La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert

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Cette présentation couvrira des méthodes et des outils utilisés pour rassembler, enregistrer et disséminer l'information chimique utilisant la Science par Cahier de Laboratoire Ouvert, la pratique de rendre un cahier de laboratoire et tous données brutes associées disponibles publiquement aussitôt que possible. Des mesures de solubilité et les réactions de chimie organique sont manipulées de cette façon. L'enregistrement des données de laboratoire est manipulé principalement utilisant des centres serveurs libres et tels que Wikispaces et Feuilles de Calcul de Google. L'information est rendue découvrable utilisant les voies de transmission superflues, y compris Google, Wikipedia et d'autres véhicules. L'abstraction des éléments clé des mesures de solubilité et des réactions chimiques permet la consommation automatisée de l’information. Les implications pour le futur de l'automation du processus scientifique basé sur des données ouvertes et des services ouverts seront discutées.

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La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert

  1. 1. La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert Jean-Claude Bradley Mai 9, 2011 ACFAS: Une Autre Science est Possible Professeur de chimie Université Drexel
  2. 2. L'industrie partage de plus en plus de ses données
  3. 3. Possibilités de collaboration compétitive
  4. 4. Quelques initiatives pour la promotion de transparence dans la découverte de médicaments
  5. 5. La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert
  6. 6. Il n'existe pas de faits, seulement des valeurs mesurées La Science par Cahier de Laboratoire Ouvert maintient l'intégrité de la provenance des données en mettant le contexte des mesures explicite
  7. 7. CONFIANCE PREUVE
  8. 8. Premièrement enregistrer et par la suite structurer Afin d'être découvrable, utiliser des formats favorable pour Google (HTML simple, aucun mot de passe) Afin d'être reproductible libre utilisation des outils gratuits (Wikispaces, Google Spreadsheets) Stratégie pour un cahier de laboratoire ouvert :
  9. 9. Projet UsefulChem: la recherche fondamentale ouverte dans la conception de médicaments en utilisant des outils Web2.0 Docking Synthèse Essais Rajarshi Guha Indiana U JC Bradley Drexel U Phil Rosenthal UCSF (paludisme) Dan Zaharevitz NCI (tumeurs) Tsu-Soo Tan Nanyang Inst.
  10. 10. Cible pour le paludisme: falcipain-2 impliqué dans le métabolisme d'hémoglobine Dana.org
  11. 11. La reaction de Ugi
  12. 12. Résultat de la collaboration Guha-Bradley-Rosenthal
  13. 13. Les références aux articles, blogs, pages cahier de laboratoire, les données brutes
  14. 14. La réaction de Ugi: peut-on prédire les précipitations? Peut-on prédire la solubilité dans les solvants organiques?
  15. 15. La collecte de données sur la solubilité par « crowdsourcing »
  16. 16. Juges pour le concour de solubilité
  17. 17. Gagnants du concour de solubilité
  18. 18. Les mesures de solubilité recueillies dans une feuille de calcul Google
  19. 19. Requête Web basé sur la feuille de calcul Google (Rajarshi Guha)
  20. 20. Provenance des données: Un article de Wikipédia conduit...
  21. 21. … au cahier de laboratoire et les données brutes
  22. 22. Spectres RMN interactifs utilisant JSpecView et JCAMP-DX
  23. 23. (Andy Lang, Tony Williams) Spectres à partir de données ouverte pour l'enseignement (Andy Lang, Tony Williams, Robert Lancashire)
  24. 24. Données brutes en images Splatter? Some liquid
  25. 25. YouTube pour démontrer les expériences
  26. 26. L'importance de la disponibilité des données brutes Manqué dans une publication préalable sur la solubilité de ce composé
  27. 27. Etude de cas :   Cours de Recherche d‘Information Chimique à Drexel ( automne 2009/2010) Optimisation du système éducatif pour contribuer nouvelle science
  28. 28. La fiche de validation de l'information chimique 567 mesures vérifiées et référencées
  29. 29. L'explorateur de validation de l'information chimique (Andrew Lang)
  30. 30. Découvrir les valeurs aberrantes pour des points de fusion
  31. 31. Recherche de l‘ incohérence du p.f. de EGCG
  32. 32. Recherche de l’ incohérences du p.f. de cyclohexanone
  33. 33. Sigma-Aldrich, Acros and Wolfram Alpha utilisent apparemment les mêmes sources pour les points de fusion
  34. 34. Sigma-Aldrich, Acros and Wolfram Alpha utilisent apparemment les mêmes sources pour les points d'ébullition
  35. 35. Sigma-Aldrich, Acros and Wolfram Alpha utilisent apparemment PAS les mêmes sources pour les points d'éclair
  36. 36. Sources de données les plus utilisés
  37. 37. Alfa Aesar fait don de leurs points de fusion au public
  38. 38. Explorateur de Point de fusion
  39. 39. Valeurs aberrantes MDPI dataset EPI (via ChemSpider)
  40. 40. Valeurs aberrantes Alfa Aesar
  41. 41. Les incohérences et les problèmes de SMILES dans le dataset MDPI
  42. 42. Ensemble de données MDPI étiquetés avec un Haut Niveau de confiance
  43. 43. Ensembles de données de points de fusion
  44. 44. Modélisation de données ouvertes de point de fusion utilisant les descripteurs de CDK (Andrew Lang) R2 = 0.78, TPSA and nHdon most important
  45. 45. Service de prediction de point de fusion
  46. 46. Autres services web … (Andrew Lang) Modélisation de solubilité
  47. 47. Services Web dans une feuille de calcul Google (Andrew Lang)
  48. 48. Intégration des services Web multiples à Recommander Solvants pour réactions (Andrew Lang)
  49. 49. Utilisation de point de fusion pour la prédiction de la solubilité dépendante de la température
  50. 52. Livre Reaction Attempts
  51. 53. Reactions
  52. 55. Services Web
  53. 56. Archives
  54. 57. Livre de Solubilite cite pour une application de nanotechnologie
  55. 58. (Don Pellegrino) Carte sociale de chercheurs et produits chimiques
  56. 59. Decanoic acid Water NaCl
  57. 60. Recherche pour les applications de la solubilité sur le cancer du sein
  58. 61. Solubilité prévisée pour le Taxol Pred Exp
  59. 62. Prédictions de la solubilité du Taxol dans l’eau selon la température (M)
  60. 63. Conclusions Utilisez des outils web gratuits et formats de données ouverts et partagez aussitôt que possible <ul><li>Google Spreadsheets </li></ul><ul><li>Wikispaces </li></ul><ul><li>YouTube, SlideShare, LuLu, Nature Precedings, etc. </li></ul><ul><li>JCAMP-DX </li></ul>

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