2. Huisregels
Zoals in al mijn cursussen:
Vragen? Breek meteen in, wacht niet tot het eind
Bij rode tekst word je geacht mee te denken
Medische Bibliotheek Erasmus MC 2
3. Is er een duidelijke scheidslijn tussen
doen voor en voordoen?
Medische Bibliotheek Erasmus MC 3
4. Doen we iets niet goed?
Hoe ziet de standaard PubMed cursus eruit?
Maar… Ben je er als je alle knoppen kent?
Medische Bibliotheek Erasmus MC 4
5. Doen we iets niet goed?
Wie bepaalt de inhoud?
Docent Deelnemer
Mijn standaardvoorbeelden: Mijn eigen onderzoeksvraag:
-Die werken goed -Daar ben ik nu mee bezig
-Ik weet hoe ik ze ga zoeken -Is de reden dat ik de cursus volg
-Die heb ik de vorige keer ook -Ik wil leren hoe ik die aanpak
gebruikt
Link
Link
Medische Bibliotheek Erasmus MC 5
6. Een titel maakt veel verschil
Basis literatuuronderzoek
Vervolg ...
Systematisch literatuuronderzoek in PubMed
... in andere databases
Systematic Literature Retrieval in PubMed
Medische Bibliotheek Erasmus MC 6
7. Veranderde inhoud
Bij inschrijving: onderzoeksvraag indienen
0. Huiswerk
1. Eigen onderzoeksvraag indelen in elementen
Medische Bibliotheek Erasmus MC 7
8. Does eating broccoli have cancer preventive effects?
specific general
important
broccoli cancer
prevention
broccoli cancer prevention
unimportant
Medische Bibliotheek Erasmus MC
9. What are the effects of diet (pre-)conceptionally and during pregnancy on
the risk of development of postpartum depression
specific general
important postpartum diet
depression
Risk of
development
Conception/
pregnancy
unimportant
Medische Bibliotheek Erasmus MC
10. Veranderde inhoud
Bij inschrijving: onderzoeksvraag indienen
0. Huiswerk
1. Eigen onderzoeksvraag indelen in elementen
Antwoorden van de docent
2. Elementen vertalen in synoniemen
Antwoorden van de docent
3. Synoniemen omzetten in syntax
Antwoorden van de docent
4. Zoekactie controleren en optimaliseren
Na afloop: Antwoorden van de docent
Medische Bibliotheek Erasmus MC 10
11. Controleren
Zijn jullie zijn je ervan bewust dat je in PubMed
makkelijk fouten maakt?
Welke?
Controleren jullie je PubMed zoekacties op fouten?
Hoe?
Medische Bibliotheek Erasmus MC 11
12. Analyse the results: check for errors
Check your query for mistakes
Go to Search details and use Ctrl-F to search
Frequent mistakes
Phrase unknown or 'all fields' Every instance is one too many
Field code missing
OR missing ' AND ' odd frequency is wrong
check if AND's are deliberate
Missing parentheses PubMed only checks the total number of
opening and closing parentheses.
Split the query in elements to check each
element for parentheses.
Medische Bibliotheek Erasmus MC
14. Number of hits:
Elements : optimization
4091(+170%)
1236(+231%)
797 295
1913 (+55%)
(-53%)
specific general
important
broccoli
cruciferous vegetables cancer subset
cancer
in PubMed
Filter:
NOT ((animals[mh] OR
plants[mh]) NOT humans[mh])
result
prevention
unimportant
Medische Bibliotheek Erasmus MC
15. Basic optimization of your results
1. Scan the first relevant hits on synonyms you haven’t
included in your search
2. Per element: scan the abstracts of articles that have the
MeSH terms, but not the free text words already known.
3. Per element: Scan the MeSH terms of articles that have
these free text words, but not the MeSH terms already
known.
4. Replace important specific elements with more general
ones
5. Drop unimportant elements from your query and see what
extra articles you found.
Medische Bibliotheek Erasmus MC
16. Andere onderdelen van de cursus
Discussies:
over het nut van al die verschillende databases
over of je in een database zonder relevance ranking (als
PubMed) sneller sensitiviteit of specificiteit optimaliseert
Quizje: Vinden van een enkel artikel
Medische Bibliotheek Erasmus MC
17. Try to find this article in PubMed:
Fortes C, Mastroeni S, Melchi F, Pilla MA, Antonelli G,
Camaioni D, Alotto M, Pasquini P. A protective effect of the
Mediterranean diet for cutaneous melanoma. Int J Epidemiol.
2008 Oct;37(5):1018-29.
10
1
2
3
4
5
6
7
8
9
Medische Bibliotheek Erasmus MC 17
18. What is the PMID?
Medische Bibliotheek Erasmus MC 18
19. Try again:
Fortes C, Mastroeni S, Melchi F, Pilla MA, Antonelli G,
Camaioni D, Alotto M, Pasquini P. A protective effect of the
Mediterranean diet for cutaneous melanoma. Int J Epidemiol.
2008 Oct;37(5):1018-29.
Medische Bibliotheek Erasmus MC 19
20. What is the PMID?
Fortes 1018 : 18621803
Medische Bibliotheek Erasmus MC 20
21. Andere onderdelen van de cursus
Discussies:
over het nut van al die verschillende databases
over of je in een database zonder relevance ranking (als
PubMed) sneller sensitiviteit of specificiteit optimaliseert
Quizje: Vinden van een enkel artikel
Met google zoeken naar phrases die niet in PubMed te vinden zijn
Google PubMed
Overzicht van de nadelen van PubMed
Medische Bibliotheek Erasmus MC
22. Disadvantages of PubMed
1. Limited truncation options (600 variants, no wildcard)
2. Strange behavior when truncating phrases (longer wordstem
often retrieves more results)
3. No proximity operators
If you want to be more precise every possible phrase should be
written out, but:
4. Not all phrases that are present in articles are known and
searchable in PubMed
5. No relevance ranking
PubMed is not optimal for performing systematic searches.
We recommend searching other databases (as well)
Medische Bibliotheek Erasmus MC 22
23. Andere onderdelen van de cursus
Discussies:
over het nut van al die verschillende databases
over of je in een database zonder relevance ranking (als
PubMed) sneller sensitiviteit of specificiteit optimaliseert
Quizje: Vinden van een enkel artikel
Met google zoeken naar phrases die niet in PubMed te vinden zijn
Overzicht van de nadelen van PubMed
Samenvatting moeten de cursisten zelf geven
controle of ze het inderdaad goed hebben begrepen
Medische Bibliotheek Erasmus MC
24. Summarized
1. Start your search in a MS Word Document
2. Divide your research question into elements
3. Open the MeSH database and try to find the best MeSH terms
for each element
4. For those MeSH terms use at least the entry terms as free text
searches and paste them in Word
5. Use one of the field names [mh] and [tiab] ([pa] [nm] [pt] [sh])
for all synonyms of all elements, use parenthesis and OR to
combine synonyms into elements, and combine all elements
with AND
6. Only after you translated all important elements this way, open
the PubMed database and search for articles
7. Optimize your search until you are satisfied (use the roadmap)
If you really want to be exhaustive do the workshop on multiple
databases
Medische Bibliotheek Erasmus MC 24
25. Voordelen Nadelen
Cursisten (allemaal) veel meer Kost veel voorbereidingstijd
betrokken (afhankelijk van routine
Goede voorbeelden uit de docent)
praktijk meteen toepassen in Cursus duurt langer: bijna 4 uur
je cursussen (maar niet te lang volgens
Echt toegevoegde waarde naast deenemers)
standaard PubMed cursussen Klanten weten nu echt dat ze het
Klanten kunnen voorbereidend niet zelf kunnen en komen
werk voor grote searches steeds meer bij ons
beter zelf doen Niet voor grote groepen. Bij ons
max 9 (aantal computers)
minstens iedere 3 weken
Medische Bibliotheek Erasmus MC 25
26. Werkt het?
Ja
Evaluatie: gemiddeld hoog in de 8 link
Nog geen eindtoets, maar grote sprongen in practicum gezien
Wordt gewerkt aan accreditatie en opname in curriculum PhDs.
Neen
Niet iedere onderzoeksvraag leent zich even goed voor de systematiek
Niet iedere cursist is even ontvankelijk
Disclaimer vooraf
Medische Bibliotheek Erasmus MC 26
27. Warning
Don´t think you know what you´re about to see
You al are experienced users, but have adapted methods that are
counter effective.
Pay close attention
We teach you subtle changes in the way you search PubMed that will
have great impact on your search results.
And change PubMed into a more valuable tool
We want to change the way you use PubMed to make it more
effective!
Medische Bibliotheek Erasmus MC 27
28. Dus
Bied je cursisten meer dan een knoppencursus PubMed.
Leer ze systematisch zoeken!
Medische Bibliotheek Erasmus MC 28
Wie van jullie geeft cursussen in literatuuronderzoek? Wie van jullie voert literatuuronderzoek uit voor anderen? Doe je dat alleen of zit de onderzoeker naast je?
Wie van jullie geeft cursussen in literatuuronderzoek? Wie van jullie voert literatuuronderzoek uit voor anderen? Doe je dat alleen of zit de onderzoeker naast je?
Wie van jullie geeft cursussen in literatuuronderzoek? Wie van jullie voert literatuuronderzoek uit voor anderen? Doe je dat alleen of zit de onderzoeker naast je?
Wie van jullie geeft cursussen in literatuuronderzoek? Wie van jullie voert literatuuronderzoek uit voor anderen? Doe je dat alleen of zit de onderzoeker naast je?
Wie van jullie geeft cursussen in literatuuronderzoek? Wie van jullie voert literatuuronderzoek uit voor anderen? Doe je dat alleen of zit de onderzoeker naast je?
Wie van jullie geeft cursussen in literatuuronderzoek? Wie van jullie voert literatuuronderzoek uit voor anderen? Doe je dat alleen of zit de onderzoeker naast je?
Wie van jullie geeft cursussen in literatuuronderzoek? Wie van jullie voert literatuuronderzoek uit voor anderen? Doe je dat alleen of zit de onderzoeker naast je?
Wie van jullie geeft cursussen in literatuuronderzoek? Wie van jullie voert literatuuronderzoek uit voor anderen? Doe je dat alleen of zit de onderzoeker naast je?
Wie van jullie geeft cursussen in literatuuronderzoek? Wie van jullie voert literatuuronderzoek uit voor anderen? Doe je dat alleen of zit de onderzoeker naast je?