Optimiser sa recherche d’information         dans le domaine biomédical             Patricia Volland-Nail - Inra       URF...
Ce que nous allons voir …   Rechercher l’information : une stratégie simple à mettre en    place : identifier ses besoins...
Une stratégie à mettre en place               Des besoins à définir
La stratégie, c’est quoi ?   Avoir de la méthode :     Connaître ou mieux déceler ses besoins     Connaître et identifi...
Le besoin d’informationComment l’exprimer ?   Définir son besoin :       Explorer les sources d’information générales et...
En matière de besoin d’information dans ledomaine biomédical : différentes situationsPour le chercheur : Au démarrage d’u...
Mettre en place un système de « veille »            et de suivi de l’information
Mettre en place un système de veille   Indispensable pour tout scientifique ou toutes personnes    voulant suivre actuell...
Comment ?   Mise en place d’alertes sur les sommaires des périodiques    d’intérêt après les avoir sélectionnés   Elabor...
Les « fils » RSS ou « flux » RSS    Utilisés par les producteurs et utilisateurs d’information :      Producteur : diffu...
Exemple de Netvibes
Qu’est-ce-que Netvibes ?   Un agrégateur en ligne avec une double fonction : lecture de flux    et gestion de signets    ...
Exemple : BiblioCNRS via Netvibes
Pourquoi Netvibes ?   Outil servant à la fois à la « veille » par la lecture de    « flux » RSS et gestionnaire « signets...
Netvibes : Comment ça marche ?            Va permettre la gestion globale de         ses accès et de son suivi de l’inform...
Séance TP/TD      Netvibes
TD 1 (15 min)   Si vous n’en avez pas, mettre en place une page    Netvibes qui servira à positionner vos alertes et vos ...
Les sources d’information du            domaine biomédicalPrésentation des différentes ressources
Différents types de sourcesd’information   Le Web en général et les sites biomédicaux en particulier   Les périodiques s...
Le Web en général
Le Web en général   Prudence quant à l’utilisation du Web en général … et à    Google ou Wikipedia en particulier …   Wi...
Des sites Web thématiques                       spécialisésSites d’exploration et/ou de suivi spécifique
Des moteurs de recherche              spécialisés
Système « Entrez » du NCBI   « Entrez » : moteur de recherche spécialisé « Sciences de la    Vie » pour interroger les ba...
OmniMedical Search       http://www.omnimedicalsearch.com/index.html         Un moteur de recherche spécialisé pour       ...
http://www.hon.ch/index_f.htmlHON : Health On the Net
Panorama de quelques sites          Web spécialisés
Nombreux liens vers desPortail Inserm          sites et services gratuits sélectionnés                        par l’Inserm...
Amedeo                    http://www.amedeo.com/News et alertes sur certaines thématiques
Information « vulgarisée » mais permettant d’avoirune 1ère approche sur un sujethttp://www.nlm.nih.gov/medlineplus/
Medpedia : un Wikipedia « médical »             http://www.medpedia.com/
http://www.cochrane.org/The Cochrane Collaboration
http://www.cochrane.org/The Cochrane Collaboration
Répertoires de bases de donnéesbiomédicales    http://databases.biomedcentral.com/browsecatalog
Sites francophones   CiSMeF : Catalogue et Index des Sites Médicaux de langue    Française     http://www.chu-rouen.fr/ci...
Produit par le CHU de Rouen : catalogue etIndex des Sites médicaux francophoneshttp://www.chu-rouen.fr/cismef/
Produit par le CHU de Rouen : catalogue etIndex des Sites médicaux francophoneshttp://www.chu-rouen.fr/cismef/
BDSP                   http://www.bdsp.ehesp.fr/Banque de Données en Santé Publique
BDSP                   http://www.bdsp.ehesp.fr/Banque de Données en Santé Publique
Sites « Sciences de la Vie »   Sites non spécifiques du domaine biomédical mais    importants et incontournables pour sui...
http://www.embo.org/EMBO
EMBLBase de données de séquence nucléotidiques            http://www.ebi.ac.uk/embl/
EBI – European Bioinformatics Institute             http://www.ebi.ac.uk/
EBI – European Bioinformatics InstitutePour la recherchede séquences enparticulier
Toutes les bases du NCBI          http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/
NextBio associé avec ScienceDirect
Nextbio et SciVerse : Exemple
Lien vers NextBio
Les périodiques du domaine                 biomédical
Les périodiques du domaine biomédical
Les périodiques scientifiques   Source d’information primaire la plus importante dans le    domaine scientifique   Véhic...
Identifier les périodiques intéressants dansson domaine   Périodiques « généralistes » incontournables pour    l’actualit...
Comment identifier les revues    d’intérêt sur un sujet ?  A partir d’une recherche sur le sujet
Recherche thématique via leWeb of Science   Exemple : perturbateurs endocriniens et fertilité
A partir des résultats, utilisationde la fonction « Analyze Results » du WoK
« Analyze » sur le champ « Source Title »
Via Pubmed : « Sort by Journal »              Plus laborieux … mais néanmoins possible
Via les « avatars » de Pubmed   Les « avatars » de Pubmed permettent pour certains de    trier l’information par journaux...
Connaître les revues via les    plateformes éditoriales
Principales « plateformes » éditoriales   Sciverse / ScienceDirect de l’éditeur Elsevier    http://www.sciencedirect.com/...
ScienceDirect /SciVerse : Elsevier
Highwire Press          http://highwire.stanford.edu/
Plateforme HighWire Press   Diffuse des périodiques édités par des « petits » éditeurs, des    sociétés savantes, des ass...
Exemple « d’archives » en libre accèsvia Highwire Press Molecular Cancer Research diffusé via Highwire Press Archives en l...
Recherche dans HighWire
Recherche dans HighWire
Outils d’aide à la recherched’information : d’unethématique généraleà un article spécifique …
Outils d’aide à la recherched’information : d’unethématique généraleà un article spécifique …
Périodiques en libre accèsPlateforme BioMed Central              http://www.biomedcentral.com/   Novembre 2011 : 223 revu...
Périodiques en libre accèsPLoS : Public Library of Science    A lorigine une coalition de chercheurs soucieux de     rend...
Alertes sur les périodiques    Flux RSS ou alertes par mail
Alertes sur les tables des matièresAlertes de 2 types possibles : Via les flux RSS :       Manière très efficace de récu...
Exemples
E-mail Alerts ou RSS
Sur les plateformes éditoriales   Il est souvent obligatoire de s’inscrire sur la plateforme    pour mettre en place des ...
Mise en place d’une alerte e-mail surplusieurs périodiques de Highwire Press 1 - Enregistrement sur la plateforme2 - « My ...
Mise en place d’une alerte e-mail surplusieurs périodiques de Highwire Press95
Mise en place d’une alerte e-mail directementsur le site d’un périodique de HighWire Press                              Ou...
Sign up for PNASPNAS (2)   Online eTOC Alerts97
PNAS (3)           Enregistrement           avec adresse e-mail98
Alertes par e-mail : Springerhttp://www.springer.com/                                My Springer99
Alertes par e-mail : Springerhttp://www.springer.com/                                Enregistrement                       ...
Exemple de ScienceDirect (1)                               Enregistrement                               préalable sur le s...
Exemple de ScienceDirect (2)Formulaire d’enregistrement 102
Exemple de ScienceDirect (3)Sur un périodique spécifique,cocher la case Alert-me                                Il est aus...
Exemple de ScienceDirect (4)Le mail d’alerteLien sur la tablede matièreset liens direct surles articles  104
Utilisation des fils ou flux RSS105
http://npg.nature.com/Nature         E-Alert106
Séance TP/TDSélection et mise en place d’alertes
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Medline   LA base de données internationale du domaine biomédical   Produite par la NLM aux USA depuis 1966   Couvre to...
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Sauvegarde d’une recherche pour créerune alerte par mail ou RSS
Sauvegarde d’une recherche pour créerune alerte par mail ou RSS
Sauvegarde d’une recherche pour créerune alerte par mail ou RSS
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GoPubmedhttp://www.gopubmed.org/web/gopubmed/Doms A, Schroeder M, 2005. GoPubMed : exploring PubMedwith the Gene Ontology....
Qu’est-ce que GoPubmed ?   Interface de recherche de Pubmed qui marche comme un    nouveau type de « moteur de recherche ...
Gene Ontology   Gene Ontology : permet de décrire des produits de gènes    (protéines, ARNs)(« gene product ») dans un or...
Exploitation des résultats   Les résultats de recherche sont analysés et clustérisés selon 4    filtres prédéfinis :    ...
En bref …Avec GoPubmed, on obtient : le « top 20 » des auteurs ayant le plus publié sur le sujet le « top 20 » des publi...
Comment travailler dans GoPubmed ?   Deux façons de travailler :       Pour une requête simple : interrogation directe d...
Copier – Coller de la requête Pubmed dans la fenêtre de   recherche GoPubmed                                (("Allergy and...
Recherche simple   Par sujet, auteur, journal … : la recherche est    exécutée (et peut être saisie) selon la syntaxe de ...
Résultats                                        Résultats : 2887 références                                        analys...
top author             Affichage de l’auteur             le plus représenté             dans le lot des 2887             r...
Statistiques générales   Tous les éléments sont                         cliquables
Statistiques générales                         Nombre de publications /                         année                     ...
Cartographie : réseaux decollaboration / auteurs
Affichage des références                              Affichage des                              références résultatsPossi...
Quelle utilisation ?   Exploration d’un résultat de recherche issu de Pubmed       Quel est le bon mot ? : l’exploration...
Autres outils d’analyse à partir                    de Pubmed
• Analyse statistiquedes résultats etprésentation sous                   Pubmed PubReminerforme de tableauxcliquables (pas...
Accès à laliste desréférencesdans Pubmed  Traitement des  références
ClusterMed : http://clustermed.info       Basé sur le moteur de recherche Vivisimo
Clustermed   A partir d’une requête, liste d’articles   En cliquant sur chaque article : liens vers les Related    Artic...
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Copier / Coller d’un abstract
Jane : Journal/Author Name Estimatorhttp://biosemantics.org/jane                    Saisir :                    - soit le ...
Outils d’aide linguistique
Aide linguistique de CISMef            • Exploration du MeSH, de l’arborescence des termes            et des qualificatifs...
Aide linguistique avec BabelMeSHInterface de recherche multilingue pour Medline/PubMeddéveloppée à l’intention des utilisa...
Séance TP/TD
TD (30 min)   Recherches à partir des avatars de PubMed sur la requête    de son choix et comparaison des résultats     ...
Embase
Embase   Produit par Elsevier, concurrent européen de Medline   Plus de 7600 périodiques (dont environ 2000 titres non  ...
Autres sites Web d’intérêt   pour le domaine biomédicalScirus, Bases de données sur les brevets
Scirus (1)   Moteur de recherche d’information scientifique   Réalisé par Elsevier en association avec un moteur de    r...
Scirus (2)   La recherche se fait sur :       les sites des universités américaines       des sites « académiques » en ...
Scirus (3)   Privilégier l’interface    « Recherche    avancée » qui    permet des options    et des choix
Séance TP/TD
TP (15 min)    Faire une recherche dans Scirus    Utiliser les fonctions « Refine » et filtres divers    203
Information Brevets
Information Brevets : essentiel dans ledomaine pharmaceutique   Pour une première exploration sur les brevets, exploiter ...
Information Brevets
Brevets
PatentLens   http://www.patentlens.net/patentlens/structured.html
PatentLens   Permet de faire des recherches sur les brevets au niveau    mondial   Liens direct vers le texte intégral d...
Les blogs et autres réseaux              sociaux du Web 2.0Dans le domaine biomédical comme ailleurs
Les blogs   Un blog : site Web constitué de billets agglomérés au fil du    temps, souvent classés par ordre anté-chronol...
Les blogs scientifiques   Blogs de chercheurs, de doctorants, de séminaires, blogs    thématiques, etc…   « According to...
Trouver des blogs scientifiques                        http://blogsearch.google.com/                            http://res...
Autres annuaires de blogs scientifiques   Postegenomic : http://postgenomic.com   Annuaire de blogs et de billets scientif...
http://www.medical-feeds.com/index.phpMedical Feeds
Sites de « partage »   Réseaux « sociaux » scientifiques   Plateformes de partage de références bibliographiques :    ci...
Sites de « partage »   Réseaux « sociaux » scientifiques   Plateformes de partage de références bibliographiques :    ci...
http://www.mendeley.com/A la fois logiciel de gestion de la bibliographieet réseau « social » de partage de références
http://www.researchgate.net/Les réseaux « sociaux » scientifiques
http://network.nature.com/
http://www.myexperiment.org/
Suivi de l’information « Congrès »               Quelques sites d’intérêt
Conference Alerts           http://www.conferencealerts.com/
AllConferences.com       http://www.allconferences.com/Health/Medicine/
Merci de votre attentionSAV : patricia.volland@tours.inra.fr
Eléments de bibliographie   Lu Z - PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature.    Datab...
Optimiser recherche d'information scientifique dans le domaine biomedical - Periodiques, bases de donnees, Pubmed
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Optimiser recherche d'information scientifique dans le domaine biomedical - Periodiques, bases de donnees, Pubmed

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Formation dispensée à l'URFIST de Rennes en Décembre 2011. Intitulé de la formation : "Optimiser sa recherche d'information dans le domaine biomédical"

Publié dans : Santé & Médecine
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Optimiser recherche d'information scientifique dans le domaine biomedical - Periodiques, bases de donnees, Pubmed

  1. 1. Optimiser sa recherche d’information dans le domaine biomédical Patricia Volland-Nail - Inra URFIST Rennes -9 décembre 2011
  2. 2. Ce que nous allons voir … Rechercher l’information : une stratégie simple à mettre en place : identifier ses besoins, connaître les ressources Mettre en place un système de veille efficace  TD sur la mise en place d’un système de veille Les sources d’information dans le domaine biomédical et comment mieux les utiliser (TD)  Le Web en général et quelques sites biomédicaux en particulier  Les périodiques biomédicaux  Les bases de données bibliographiques : Pubmed, Embase, …  Nouvelles ressources : les « avatars » de Pubmed (GoPumed, Quertle, etc…), les blogs, …  Utilisation de moteurs spécialisés : exemple de Scirus
  3. 3. Une stratégie à mettre en place Des besoins à définir
  4. 4. La stratégie, c’est quoi ? Avoir de la méthode :  Connaître ou mieux déceler ses besoins  Connaître et identifier l’offre disponible  Adapter l’offre à ses besoins  Utiliser les bons « outils » aux bons moments S’organiser : se ménager du temps régulièrement pour « faire sa biblio » …  Mettre en place un système de « veille » bibliographique adapté  Evaluer et exploiter l’information obtenue Gérer l’information collectée de manière efficace :  Pour ne pas refaire ce qui a déjà été fait  Ne pas rechercher plusieurs fois la même chose
  5. 5. Le besoin d’informationComment l’exprimer ? Définir son besoin :  Explorer les sources d’information générales et spécifiques sur un sujet : vue d’ensemble et idées quant à la terminologie à utiliser pour rechercher l’information  Définir ou modifier le besoin pour arriver à un besoin ciblé et opérationnel : restreindre un sujet large ou élargir un sujet trop restreint  Identifier les concepts et les termes clés qui décrivent le besoin d’information D’après : Simonnot B. (2006). Le besoin d’information : principes et compétences. In Themat’IC 2006, Information : besoins et usages.
  6. 6. En matière de besoin d’information dans ledomaine biomédical : différentes situationsPour le chercheur : Au démarrage d’un sujet de recherche :  Connaissance globale et plus ou moins spécifique du sujet : Qu’est-ce qui est connu sur la question ?  Identification des questions spécifiques sur le sujet Tout au long d’un travail de recherche :  Suivi de l’actualité sur le sujet pour une mise à jour régulière des connaissances  Réponse à des questions ponctuelles Tout au long de sa carrière de scientifique …  Culture générale scientifique
  7. 7. Mettre en place un système de « veille » et de suivi de l’information
  8. 8. Mettre en place un système de veille Indispensable pour tout scientifique ou toutes personnes voulant suivre actuellement au plus près l’actualité sur un sujet Face à la surabondance de l’information, via Internet en particulier, le scientifique est confronté à différents problèmes :  Connaître les sources d’information et les évaluer  Maîtriser des fonctionnalités de veille et utiliser des outils appropriés  Suivre l’évolution constante des sources et des outils Sans mettre en place un système de veille trop sophistiqué, on peut néanmoins utiliser des techniques permettant de maintenir un flux régulier et ciblé d’informations dans son champ d’intérêt : c’est la veille documentaire
  9. 9. Comment ? Mise en place d’alertes sur les sommaires des périodiques d’intérêt après les avoir sélectionnés Elaboration de « profils d’alerte » spécifiques sur des bases de données bibliographiques spécialisées (ex : profil sur Pubmed) Suivi de l’actualités sur certains sites Web ciblés et spécialisés sur le(les) sujet(s) à l’aide des « flux » RSS Abonnement à des bulletins d’information (news), à des blogs, listes de diffusion ciblées Se tenir informé sur les congrès,colloques, rencontres à venir Utiliser un « agrégateur » de contenu type Netvibes
  10. 10. Les « fils » RSS ou « flux » RSS  Utilisés par les producteurs et utilisateurs d’information :  Producteur : diffuser de l’information en produisant des fils RSS sur ses actualités  Utilisateur : accéder à l’information dans une démarche de « veille » scientifique ou autre  Les « fils »ou « flux » RSS doivent être lus via un agrégateur ou un lecteur de flux :  IE, Firefox, Thunderbird, intègrent par défaut des outils de lecture de fils RSS  Il existe des agrégateurs clients : exemple FeedReader http://www.feedreader.com/  Intégration dans des pages Netvibes, Google Reader, Bloglines ou MyYahoo, etc…
  11. 11. Exemple de Netvibes
  12. 12. Qu’est-ce-que Netvibes ? Un agrégateur en ligne avec une double fonction : lecture de flux et gestion de signets http://www.netvibes.com
  13. 13. Exemple : BiblioCNRS via Netvibes
  14. 14. Pourquoi Netvibes ? Outil servant à la fois à la « veille » par la lecture de « flux » RSS et gestionnaire « signets » via des « widgets » (interfaces graphiques spécifiques) Outil totalement personnalisable qui peut être rendu « public » ou rester « privé » Simple à utiliser et rapide à mettre en œuvre Nomade : accès à distance à partir de n’importe quel ordinateur
  15. 15. Netvibes : Comment ça marche ? Va permettre la gestion globale de ses accès et de son suivi de l’information1. Se créer un compte sur le site de Netvibes2. Créer sa(ses) propre(s) page(s)3. Inclure ses fils RSS pour le suivi de l’information4. Mais attention ! Ne pas vouloir chercher l’exhaustivité et pointer sur de trop nombreuses sources au risque d’induire des pertes de temps… Démonstration http://www.netvibes.com
  16. 16. Séance TP/TD Netvibes
  17. 17. TD 1 (15 min) Si vous n’en avez pas, mettre en place une page Netvibes qui servira à positionner vos alertes et vos profils au fur et à mesure des TD de la session de formation Si vous avez déjà une page Netvibes, explorez les possibilités de Google Reader ou autre agrégateur de flux pour comparer
  18. 18. Les sources d’information du domaine biomédicalPrésentation des différentes ressources
  19. 19. Différents types de sourcesd’information Le Web en général et les sites biomédicaux en particulier Les périodiques scientifiques spécialisés dans les thématiques biomédicales Les bases de données bibliographiques généralistes et spécialisées :  Medline (Pubmed)  Embase  Web of Science, base généraliste Nouvelles sources d’information :  Les « avatars » de Pubmed  les blogs spécialisés
  20. 20. Le Web en général
  21. 21. Le Web en général Prudence quant à l’utilisation du Web en général … et à Google ou Wikipedia en particulier … Wikipedia peut être utilisé (avec prudence) pour un premier sondage sur un sujet inconnu Google Scholar peut permettre d’avoir une première approche des documents scientifiques sur le sujet Permet d’avoir quelques idées sur le vocabulaire à utiliser pour une recherche plus ciblée de l’information Exemple : Que savons-nous des « perturbateurs endocriniens » ?
  22. 22. Des sites Web thématiques spécialisésSites d’exploration et/ou de suivi spécifique
  23. 23. Des moteurs de recherche spécialisés
  24. 24. Système « Entrez » du NCBI « Entrez » : moteur de recherche spécialisé « Sciences de la Vie » pour interroger les bases de données du NCBI, dont PubMed, PubMed Central et GenBank http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/
  25. 25. OmniMedical Search http://www.omnimedicalsearch.com/index.html Un moteur de recherche spécialisé pour les ressources du domaine biomédical
  26. 26. http://www.hon.ch/index_f.htmlHON : Health On the Net
  27. 27. Panorama de quelques sites Web spécialisés
  28. 28. Nombreux liens vers desPortail Inserm sites et services gratuits sélectionnés par l’Inserm : à explorer en détail http://biblioinserm.inist.fr/
  29. 29. Amedeo http://www.amedeo.com/News et alertes sur certaines thématiques
  30. 30. Information « vulgarisée » mais permettant d’avoirune 1ère approche sur un sujethttp://www.nlm.nih.gov/medlineplus/
  31. 31. Medpedia : un Wikipedia « médical » http://www.medpedia.com/
  32. 32. http://www.cochrane.org/The Cochrane Collaboration
  33. 33. http://www.cochrane.org/The Cochrane Collaboration
  34. 34. Répertoires de bases de donnéesbiomédicales http://databases.biomedcentral.com/browsecatalog
  35. 35. Sites francophones CiSMeF : Catalogue et Index des Sites Médicaux de langue Française http://www.chu-rouen.fr/cismef/  Projet initié par la CHU de Rouen depuis 1995 BDSP : Banque de Données en Santé Publique http://www.bdsp.ehesp.fr/  La Banque de données en santé publique est un réseau documentaire dinformations en santé publique dont la gestion est assurée par lEcole des hautes études en santé publique (EHESP)  Le réseau BDSP est un groupement dorganismes qui développe, depuis 1993, des services dinformation en ligne destinés aux professionnels des secteurs sanitaire et social
  36. 36. Produit par le CHU de Rouen : catalogue etIndex des Sites médicaux francophoneshttp://www.chu-rouen.fr/cismef/
  37. 37. Produit par le CHU de Rouen : catalogue etIndex des Sites médicaux francophoneshttp://www.chu-rouen.fr/cismef/
  38. 38. BDSP http://www.bdsp.ehesp.fr/Banque de Données en Santé Publique
  39. 39. BDSP http://www.bdsp.ehesp.fr/Banque de Données en Santé Publique
  40. 40. Sites « Sciences de la Vie » Sites non spécifiques du domaine biomédical mais importants et incontournables pour suivre certaines thématiques, particulièrement les recherches en biologie moléculaire ou autres
  41. 41. http://www.embo.org/EMBO
  42. 42. EMBLBase de données de séquence nucléotidiques http://www.ebi.ac.uk/embl/
  43. 43. EBI – European Bioinformatics Institute http://www.ebi.ac.uk/
  44. 44. EBI – European Bioinformatics InstitutePour la recherchede séquences enparticulier
  45. 45. Toutes les bases du NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/
  46. 46. NextBio associé avec ScienceDirect
  47. 47. Nextbio et SciVerse : Exemple
  48. 48. Lien vers NextBio
  49. 49. Les périodiques du domaine biomédical
  50. 50. Les périodiques du domaine biomédical
  51. 51. Les périodiques scientifiques Source d’information primaire la plus importante dans le domaine scientifique Véhiculent une information contrôlée et validée (via le système du « peer-review ») : articles de recherche, articles de synthèse L’information « article de périodique » représente 80% du contenu des bases de données bibliographiques Différents types de périodiques :  Périodiques scientifiques dintérêt général, pluridisciplinaires  Périodiques spécialisés : dans le domaine scientifique ou dans le type darticle publié
  52. 52. Identifier les périodiques intéressants dansson domaine Périodiques « généralistes » incontournables pour l’actualité médicale de base :  BMJ, JAMA, New England Journal of Medicine, The Lancet, … Périodiques spécialisés dans son domaine :  Les identifier via la connaissance des « pairs »  Les identifier plus précisément via les principales plateformes éditoriales : ScienceDirect (Elsevier), Springer, Wiley …  Les identifier par une interrogation ciblée de base de données : exemple avec l’interrogation du Web of Science et l’utilisation de la fonction « Analyze results »
  53. 53. Comment identifier les revues d’intérêt sur un sujet ? A partir d’une recherche sur le sujet
  54. 54. Recherche thématique via leWeb of Science Exemple : perturbateurs endocriniens et fertilité
  55. 55. A partir des résultats, utilisationde la fonction « Analyze Results » du WoK
  56. 56. « Analyze » sur le champ « Source Title »
  57. 57. Via Pubmed : « Sort by Journal » Plus laborieux … mais néanmoins possible
  58. 58. Via les « avatars » de Pubmed Les « avatars » de Pubmed permettent pour certains de trier l’information par journaux Exemple : GoPubMed http://www.gopubmed.org
  59. 59. Connaître les revues via les plateformes éditoriales
  60. 60. Principales « plateformes » éditoriales Sciverse / ScienceDirect de l’éditeur Elsevier http://www.sciencedirect.com/ Springer http://www.springerlink.com/ ou http://www.springer.com Highwire Press http://highwire.stanford.edu/ Wiley Interscience http://onlinelibrary.wiley.com/ Nature Publishing Group http://npg.nature.com/
  61. 61. ScienceDirect /SciVerse : Elsevier
  62. 62. Highwire Press http://highwire.stanford.edu/
  63. 63. Plateforme HighWire Press Diffuse des périodiques édités par des « petits » éditeurs, des sociétés savantes, des associations … Caractéristique : prône et encourage le « libre accès » à l’Information Scientifique et Technique et encourage les périodiques qu’il diffuse à « ouvrir » leurs accès au texte intégral des articles après un délai plus ou moins long (entre 4 mois et 24 mois)
  64. 64. Exemple « d’archives » en libre accèsvia Highwire Press Molecular Cancer Research diffusé via Highwire Press Archives en libre accès au bout de 12 mois
  65. 65. Recherche dans HighWire
  66. 66. Recherche dans HighWire
  67. 67. Outils d’aide à la recherched’information : d’unethématique généraleà un article spécifique …
  68. 68. Outils d’aide à la recherched’information : d’unethématique généraleà un article spécifique …
  69. 69. Périodiques en libre accèsPlateforme BioMed Central http://www.biomedcentral.com/ Novembre 2011 : 223 revues à comité de lecture en libre accès en biologie, médecine, bioinformatique, … Accès à ces revues totalement gratuit Le chercheur qui publie paie les frais administratifs du « peer review » et de la mise en ligne Revues compatibles OAI Copyright laissé au chercheur
  70. 70. Périodiques en libre accèsPLoS : Public Library of Science  A lorigine une coalition de chercheurs soucieux de rendre librement accessible les résultats de la recherche scientifique  PLOS Biology paru en octobre 2003  PLOS aujourd’hui : 7 périodiques dans le domaine biomédical « élargi » http://www.plos.org/
  71. 71. Alertes sur les périodiques Flux RSS ou alertes par mail
  72. 72. Alertes sur les tables des matièresAlertes de 2 types possibles : Via les flux RSS :  Manière très efficace de récupérer les dernières tables des matières ou les derniers articles publiés mais …  Pas toujours possible sur tous les périodiques  Il faut faire la démarche d’aller surveiller ses flux via son agrégateur de flux Alertes par e-mail :  Idem aux flux, mais nécessite souvent de s’enregistrer sur le site  Arrivent régulièrement, au fur et à mesure de la parution, dans sa boîte aux lettres  Encombrement possible de sa boîte mail si trop d’alertes
  73. 73. Exemples
  74. 74. E-mail Alerts ou RSS
  75. 75. Sur les plateformes éditoriales Il est souvent obligatoire de s’inscrire sur la plateforme pour mettre en place des alertes par e-mail L’inscription est gratuite et apporte d’autres services Quelques exemples …
  76. 76. Mise en place d’une alerte e-mail surplusieurs périodiques de Highwire Press 1 - Enregistrement sur la plateforme2 - « My Alerts » 94
  77. 77. Mise en place d’une alerte e-mail surplusieurs périodiques de Highwire Press95
  78. 78. Mise en place d’une alerte e-mail directementsur le site d’un périodique de HighWire Press Ouvrir un numéro : numéro en cours ou les archives96
  79. 79. Sign up for PNASPNAS (2) Online eTOC Alerts97
  80. 80. PNAS (3) Enregistrement avec adresse e-mail98
  81. 81. Alertes par e-mail : Springerhttp://www.springer.com/ My Springer99
  82. 82. Alertes par e-mail : Springerhttp://www.springer.com/ Enregistrement préalable sur la plateforme puis SpringerAlerts100
  83. 83. Exemple de ScienceDirect (1) Enregistrement préalable sur le sitehttp://www.sciencedirect.com puis login/mot de passe 101
  84. 84. Exemple de ScienceDirect (2)Formulaire d’enregistrement 102
  85. 85. Exemple de ScienceDirect (3)Sur un périodique spécifique,cocher la case Alert-me Il est aussi possible de 103 se faire des alertes par lots
  86. 86. Exemple de ScienceDirect (4)Le mail d’alerteLien sur la tablede matièreset liens direct surles articles 104
  87. 87. Utilisation des fils ou flux RSS105
  88. 88. http://npg.nature.com/Nature E-Alert106
  89. 89. Séance TP/TDSélection et mise en place d’alertes
  90. 90. TD (30 min) Sélectionner quelques périodiques généralistes et les principaux périodiques de sa spécialité par l’exploration des plateformes éditoriales ou par l’interrogation d’une base de données Mise en place d’alertes e-mail ou par flux RSS dans Netvibes
  91. 91. Des bases de donnéesbibliographiques spécialisées Pubmed, Embase
  92. 92. Medline via Pubmed Quelques rappelshttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
  93. 93. Medline LA base de données internationale du domaine biomédical Produite par la NLM aux USA depuis 1966 Couvre tous les domaines biomédicaux : biochimie, biologie, biologie moléculaire, médecine clinique, économie, éthique, odontologie, pharmacologie, psychiatrie, santé publique, médecine vétérinaire, toxicologie … Indexe des articles depuis 1950 (OldMedline) voire plus anciens (1940) Plus de 5200 périodiques indexés dans Medline Spécificité : indexation contrôlée avec le thésaurus MeSH
  94. 94. Les sites complémentaires de la NLM http://www.nlm.nih.gov/ Toxnet PubChem Bioassay MedlinePlus Etc…
  95. 95. Toxnet
  96. 96. Bases et ressources de la NLM
  97. 97. Pubmed Interface d’interrogation gratuite de Medline via le web, produite par le NCBI (National Center for Biotechnology Information) et connectée avec les autres bases du NCBI
  98. 98. Pubmed et le NCBINombreux sites associés et complémentaires Exemples de quelques services complémentaires du NCBI : Nucleotide : recherche de nucleotides dans GenBank Protein : séquences protéiques de Swiss-Prot, PIR, PRF, PDB Genome : références et données sur le génome Structure : Molecular Modeling Database structure 3D PMC : PubMed Central : accès aux articles accessibles en texte intégral via PubMedCentral Bookshelf : livres biomédicaux mis en ligne Etc …
  99. 99. Système « Entrez » du NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/
  100. 100. Exemple de recherche dans « Entrez » Saisie d’une requête simpleIndication du nombre d’occurrencestrouvées dans chaque base
  101. 101. PubmedRappels et démonstration
  102. 102. Page d’accueil : services disponibles Recherche « avancée »Tutoriels& aide « Outils » Autres Recherche basique ressources • Entrer un terme ou dont le MeSH une expression (entre « ») • Utilisation possible de la troncature * • Utilisation des AND, OR, NOT à mettre en majuscule
  103. 103. Interrogation par défaut Se fait dans tous les champs des références, dont le champ mots-clés (MeSH), les mots du texte (titre, abstract), etc… Quand on entre plusieurs termes à la suite les uns des autres, Pubmed les combine avec l’opérateur AND Pour rechercher une « expression » spécifique : la mettre entre guillemets « » « Mapping » automatique : traduction automatique des mots en termes « MeSH » grâce à une table de transcodage
  104. 104. Exemple de recherche sur la vitamine H
  105. 105. Utilisation du MeSH Term « biotin »
  106. 106. Une référence dans Pubmed Display Settings : Abstract Affiliation 1er auteur Lien vers le texte intégral
  107. 107. LinkOut More ressources LinkOut : propose des liens externes à PubMed :  Web d’éditeurs pour les articles en texte intégral  bases de données complémentaires  autres ressources Web diverses complémentaires comme MedlinePlus
  108. 108. Lien vers MedlinePlus
  109. 109. Lien vers MedlinePlus
  110. 110. Statut des références dans PubMedDifférent selon l’état de mise à jour : Mise à jour quotidienne : références pas encore « indexées » : pas de termes MeSH : mention [PubMed - in process] Soumission directe des sommaires des périodiques dès leur parution par l’éditeur : pas de termes MeSH [PubMed - as supplied by publisher] Références indexées avec les termes du MeSH [PubMed - indexed for MEDLINE] Références d’avant 1966 [PubMed - OLDMEDLINE] Références anciennes non indexées [PubMed]
  111. 111. Related articles - Substance Related Articles : accès à une nouvelle liste de références sélectionnées via un algorithme basé sur les mots communs du titre, du résumé et des descripteurs du document source Substance : accès à PubChem (sélection avec les termes MeSH – Substances) du document source
  112. 112. Le « MeSH » MeSH : Medical Subject Headings : thesaurus de Medline Vocabulaire contrôlé et hiérarchisé qui permet de décrire précisément le contenu d’un article Les descripteurs « MeSH » sont choisis parmi un ensemble de synonymes pour décrire un concept de façon univoque
  113. 113. Thesaurus : arborescence qui permet d’aller d’un concept généralà un concept plus spécifique …Exemple : quand on recherche un terme comme « Reproduction »,via le Mesh on aura tous les termes « sous » le terme« Reproduction » … etc
  114. 114. Thesaurus MeSH Notion de mapping : quand c’est possible, remplacement automatique d’un terme « non-MeSH » par un terme MeSH Dans Pubmed, le mapping se fait par défaut : facilite la recherche de base, transparent pour l’utilisateur Notion de pondération : utilisation des descripteurs MeSH « majeurs » : intéressant quand on veut limiter sa recherche aux documents où le terme MeSH recherché est le sujet principal de l’article
  115. 115. Le MeSH : détail sur le descripteur
  116. 116. Les « Subheadings » ou qualificatifs Qualificatifs : blood pathology cytology metabolism Précisent le sens d’une terme
  117. 117. Le MeSH : détail sur le descripteur Attention ! En utilisant le MeSH, on trouve uniquement les références indexées : cela exclut le PreMedline [PubMed in Process], [PubMed - as supplied by publisher] des éditeurs ou les références anciennes non indexées
  118. 118. Recherche avancée Rassemble sur un seul écran, via différents blocs, l’accès à différentes fonctions de recherche et de limites Historique de la recherche Recherche sur champs spécifiques
  119. 119. Recherche avancée – « Limits » Pour « affiner » ses résultats, restriction possible (« Limits ») sur certains critères : • disponibilité du texte intégral … • groupe de population spécifique (âge, genre) • type de publication • langue • groupe de revues • Attention : les limites sont actives tant que l’utilisateur ne les a pas désactivées
  120. 120. Démonstration sur Pubmedhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
  121. 121. Séance TP/TD
  122. 122. TD (30 min) Requête sur le thème de votre choix Exploration des différentes bases ou fonctionnalités non connues de Pubmed Utilisation du MeSH
  123. 123. Un exemple de recherche à réaliser avec« MeSH Database » Question : Quelles sont les études réalisées sur la leptine et l’obésité chez les jeunes enfants ? Méthode :  décomposer sa requête en concepts  choisir les termes appropriés dans le MeSH  les associer entre eux Concepts : leptine obésité jeunes enfants
  124. 124. Enregistrer un historique de recherche : My NCBI Mise en place d’une alerte sur profil
  125. 125. « My NCBI » Espace personnel gratuit sur inscription (Register) qui permet de :  sauvegarder des stratégies de recherche et de recevoir automatiquement des alertes ou dernières mises à jour (cliquer sur Save Search après une recherche)  sauvegarder définitivement des références à partir d’une liste de résultats (option : My collections)  d’appliquer des filtres automatiques sur les résultats
  126. 126. Sauvegarde d’une recherche pour créerune alerte par mail ou RSS
  127. 127. Sauvegarde d’une recherche pour créerune alerte par mail ou RSS
  128. 128. Sauvegarde d’une recherche pour créerune alerte par mail ou RSS
  129. 129. PubMed Single Citation Matcher Permet de rechercher la référence bibliographique dun article bien précis ou la table des matières dun numéro particulier dun périodique
  130. 130. Séance TP/TDS’enregistrer dans MyNCBI et créer une alerte
  131. 131. Les « avatars » de PubmedOutils pour interroger Pubmed autrement
  132. 132. Pubmed et ses « avatars » …  Un certain nombre d’outils qualifiés d’« avatars » ont été développés autour de Pubmed pour des thématiques, des besoins et des attentes spécifiques …
  133. 133. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Lu/search/Ils sont recensés par le NCBI
  134. 134. Pourquoi des avatars … ? Pour disposer d’outils permettant d’améliorer / d’enrichir la recherche ou l’analyse de résultats dans Pubmed Interfaces de Recherche  Affichage, tri Recherche guidée   Par pertinence  Recherche par similarité  Par journal, par auteur…  Recherche en langage naturel  Catégorisation - clustérisation  Recherches prédéfinies pour (traitement statistique de résultats) identifier un expert, un périodique de  Cartographies - représentation graphique publication, des références pertinentes  Sauvegarde autrement que par des mots-clés …  Export direct Indexation – Aide linguistique  Alertes  MESH thésaurus bilingue/multilingue  Services associés  Utilisation de taxonomies / ontologies  Annotations / Folksonomies  Accès aux PDF
  135. 135. GoPubmedhttp://www.gopubmed.org/web/gopubmed/Doms A, Schroeder M, 2005. GoPubMed : exploring PubMedwith the Gene Ontology. Nucleic Acids Res, 33 (suppl 2):W783-W786.doi: 10.1093/nar/gki470
  136. 136. Qu’est-ce que GoPubmed ? Interface de recherche de Pubmed qui marche comme un nouveau type de « moteur de recherche » La recherche via GoPubmed renvoie les références recherchées, mais permet ensuite d’analyser les résultats et de répondre à des questions spécifiques GoPubmed exploite différents systèmes de classification sémantique, dont le thésaurus MeSH et la Gene Ontology, pour développer des analyses statistiques des résultats, accessibles de façon conviviale à l’utilisateur
  137. 137. Gene Ontology Gene Ontology : permet de décrire des produits de gènes (protéines, ARNs)(« gene product ») dans un organisme donné :  Fonctions moléculaires (kinase, protéase, liaison à l’ADN …)  Processus biologiques (signalisation, métabolisme …)  Composants cellulaires (noyau, cytoplasme, membrane …) C’est l’ontologie la plus développée et la plus utilisée (depuis 2000)
  138. 138. Exploitation des résultats Les résultats de recherche sont analysés et clustérisés selon 4 filtres prédéfinis :  What : regroupement thématique  When : filtre sur la date  Who et Where : pour cerner un auteur et son laboratoire : aspect « Social Network » qui permet de visualiser les réseaux de collaborations d’auteurs sous forme de cartes
  139. 139. En bref …Avec GoPubmed, on obtient : le « top 20 » des auteurs ayant le plus publié sur le sujet le « top 20 » des publications classées par pays le « top 20 » des journaux dans lesquels on trouve le plus de publications en rapport avec le sujet une courbe temporelle qui permet de visualiser la progression (ou le recul) du nombre de publications par an sur le sujet une visualisation sous forme de graphe des réseaux de collaboration entre auteurs (répondant à la question « qui publie avec qui ? »)
  140. 140. Comment travailler dans GoPubmed ? Deux façons de travailler :  Pour une requête simple : interrogation directe de GoPubmed  Pour une requête plus « complexe » : réaliser la recherche dans Pubmed au préalable et faire un copier/coller de l’équation de recherche Exemple d’une requête « complexe » :  Allergies aux cacahuètes :  (("Allergy and Immunology"[Mesh] OR "Hypersensitivity"[Mesh] OR "Peanut Hypersensitivity"[Mesh] OR "Food Hypersensitivity"[Mesh])) AND (« Arachis hypogaea »[Mesh] OR « arachis oil » [Substance Name])
  141. 141. Copier – Coller de la requête Pubmed dans la fenêtre de recherche GoPubmed (("Allergy and Immunology"[Mesh] OR "Hypersensitivity"[Mesh] OR "Peanut Hypersensitivity"[Mesh] OR "Food Hypersensitivity"[Mesh])) AND ("Arachis hypogaea"[Mesh] OR "arachis oil "[Substance Name])
  142. 142. Recherche simple Par sujet, auteur, journal … : la recherche est exécutée (et peut être saisie) selon la syntaxe de Pubmed Exemples :  Si on ne précise pas de champ de recherche, le terme saisi est recherché dans l’ensemble des champs  Pour rechercher un concept dans les champs Title et/ou Abstract, utiliser [TIAB]  Pour rechercher un nom d’auteur, utiliser [AU]  Pour rechercher une affiliation (University, Institute, Company, etc), utiliser [AD]  Pour rechercher un mot-clé, utiliser [MeSH]
  143. 143. Résultats Résultats : 2887 références analysées de façon sémantiqueClusters Accès direct aux statistiques généralesselon 4 axes
  144. 144. top author Affichage de l’auteur le plus représenté dans le lot des 2887 références
  145. 145. Statistiques générales Tous les éléments sont cliquables
  146. 146. Statistiques générales Nombre de publications / année Localisation / monde
  147. 147. Cartographie : réseaux decollaboration / auteurs
  148. 148. Affichage des références Affichage des références résultatsPossibilitéd’affinageselon 4 axesdifférents
  149. 149. Quelle utilisation ? Exploration d’un résultat de recherche issu de Pubmed  Quel est le bon mot ? : l’exploration facilite l’identification de termes intéressants  Analyse rapide et conviviale d’un lot de références Analyse statistique et mise en forme Recherche de partenaires, de collaborations  Qui publie le plus sur un concept ?  Quels sont les thèmes de prédilection d’un laboratoire ? et ses principaux partenaires ?
  150. 150. Autres outils d’analyse à partir de Pubmed
  151. 151. • Analyse statistiquedes résultats etprésentation sous Pubmed PubReminerforme de tableauxcliquables (pas plus de1000 références)• Ajustement de larequête manuellementou via les liensdisponibles / colonnes http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi
  152. 152. Accès à laliste desréférencesdans Pubmed Traitement des références
  153. 153. ClusterMed : http://clustermed.info Basé sur le moteur de recherche Vivisimo
  154. 154. Clustermed A partir d’une requête, liste d’articles En cliquant sur chaque article : liens vers les Related Articles
  155. 155. Clustermed A partir d’une requête, liste d’articles En cliquant sur chaque article : liens vers les Related Articles
  156. 156. Quertle : recherche « sémantique »eTBLAST : recherche par similarité (résumé)JANE : Journal/Author Name Estimator : recherche parsimilarité (résumé) Recherche sémantique ou par similarité
  157. 157. Quertle : http://www.quertle.info/v2/ Moteur de recherche sémantique gratuit qui traite l’information biomédicale (PubMed/MEDLINE, full-text articles, news, whitepapers …) Utilise des traitements linguistiques et du langage naturel pour détecter des relations conceptuelles au sein des documents (par exemple : A régule B, C est causé par D) L’utilisation de Power Terms (qui représentent de grandes classes de concepts, par exemple « les maladies ») permet de construire des requêtes du type : « quels produits chimiques causent le cancer » Interface simple et intuitive avec des possibilités d’affinage (filtres de date, types de document …) qui facilitent la navigation au sein d’un corpus de résultats
  158. 158. Exemple
  159. 159. Notion de Power Terms Leur utilisation permet de construire des requêtes en langage naturel du type : « endocrine disruptors $AdverseEffects» 180
  160. 160. Notion de « Power term »
  161. 161. eTBLASThttp://etest.vbi.vt.edu/etblast3/ Propose une recherche par similarité à partir d’un texte pertinent, un résumé par exemple ou un extrait d’article, ou n’importe quel autre texte … Présenté aussi comme un outil de détection de plagiats Permet aussi une analyse des résultats : principaux auteurs, journaux, mots-clés et évolution dans le temps du nombre d’articles
  162. 162. Copier / Coller d’un abstract
  163. 163. Jane : Journal/Author Name Estimatorhttp://biosemantics.org/jane Saisir : - soit le titre ou le résumé d’un article - soit une requête de recherche Pour identifier : - des personnes (reviewers potentiels) ou des journaux qui ont publié des articles « similaires » - des articles proches d’un point de vue sémantique
  164. 164. Outils d’aide linguistique
  165. 165. Aide linguistique de CISMef • Exploration du MeSH, de l’arborescence des termes et des qualificatifs • Interrogation de PubMed à partir de l’onglet 189
  166. 166. Aide linguistique avec BabelMeSHInterface de recherche multilingue pour Medline/PubMeddéveloppée à l’intention des utilisateurs non anglophoneshttp://babelmesh.nlm.nih.gov/index_fre.php?com 190
  167. 167. Séance TP/TD
  168. 168. TD (30 min) Recherches à partir des avatars de PubMed sur la requête de son choix et comparaison des résultats  GoPubmed  Quertle  eTBLAST  …
  169. 169. Embase
  170. 170. Embase Produit par Elsevier, concurrent européen de Medline Plus de 7600 périodiques (dont environ 2000 titres non indexés dans Medline Indexation de Congrès du domaine biomédical : environ 800 congrès répertoriés et indexés Indexation par un thesaurus : Emtree Accès moyennant abonnement préalable privé ou institutionnel
  171. 171. Autres sites Web d’intérêt pour le domaine biomédicalScirus, Bases de données sur les brevets
  172. 172. Scirus (1) Moteur de recherche d’information scientifique Réalisé par Elsevier en association avec un moteur de recherche (All the Web) et avec des producteurs de bases de données Permet des recherches sur le Web « scientifique » en général, sur la collection des titres Elsevier et éditeurs associés : ScienceDirect, sur Medline/PubMed, Beilstein on ChemWeb, Neuroscion, BioMed Central, les brevets de USPTO, les archives ouverts Donne à la fois des références d’articles et/ou des adresses de pages Web répondant à la question posée http://www.scirus.com/
  173. 173. Scirus (2) La recherche se fait sur :  les sites des universités américaines  des sites « académiques » en anglais  des sites en .com ou en .org  des sites d’archives ouvertes (OAI)
  174. 174. Scirus (3) Privilégier l’interface « Recherche avancée » qui permet des options et des choix
  175. 175. Séance TP/TD
  176. 176. TP (15 min) Faire une recherche dans Scirus Utiliser les fonctions « Refine » et filtres divers 203
  177. 177. Information Brevets
  178. 178. Information Brevets : essentiel dans ledomaine pharmaceutique Pour une première exploration sur les brevets, exploiter la base Espacenet via l’OEB ou l’INPI  http://www.epo.org/searching_fr.html  http://fr.espacenet.com/ Attention ! La recherche de brevets est une affaire de spécialistes Recommandation : si nécessaire suivre un stage de recherche de brevets par l’INPI
  179. 179. Information Brevets
  180. 180. Brevets
  181. 181. PatentLens http://www.patentlens.net/patentlens/structured.html
  182. 182. PatentLens Permet de faire des recherches sur les brevets au niveau mondial Liens direct vers le texte intégral des brevets Bases de brevets recensées :  World Intellectual Property Organisation (WIPO)  European Patent Office (EPO)  US Patent Office (USPTO)  Australian Patent Office (AU) Recherches sur les séquences protéiques publiées dans la littérature brevet : ce n’est pas exhaustif, mais permet d’avoir un aperçu des séquences publiées
  183. 183. Les blogs et autres réseaux sociaux du Web 2.0Dans le domaine biomédical comme ailleurs
  184. 184. Les blogs Un blog : site Web constitué de billets agglomérés au fil du temps, souvent classés par ordre anté-chronologique (les plus récents en premier) : espace individuel d’expression, enrichi d’échanges avec les internautes Ces billets (ou « notes » ou « articles ») sont écrits par une personne physique en général (homme politique, artiste, scientifique…) selon un rythme périodique (tous les jours, chaque semaine, au fil du temps…) Le contenu souvent textuel, mais pas seulement, est enrichi dhyperliens et déléments multimédias, sur lequel chaque lecteur peut généralement déposer des commentaires (Cf. Wikipédia - http://fr.wikipedia.org/wiki/Blog)
  185. 185. Les blogs scientifiques Blogs de chercheurs, de doctorants, de séminaires, blogs thématiques, etc… « According to Adam Bly from Science Blogs (Seed Media Group), around 33% of scientists are now using blogs for writing, reading or as a lab notebook » Source : Judith Kamal Ski in « Blogging about science », Researchtrends, May 2010 http://www.info.scopus.com/researchtrends/archive/RT17/beh_dat_17.html http://scienceblogs.com/
  186. 186. Trouver des blogs scientifiques http://blogsearch.google.com/ http://researchblogging.org/
  187. 187. Autres annuaires de blogs scientifiques Postegenomic : http://postgenomic.com Annuaire de blogs et de billets scientifiques Classement par disciplines et par tags Sélection d’articles et de livres par les blogueurs
  188. 188. http://www.medical-feeds.com/index.phpMedical Feeds
  189. 189. Sites de « partage » Réseaux « sociaux » scientifiques Plateformes de partage de références bibliographiques : citeulike, delicious,Connotea, et aussi : Zotero, Mendeley…
  190. 190. Sites de « partage » Réseaux « sociaux » scientifiques Plateformes de partage de références bibliographiques : citeulike, delicious,Connotea, et aussi : Zotero, Mendeley…
  191. 191. http://www.mendeley.com/A la fois logiciel de gestion de la bibliographieet réseau « social » de partage de références
  192. 192. http://www.researchgate.net/Les réseaux « sociaux » scientifiques
  193. 193. http://network.nature.com/
  194. 194. http://www.myexperiment.org/
  195. 195. Suivi de l’information « Congrès » Quelques sites d’intérêt
  196. 196. Conference Alerts http://www.conferencealerts.com/
  197. 197. AllConferences.com http://www.allconferences.com/Health/Medicine/
  198. 198. Merci de votre attentionSAV : patricia.volland@tours.inra.fr
  199. 199. Eléments de bibliographie Lu Z - PubMed and beyond: a survey of web tools for searching biomedical literature. Database 2011 - doi: 10.1093/database/baq036 http://database.oxfordjournals.org/content/2011/baq036.long Connor E - Pubmed Search Interface Alternatives : A Descriptive Comparison Journal of Electronic Resources in Medical Libraries 2010, 7:126-134. Henderson M - Pubmed Alternatives Guide [en ligne] http://guides.library.vcu.edu/content.php?hs=a&pid=111410 Markland MJ- New tools for searching PubMed http://www.slideshare.net/mjmarkland/new-tools-for-pub-med Mokrý J- Alternatives Medline Interfaces. 2009 [en ligne] http://web.vscht.cz/mokryj/Content/AlternativeMedlineInterfaces.html Présentation des différentes interfaces Medline : Bibliothèque Universitaire de Médecine, Lausanne, mars 2007 par Isabelle de Kaenel et Pablo Iriarte : http://www.bium.ch/wiki/lib/exe/fetch.php?cache=cache&media=interfacespub.pdf Site des Bibliothèques Universitaires de Médecine et Santé Publique - CHUV http://www.bium.ch/wiki/doku.php?id=developpements:medline_et_pubmed Site de la « Galter Health Sciences Library » - PubMed : Alternative Search Interfaces http://www.galter.northwestern.edu/GalterLists/PubMed-Alternative-Search- Interfaces/Page1/Perpage20 L’Hostis D & Volland-Nail P - Interroger Pubmed différemment – Infodoc Express Inra - Présentation PPT (Décembre 2010) – 48 diapos. Mise à jour par C Baracco et D Fournier (Inra) (Novembre 2011) Volland-Nail P – Maîtriser l’Information Scientifique et Technique en Recherche – Séminaire de l’Ecole Doctorale de l’Université de Tours (Janvier 2011) – 204 diapos Volland-Nail P – Medline via l’interface PubMed. Formation INRS (Juin 2007) – 90 diapos

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