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Perrine Helly - Service Commun de Documentation - UBO
BU Santé




             Medline via l’interface
                   Pubmed
                            SF4 – octobre 2012




                                                        Octobre 2012   1
Objectifs de la séance
   Connaître les principes de constitution de la
    base Medline

   Se repérer dans Pubmed

   Savoir effectuer une requête pertinente dans
    la base

   Savoir mettre en place des alertes sur un
    thème
Ne pas confondre



      Medline ≠ Pubmed

     Le contenu           L'interface
(la base de données)   d'interrogation
Bases de données
       Un éditeur privé ou un
        organisme institutionnel

       Un référencement humain

       Un thésaurus organisé

       Une interface d'interrogation
Medline

   Qui?        National Library of Medicine
                Etats-Unis)

                     20 M de références
   Quoi?          d'articles biomédicaux,
                        issues de 5200
                         périodiques
                          depuis 1948
   Thésaurus         MESH


   Interface         PUBMED
                     (il en existe d'autres)
A la découverte de
    Pubmed - 3 étapes


   L'interface d'interrogation

   La recherche avancée et le MESH

   Les services personnalisés
Vos premiers pas dans
    Pubmed

   Recherche libre sur la grippe H1N1
    chez les femmes enceintes

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Présentation de la liste des
résultats
   Par références courtes (summary)
   Avec le résumé (abstract)
   Possibilité de varier le nombre de
    résultats affichés par page
Les filtres
   Liés au document cherché : date
    de publication, disponibilité du texte
    intégral, type d'article, langue
    d'écriture...

   Liés à la population étudiée :
    espèce, âge, genre...
Filtre par langue


   Triez vos résultats pour n'afficher que
    les articles écrits en anglais ou en
    français
Types d'articles


   Précisez votre recherche en ne
    sélectionnant que les revues de la
    littérature
Types d'articles : rappel
   Case report / étude de cas
   Clinical Trial / essai clinique
   Randomized Controlled Trial / essai clinique
    en aveugle avec groupe contrôle
   Practice guideline / recommandation de
    bonne pratique
   Review / revue de la littérature
   Systematic Review / revue systématique
   Meta-analysis / méta-analyse (Cochrane)
S'il te plaît, dessine-moi...
              Vocabulaire normalisé


                               Descripteurs



                                       Hiérarchie



...un thésaurus
Le thésaurus de Medline :
    le MeSH



Medical Subject Headings

                  Mots-clefs uniquement en anglais

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh
Le MESH : MEdical Subject Headings


   liste de termes normalisés dans le
    domaine biomédical

   outil à utiliser en priorité pour une
    recherche pertinente
Le MESH

   Descripteurs (>25 000)

   Qualificatifs (83)

   « L'affiliation Descripteur / Qualificatif est la clé
    de l'interrogation de Medline »*


*(citation de Philippe Eveillard dans « Comment faire ses premiers pas sur
    Pubmed » La Revue du praticien. Médecine générale A. 2007, n° 766-67,
    pp. 411-412)
Formulation de la question


   Déterminer les termes à retenir pour
    la formulation de la question

   Distinguer ce qui relève du mot
    MESH, du qualificatif ou de l’option
    de limitation

   Traduire ces termes en mots clés
    MESH
Un exemple de recherche



 Articles en français et en anglais sur le
toucher dans la relation soignant-soigné
     publiés les 10 dernières années
Un exemple de recherche

Articles en français et en anglais sur le
toucher dans la relation soignant-
soigné publiés les 10 dernières années




"Touch"[Mesh] AND "Professional-Patient
           Relations"[Mesh]

  + Limits activated : English, French,
     published in the last 10 years
Les opérateurs booléens
.
Chercher dans Medline,
c'est compliqué...
   On cherche les mots-clefs Mesh les
    plus pertinents

   On les associe entre eux pour faire
    une recherche sur PUBMED >
    « équation de recherche »
Correspondances Mesh français –
         Mesh anglais



   => « Mesh bilingue  de l’INSERM » :
   http://mesh.inserm.fr/mesh/

              ou

   => « Portail terminologique de santé »
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   http://pts.chu-rouen.fr/
Exercice



1- Les troubles des comportements alimentaires
              chez la femme enceinte

 (Limiter aux 5 dernières années de parution)
Exercice

2 – Les effets indésirables du déclenchement du
                 travail obstétrical

         Limiter aux essais cliniques
My NCBI : votre Pubmed
personnalisé
   Ouvrir un compte sur My NCBI
       « Sign in »
       « Register for an account »
My NCBI

   Paramétrer dans votre compte les
    filtres suivants
       Anglais
       Français
       Texte intégral gratuit
       Texte intégral
Exercice


3 – Le traitement du diabète gestationnel. Exclure les
              traitements médicamenteux .


Limiter aux recommandations de bonnes pratiques


Mettre en place une veille mensuelle dans MY NCBI
Des mots MESH ?
.



                        Ne contient pas de
                           mots MESH




                      Contient des mots MESH
Exercice


 4 - Trouvez les articles les plus récents
 sur le diagnostic de la
 mucoviscidose
Solution : le champ
Title/abstract ou [tiab]
« cystic fibrosis/diagnosis »[Mesh]
      Devient



(« cystic fibrosis »[tiab] OR
« mucoviscidosis »[tiab]OR
« fibrosistic disease »[tiab]) AND
diagnos*[tiab]
Exercice de synthèse



   5- La prévention des grossesses chez les
                 adolescentes

> limiter aux revues systématiques et aux méta-
                      analyses
> formuler la requête sans utiliser le MESH pour
mettre en place une veille sur les articles récents
Retrouvez le support en
ligne sur



http://formation.scd.univ-brest.fr/sf4
Prochaine séance

   Organiser vos références
    bibliographiques avec le logiciel
    Zotero

   Possibilité de venir avec votre propre
    ordinateur (connecté au wifi UBO et
    équipé du logiciel Firefox)

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  • 1. Perrine Helly - Service Commun de Documentation - UBO BU Santé Medline via l’interface Pubmed SF4 – octobre 2012 Octobre 2012 1
  • 2. Objectifs de la séance  Connaître les principes de constitution de la base Medline  Se repérer dans Pubmed  Savoir effectuer une requête pertinente dans la base  Savoir mettre en place des alertes sur un thème
  • 3. Ne pas confondre Medline ≠ Pubmed Le contenu L'interface (la base de données) d'interrogation
  • 4. Bases de données  Un éditeur privé ou un organisme institutionnel  Un référencement humain  Un thésaurus organisé  Une interface d'interrogation
  • 5. Medline  Qui? National Library of Medicine Etats-Unis) 20 M de références  Quoi? d'articles biomédicaux, issues de 5200 périodiques depuis 1948  Thésaurus MESH  Interface PUBMED (il en existe d'autres)
  • 6. A la découverte de Pubmed - 3 étapes  L'interface d'interrogation  La recherche avancée et le MESH  Les services personnalisés
  • 7. Vos premiers pas dans Pubmed  Recherche libre sur la grippe H1N1 chez les femmes enceintes http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
  • 8. Présentation de la liste des résultats  Par références courtes (summary)  Avec le résumé (abstract)  Possibilité de varier le nombre de résultats affichés par page
  • 9. Les filtres  Liés au document cherché : date de publication, disponibilité du texte intégral, type d'article, langue d'écriture...  Liés à la population étudiée : espèce, âge, genre...
  • 10. Filtre par langue  Triez vos résultats pour n'afficher que les articles écrits en anglais ou en français
  • 11. Types d'articles  Précisez votre recherche en ne sélectionnant que les revues de la littérature
  • 12. Types d'articles : rappel  Case report / étude de cas  Clinical Trial / essai clinique  Randomized Controlled Trial / essai clinique en aveugle avec groupe contrôle  Practice guideline / recommandation de bonne pratique  Review / revue de la littérature  Systematic Review / revue systématique  Meta-analysis / méta-analyse (Cochrane)
  • 13. S'il te plaît, dessine-moi... Vocabulaire normalisé Descripteurs Hiérarchie ...un thésaurus
  • 14. Le thésaurus de Medline : le MeSH Medical Subject Headings Mots-clefs uniquement en anglais http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh
  • 15. Le MESH : MEdical Subject Headings  liste de termes normalisés dans le domaine biomédical  outil à utiliser en priorité pour une recherche pertinente
  • 16. Le MESH  Descripteurs (>25 000)  Qualificatifs (83)  « L'affiliation Descripteur / Qualificatif est la clé de l'interrogation de Medline »* *(citation de Philippe Eveillard dans « Comment faire ses premiers pas sur Pubmed » La Revue du praticien. Médecine générale A. 2007, n° 766-67, pp. 411-412)
  • 17. Formulation de la question  Déterminer les termes à retenir pour la formulation de la question  Distinguer ce qui relève du mot MESH, du qualificatif ou de l’option de limitation  Traduire ces termes en mots clés MESH
  • 18. Un exemple de recherche Articles en français et en anglais sur le toucher dans la relation soignant-soigné publiés les 10 dernières années
  • 19. Un exemple de recherche Articles en français et en anglais sur le toucher dans la relation soignant- soigné publiés les 10 dernières années "Touch"[Mesh] AND "Professional-Patient Relations"[Mesh] + Limits activated : English, French, published in the last 10 years
  • 21. Chercher dans Medline, c'est compliqué...  On cherche les mots-clefs Mesh les plus pertinents  On les associe entre eux pour faire une recherche sur PUBMED > « équation de recherche »
  • 22. Correspondances Mesh français – Mesh anglais => « Mesh bilingue  de l’INSERM » : http://mesh.inserm.fr/mesh/ ou => « Portail terminologique de santé » (CISMEF) http://pts.chu-rouen.fr/
  • 23. Exercice 1- Les troubles des comportements alimentaires chez la femme enceinte (Limiter aux 5 dernières années de parution)
  • 24. Exercice 2 – Les effets indésirables du déclenchement du travail obstétrical Limiter aux essais cliniques
  • 25. My NCBI : votre Pubmed personnalisé  Ouvrir un compte sur My NCBI  « Sign in »  « Register for an account »
  • 26. My NCBI  Paramétrer dans votre compte les filtres suivants  Anglais  Français  Texte intégral gratuit  Texte intégral
  • 27. Exercice 3 – Le traitement du diabète gestationnel. Exclure les traitements médicamenteux . Limiter aux recommandations de bonnes pratiques Mettre en place une veille mensuelle dans MY NCBI
  • 28. Des mots MESH ? . Ne contient pas de mots MESH Contient des mots MESH
  • 29. Exercice 4 - Trouvez les articles les plus récents sur le diagnostic de la mucoviscidose
  • 30. Solution : le champ Title/abstract ou [tiab] « cystic fibrosis/diagnosis »[Mesh] Devient (« cystic fibrosis »[tiab] OR « mucoviscidosis »[tiab]OR « fibrosistic disease »[tiab]) AND diagnos*[tiab]
  • 31. Exercice de synthèse 5- La prévention des grossesses chez les adolescentes > limiter aux revues systématiques et aux méta- analyses > formuler la requête sans utiliser le MESH pour mettre en place une veille sur les articles récents
  • 32. Retrouvez le support en ligne sur http://formation.scd.univ-brest.fr/sf4
  • 33. Prochaine séance  Organiser vos références bibliographiques avec le logiciel Zotero  Possibilité de venir avec votre propre ordinateur (connecté au wifi UBO et équipé du logiciel Firefox)