Cytoscape で Oracle PGX のデータの可視化

1. Cytoscape で可視化
統計数理研究所
武井 美緒
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2. Cytoscape plugin を利用した可視化
• Cytoscape は Open source のグラフ可視化ツール
• Cytoscape plugin を利用すると、こんなことができる
• PGX がサポートしているグラフ形式のファイルフォーマットの
データを読み込んで DB に格納（Oracle Flat File format (.ope, .opv))
• 格納したデータをPGQL可視化
• 各種関数の実行
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3. 今回試した環境
• Oracle Database 18c (18.1)
• Oracle Spatial and Graph option
• PGX 2.5.1 (Oracle DB付属のもの、OTNのPGXではだめ）
• patch 27639357
• Cytoscape v3.6.1
(Cytoscape v3.2.1 or above なら動くらしい未検証）
• Oracle Spatial and Graph property graph support for Cytoscape for 18.1
• JDK8
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4. セットアップ方法（ざっくり）
JDKは入れておく
1. Oracle DB インストール（PDB作成（CDBでもきっと大丈夫））
1. max_string_sizeをEXTENDEDに変更
2. patch 27639357 当てる
2. PDB上にユーザー作成（今回はoracle）
3. Cytoscape インストール
4. Cytoscape plugin 入れてセットアップ
（ 以下ブログ参考
https://blogs.oracle.com/oraclespatial/powerful-and-effective-graph-visualization-with-
cytoscape-and-oracles-property-graph-database-2）
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5. Cytoscape の起動
• PGXをサーバー・モードで起動後、 Cytoscape を起動
（PGX サーバー・モードの起動の仕方は以下参考
https://github.com/oracle4engineer/graph-
analytics/wiki/%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%83%BC%E3%83%BB%E3%83%A2%E3%83%BC%E3
%83%89%E3%81%A7%E8%B5%B7%E5%8B%95%E3%81%99%E3%82%8B）
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6. PGX グラフデータのインポート
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インポートすると設定したユーザーに
以下テーブルが作成される
ノードのデータ：<Graph name>VT$
エッジのデータ：<Graph name>GE$

7. PGX グラフデータの可視化
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8. 可視化しているデータ
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• 統計の論文誌に掲載されている1981-2016までの
論文のアブストラクトの文字データ
• 事前に上記の論文を20個のトピック
（クラスタ）に分ける分析を実施
rank word rank word
1proposed 16sufficient
2approach 17property
3selection 18approaches
4variable 19central
5dimensional 20subspace
6high 21simulation
7dimension 22properties
8article 23dimensionality
9propose 24feature
10screening 25important
11penalized 26inverse
12reduction 27sliced
13penalty 28oracle
14predictors 29directions
15existing 30independence
トピック#9の出現確率が高い単語TOP30
このトピックが何を表しているか
知りたいが、
出現確率の高い単語を並べただけ
だと解釈が大変

9. 可視化しているデータ
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Paper A
The smoothly clipped
absolute deviation …
ANNALS OF STATISTICS bigram smoothly clipped
clipped absolute
absolute deviation
⋮
• 各トピックの論文のアブストラクトのデータを
bigram で取得して、PMIを計算した結果を
グラフ化
• PMI
• 2つの単語が一緒に起こりやすいかどうかの指標
• 大きい程一緒に起こりやすい
解釈しやすくなら
ないかなあ

10. ノードの表示名の変更
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11. エッジの太さの変更
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12. In degree の高いノードの抽出とハイライト
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13. まとめ
• Cytoscape plugin を利用すると
• Oracle Flat File フォーマットのファイルを読み込んで可視化
• GUI で次数等の計算ができる
• グラフ分析の結果をすぐに視覚的に確認できる
• DB にテーブルとして永続的にデータを保持できるので
きっと便利
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14. おまけ
• DBに想定してないタイミングでVT$、GE$テーブルが
作成されるので、以下パッケージを利用してたまに消す
• EXECUTE OPG_APIS.DROP_PG(‘<Graph name>');
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