1. Rで
Reproducible Research
2012年7月7日
第24回Tokyo.R
@sfchaos

2. アジェンダ
� 自己紹介
� Reproducible Researchとは
� Rでやってみる
� まとめ
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3. 1. 自己紹介
2

4. � TwitterID： @sfchaos
� 職業： データ分析
� 抱負： 頑張る
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5. 2. Reproducible Research
4

6. 2.1 Reproducible Researchとは
� 「再現可能な研究」のこと．
� データ分析者にとっては，「再現可能なデータ分
析」．
� 後々，分析条件の確認や追試を実施できるよう，
データ，分析内容，結果を確認できるようにすべ
し．
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7. 2.1.1 再現不可能な分析の例
� コンソールやデバイスの分析結果をコピペする
� コンソール上だけでコマンドを打ち，ソースコード
を残さない
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8. 2..2 効率的なレポート生成
� 分析結果を数100枚～数1,000枚のレポートに
まとめることも珍しくはない．
� また，データ分析では条件を変えて同じプログラ
ムを実行してレポートを作成することも往々にし
て発生しがち．
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9. � このようなレポートを作成するために，気合と根
性でRから出力した図や表をベタ貼りすることは
非現実的．
� 何とか楽してレポートを作成したい!!
� その一つの方法として，文芸的プログラミングが
ある．
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10. 2.3 文芸的プログラミング
� RRは，Donard Knuthが提唱した「文芸的プログ
ラミング(Literate Programming)」が大いに関
係する．
� 文芸的プログラミングは，
ドキュメントとソースを併記したWEBと呼ばれるメ
タソースを記述し、そこからドキュメントとソース
コードをそれぞれ生成させることで情報の一体性
を高めている
(Wikipedia「文芸的プログラミング」)
9

11. � 興味がある方は，Knuth氏の書籍をどうぞ．
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12. 3. Rでやってみる
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13. 3.1 CRAN TASK VIEW
� CRAN TASK VIEWには"Reproducible
Research"のカテゴリが存在する．
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14. � 出力フォーマットごとに，以下のようなパッケージがある．
� CRAN TASK VIEWには，これらだけでなく，ソースコード
のハイライトやRのオブジェクトのキャッシュを行うパッ
ケージも列挙されている．
出力フォーマット パッケージの例
LaTeX Hmisc, xtable, reporttools, r2lh, tables, pgfSweave
HTML R2HTML, hwriter, xtable
ODF odfWeave
Microsoft Office R2wd, R2PPT
プレインテキスト AsciiDoc, ascii
その他 knitr
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15. (；´д｀)ゞ
いっぱいあって，
どこから手をつけたら良いのやら・・・
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16. � 私はこんな感じで使っています．
出力フォーマット 用途 使用パッケージ
LaTeX Rで作成した数表やオブ xtable
ジェクトのLaTexで読み込
める形式への変換
Microsoft Office Rで作成した図や数表の R2PPT, R2wd
フォーマット 取り込み
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17. � これらは，Rで作成した図や数表をLaTeXや
Microsoft Office系のレポーティングツールに取
り込むために使用．
� 一方で，Rのソースコードを作成しながら，レポー
トを作成する以下のようなパッケージも存在する
(文芸的プログラミング)．
� Sweave
� knitr
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18. 3.2 Sweave
� 以下の@wakutekaさんのブログ記事が秀逸．
「文芸的な、あまりに文芸的な」
(R Advent Calendar 2011)
http://d.hatena.ne.jp/wakuteka/20111206/13231
82969
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19. 3.3 knitrパッケージ
� Sweaveの精神を引き継いだ動的なレポートを生
成するためのパッケージ
http://yihui.name/knitr/
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20. 3.3.1 簡単な例
test.Rnw
documentclass{article}
begin{document}
<<setup, include=FALSE, cache=FALSE>>=
opts_chunk$set(fig.path='figure/minimal-', fig.align='center', fig.show='hold')
options(replace.assign=TRUE, width=90)
@
title{test}
author{sfchaos}
maketitle
<<cars>>=
library(ggplot2)
summary(cars)
plot(cars)
qplot(speed, dist, data=cars)
@
end{document}
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21. $R
> library(knitr)
> knit2pdf("test.Rnw")
これでLaTeX形式のPDFファイルが
生成されるが，
結構面倒
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22. 3.3.2 Rのソースコードだけ記述する
test.r
library(ggplot2)
summary(cars)
plot(cars)
qplot(speed, dist, data=cars)
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23. $R
> library(knitr)
> stitch("test.r")
LaTeX形式のPDFファイルが生成される
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24. 楽にレポート作成ができるようになった！
23

25. だが待て．
LaTeXだけでなく，
もっといろいろなフォーマットで出力したい．
→ knitr + pandocで
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26. 3.3.3 knitr + pandoc
http://johnmacfarlane.net/pandoc/
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27. test_pandoc.r（Rのソースコード）
#@knitr summary
summary(cars) ドキュメントを作るときに用いるタグを指定しておく
#@knitr plot1
plot(cars)
#@knitr plot2
library(ggplot2)
qplot(speed, dist, data=cars)
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28. ファイル名末尾の
test_pandoc_knit_.md（ドキュメント生成) "_knit_"は必ずつける
% knit-pandoc test
% sfchaos
<!-- Setting up R -->
`ro warning=FALSE, dev="png", fig.cap="", cache=FALSE or`
```{r reading, echo=FALSE}
read_chunk("test_pandoc.r")
```
```{r}
<<summary>> Rのソースコードと分析結果を埋め込むために，
```` Rのソースコードに埋め込んだタグを指定する
```{r plot-fig1, result="asis"} ('''{r} で始まり ''' で終わるブロックの中)
<<plot1>>
```
```{r plot-fig2, result="asis"}
<<plot2>>
```
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29. # markdownへの変換
(markdown形式のファイル"test_pandoc.md"が生成される)
$ Rscripe -e "library(knitr); knit('test_pandoc_knit_.md')"
# pdfへの変換
$ pandoc -s test_pandoc.md -t latex -o test_pandoc.pdf
# HTMLへの変換
$ pandoc -s test_pandoc.md -t html -o test_pandoc.html
# OpenOffice形式への変換
$ pandoc test_pandoc.md -o test_pandoc.odt
# Microsoft Word形式への変換
$ pandoc test_pandoc.md -o test_pandoc.docx
参考：
kariert, Reproducible research with markdown, knitr and pandoc （R-bloggers
2012/5/17)
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30. � pandocを用いて出力できるフォーマット
出力フォーマット
TeX LaTeX, ConTeXt, LaTeX Beamer slides
HTML XHTML, HTML5, and HTML slide shows using Slidy,
Slideous, S5, or DZSlides
Word Microsoft Word docx, OpenOffice/LibreOffice ODT,
OpenDocument XML
EBook EPUB
文書フォーマット DocBook, GNU TexInfo, Groff man pages
マークアップフォーマット Markdown, reStructuredText, AsciiDoc, MediaWiki
markup, Emacs Org-Mode, Textile
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31. これで，
いろいろなフォーマットの
ドキュメントが作れるようになる
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32. 3.3.4 RStudioを用いる
� RStudio(ver0.96以上)を用いて，このようなレ
ポート作成が非常に楽に行える．
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33. � 「ファイル(File)」 → 「新規作成(New)」 → 「R
Markdown」
� 以下のようなファイルを作成
test.rmd 拡張子は"rmd"
carsデータセットに対する分析
========================================================
統計量
```{r}
summary(cars)
```
散布図
```{r fig.width=7, fig.height=6}
plot(cars)
```
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34. � knit HTMLボタンを押す
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35. この後，Rpubsに投稿したり，
HTMLファイルとして保存するのも
楽勝．
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36. 4. まとめ
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37. � Reproducible Research
データ分析者にとっては，「再現可能な分析」
� knitrパッケージを用いるといろいろとできそう．
� 未調査事項が多いので，また機会を見つけて発
表します．
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38. 参考資料
� JJ Allaire and Yihui Xie, "New Tools for
Reproducible Research with R", 2012.
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