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DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES
INFECTIONS GENITALES ET DES INFECTIONS
SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLES
DR T.DJERBOUA
PHARMACIEN MAITRE ASSISTANT EN
MICROBIOLOGIE
LABORATOIRE DE BIOLOGIE MEDICALE
HOPITAL SIDI BELLOUA-CHU TIZI-OUZOU
ANNÉE UNIVERSITAIRE : 2018-2019
EMAIL : DRTAOUFIK123@HOTMAIL.FR
I.INTRODUCTION
Les prélèvements génitaux sont parmi les plus fréquemment reçues au laboratoire de microbiologie
Il en existe un grande diversité contrastant avec l’indication du diagnostic microbiologique
Les principales situations sont :
-Le diagnostic étiologique d’une infection génitale ou uro-génitale et de leurs complications qu’elle soit sexuellement
transmissible ou non
-Le dépistage d’une infection ou d’une colonisation lors des opérations d’aide a la procréation
En raison de la complexité anatomo-physiologique et microbiologique des organes génitaux, le succès de l’examen
cytobactériologique des prélèvements génitaux dépend étroitement de :
-La connaissance des circonstances exactes des étapes pré-analytiques
-La disponibilité d’un plateau technique complet, adéquat et performant,
-Une connaissance profonde de la flore normale (femme+++)
-une étroite collaboration Prescripteur-biologiste
II.DEFINITIONS
INFECTION GENITALE ≠ INFECTION SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLE
Limite parfois difficile a distinguer
INFECTIONS
GENITALES
SEXUELLEMENT
TRANSMISSIBLE
INFECTIONS
GENITALES NON
SEXUELLEMENT
TRANSMISSIBLE
INFECTION
SEXUELLEMENT
TRANSMISSIBLE SANS
MANIFESTATIONS
GENITALES
Gonorrhée
Syphilis
Chancre mou
Chlamydiose
Condylomes
Donovanose
Herpes
Trichomonase.
…
SIDA
HEPATITES VIRALES (B++)
Vaginoses bactériennes
Infections associés aux soins
Complication des infections
urinaire…
IMPORTANCE DU CONTEXTE
D’ACQUISITION DE L’INFECTION
III.EPIDEMIOLOGIE DES IST: Problématique
Les IST sont un problème majeur de santé publique en raison de :
1) Leurs morbidité importante : que ce soit
➢ a court terme: douleur, absentéisme, dysfonction sexuelle, impacte psychologique, aspect inesthétique de certaines lésions,
possible infection invasives graves
➢ a long terme : infertilité , Cancers, gestation extra utérines et infections néonatales, douleurs et lésions organiques, portage
chronique…
2) Les dépenses de santé
3) Nombre élevé des formes asymptomatiques et Association de plusieurs agents infectieux (contagion +++, complications+++)
4) Gits infectieux extra génitaux (bouche, anus) favorisant la contagion
5) Augmentation du risque de transmission du VIH
6) La résistance aux antibiotiques en particulier celle du gonocoque
La portée sociale , les tabou, la stigmatisation ,l’ignorance, la négligence, l’auto-négligence et l’automédication couplés aux
manque de stratégies de prise en charge codifiée, des compagnes de sensibilisation et des centres de dépistages sont autant de
facteurs favorisant la persistance et la propagation des IST.
III.EPIDEMIOLOGIE DES IST: les facteurs de risque
- 357 M de nouveaux cas d’IST curables (gonococcies, Trichomonase+++, Chlamydiose, Syphilis)
- 500 M de personnes porteuses d’Herpes génital
- 290 M de nouveaux cas d’infection HPV
- 350 M de séropositifs HBV
- 33 M de séropositifs HIV
Les principaux facteurs de risque d’avoir une IST sont (selons le CDC/USA) :
-L’Age (premiers rapports sexuels entre 15-24 ans)
-Bas niveau socio-économique
-Nouveau partenaire sexuel dans les 60 jours avant le début des symptomes
-Partenaires sexuels multiples
-Antécédents d’IST
-Usage illicite de drogues
-Partenaires connues en ligne
-Admission en centre de détention pour jeunes
-Contacte avec un travailleur de sexe..
- 01 M d’IST tout type confondu/jour
- 900 000 femmes enceintes infectés par la Syphilis dont 350 000 mortinaissance
Les IST EN CHIFFRES (Données de l’OMS : estimations 2013)
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE
L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE
L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
• Appareil urinaire et génital confondues a partir de l’urètre
prostatique
• Éloignement de l’orifice anal
• Le microbiote est limité a l’urètre et au plis cutanés du
pénis, le haut appareil génital est stérile (domaine encore
mal exploré)
• Les germes retrouvés a l’état normal sont variables,
dominés par les germes cutanéo-muqueux du périnée.
• Appareil urinaire et génital séparés
• Proximité des 3 orifices : anal, vaginal et urétral.
• Activité cyclique, forte influence hormonale
• Puberté/ménopause
• Présence d’un microbiote vaginal abondant et varié et
variable dans un milieu physiologique acide (pH 4 a 4,5)
dont les Lactobacillus sont les plus dominants (Flore de
Doderline)
• L’étage génital supérieur n’est pas colonisé.
Le microbiote vaginal
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
Les contextes cliniques et les symptômes incitant le patient a consulter peuvent être regroupés en :
1) Les atteintes du bas appareil génital : représentés par les urétrites (homme) et les vulvo-vaginites
Les principales entités nosologiques sont:
A) Les écoulement : retrouvés chez les 2 sexes, ils prennent le nom de « Leucorrhées » chez la femme, leurs caractéristiques
de couleurs, d’odeur et de consistance peuvent orienter vers certaines types d’agents étiologiques.
B) Les Ulcérations : ce sont des pertes de substance du revêtement cutanéo-muqueux génital.
C) Les Végétations : ce sont des excroissances cutanés anormale ayant pour origine une hyperplasie de la couche basale de
l’épiderme ou des muqueuses.
2) Les atteintes du haut appareil génital : représentés par les prostatites - orchi-épididymites chez l’homme et les endo-
cervicites et infections utéro-annexielles (endométrites, salpingites ,ovarites) chez la femme.
Les symptômes sont variables de l’organe atteint et de l’évolution de la maladie. Peuvent être totalement asymptomatiques jusqu’à
stade de complications.
L’atteinte est due a l’extension a partir d’un foyer génital bas, plus rarement par voie hématogène ou iatrogène;
KEEP
IN MIND!
AUCUN SITE ANATOMIQUE N’EST A NEGLIGER!
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
Les principales étiologies des infections génitales selon le contexte
nosologique sont :
A) Les écoulement : a l’état physiologique, l’homme ne
présente pas d’écoulement. Chez la femme en revanche, il
existe des leucorrhées physiologiques par desquamation
vaginale ou par accroissement de la production (cycle,
grossesse…).
A l’état pathologique, l’apparition d’un écoulement chez l’homme ou
le changement de l’abondance, de l’aspect et de l’odeur des
leucorrhées peut orienter vers une situation pathologique particulière,
nous distinguons :
-Chez l’homme : l’écoulement peut être purulent ou non purulent,
parfois non visible mais interpelle le patient qui trouve des traces sur
ses vêtements.
-Chez la femme : les leucorrhées pathologiques prennent différentes
couleurs (blanchâtres, jaunâtres, laiteuses, caillebottées, mousseuses,
purulentes) avec dégagement d’odeurs nauséabondes.
Col utérin « propre » avec une
glaire cervicale normale
Leucorrhées purulentes
Leucorrhées mousseuses Leucorrhées caillebottées
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
Les principales étiologies des infections génitales selon le contexte
nosologique sont :
A) Les écoulement : les principaux agents étiologiques sont
A.1) Neisseria gonorrhoeae: responsable de l’urétrite
gonococcique chez l’homme et des infections génitales
basses et surtout hautes chez la femme. L’écoulement est
franchement purulent
La « goutte urétrale » Leucorrhées purulentes
Cette bactérie invasive est capable de disséminer rapidement (arthrite,
infection pelvienne…) et est capable d’infecter l’anus et la bouche.
La gonorrhée est le plus souvent « criante » chez l’homme, alors
qu’elle est le plus fréquemment silencieuse chez la femme
Les principales complications sont représentés par les formes
disséminés ,la sténose urétrale, l’atrophie testiculaire, la stérilité
tubaire, les gestations extra-utérines et les douleurs pelviennes
chroniques.
En plus des menacer la grossesse, la transmission périnatale de la
bactérie est a l’origine de conjonctivites graves du nouveau née
Gonococcie disséminée
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
A.2) Chlamydia trachomatis « sérovar thrachoma »: responsable
d’urétrite non gonococcique chez l’homme et des infections génitales
basses et surtout hautes chez la femme. L’écoulement est le plus
souvent non purulent chez l’homme et plutôt purulent chez la femme
L’infection est souvent symptomatique chez les deux sexes
En plus des complications cités pour le gonocoque, ce germe est le
plus fréquemment impliqué dans le syndrome de Fitz-Hugh-Curtis et
Fiessinger-Loroy-Reiter
A.3) Mycoplasmaes génitaux: dont M.genitalium est la plus virulente du
genre Mycoplasma ,a l’origine non cultivable et non visible en microscopie,
dont la fréquence est mal connue, est a l’origine d’urétrites non
gonococciques et d’infections génitales hautes chez les deux sexes.
La fréquence des formes symptomatique n’est pas connue ni les
complications au long terme, semble être a l’origine d’infections graves in
utéro
Les autres espèces comme M.hominis et Ureaplasma urealyticum peuvent
être impliqués lorsque leurs nombre augmente (colonisation) M.genitalium
SYNDROME DE FIESSINGER-LOROY-REITER
SYNDROME OCULO-URETRO-SYNOVIAL
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
A.4) Trichomonas vaginalis : protozoaire responsable d’une infection
bénigne comme l’urétrite chez l’homme et de vaginite chez la femme il ne
cause pas d’infections génitales hautes.
Les formes asymptomatiques prédominent chez l’homme
Les leucorrhées sont abondantes et mousseuses, nauséabondes
Les complications inflammatoires sont exceptionnelles et la transmission au
nouveau né est possible
A.5) Candida albicans: espèce la plus impliquée dans les mycoses vulvo-
vaginales, peut aussi donner des balanites chez l’homme.
Le tableau est dominé par le prurit.
Les leucorrhées sont blanches caillebottés et grumeleuses
N’est pas considérée comme une IST
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
A.6) Germes non spécifiques: a partir de la flore commensale, peuvent être a l’origine
d’infections de gravité variable allant de l’urétrite jusqu’àux infections profondes. La
contamination peut être vénérienne ou non (Streptocoque B, Entérobactéries,
S.aureus…)
Un cas particulier chez la femme mais ayant une forte incidence (≥50%) est représenté
par un déséquilibre du microbiote vaginal (hygiène inappropriée, antibiothérapie, …) :
disparition de la flore de Doderline associé a une pullulation microbienne intense mais
n’engendrant pas d’inflammation, seules des leucorrhées blanches nauséabondes (odeur
de poisson pourri aggravé après acte sexuel) sont présentes
Ce type de situation est dit VAGINOSE (par opposition aux vaginites)
Les germes retrouvés sont nombreux et variés cependant Gardnerella vaginalis et
Atopobium vaginae sont retrouvés en quantité élevée, associés a des anaérobies strictes.
Les leucorrhées sont caractérisées sur la plan microscopique par la pauvreté en cellules
inflammatoires associés a une abondance de cellules épithéliales dont un type
particulier dit « Clue cells » est typique de cette situation pathologique.
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
B) Les Ulcérations : ce sont des pertes de substance du revêtement cutanéo-
muqueux génital. Hormis les répercussions dues a la maladie elle-même ,
l’ulcération favorise fortement la transmission du HIV et est favorable aux
surinfections bactériennes en particulier Leurs aspect et leurs nombre permet
d’orienter vers certaines étiologies infectieuses dont les principales sont :
B.1) Treponema pallidum subsp pallidum: l’ulcération est représenté par le
chancre syphilitique = syphilis primaire qui siège la ou la bactérie entre.
Cette ulcération est unique, indolore a base indurée et accompagnée d’une
volumineuse adénopathie satellite caractéristique, le tout guérit spontanément en
quelques semaines (passage a la phase silencieuse)
Le chancre peut passer inaperçu surtout chez la femme (adénopathie satellite+++)
Les complications de la syphilis tertiaire (bien que rares actuellement) sont
gravissimes par atteinte des viscères
La transmission in utéro est a l’origine d’une infections grave du fœtus et du
nouveau né (syphilis congénitale)
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
B.3) Haemophilus ducreyi: agent du Chancre mou (Chancroide).
Cette bactérie exigeante appartenant au genre Haemophilus.
Le chancre Mou se distingue du syphilitique par :
-une incubation plus courte
-des ulcérations multiples douloureuses
-Un aspect (sale) du chancre et son caractère (Mou) au toucher
avant la rupture des pustules.
-Adénopathies multiples
Comme la syphilis, la ou il entre, la ou la lésion apparait avec
possibles cas infracliniques internes chez la femme
Les complications a moyen et long terme consistent surtout en la
phagedenisation des ulcères , une fistulisation des adénopathies voir
des déformations de la verge.
Pas de cas mère-enfant décrits
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
B.3) Chlamydia trachomatis sérovar LGV : agent de la
Lymphogranulomatose vénérienne ou Maladie de Nicolas Favre.
Dans sa forme typique ,la maladie évolue en 03 phases vers la chronicité
et concerne les territoires d’inoculation ou a distance.
Cette pathologie se complique de bubons multiples , avec obstruction
lymphatique pouvant mener a un éléphantiasis.
Chez la femme elle évolue vers une destruction de structure génitales
internes et une possible transmission congénitale
Les formes extradigestives sont surtout buccales et rectales qui peuvent
mimer une MICI.
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
B.4) Donovanose: maladie vénérienne granulomateuse tropicale causée
par Klebsiella granulomatis.il s’agit d’une maladie chronique évoluant
vers l’abcédation des ganglions inguinaux, stase lymphatique et
mutilation des organes génitaux externes.
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
B.5) l’Herpes génital: principalement due a l’Herpes Simplex Virus -2
A l’échelle mondiale c’est l’étiologie la plus fréquente des ulcérations génitales.
L’infection HSV est a vie, caractérisée par une primo-infection suivie d’épisodes de récurrences en
nombre et en intensité variable. Le tout peut etre asymptomatique.
Dans sa forme typique , l’herpes génital se répartit en :
• LA PRIMO-INFECTION
-Phase prodromique : sensation de brulure, paresthésies, Fièvre>39, malaise, myalgies, adénopathies
loco-régionales douloureuses.
-Phase d’état : Inflammation muqueuse ,puis éruption vésiculeuse en « bouquet » typiques, puis
rupture des vésicules = ulcération superficielle, la douleur est intense.
-Phase de guérison : résolution des symptômes sans séquelles en 10 a 14 jours.
Une méningite lymphocytaire aigue bénigne accompagne 1/5 des primo-infections selon certaines
études.
Les formes cliniques sont plus sévères et l’évolution est moins favorable chez l’immunodéprimé
(atteintes extensives et necrotiques : atopie, SIDA, Thérapeutique, âges extrêmes…)
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
B.5) l’Herpes génital:
• LA RECURRENCE
-elle sont variables en fréquence et en intensité, peuvent atteindre 6 récurrence par an en altérant considérablement la qualité de vie
-leurs intensité est qualifiée de « moindre » par rapport a l’épisode initial (plus localisés, moins sévères , plus courtes)
-la fréquence des récidive et leurs intensité dépend de certains facteurs comme l’age, l’immunodépresion , l’infection HSV-2
récidive plus fréquemment, l’intensité de l’épisode initial.
L’hérpes périnatal est une forme particulièrement grave de l’infection herpétique touchant le nouveau né avec une mortalité élevé
et de lourdes séquelles chez les survivants.
(dépistage et suivi des femmes enceintes suspectes)
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique
des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
Les verrues génitales sont surtout dues aux HPV muqueux
et génitaux a faible potentiel cancérigène (HPV 6 et 11) qui
comptent pour plus de 80% des cas des infections génitales
(faible potentiel cancérigène mais récidives fréquentes)
Cependant le risque nul n’existe pas, l’infection peut etre
causée par un HPV a haut potentiel cancérigène (16 et 18)
qui sont des oncogènes avérés (Cancer du col de l’utérus,
vulve, vagin, pénis, anus, bouche , l’œsophage …)
La maladie est transmissible a l’enfant lors du passage de la
filière génitale
C) Les végétations: ce sont des excroissances cutanés anormale ayant pour origine une hyperplasie de la couche basale de
l’épiderme ou des muqueuses. Elles sont dues a une infection par les Papillomavirus Humain (Human papillomavirus ou HPV)
Les virus est résistant, a transmission peut être directe ou
indirecte, l’incubation est longue et il existe des formes
asymptomatiques
La maladie en question est appelée « Condylomes » ou
« verrues génitales » pouvant être planes , papuleuses
mais surtout acuminés.
IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales
(NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
En maladies infectieuses, L’approche syndromique est le principe PROBABILISTE selon lequel une /des étiologie infectieuses de
natures diverses sont retenus comme cible(s) diagnostique/thérapeutique devant un syndrome donné et ce en raison de la
probabilité élevé de leur présence face a CE SYNDROME.
Ceci reviens a dire que certains germes sont a l’origine de tableaux cliniques plus ou moins caractéristiques face auxquels leurs
présence est fortement suspectée.
Elle permet donc de répondre a deux questions sommaires :
1) A quel(s) germe(s) dois-je penser en priorité ?
2) Quelle thérapeutique dois-je envisager en première intention?
En microbiologie cette approche est utilisée au cours de la phase analytique pour fixer les moyens et les approches diagnostiques a
employer face a un prélèvement donnée.
Ex : répartition des microorganismes détectables Multiplex qPCR en panels dont le choix est basé sur une approche syndromique.
V. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES IST
1) Etapes pré-analytiques :
A) Indication des prélèvements génitaux :
Chez le sujet asymptomatique
Chez le sujet symptomatique
1) Identification des agents d’infections géniales et d’IST
2) Recherche d’agents a transmission sexuelle en cas d’IST
avérée (HIV, HBV…)
3) Recherche de l’infection chez le(s) partenaires
1) Dépistage d’une IST en cas de :
-Comportement a risque
-Contacte sexuel suspect
-Partenaire infecté symptomatique ou asymptomatique
-Avant l’arrèt du préservatif en cas de relation stable
-au cours des procédures médico-légales (Viol, IST ou
symptomatologie génitale chez l’enfant…)
2) Exploration d’une hypofertilité, menace ou antécédents
d’accouchement prématuré.
3) Recherche systématique de S. agalactiae
4) Bilan de grossesse, contraception , interruption volontaire de
grossesse.
V. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES IST
1) Etapes pré-analytiques :
B) Les prélèvements:
AUTRES (SELON LE CONTEXTE)
GENITAUX
A l’aide d’écouvillons (fins si prélèvement intra-
urétral) en Nylon ou en Dactron et de milieux de
transport (auto-prélèvements possibles.
ECOULEMENTS
ULCERATIONS
VEGETATIONS -Brossage des lésions, tissus, biopsies.
-grattage des chancres (sans faire saigner) et recueil des
sérosités
-Ponction des bubons/granulomes
-grattage du fond et bords des ulcérations (HSV)
-Biopsies
-Urétral : surtout chez l’homme, avant toute toilette et 2h minimum après la
dernière miction.
-Vaginal : avec ou sans spéculum, recueil des leucorrhées du cul de sac
postérieur, si lésions, les prélever, si absence de secrétions, balayer toute la
surface.
-Endocol : spéculum obligatoire, après nettoyage soigneux du col.
1) 1ER JET URINAIRE : avant toute toilette et avant toute
miction, de préférence le matin au reveil. L’objectif étant de
recueillir les cellules infectés et le pus urétral
NB: en cas de présence d’un écoulement urétral purulent franc,
l’écouvilloner avant de proceder a la miction
2) Sperme : permet de rechercher les germes en cas d’infection
génitale profonde (orchi-épididimyte, prostatite…)
3)Autres sites anatomiques avec ou sans présence de symptômes :
oropharynx, anus, liquide articulaire, conjonctives, dispositif
intra-utérin, produits d’avortement… le type de prélèvement
dépend du contexte.
4) Sang pour sérologie
Le transport et la conservation des échantillons doit être faite sans
délais accompagnée d’une fiche de renseignements correctement
remplie.
En cas d’usage de trousses commerciales les recommandations
sont précisés par le fournisseur
 Cytobrosse
 Ecouvillons
 KIT D’AUTOPRELEVEMENT
V. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES IST
2) Etapes analytiques :
A) EXAMEN DIRECT : a l’état frais (optique simple ou a fond noir) et après diverses colorations (bleu de méthylène, Gram, MGG) il constitue
un outil incontournable pour plusieurs germes (Trichomonas, N.gonorrhoeae, Treponema pallidum, Klebsiella granulomatis, Haemophilus
ducreyi, mycoses, Vaginoses) en raison de :
-L’aspect caractéristique du germe et des cellules infectés
-La difficultés/impossibilité de mettre en œuvre les techniques de culture dans certains cas.
Cependant:
-Sa sensibilité / spécificité (comme dans tout les cas pour le diagnostic direct) dépend étroitement de la qualité du prélèvement.
-il a été cependant abandonné pour C.trachomatis.
-il n’est pas praticable pour les Mycoplasmes génitaux.
Neisseria gonorrhoeae (Gram) Bacilles en chaine de vélo
Caractéristique d’H.ducreyi
Bacilles intracellulaires
caractéristiques de la Donovanose
Clue celles (pathognominique des
vaginoses)
Treponema pallidum au M;O a
fond noir
V. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES IST
1) Etapes analytiques :
B. Culture: a bien sa spécificité haute , elle n’est praticable en routine que pour
N.gonorrhoeae et les germes courants cultivables ainsi que pour les mycoplasmes
commensaux
-Elle est réservée a des centres de référence pour H.dureyi,, Mycoplasma
génitalium,C.trachomatis, T.pallidum , K.granulomatis et les virus (lignées cellulaires,
inoculation a l’animal)
-Inutile pour les Vaginoses (diagnostic microscopique)
Les milieux utilisés en routine sont :
-Des milieux enrichis (Columbia, Muller-Hinton…) au sang cuit et supplémentés en
mélanges vitaminiques (polyvites , supplément G…) SANS antibiotiques.
-Des milieux enrichis (Columbia, Muller-Hinton…) au sang frais et supplémentés en
mélanges vitaminiques (polyvites , supplément G…) SANS antibiotiques.
DIVERS MILIEUX ELECTIFS ET SELECTIFS SELON LE CONTEXTE :
-Des milieux enrichis (Columbia, Muller-Hinton…) au sang cuit/frais supplémentés en
mélanges vitaminiques (polyvites , supplément G…) AVEC antibiotiques (VCN, VCAT)
-Hektoen
-Chapman
-Lowenstein-Jensen
-Gélose pour anaérobies strictes
-Sabouraud+Chloramphénicol ..
API MYCOPLASMA
Numeration des Mycoplasmes
V. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES IST
2) Etapes analytiques :
B. Culture: l’incubation a 37° est réalisée sous atmosphère enrichie en CO2 et en athmosphère ordinaire pour les milieux de base et selectifs
pour germes bannaux. Ou selon le cas (anaérobiose stricte pour les anaérobies).
-la durée de l’incubation est variable, minimum 72h pour N.gonorrhoeae avec lecture quotidienne. Parfois l’incubation est prolongée selon le
contexte.
L’identification des bactéries est réalisé selon la conduite a tenir classique : examen direct, tests enzymatiques rapides, galerie biochimique,
Biologie moléculaire et spectrométrie de masse.
Les tests de sensibilité aux antibiotiques sont obligatoirement effectués avec recherche des mécanismes de résistance.
Neisseria gonorrhoeae a partir d’une culture (Gram)
Colonies après plusieurs jours de culture
Identification N.gonorrhoeae sur API NH
N.gonorrhoeae productrice de β-lactamase
V. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES IST
2) Etapes analytiques :
C. BIOLOGIE MOLECULRAIRE: S’impose de plus en plus comme technique de référence en raison des difficultés technique de culture et
d’identification des agents des IST. Applicable su divers types de prélèvements, applicables a l’approche syndromique.
Il existe des kits commerciaux permettant d’identifier a la fois plusieurs agents infectieux
D. Sérologie : pour certains agents infectieux comme T.pallidum (VDRL/TPHA) et certains virus (HSV, HIV…)
TPHA
les desequilibres de la flore vaginale = vaginoses …
Distribution qualitative de la
flore vaginale en situation
normale et dans le cas des
vaginoses
Prévention des IST et éducation sanitaire : the FIVE Ps
PARTNERS – PREVENTION OF PREGNANCY -PROTECTION FROM STDs-PRACTICES-PAST HISTORY
Conclusion
 La lutte contre les IST passe par une démarche systématique de dépistage en ciblant les
populations a risque
 La fréquence des co-infections justifie la recherche systématique des principaux agents d’IST
 L’incidence de certaines IST est en nette augmentation, en particulier chez les populations a
risque
 La résistance aux antibiotiques est une soucis mondial a court terme, le traitement des formes
extra-génital est devenu un véritable challenge.
 La recherche des T.vaginalis doit etre systématiquement réalisé par microscopie le plus
rapidement possible après prélèvement.
 Les infections génitales ne sont pas systématiquement des IST !

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  • 1. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES INFECTIONS SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLES DR T.DJERBOUA PHARMACIEN MAITRE ASSISTANT EN MICROBIOLOGIE LABORATOIRE DE BIOLOGIE MEDICALE HOPITAL SIDI BELLOUA-CHU TIZI-OUZOU ANNÉE UNIVERSITAIRE : 2018-2019 EMAIL : DRTAOUFIK123@HOTMAIL.FR
  • 2. I.INTRODUCTION Les prélèvements génitaux sont parmi les plus fréquemment reçues au laboratoire de microbiologie Il en existe un grande diversité contrastant avec l’indication du diagnostic microbiologique Les principales situations sont : -Le diagnostic étiologique d’une infection génitale ou uro-génitale et de leurs complications qu’elle soit sexuellement transmissible ou non -Le dépistage d’une infection ou d’une colonisation lors des opérations d’aide a la procréation En raison de la complexité anatomo-physiologique et microbiologique des organes génitaux, le succès de l’examen cytobactériologique des prélèvements génitaux dépend étroitement de : -La connaissance des circonstances exactes des étapes pré-analytiques -La disponibilité d’un plateau technique complet, adéquat et performant, -Une connaissance profonde de la flore normale (femme+++) -une étroite collaboration Prescripteur-biologiste
  • 3. II.DEFINITIONS INFECTION GENITALE ≠ INFECTION SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLE Limite parfois difficile a distinguer INFECTIONS GENITALES SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLE INFECTIONS GENITALES NON SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLE INFECTION SEXUELLEMENT TRANSMISSIBLE SANS MANIFESTATIONS GENITALES Gonorrhée Syphilis Chancre mou Chlamydiose Condylomes Donovanose Herpes Trichomonase. … SIDA HEPATITES VIRALES (B++) Vaginoses bactériennes Infections associés aux soins Complication des infections urinaire… IMPORTANCE DU CONTEXTE D’ACQUISITION DE L’INFECTION
  • 4.
  • 5.
  • 6. III.EPIDEMIOLOGIE DES IST: Problématique Les IST sont un problème majeur de santé publique en raison de : 1) Leurs morbidité importante : que ce soit ➢ a court terme: douleur, absentéisme, dysfonction sexuelle, impacte psychologique, aspect inesthétique de certaines lésions, possible infection invasives graves ➢ a long terme : infertilité , Cancers, gestation extra utérines et infections néonatales, douleurs et lésions organiques, portage chronique… 2) Les dépenses de santé 3) Nombre élevé des formes asymptomatiques et Association de plusieurs agents infectieux (contagion +++, complications+++) 4) Gits infectieux extra génitaux (bouche, anus) favorisant la contagion 5) Augmentation du risque de transmission du VIH 6) La résistance aux antibiotiques en particulier celle du gonocoque La portée sociale , les tabou, la stigmatisation ,l’ignorance, la négligence, l’auto-négligence et l’automédication couplés aux manque de stratégies de prise en charge codifiée, des compagnes de sensibilisation et des centres de dépistages sont autant de facteurs favorisant la persistance et la propagation des IST.
  • 7. III.EPIDEMIOLOGIE DES IST: les facteurs de risque - 357 M de nouveaux cas d’IST curables (gonococcies, Trichomonase+++, Chlamydiose, Syphilis) - 500 M de personnes porteuses d’Herpes génital - 290 M de nouveaux cas d’infection HPV - 350 M de séropositifs HBV - 33 M de séropositifs HIV Les principaux facteurs de risque d’avoir une IST sont (selons le CDC/USA) : -L’Age (premiers rapports sexuels entre 15-24 ans) -Bas niveau socio-économique -Nouveau partenaire sexuel dans les 60 jours avant le début des symptomes -Partenaires sexuels multiples -Antécédents d’IST -Usage illicite de drogues -Partenaires connues en ligne -Admission en centre de détention pour jeunes -Contacte avec un travailleur de sexe.. - 01 M d’IST tout type confondu/jour - 900 000 femmes enceintes infectés par la Syphilis dont 350 000 mortinaissance Les IST EN CHIFFRES (Données de l’OMS : estimations 2013)
  • 8. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE)
  • 9. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) • Appareil urinaire et génital confondues a partir de l’urètre prostatique • Éloignement de l’orifice anal • Le microbiote est limité a l’urètre et au plis cutanés du pénis, le haut appareil génital est stérile (domaine encore mal exploré) • Les germes retrouvés a l’état normal sont variables, dominés par les germes cutanéo-muqueux du périnée. • Appareil urinaire et génital séparés • Proximité des 3 orifices : anal, vaginal et urétral. • Activité cyclique, forte influence hormonale • Puberté/ménopause • Présence d’un microbiote vaginal abondant et varié et variable dans un milieu physiologique acide (pH 4 a 4,5) dont les Lactobacillus sont les plus dominants (Flore de Doderline) • L’étage génital supérieur n’est pas colonisé.
  • 11. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) Les contextes cliniques et les symptômes incitant le patient a consulter peuvent être regroupés en : 1) Les atteintes du bas appareil génital : représentés par les urétrites (homme) et les vulvo-vaginites Les principales entités nosologiques sont: A) Les écoulement : retrouvés chez les 2 sexes, ils prennent le nom de « Leucorrhées » chez la femme, leurs caractéristiques de couleurs, d’odeur et de consistance peuvent orienter vers certaines types d’agents étiologiques. B) Les Ulcérations : ce sont des pertes de substance du revêtement cutanéo-muqueux génital. C) Les Végétations : ce sont des excroissances cutanés anormale ayant pour origine une hyperplasie de la couche basale de l’épiderme ou des muqueuses. 2) Les atteintes du haut appareil génital : représentés par les prostatites - orchi-épididymites chez l’homme et les endo- cervicites et infections utéro-annexielles (endométrites, salpingites ,ovarites) chez la femme. Les symptômes sont variables de l’organe atteint et de l’évolution de la maladie. Peuvent être totalement asymptomatiques jusqu’à stade de complications. L’atteinte est due a l’extension a partir d’un foyer génital bas, plus rarement par voie hématogène ou iatrogène;
  • 12. KEEP IN MIND! AUCUN SITE ANATOMIQUE N’EST A NEGLIGER!
  • 13. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) Les principales étiologies des infections génitales selon le contexte nosologique sont : A) Les écoulement : a l’état physiologique, l’homme ne présente pas d’écoulement. Chez la femme en revanche, il existe des leucorrhées physiologiques par desquamation vaginale ou par accroissement de la production (cycle, grossesse…). A l’état pathologique, l’apparition d’un écoulement chez l’homme ou le changement de l’abondance, de l’aspect et de l’odeur des leucorrhées peut orienter vers une situation pathologique particulière, nous distinguons : -Chez l’homme : l’écoulement peut être purulent ou non purulent, parfois non visible mais interpelle le patient qui trouve des traces sur ses vêtements. -Chez la femme : les leucorrhées pathologiques prennent différentes couleurs (blanchâtres, jaunâtres, laiteuses, caillebottées, mousseuses, purulentes) avec dégagement d’odeurs nauséabondes. Col utérin « propre » avec une glaire cervicale normale Leucorrhées purulentes Leucorrhées mousseuses Leucorrhées caillebottées
  • 14. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) Les principales étiologies des infections génitales selon le contexte nosologique sont : A) Les écoulement : les principaux agents étiologiques sont A.1) Neisseria gonorrhoeae: responsable de l’urétrite gonococcique chez l’homme et des infections génitales basses et surtout hautes chez la femme. L’écoulement est franchement purulent La « goutte urétrale » Leucorrhées purulentes Cette bactérie invasive est capable de disséminer rapidement (arthrite, infection pelvienne…) et est capable d’infecter l’anus et la bouche. La gonorrhée est le plus souvent « criante » chez l’homme, alors qu’elle est le plus fréquemment silencieuse chez la femme Les principales complications sont représentés par les formes disséminés ,la sténose urétrale, l’atrophie testiculaire, la stérilité tubaire, les gestations extra-utérines et les douleurs pelviennes chroniques. En plus des menacer la grossesse, la transmission périnatale de la bactérie est a l’origine de conjonctivites graves du nouveau née
  • 16. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) A.2) Chlamydia trachomatis « sérovar thrachoma »: responsable d’urétrite non gonococcique chez l’homme et des infections génitales basses et surtout hautes chez la femme. L’écoulement est le plus souvent non purulent chez l’homme et plutôt purulent chez la femme L’infection est souvent symptomatique chez les deux sexes En plus des complications cités pour le gonocoque, ce germe est le plus fréquemment impliqué dans le syndrome de Fitz-Hugh-Curtis et Fiessinger-Loroy-Reiter A.3) Mycoplasmaes génitaux: dont M.genitalium est la plus virulente du genre Mycoplasma ,a l’origine non cultivable et non visible en microscopie, dont la fréquence est mal connue, est a l’origine d’urétrites non gonococciques et d’infections génitales hautes chez les deux sexes. La fréquence des formes symptomatique n’est pas connue ni les complications au long terme, semble être a l’origine d’infections graves in utéro Les autres espèces comme M.hominis et Ureaplasma urealyticum peuvent être impliqués lorsque leurs nombre augmente (colonisation) M.genitalium
  • 18. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) A.4) Trichomonas vaginalis : protozoaire responsable d’une infection bénigne comme l’urétrite chez l’homme et de vaginite chez la femme il ne cause pas d’infections génitales hautes. Les formes asymptomatiques prédominent chez l’homme Les leucorrhées sont abondantes et mousseuses, nauséabondes Les complications inflammatoires sont exceptionnelles et la transmission au nouveau né est possible A.5) Candida albicans: espèce la plus impliquée dans les mycoses vulvo- vaginales, peut aussi donner des balanites chez l’homme. Le tableau est dominé par le prurit. Les leucorrhées sont blanches caillebottés et grumeleuses N’est pas considérée comme une IST
  • 19. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) A.6) Germes non spécifiques: a partir de la flore commensale, peuvent être a l’origine d’infections de gravité variable allant de l’urétrite jusqu’àux infections profondes. La contamination peut être vénérienne ou non (Streptocoque B, Entérobactéries, S.aureus…) Un cas particulier chez la femme mais ayant une forte incidence (≥50%) est représenté par un déséquilibre du microbiote vaginal (hygiène inappropriée, antibiothérapie, …) : disparition de la flore de Doderline associé a une pullulation microbienne intense mais n’engendrant pas d’inflammation, seules des leucorrhées blanches nauséabondes (odeur de poisson pourri aggravé après acte sexuel) sont présentes Ce type de situation est dit VAGINOSE (par opposition aux vaginites) Les germes retrouvés sont nombreux et variés cependant Gardnerella vaginalis et Atopobium vaginae sont retrouvés en quantité élevée, associés a des anaérobies strictes. Les leucorrhées sont caractérisées sur la plan microscopique par la pauvreté en cellules inflammatoires associés a une abondance de cellules épithéliales dont un type particulier dit « Clue cells » est typique de cette situation pathologique.
  • 20. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) B) Les Ulcérations : ce sont des pertes de substance du revêtement cutanéo- muqueux génital. Hormis les répercussions dues a la maladie elle-même , l’ulcération favorise fortement la transmission du HIV et est favorable aux surinfections bactériennes en particulier Leurs aspect et leurs nombre permet d’orienter vers certaines étiologies infectieuses dont les principales sont : B.1) Treponema pallidum subsp pallidum: l’ulcération est représenté par le chancre syphilitique = syphilis primaire qui siège la ou la bactérie entre. Cette ulcération est unique, indolore a base indurée et accompagnée d’une volumineuse adénopathie satellite caractéristique, le tout guérit spontanément en quelques semaines (passage a la phase silencieuse) Le chancre peut passer inaperçu surtout chez la femme (adénopathie satellite+++) Les complications de la syphilis tertiaire (bien que rares actuellement) sont gravissimes par atteinte des viscères La transmission in utéro est a l’origine d’une infections grave du fœtus et du nouveau né (syphilis congénitale)
  • 21. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) B.3) Haemophilus ducreyi: agent du Chancre mou (Chancroide). Cette bactérie exigeante appartenant au genre Haemophilus. Le chancre Mou se distingue du syphilitique par : -une incubation plus courte -des ulcérations multiples douloureuses -Un aspect (sale) du chancre et son caractère (Mou) au toucher avant la rupture des pustules. -Adénopathies multiples Comme la syphilis, la ou il entre, la ou la lésion apparait avec possibles cas infracliniques internes chez la femme Les complications a moyen et long terme consistent surtout en la phagedenisation des ulcères , une fistulisation des adénopathies voir des déformations de la verge. Pas de cas mère-enfant décrits
  • 22. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) B.3) Chlamydia trachomatis sérovar LGV : agent de la Lymphogranulomatose vénérienne ou Maladie de Nicolas Favre. Dans sa forme typique ,la maladie évolue en 03 phases vers la chronicité et concerne les territoires d’inoculation ou a distance. Cette pathologie se complique de bubons multiples , avec obstruction lymphatique pouvant mener a un éléphantiasis. Chez la femme elle évolue vers une destruction de structure génitales internes et une possible transmission congénitale Les formes extradigestives sont surtout buccales et rectales qui peuvent mimer une MICI.
  • 23. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) B.4) Donovanose: maladie vénérienne granulomateuse tropicale causée par Klebsiella granulomatis.il s’agit d’une maladie chronique évoluant vers l’abcédation des ganglions inguinaux, stase lymphatique et mutilation des organes génitaux externes.
  • 24. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) B.5) l’Herpes génital: principalement due a l’Herpes Simplex Virus -2 A l’échelle mondiale c’est l’étiologie la plus fréquente des ulcérations génitales. L’infection HSV est a vie, caractérisée par une primo-infection suivie d’épisodes de récurrences en nombre et en intensité variable. Le tout peut etre asymptomatique. Dans sa forme typique , l’herpes génital se répartit en : • LA PRIMO-INFECTION -Phase prodromique : sensation de brulure, paresthésies, Fièvre>39, malaise, myalgies, adénopathies loco-régionales douloureuses. -Phase d’état : Inflammation muqueuse ,puis éruption vésiculeuse en « bouquet » typiques, puis rupture des vésicules = ulcération superficielle, la douleur est intense. -Phase de guérison : résolution des symptômes sans séquelles en 10 a 14 jours. Une méningite lymphocytaire aigue bénigne accompagne 1/5 des primo-infections selon certaines études. Les formes cliniques sont plus sévères et l’évolution est moins favorable chez l’immunodéprimé (atteintes extensives et necrotiques : atopie, SIDA, Thérapeutique, âges extrêmes…)
  • 25. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) B.5) l’Herpes génital: • LA RECURRENCE -elle sont variables en fréquence et en intensité, peuvent atteindre 6 récurrence par an en altérant considérablement la qualité de vie -leurs intensité est qualifiée de « moindre » par rapport a l’épisode initial (plus localisés, moins sévères , plus courtes) -la fréquence des récidive et leurs intensité dépend de certains facteurs comme l’age, l’immunodépresion , l’infection HSV-2 récidive plus fréquemment, l’intensité de l’épisode initial. L’hérpes périnatal est une forme particulièrement grave de l’infection herpétique touchant le nouveau né avec une mortalité élevé et de lourdes séquelles chez les survivants. (dépistage et suivi des femmes enceintes suspectes)
  • 26. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) Les verrues génitales sont surtout dues aux HPV muqueux et génitaux a faible potentiel cancérigène (HPV 6 et 11) qui comptent pour plus de 80% des cas des infections génitales (faible potentiel cancérigène mais récidives fréquentes) Cependant le risque nul n’existe pas, l’infection peut etre causée par un HPV a haut potentiel cancérigène (16 et 18) qui sont des oncogènes avérés (Cancer du col de l’utérus, vulve, vagin, pénis, anus, bouche , l’œsophage …) La maladie est transmissible a l’enfant lors du passage de la filière génitale C) Les végétations: ce sont des excroissances cutanés anormale ayant pour origine une hyperplasie de la couche basale de l’épiderme ou des muqueuses. Elles sont dues a une infection par les Papillomavirus Humain (Human papillomavirus ou HPV) Les virus est résistant, a transmission peut être directe ou indirecte, l’incubation est longue et il existe des formes asymptomatiques La maladie en question est appelée « Condylomes » ou « verrues génitales » pouvant être planes , papuleuses mais surtout acuminés.
  • 27. IV. Rappels cliniques, pathogenèse et contextes nosologique des infections génitales (NOTION DE L’APPROCHE SYNDROMIQUE) En maladies infectieuses, L’approche syndromique est le principe PROBABILISTE selon lequel une /des étiologie infectieuses de natures diverses sont retenus comme cible(s) diagnostique/thérapeutique devant un syndrome donné et ce en raison de la probabilité élevé de leur présence face a CE SYNDROME. Ceci reviens a dire que certains germes sont a l’origine de tableaux cliniques plus ou moins caractéristiques face auxquels leurs présence est fortement suspectée. Elle permet donc de répondre a deux questions sommaires : 1) A quel(s) germe(s) dois-je penser en priorité ? 2) Quelle thérapeutique dois-je envisager en première intention? En microbiologie cette approche est utilisée au cours de la phase analytique pour fixer les moyens et les approches diagnostiques a employer face a un prélèvement donnée. Ex : répartition des microorganismes détectables Multiplex qPCR en panels dont le choix est basé sur une approche syndromique.
  • 28. V. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES IST 1) Etapes pré-analytiques : A) Indication des prélèvements génitaux : Chez le sujet asymptomatique Chez le sujet symptomatique 1) Identification des agents d’infections géniales et d’IST 2) Recherche d’agents a transmission sexuelle en cas d’IST avérée (HIV, HBV…) 3) Recherche de l’infection chez le(s) partenaires 1) Dépistage d’une IST en cas de : -Comportement a risque -Contacte sexuel suspect -Partenaire infecté symptomatique ou asymptomatique -Avant l’arrèt du préservatif en cas de relation stable -au cours des procédures médico-légales (Viol, IST ou symptomatologie génitale chez l’enfant…) 2) Exploration d’une hypofertilité, menace ou antécédents d’accouchement prématuré. 3) Recherche systématique de S. agalactiae 4) Bilan de grossesse, contraception , interruption volontaire de grossesse.
  • 29. V. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES IST 1) Etapes pré-analytiques : B) Les prélèvements: AUTRES (SELON LE CONTEXTE) GENITAUX A l’aide d’écouvillons (fins si prélèvement intra- urétral) en Nylon ou en Dactron et de milieux de transport (auto-prélèvements possibles. ECOULEMENTS ULCERATIONS VEGETATIONS -Brossage des lésions, tissus, biopsies. -grattage des chancres (sans faire saigner) et recueil des sérosités -Ponction des bubons/granulomes -grattage du fond et bords des ulcérations (HSV) -Biopsies -Urétral : surtout chez l’homme, avant toute toilette et 2h minimum après la dernière miction. -Vaginal : avec ou sans spéculum, recueil des leucorrhées du cul de sac postérieur, si lésions, les prélever, si absence de secrétions, balayer toute la surface. -Endocol : spéculum obligatoire, après nettoyage soigneux du col. 1) 1ER JET URINAIRE : avant toute toilette et avant toute miction, de préférence le matin au reveil. L’objectif étant de recueillir les cellules infectés et le pus urétral NB: en cas de présence d’un écoulement urétral purulent franc, l’écouvilloner avant de proceder a la miction 2) Sperme : permet de rechercher les germes en cas d’infection génitale profonde (orchi-épididimyte, prostatite…) 3)Autres sites anatomiques avec ou sans présence de symptômes : oropharynx, anus, liquide articulaire, conjonctives, dispositif intra-utérin, produits d’avortement… le type de prélèvement dépend du contexte. 4) Sang pour sérologie Le transport et la conservation des échantillons doit être faite sans délais accompagnée d’une fiche de renseignements correctement remplie. En cas d’usage de trousses commerciales les recommandations sont précisés par le fournisseur
  • 32. V. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES IST 2) Etapes analytiques : A) EXAMEN DIRECT : a l’état frais (optique simple ou a fond noir) et après diverses colorations (bleu de méthylène, Gram, MGG) il constitue un outil incontournable pour plusieurs germes (Trichomonas, N.gonorrhoeae, Treponema pallidum, Klebsiella granulomatis, Haemophilus ducreyi, mycoses, Vaginoses) en raison de : -L’aspect caractéristique du germe et des cellules infectés -La difficultés/impossibilité de mettre en œuvre les techniques de culture dans certains cas. Cependant: -Sa sensibilité / spécificité (comme dans tout les cas pour le diagnostic direct) dépend étroitement de la qualité du prélèvement. -il a été cependant abandonné pour C.trachomatis. -il n’est pas praticable pour les Mycoplasmes génitaux. Neisseria gonorrhoeae (Gram) Bacilles en chaine de vélo Caractéristique d’H.ducreyi Bacilles intracellulaires caractéristiques de la Donovanose Clue celles (pathognominique des vaginoses) Treponema pallidum au M;O a fond noir
  • 33. V. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES IST 1) Etapes analytiques : B. Culture: a bien sa spécificité haute , elle n’est praticable en routine que pour N.gonorrhoeae et les germes courants cultivables ainsi que pour les mycoplasmes commensaux -Elle est réservée a des centres de référence pour H.dureyi,, Mycoplasma génitalium,C.trachomatis, T.pallidum , K.granulomatis et les virus (lignées cellulaires, inoculation a l’animal) -Inutile pour les Vaginoses (diagnostic microscopique) Les milieux utilisés en routine sont : -Des milieux enrichis (Columbia, Muller-Hinton…) au sang cuit et supplémentés en mélanges vitaminiques (polyvites , supplément G…) SANS antibiotiques. -Des milieux enrichis (Columbia, Muller-Hinton…) au sang frais et supplémentés en mélanges vitaminiques (polyvites , supplément G…) SANS antibiotiques. DIVERS MILIEUX ELECTIFS ET SELECTIFS SELON LE CONTEXTE : -Des milieux enrichis (Columbia, Muller-Hinton…) au sang cuit/frais supplémentés en mélanges vitaminiques (polyvites , supplément G…) AVEC antibiotiques (VCN, VCAT) -Hektoen -Chapman -Lowenstein-Jensen -Gélose pour anaérobies strictes -Sabouraud+Chloramphénicol .. API MYCOPLASMA Numeration des Mycoplasmes
  • 34. V. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES IST 2) Etapes analytiques : B. Culture: l’incubation a 37° est réalisée sous atmosphère enrichie en CO2 et en athmosphère ordinaire pour les milieux de base et selectifs pour germes bannaux. Ou selon le cas (anaérobiose stricte pour les anaérobies). -la durée de l’incubation est variable, minimum 72h pour N.gonorrhoeae avec lecture quotidienne. Parfois l’incubation est prolongée selon le contexte. L’identification des bactéries est réalisé selon la conduite a tenir classique : examen direct, tests enzymatiques rapides, galerie biochimique, Biologie moléculaire et spectrométrie de masse. Les tests de sensibilité aux antibiotiques sont obligatoirement effectués avec recherche des mécanismes de résistance. Neisseria gonorrhoeae a partir d’une culture (Gram) Colonies après plusieurs jours de culture Identification N.gonorrhoeae sur API NH N.gonorrhoeae productrice de β-lactamase
  • 35. V. DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE DES INFECTIONS GENITALES ET DES IST 2) Etapes analytiques : C. BIOLOGIE MOLECULRAIRE: S’impose de plus en plus comme technique de référence en raison des difficultés technique de culture et d’identification des agents des IST. Applicable su divers types de prélèvements, applicables a l’approche syndromique. Il existe des kits commerciaux permettant d’identifier a la fois plusieurs agents infectieux D. Sérologie : pour certains agents infectieux comme T.pallidum (VDRL/TPHA) et certains virus (HSV, HIV…) TPHA
  • 36. les desequilibres de la flore vaginale = vaginoses … Distribution qualitative de la flore vaginale en situation normale et dans le cas des vaginoses
  • 37. Prévention des IST et éducation sanitaire : the FIVE Ps PARTNERS – PREVENTION OF PREGNANCY -PROTECTION FROM STDs-PRACTICES-PAST HISTORY
  • 38. Conclusion  La lutte contre les IST passe par une démarche systématique de dépistage en ciblant les populations a risque  La fréquence des co-infections justifie la recherche systématique des principaux agents d’IST  L’incidence de certaines IST est en nette augmentation, en particulier chez les populations a risque  La résistance aux antibiotiques est une soucis mondial a court terme, le traitement des formes extra-génital est devenu un véritable challenge.  La recherche des T.vaginalis doit etre systématiquement réalisé par microscopie le plus rapidement possible après prélèvement.  Les infections génitales ne sont pas systématiquement des IST !