Научно-технический семинар по биоинформатике. Дмитрий Чудаков.

1. Геномика адаптивного иммунитета
как подход к индивидуальной диагностике
Dmitriy M. Chudakov
Genomics of Adaptive Immunity lab
Shemyakin–Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry,
Russian Academy of Sciences, Moscow, Russia
, 2013

2. В каждом из нас – порядка 1012 Т клеток
Т клетки и Т-клеточные рецепторы

3. Клональная экспансия Т клеток

4. Специфичность
Т-клеточного рецептора

5. Анализ индивидуального репертуара
Т-клеточных рецепторов

6. MiTCR software
http://mitcr.milaboratory.com/
Bolotin DA et al. MiTCR: software for T-cell receptor sequencing data analysis.
Nature Methods, 2013.

7. Анализ индивидуального репертуара
Т-клеточных рецепторов

8. TCR software

9. TCR software

10. Глубокий анализ репертуаров
Т клеточных рецепторов: “простые” вопросы
• Общее разнообразие в каждом человеке?
• Общее разнообразие в людях => насколько мы похожи?
• Как разнообразие меняется с возрастом?
• Как меняется после иммуносупрессивной терапии?
• Как различается в популяциях Т лимфоцитов?
• Общие для людей активированные варианты =
диагностика?

11. Разнообразие Т-клеточных рецепторов
в крови и старение
Britanova et al., under consideration

12. Судьба клонов Т-лимфоцитов после
иммуносупрессивной терапии
Britanova et al., Bone Marrow Transplantation, 2012

13. Репертуары разных людей
существенно пересекаются
Shugay et al., Frontiers in Immunology, 2013.

14. Конвергенция вариантов Т клеточных
рецепторов происходит от того что:
• Не вполне случайная сборка в тимусе
• Позитивная и негативная селекция в тимусе
• Ограниченный набор вариантов узнавания антигенных
пептидов (не так много бывает ключей к одному замку).

15. Общие клонотипы и диагностика
TRBV CDR3 специфичный
к пептиду NLVPMVATV из вируса CMV
CASSLAPGATNEKLFF-1
TGTGCCAGCAGCTTAGCGCCGGGAGCAACTAATGAAAAACTGTTTTTT
CASSLAPGATNEKLFF-2
TGTGCCAGCAGCTTAGCCCCCGGGGCAACTAATGAAAAACTGTTTTTT
CASSLAPGATNEKLFF-3

16. Специфичность
Т-клеточного рецептора

17. TCR software

19. Наша команда
Лаборатория геномики
адаптивного иммунитета:
Лаборатория сравнительной и
функциональной геномики
Britanova O.V., PhD.
Turchaninova M.A., PhD.
Shcherbo D.S., PhD.
Merzlyak E.M., PhD.
Staroverov D.B., researcher
Bolotin D.A., researcher
Shugai, M., researcher
Kotlobay A.A., researcher
Putintseva E.A., PhD st
Schemyakina I.I., PhD st
Chudakov D.M., D.Sc.
Zvyagin I., PhD.
Mamedov I.Z., PhD.
Lebedev Y.B. D.Sc.
Pogoreliy M. PhD st.

20. Спасибо!

21. Pairing TCR chains in emulsion
Turchaninova MA, et al. Pairing of T-cell receptor chains via emulsion PCR.
Eur J Immunol. 2013

22. TCR diversity and % of naïve T cells
Britanova et al., under consideration

23. TCR diversity and % of naïve T cells
Britanova et al., under consideration

24. Estimating total TCR beta diversity
Britanova et al., under consideration