assignation de parenté = Moyen pour déterminer les parents (inconnus) d’un individu en comparant son ADN avec celui de ses parents potentiels Plus puissant si : - plus de marqueurs - on génotype la mère - le vrai père est dans liste A B M1 M2
  5. 5. 55èmes Journées Techniques Caprines – 31 mars et 1er avril 2015 Assigna0on ≠ contrôle de filia0on -N’existe pas en caprins aujourd’hui -Avec des marqueurs de type SNP -Analyse moins coûteuse (technologie « automatisable ») -Retrouve les parents à partir d’une liste -Possibilité de coupler un génotypage de gènes majeurs -Les mêmes marqueurs peuvent être utilisés pour faire du contrôle de filiation -Existe aujourd’hui -Avec des marqueurs de type microsatellites (12) -Analyse relativement chère (lié à technologie) -Vérifie que les parents déclarés sont les bons -N’est pas adapté pour faire de l’assignation (manque de puissance) Contrôle de filiation Assignation
  6. 6. 65èmes Journées Techniques Caprines – 31 mars et 1er avril 2015 Les différentes étapes du projet Panel de marqueurs génétiques efficaces pour l’assignation (et gènes majeurs à génotyper en même temps) Echantillonnage et génotypage avec des puces 54 000 SNP Production technologique de l’outil par un laboratoire d’analyses génétiques Test de l’outil (faisabilité génotypage ?) et de l’assignation (puissance ?) en situation réelle 8 races : Alpine, Saanen, Angora, Corse, Poitevine, Fossés, Pyrénées, Provençale ≈ 30 animaux par race 20142015 Enquête éleveurs et Capgenes : intérêt assignation, animaux cibles, prix Choix d’un pré-panel de ≈ 200 marqueurs et des gènes majeurs d’intérêt En cours
  7. 7. 75èmes Journées Techniques Caprines – 31 mars et 1er avril 2015 L’enquête auprès des éleveurs Objectifs : -connaître l’intérêt des éleveurs pour l’assignation -estimer le volume d’assignation en routine, les animaux cibles et le consentement à payer par l ’éleveur Réalisée en mai 2014 (enquête en ligne, lien envoyé par mail) Dans le cadre d’un stage Licence Pro Sollicitation de plus de 350 éleveurs au contrôle laitier officiel (majorité Capgenes) 121 réponses exploitées (89% adhérents OS) Race principale des chèvres Système de production
  8. 8. 85èmes Journées Techniques Caprines – 31 mars et 1er avril 2015 Quelques résultats de l’enquête (1/3) Intérêt des éleveurs pour l’assignation 76% d’éleveurs intéressés par l’assignation Contrainte du prélèvement 94% d’éleveurs jugent que le prélèvement n’est pas une contrainte rédhibitoire
  9. 9. 95èmes Journées Techniques Caprines – 31 mars et 1er avril 2015 Quelques résultats de l’enquête (2/3) Les animaux à assigner Attention plusieurs réponses permises pour cette question
  10. 10. 105èmes Journées Techniques Caprines – 31 mars et 1er avril 2015 Quelques résultats de l’enquête (3/3) Consentement des éleveurs à payer (prix optimal par animal) 66% des éleveurs consentent à payer 5 € par animal 27% des éleveurs consentent à payer 10 € par animal
  11. 11. 115èmes Journées Techniques Caprines – 31 mars et 1er avril 2015 L’assignation : un outil qui intéresse les éleveurs et le schéma de sélection La production de l’outil caprin est en cours Outil très performant en ovins (181 marqueurs) Et le déploiement c’est pour quand ? Dépend : Du prix (combinaison de plusieurs facteurs : technologie de génotypage, volume annuel de commande,…) De la logistique à mettre en œuvre en amont et en aval (entre élevage et laboratoire) De la gestion intégrée dans les SNIG Conclusion
  12. 12. 125èmes Journées Techniques Caprines – 31 mars et 1er avril 2015 Remerciements Financeurs : France Génétique Elevage (action innovante OPA) Collecte et mise à disposition des échantillons : Capgenes et les associations de race Enquêtes : Capgenes, FCEL, ECELs, éleveurs, stagiaires Génotypage : LABOGENA DNA Je vous remercie pour votre attention

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