Parole d’expert

Pathologie digitale : enjeux et défis
technologiques de demain
Benjamin STEVENS, ULg - GIGA-R : Systèmes e...
Avec le soutien de :
Cytomine!
Pathologie digitale : enjeux et défis technologiques de demain!
Le 21 novembre 2013

Benjamin Stévens, Project Ma...
Anatomopathologie!
Anatomopathologie!
• 

Processus fondamental remonte au 19ème siècle

• 

Matériel plus sophistiqué mais l’oeil du patholo...
Du microscope au
numérique!

Aujourd’hui!
1995!
1980!
1751!
Pathologie Digitale!
Processus qui consiste à numériser des lames
microscopiques afin de les visualiser via un ordinateur
d...
Microscope traditionnel!

Pathologie Digitale!

Requiert un microscope

Une lame à la fois

Analyse manuelles limitées

St...
Freins au changement!
Vitesse d’acquisition faible

Mauvaise qualité d’image

Coût élevé (direct et indirect)

Largeur de ...
Et maintenant ?!
Temps d’acquisition réduit (1 à 4 min)

Bonne qualité d’image, bon focus

Coût du hardware en baisse
vDSL...
Défis ?!
DICOM Standard ?

Modifications des processus ANAPATH ?

Croissance de budget consacré à l’IT ?


Décroissance du c...
Recherche!

« Healthcare »!

Education!
« Healthcare »!

De plus en plus de patients


Pénurie de pathologistes


Complexité des analyses


Logistique!
Augmentation des cas!



Accroissement de la population

Vieillissement de la population


Nouvelles techniques de détecti...
Vers la pénurie ?!

Source: MINISTERE DU TRAVAIL, DE L’EMPLOI ET DE LA SANTE (France) !
Complexité des analyses!
Logistique!
Recherche!

De plus en plus de données


De multiples sources


Besoin de « focus » sur la
recherche, pas les problèmes


...
Education!

De plus en plus d’étudiants


Restrictions budgétaires


Manque de solution
d’apprentissage continu


Préparat...
Comment y répondre ?!
« Plateforme logicielle pour l'exploration et
l'analyse automatique de lames virtuelles cytohistopathologiques »!
Collaboration

•  Déployable sur plusieurs hôpitaux
ou laboratoires (exemple : CHU +
antennes) 
•  Distribution des images...
Accessibilité
Organisation


Gestion des espaces de travail!
Annotations, Ontologies, Propriétés


Créer votre “biobank”!
Intégration


Connect APPS - PACS – HIS – LIS - …!
Analyse automatique d’images


Calcul!
Cas d’utilisations
Autres applications en cours
Merci

Systems and Modeling (GIGA-Research / Montefiore Institute): Loïc Rollus,
Raphaël Marée, Gilles Louppe, Olivier Ster...
Pathologie digitale : enjeux et défis technologiques de demain par Benjamin Stévens | Liege Creative, 21.11.13
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Pathologie digitale : enjeux et défis technologiques de demain par Benjamin Stévens | Liege Creative, 21.11.13

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La pathologie digitale utilise des échantillons de pathologie traditionnels et les transforme en images numériques à très haute définition. Elle était jusqu’il y a peu faiblement utilisée. Aujourd’hui, les innovations technologiques ont radicalement modifié la situation, ouvrant la voie à de nouvelles innovations pour lesquelles il existe de nombreux défis à relever. Dans le cadre de cette rencontre, Benjamin Stévens nous a parlé du projet Cytomine, une plateforme logicielle pour l’exploration, l’annotation et l’analyse automatique de lames virtuelles.

Publié dans : Santé & Médecine
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Pathologie digitale : enjeux et défis technologiques de demain par Benjamin Stévens | Liege Creative, 21.11.13

  1. 1. Parole d’expert Pathologie digitale : enjeux et défis technologiques de demain Benjamin STEVENS, ULg - GIGA-R : Systèmes et modélisation
  2. 2. Avec le soutien de :
  3. 3. Cytomine! Pathologie digitale : enjeux et défis technologiques de demain! Le 21 novembre 2013 Benjamin Stévens, Project Manager @ Ulg Contact : about.me/benstevens www.cytomine.be info@cytomine.be
  4. 4. Anatomopathologie!
  5. 5. Anatomopathologie! •  Processus fondamental remonte au 19ème siècle •  Matériel plus sophistiqué mais l’oeil du pathologiste reste incontournable •  Beaucoup d’étapes manuelles (préparation, labélisation, assurance-qualité)!
  6. 6. Du microscope au numérique! Aujourd’hui! 1995! 1980! 1751!
  7. 7. Pathologie Digitale! Processus qui consiste à numériser des lames microscopiques afin de les visualiser via un ordinateur d’une façon similaire à celle du microscope! •  •  •  Visualisation à différents niveaux de zoom Navigation dans toutes les directions Focus !
  8. 8. Microscope traditionnel! Pathologie Digitale! Requiert un microscope Une lame à la fois Analyse manuelles limitées Stockage laborieux Pas de visualisation à distance Non intégré avec les systèmes d’informations (LIS) Accessibilité (PC, Tablette, …) Plusieurs lames en même temps Algorithmes Archivage & recherche « Anywhere at anytime » Intégré avec les systèmes d’informations (LIS)
  9. 9. Freins au changement! Vitesse d’acquisition faible Mauvaise qualité d’image Coût élevé (direct et indirect) Largeur de bande du réseau limitée Solutions locales Pas de format d’images standard! Réticence au changement
  10. 10. Et maintenant ?! Temps d’acquisition réduit (1 à 4 min) Bonne qualité d’image, bon focus Coût du hardware en baisse vDSL, fibre optique, 3G/4G Internet, Infrastructures IT Dicom part 145
  11. 11. Défis ?! DICOM Standard ? Modifications des processus ANAPATH ? Croissance de budget consacré à l’IT ? Décroissance du coût en logistique ? Centralisation des laboratoires d’anatomopathologie ?!
  12. 12. Recherche! « Healthcare »! Education!
  13. 13. « Healthcare »! De plus en plus de patients Pénurie de pathologistes Complexité des analyses Logistique!
  14. 14. Augmentation des cas! Accroissement de la population Vieillissement de la population Nouvelles techniques de détection Conséquence : Le nombre de cas détectés a doublé de 1980 à maintenant Source: INVS (Institut de veille sanitaire, France)!
  15. 15. Vers la pénurie ?! Source: MINISTERE DU TRAVAIL, DE L’EMPLOI ET DE LA SANTE (France) !
  16. 16. Complexité des analyses!
  17. 17. Logistique!
  18. 18. Recherche! De plus en plus de données De multiples sources Besoin de « focus » sur la recherche, pas les problèmes Besoin de précision !
  19. 19. Education! De plus en plus d’étudiants Restrictions budgétaires Manque de solution d’apprentissage continu Préparation au contexte professionnel!
  20. 20. Comment y répondre ?!
  21. 21. « Plateforme logicielle pour l'exploration et l'analyse automatique de lames virtuelles cytohistopathologiques »!
  22. 22. Collaboration •  Déployable sur plusieurs hôpitaux ou laboratoires (exemple : CHU + antennes) •  Distribution des images “local” ou “global” (mais accès global !) •  Utilisateurs + droits d’accès + traces •  Accès concurrents possible, suivi à distance (télépathologie)
  23. 23. Accessibilité
  24. 24. Organisation Gestion des espaces de travail!
  25. 25. Annotations, Ontologies, Propriétés Créer votre “biobank”!
  26. 26. Intégration Connect APPS - PACS – HIS – LIS - …!
  27. 27. Analyse automatique d’images Calcul!
  28. 28. Cas d’utilisations
  29. 29. Autres applications en cours
  30. 30. Merci Systems and Modeling (GIGA-Research / Montefiore Institute): Loïc Rollus, Raphaël Marée, Gilles Louppe, Olivier Stern, Nathalie Jeanray, Vincent Botta, Pierre Geurts, Louis Wehenkel ULB Anapath & LBTD CHU Liège: Didier Cataldo, Natacha Rocks, Fabienne Perin, Christine Fink, Sandrine Bekaert, Myriam Remmelink, Caroline Degand, Isabelle Salmon, Sandrine Rorive, Audrey Voncken, Jessica Aceto, Yoann Curé, Benoist Pruvot, Marc Muller, Natacha Leroi, ... GIGA FEDER, DG06 Wallonie : -  CYTOMINE (2010-2014) Research grant n° 1017072 -  SMASH (2012-2014) First Spin-Off grant n° 1217606

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