Mikrobiologi telah berkembang sejak zaman Yunani Kuno, dengan teori awal tentang generatio spontanea. Pada abad ke-16 dan 17, para ilmuwan mulai mengembangkan mikroskop dan menemukan berbagai mikroorganisme seperti kuman dan jamur. Pada abad ke-19, teori infeksi menular yang disebabkan oleh partikel tak terlihat mulai diterima.