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Progetto
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto

Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                       Progetto sCORdb - La ricerca clinica a ciclo
Il lavoro che
abbiamo
                                        corto
iniziato
L’approccio al
                      Quando fra CED e T.I. ci sono solo 50 metri - PGday 2008
problema

Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
                                Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
                                          February 3, 2009
progetti

Cosa ci
Progetto
                                                            Tabella dei Contenuti
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
                      1 Com’ e‘ iniziato tutto
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
                      2 Le basi di dati e la ricerca biomedica
iniziato tutto

                           Statistica medica e ricerca epidemiologica
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
                      3 Il lavoro che abbiamo iniziato
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                           L’approccio al problema
Il lavoro che
abbiamo
iniziato
                      4 Come PostgreSQL cambi` la direzione
                                             o
L’approccio al
problema
                           il tornare all’idea di community
Come
                           Inserimento dei dati oggi e domani
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
                      5 Integrazione con altri progetti
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani
                      6 Cosa ci aspetta
Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                    Era una mattina buia e tempestosa...
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto

                      • Il progetto sCORdb nasce quasi casualmente durante un
Le basi di dati
e la ricerca
                        periodo di tirocinio nel gennaio 2008 dalla collaborazione
biomedica
Statistica
                        fra un docente della Cardiochirurgia di Padova ed uno
medica e ricerca
epidemiologica

                        studente.
Il lavoro che
abbiamo
                      • sCORdb sta per Statistics on Cardiosurgery Operations
iniziato
L’approccio al
                        [and] Research by DataBases
problema

Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
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Cosa ci
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                                    Era una mattina buia e tempestosa...
sCORdb - La
ricerca clinica
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 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto

                      • Il progetto sCORdb nasce quasi casualmente durante un
Le basi di dati
e la ricerca
                        periodo di tirocinio nel gennaio 2008 dalla collaborazione
biomedica
Statistica
                        fra un docente della Cardiochirurgia di Padova ed uno
medica e ricerca
epidemiologica

                        studente.
Il lavoro che
abbiamo
                      • sCORdb sta per Statistics on Cardiosurgery Operations
iniziato
L’approccio al
                        [and] Research by DataBases
problema

Come
                      • Si decide quindi di partire da quanto gia‘ in opera
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
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                                    Era una mattina buia e tempestosa...
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Com’ e‘
iniziato tutto

                      • Il progetto sCORdb nasce quasi casualmente durante un
Le basi di dati
e la ricerca
                        periodo di tirocinio nel gennaio 2008 dalla collaborazione
biomedica
Statistica
                        fra un docente della Cardiochirurgia di Padova ed uno
medica e ricerca
epidemiologica

                        studente.
Il lavoro che
abbiamo
                      • sCORdb sta per Statistics on Cardiosurgery Operations
iniziato
L’approccio al
                        [and] Research by DataBases
problema

Come
                      • Si decide quindi di partire da quanto gia‘ in opera
PostgreSQL
cambi` la
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direzione
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di community
Inserimento dei
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domani

Integrazione
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Cosa ci
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                                                                Statistica Medica
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
                      • l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’
                        entrato nella prassi dello statistico medico, come anche
Com’ e‘
iniziato tutto
                        l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di
Le basi di dati
                        tecnologie collegate con il calcolo automatico per la
e la ricerca
biomedica
                        successiva analisi di dati che vengono raccolti
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                      • Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse
Il lavoro che
                        spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di
abbiamo
iniziato
                        natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera
L’approccio al
problema

                        di riferimento
Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                                                Statistica Medica
sCORdb - La
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 a ciclo corto

 Emanuele
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Giulio Rizzoli
                      • l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’
                        entrato nella prassi dello statistico medico, come anche
Com’ e‘
iniziato tutto
                        l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di
Le basi di dati
                        tecnologie collegate con il calcolo automatico per la
e la ricerca
biomedica
                        successiva analisi di dati che vengono raccolti
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                      • Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse
Il lavoro che
                        spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di
abbiamo
iniziato
                        natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera
L’approccio al
problema

                        di riferimento
Come
PostgreSQL
                      • La ricerca medica vive anche della base statistica, su cui
cambi` la
       o
direzione
                        spesso si va a strutturare una pratica clinica migliore e le
il tornare all’idea
di community
                        basi di dati sono la scelta piu’ naturale per il
Inserimento dei
dati oggi e
domani
                        raggrupamento, la catalogazione e l’estrapolazione dei dati
Integrazione
con altri
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Cosa ci
Progetto
                                                                Statistica Medica
sCORdb - La
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                      • l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’
                        entrato nella prassi dello statistico medico, come anche
Com’ e‘
iniziato tutto
                        l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di
Le basi di dati
                        tecnologie collegate con il calcolo automatico per la
e la ricerca
biomedica
                        successiva analisi di dati che vengono raccolti
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                      • Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse
Il lavoro che
                        spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di
abbiamo
iniziato
                        natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera
L’approccio al
problema

                        di riferimento
Come
PostgreSQL
                      • La ricerca medica vive anche della base statistica, su cui
cambi` la
       o
direzione
                        spesso si va a strutturare una pratica clinica migliore e le
il tornare all’idea
di community
                        basi di dati sono la scelta piu’ naturale per il
Inserimento dei
dati oggi e
domani
                        raggrupamento, la catalogazione e l’estrapolazione dei dati
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                                                                Statistica Medica
sCORdb - La
ricerca clinica
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                      • l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’
                        entrato nella prassi dello statistico medico, come anche
Com’ e‘
iniziato tutto
                        l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di
Le basi di dati
                        tecnologie collegate con il calcolo automatico per la
e la ricerca
biomedica
                        successiva analisi di dati che vengono raccolti
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                      • Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse
Il lavoro che
                        spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di
abbiamo
iniziato
                        natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera
L’approccio al
problema

                        di riferimento
Come
PostgreSQL
                      • La ricerca medica vive anche della base statistica, su cui
cambi` la
       o
direzione
                        spesso si va a strutturare una pratica clinica migliore e le
il tornare all’idea
di community
                        basi di dati sono la scelta piu’ naturale per il
Inserimento dei
dati oggi e
domani
                        raggrupamento, la catalogazione e l’estrapolazione dei dati
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Cosa ci
Progetto
                                                                   Born of Necessity
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
                          The Dynamic Synergism Between Advancement of
Giulio Rizzoli

                          Analytic Methods and Generation of New Knowledge
Com’ e‘
iniziato tutto

                      Eugene H. Blackstone
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
                        • Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi
                                             e               ı
Statistica
medica e ricerca
                          nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?”
epidemiologica

Il lavoro che
                        • Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad
abbiamo
iniziato
                          esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi
L’approccio al
problema
                          matematici e statistici e modi di espressione e di
Come
                          presentazione dei risultati che sono complessi
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
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domani

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                          The Dynamic Synergism Between Advancement of
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                          Analytic Methods and Generation of New Knowledge
Com’ e‘
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                      Eugene H. Blackstone
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
                        • Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi
                                             e               ı
Statistica
medica e ricerca
                          nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?”
epidemiologica

Il lavoro che
                        • Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad
abbiamo
iniziato
                          esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi
L’approccio al
problema
                          matematici e statistici e modi di espressione e di
Come
                          presentazione dei risultati che sono complessi
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
                        • Negli utimi 3 secoli ciascun aumento in complessit` `
                                                                            ae
il tornare all’idea
di community
                          stato la necessaria risposta al bisogno di interpretare la
Inserimento dei
dati oggi e
                          complessit` della realt` clinica
                                     a            a
domani

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Progetto
                                                                   Born of Necessity
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                          The Dynamic Synergism Between Advancement of
Giulio Rizzoli

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Com’ e‘
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                      Eugene H. Blackstone
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
                        • Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi
                                             e               ı
Statistica
medica e ricerca
                          nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?”
epidemiologica

Il lavoro che
                        • Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad
abbiamo
iniziato
                          esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi
L’approccio al
problema
                          matematici e statistici e modi di espressione e di
Come
                          presentazione dei risultati che sono complessi
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
                        • Negli utimi 3 secoli ciascun aumento in complessit` `
                                                                            ae
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di community
                          stato la necessaria risposta al bisogno di interpretare la
Inserimento dei
dati oggi e
                          complessit` della realt` clinica
                                     a            a
domani

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                                                                   Born of Necessity
sCORdb - La
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                          The Dynamic Synergism Between Advancement of
Giulio Rizzoli

                          Analytic Methods and Generation of New Knowledge
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Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
                        • Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi
                                             e               ı
Statistica
medica e ricerca
                          nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?”
epidemiologica

Il lavoro che
                        • Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad
abbiamo
iniziato
                          esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi
L’approccio al
problema
                          matematici e statistici e modi di espressione e di
Come
                          presentazione dei risultati che sono complessi
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
                        • Negli utimi 3 secoli ciascun aumento in complessit` `
                                                                            ae
il tornare all’idea
di community
                          stato la necessaria risposta al bisogno di interpretare la
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Com’ e‘
iniziato tutto
                      • la prima base di dati messa a disposizione era stata
Le basi di dati
                        prodotta per l’inserimento dati provenienti da pazienti con
e la ricerca
biomedica
                        patologie valvolari che ed includeva un totale di circa 7200
Statistica
medica e ricerca
                        record riguardanti i pazienti con circa 8 colonne per
epidemiologica

                        l’anagrafica, mentre i dati dei singoli interventi arrivavano
Il lavoro che
abbiamo
                        a circa 8400 record per 50 colonne
iniziato
L’approccio al
problema
                      • La piattaforma selezionata per la gestione dei dati era il
Come
                        DBMS MS Access installato localmente nell’elaboratore
PostgreSQL
cambi` la
       o
                        destinato all’uso personale del Dott. Rizzoli.
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                                                   Stato dell’arte
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto
                      • la prima base di dati messa a disposizione era stata
Le basi di dati
                        prodotta per l’inserimento dati provenienti da pazienti con
e la ricerca
biomedica
                        patologie valvolari che ed includeva un totale di circa 7200
Statistica
medica e ricerca
                        record riguardanti i pazienti con circa 8 colonne per
epidemiologica

                        l’anagrafica, mentre i dati dei singoli interventi arrivavano
Il lavoro che
abbiamo
                        a circa 8400 record per 50 colonne
iniziato
L’approccio al
problema
                      • La piattaforma selezionata per la gestione dei dati era il
Come
                        DBMS MS Access installato localmente nell’elaboratore
PostgreSQL
cambi` la
       o
                        destinato all’uso personale del Dott. Rizzoli.
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                                                   Stato dell’arte
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto
                      • la prima base di dati messa a disposizione era stata
Le basi di dati
                        prodotta per l’inserimento dati provenienti da pazienti con
e la ricerca
biomedica
                        patologie valvolari che ed includeva un totale di circa 7200
Statistica
medica e ricerca
                        record riguardanti i pazienti con circa 8 colonne per
epidemiologica

                        l’anagrafica, mentre i dati dei singoli interventi arrivavano
Il lavoro che
abbiamo
                        a circa 8400 record per 50 colonne
iniziato
L’approccio al
problema
                      • La piattaforma selezionata per la gestione dei dati era il
Come
                        DBMS MS Access installato localmente nell’elaboratore
PostgreSQL
cambi` la
       o
                        destinato all’uso personale del Dott. Rizzoli.
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                      Le soluzioni che iniziamo a prendere
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
                      • avendo la libert` di scegliere le tecnologie da utilizzare
                                        a
iniziato tutto

Le basi di dati
                        abbiamo deciso di implementare una struttura di tipo
e la ricerca
                        client/server classica ma utilizzando esclusivamente
biomedica
Statistica
                        soluzioni FOSS
medica e ricerca
epidemiologica

Il lavoro che
                      • Si ` teso subito a soluzioni di tipo web application per
                           e
abbiamo
iniziato
                        evitare problemi legati all’uso di un dato OS
L’approccio al
problema

Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                      Le soluzioni che iniziamo a prendere
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
                      • avendo la libert` di scegliere le tecnologie da utilizzare
                                        a
iniziato tutto

Le basi di dati
                        abbiamo deciso di implementare una struttura di tipo
e la ricerca
                        client/server classica ma utilizzando esclusivamente
biomedica
Statistica
                        soluzioni FOSS
medica e ricerca
epidemiologica

Il lavoro che
                      • Si ` teso subito a soluzioni di tipo web application per
                           e
abbiamo
iniziato
                        evitare problemi legati all’uso di un dato OS
L’approccio al
problema
                      • era nostra seguire un approccio linguaggio di
Come
                        programmazione web abbinato ad una base dati su
PostgreSQL
cambi` la
       o
                        macchine Debian GNU/Linux
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                      Le soluzioni che iniziamo a prendere
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
                      • avendo la libert` di scegliere le tecnologie da utilizzare
                                        a
iniziato tutto

Le basi di dati
                        abbiamo deciso di implementare una struttura di tipo
e la ricerca
                        client/server classica ma utilizzando esclusivamente
biomedica
Statistica
                        soluzioni FOSS
medica e ricerca
epidemiologica

Il lavoro che
                      • Si ` teso subito a soluzioni di tipo web application per
                           e
abbiamo
iniziato
                        evitare problemi legati all’uso di un dato OS
L’approccio al
problema
                      • era nostra seguire un approccio linguaggio di
Come
                        programmazione web abbinato ad una base dati su
PostgreSQL
cambi` la
       o
                        macchine Debian GNU/Linux
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                                                              Quindi..
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto

Le basi di dati
                      • Data l’iniziale inesperienza parziale ci si focalizz` sull’uso
                                                                            o
e la ricerca
biomedica
                           di MySQL1 per il backend di mantenimento del dato con
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                           l’utilizzo del linguaggio PHP per lo sviluppo
Il lavoro che
                           dell’applicazione.
abbiamo
iniziato
                      • Migrammo il DB da Access, Intanto il tempo passava..
L’approccio al
problema

Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti
                      1
                          Don’t throw tomatoes, please ;)
Cosa ci
Progetto
                                                                              Quindi..
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto

Le basi di dati
                      • Data l’iniziale inesperienza parziale ci si focalizz` sull’uso
                                                                            o
e la ricerca
biomedica
                           di MySQL1 per il backend di mantenimento del dato con
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                           l’utilizzo del linguaggio PHP per lo sviluppo
Il lavoro che
                           dell’applicazione.
abbiamo
iniziato
                      • Migrammo il DB da Access, Intanto il tempo passava..
L’approccio al
problema

Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti
                      1
                          Don’t throw tomatoes, please ;)
Cosa ci
Progetto
                                                                              Quindi..
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto

Le basi di dati
                      • Data l’iniziale inesperienza parziale ci si focalizz` sull’uso
                                                                            o
e la ricerca
biomedica
                           di MySQL1 per il backend di mantenimento del dato con
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                           l’utilizzo del linguaggio PHP per lo sviluppo
Il lavoro che
                           dell’applicazione.
abbiamo
iniziato
                      • Migrammo il DB da Access, Intanto il tempo passava..
L’approccio al
problema

Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti
                      1
                          Don’t throw tomatoes, please ;)
Cosa ci
Progetto
                                       E avvenne la grande magia di Eduardo
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto

Le basi di dati
e la ricerca
                      • In seguito ad uno studio dei possibili RDBMS mi sono
biomedica
Statistica
                           imbattuto, anche su indicazione di Andrea Brugiolo, in
medica e ricerca
epidemiologica

                           PostgreSQL
Il lavoro che
abbiamo
                      • si era nel marzo 2008 e MySQL stava andando al Sole 2
iniziato
L’approccio al
problema

Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti
                      2
                          http://developers.slashdot.org/article.pl?sid=08/04/16/2337224
Cosa ci
Progetto
                                                               Why PostgreSQL?
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto

                      • PostgreSQL ` una community innanzi a tutto!
                                   e
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
                      • La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente
Statistica
medica e ricerca
                        adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella
epidemiologica

                        pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo
Il lavoro che
abbiamo
                        scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti.
                                                                       u
iniziato
L’approccio al
problema

Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                                               Why PostgreSQL?
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto

                      • PostgreSQL ` una community innanzi a tutto!
                                   e
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
                      • La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente
Statistica
medica e ricerca
                        adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella
epidemiologica

                        pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo
Il lavoro che
abbiamo
                        scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti.
                                                                       u
iniziato
L’approccio al
problema
                      • Un sistema di licenze pi` pulito e coerente per tutto il
                                                u
Come
                        codice: BSD
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                                               Why PostgreSQL?
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto

                      • PostgreSQL ` una community innanzi a tutto!
                                   e
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
                      • La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente
Statistica
medica e ricerca
                        adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella
epidemiologica

                        pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo
Il lavoro che
abbiamo
                        scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti.
                                                                       u
iniziato
L’approccio al
problema
                      • Un sistema di licenze pi` pulito e coerente per tutto il
                                                u
Come
                        codice: BSD
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

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con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                                               Why PostgreSQL?
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ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli

Com’ e‘
iniziato tutto

                      • PostgreSQL ` una community innanzi a tutto!
                                   e
Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
                      • La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente
Statistica
medica e ricerca
                        adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella
epidemiologica

                        pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo
Il lavoro che
abbiamo
                        scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti.
                                                                       u
iniziato
L’approccio al
problema
                      • Un sistema di licenze pi` pulito e coerente per tutto il
                                                u
Come
                        codice: BSD
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

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con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                                  Cosa usiamo per inserire i dati
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
                      • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
                           base dati
Com’ e‘
                      • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una
iniziato tutto
                           buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle
Le basi di dati
e la ricerca
                           nostre necessit`
                                          a
biomedica
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica

Il lavoro che
abbiamo
iniziato
L’approccio al
problema

Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
                      3
progetti                  http://www.dadabik.org
                      4
                          Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle
                             e
Cosa ci
Progetto
                                                  Cosa usiamo per inserire i dati
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
                      • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
                           base dati
Com’ e‘
                      • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una
iniziato tutto
                           buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle
Le basi di dati
e la ricerca
                           nostre necessit`
                                          a
biomedica
Statistica
                      • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit`
                                                                               a
medica e ricerca
epidemiologica
                           di mettere a disposizione un sistema semplice
Il lavoro che
abbiamo
                           d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb
iniziato
L’approccio al
problema

Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
                      3
progetti                  http://www.dadabik.org
                      4
                          Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle
                             e
Cosa ci
Progetto
                                                  Cosa usiamo per inserire i dati
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
                      • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
                           base dati
Com’ e‘
                      • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una
iniziato tutto
                           buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle
Le basi di dati
e la ricerca
                           nostre necessit`
                                          a
biomedica
Statistica
                      • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit`
                                                                               a
medica e ricerca
epidemiologica
                           di mettere a disposizione un sistema semplice
Il lavoro che
abbiamo
                           d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb
iniziato
L’approccio al
                      • Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo
                                                                a
problema

Come
                           iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo
                                                                        a
PostgreSQL
                           del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per
                                                                        a
cambi` la
       o
direzione
                           MySQL e MS-SQL4
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
                      3
progetti                  http://www.dadabik.org
                      4
                          Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle
                             e
Cosa ci
Progetto
                                                  Cosa usiamo per inserire i dati
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
                      • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
                           base dati
Com’ e‘
                      • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una
iniziato tutto
                           buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle
Le basi di dati
e la ricerca
                           nostre necessit`
                                          a
biomedica
Statistica
                      • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit`
                                                                               a
medica e ricerca
epidemiologica
                           di mettere a disposizione un sistema semplice
Il lavoro che
abbiamo
                           d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb
iniziato
L’approccio al
                      • Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo
                                                                a
problema

Come
                           iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo
                                                                        a
PostgreSQL
                           del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per
                                                                        a
cambi` la
       o
direzione
                           MySQL e MS-SQL4
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
                      • E cos` abbiamo iniziato a mettere dentro dati dall’ottobre
                             ı
dati oggi e
domani

                           2008
Integrazione
con altri
                      3
progetti                  http://www.dadabik.org
                      4
                          Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle
                             e
Cosa ci
Progetto
                                                  Cosa usiamo per inserire i dati
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
                      • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
                           base dati
Com’ e‘
                      • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una
iniziato tutto
                           buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle
Le basi di dati
e la ricerca
                           nostre necessit`
                                          a
biomedica
Statistica
                      • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit`
                                                                               a
medica e ricerca
epidemiologica
                           di mettere a disposizione un sistema semplice
Il lavoro che
abbiamo
                           d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb
iniziato
L’approccio al
                      • Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo
                                                                a
problema

Come
                           iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo
                                                                        a
PostgreSQL
                           del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per
                                                                        a
cambi` la
       o
direzione
                           MySQL e MS-SQL4
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
                      • E cos` abbiamo iniziato a mettere dentro dati dall’ottobre
                             ı
dati oggi e
domani

                           2008
Integrazione
con altri
                      3
progetti                  http://www.dadabik.org
                      4
                          Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle
                             e
Cosa ci
Progetto
                                                  Cosa usiamo per inserire i dati
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
                      • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
                           base dati
Com’ e‘
                      • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una
iniziato tutto
                           buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle
Le basi di dati
e la ricerca
                           nostre necessit`
                                          a
biomedica
Statistica
                      • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit`
                                                                               a
medica e ricerca
epidemiologica
                           di mettere a disposizione un sistema semplice
Il lavoro che
abbiamo
                           d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb
iniziato
L’approccio al
                      • Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo
                                                                a
problema

Come
                           iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo
                                                                        a
PostgreSQL
                           del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per
                                                                        a
cambi` la
       o
direzione
                           MySQL e MS-SQL4
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
                      • E cos` abbiamo iniziato a mettere dentro dati dall’ottobre
                             ı
dati oggi e
domani

                           2008
Integrazione
con altri
                      3
progetti                  http://www.dadabik.org
                      4
                          Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle
                             e
Cosa ci
Progetto
                                        Dal progetto R alle tecnologie GIS
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
                      • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un
                                            e
                        elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare
                                       u                       ı
Com’ e‘
iniziato tutto
                        di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la
Le basi di dati
                        loro rielaborazione
e la ricerca
biomedica
                      • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per
                                                      a
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                        l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come
Il lavoro che
                        motore alternativo il linguaggio R
abbiamo
iniziato
L’approccio al
problema

Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                        Dal progetto R alle tecnologie GIS
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
                      • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un
                                            e
                        elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare
                                       u                       ı
Com’ e‘
iniziato tutto
                        di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la
Le basi di dati
                        loro rielaborazione
e la ricerca
biomedica
                      • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per
                                                      a
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                        l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come
Il lavoro che
                        motore alternativo il linguaggio R
abbiamo
iniziato
                      • Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R,
L’approccio al
problema

                        che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R
Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                        Dal progetto R alle tecnologie GIS
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
                      • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un
                                            e
                        elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare
                                       u                       ı
Com’ e‘
iniziato tutto
                        di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la
Le basi di dati
                        loro rielaborazione
e la ricerca
biomedica
                      • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per
                                                      a
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                        l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come
Il lavoro che
                        motore alternativo il linguaggio R
abbiamo
iniziato
                      • Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R,
L’approccio al
problema

                        che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R
Come
PostgreSQL
                      • La nostra wishlist includerebbe la volont` d’integrare una
                                                                 a
cambi` la
       o
direzione
                        mappatura del territorio per l’analisi epidemiologica su
il tornare all’idea
di community

                        larga scala dei dati raccolti, qui per` abbiamo difficolt` a
                                                              o                 a
Inserimento dei
dati oggi e
domani
                        sopperire alla nostra lack of experience.
Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                        Dal progetto R alle tecnologie GIS
sCORdb - La
ricerca clinica
 a ciclo corto

 Emanuele
Zamprogno -
Giulio Rizzoli
                      • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un
                                            e
                        elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare
                                       u                       ı
Com’ e‘
iniziato tutto
                        di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la
Le basi di dati
                        loro rielaborazione
e la ricerca
biomedica
                      • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per
                                                      a
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                        l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come
Il lavoro che
                        motore alternativo il linguaggio R
abbiamo
iniziato
                      • Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R,
L’approccio al
problema

                        che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R
Come
PostgreSQL
                      • La nostra wishlist includerebbe la volont` d’integrare una
                                                                 a
cambi` la
       o
direzione
                        mappatura del territorio per l’analisi epidemiologica su
il tornare all’idea
di community

                        larga scala dei dati raccolti, qui per` abbiamo difficolt` a
                                                              o                 a
Inserimento dei
dati oggi e
domani
                        sopperire alla nostra lack of experience.
Integrazione
con altri
progetti

Cosa ci
Progetto
                                        Dal progetto R alle tecnologie GIS
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                      • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un
                                            e
                        elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare
                                       u                       ı
Com’ e‘
iniziato tutto
                        di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la
Le basi di dati
                        loro rielaborazione
e la ricerca
biomedica
                      • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per
                                                      a
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                        l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come
Il lavoro che
                        motore alternativo il linguaggio R
abbiamo
iniziato
                      • Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R,
L’approccio al
problema

                        che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R
Come
PostgreSQL
                      • La nostra wishlist includerebbe la volont` d’integrare una
                                                                 a
cambi` la
       o
direzione
                        mappatura del territorio per l’analisi epidemiologica su
il tornare all’idea
di community

                        larga scala dei dati raccolti, qui per` abbiamo difficolt` a
                                                              o                 a
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                        sopperire alla nostra lack of experience.
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Cosa ci
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                                                         Dove stiamo andando
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Com’ e‘
iniziato tutto

                      • Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si
                                                    ae
Le basi di dati
e la ricerca
                        vogliano inserire nel progetto
biomedica
Statistica
                      • Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che
medica e ricerca
                                                             e
epidemiologica

                        l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile,
                                                           e           e
Il lavoro che
abbiamo
                        ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc
iniziato
L’approccio al
                        per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python
problema

Come
PostgreSQL
cambi` la
       o
direzione
il tornare all’idea
di community
Inserimento dei
dati oggi e
domani

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Cosa ci
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                                                    ae
Le basi di dati
e la ricerca
                        vogliano inserire nel progetto
biomedica
Statistica
                      • Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che
medica e ricerca
                                                             e
epidemiologica

                        l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile,
                                                           e           e
Il lavoro che
abbiamo
                        ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc
iniziato
L’approccio al
                        per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python
problema

Come
                      • Tuning delle performance del nostro Elefantino :)
PostgreSQL
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                                                    ae
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e la ricerca
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Statistica
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epidemiologica

                        l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile,
                                                           e           e
Il lavoro che
abbiamo
                        ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc
iniziato
L’approccio al
                        per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python
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Come
                      • Tuning delle performance del nostro Elefantino :)
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Statistica
                      • Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che
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epidemiologica

                        l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile,
                                                           e           e
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iniziato
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Come
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Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
Statistica
medica e ricerca
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                      Ringraziamo tutti i presenti per l’attenzione!
Il lavoro che
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Com’ e‘
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Le basi di dati
e la ricerca
biomedica
                        La seguente presentazione ` rilasciata sotto la Creative
                                                  e
Statistica
medica e ricerca
epidemiologica
                      Commons Attribuzione-Non commerciale-Condividi allo stesso
Il lavoro che
                                      modo 2.5 Italia License 5
abbiamo
iniziato
L’approccio al
problema

Come
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                           Emanuele Zamprogno - Copyright
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  • 1. Progetto sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati e la ricerca biomedica Statistica medica e ricerca epidemiologica Progetto sCORdb - La ricerca clinica a ciclo Il lavoro che abbiamo corto iniziato L’approccio al Quando fra CED e T.I. ci sono solo 50 metri - PGday 2008 problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri February 3, 2009 progetti Cosa ci
  • 2. Progetto Tabella dei Contenuti sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - 1 Com’ e‘ iniziato tutto Giulio Rizzoli Com’ e‘ 2 Le basi di dati e la ricerca biomedica iniziato tutto Statistica medica e ricerca epidemiologica Le basi di dati e la ricerca biomedica 3 Il lavoro che abbiamo iniziato Statistica medica e ricerca epidemiologica L’approccio al problema Il lavoro che abbiamo iniziato 4 Come PostgreSQL cambi` la direzione o L’approccio al problema il tornare all’idea di community Come Inserimento dei dati oggi e domani PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea 5 Integrazione con altri progetti di community Inserimento dei dati oggi e domani 6 Cosa ci aspetta Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 3. Progetto Era una mattina buia e tempestosa... sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Il progetto sCORdb nasce quasi casualmente durante un Le basi di dati e la ricerca periodo di tirocinio nel gennaio 2008 dalla collaborazione biomedica Statistica fra un docente della Cardiochirurgia di Padova ed uno medica e ricerca epidemiologica studente. Il lavoro che abbiamo • sCORdb sta per Statistics on Cardiosurgery Operations iniziato L’approccio al [and] Research by DataBases problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 4. Progetto Era una mattina buia e tempestosa... sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Il progetto sCORdb nasce quasi casualmente durante un Le basi di dati e la ricerca periodo di tirocinio nel gennaio 2008 dalla collaborazione biomedica Statistica fra un docente della Cardiochirurgia di Padova ed uno medica e ricerca epidemiologica studente. Il lavoro che abbiamo • sCORdb sta per Statistics on Cardiosurgery Operations iniziato L’approccio al [and] Research by DataBases problema Come • Si decide quindi di partire da quanto gia‘ in opera PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 5. Progetto Era una mattina buia e tempestosa... sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Il progetto sCORdb nasce quasi casualmente durante un Le basi di dati e la ricerca periodo di tirocinio nel gennaio 2008 dalla collaborazione biomedica Statistica fra un docente della Cardiochirurgia di Padova ed uno medica e ricerca epidemiologica studente. Il lavoro che abbiamo • sCORdb sta per Statistics on Cardiosurgery Operations iniziato L’approccio al [and] Research by DataBases problema Come • Si decide quindi di partire da quanto gia‘ in opera PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 6. Progetto Statistica Medica sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’ entrato nella prassi dello statistico medico, come anche Com’ e‘ iniziato tutto l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di Le basi di dati tecnologie collegate con il calcolo automatico per la e la ricerca biomedica successiva analisi di dati che vengono raccolti Statistica medica e ricerca epidemiologica • Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse Il lavoro che spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di abbiamo iniziato natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera L’approccio al problema di riferimento Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 7. Progetto Statistica Medica sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’ entrato nella prassi dello statistico medico, come anche Com’ e‘ iniziato tutto l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di Le basi di dati tecnologie collegate con il calcolo automatico per la e la ricerca biomedica successiva analisi di dati che vengono raccolti Statistica medica e ricerca epidemiologica • Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse Il lavoro che spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di abbiamo iniziato natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera L’approccio al problema di riferimento Come PostgreSQL • La ricerca medica vive anche della base statistica, su cui cambi` la o direzione spesso si va a strutturare una pratica clinica migliore e le il tornare all’idea di community basi di dati sono la scelta piu’ naturale per il Inserimento dei dati oggi e domani raggrupamento, la catalogazione e l’estrapolazione dei dati Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 8. Progetto Statistica Medica sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’ entrato nella prassi dello statistico medico, come anche Com’ e‘ iniziato tutto l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di Le basi di dati tecnologie collegate con il calcolo automatico per la e la ricerca biomedica successiva analisi di dati che vengono raccolti Statistica medica e ricerca epidemiologica • Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse Il lavoro che spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di abbiamo iniziato natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera L’approccio al problema di riferimento Come PostgreSQL • La ricerca medica vive anche della base statistica, su cui cambi` la o direzione spesso si va a strutturare una pratica clinica migliore e le il tornare all’idea di community basi di dati sono la scelta piu’ naturale per il Inserimento dei dati oggi e domani raggrupamento, la catalogazione e l’estrapolazione dei dati Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 9. Progetto Statistica Medica sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • l’uso di della base di dati come strumento di ricerca e’ entrato nella prassi dello statistico medico, come anche Com’ e‘ iniziato tutto l’utilizzo di strumenti che gli derivano dall’evoluzione di Le basi di dati tecnologie collegate con il calcolo automatico per la e la ricerca biomedica successiva analisi di dati che vengono raccolti Statistica medica e ricerca epidemiologica • Le finalita’ della raccolta’ possono essere assai diverse Il lavoro che spazziando dalla ricerca pura fino a ricerche puntuali di abbiamo iniziato natura amministrativa collegate con l’azienda ospedaliera L’approccio al problema di riferimento Come PostgreSQL • La ricerca medica vive anche della base statistica, su cui cambi` la o direzione spesso si va a strutturare una pratica clinica migliore e le il tornare all’idea di community basi di dati sono la scelta piu’ naturale per il Inserimento dei dati oggi e domani raggrupamento, la catalogazione e l’estrapolazione dei dati Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 10. Progetto Born of Necessity sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - The Dynamic Synergism Between Advancement of Giulio Rizzoli Analytic Methods and Generation of New Knowledge Com’ e‘ iniziato tutto Eugene H. Blackstone Le basi di dati e la ricerca biomedica • Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi e ı Statistica medica e ricerca nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?” epidemiologica Il lavoro che • Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad abbiamo iniziato esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi L’approccio al problema matematici e statistici e modi di espressione e di Come presentazione dei risultati che sono complessi PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 11. Progetto Born of Necessity sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - The Dynamic Synergism Between Advancement of Giulio Rizzoli Analytic Methods and Generation of New Knowledge Com’ e‘ iniziato tutto Eugene H. Blackstone Le basi di dati e la ricerca biomedica • Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi e ı Statistica medica e ricerca nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?” epidemiologica Il lavoro che • Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad abbiamo iniziato esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi L’approccio al problema matematici e statistici e modi di espressione e di Come presentazione dei risultati che sono complessi PostgreSQL cambi` la o direzione • Negli utimi 3 secoli ciascun aumento in complessit` ` ae il tornare all’idea di community stato la necessaria risposta al bisogno di interpretare la Inserimento dei dati oggi e complessit` della realt` clinica a a domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 12. Progetto Born of Necessity sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - The Dynamic Synergism Between Advancement of Giulio Rizzoli Analytic Methods and Generation of New Knowledge Com’ e‘ iniziato tutto Eugene H. Blackstone Le basi di dati e la ricerca biomedica • Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi e ı Statistica medica e ricerca nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?” epidemiologica Il lavoro che • Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad abbiamo iniziato esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi L’approccio al problema matematici e statistici e modi di espressione e di Come presentazione dei risultati che sono complessi PostgreSQL cambi` la o direzione • Negli utimi 3 secoli ciascun aumento in complessit` ` ae il tornare all’idea di community stato la necessaria risposta al bisogno di interpretare la Inserimento dei dati oggi e complessit` della realt` clinica a a domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 13. Progetto Born of Necessity sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - The Dynamic Synergism Between Advancement of Giulio Rizzoli Analytic Methods and Generation of New Knowledge Com’ e‘ iniziato tutto Eugene H. Blackstone Le basi di dati e la ricerca biomedica • Alla domanda ”Perch` usi metodi cos` complessi e ı Statistica medica e ricerca nell’analizzare i risultati della esperienza clinica?” epidemiologica Il lavoro che • Studi seri dei risultati degli interventi clinici, come ad abbiamo iniziato esempio della cardiochirurgia, impiegano metodi L’approccio al problema matematici e statistici e modi di espressione e di Come presentazione dei risultati che sono complessi PostgreSQL cambi` la o direzione • Negli utimi 3 secoli ciascun aumento in complessit` ` ae il tornare all’idea di community stato la necessaria risposta al bisogno di interpretare la Inserimento dei dati oggi e complessit` della realt` clinica a a domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 14. Progetto Stato dell’arte sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • la prima base di dati messa a disposizione era stata Le basi di dati prodotta per l’inserimento dati provenienti da pazienti con e la ricerca biomedica patologie valvolari che ed includeva un totale di circa 7200 Statistica medica e ricerca record riguardanti i pazienti con circa 8 colonne per epidemiologica l’anagrafica, mentre i dati dei singoli interventi arrivavano Il lavoro che abbiamo a circa 8400 record per 50 colonne iniziato L’approccio al problema • La piattaforma selezionata per la gestione dei dati era il Come DBMS MS Access installato localmente nell’elaboratore PostgreSQL cambi` la o destinato all’uso personale del Dott. Rizzoli. direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 15. Progetto Stato dell’arte sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • la prima base di dati messa a disposizione era stata Le basi di dati prodotta per l’inserimento dati provenienti da pazienti con e la ricerca biomedica patologie valvolari che ed includeva un totale di circa 7200 Statistica medica e ricerca record riguardanti i pazienti con circa 8 colonne per epidemiologica l’anagrafica, mentre i dati dei singoli interventi arrivavano Il lavoro che abbiamo a circa 8400 record per 50 colonne iniziato L’approccio al problema • La piattaforma selezionata per la gestione dei dati era il Come DBMS MS Access installato localmente nell’elaboratore PostgreSQL cambi` la o destinato all’uso personale del Dott. Rizzoli. direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 16. Progetto Stato dell’arte sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • la prima base di dati messa a disposizione era stata Le basi di dati prodotta per l’inserimento dati provenienti da pazienti con e la ricerca biomedica patologie valvolari che ed includeva un totale di circa 7200 Statistica medica e ricerca record riguardanti i pazienti con circa 8 colonne per epidemiologica l’anagrafica, mentre i dati dei singoli interventi arrivavano Il lavoro che abbiamo a circa 8400 record per 50 colonne iniziato L’approccio al problema • La piattaforma selezionata per la gestione dei dati era il Come DBMS MS Access installato localmente nell’elaboratore PostgreSQL cambi` la o destinato all’uso personale del Dott. Rizzoli. direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 17. Progetto Le soluzioni che iniziamo a prendere sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ • avendo la libert` di scegliere le tecnologie da utilizzare a iniziato tutto Le basi di dati abbiamo deciso di implementare una struttura di tipo e la ricerca client/server classica ma utilizzando esclusivamente biomedica Statistica soluzioni FOSS medica e ricerca epidemiologica Il lavoro che • Si ` teso subito a soluzioni di tipo web application per e abbiamo iniziato evitare problemi legati all’uso di un dato OS L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 18. Progetto Le soluzioni che iniziamo a prendere sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ • avendo la libert` di scegliere le tecnologie da utilizzare a iniziato tutto Le basi di dati abbiamo deciso di implementare una struttura di tipo e la ricerca client/server classica ma utilizzando esclusivamente biomedica Statistica soluzioni FOSS medica e ricerca epidemiologica Il lavoro che • Si ` teso subito a soluzioni di tipo web application per e abbiamo iniziato evitare problemi legati all’uso di un dato OS L’approccio al problema • era nostra seguire un approccio linguaggio di Come programmazione web abbinato ad una base dati su PostgreSQL cambi` la o macchine Debian GNU/Linux direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 19. Progetto Le soluzioni che iniziamo a prendere sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ • avendo la libert` di scegliere le tecnologie da utilizzare a iniziato tutto Le basi di dati abbiamo deciso di implementare una struttura di tipo e la ricerca client/server classica ma utilizzando esclusivamente biomedica Statistica soluzioni FOSS medica e ricerca epidemiologica Il lavoro che • Si ` teso subito a soluzioni di tipo web application per e abbiamo iniziato evitare problemi legati all’uso di un dato OS L’approccio al problema • era nostra seguire un approccio linguaggio di Come programmazione web abbinato ad una base dati su PostgreSQL cambi` la o macchine Debian GNU/Linux direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 20. Progetto Quindi.. sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati • Data l’iniziale inesperienza parziale ci si focalizz` sull’uso o e la ricerca biomedica di MySQL1 per il backend di mantenimento del dato con Statistica medica e ricerca epidemiologica l’utilizzo del linguaggio PHP per lo sviluppo Il lavoro che dell’applicazione. abbiamo iniziato • Migrammo il DB da Access, Intanto il tempo passava.. L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti 1 Don’t throw tomatoes, please ;) Cosa ci
  • 21. Progetto Quindi.. sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati • Data l’iniziale inesperienza parziale ci si focalizz` sull’uso o e la ricerca biomedica di MySQL1 per il backend di mantenimento del dato con Statistica medica e ricerca epidemiologica l’utilizzo del linguaggio PHP per lo sviluppo Il lavoro che dell’applicazione. abbiamo iniziato • Migrammo il DB da Access, Intanto il tempo passava.. L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti 1 Don’t throw tomatoes, please ;) Cosa ci
  • 22. Progetto Quindi.. sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati • Data l’iniziale inesperienza parziale ci si focalizz` sull’uso o e la ricerca biomedica di MySQL1 per il backend di mantenimento del dato con Statistica medica e ricerca epidemiologica l’utilizzo del linguaggio PHP per lo sviluppo Il lavoro che dell’applicazione. abbiamo iniziato • Migrammo il DB da Access, Intanto il tempo passava.. L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti 1 Don’t throw tomatoes, please ;) Cosa ci
  • 23. Progetto E avvenne la grande magia di Eduardo sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati e la ricerca • In seguito ad uno studio dei possibili RDBMS mi sono biomedica Statistica imbattuto, anche su indicazione di Andrea Brugiolo, in medica e ricerca epidemiologica PostgreSQL Il lavoro che abbiamo • si era nel marzo 2008 e MySQL stava andando al Sole 2 iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti 2 http://developers.slashdot.org/article.pl?sid=08/04/16/2337224 Cosa ci
  • 24. Progetto Why PostgreSQL? sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • PostgreSQL ` una community innanzi a tutto! e Le basi di dati e la ricerca biomedica • La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente Statistica medica e ricerca adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella epidemiologica pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo Il lavoro che abbiamo scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti. u iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 25. Progetto Why PostgreSQL? sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • PostgreSQL ` una community innanzi a tutto! e Le basi di dati e la ricerca biomedica • La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente Statistica medica e ricerca adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella epidemiologica pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo Il lavoro che abbiamo scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti. u iniziato L’approccio al problema • Un sistema di licenze pi` pulito e coerente per tutto il u Come codice: BSD PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 26. Progetto Why PostgreSQL? sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • PostgreSQL ` una community innanzi a tutto! e Le basi di dati e la ricerca biomedica • La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente Statistica medica e ricerca adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella epidemiologica pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo Il lavoro che abbiamo scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti. u iniziato L’approccio al problema • Un sistema di licenze pi` pulito e coerente per tutto il u Come codice: BSD PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 27. Progetto Why PostgreSQL? sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • PostgreSQL ` una community innanzi a tutto! e Le basi di dati e la ricerca biomedica • La sua aderenza a standard ISO lo rendeva estremamente Statistica medica e ricerca adatto all’utilizzo nell’ambito della ricerca sanitaria e nella epidemiologica pubblica amministrazione, inoltre le sue prestazione allo Il lavoro che abbiamo scalare della base dati erano decisamente pi` alletanti. u iniziato L’approccio al problema • Un sistema di licenze pi` pulito e coerente per tutto il u Come codice: BSD PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 28. Progetto Cosa usiamo per inserire i dati sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la Zamprogno - Giulio Rizzoli base dati Com’ e‘ • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una iniziato tutto buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle Le basi di dati e la ricerca nostre necessit` a biomedica Statistica medica e ricerca epidemiologica Il lavoro che abbiamo iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri 3 progetti http://www.dadabik.org 4 Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle e Cosa ci
  • 29. Progetto Cosa usiamo per inserire i dati sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la Zamprogno - Giulio Rizzoli base dati Com’ e‘ • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una iniziato tutto buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle Le basi di dati e la ricerca nostre necessit` a biomedica Statistica • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit` a medica e ricerca epidemiologica di mettere a disposizione un sistema semplice Il lavoro che abbiamo d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri 3 progetti http://www.dadabik.org 4 Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle e Cosa ci
  • 30. Progetto Cosa usiamo per inserire i dati sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la Zamprogno - Giulio Rizzoli base dati Com’ e‘ • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una iniziato tutto buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle Le basi di dati e la ricerca nostre necessit` a biomedica Statistica • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit` a medica e ricerca epidemiologica di mettere a disposizione un sistema semplice Il lavoro che abbiamo d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb iniziato L’approccio al • Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo a problema Come iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo a PostgreSQL del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per a cambi` la o direzione MySQL e MS-SQL4 il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri 3 progetti http://www.dadabik.org 4 Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle e Cosa ci
  • 31. Progetto Cosa usiamo per inserire i dati sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la Zamprogno - Giulio Rizzoli base dati Com’ e‘ • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una iniziato tutto buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle Le basi di dati e la ricerca nostre necessit` a biomedica Statistica • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit` a medica e ricerca epidemiologica di mettere a disposizione un sistema semplice Il lavoro che abbiamo d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb iniziato L’approccio al • Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo a problema Come iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo a PostgreSQL del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per a cambi` la o direzione MySQL e MS-SQL4 il tornare all’idea di community Inserimento dei • E cos` abbiamo iniziato a mettere dentro dati dall’ottobre ı dati oggi e domani 2008 Integrazione con altri 3 progetti http://www.dadabik.org 4 Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle e Cosa ci
  • 32. Progetto Cosa usiamo per inserire i dati sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la Zamprogno - Giulio Rizzoli base dati Com’ e‘ • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una iniziato tutto buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle Le basi di dati e la ricerca nostre necessit` a biomedica Statistica • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit` a medica e ricerca epidemiologica di mettere a disposizione un sistema semplice Il lavoro che abbiamo d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb iniziato L’approccio al • Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo a problema Come iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo a PostgreSQL del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per a cambi` la o direzione MySQL e MS-SQL4 il tornare all’idea di community Inserimento dei • E cos` abbiamo iniziato a mettere dentro dati dall’ottobre ı dati oggi e domani 2008 Integrazione con altri 3 progetti http://www.dadabik.org 4 Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle e Cosa ci
  • 33. Progetto Cosa usiamo per inserire i dati sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele • Siamo rimasti sul linguaggio PHP per l’interazione con la Zamprogno - Giulio Rizzoli base dati Com’ e‘ • Avendo l’opinione che reinventare la ruota non era una iniziato tutto buona idea abbiamo cercato progetti che si adattasero alle Le basi di dati e la ricerca nostre necessit` a biomedica Statistica • Trovammo il progetto DaDaBik3 , che si poneva la finalit` a medica e ricerca epidemiologica di mettere a disposizione un sistema semplice Il lavoro che abbiamo d’inserimento dati su DB usando le libreria ADOdb iniziato L’approccio al • Adattandosi DaDaBik alle nostre necessit` abbiamo a problema Come iniziato a modificarne il codice con la finalit` di renderlo a PostgreSQL del tutto integrato con PostgreSQL come gi` avveniva per a cambi` la o direzione MySQL e MS-SQL4 il tornare all’idea di community Inserimento dei • E cos` abbiamo iniziato a mettere dentro dati dall’ottobre ı dati oggi e domani 2008 Integrazione con altri 3 progetti http://www.dadabik.org 4 Vi ` anche un abbozzato supporto a Oracle e Cosa ci
  • 34. Progetto Dal progetto R alle tecnologie GIS sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un e elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare u ı Com’ e‘ iniziato tutto di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la Le basi di dati loro rielaborazione e la ricerca biomedica • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per a Statistica medica e ricerca epidemiologica l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come Il lavoro che motore alternativo il linguaggio R abbiamo iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 35. Progetto Dal progetto R alle tecnologie GIS sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un e elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare u ı Com’ e‘ iniziato tutto di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la Le basi di dati loro rielaborazione e la ricerca biomedica • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per a Statistica medica e ricerca epidemiologica l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come Il lavoro che motore alternativo il linguaggio R abbiamo iniziato • Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R, L’approccio al problema che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 36. Progetto Dal progetto R alle tecnologie GIS sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un e elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare u ı Com’ e‘ iniziato tutto di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la Le basi di dati loro rielaborazione e la ricerca biomedica • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per a Statistica medica e ricerca epidemiologica l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come Il lavoro che motore alternativo il linguaggio R abbiamo iniziato • Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R, L’approccio al problema che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R Come PostgreSQL • La nostra wishlist includerebbe la volont` d’integrare una a cambi` la o direzione mappatura del territorio per l’analisi epidemiologica su il tornare all’idea di community larga scala dei dati raccolti, qui per` abbiamo difficolt` a o a Inserimento dei dati oggi e domani sopperire alla nostra lack of experience. Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 37. Progetto Dal progetto R alle tecnologie GIS sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un e elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare u ı Com’ e‘ iniziato tutto di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la Le basi di dati loro rielaborazione e la ricerca biomedica • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per a Statistica medica e ricerca epidemiologica l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come Il lavoro che motore alternativo il linguaggio R abbiamo iniziato • Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R, L’approccio al problema che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R Come PostgreSQL • La nostra wishlist includerebbe la volont` d’integrare una a cambi` la o direzione mappatura del territorio per l’analisi epidemiologica su il tornare all’idea di community larga scala dei dati raccolti, qui per` abbiamo difficolt` a o a Inserimento dei dati oggi e domani sopperire alla nostra lack of experience. Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 38. Progetto Dal progetto R alle tecnologie GIS sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli • Dall’agosto 2008 ci ` stato possibile reperire un e elaboratore pi` affidabile, abbiamo cos` iniziato a pensare u ı Com’ e‘ iniziato tutto di effettuare non solo lo stoccaggio dei dati ma anche la Le basi di dati loro rielaborazione e la ricerca biomedica • Il Dott. Rizzoli utilizzava gi` Il motore STATA per a Statistica medica e ricerca epidemiologica l’elaborazione dei dati estrapolati, si propose quindi come Il lavoro che motore alternativo il linguaggio R abbiamo iniziato • Integrammo quindi sul nostro Server anche un motore R, L’approccio al problema che tramite ODBC reperisse i dati richiesti dagli script in R Come PostgreSQL • La nostra wishlist includerebbe la volont` d’integrare una a cambi` la o direzione mappatura del territorio per l’analisi epidemiologica su il tornare all’idea di community larga scala dei dati raccolti, qui per` abbiamo difficolt` a o a Inserimento dei dati oggi e domani sopperire alla nostra lack of experience. Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 39. Progetto Dove stiamo andando sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si ae Le basi di dati e la ricerca vogliano inserire nel progetto biomedica Statistica • Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che medica e ricerca e epidemiologica l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile, e e Il lavoro che abbiamo ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc iniziato L’approccio al per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 40. Progetto Dove stiamo andando sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si ae Le basi di dati e la ricerca vogliano inserire nel progetto biomedica Statistica • Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che medica e ricerca e epidemiologica l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile, e e Il lavoro che abbiamo ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc iniziato L’approccio al per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python problema Come • Tuning delle performance del nostro Elefantino :) PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 41. Progetto Dove stiamo andando sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si ae Le basi di dati e la ricerca vogliano inserire nel progetto biomedica Statistica • Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che medica e ricerca e epidemiologica l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile, e e Il lavoro che abbiamo ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc iniziato L’approccio al per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python problema Come • Tuning delle performance del nostro Elefantino :) PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 42. Progetto Dove stiamo andando sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto • Attualmente la nostra volont` ` reperire persone che si ae Le basi di dati e la ricerca vogliano inserire nel progetto biomedica Statistica • Abbiamo bisogno di sviluppatori poich` sappiamo che medica e ricerca e epidemiologica l’attuale interfaccia al database ` buona ma ` migliorabile, e e Il lavoro che abbiamo ci sarebbe inoltre l’idea di sviluppare una soluzione ad hoc iniziato L’approccio al per i dati clinici sempre Web Based ma basata su Python problema Come • Tuning delle performance del nostro Elefantino :) PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 43. Progetto Ringraziamenti sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati e la ricerca biomedica Statistica medica e ricerca epidemiologica Ringraziamo tutti i presenti per l’attenzione! Il lavoro che abbiamo iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti Cosa ci
  • 44. Progetto Licenza d’uso sCORdb - La ricerca clinica a ciclo corto Emanuele Zamprogno - Giulio Rizzoli Com’ e‘ iniziato tutto Le basi di dati e la ricerca biomedica La seguente presentazione ` rilasciata sotto la Creative e Statistica medica e ricerca epidemiologica Commons Attribuzione-Non commerciale-Condividi allo stesso Il lavoro che modo 2.5 Italia License 5 abbiamo iniziato L’approccio al problema Come PostgreSQL cambi` la o direzione il tornare all’idea di community Inserimento dei dati oggi e domani Integrazione con altri progetti 5 Emanuele Zamprogno - Copyright Cosa ci