Os principais problemas que afetam o transporte marítimo no Brasil são a ineficiência portuária, que causa grandes congestionamentos e deterioração de produtos, gerando prejuízos. O transporte marítimo depende de fatores como disponibilidade de embarcações e eficiência portuária, mas poucos portos brasileiros podem receber navios acima de 300 mil toneladas. A infraestrutura portuária brasileira tem a pior qualidade em comparação internacional.