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CURSO:
CURSO:
“SIMULACIÓN DE
ELECTROFORESIS EN GEL DE
AGAROSA CON EL SOFTWARE
SNAPGENE”
Hebert Hernan Soto Gonzales
DOCENTE:
Biotecnología
INTEGRANTE:
Dayana Keyla Herrera Mamani

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UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
BIOTECNOLOGÍA
PRÁCTICA:
“SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE
AGAROSA CON EL SOFTWARE SNAPGENE”
Elaborado por:
DAYANA KEYLA HREANI
Docente:
HEBERT HERNAN SOTO GONZALES
VII CICLO
FECHA DE ENTREGA: 02 de Junio de 2023
ILO - PERÚ
DAYANA KEYLA HERRERA MAMANI

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Escuela Profesional de Ingeniería Ambiental
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INDICE
1. INTRODUCCIÓN ...............................................................................................................4
2. OBJETIVOS ........................................................................................................................4
2.1. Objetivo General ..........................................................................................................4
2.2. Objetivos específicos....................................................................................................5
3. MARCO TEÓRICO.............................................................................................................5
3.1. Snap Gene ....................................................................................................................5
3.2. Electrolisis....................................................................................................................6
3.3. Gel de Agarosa .............................................................................................................6
3.4. Centro Nacional para la Investigacion Biologica (NCBI).............................................7
3.5. ADN Y ARN ................................................................................................................8
3.6. Secuencia del ADN ......................................................................................................8
4. MATERIALES Y MÉTODOS .............................................................................................9
4.1. Software SnapGene ......................................................................................................9
4.2. Laptop ..........................................................................................................................9
4.3. NCBI............................................................................................................................9
5. METODOLOGÍA ................................................................................................................9
6. RESULTADO.....................................................................................................................13
7. CONCLUSIONES .............................................................................................................14
8. BIBLIOGRAFÍA................................................................................................................14

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1. INTRODUCCIÓN
En la actualidad la historia de la Biotecnología ha ido evolucionando, hace siglos atrás
descubrimos las enzimas y como poder verlas con ayuda del microscopio, sin embargo,
en nuestra época desarrollamos instrumentos más motorizados, con más exactitud,
mejor imagen y diagnóstico, lo que nos ayuda a tener una investigación a más a detalle
sobre el ADN, siendo una de esas el software SnapGene. (Diaz Fernandez, 2016)
El SnapGene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y
documentar los procedimientos diarios de biología molecular. El software tiene una
interfaz intuitiva que puede realizar visualización de secuencias de ADN, anotación de
secuencias, edición de secuencias, clonación, visualización de proteínas y simulación de
métodos de clonación comunes. También admite el intercambio de documentos y datos.
SnapGene proporciona la forma más fácil y segura de planificar, visualizar y registrar
sus procedimientos diarios de biología molecular. (Geater J., 2021)
La electroforesis en geles de agarosa, también llamada poliacrilamida es una de las
metodologías más utilizadas en el laboratorio en todo lo relacionado con el trabajo con
ácidos nucleicos. La electroforesis puede separar fragmentos de ADN y ARN en función
de su tamaño, poder visualizarlos mediante una sencilla tinción, y de esta forma
determinar el contenido de ácidos nucleicos que se encuentra en una muestra, teniendo
una estimación de su concentración y grado de entereza. Podemos además extraer del
gel los fragmentos de ADN que sean de interés, para posteriormente utilizarlos en
diferentes aplicaciones. (Diaz Fernandez, 2016)
Ante ello, el SnapGene nos puede ayudar a simular estos procesos, para poder conocer
anticipadamente los resultados de la manipulación que se realice. Por ello en el presente
informe se realizará una simulación de electroforesis en gel de agarosa, usando como
base la tabla de Identificación molecular de las cepas bacterianas aisladas.
2. OBJETIVOS
2.1. Objetivo General
• Realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el
programa SnapGene con la base de datos del artículo científico “Aislamiento de

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bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de
zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”
2.2. Objetivos específicos
• Aplicar los conceptos básicos sobre la secuenciación de ADN, así como el uso
de los programas de simulación, en apoyo a plataformas de datos como el NCBI
• Reconocer la interfaz del software SnapGene y sus funcionalidades básicas.
3. MARCO TEÓRICO
3.1. Snap Gene
GSL Biotech SnapGene es un programa de biología molecular utilizado para
documentar secuencias de ADN. Es similar a SnapGene Viewer, que es gratuito, pero no
ofrece las mismas funciones avanzadas que SnapGene. Ambos programas están
disponibles para Windows, macOS y Linux. (Diaz Fernandez, 2016)
SnapGene proporciona herramientas que le permiten planificar, visualizar y documentar
todos sus procedimientos de biología molecular. La herramienta de clonación In-Fusion
del programa simula fusiones de genes de sus fragmentos de ADN seleccionados.
Mientras trabaja, SnapGene resalta los sitios de restricción del ADN, marcando
automáticamente los sitios bloqueados por metilación, y le permite elegir o definir
conjuntos de enzimas personalizados. (Diaz Fernandez, 2016)
SnapGene puede importar y exportar una variedad de formatos de archivos de
secuenciación de ADN comunes, como ApE, Gene Construction Kit, GenBank,
DNASTAR Lasergene y MacVector. La aplicación le permite explorar grandes
secuencias de ADN y navegar rápidamente por los cromosomas con la ayuda de
controles inteligentes de búsqueda y zoom. Mientras realiza todas estas funciones,
SnapGene registra automáticamente cada paso de su proyecto de clonación, cada vez
que edita una secuencia o realiza una simulación, el procedimiento se registra en un
historial gráfico. SnapGene es una aplicación impresionante para manejar los
procedimientos de biología molecular.
Proporciona una serie de útiles herramientas de análisis de secuencias de ADN y soporta
una variedad de formatos de archivo comunes. GSL Biotech SnapGene es un gran
recurso de laboratorio que le ayudará en su visualización y análisis de secuencias de
ADN. (Diaz Fernandez, 2016)

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Figura 01 . Aplicativo Snap Gene
3.2. Electrolisis
Aunque su nombre suene a algo desconocido, la electroforesis es una técnica muy
utilizada en los laboratorios y que consiste, en pocas palabras, en la separación de las
moléculas de ADN y ARN por tamaño y mediante corriente eléctrica.
Esta técnica tiene una variedad de usos prácticos, como la medicina forense para la
identificación de personas, el proyecto del genoma humano, la investigación de
proteínas y de mutaciones genéticas y pruebas de diagnóstico clínico.
3.3. Gel de Agarosa
La agarosa es un polímero lineal de galactosa y 3,6-anhidrogalactosa. El gel se obtiene
disolviendo la agarosa en un buffer de TAE o TBE y se funde usando un microondas,
hasta obtener una solución homogénea y transparente. La disolución se vacía en un
molde y se coloca un peine (el peine forma unos pozos donde se depositan las
muestras). Se deja enfriar para polimerizar para formar una matriz porosa variando el
tamaño del poro según la concentración de agarosa contenida en la disolución. Además,
las migraciones de los fragmentos de ADN variarán dependiendo del tamaño,
conformación molecular (lineal, circular, superenrollado), concentración de la agarosa
en el gel, voltaje, dirección del campo eléctrico, presencia de colorantes añadidos que se
intercalan en el ADN (como el bromuro de etidio y SYBR-green) y de composición del
buffer en el gel. (Alberto Checa, 2017)

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Figura 02 . Proceso de Gel de Agarosa
3.4. Centro Nacional para la Investigacion Biologica (NCBI)
El NCBI se encarga de la creación de sistemas automatizados para almacenar y analizar
conocimientos sobre biología molecular, bioquímica y genética así también como
facilitar el uso de dichas bases de datos y software por parte de la comunidad médica y
de investigación; coordinar esfuerzos para recopilar información biotecnológica tanto a
nivel nacional como internacional; y realizar investigaciones sobre métodos avanzados
de procesamiento de información por computadora para analizar la estructura y función
de moléculas biológicamente importantes. (Ugalde, 2022)
Figura 03. National Center for Biotechnology Information

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3.5. ADN Y ARN
Tanto el ADN como el ARN están formados por ácidos nucleicos y contienen
información genética. Son moléculas relativamente sencillas, pero determinan en gran
parte las características que nos diferencian como especie y, hasta cierto punto, como
individuos. La organización básica de los nucleótidos que los componen determina la
formación de proteínas.
Sin embargo, existen unas diferencias que hacen que ambos sean necesarios. Al menos,
en organismos con cierto nivel de complejidad. En concreto, su composición – aunque
parecida – es distinta. Esto provoca que cumplan funciones también diferentes.
Figura 04. Adn y Arn
3.6. Secuencia del ADN
La secuenciación de ADN es el proceso que determina la secuencia de bases de los
nucleótidos (As, Ts, Cs y Gs) de un fragmento de ADN. Hoy en día, con el equipo y los
materiales adecuados, secuenciar un fragmento pequeño de ADN es relativamente
sencillo. Secuenciar un genoma completo (todo el ADN de un organismo) sigue siendo
una tarea compleja. El proceso requiere romper el ADN del genoma en muchos pedazos
más pequeños, secuenciar dichos pedazos y ensamblar las secuencias en una única y
larga "secuencia consenso". Sin embargo, gracias a nuevos métodos que se han
desarrollado en las últimas dos décadas, ahora secuenciar un genoma es mucho más

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rápido y menos costoso de lo que resultó en el Proyecto Genoma Humano. (Khan
Academy, Secuencia de ADN)
4. MATERIALES Y MÉTODOS
4.1. Software SnapGene
El software facilita la planificación, visualización y documentación sencilla y segura de
los procesos diarios relacionados con la biología molecular. Con una interfaz fácil de
usar y comprensible, es posible visualizar secuencias de ADN, anotarlas, editarlas,
llevar a cabo clonaciones, ver proteínas y simular métodos de clonación habituales.
Además, el software posibilita el registro y la compartición de información.
4.2. Laptop
Permite ejecutar los softwares y herramientas necesarias
4.3. NCBI
El Centro Nacional de Información Biotecnológica es una web de base de datos que
facilita el acceso a la información biomédica y genómica
5. METODOLOGÍA
a. Nos registramos e instalamos el software SnapGene para realizar la práctica de
visualización de secuencias de ADN y plásmidos, empleo de enzimas de
restricción, clonación de genes, gen de resistencia

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b. Luego Abrimos la página del NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, para
descargaremos las siguientes secuencias de acuerdo al artículo “Aislamiento de
bacterias con potencial biorremediador y análisis de comunidades bacterianas de
zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui – Amazonas – Perú”
c. Posteriormente pasamos a descargar cada una de las secuencias mencionadas
anteriormente, clicando en Enviar a, expediente, formato FASTA y finalmente en
crear un archivo.

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d. Realizamos la descarga de la misma forma con las 13 bacterias mencionadas en
el artículo, para evitar alguna confusión las ordenamos en un archivo exclusivo.
e. Procedemos a trabajar con el software SnapGene, seleccionamos la opción
Open, luego Open Files, seleccionamos las secuencias guardadas de manera
ordenada e insertamos

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f. Para realizar la simulación en gel de agarosa de las secuencias importadas
procedemos a seleccionar en la barra de herramientas la opcion “tools” y luego
en Simulate Agarose Gel.
g. Luego de haber seleccionado la simulación de agarosa nos lleva a una nueva
ventana, donde podemos apreciar el rango de PCR y demás características. Lo
siguientes es agregar las demás secuencias.

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h. Seleccionamos a 16 lanes y la aplicaremos a 1.0 % de agarosa.
i. Adjuntamos las secuencias restantes seleccionando los lanes que se encuentran
en la parte superior, luego en Choose DNA Sequences y abrimos la secuencia
que sigue.
j. Luego de insertar los 13 microorganismos estudiados en el artículo, gracias a la
simulación con gel de agarosa podemos apreciar el comportamiento de los 13
nucleótidos como se muestra a continuación.
6. RESULTADO
Luego de insertar las 13 especies estudiadas del artículo, gracias a la simulación con gel
de agarosa podemos apreciar el comportamiento de los 13 nucleótidos.

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7. CONCLUSIONES
• Podemos concluir que se pudo realizar de manera efectiva y sencilla una
simulación de electroforesis en gel de agarosa mediante el uso del programa
SnapGene. En este caso, sólo utilizando el software y gracias a su fácil manejo,
se logró completar la simulación. Además de esto, es importante mencionar que
la explicación detallada proporcionada por el docente en la clase permitió a los
estudiantes entender.
• A su vez la simulación de la electroforesis en gel de agarosa utilizando
SnapGene es una forma útil de practicar y aprender acerca del proceso , ya que
permite a los usuarios experimentar con diferentes ajustes y ver los resultados de
manera virtual además puede ayudar a identificar problemas potenciales y a
optimizar los procedimientos para la electroforesis en gel de agarosa real.
8. BIBLIOGRAFÍA
SnapGene. (s.f.) Home - SnapGene. https://www.snapgene.com/
Wikipedia. (s.f.). Electrolisis. En Wikipedia, la enciclopedia libre.
https://es.wikipedia.org/wiki/Electr%C3%B3lisis
Vera, J. (2021). La electroforesis de ácidos nucleicos en gel de agarosa : aspectos
prácticos. Revista del Laboratorio Clínico, 14(4), 172-180.
https://doi.org/10.26676/revlabclin.v14i4.855
National Center for Biotechnology Information . (s.f.). Welcome to NCBI.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/about/