INTRODUCTION A LA VIROLOGIE (I) <ul><li>Structure </li></ul><ul><li>Classification </li></ul>
UNE BREVE HISTOIRE DE LA VIROLOGIE <ul><li>1400 avant J.C. - 1185 avant J.C. </li></ul><ul><li>Empire babyloniens : transm...
PROGRES SCIENTIFIQUES ET VIROLOGIE <ul><li>Chine et Inde : variolisation (- 6000 av JC - 1722) </li></ul><ul><li>Jenner : ...
INTRODUCTION A LA VIROLOGIE <ul><li>Définition : </li></ul><ul><li>Agents infectieux très simples constitués de 2 ou 3 élé...
PRINCIPALES PROPRIETES (Lwoff, 1957) <ul><li>Ne contiennent qu’un seul type d’acide nucléique (ARN ou ADN) </li></ul><ul><...
IMPACTS DE LA STRUCTURE  SUR LES PROPRIETES DES VIRUS  (a) : Poxvirus ; HBV ; (b) : Coronavirus gastroentériques ; SRAS ; ...
PROPRIETES DES STRUCTURES VIRALES <ul><li>Génome : </li></ul><ul><ul><li>ARN (10 – 20  kb ) ou AND (3 à 300  kpb )    cap...
D’après Huraux et al, cours DCEM1 2008
ORGANISATION DES GENOMES VIRAUX <ul><li>Porte l’ensemble de l’information génétique nécessaire à la réplication des virus ...
L segment (6400 nt) L (235 kD)   S segment (1690 nt) NSs (30 kD ) N (27 kD ) M segment (3890 nt) NSm1 (78 Kd ) G C  (56 kD...
CLASSIFICATION <ul><ul><ul><ul><ul><li>Historiquement : basée sur la taille ; pouvoir pathogène ou propriété(s) épidémiolo...
CLASSIFICATION <ul><li>Proche du  système de classification des organismes cellulaires : </li></ul><ul><li>Système taxonom...
ORDRES <ul><li>Six ordres : </li></ul><ul><li>Caudovirales  :  dsDNA ;  bactériophages  </li></ul><ul><li>Herpesvirales  :...
 
II ss circulaire Icosaédrique N Torque teno virus  Anelloviridae I ds circulaire Icosaédrique N JC ; BK ; SV40 (LEMP)  Pol...
V ss(-) hélicoidale E Ebola; Marburg Filoviridae V ss(-) hélicoidale E Rougeole; VRS Paramyxoviridae IV ss(+) Icosaédrique...
VIROIDES ; SATELLITES ; PRIONS <ul><li>Partagent certaines propriétés des virus: </li></ul><ul><li>Absence d’enzyme du mét...
INTRODUCTION A LA VIROLOGIE (II) <ul><li>Cycle viral </li></ul><ul><li>Physiopathologie </li></ul><ul><li>Diagnostic </li>...
INTRODUCTION A LA VIROLOGIE (III) <ul><li>Arboviroses et arbovirus </li></ul>
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Introduction a la virologie (i)

  1. 1. INTRODUCTION A LA VIROLOGIE (I) <ul><li>Structure </li></ul><ul><li>Classification </li></ul>
  2. 2. UNE BREVE HISTOIRE DE LA VIROLOGIE <ul><li>1400 avant J.C. - 1185 avant J.C. </li></ul><ul><li>Empire babyloniens : transmission de la rage par morsure de chien </li></ul>
  3. 3. PROGRES SCIENTIFIQUES ET VIROLOGIE <ul><li>Chine et Inde : variolisation (- 6000 av JC - 1722) </li></ul><ul><li>Jenner : principe de la vaccination (1798) </li></ul><ul><li>Pasteur et Roux : principe d’atténuation des agents pathogènes (1885, 1 er vaccination thérapeutique antirabbique) </li></ul><ul><li>1884 : Bougies de Chamberland : (filtre absolut) ultrafiltrabilité des virus </li></ul><ul><li>Médecine humaine et vétérinaire et agronomie </li></ul><ul><ul><li>Ivanovski : infectivité des ultrafiltrats de feuilles de tabac (1892) </li></ul></ul><ul><ul><li>Loeffler & Frosh  : caractère ultrafiltrable de l’agent de la fièvre aphteuse (1898) </li></ul></ul><ul><ul><li>Reed : découverte du virus de la fièvre jaune (1901) </li></ul></ul><ul><ul><li>Rous oncogénèse virale (1911) </li></ul></ul><ul><ul><li>Twort : découverte des virus de bactéries (1915) ; Bactériophages (d’Herelle, 1921) </li></ul></ul><ul><li>Physique : </li></ul><ul><ul><li>1935 : Cristalisation du VMT ( physique nucléaire diffraction rayon X) </li></ul></ul><ul><ul><li>1939 : invention du microscope électronique et visualisation directe du VMT Kausche, Ankuch, Ruska </li></ul></ul><ul><li>Biochimie : </li></ul><ul><li>Watson & Crick : structure de l’ADN (1957) </li></ul><ul><li>Biologie moléculaire : </li></ul><ul><ul><li>Temin & Baltimore : transcriptase inverse (1970) </li></ul></ul><ul><ul><li>Mullis : principe de la PCR (1985) </li></ul></ul><ul><ul><li>Sté Chiron : décourverte du HCV par génie génétique (1989) </li></ul></ul><ul><ul><li>Chang : découverte du virus de la maladie de Kaposi pas soustraction moléculaire (1994) </li></ul></ul><ul><ul><li>Sequençage du génome humain  séquence rétrovirales endogènes (2003) </li></ul></ul>
  4. 4. INTRODUCTION A LA VIROLOGIE <ul><li>Définition : </li></ul><ul><li>Agents infectieux très simples constitués de 2 ou 3 éléments </li></ul><ul><li>Bactéries et parasites sont des cellules, ce que ne sont pas les virus. </li></ul><ul><li>« Les virus sont les virus » ( André Lwoff) </li></ul><ul><li>Taille : </li></ul><ul><li>Inférieure aux plus petites bactéries (rickettsies)  uniquement visible au microscope électronique ; agent “ultrafiltrable” </li></ul><ul><li>Très gros virus : variole ; mimivirus (2007) à la limite du visible en microscopie optique </li></ul>
  5. 5. PRINCIPALES PROPRIETES (Lwoff, 1957) <ul><li>Ne contiennent qu’un seul type d’acide nucléique (ARN ou ADN) </li></ul><ul><li>Se multiplient à partir de leur seul génome </li></ul><ul><li>Incapables de croitre et de se diviser </li></ul><ul><li>Ne possèdent pas d’enzyme du métabolisme intermédiaire (système de Lipmann) </li></ul><ul><li> Les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires </li></ul>
  6. 6. IMPACTS DE LA STRUCTURE SUR LES PROPRIETES DES VIRUS (a) : Poxvirus ; HBV ; (b) : Coronavirus gastroentériques ; SRAS ; (c) HBV 00 + Sensibilité aux solvants organiques ( c ) - 20°C - 80°C Température de stockage + 0 ( b ) Contamination interhumaine indirecte (fécale-orale) + + Contamination interhumaine directe (aérosol ; muqueuse) + + Elimination dans la gorge + 0 ( b ) Excrétion fécale + 0 ( a ) Stabilité dans l’environnement Virus nu Virus enveloppé
  7. 7. PROPRIETES DES STRUCTURES VIRALES <ul><li>Génome : </li></ul><ul><ul><li>ARN (10 – 20 kb ) ou AND (3 à 300 kpb )  capacité de codage limitée </li></ul></ul><ul><ul><li>Simple ou double brin </li></ul></ul><ul><ul><li>Unique ou segmenté </li></ul></ul><ul><li>Capside </li></ul><ul><ul><li>tubulaire ouhélicoïdale </li></ul></ul><ul><ul><li>Polyédrique : icosaèdre </li></ul></ul><ul><ul><li>Polymères d eprotéines virales </li></ul></ul><ul><ul><li>Structure de protection du génome (capsa = boite) </li></ul></ul><ul><li>Enveloppe </li></ul><ul><ul><li>Compartiment le plus externe de certains virus </li></ul></ul><ul><ul><li>Composée de phospholipides et de protéines </li></ul></ul><ul><ul><li>Phospholipdes d’origine cellulaire, empruntée au compartiment cellulaire où s’effectue la maturation du virion (enveloppe cytoplasmique ; memebrane nucléaire) </li></ul></ul>
  8. 8. D’après Huraux et al, cours DCEM1 2008
  9. 9. ORGANISATION DES GENOMES VIRAUX <ul><li>Porte l’ensemble de l’information génétique nécessaire à la réplication des virus </li></ul><ul><li>Code 2 types de protéines : </li></ul><ul><li>Structurales : produites par la cellule infectée et intégrées au virion (particule virale mature et infectante) </li></ul><ul><ul><li>Capside </li></ul></ul><ul><ul><li>Protéines d’enveloppe </li></ul></ul><ul><ul><li>Certaines enzymes (transcriptase inverse) </li></ul></ul><ul><li>Non structurales : indispensable à la réplication mais non intégrée au virion (rôle de régulation ; modification post traductionnelles…) </li></ul><ul><ul><li>Protéases virales </li></ul></ul><ul><ul><li>Transactivateur de transcription (TAT du HIV-1) </li></ul></ul>
  10. 10. L segment (6400 nt) L (235 kD) S segment (1690 nt) NSs (30 kD ) N (27 kD ) M segment (3890 nt) NSm1 (78 Kd ) G C (56 kD ) G n (54 kD ) NSm2 (14 Kd )
  11. 11. CLASSIFICATION <ul><ul><ul><ul><ul><li>Historiquement : basée sur la taille ; pouvoir pathogène ou propriété(s) épidémiologique(s) commune(s) </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Arbovirus = 5 familles virales </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Classification moderne : </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Basée sur la structure et l’organisation génétique des virus ( # 1970) </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Coordonnée par l’ICTV (International Committee on Taxonomy of Viruses) </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>http://ictvonline.org/virusTaxonomy.asp?version=2009 </li></ul></ul></ul></ul></ul>
  12. 12. CLASSIFICATION <ul><li>Proche du système de classification des organismes cellulaires : </li></ul><ul><li>Système taxonomique Exemple </li></ul><ul><li>Ordre ( -virales ) Herpesvirales </li></ul><ul><ul><ul><li>Famille ( -viridae ) Herpesviridae </li></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><li>Sous-famille ( -virinae ) alpha - Herpesvirinae </li></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Genre ( -virus ) Herpes simplex </li></ul></ul></ul></ul></ul><ul><ul><ul><ul><ul><li>Espèce HSV-1 </li></ul></ul></ul></ul></ul>
  13. 13. ORDRES <ul><li>Six ordres : </li></ul><ul><li>Caudovirales : dsDNA ; bactériophages </li></ul><ul><li>Herpesvirales : dsDNA ; réplication dans cellules eucaryotes </li></ul><ul><li>Mononegavirales : ssRNA (-) non-segmenté ; virus de plantes et d’animaux </li></ul><ul><li>Nidovirales : ssRNA (+); virus de vertébrés (expression indépendante des protéines S et NS) </li></ul><ul><li>Picornavirales : petits ssRNA (+); virus de plantes, d’animaux et d’insectes </li></ul><ul><li>Tymovirales : monopartite ssRNA ; virus de plantes. </li></ul><ul><li>(2011) : 6 ordres, 87 familles, 19 sous-familles, 349 genres et 2,284 espèces </li></ul>
  14. 15. II ss circulaire Icosaédrique N Torque teno virus Anelloviridae I ds circulaire Icosaédrique N JC ; BK ; SV40 (LEMP) Polyomaviridae VII Circulaire partiellement ds Icosaédrique E Hepatitis B virus . Hepadnaviridae I ds Complexe E complexe Variole monkey pox Poxviridae I ds Icosaédrique E HSV ; VZV ; CMV EBV, Herpesviridae II ss Icosaédrique N Parvovirus B19 . Parvoviridae I ds circulaire Icosaédrique N Papillomavirus . Papillomaviridae I ds Icosaédrique N Adenovirus, Adenoviridae Groupe Acide nucléique Capside Virion Exemple Famille
  15. 16. V ss(-) hélicoidale E Ebola; Marburg Filoviridae V ss(-) hélicoidale E Rougeole; VRS Paramyxoviridae IV ss(+) Icosaédrique E Dengue ; JEv Flaviviridae V ss(-) segmenté hélicoidale E RVF ; hantavirus Bunyaviridae IV ss Icosaédrique E Chikungunya Togaviridae IV ss Icosaédrique N Norwalk ; HEV Caliciviridae IV ss Icosaédrique N Entérovirus Picornaviridae III ds Icosaédrique N Réovirus ; Rotavirus Reoviridae Groupe Acide nucléique Capside Virion Exemple Famille
  16. 17. VIROIDES ; SATELLITES ; PRIONS <ul><li>Partagent certaines propriétés des virus: </li></ul><ul><li>Absence d’enzyme du métabolisme intermédiaire </li></ul><ul><li>Parasitisme absolut </li></ul><ul><li>Viroïdes : Acides nucléiques infectieux ; pathogènes de plantes (pomme de terre) </li></ul><ul><li>Satellites : (AAV ; HDV) </li></ul><ul><li>“ Virus défectif” empruntant une partie des protéines produites en excès par autre virus pour se répliquer (AAV / Adénovirus ; HDV / HBV) </li></ul><ul><li>Prions : </li></ul><ul><li>(Protéine infectieuses ; </li></ul><ul><li>ancienne perception de la nature des virus) </li></ul>
  17. 18. INTRODUCTION A LA VIROLOGIE (II) <ul><li>Cycle viral </li></ul><ul><li>Physiopathologie </li></ul><ul><li>Diagnostic </li></ul>
  18. 19. INTRODUCTION A LA VIROLOGIE (III) <ul><li>Arboviroses et arbovirus </li></ul>

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