August 24th, 2016
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Publication
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Publication
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Data Publishing method
Publishing
Méthodes de publication de données
Publication
Data Publishing method: IPT
●Server-side software, needs a stable connection
●One IPT can host many datasets, on behalf of...
Méthode de publication: IPT
●Logiciel serveur, nécessite une connexion stable
●Un IPT peut héberger plusieurs datasets, po...
STEP 1: Get access and log in an IPT instance
Etape 1: Accédez à l’IPT et connectez-vous !
STEP 2: Create a new resource
Etape 2: Création d’une nouvelle ressource
STEP 3: Get familiar with the main resource
configuration page
Etape 3: Familiarisez-vous avec la page de
configuration de la resource
STEP 4: Author metadata
Etape 4: Rédigez les métadonnées
STEP 5: Publish, make visible and register the
dataset
Etape 5: Publiez, rendez visibles et enregistrez
l’IPT
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BID CE Workshop 1 - session 11 - Basic concepts about biodiversity data quality

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Presentation and discussion about topics such licenses, metadata, mandatory fields, how an IPT instance can host datasets for different publishing institutions, etc.
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Présentation et discussion autour de sujets tels que les licences, métadonnées, champs obligatoires, l’hébergement de jeux de données de différentes institutions sur la même installation IPT, etc

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BID CE Workshop 1 - session 11 - Basic concepts about biodiversity data quality

  1. 1. August 24th, 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Data publishing concepts and introduction to the IPT Nicolas Noé
  2. 2. August 24th, 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Publication de données: concepts et introduction à l’IPT Nicolas Noé
  3. 3. Publishing “Publishing” refers to making biodiversity datasets publicly accessible and discoverable, in a standardized form, via an access point, typically a web address (a URL). Publishing
  4. 4. Publication “La publication a pour but de rendre un jeu de données de biodiversité accessible publiquement et découvrables, dans un format standardisé via un point d’accès, typiquement un adresse (URL).” Publication
  5. 5. Publishing Publishing
  6. 6. Publication Publication
  7. 7. Classes of dataset: occurrences Datasetclasses Digital text or multimedia data record detailing facts about the instance of occurrence of an organism, i.e. on the what, where, when, how and by whom of the occurrence and the recording.
  8. 8. Type de jeu de donnée: occurrences Typedejeudedonnées Texte numérisé ou données multimédia détaillants des faits sur l’occurrence d’un organisme: le quoi, où, quand, comment et par qui de l’occurrence et de son enregistrement.
  9. 9. Classes of dataset: checklist “A catalogue or list of named organisms, or taxa.” Possibly also: vernacular names, literature, relationships, ... Typically categorize information along taxonomic, geographic, and thematic lines, or some combination of the three. Datasetclasses
  10. 10. Type de jeu de données: checklist / liste d’espèce “Un catalogue, ou une liste de taxons.” Éventuellement aussi: noms vernaculaires, citations, ... Classent généralement l’information par taxonomie, géographie et statut ou en combinant les trois. Typedejeudedonnées
  11. 11. Classes of dataset: sampling-event Datasets sometimes provide greater detail, not only offering evidence that a species occurred at a given location and date, but also making it possible to assess community composition for broader taxonomic groups or even the abundance of species at multiple times and places. These datasets typically derive from standard protocols for measuring and monitoring biodiversity like vegetation transects, bird censuses and freshwater or marine sampling. By indicating the methods, events and relative abundance of species recorded in a sample, these datasets improve comparisons with data collected using the same protocols at different times and places—in some cases, even leading researchers to infer the absence of particular species from particular sites. Datasetclasses
  12. 12. Type de jeu de données: données d’échantillonage Parfois, les ensembles de données fournissent de plus amples détails, mettant en évidence non seulement l’enregistrement d’une espèce à un endroit et une date donnée, mais également la possibilité d’évaluer la composition des communautés de groupes taxonomiques plus larges ou même l’abondance des espèces en plusieurs moments et lieux. Ces ensembles de données proviennent généralement des protocoles standards développés pour mesurer et suivre la biodiversité comme les transects, les comptages d’oiseaux ou les prélèvements d’eau de mer ou d’eau douce. En indiquant, lors d’un échantillonnage, les méthodes, événements et l’abondance relative des espèces enregistrées, ces ensembles de données améliorent les comparaisons pouvant être faîtes avec des données collectées en utilisant les mêmes protocoles à différents endroits et moments - dans certains cas, cela permet aux chercheurs d’en déduire l’absence d’espèces particulières sur des sites spécifiques Typedejeudedonnées
  13. 13. Classes of dataset: metadata-only ● “Data about data” ● Always mandatory ● Very important to assess fitness for use Datasetclasses
  14. 14. Type de jeu de données: métadonnées uniquement ● “Données sur les données” ● Toujours obligatoire ● Crucial pour l’adéquation à l’usage Typedejeudedonnées
  15. 15. Licenses ●Everything at GBIF now has a licenses ●Choice between: • Public domain: CC0 • Creative Commons Attribution: CC-BY • Creative Commons Attribution Non Commercial: CC- BY-NC Licenses
  16. 16. Licences ●Toutes les données GBIF on maintenant une licence claire ●Choix possibles: • Domaine public: CC0 • Creative Commons Attribution: CC-BY • Creative Commons Attribution Non Commercial: CC- BY-NC Licences
  17. 17. Darwin Core, Simple Darwin Core and Darwin Core Archive Darwin Core: a list of terms Darwincore
  18. 18. Darwin Core, Simple Darwin Core et Darwin Core Archive Darwin Core: une liste de termes Darwincore
  19. 19. Darwin Core, Simple Darwin Core and Darwin Core Archive Simple Darwin Core: Darwin Core expressed in a simple table structure. Darwincore
  20. 20. Darwin Core, Simple Darwin Core et Darwin Core Archive Simple Darwin Core: Darwin Core exprimé sous forme de structure tabulaire simple Darwincore
  21. 21. Darwin Core, Simple Darwin Core and Darwin Core Archive Darwin Core Archive: more complex format, allows extensions. Extensions
  22. 22. Darwin Core, Simple Darwin Core et Darwin Core Archive Darwin Core Archive: un format plus avancé, qui permet l’usage d’extensions. Extensions
  23. 23. Data Publishing method Publishing
  24. 24. Méthodes de publication de données Publication
  25. 25. Data Publishing method: IPT ●Server-side software, needs a stable connection ●One IPT can host many datasets, on behalf of several institutions, while giving proper credit ●Main (but not only) publishing tool for GBIF ●Test mode and production mode ●Multilingual IPT
  26. 26. Méthode de publication: IPT ●Logiciel serveur, nécessite une connexion stable ●Un IPT peut héberger plusieurs datasets, pour plusieurs institutions, et toujours donner crédit/attribution ●Modes test et production IPT
  27. 27. STEP 1: Get access and log in an IPT instance
  28. 28. Etape 1: Accédez à l’IPT et connectez-vous !
  29. 29. STEP 2: Create a new resource
  30. 30. Etape 2: Création d’une nouvelle ressource
  31. 31. STEP 3: Get familiar with the main resource configuration page
  32. 32. Etape 3: Familiarisez-vous avec la page de configuration de la resource
  33. 33. STEP 4: Author metadata
  34. 34. Etape 4: Rédigez les métadonnées
  35. 35. STEP 5: Publish, make visible and register the dataset
  36. 36. Etape 5: Publiez, rendez visibles et enregistrez l’IPT
  37. 37. August 24th, 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Data publishing concepts and introduction to the IPT Nicolas Noé
  38. 38. August 24th, 2016 THE BID PROGRAMME IS FUNDED BY THE EUROPEAN UNION Publication de données: concepts et introduction à l’IPT Nicolas Noé

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