Openlink Virtuoso v01

OpenLink Virtuoso のインストールと設定 v1.0
・ Wikidataダンプの取得
・ Mac版インストールのTips
・ Win版インストールのTips
（Mac版とほぼ同じ）
WikidataのLocal Endpoint設定について概説する。
負荷が大きいSPARQLクエリは、公式のWeb Endpointだと、ほぼほぼタイムアウトになるので、
Local Endpointが必要になる。（Ex. タンパク質の下位概念には、70万以上のクラスがある。）
ただ、公式のWeb EndpointとSPARQLの書き方が分かるので、少し面倒な部分もある。
参考資料: オープンデータ時代の標準Web API SPARQL (p.203-213)
Webコンテンツ OKBPのブログ, SPARQLthon19, TogoWiki

WikiData RDF Dump のダウンロードURL
https://dumps.wikimedia.org/wikidatawiki/entities/
現在、古崎先生が作ったWikiData NTファイル使用
subClassOf、instance、日英labelのみ
WikiDataダンプの取得
latest-truthy.nt.bz2 をダウンロードする。
データサイズ(2020年4月現在)
23.21 GB => 608.25BG （解凍後）
=> 適時、テキスト処理で必要箇所を抜き出して使う。

Openlink Virtuoso（Mac版）
GitHubから、v7.2.5.1 ダウンロード・インストール
Virtuoso の起動
=> アプリをダブルクリック
=> メニューバーの右上に、Vアイコンが表示される
=>「 Start VOS Database 」でVOSをスタート
=>「 Stop VOS Database 」でストップ
https://github.com/openlink/virtuoso-opensource/releases

Virtuosoの設定 - メモリ設定、ポート設定、ロードディレクトリの追加
/Applications/Virtuoso¥ Open¥ Source¥ Edition¥ v7.2.app/Contents/virtuoso-opensource/database/virtuoso.ini
にある設定ファイル（ virtuoso.ini ）を修正する
¥ => ＼ (半角)
に変更すること
（４）HTTPServerPortの変更
デフォルト8890でも問題ない
（２）Serverportの変更
デフォルト 1111 で問題ない
（６）ResultSetMaxRows
100000-1000000の範囲くらいで設定
（５）SQL Prefetchの設定
BYTES: 10000-100000の範囲くらいで設定
（３）PCメモリ上限の設定
コメントアウト(;)を変える
（1）MaxCheckpointRemap
の変更
128GBの場合は
NumberOfBuffers = 10900000
MaxDirtyBuffers = 8000000
DirsAllowedの追加
Mac版は絶対パス可
databaseからの相対パス可
$ open /Applications/Virtuoso¥ Open¥ Source¥ Edition¥ v7.2.app/Contents/virtuoso-
opensource/database

Virtuosoの設定 – CPRS設定、SERVICE旬の設定
http://localhost:8890/conductor/
にブラウザ（Google Chrome）でアクセスする
ID: dba、PW: dba でログインする
（２）Cross-Origin Resource
sharingを「 * 」に設定する
（４）SPARQL_SPONGEで
Selected users/groups に
SPARQL を追加する
（１）Web Application Server > Virtual Domain & Directories
> Interface 0.0.0.0 > /sparqlを探して、Editする
（３）System Admin > User Accounts > Roles
> SPARQL_SPONGE を探して、Editする

Virtuosoの設定 - PATHの追加
## パス設定の確認
$ echo $PATH
$ cat ~/.bash_profile
## Virtuosoのパスを追加
$echo 'export PATH=/Applications/Virtuoso¥ Open¥ Source¥ Edition¥ v7.2.app/Contents/virtuoso-
opensource/bin:$PATH' >> ~/.bash_profile
## 確認
$ cat ~/.bash_profile
## 適用、確認
$ source ~/.bash_profile
$ echo $PATH
$ which isql
Þ 基本的に、ファイルの読み込みには、isql を使うことを推奨

isql により、NTファイル (wikidata_min_20200306.nt) を読み込む
（ターミナル起動）
$ isql 1111 dba dba
>log_enable(2,1);
>DB.DBA.TTLP_MT(file_to_string_output(‘/Users/[YourName]/Desktop/wikidata_min_20200306
.nt'), '', ‘http://localhost:8890/wikidata_min’, 81);
※ isql でのURLのコピペにバグがある、、、
※ Conductorの Linked Data > Graphs > Graphのところに、Graphが追加されたら、OK
この場合
http://localhost:8890/wikidata_min
がGraphリストに表示れており、OK。
（Mac版の場合）wikidata_min_20200306.nt 20.34 GBを読み込むと、virtuoso-tの使用メモリは、
27.25GBくらい（+25GB）で、NTファイルの1.25倍が目安

Local EndpointでのSPARQLの動作確認
SPARQL Execution
あるいは
http://localhost:8890/sparql
で動作確認
select ?s ?p
where { ?s ?p "化合物"@ja. } limit 100
instance of (wdt:P31)
subclass of (wdt:P279*)
select ( count(?s) As ?count )
where { ?s ?p ?o }
（SPARQLの例）

Openlink Virtuoso（Win版）
GitHubから、v7.2.5.1 ダウンロード・インストール
https://github.com/openlink/virtuoso-opensource/releases
あるいは
http://vos.openlinksw.com/owiki/wiki/VOS
/VOSDownload#Microsoft%20Windows

Win版Virtuoso のLocal Endpointの立て方
セットアップ ~ SPARQLクエリを投げるまで
1. Win版 Virtuoso をダウンロード・インストール
2. Virtuoso Services Control を起動する（起動感はほぼなし）
3. Virtuosoの設定は、Mac版と同じ設定（Mac版の説明を参照のこと）
4. ブラウザ上で一度Virtuosoの起動確認（ http://localhost:8890/conductor）
5. isqlを実行して、NTファイルを読み込む
6. SPARQLクエリの実行
（ Win版の設定でハマった時のメモ）
別PCから接続する場合、Win側のファイアーウォール設定が必要
=> ネットワークの状態 > Windows ファイアーウォール > 詳細設定
=> 受信規則、送信規則に8890ポートとvirtuosoプログラムの許可規則を追加する
環境変数の設定が必要
環境変数で検索、パネルを開く > ユーザー環境変数Pathのところに、Virtuosoのbinパスとlibパス、
（ VirtuosoHome ）を追記する
intファイル内のDirsAllowedのフォルダ追加
NTファイルがあるフォルダをdatabaseディレクトリからの相対パスで書く。その際には、Win版もスラッシュ
(/)表記で書くこと。Error 4700?はコマンドの文法間違い、 Error 3200?はDirsAllowedのパスの間違い。
Win版はやや動作が不安定な
感がある。

Win版Virtuoso で実際に実行したコマンドライン
RDFデータを"C:¥Program Files¥OpenLink Software¥Virtuoso OpenSource 7.2/VirtuosoRDF"におく
> cd "C:¥Program Files¥OpenLink Software¥Virtuoso OpenSource 7.2¥database"
> isql 1111 dba dba
> log_enable(2,1);
> select cfg_item_value (virtuoso_ini_path (), 'Parameters','DirsAllowed');
cfg_item_value
VARCHAR
_______________________________________________________________________________
., ../vad, ../VirtuosoRDF
> DB.DBA.TTLP_MT(file_to_string_output('../VirtuosoRDF/wikidata_min_20200306.nt'), '',
'http://localhost:8890/wikidata_min');
Errorがでたら、一度再起動、何もメッセージが出なければ成功
（RDFデータの削除）
> isql 1111 dba dba
> shutdown();
database内の（ virtuoso.ini ） virtuoso-temp.db, virtuoso.db, virtuoso.lck, virtuoso.log, virtuoso.pxa,
virtuoso.trx を削除して、再起動する。

Virtuoso ConductorでRDFデータを読み込む場合
（基本的に使わないこと）
Linked Data > Quad Store Upload > File
でRDFデータを読み込む
（参考）

（rdf2rdfの設定 on Mac）
$ brew install go
$ go get -u github.com/knakk/rdf2rdf
（パスの設定）
$ echo 'export PATH=/Users/sk/go/bin:$PATH' >> ~/.bash_profile
（確認）
$ which rdf2rdf
$ rdf2rdf –h
（ Usage 例）
$ cd /Users/sk/Desktop/VirtuosoRDF
$ rdf2rdf -in=wikidata_min_20200306.nt -out=wikidata_min_20200306.ttl
※ 「=」の後ろにスペースがあると動作しない
https://github.com/knakk/rdf2rdf
【Mac版設定】N-Triples <=> Turtle

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