1. Progetto
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
Progetto sCORdb - La ricerca clinica a ciclo
Il lavoro che
abbiamo
corto
iniziato
L’approccio al
Quando fra CED e T.I. ci sono solo 50 metri - PGday 2008
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
February 3, 2009
progetti
Cosa ci
2. Progetto
Tabella dei Contenuti
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
1 Com’ e‘ iniziato tutto
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
2 Le basi di dati e la ricerca biomedica
iniziato tutto
Statistica medica e ricerca epidemiologica
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
3 Il lavoro che abbiamo iniziato
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
L’approccio al problema
Il lavoro che
abbiamo
iniziato
4 Come PostgreSQL cambi` la direzione
o
L’approccio al
problema
il tornare all’idea di community
Come
Inserimento dei dati oggi e domani
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
5 Integrazione con altri progetti
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
6 Cosa ci aspetta
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
3. Progetto
Era una mattina buia e tempestosa...
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• Il progetto sCORdb nasce quasi casualmente durante un
Le basi di dati
e la ricerca
periodo di tirocinio nel gennaio 2008 dalla collaborazione
biomedica
Statistica
fra un docente della Cardiochirurgia di Padova ed uno
medica e ricerca
epidemiologica
studente.
Il lavoro che
abbiamo
• sCORdb sta per Statistics on Cardiosurgery Operations
iniziato
L’approccio al
[and] Research by DataBases
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
4. Progetto
Era una mattina buia e tempestosa...
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• Il progetto sCORdb nasce quasi casualmente durante un
Le basi di dati
e la ricerca
periodo di tirocinio nel gennaio 2008 dalla collaborazione
biomedica
Statistica
fra un docente della Cardiochirurgia di Padova ed uno
medica e ricerca
epidemiologica
studente.
Il lavoro che
abbiamo
• sCORdb sta per Statistics on Cardiosurgery Operations
iniziato
L’approccio al
[and] Research by DataBases
problema
Come
• Si decide quindi di partire da quanto gia‘ in opera
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
5. Progetto
Era una mattina buia e tempestosa...
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• Il progetto sCORdb nasce quasi casualmente durante un
Le basi di dati
e la ricerca
periodo di tirocinio nel gennaio 2008 dalla collaborazione
biomedica
Statistica
fra un docente della Cardiochirurgia di Padova ed uno
medica e ricerca
epidemiologica
studente.
Il lavoro che
abbiamo
• sCORdb sta per Statistics on Cardiosurgery Operations
iniziato
L’approccio al
[and] Research by DataBases
problema
Come
• Si decide quindi di partire da quanto gia‘ in opera
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
6. Progetto
Statistica Medica
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
• l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’
entrato nella prassi dello statistico medico, come anche
Com’ e‘
iniziato tutto
l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di
Le basi di dati
tecnologie collegate con il calcolo automatico per la
e la ricerca
biomedica
successiva analisi di dati che vengono raccolti
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
• Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse
Il lavoro che
spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di
abbiamo
iniziato
natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera
L’approccio al
problema
di riferimento
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
7. Progetto
Statistica Medica
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
• l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’
entrato nella prassi dello statistico medico, come anche
Com’ e‘
iniziato tutto
l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di
Le basi di dati
tecnologie collegate con il calcolo automatico per la
e la ricerca
biomedica
successiva analisi di dati che vengono raccolti
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
• Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse
Il lavoro che
spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di
abbiamo
iniziato
natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera
L’approccio al
problema
di riferimento
Come
PostgreSQL
• La ricerca medica vive anche della base statistica, su cui
cambi` la
o
direzione
spesso si va a strutturare una pratica clinica migliore e le
il tornare all’idea
di community
basi di dati sono la scelta piu’ naturale per il
Inserimento dei
dati oggi e
domani
raggrupamento, la catalogazione e l’estrapolazione dei dati
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
8. Progetto
Statistica Medica
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
• l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’
entrato nella prassi dello statistico medico, come anche
Com’ e‘
iniziato tutto
l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di
Le basi di dati
tecnologie collegate con il calcolo automatico per la
e la ricerca
biomedica
successiva analisi di dati che vengono raccolti
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
• Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse
Il lavoro che
spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di
abbiamo
iniziato
natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera
L’approccio al
problema
di riferimento
Come
PostgreSQL
• La ricerca medica vive anche della base statistica, su cui
cambi` la
o
direzione
spesso si va a strutturare una pratica clinica migliore e le
il tornare all’idea
di community
basi di dati sono la scelta piu’ naturale per il
Inserimento dei
dati oggi e
domani
raggrupamento, la catalogazione e l’estrapolazione dei dati
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
9. Progetto
Statistica Medica
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
• l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’
entrato nella prassi dello statistico medico, come anche
Com’ e‘
iniziato tutto
l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di
Le basi di dati
tecnologie collegate con il calcolo automatico per la
e la ricerca
biomedica
successiva analisi di dati che vengono raccolti
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
• Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse
Il lavoro che
spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di
abbiamo
iniziato
natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera
L’approccio al
problema
di riferimento
Come
PostgreSQL
• La ricerca medica vive anche della base statistica, su cui
cambi` la
o
direzione
spesso si va a strutturare una pratica clinica migliore e le
il tornare all’idea
di community
basi di dati sono la scelta piu’ naturale per il
Inserimento dei
dati oggi e
domani
raggrupamento, la catalogazione e l’estrapolazione dei dati
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
10. Progetto
Born of Necessity
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
The Dynamic Synergism Between Advancement of
Giulio Rizzoli
Analytic Methods and Generation of New Knowledge
Com’ e‘
iniziato tutto
Eugene H. Blackstone
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
• Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi
e ı
Statistica
medica e ricerca
nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?”
epidemiologica
Il lavoro che
• Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad
abbiamo
iniziato
esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi
L’approccio al
problema
matematici e statistici e modi di espressione e di
Come
presentazione dei risultati che sono complessi
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
11. Progetto
Born of Necessity
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
The Dynamic Synergism Between Advancement of
Giulio Rizzoli
Analytic Methods and Generation of New Knowledge
Com’ e‘
iniziato tutto
Eugene H. Blackstone
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
• Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi
e ı
Statistica
medica e ricerca
nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?”
epidemiologica
Il lavoro che
• Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad
abbiamo
iniziato
esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi
L’approccio al
problema
matematici e statistici e modi di espressione e di
Come
presentazione dei risultati che sono complessi
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
• Negli utimi 3 secoli ciascun aumento in complessit` `
ae
il tornare all’idea
di community
stato la necessaria risposta al bisogno di interpretare la
Inserimento dei
dati oggi e
complessit` della realt` clinica
a a
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
12. Progetto
Born of Necessity
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
The Dynamic Synergism Between Advancement of
Giulio Rizzoli
Analytic Methods and Generation of New Knowledge
Com’ e‘
iniziato tutto
Eugene H. Blackstone
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
• Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi
e ı
Statistica
medica e ricerca
nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?”
epidemiologica
Il lavoro che
• Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad
abbiamo
iniziato
esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi
L’approccio al
problema
matematici e statistici e modi di espressione e di
Come
presentazione dei risultati che sono complessi
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
• Negli utimi 3 secoli ciascun aumento in complessit` `
ae
il tornare all’idea
di community
stato la necessaria risposta al bisogno di interpretare la
Inserimento dei
dati oggi e
complessit` della realt` clinica
a a
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
13. Progetto
Born of Necessity
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
The Dynamic Synergism Between Advancement of
Giulio Rizzoli
Analytic Methods and Generation of New Knowledge
Com’ e‘
iniziato tutto
Eugene H. Blackstone
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
• Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi
e ı
Statistica
medica e ricerca
nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?”
epidemiologica
Il lavoro che
• Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad
abbiamo
iniziato
esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi
L’approccio al
problema
matematici e statistici e modi di espressione e di
Come
presentazione dei risultati che sono complessi
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
• Negli utimi 3 secoli ciascun aumento in complessit` `
ae
il tornare all’idea
di community
stato la necessaria risposta al bisogno di interpretare la
Inserimento dei
dati oggi e
complessit` della realt` clinica
a a
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
14. Progetto
Stato dell’arte
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• la prima base di dati messa a disposizione era stata
Le basi di dati
prodotta per l’inserimento dati provenienti da pazienti con
e la ricerca
biomedica
patologie valvolari che ed includeva un totale di circa 7200
Statistica
medica e ricerca
record riguardanti i pazienti con circa 8 colonne per
epidemiologica
l’anagrafica, mentre i dati dei singoli interventi arrivavano
Il lavoro che
abbiamo
a circa 8400 record per 50 colonne
iniziato
L’approccio al
problema
• La piattaforma selezionata per la gestione dei dati era il
Come
DBMS MS Access installato localmente nell’elaboratore
PostgreSQL
cambi` la
o
destinato all’uso personale del Dott. Rizzoli.
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
15. Progetto
Stato dell’arte
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• la prima base di dati messa a disposizione era stata
Le basi di dati
prodotta per l’inserimento dati provenienti da pazienti con
e la ricerca
biomedica
patologie valvolari che ed includeva un totale di circa 7200
Statistica
medica e ricerca
record riguardanti i pazienti con circa 8 colonne per
epidemiologica
l’anagrafica, mentre i dati dei singoli interventi arrivavano
Il lavoro che
abbiamo
a circa 8400 record per 50 colonne
iniziato
L’approccio al
problema
• La piattaforma selezionata per la gestione dei dati era il
Come
DBMS MS Access installato localmente nell’elaboratore
PostgreSQL
cambi` la
o
destinato all’uso personale del Dott. Rizzoli.
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
16. Progetto
Stato dell’arte
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• la prima base di dati messa a disposizione era stata
Le basi di dati
prodotta per l’inserimento dati provenienti da pazienti con
e la ricerca
biomedica
patologie valvolari che ed includeva un totale di circa 7200
Statistica
medica e ricerca
record riguardanti i pazienti con circa 8 colonne per
epidemiologica
l’anagrafica, mentre i dati dei singoli interventi arrivavano
Il lavoro che
abbiamo
a circa 8400 record per 50 colonne
iniziato
L’approccio al
problema
• La piattaforma selezionata per la gestione dei dati era il
Come
DBMS MS Access installato localmente nell’elaboratore
PostgreSQL
cambi` la
o
destinato all’uso personale del Dott. Rizzoli.
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
17. Progetto
Le soluzioni che iniziamo a prendere
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
• avendo la libert` di scegliere le tecnologie da utilizzare
a
iniziato tutto
Le basi di dati
abbiamo deciso di implementare una struttura di tipo
e la ricerca
client/server classica ma utilizzando esclusivamente
biomedica
Statistica
soluzioni FOSS
medica e ricerca
epidemiologica
Il lavoro che
• Si ` teso subito a soluzioni di tipo web application per
e
abbiamo
iniziato
evitare problemi legati all’uso di un dato OS
L’approccio al
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
18. Progetto
Le soluzioni che iniziamo a prendere
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
• avendo la libert` di scegliere le tecnologie da utilizzare
a
iniziato tutto
Le basi di dati
abbiamo deciso di implementare una struttura di tipo
e la ricerca
client/server classica ma utilizzando esclusivamente
biomedica
Statistica
soluzioni FOSS
medica e ricerca
epidemiologica
Il lavoro che
• Si ` teso subito a soluzioni di tipo web application per
e
abbiamo
iniziato
evitare problemi legati all’uso di un dato OS
L’approccio al
problema
• era nostra seguire un approccio linguaggio di
Come
programmazione web abbinato ad una base dati su
PostgreSQL
cambi` la
o
macchine Debian GNU/Linux
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
19. Progetto
Le soluzioni che iniziamo a prendere
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
• avendo la libert` di scegliere le tecnologie da utilizzare
a
iniziato tutto
Le basi di dati
abbiamo deciso di implementare una struttura di tipo
e la ricerca
client/server classica ma utilizzando esclusivamente
biomedica
Statistica
soluzioni FOSS
medica e ricerca
epidemiologica
Il lavoro che
• Si ` teso subito a soluzioni di tipo web application per
e
abbiamo
iniziato
evitare problemi legati all’uso di un dato OS
L’approccio al
problema
• era nostra seguire un approccio linguaggio di
Come
programmazione web abbinato ad una base dati su
PostgreSQL
cambi` la
o
macchine Debian GNU/Linux
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
20. Progetto
Quindi..
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
Le basi di dati
• Data l’iniziale inesperienza parziale ci si focalizz` sull’uso
o
e la ricerca
biomedica
di MySQL1 per il backend di mantenimento del dato con
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
l’utilizzo del linguaggio PHP per lo sviluppo
Il lavoro che
dell’applicazione.
abbiamo
iniziato
• Migrammo il DB da Access, Intanto il tempo passava..
L’approccio al
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
1
Don’t throw tomatoes, please ;)
Cosa ci
21. Progetto
Quindi..
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
Le basi di dati
• Data l’iniziale inesperienza parziale ci si focalizz` sull’uso
o
e la ricerca
biomedica
di MySQL1 per il backend di mantenimento del dato con
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
l’utilizzo del linguaggio PHP per lo sviluppo
Il lavoro che
dell’applicazione.
abbiamo
iniziato
• Migrammo il DB da Access, Intanto il tempo passava..
L’approccio al
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
1
Don’t throw tomatoes, please ;)
Cosa ci
22. Progetto
Quindi..
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
Le basi di dati
• Data l’iniziale inesperienza parziale ci si focalizz` sull’uso
o
e la ricerca
biomedica
di MySQL1 per il backend di mantenimento del dato con
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
l’utilizzo del linguaggio PHP per lo sviluppo
Il lavoro che
dell’applicazione.
abbiamo
iniziato
• Migrammo il DB da Access, Intanto il tempo passava..
L’approccio al
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
1
Don’t throw tomatoes, please ;)
Cosa ci
23. Progetto
E avvenne la grande magia di Eduardo
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
Le basi di dati
e la ricerca
• In seguito ad uno studio dei possibili RDBMS mi sono
biomedica
Statistica
imbattuto, anche su indicazione di Andrea Brugiolo, in
medica e ricerca
epidemiologica
PostgreSQL
Il lavoro che
abbiamo
• si era nel marzo 2008 e MySQL stava andando al Sole 2
iniziato
L’approccio al
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
2
http://developers.slashdot.org/article.pl?sid=08/04/16/2337224
Cosa ci
24. Progetto
Why PostgreSQL?
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• PostgreSQL ` una community innanzi a tutto!
e
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
• La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente
Statistica
medica e ricerca
adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella
epidemiologica
pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo
Il lavoro che
abbiamo
scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti.
u
iniziato
L’approccio al
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
25. Progetto
Why PostgreSQL?
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• PostgreSQL ` una community innanzi a tutto!
e
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
• La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente
Statistica
medica e ricerca
adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella
epidemiologica
pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo
Il lavoro che
abbiamo
scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti.
u
iniziato
L’approccio al
problema
• Un sistema di licenze pi` pulito e coerente per tutto il
u
Come
codice: BSD
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
26. Progetto
Why PostgreSQL?
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• PostgreSQL ` una community innanzi a tutto!
e
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
• La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente
Statistica
medica e ricerca
adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella
epidemiologica
pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo
Il lavoro che
abbiamo
scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti.
u
iniziato
L’approccio al
problema
• Un sistema di licenze pi` pulito e coerente per tutto il
u
Come
codice: BSD
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
27. Progetto
Why PostgreSQL?
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• PostgreSQL ` una community innanzi a tutto!
e
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
• La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente
Statistica
medica e ricerca
adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella
epidemiologica
pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo
Il lavoro che
abbiamo
scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti.
u
iniziato
L’approccio al
problema
• Un sistema di licenze pi` pulito e coerente per tutto il
u
Come
codice: BSD
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
28. Progetto
Cosa usiamo per inserire i dati
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
• Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
base dati
Com’ e‘
• Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una
iniziato tutto
buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle
Le basi di dati
e la ricerca
nostre necessit`
a
biomedica
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
Il lavoro che
abbiamo
iniziato
L’approccio al
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
3
progetti http://www.dadabik.org
4
Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle
e
Cosa ci
29. Progetto
Cosa usiamo per inserire i dati
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
• Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
base dati
Com’ e‘
• Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una
iniziato tutto
buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle
Le basi di dati
e la ricerca
nostre necessit`
a
biomedica
Statistica
• Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit`
a
medica e ricerca
epidemiologica
di mettere a disposizione un sistema semplice
Il lavoro che
abbiamo
d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb
iniziato
L’approccio al
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
3
progetti http://www.dadabik.org
4
Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle
e
Cosa ci
30. Progetto
Cosa usiamo per inserire i dati
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
• Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
base dati
Com’ e‘
• Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una
iniziato tutto
buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle
Le basi di dati
e la ricerca
nostre necessit`
a
biomedica
Statistica
• Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit`
a
medica e ricerca
epidemiologica
di mettere a disposizione un sistema semplice
Il lavoro che
abbiamo
d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb
iniziato
L’approccio al
• Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo
a
problema
Come
iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo
a
PostgreSQL
del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per
a
cambi` la
o
direzione
MySQL e MS-SQL4
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
3
progetti http://www.dadabik.org
4
Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle
e
Cosa ci
31. Progetto
Cosa usiamo per inserire i dati
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
• Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
base dati
Com’ e‘
• Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una
iniziato tutto
buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle
Le basi di dati
e la ricerca
nostre necessit`
a
biomedica
Statistica
• Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit`
a
medica e ricerca
epidemiologica
di mettere a disposizione un sistema semplice
Il lavoro che
abbiamo
d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb
iniziato
L’approccio al
• Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo
a
problema
Come
iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo
a
PostgreSQL
del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per
a
cambi` la
o
direzione
MySQL e MS-SQL4
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
• E cos` abbiamo iniziato a mettere dentro dati dall’ottobre
ı
dati oggi e
domani
2008
Integrazione
con altri
3
progetti http://www.dadabik.org
4
Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle
e
Cosa ci
32. Progetto
Cosa usiamo per inserire i dati
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
• Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
base dati
Com’ e‘
• Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una
iniziato tutto
buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle
Le basi di dati
e la ricerca
nostre necessit`
a
biomedica
Statistica
• Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit`
a
medica e ricerca
epidemiologica
di mettere a disposizione un sistema semplice
Il lavoro che
abbiamo
d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb
iniziato
L’approccio al
• Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo
a
problema
Come
iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo
a
PostgreSQL
del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per
a
cambi` la
o
direzione
MySQL e MS-SQL4
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
• E cos` abbiamo iniziato a mettere dentro dati dall’ottobre
ı
dati oggi e
domani
2008
Integrazione
con altri
3
progetti http://www.dadabik.org
4
Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle
e
Cosa ci
33. Progetto
Cosa usiamo per inserire i dati
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
• Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
base dati
Com’ e‘
• Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una
iniziato tutto
buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle
Le basi di dati
e la ricerca
nostre necessit`
a
biomedica
Statistica
• Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit`
a
medica e ricerca
epidemiologica
di mettere a disposizione un sistema semplice
Il lavoro che
abbiamo
d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb
iniziato
L’approccio al
• Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo
a
problema
Come
iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo
a
PostgreSQL
del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per
a
cambi` la
o
direzione
MySQL e MS-SQL4
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
• E cos` abbiamo iniziato a mettere dentro dati dall’ottobre
ı
dati oggi e
domani
2008
Integrazione
con altri
3
progetti http://www.dadabik.org
4
Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle
e
Cosa ci
34. Progetto
Dal progetto R alle tecnologie GIS
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
• Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un
e
elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare
u ı
Com’ e‘
iniziato tutto
di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la
Le basi di dati
loro rielaborazione
e la ricerca
biomedica
• Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per
a
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come
Il lavoro che
motore alternativo il linguaggio R
abbiamo
iniziato
L’approccio al
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
35. Progetto
Dal progetto R alle tecnologie GIS
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
• Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un
e
elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare
u ı
Com’ e‘
iniziato tutto
di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la
Le basi di dati
loro rielaborazione
e la ricerca
biomedica
• Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per
a
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come
Il lavoro che
motore alternativo il linguaggio R
abbiamo
iniziato
• Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R,
L’approccio al
problema
che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
36. Progetto
Dal progetto R alle tecnologie GIS
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
• Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un
e
elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare
u ı
Com’ e‘
iniziato tutto
di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la
Le basi di dati
loro rielaborazione
e la ricerca
biomedica
• Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per
a
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come
Il lavoro che
motore alternativo il linguaggio R
abbiamo
iniziato
• Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R,
L’approccio al
problema
che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R
Come
PostgreSQL
• La nostra wishlist includerebbe la volont` d’integrare una
a
cambi` la
o
direzione
mappatura del territorio per l’analisi epidemiologica su
il tornare all’idea
di community
larga scala dei dati raccolti, qui per` abbiamo difficolt` a
o a
Inserimento dei
dati oggi e
domani
sopperire alla nostra lack of experience.
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
37. Progetto
Dal progetto R alle tecnologie GIS
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
• Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un
e
elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare
u ı
Com’ e‘
iniziato tutto
di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la
Le basi di dati
loro rielaborazione
e la ricerca
biomedica
• Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per
a
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come
Il lavoro che
motore alternativo il linguaggio R
abbiamo
iniziato
• Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R,
L’approccio al
problema
che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R
Come
PostgreSQL
• La nostra wishlist includerebbe la volont` d’integrare una
a
cambi` la
o
direzione
mappatura del territorio per l’analisi epidemiologica su
il tornare all’idea
di community
larga scala dei dati raccolti, qui per` abbiamo difficolt` a
o a
Inserimento dei
dati oggi e
domani
sopperire alla nostra lack of experience.
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
38. Progetto
Dal progetto R alle tecnologie GIS
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
• Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un
e
elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare
u ı
Com’ e‘
iniziato tutto
di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la
Le basi di dati
loro rielaborazione
e la ricerca
biomedica
• Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per
a
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come
Il lavoro che
motore alternativo il linguaggio R
abbiamo
iniziato
• Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R,
L’approccio al
problema
che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R
Come
PostgreSQL
• La nostra wishlist includerebbe la volont` d’integrare una
a
cambi` la
o
direzione
mappatura del territorio per l’analisi epidemiologica su
il tornare all’idea
di community
larga scala dei dati raccolti, qui per` abbiamo difficolt` a
o a
Inserimento dei
dati oggi e
domani
sopperire alla nostra lack of experience.
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
39. Progetto
Dove stiamo andando
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si
ae
Le basi di dati
e la ricerca
vogliano inserire nel progetto
biomedica
Statistica
• Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che
medica e ricerca
e
epidemiologica
l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile,
e e
Il lavoro che
abbiamo
ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc
iniziato
L’approccio al
per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
40. Progetto
Dove stiamo andando
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si
ae
Le basi di dati
e la ricerca
vogliano inserire nel progetto
biomedica
Statistica
• Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che
medica e ricerca
e
epidemiologica
l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile,
e e
Il lavoro che
abbiamo
ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc
iniziato
L’approccio al
per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python
problema
Come
• Tuning delle performance del nostro Elefantino :)
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
41. Progetto
Dove stiamo andando
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si
ae
Le basi di dati
e la ricerca
vogliano inserire nel progetto
biomedica
Statistica
• Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che
medica e ricerca
e
epidemiologica
l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile,
e e
Il lavoro che
abbiamo
ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc
iniziato
L’approccio al
per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python
problema
Come
• Tuning delle performance del nostro Elefantino :)
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
42. Progetto
Dove stiamo andando
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
• Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si
ae
Le basi di dati
e la ricerca
vogliano inserire nel progetto
biomedica
Statistica
• Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che
medica e ricerca
e
epidemiologica
l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile,
e e
Il lavoro che
abbiamo
ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc
iniziato
L’approccio al
per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python
problema
Come
• Tuning delle performance del nostro Elefantino :)
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
43. Progetto
Ringraziamenti
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
Ringraziamo tutti i presenti per l’attenzione!
Il lavoro che
abbiamo
iniziato
L’approccio al
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
Cosa ci
44. Progetto
Licenza d’uso
sCORdb - La
ricerca clinica
a ciclo corto
Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
Com’ e‘
iniziato tutto
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
La seguente presentazione ` rilasciata sotto la Creative
e
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
Commons Attribuzione-Non commerciale-Condividi allo stesso
Il lavoro che
modo 2.5 Italia License 5
abbiamo
iniziato
L’approccio al
problema
Come
PostgreSQL
cambi` la
o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
Integrazione
con altri
progetti
5
Emanuele Zamprogno - Copyright
Cosa ci