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Perrine Helly - Service Commun de Documentation - UBO 
BU Santé 
Medline via l’interface 
Pubmed 
SMa4 – septembre 2014
Objectifs de la séance 
 Connaître les principes de constitution de la 
base Medline 
 Se repérer dans Pubmed 
 Savoir ...
Medline, quelques principes 
Spots – Loop_oh Flickr CC-BY-SA
Ne pas confondre 
Medline ≠ Pubmed 
Le contenu 
(la base de données) 
L'interface 
d'interrogation
Bases de données 
 Un éditeur privé ou un 
organisme institutionnel 
 Un référencement humain 
 Un thésaurus organisé 
...
Medline 
 Qui? 
 Quoi? 
National Library of Medicine 
Etats-Unis) 
20 M de références 
d'articles biomédicaux, 
issues d...
Pubmed, quelques repères 
(interface web) 
Compass Study – Calsidyrose – Flickr CC-BY
Vos premiers pas dans 
Pubmed 
 Recherche libre sur la grippe H1N1 
chez les femmes enceintes 
http://www.ncbi.nlm.nih.go...
Présentation de la liste des 
résultats
Quelques filtres 
 Triez vos résultats pour n'afficher que 
les articles écrits en anglais ou en 
français 
 Précisez vo...
Types d'articles : rappel 
 Case report / étude de cas 
 Clinical Trial / essai clinique 
 Randomized Controlled Trial ...
Pour des recherches fines : le Mesh 
Needle and Thread – Incurable Hippie – Flickr CC-BY-NC
S'il te plaît, dessine-moi... 
...un thésaurus 
Vocabulaire normalisé 
Descripteurs 
Hiérarchie
Plusieurs synonymes, un seul 
descripteur officiel 
Syndrome, Down 
Down's Syndrome 
Downs Syndrome 
Syndrome, Down's 
Mon...
Le thésaurus de Medline : 
le MeSH 
Medical Subject Headings (uniquement en anglais)
Les mots-clefs Medline 
peuvent être enrichis par 
des « sous-mot-clefs » 
Heading/Subheading 
= Descripteur/Qualificatif ...
Les opérateurs booléens 
. 
A/B 
A du 
point de 
vue de B 
Sur 
Pubmed 
seulement
Le MESH 
 Descripteurs (>25 000) 
 Qualificatifs (83) 
 « L'affiliation Descripteur / Qualificatif est la clé 
de l'int...
Recherche libre vs. Équation de recherche 
Les facteurs environnementaux 
de la sclérose en plaques 
multiple 
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Exemple de 
résultat non-pertinent 
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indifféremment 
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Un exemple de recherche 
Articles en français et en anglais sur le 
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publiés les ...
Un exemple de recherche 
Articles en français et en anglais sur le 
toucher dans la relation soignant-soigné 
publiés les ...
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pertinent: la 
requête a porté 
exclusivement 
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« mots MESH » 
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Correspondances Mesh français – 
Mesh anglais 
=> « Portail terminologique de santé » 
(CISMEF) 
http://pts.chu-rouen.fr/ ...
Bref 
« Une recherche 
bibliographique ne se fait 
pas dans les couloirs de 
l’hôpital ou entre 2 stations 
de métro avec ...
Exercices 
1- Rechercher les affiliations 
descripteurs/qualificatifs correspondant : 
 le diagnostic de la prééclampsie ...
Réponses 
1- Rechercher les affiliations 
descripteurs/qualificatifs correspondant : 
 au diagnostic de la prééclampsie 
...
3 façons d'entrer une 
requête dans Pubmed 
1)À partir d'un mots-clef MESH ( boîte 
d'équation de recherche et rebond)
3 façons d'entrer une 
requête dans Pubmed 
2) À partir du moteur de recherche 
avancée (« Advanced »)
3 façons d'entrer une 
requête dans Pubmed 
3) Directement dans la barre de 
recherche simple
La veille dans Pubmed : services 
personnalisés 
Low-flying harrier – Wolfpix – CC-BY-SA flickr
My NCBI : votre Pubmed 
personnalisé 
 Ouvrir un compte sur My NCBI 
 « Sign in » 
 « Register for an account »
Paramétrer dans votre 
compte les filtres suivants 
 Anglais 
 Français 
 Texte intégral gratuit 
 BU Santé Brest
Filtre « BU Santé Brest »
Icône UBO pour l'accès 
direct au texte intégral
Exercice 
2 - Les troubles des comportements 
alimentaires chez la femme enceinte 
Limiter aux 5 dernières années de parut...
Exercice 
3. Les effets indésirables du déclenchement du 
travail obstétrical 
Limiter aux essais cliniques
Exercice 
4 - Le traitement du diabète gestationnel. Exclure les 
traitements médicamenteux . 
Limiter aux recommandations...
Du problème de la veille 
équation de recherche ≠ équation de veille
Des mots MESH ? 
. 
Ne contient pas de 
mots MESH 
Contient des mots MESH
Exercice 
4 - Trouvez les articles les plus récents 
sur le diagnostic de la 
mucoviscidose 
(sans utiliser les mots Mesh)
Solution : le champ 
Title/abstract ou [tiab] 
« cystic 
fibrosis/diagnosis »[Mesh] 
Équation de recherche 
(pour des résu...
Créer une alerte dans MyNCBI
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Pubmed sma4-sept14

  1. 1. 1 Perrine Helly - Service Commun de Documentation - UBO BU Santé Medline via l’interface Pubmed SMa4 – septembre 2014
  2. 2. Objectifs de la séance  Connaître les principes de constitution de la base Medline  Se repérer dans Pubmed  Savoir effectuer une requête pertinente dans la base  Savoir mettre en place des alertes sur un thème
  3. 3. Medline, quelques principes Spots – Loop_oh Flickr CC-BY-SA
  4. 4. Ne pas confondre Medline ≠ Pubmed Le contenu (la base de données) L'interface d'interrogation
  5. 5. Bases de données  Un éditeur privé ou un organisme institutionnel  Un référencement humain  Un thésaurus organisé  Une interface d'interrogation
  6. 6. Medline  Qui?  Quoi? National Library of Medicine Etats-Unis) 20 M de références d'articles biomédicaux, issues de 5200 périodiques depuis 1948  Thésaurus MESH  Interface PUBMED (il en existe d'autres)
  7. 7. Pubmed, quelques repères (interface web) Compass Study – Calsidyrose – Flickr CC-BY
  8. 8. Vos premiers pas dans Pubmed  Recherche libre sur la grippe H1N1 chez les femmes enceintes http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
  9. 9. Présentation de la liste des résultats
  10. 10. Quelques filtres  Triez vos résultats pour n'afficher que les articles écrits en anglais ou en français  Précisez votre recherche en ne sélectionnant que les revues de la littérature
  11. 11. Types d'articles : rappel  Case report / étude de cas  Clinical Trial / essai clinique  Randomized Controlled Trial / essai clinique en aveugle avec groupe contrôle  Practice guideline / recommandation de bonne pratique  Review / revue de la littérature  Systematic Review / revue systématique  Meta-analysis / méta-analyse (Cochrane)
  12. 12. Pour des recherches fines : le Mesh Needle and Thread – Incurable Hippie – Flickr CC-BY-NC
  13. 13. S'il te plaît, dessine-moi... ...un thésaurus Vocabulaire normalisé Descripteurs Hiérarchie
  14. 14. Plusieurs synonymes, un seul descripteur officiel Syndrome, Down Down's Syndrome Downs Syndrome Syndrome, Down's Mongolism Trisomy 21 Trisomy 21, Meiotic Nondisjunction Trisomy 21, Mitotic Nondisjunction Down Syndrome, Partial Trisomy 21 Partial Trisomy 21 Down Syndrome Down Syndrome
  15. 15. Le thésaurus de Medline : le MeSH Medical Subject Headings (uniquement en anglais)
  16. 16. Les mots-clefs Medline peuvent être enrichis par des « sous-mot-clefs » Heading/Subheading = Descripteur/Qualificatif = Mot-clef/Sous-mot-clef
  17. 17. Les opérateurs booléens . A/B A du point de vue de B Sur Pubmed seulement
  18. 18. Le MESH  Descripteurs (>25 000)  Qualificatifs (83)  « L'affiliation Descripteur / Qualificatif est la clé de l'interrogation de Medline »* *(citation de Philippe Eveillard dans « Comment faire ses premiers pas sur Pubmed » La Revue du praticien. Médecine générale A. 2007, n° 766-67, pp. 411-412)
  19. 19. Recherche libre vs. Équation de recherche Les facteurs environnementaux de la sclérose en plaques multiple sclerosis environmental factors 1320 résultats – pas tous pertinents Multiple Sclerosis/etiology"[Mesh] AND environment[Mesh] 387 résultats pertinents
  20. 20. Exemple de résultat non-pertinent : la requête a porté indifféremment sur toutes les parties de la notice Source : Georges Beuzet, BU Santé Brest
  21. 21. Un exemple de recherche Articles en français et en anglais sur le toucher dans la relation soignant-soigné publiés les 10 dernières années
  22. 22. Un exemple de recherche Articles en français et en anglais sur le toucher dans la relation soignant-soigné publiés les 10 dernières années "Touch"[Mesh] AND "Professional-Patient Relations"[Mesh] + Filters : English, French, published in the last 10 years
  23. 23. Exemple de résultat pertinent: la requête a porté exclusivement sur la partie « mots MESH » de la notice
  24. 24. Correspondances Mesh français – Mesh anglais => « Portail terminologique de santé » (CISMEF) http://pts.chu-rouen.fr/ Ou => « Mesh bilingue de l’INSERM » : http://mesh.inserm.fr/mesh/
  25. 25. Bref « Une recherche bibliographique ne se fait pas dans les couloirs de l’hôpital ou entre 2 stations de métro avec son smartphone ou sa tablette. » Philippe Eveillard Love & Mathematics – Lost Archetype – CC BY-NC-SA sur Flickr
  26. 26. Exercices 1- Rechercher les affiliations descripteurs/qualificatifs correspondant :  le diagnostic de la prééclampsie  les effets indésirables de la césarienne
  27. 27. Réponses 1- Rechercher les affiliations descripteurs/qualificatifs correspondant :  au diagnostic de la prééclampsie "pre-eclampsia/diagnosis"[Mesh]  aux effets indésirables de la césarienne "Cesarean section/adverse effects"[Mesh]
  28. 28. 3 façons d'entrer une requête dans Pubmed 1)À partir d'un mots-clef MESH ( boîte d'équation de recherche et rebond)
  29. 29. 3 façons d'entrer une requête dans Pubmed 2) À partir du moteur de recherche avancée (« Advanced »)
  30. 30. 3 façons d'entrer une requête dans Pubmed 3) Directement dans la barre de recherche simple
  31. 31. La veille dans Pubmed : services personnalisés Low-flying harrier – Wolfpix – CC-BY-SA flickr
  32. 32. My NCBI : votre Pubmed personnalisé  Ouvrir un compte sur My NCBI  « Sign in »  « Register for an account »
  33. 33. Paramétrer dans votre compte les filtres suivants  Anglais  Français  Texte intégral gratuit  BU Santé Brest
  34. 34. Filtre « BU Santé Brest »
  35. 35. Icône UBO pour l'accès direct au texte intégral
  36. 36. Exercice 2 - Les troubles des comportements alimentaires chez la femme enceinte Limiter aux 5 dernières années de parution
  37. 37. Exercice 3. Les effets indésirables du déclenchement du travail obstétrical Limiter aux essais cliniques
  38. 38. Exercice 4 - Le traitement du diabète gestationnel. Exclure les traitements médicamenteux . Limiter aux recommandations de bonne pratique publiées ces deux dernières années
  39. 39. Du problème de la veille équation de recherche ≠ équation de veille
  40. 40. Des mots MESH ? . Ne contient pas de mots MESH Contient des mots MESH
  41. 41. Exercice 4 - Trouvez les articles les plus récents sur le diagnostic de la mucoviscidose (sans utiliser les mots Mesh)
  42. 42. Solution : le champ Title/abstract ou [tiab] « cystic fibrosis/diagnosis »[Mesh] Équation de recherche (pour des résultats les plus pertinents possibles) (« cystic fibrosis »[tiab] OR « mucoviscidosis »[tiab]OR « fibrocystic disease »[tiab]) AND diagnos*[tiab] Équation de veille (pour des articles récents / pas forcément aussi pertinents)
  43. 43. Créer une alerte dans MyNCBI
  44. 44. Retrouvez le support en ligne sur http://petitlien.fr/sma4

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