INFORME BIOTECNOLOGIA SNAPGENE (2).pdf

UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
Facultad de Ingeniería
Escuela Profesional de Ingeniería Ambiental
“PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL
PROGRAMA SNAP GENE CON DATOS DEL ARTICULO CIENTIFICO "AISLAMIENTO DE
BACTERIAS CON POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE COMUNIDADES
BACTERIANAS DE ZONA IMPACTADA POR PETROLEO EN CONDORCANQUI - AMAZONAS -
PERÚ”
Presentado por:
Eduard Jair Capia Choque
Curso: Biotecnología
Docente: Dr. Hebert Hernan Soto Gonzales
Moquegua – Ilo- Perú
2023

ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
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Tabla de contenido
INTRODUCCION...........................................................................................................................3
OBJETIVOS ....................................................................................................................................4
Objetivo general...........................................................................................................................4
Objetivos específicos ...................................................................................................................4
MARCO TEORICO.........................................................................................................................4
Software SnapGene......................................................................................................................4
Funcionalidad del SnapGene ...................................................................................................4
ELECTROFORESIS....................................................................................................................5
ELECTROFORESIS EN GEL ....................................................................................................5
¿QUE ES UN GEL?.....................................................................................................................5
ADN Y ARN ...............................................................................................................................6
SECUENCIA DE ADN ...............................................................................................................7
CENTRO NACIONAL PARA LA INVESIGACION BIOTECNOLOGICA (NCBI)...............7
GEN 16S......................................................................................................................................7
MATERIALES Y METODOS........................................................................................................8
Materiales.....................................................................................................................................8
Metodología.................................................................................................................................8
RESULTADOS .............................................................................................................................14
CONCLUSIONES.........................................................................................................................15
BIBLIOGRAFIA ...........................................................................................................................15

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1 INTRODUCCION
En la actualidad la biotecnología ha ido evolucionando a través de los años, hace siglos atrás se
descubrieron las enzimas y como poder verlas con la ayuda del microscopio, sin embargo, en el presente
hemos venido desarrollando nuevas tecnologías más avanzadas, con mayor exactitud, precisión, mejor
imagen y diagnóstico, lo que ayuda a muchos a tener una investigación más detallada sobre el ADN.
La electroforesis en gel es una técnica utilizada para separar fragmentos de ADN según su
tamaño. La electroforesis es una técnica que se utiliza de forma generalizada en la que,
fundamentalmente, se aplica corriente eléctrica a moléculas biológicas, ya sean ADN, proteínas o ARN y
se separan en función de si son más grandes o más pequeñas. Se utiliza en una gran variedad de
aplicaciones, como en medicina forense para determinar la identidad de las personas que puedan haber
participado en un delito, mediante la vinculación de su patrón de ADN su patrón de electroforesis a uno
que esté en una base de datos.
Es una técnica muy utilizada en la investigación básica, muy importante para la comprensión de
la función de genes y proteínas, pero ahora ha irrumpido en el área de diagnóstico clínico y forense. Una
electroforesis se realiza generalmente en una especie de caja que tiene una carga positiva en un extremo y
una carga negativa en el otro.
Existen programas como el SnapGene que ayudan a similar estos procesos, para poder conocer
anticipadamente los resultados de la manipulación que se realice.
Es por ello que en este informe se utilizara el programa SnapGene, el cual es un software de
clonación que ayuda en planear y simular las manipulaciones de ADN, por lo cual se busca conocer su
funcionamiento para adquirir conocimientos.
El SnapGene proporciona una forma simple y segura de planificar, visualizar y documentar los
procedimientos diarios de biología molecular.

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2 OBJETIVOS
2.1 Objetivo general
 Comprender el funcionamiento del software SnapGene, evaluando los datos del articulo
estudiado en clase “Aislamiento de bacterias con potencial biorremediador y análisis de
comunidades bacterianas de zona impactada por derrame de petróleo en Condorcanqui –
Amazonas – Perú”
2.2 Objetivos específicos
 Adquirir conocimiento acerca del manejo del software SnapGene y sus diversas
funciones para realizar simulación de electroforesis.
 Aplicar conocimientos básicos sobre la secuenciación de ADN, tener un mejor dominio
de la plataforma NCBI y en la búsqueda de microorganismos a estudiar.
3 MARCO TEORICO
3.1 Software SnapGene
SnapGene Es un software de clonación que ayudas en planear y simulando manipulaciones de
ADN. SnapGene hace que sus manipulaciones de ADN sean fáciles de visualizar y simular, y le advierte
de los errores antes de que sucedan. Cada manipulación de ADN en SnapGene se registra
automáticamente, por lo que puede ver exactamente lo que hizo y recuperar las secuencias de
construcciones ancestrales.
SnapGene genera automáticamente un registro de cada edición de secuencia y procedimiento de
clonación, por lo que no perderá la pista de cómo se hizo una construcción, incluso después de que un
miembro del laboratorio se vaya.
3.1.1 Funcionalidad del SnapGene
 La herramienta de clonación In-Fusión crea funciones genéticas integradas
 Compatibilidad con formatos de archivo de secuencia de ADN comunes, como Genbank
y ApE
 La documentación automática registra todos los pasos en su proyecto de clonación

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3.2 ELECTROFORESIS
Técnica de laboratorio en la que se usa corriente eléctrica para separar sustancias, como las
proteínas y los ácidos nucléicos. El tamaño y la carga eléctrica (positiva o negativa) de una sustancia
determina cuán lejos se desplaza con la corriente. La electrofoeresis se puede usar para ayudar a
diagnosticar ciertas enfermedades. Hay muchos tipos diferentes de electroforesis.
3.3 ELECTROFORESIS EN GEL
La electroforesis en gel es una técnica utilizada para separar fragmentos de ADN (u otras
macromoléculas, como ARN y proteínas) por su tamaño y carga. La electroforesis consiste en aplicar una
corriente a través de un gel que contiene las moléculas de interés. Con base en su tamaño y carga, las
moléculas se desplazarán por el gel en diferentes direcciones o a distintas velocidades, con lo que se
separan unas de otras.
Todas las moléculas de ADN tienen la misma cantidad de carga por masa. Debido a esto, la
electroforesis en gel separa los fragmentos de ADN únicamente por su tamaño. La electroforesis nos
permite ver cuántos fragmentos diferentes de ADN están presentes en una muestra y cuán grandes son
unos con respecto a otros. También podemos determinar el tamaño absoluto de un fragmento de ADN
examinándolo junto a una "escala" estándar de fragmentos de tamaño conocido.
3.4 ¿QUE ES UN GEL?
Como su nombre lo indica, en la electroforesis en gel participa un gel: un bloque de material
similar a la gelatina. Los geles para separar ADN suelen estar hechos de un polisacárido llamado agarosa,
que se consigue como hojuelas secas pulverizadas. Cuando la agarosa se calienta en una solución
amortiguadora (agua mezclada con algunas sales) y deja enfriar, se forma un gel sólido ligeramente
blando. A nivel molecular, el gel es una matriz de moléculas de agarosa que se mantienen unidas por
puentes de hidrógeno y que forman pequeños poros.
En un extremo, el gel tiene muescas en forma de ranuras llamadas pozos, que son donde se
colocarán las muestras de ADN:

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Antes de agregar las muestras de ADN, el gel debe colocarse en una cámara. Uno de los extremos
de la cámara se conecta a un electrodo positivo y el otro extremo se conecta a un electrodo negativo. El
cuerpo principal de la cámara, donde se coloca el gel, se llena con solución amortiguadora con sales que
puede conducir la corriente.
3.5 ADN Y ARN
Tanto el ADN como el ARN están formados por ácidos nucleicos y contienen información
genética.
Son moléculas relativamente sencillas, pero determinan en gran parte las características que nos
diferencian como especie y, hasta cierto punto, como individuos. La organización básica de los
nucleótidos que los componen determina la formación de proteínas.
Sin embargo, existen unas diferencias que hacen que ambos sean necesarios. Al menos, en
organismos con cierto nivel de complejidad. En concreto, su composición, aunque parecida, es distinta.
Esto provoca que cumplan funciones también diferentes.

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3.6 SECUENCIA DE ADN
La secuenciación de ADN es el proceso que determina la secuencia de bases de los nucleótidos
(As, Ts, Cs y Gs) de un fragmento de ADN. Hoy en día, con el equipo y los materiales adecuados,
secuenciar un fragmento pequeño de ADN es relativamente sencillo.
Secuenciar un genoma completo (todo el ADN de un organismo) sigue siendo una tarea
compleja. El proceso requiere romper el ADN del genoma en muchos pedazos más pequeños, secuenciar
dichos pedazos y ensamblar las secuencias en una única y larga "secuencia consenso". Sin embargo,
gracias a nuevos métodos que se han desarrollado en las últimas dos décadas, ahora secuenciar un
genoma es mucho más rápido y menos costoso de lo que resultó en el Proyecto Genoma Humano
3.7 CENTRO NACIONAL PARA LA INVESIGACION BIOTECNOLOGICA (NCBI)
El NCBI se encarga de la creación de sistemas automatizados para almacenar y analizar
conocimientos sobre biología molecular, bioquímica y genética así también como facilitar el uso de
dichas bases de datos y software por parte de la comunidad médica y de investigación; coordinar
esfuerzos para recopilar información biotecnológica tanto a nivel nacional como internacional; y realizar
investigaciones sobre métodos avanzados de procesamiento de información por computadora para
analizar la estructura y función de moléculas biológicamente importantes.
3.8 GEN 16S
El gen ARNr 16S es un polirribonucleótido de aproximadamente 1500 nucleótidos codificado por
el gen rrs, también denominado ADN ribosomal 16S. Como cualquier secuencia nucleotídica de cadena
sencilla, el ARNr 16S se pliega y adquiere una estructura secundaria que se caracteriza por tener
segmentos de doble cadena que permiten la formación de asas y hélices. Esta molécula ha sido reconocida
como un poderoso marcador universal debido a que se encuentra en todos los organismos conocidos. Su
estructura parece mantenerse por largos periodos de tiempo y, como su función no ha cambiado, los
cambios en la secuencia probablemente son aleatorios.

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4 MATERIALES Y METODOS
4.1 Materiales
Software SnapGene
Computadora
Software NCBI
4.2 Metodología
 En primer lugar, debemos descargar e instalar el programa SnapGene, el cual lo
encontramos en google, buscamos y picamos en el segundo link.

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 Como segundo paso a realizar realizamos la apertura de la página del NCBI
https://www.ncbi.nlm.nih.gov /, para así poder descargar las siguientes secuencias de
acuerdo al artículo presentado en clases.
 Se buscará el primero según orden de la tabla.
 Nos aparecerá de la siguiente manera, hacemos clic.

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 Una vez dentro procedemos a exportarlo como archivo FASTA. Damos click en SEND
TO y después FILE y le damos formato FASTA.
 Después de descargar el archivo, abrimos el SnapGene y picamos a la opción de OPEN,
luego OPEN FILE y procedemos a abrir nuestro nuevo archivo guardado.

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 Al cargar nuestra primera secuencia nos abre la siguiente imagen.
 Nos dirigimos al apartado de FILE y buscamos SAVE AS para guardarlo en formato
SnapGene ADN.

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 Recomendado guardarlo con el mismo nombre de la secuencia y deberá verse como en la
siguiente imagen.
 Una vez guardado nos dirigimos hacia la opción TOOLS picamos y se desplegaran
distintas opciones, pero nosotros escogeremos la opción SIMULATE AGAROSE GEL.

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 Luego de haber seleccionado la opción de simulación de agarosa, nos lleva a una nueva
ventana en done vamos a insertar el archivo previamente guardado. Seleccionamos y le
damos OK.
 Finalmente obtenemos la simulación de agarosa, cabe resaltar que estaremos utilizando
1.0 % gel de agarosa.

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 Procedemos a realizar el mismo procedimiento para los 13 microorganismo estudiados en
el artículo presentado en clase.
 Luego de insertar los 13 microorganismos estudiados en el artículo, gracias a la
simulación con gel de agarosa podemos apreciar el comportamiento de los 13.
5 RESULTADOS
Una vez insertado los 13 microorganismo, nuestra simulación de agarosa quedo de la siguiente
manera:

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6 CONCLUSIONES
Podemos concluir que se logró realizar una simulación de electroforesis en gel de agarosa
utilizando el programa SnapGene de manera eficiente y sencilla para simulaciones en el caso necesitemos
solo el software por el fácil manejo, también se suma importancia la explicación muy detalla que dio el
docente en clase para poder comprender y plasmar nuestros conocimientos en la carrera de Ingenieria
Ambiental.
Se pudo comprender el manejo del software SnapGene sin muchos inconvenientes puesto que es
muy fácil y sencillo de manipular, otra observación importante a mencionar es que se puede manipular a
través del computador dando la sensación de estar en un laboratorio real, debido a que se puede escoger la
cantidad de agarosa que se va a emplear.
7 BIBLIOGRAFIA
 Baker, G., Smith, J., & Cowan, D. (2003). Review and re-analysis of domain-specific
16S primers. Microbiol. Methods, 541-555.
 SA Huws, J. E., & Scollan, N. (2007). Specificity and sensitivity of eubacterial primers
utilized for molecular profiling of bacteria within complex microbial ecosystems. J.
Microbiol. Meth., 565-569.
 Pereira, F., Carneiro, J., Matthiesen, R., Asch, B. V., Pinto, N., Gusmao, L., & Amorin,
A. (2010). Identification of species by multiplex analysis of variable-length sequences.
Nucleic Acids Research, 38.
 Padilla., C., Electroforesis de ácidos nucleicos en geles de agarosa. Aislamiento y
caracterización electroforética de DNA plasmídico. Departamento de Bioquímica y
Biología Molecular, Campus Universitario de Rabanales, Cordova.

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