Zotero logiciel de gestion de références bibliographiques urfist toulouse 22012015

1. Zotero Gérer ses références bibliographiques François MAGNAN -‐ francoismagnan@gmail.com Urﬁst de Toulouse Stage du 22/01/2015 hIp://www.francoismagnan.info

2. Plan •  1/ PrésentaMon de l'ouMl •  2/ Les entrées : intégrer les références et les documents •  3/ Gérer la bibliothèque Zotero •  4/ Les sorMes d’informaMons •  5/ Zotero en ligne, Zotero collaboraMf

3. 1/ PRÉSENTATION DE L'OUTIL

4. PrésentaMon rapide •  Logiciel de gesMon de références gratuit, libre. •  IniMaMve du Center For history and New Media de l'université George Mason •  S'inscrit dans la philosophie du Web 2 (groupes de travail, bibliothèque en ligne) •  Permet de gérer des données bibliographiques et des documents de recherche •  IntégraMon au navigateur web •  Possibilité de synchronisaMon des données depuis plusieurs ordinateurs •  GénéraMon de citaMons (notes et bibliographies) dans un texte rédigé sur le traitement de texte

5. Version : Firefox ou Standalone •  Version extension Firefox – Permet de voir le site ressource et faire la capture en simultané •  Version : zotero standalone – Permet d'uMliser Zotero indépendamment du navigateur, se meIra en lien avec Chrome, Safari grâce à des plugins, compaMble Firefox

6. Faire apparaître/disparaître Zotero : •  soit raccourci clavier ctrl + alt + Z (windows) •  Soit clic sur icône "zotero" en bas à droite.. •  Soit par menu ouMls zotero

7. Interface : 3 panneaux •  1/ La bibliothèque et ses "collecMons » (dossiers) •  2/ Liste des références du dossier sélecMonné •  3/ Pour la référence sélecMonnée, champs qui conMennent les informaMons bibliographiques

8. 2/ Les entrées : intégrer les références et les documents

9. Comment Zotero reconnaît les références bibliographiques •  références incorporées dans les pages web : liste des standards et formats compaMbles liste des standards : hIp://Mnyurl.com/7jjcz8t ou www.zotero.org/support/fr/compaMble_standards_and_sojware •  Des explicaMons sur ceIe compaMbilité explicaMons : hIp://Mnyurl.com/7hfun2z ou hIp:// www.zotero.org/support/fr/make_your_site_zotero_ready (comment rendre le site compaMble avec Zotero…)

10. Récupérer des références •  Il est préférable de sélecMonner la collecMon cible avant la récupéraMon, ainsi les références seront bien classées •  Si aucune collecMon n'est sélecMonnée, les références – non classées -‐ iront dans "ma bibliothèque"

11. Récupérer la liste enMère des références sur une page une icône jaune apparaît Clic dessus pour récupérer les références de la liste de résultat aﬃchée par le navigateur (contenues dans la page web aﬃchée)

12. •  Après le clic sur l’icône jaune, sélecMonnez dans la liste qui apparaît les références à récupérer

13. •  Lorsque votre navigateur aﬃche la page de descripMon d’un et un seul document l'icône propre au type précis (arMcle, livre, ﬁlm) de l'œuvre apparaît Un clic sur ceIe icône, et les références du document seront enregistrées

14. •  A chaque type de document son icône, quelques exemples :

15. Créer un nouvel élément à parMr de la page •  UMle lorsque le site n'est pas compaMble •  Possible de créer une référence à parMr des métadonnées de la page aﬃchée (p.ex. Mtre de la page) Lorsque le document (pdf, ppt, html, etc.) s’aﬃche dans le navigateur, clic sur l’icône bleue « créer un nouvel élément à parMr de la page »

16. •  Capturer les références d’une page web sur un site non compaMble avec la foncMon « créer un nouvel élément à parMr de la page » •  Exercez vous sur des pages non reconnues par Zotero ApplicaMon : créer un nouvel élément à parMr de la page

17. Précision sur « créer un nouvel élément à parMr de la page » •  Si dans les préférences (générales) de Zotero, "faire une capture automaMque de la page lors de la créaMon d'éléments à parMr de pages Web" est sélecMonné, le ﬁchier ouvert (html, pdf, etc.) sera récupéré en même temps et aIachée à la référence qui aura alors le statut "page web »

18. Créer manuellement une référence •  1 -‐ avec l'icône verte, choisir le type de document

19. Récupérer une référence par ISBN •  Insérer une référence par ISBN (InternaMonal Standard Book Numbers), DOI (Digital Object IdenMﬁers) or PMID (PubMed IdenMﬁers)

20. Capture de documents •  Zotero capture des documents web (thèse, arMcle, page html, image, etc.) •  le document est aIaché à sa référence 20

21. Capture de la page qui s’aﬃche dans la navigateur 21 Lorsque le document s’affiche dans le navigateur, clic sur l’icône bleue « créer un nouvel élément à partir de la page ». Une référence (statut "page web") est alors créée. Si dans les préférences de Zotero, "faire une capture automatique de la page lors de la création d'éléments à partir de pages Web" est sélectionné, le fichier ouvert sera récupéré en même temps que la référence

22. Autre méthode •  SélecMonner une référence de la bibliothèque. Clic sur l’icône trombone, sélecMonner « Joindre une capture » •  Autres choix : –  Joindre le lien : établit un lien hypertexte entre la référence et la page en ligne. -‐ Joindre le lien vers l’URL : pour rentrer manuellement une URL. Joindre une copie enregistrée du fichier : capture d’un document disponible en local. Joindre un lien vers le fichier: lien entre référence et document local •  Le plus simple : réduire le navigateur, faire glisser des fichiers depuis l’ordinateur dans la bibliothèque Zotero 22

23. Capture des PDF Récupérer les métadonnées du pdf •  Capture d’un document pdf : Clic-‐droit sur le PDF capturé, choisir : récupérer les métadonnées du pdf pour que Zotero créer une référence d’après les métadonnées du pdf. Ne marche pas toujours… •  Sur certaines base de données d´arMcles scienMﬁques en texte intégral (Science Direct) la capture des pdf est automaMque lors de la capture d’une simple référence, si dans les opMons de Zotero « joindre automa4quement les pdf » est coché 23

24. Récupérer les métadonnées PDF •  La méthode la plus directe que Zotero emploie est se servir du DOI (Digital Object IdenMfier ou idenMfiant d'objet numérique) inclus dans le document PDF, mais ce n'est pas la seule. •  Si Zotero idenMfie le document PDF dans Google Scholar, il crée un nouvel item dans la bibliothèque, télécharge les métadonnées bibliographiques, et relie le document PDF à ce nouvel item. •  Extraits de hIp://www.zotero.org/support/fr/ retrieve_pdf_metadata ou hIp://Mnyurl.com/bf5oql5

25. Zoyile étend les possibilités de gesMon des pdf de Zotero •  CF le blog francophone Zotero : •  hIp://zotero.hypotheses.org/467 •  Permet – de renommer (la manière de le faire est conﬁgurable) et de gérer les aIachements Zotero, – de synchroniser des PDFs entre votre ordinateur et votre tableIe – d’extraire les annotaMons faites dans le ﬁcher PDF sur votre tableIe (ou ailleurs) pour les transformer en notes raIachées à votre item zotero

26. 3/ Gérer la bibliothèque Zotero

27. OrganisaMon des collecMons •  Classer les références dans les collecMons facilite le travail •  Le dossier nommé « ma bibliothèque » conMent l’ensemble des références réparMes dans les collecMons, et les références non classées…. •  Dossier spécial pour les éléments non classés : clic droit et créaMon d’un dossier « Unﬁled Tems/Documents sans collecMon »

28. OrganisaMon des collecMons •  Faire glisser une référence d'une collecMon à une autre : elle est copiée (reste dans le dossier d'origine, une copie est faite dans le dossier cible)

29. ReMrer un élément d’une collecMon ou le supprimer •  Dans une collecMon, clic droit sur une référence •  ReMrer le document sélecMonné de la collecMon => la référence sera dans la bibliothèque, non classée, hors collecMon •  Supprimer le document sélecMonné de la bibliothèque => dans la corbeille

30. Supprimer une collecMon •  Seul le dossier de collecMon est supprimé, les éléments contenus restent dans la bibliothèque.

31. Modifier les références (1) •  Le 3ème panneau à droite indique le type du document (livre, film, arMcle de journal, page web etc.) •  Pour modifier le type, clic dessus

32. Modiﬁer les références (2) •  Pour modiﬁer rapidement le contenu des champs : raccourcis claviers : •  tab (tabulaMon) = vers le bas •  Shij (maj.) et tab en simultané = vers le bas

33. Dédoublonnage Doublons répérés automaMque ment Clic pour fusion des doublons

34. Tri (1) •  Dans le deuxième panneau, il est possible de trier les références par Mtre, créateurs, etc.. PosiMonner la souris sur l’inMtulé du champs et clic pour trier

35. Tri (2) •  Pour un meilleur tri, il est possible de faire apparaître davantage de champs

36. Recherche (1) •  Pour une recherche de référence rapide dans tous les champs, écrire un mot dans le champ recherche

37. Recherche (2) •  Recherche avancée, clic sur la loupe

38. Recherche (3) •  Il est alors possible d’enregistrer la recherche sous la forme d'un dossier qui se meIra automaMquement à jour avec les nouveaux éléments de Zotero s'ils correspondent aux condiMons de la recherche

39. Créer des notes 39 Zotero peut aussi gérer vos notes indépendantes ou liées aux références Clic sur cette icône pour créer une note Note parente, ou dépendante d’une référence Dans le 3ème volet, remarquer l’éditeur de notes

40. Créer une note « à la volée » •  Il est possible, en lisant un arMcle sur le Web, de sélecMonner du texte que voulez capturer, puis clic-‐droit : choisir Zotero, créer une note Zotero à par4r de la sélec4on Une référence est créée, une note l'accompagne contenant le texte sélecMonné (et la page web est capturée si l'opMon "capture automa4que" est cochée dans les préférences) 40

41. Exercices : notes •  Créer note indépendante et aIachée. •  Créer une note à parMr d'un texte sélecMonné 41

42. Les marqueurs (1) 42 • Cette fonction permet d’ajouter/gérer des « tags » ou mots-clefs à une référence • Clic sur une flèche en bas du premier panneau pour les faire apparaître/disparaître

43. Les marqueurs (2) 43 Le sélecteur de marqueur peut faire apparaître tous les marqueurs utilisés dans la bibliothèque, Si clic sur un ou plusieurs marqueurs, seules les références contenant ces marqueurs apparaîtront

44. Les marqueurs (3) 44 Dans le troisième panneau, choisir l’onglet « marqueurs » • Vous pouvez alors ajouter les marqueurs (mots-clefs) un par un

45. Les marqueurs (4) •  Pour ajouter un marqueur à plusieurs références en même temps : – SélecMonner plusieurs marqueurs dans le deuxième panneau – Les faire glisser vers un marqueur

46. Les marqueurs (5) •  En faisant un clic droit sur un marqueur, on peut eﬀacer un marqueur, le renommer, ou lui aIribuer une couleur disMncMve, qui permeIra de disMnguer ces marqueurs des autres.

47. Les marqueurs (6) •  Les couleurs servent à disMnguer les marqueurs et apparaissent aussi dans la bibliothèque (deuxième panneau) à coté de l’icône de la référence. Des raccourcis claviers permeIent d’aIribuer rapidement ces marqueurs colorés.

48. 4/ Les sorMes d’informaMons

49. Export de la bibliothèque (1) Usages : •  Sert à transférer des références d’un logiciel à un autre (p. ex. Zotero vers Endnote) •  Vers la bibliothèque d’une Merce personne, aussi pour faire une sauvegarde de votre bibliothèque (choisir format Zotero RDF) 49

50. Export de la bibliothèque (2) 50 Clic droit sur « ma bibliothèque ». Choisir le format d’exportation Seul le format Zotero RDF permet une sauvegarde complète, avec les fichiers attachés.

51. Rapport •  Clic droit sur la sélecMon, choisir l'opMon générer un rapport •  Tous les champs non vides ﬁgurent sur le rapport, un ﬁchier html s’ouvre dans le navigateur

52. sorMe d'informaMons bibliographiques depuis la bibliothèque (1) •  Sans liaison automaAque avec le traitement de texte •  Choisir style bibliographique par défaut : préférences de Zotero, puis exportaMon •  SélecMonner une collecMon ou des références. Clic droit sur la sélecMon, puis choisir l'opMon « créer une bibliographie »

53. sorMe d'informaMons bibliographiques depuis la bibliothèque (2) •  Choisir le format de sorMe : ry, html, copier dans presse-‐papier, impression directe

54. Styles bibliographiques et Zotero Zotero : ouMl créé pour répondre aux besoins des chercheurs : Styles bibliographiques de Zotero = styles de revues scienMﬁques (très majoritairement) standardisés grâce au langage CSL

55. 55 Répertoire de styles Zotero www.zotero.org/styles Aperçu du style InAtulé du style Rechercher un style Styles par domaines ou formats Installer un style

56. Aperçu des styles •  Pour un aperçu des styles proposés par Zotero, taper dans la barre d’adresse : chrome://zotero/content/tools/cslpreview.xul •  Ou Préférences/avancées/CSL Preview Cet ouMl crée des citaMons pour les documents sélecMonnés dans votre copie de Zotero pour tous les styles CSL installé.

57. Types de style Author-‐date et author : un appel de citaMon dans le texte renvoie à une entrée dans la bibliographie classée par ordre alphabéMque Ex : Yeast cells were grown at 25°C in batch cultures on 0.5% methanol for 36 hours (van der Klei et al. 1991; Zwart et al. 1983) Yeast cells were grown at 25°C in batch cultures on 0.5% methanol for 36 hours (van der Klei et al.; Zwart et al.) Bibliography van der Klei IJ, Harder W, Veenhuis M (1991) Methanol metabolism in a peroxisome-‐deﬁcient mutant of Hansenula polymorpha: a physiological study. Arch Microbiol 156: 15-‐23. Zwart KB, Veenhuis M, Harder W (1983) Signiﬁcance of yeast peroxisomes in the metabolism o choline and ethanolamine. Antonie Van Leeuwenhoek 49: 369-‐385.

58. Types de style Numeric : un appel de citaMon dans le texte renvoie à une entrée de la bibliographie Ex : Yeast cells were grown at 25°C in batch cultures on 0.5% methanol for 36 hours [21, 22] Bibliography 21. Zwart KB, Veenhuis M, Harder W (1983) Signiﬁcance of yeast peroxisomes in the metabolism of choline and ethanolamine. Antonie Van Leeuwenhoek 49: 369-‐385. 22. van der Klei IJ, Harder W, Veenhuis M (1991) Methanol metabolism in a peroxisome-‐deﬁcie mutant of Hansenula polymorpha: a physiological study. Arch Microbiol 156: 15-‐23.

59. Types de style § Styles note : un marqueur (symbole, nombre, etc.) pointe vers une note de bas de page ou de ﬁn, qui permet d’idenMﬁer le document cité. Certains styles note incluent une bibliographie de tous les documents cités. Ex : "In the Island of St. Kilda, according to Martin, [1] the men do not acquire beards unMl the age of thirty or upwards, and even then the beards are very thin. “ [1]'Voyage to St. Kilda' (3rd edit. 1753), p. 37. Bibliography

60. Plugin de liaison avec le traitement de texte Version standalone le plugin est intégré à l’ouMl Zotero sur Firefox : sur le site de Zotero, www.zotero.org, clic sur Download puis word processor plugins Dans la page qui apparaît, clic sur « install… plugin » qui correspond à votre système d’exploitaMon et à votre logiciel (Open Oﬃce, Word)

61. La barre d'ouMl Zotero apparaît dans le ruban compléments 1ère icône : insère la citaAon : choix du style (lors de la première inserMon,) choix de la référence et inserMon de la citaMon 2ème : modifier une citaAon déjà insérée (le curseur doit être à l’intérieur de la note de bas de page ou de fin de secMon) 3ème : pour insérer une bibliographie (récapitulaMve des citaMons) 4ème modifier la bibliographie (si le curseur est à l’intérieur d'une biblio.) 5ème : mere à jour vos inserAons par rapport à la base Zotero (si un nom d’auteur modifié dans Zotero, le document se meIra à jour et incorporera la modif.) 6ème : changer le style biblio. Affecte tout le document, mieux vaut le sauvegarder avant. 7ème : « remove code » (aIenMon, les inserMons ne pourront plus être mises à jour)

62. •  Dans le document que vous rédigez, placez le curseur là où vous souhaitez insérer l'appel •  Cliquez sur le bouton d'inserMon d'une citaMon (première icône) •  Première inserMon dans un document : choisir le style à

63. InserMon d’une citaMon •  Pour insérer, Zotero propose une recherche de références par mots-‐clefs. •  Préférer la vue classique, qui permet de faire apparaître la bibliothèque sur le traitement de texte

64. InserMon d’une citaMon (vue classique)

65. Editeur de citaMons

66. Editeur de citaMons Insérer la bibliographie •  Editer une citaMon : il faut pour cela que le curseur soit posiMonné dans la citaMon à éditer •  Pour insérer la bibliographie, se posiMonner à l'endroit où elle devra apparaître, et clic sur la 3ème icône.

67. Editer la bibliographie : pour cela, il faut posiMonner le curseur dans une bibliographie insérée. Possibilité d'ajouter des éléments ou d'en reMrer.

68. 5/ Zotero en ligne, Zotero collaboraMf 68

69. Ouvrir un compte sur le site Zotero •  hIp://www.zotero.org/ •  Clic sur "register" pour ouvrir un compte ou sur "login" pour accéder à un compte existant 69

70. SynchronisaMon •  puis Préférences •  Icône puis onglet "Seˆngs" pour s'idenMﬁer : login et mot de passe du compte Zotero •  Fusion : clic sur l’icône verte de synchronisaMon (ou laissez coché : synchro. AutomaMque dans les préférences) 70

71. Le compte en ligne •  Onglet My Library pour aﬃcher la bibliothèque •  Seul le Mtulaire du compte peut voir la librairie en ligne, sauf modiﬁcaMon des paramètres 71 Notez l'adresse : http://www.zotero.org/login

72. Rendre visible la bibliothèque en ligne •  SélecMonner "Seˆngs" puis onglet "Privacy" –  Vous pouvez spéciﬁer que vos notes seront elles aussi visibles 72

73. Créer des Groupes de travail •  Vous pouvez cliquer sur l'icône Nouveau Groupe située à coté de l'icône Nouvelle CollecMon dans le coin supérieur gauche de Zotero. •  Vous pouvez aussi cliquer sur le bouton Nouveau Groupe sur la page des groupes sur le site Zotero

74. Type de groupe : privé •  Seuls les membres du groupe et les uMlisateurs invités à rejoindre le groupe peuvent voir les pages du groupe

75. Type de groupe : Public, ParMcipaMon Restreinte •  Tout le monde peut voir la page du groupe, mais les seuls moyens de devenir membre passent par une invitaMon ou par une demande d'invitaMon.

76. Type de groupe : Public, Par4cipa4on Ouverte •  Les pages de groupes sont publiques, et tout le monde peut devenir membre instantanément.

77. Réglage des groupes : l’appartenance •  Les membres parMcipent •  Les administrateurs peuvent modiﬁer le statut public/privé du groupe, les rôles des membres et les réglages de la bibliothèque du groupe. •  Les propriétaires de groupe : mêmes privilèges que les administrateurs, mais peuvent aussi supprimer le groupe ou transférer sa propriété à un autre membre.

78. Réglage des groupes : bibliothèque •  Lecture de la bibliothèque (Qui peut voir les éléments de la bibliothèque de ce groupe?) •  Tout le monde sur internet •  Tous les membres •  Seulement les administrateurs du groupe

79. Réglage des groupes : bibliothèque •  ÉdiMon de la Bibliothèque (Qui peut ajouter, éditer, et supprimer des éléments de la bibliothèque de ce groupe?) •  Tous les membres •  Seulement les administrateurs du groupe

80. Interagir avec des Groupes avec le logiciel Zotero •  La bibliothèque de groupe apparaîtra dans la colonne de gauche. •  La bibliothèque de groupe est disMncte de la bibliothèque Zotero •  Les éléments peuvent être glissés/déposés à parMr de « ma bibliothèque » (ils sont copiés dans la bibliothèque de groupe) •  Possibilité de créer des sous-‐collecMons dans la bibliothèque de groupe

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