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Developing future-proof
             systems in Python

              Timothy W. Cook                         Luciana Tricai Cavalini
          Colaborador Internacional                     Professora Adjunto
Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia –   Instituto de Saúde da Comunidade
Medicina Assistida por Computação Científica    Universidade Federal Fluminense
Por que “future-proof”?
●
    Quando é necessário garantir a
     persistência da informação?
●
    (O atributo deve ser armazenado na DB
     do jeito que foi coletado):
      ●
          Quando os valores do atributo variam ao
           longo do tempo (e no espaço)
      ●
          Quando a informação deve ser
           armazenada por um longo tempo
Tudo precisa ser “future-proof”?


●
    Companhia aérea?   ●
                           Companhia de seguro?
●
    Loja de vídeo?     ●
                           Escola?
●
    Livraria?          ●
                           INSS?
●
    Banco?             ●
                           Hospital?
Tudo precisa ser “future-proof”?


●
    Companhia aérea?    ●
                             Companhia de seguro?
                              
●
    Loja de vídeo? 
                         ●
                             Escola?  
●
    Livraria? 
                         ●
                             INSS?   
●
    Banco? +/-
                         ●
                             Hospital?    
Ser “future-proof” não é tudo:
●
    A informação ainda precisa:
      ●
          Manter seu contexto semântico
             –   Ex: “102”
      ●
          Ser interoperável
*Contexto*
*Interoperabilidade*



       - Tosse
       -Há 3 meses
       -Febrícula
       -ID: TB? Ca?


                                     -Rx tórax:
-Lavado bronco-                      -Nódulo em
alveolar:                            ápice D
-Carcinoma
broncogênico
- Tosse
                            -Há 3 meses
                            -Febrícula     - Tosse        -Rx tórax:
                            -ID: TB? Ca?   -Há 3 meses    -Nódulo em
                                           -Febrícula     ápice D
                                           -ID: TB? Ca?




- Tosse        -Rx tórax:
-Há 3 meses    -Nódulo em
-Febrícula     ápice D
-ID: TB? Ca?
-Lavado bronco-alveolar:
-Carcinoma broncogênico
Interoperabilidade?



       - Tosse
       -Há 3 meses
       -Febrícula
       -ID: TB? Ca?
        Software de
     fundo de quintal
                                           -Rx tórax:
-Lavado bronco-                            -Nódulo em
alveolar:                                  ápice D
-Carcinoma                                 Mensagens
broncogênico                                HL7v2
 Extrato CEN 13606
Modelo de Informação


                                Seu aplicativo (PEP, DSS etc)
Especificações openEHR




                                 Modelagem do conhecimento
                                        (Arquétipos)*


                                     Modelo de Referência


                         *Arquétipos também são conhecidos como Ontologias
Oscilador
Lampadazinha de Natal
Com uma lâmpada mais forte
Transmissor
Outra Metáfora
●
    Modelo de Referência = Peças do Lego
●
    Manual do Lego = Arquétipos




           Archetype A       Archetype B
“Use Case”: Saúde
      Especificações openEHR

               s
         e rie
       Qu        Arquétipos


AQL
              Modelo de                  TOM
              Referência
        AOM                ADL
                                   tes
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O Modelo de Referência

                s
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                Arquétipos


AQL             Modelo de              TOM
                Referência

      AOM                ADL
                                 tes
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                         Tem
O que tem no RM?
Arquétipos

            ies
      Q uer
              Arquétipos


AQL         Modelo de               TOM
            Referência

      AOM              ADL
                               es
                           lat
                         mp
                       Te
Linguagem: ADL
http://www.openehr.org/knowledge/
Queries

            ies
      Q uer
             Archetypes


AQL         Reference                  TOM
              Model

      AOM                 ADL
                                  es
                              lat
                            mp
                          Te
Archetype Query Language (AQL)

    SELECT
     o/data[at0001]/events[at0002]/time,
     o/data[at0001]/events[at0002]/data[at0003]/items[
     at0013.1]/value
    FROM
     Ehr[uid=@EhrUid] CONTAINS Composition
     c[openEHR-EHR-COMPOSITION.encounter.v1]
     CONTAINS Observation o[openEHR-EHR-
     OBSERVATION.laboratory-lipids.v1]
●
Templates

            ies
      Q uer
             Archetypes


AQL         Reference                  TOM
              Model

      AOM                 ADL
                                  es
                              lat
                            mp
                          Te
Arquétipos e Templates

 Diabetic checkup   Archetypes     Antenatal visit

Tingling feet             FH     Back pain
Feeling tired
                        Weight   66 kg
76 kg
                          BP     102/64 mmHg
124/92
                                 142/min
                        HbA1c
7.5%
                                 NAD, see 4/52
                        Issues
Excellent control
                        Assess


        Template                     Template
FORMS
Uma visão geral

 4. Aplicativos                        Formulários   Interface de
                                                     usuário




 3. Modelos locais de uso              Templates     Captura dos
                                                     dados




2. Modelagem do conhecimento clínico   Arquétipos    Especificações do
(independente do software)                           conteúdo



 1. Modelo de informação genérico                    Persistência
                                        Modelo de
 (independente do conhecimento
                                        Referência
 médico)
The openEHR Model Chain
●
HL7v2
    msg


    HL7v2
(archetyp
          ed )
                    Integration                Clinical
                    Archetypes,                             CDAr2
CDAr2                                        Archetypes,
                    Templates                              (copied)
(text)                                        Templates
                                                                  CDAr2
                                                Clinical       (generated)
         CDAr2                    mappings
         (struct)                             Archetypes
                                             openEHR         1360
    1360
   Extr 6                                      EHR          Extr 6
       act                                                      act


   openEH                                                    openEH
           R           Clinical                                      R
   Extract                                                   Extract
                     Archetypes
OSHIP = Implementação em
                          Python/C

                            Seu aplicativo (PEP, DSS etc)


                                              OSHIP


                                              OSHIP
Especificaç




              + requisitos de segurança (autorização, autenticação) + motor de decisão
              para DSS + serviços web + serviços de eventos + ...
https://launchpad.net/oship
Novidades para o mundo Python Brasil:
●
    O Ministério da Saúde está para adotar as
     especificações openEHR como o padrão de
     desenvolvimento de sistemas de informação
     em saúde no Brasil
●
    OSHIP é a única plataforma em software livre
     sendo desenvolvida aqui no país
●
    O governo brasileiro é bastante pró-SL
●
    Vai começar um processo educacional em
     openEHR
Vai ter espaço para:
●
    Desenvolvedores de aplicativos para o sistema de
     saúde (e suporte técnico):
      ●
          Público e privado
      ●
          Estados e municípios
●
    Projetos de pesquisa
●
    Pós-graduação (mestrado, doutorado)
●
    Ensino:
      ●
          Universidades públicas e privadas
      ●
          Presencial e EAD
Junte-se a nós!



  https://launchpad.net/oship


timothywayne.cook@gmail.com


      lutricav@vm.uff.br

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  • 1. Developing future-proof systems in Python Timothy W. Cook Luciana Tricai Cavalini Colaborador Internacional Professora Adjunto Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia – Instituto de Saúde da Comunidade Medicina Assistida por Computação Científica Universidade Federal Fluminense
  • 2. Por que “future-proof”? ● Quando é necessário garantir a persistência da informação? ● (O atributo deve ser armazenado na DB do jeito que foi coletado): ● Quando os valores do atributo variam ao longo do tempo (e no espaço) ● Quando a informação deve ser armazenada por um longo tempo
  • 3. Tudo precisa ser “future-proof”? ● Companhia aérea? ● Companhia de seguro? ● Loja de vídeo? ● Escola? ● Livraria? ● INSS? ● Banco? ● Hospital?
  • 4. Tudo precisa ser “future-proof”? ● Companhia aérea?  ● Companhia de seguro?  ● Loja de vídeo?  ● Escola?   ● Livraria?  ● INSS?    ● Banco? +/- ● Hospital?    
  • 5. Ser “future-proof” não é tudo: ● A informação ainda precisa: ● Manter seu contexto semântico – Ex: “102” ● Ser interoperável
  • 7. *Interoperabilidade* - Tosse -Há 3 meses -Febrícula -ID: TB? Ca? -Rx tórax: -Lavado bronco- -Nódulo em alveolar: ápice D -Carcinoma broncogênico
  • 8. - Tosse -Há 3 meses -Febrícula - Tosse -Rx tórax: -ID: TB? Ca? -Há 3 meses -Nódulo em -Febrícula ápice D -ID: TB? Ca? - Tosse -Rx tórax: -Há 3 meses -Nódulo em -Febrícula ápice D -ID: TB? Ca? -Lavado bronco-alveolar: -Carcinoma broncogênico
  • 9. Interoperabilidade? - Tosse -Há 3 meses -Febrícula -ID: TB? Ca? Software de fundo de quintal -Rx tórax: -Lavado bronco- -Nódulo em alveolar: ápice D -Carcinoma Mensagens broncogênico HL7v2 Extrato CEN 13606
  • 10. Modelo de Informação Seu aplicativo (PEP, DSS etc) Especificações openEHR Modelagem do conhecimento (Arquétipos)* Modelo de Referência *Arquétipos também são conhecidos como Ontologias
  • 11.
  • 12.
  • 15. Com uma lâmpada mais forte
  • 17. Outra Metáfora ● Modelo de Referência = Peças do Lego ● Manual do Lego = Arquétipos Archetype A Archetype B
  • 18. “Use Case”: Saúde Especificações openEHR s e rie Qu Arquétipos AQL Modelo de TOM Referência AOM ADL tes m pla Te
  • 19. O Modelo de Referência s ue rie Q Arquétipos AQL Modelo de TOM Referência AOM ADL tes pla Tem
  • 20. O que tem no RM?
  • 21. Arquétipos ies Q uer Arquétipos AQL Modelo de TOM Referência AOM ADL es lat mp Te
  • 24. Queries ies Q uer Archetypes AQL Reference TOM Model AOM ADL es lat mp Te
  • 25. Archetype Query Language (AQL) SELECT o/data[at0001]/events[at0002]/time, o/data[at0001]/events[at0002]/data[at0003]/items[ at0013.1]/value FROM Ehr[uid=@EhrUid] CONTAINS Composition c[openEHR-EHR-COMPOSITION.encounter.v1] CONTAINS Observation o[openEHR-EHR- OBSERVATION.laboratory-lipids.v1] ●
  • 26. Templates ies Q uer Archetypes AQL Reference TOM Model AOM ADL es lat mp Te
  • 27. Arquétipos e Templates Diabetic checkup Archetypes Antenatal visit Tingling feet FH Back pain Feeling tired Weight 66 kg 76 kg BP 102/64 mmHg 124/92 142/min HbA1c 7.5% NAD, see 4/52 Issues Excellent control Assess Template Template
  • 28. FORMS
  • 29. Uma visão geral 4. Aplicativos Formulários Interface de usuário 3. Modelos locais de uso Templates Captura dos dados 2. Modelagem do conhecimento clínico Arquétipos Especificações do (independente do software) conteúdo 1. Modelo de informação genérico Persistência Modelo de (independente do conhecimento Referência médico)
  • 30. The openEHR Model Chain ●
  • 31. HL7v2 msg HL7v2 (archetyp ed ) Integration Clinical Archetypes, CDAr2 CDAr2 Archetypes, Templates (copied) (text) Templates CDAr2 Clinical (generated) CDAr2 mappings (struct) Archetypes openEHR 1360 1360 Extr 6 EHR Extr 6 act act openEH openEH R Clinical R Extract Extract Archetypes
  • 32. OSHIP = Implementação em Python/C Seu aplicativo (PEP, DSS etc) OSHIP OSHIP Especificaç + requisitos de segurança (autorização, autenticação) + motor de decisão para DSS + serviços web + serviços de eventos + ...
  • 34.
  • 35. Novidades para o mundo Python Brasil: ● O Ministério da Saúde está para adotar as especificações openEHR como o padrão de desenvolvimento de sistemas de informação em saúde no Brasil ● OSHIP é a única plataforma em software livre sendo desenvolvida aqui no país ● O governo brasileiro é bastante pró-SL ● Vai começar um processo educacional em openEHR
  • 36. Vai ter espaço para: ● Desenvolvedores de aplicativos para o sistema de saúde (e suporte técnico): ● Público e privado ● Estados e municípios ● Projetos de pesquisa ● Pós-graduação (mestrado, doutorado) ● Ensino: ● Universidades públicas e privadas ● Presencial e EAD
  • 37. Junte-se a nós! https://launchpad.net/oship timothywayne.cook@gmail.com lutricav@vm.uff.br