Nat Biotechnol. 2013 Jun;31(6):545-52. doi: 10.1038/nbt.2594. Epub 2013 May 19. Nat Biotechnol. 2011 Oct 2;29(10):886-91. doi: 10.1038/nbt.1991.

1. 変態にRを与えた結果がこれだよ…9
RでSPADEとSNEを使って次元削減と可視化
20140222
Tokyo.R#36 @ニフティ株式会社 新宿フロントタワー18F
YF@Med_KU

2. 本日の内容
次元削減と可視化
SPADE
Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events
t-SNE
t-distributed stochastic neighbor embedding

3. 本日の内容

4. 本日の内容
viSNE
SPADE

5. 前回のTokyo.R#35で
Cyto Spanning tree Progression of Density normalized Events (SPADE)
n次元定量データのパターンから分化系統樹作成
新規
退会
課金厨
無課金厨
重課金厨
Nat Biotechnol. 2011 Oct 2;29(10):886-91
Science. 2011 May 6;332(6030):687-96
http://d.hatena.ne.jp/MikuHatsune/20130922

6. 次元削減法
線形
K-nearest neighbors algorithm (kNN)
principal component analysis (PCA)
linear discriminant analysis (LDA)
canonical correlation analysis (CCA)
feature vectors
非線形
Sammon's mapping
Self-organizing map
Principal curves and manifolds
Autoencoders
Gaussian process latent variable models
Curvilinear component analysis
Curvilinear distance analysis
Diffeomorphic dimensionality reduction
Kernel principal component analysis
Isomap
Locally-linear embedding(LLE)
Laplacian eigenmaps
Manifold alignment
Diffusion maps
Hessian LLE, Modified LLE
Local tangent space alignment
Local multidimensional scaling
Maximum variance unfolding
Nonlinear PCA
Data-driven high-dimensional scaling
Manifold sculpting
RankVisu
Topologically constrained isometric
embedding
Relational perspective map

8. 分子生物学の多次元データ
Flow cytometry (FCM)

9. SPADE
density-dependent down-sampling
Original
Down-sampling
http://d.hatena.ne.jp/ryamada22/20130611

10. SPADE
minimum spanning tree
3D MST
2D MST
{nnclust}
http://d.hatena.ne.jp/ryamada22/20130611

11. SPADE
up-sampling
Original
Up-sampling
http://d.hatena.ne.jp/ryamada22/20130611

12. 309人の女の子のデータ

13. 309人の女の子のデータ

14. 309人の女の子のデータ
歳をとる
背が伸びる

15. Stochastic neighbor embedding

16. Stochastic neighbor embedding
Learning rate

17. Symmetric SNE and t-SNE

19. viSNEによる可視化

20. 小規模クラスターの検出
Minimum residual disease (MRD)