Cuando se creó el Departamento de Cajamarca en 1855, se establecieron varias instituciones importantes como la Beneficencia de Cajamarca en 1848, la Municipalidad de Cajamarca en 1857 y la Corte Superior de Cajamarca en 1861. La diócesis de Cajamarca fue creada en 1882 debido a la importancia de la región. Finalmente, la Universidad Nacional de Cajamarca fue fundada en 1962 para proveer educación superior a los jóvenes de la región.