1. Dr T.DJERBOUA
Pharmacien maitre assistant en microbiologie
CHEF DU SERVICE LABORATOIRE DE BIOLOGIE MEDICALE
HOPITAL BELLOUA-CHU TIZI-OUZOU
Année universitaire : 2016-2017
Email : drtaoufik123@hotmail.fr
UNIVERSITE MOULOUD-MAAMERI DE TIZI-OUZOU
FACULTE DE MEDECINE
DEPARTEMENT DE MEDECINE
COURS DE 3ème ANNEE MEDECINE
MODULE DE MICROBIOLOGIE

2. PLAN1. INTRODUCTION
2. OBJECTIFS PEDAGOGIQUES
3. GENERALITES SUR LES BACILLES A GRAM NEGATIF OXYDATIFS
4. Pseudomonas aeruginosa
4.1)CLASSIFICATION ET HABITAT NATUREL
4.2)CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
4.3)FACTEURS DE PATHOGENICITE
4.3)POUVOIR PATHOGENES DE Pseudomonas aeruginosa
4.4) PROFIL DE SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES ET TRAITEMENT DES INFECTIONS AU BACILLE PYOCYANIQUE
5. Acinetobacter baumannii
5.1)CLASSIFICATION ET HABITAT NATUREL
5.2)CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
5.3)FACTEURS DE PATHOGENICITE
5.3)POUVOIR PATHOGENES D’Acinetobacter baumannii
5.4) PROFIL DE SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES ET TRAITEMENT DES INFECTIONS A Acinetobacter baumannii
7. DIAGNOSTIC ET PREVENTION DES INFECTION A P.aeruginosa et A.baumannii
8. CONCLUSION

3. II.OBJECTIFS PEDAGOGIQUES
*Apprécier la diversité des Bacilles a Gram négatif non fermentaires et leurs propriétés bactériologiques particulières
*Connaitre les principaux Genres/Espèces rencontrés en clinique
*Connaitre les spectre clinique et les principales pathologies causées par Pseudomonas aeruginosa et A.baumannii
*Connaitre l’état actuel de la sensibilité aux antibiotiques et l’ampleur du problème posé par la résistance
*Connaitre les moyens de lutte et de prévention des infections a Pseudomonas aeruginosa et A.baumannii

4. I.INTRODUCTION
Et qui ont comme trait commun l’incapacité de fermenter le glucose
Les espèces d’intérèt médicales ont sont :
• des étiologies important de diverses infection notamment opportunistes
• Peuvent avoir un potentiel épidémique
• Ont importante résistance NATURELLE ET ACQUISE aux antibiotiques
Les bacilles a Gram négatif non fermentaires sont un groupe de bactéries hétérogènes

5. III. GÉNÉRALITES SUR LES BACILLES A GRAM NEGATIF NON FERMENTAIRES
Ce sont des bactéries ont en commun :
• Ce sont des bactéries non exigeantes
• Incapables de cataboliser le glucose par voie fermentaire
• Pour la plupart sont aérobie stricte ou ont un métabolisme strictement respiratoire
Ces bactéries vont être distingues par leurs propriétés phénotypiques et plus récemment
moléculaires
• Les tests phénotypiques les plus utilisés sont : le test de l’oxydase ,la mobilité ou non et le type de mobilité
• Parmi Familles les plus importantes en médecine humaines sont
F Pseudomonadaceae : avec le Genre Pseudomonas dont l’espèce type est P.aeruginosa
F Moraxellaceae : avec le Genres Acinetobacter dont l’espèce type est A.baumanii
NB : Il existe de nombreuses autres familles et genres non moins importantes (Burkholderia mallei/pseudomallei agent de la
mélioïdose Burkholderia cepacia d’infections opportunistes , Stenotrophomonas maltophilia et infections opportunistes

6. G PSEUDOMONAS

7. 4) PSEUDOMONAS AERUGINOSA
4.1) CLASSIFICATION ET HABITAT NATUREL
PProteobacteria
CGammaproteobacteria
O Pseudomonadales
FPseudomonadaceae
GPseudomonas
Eaeruginosa
Le genre Pseudomonas comprend plusieurs autres espèces dont certaines sont d’interet médical et agro-alimentaire.
L’espèce type, P. aeruginosa , appelé également Bacille pyocianique, est un pathogène opportuniste avéré qui occupe
une place particulière en médecine humaine, en particulier comme agent d’infections associés aux soins
Il s’agit d’un germe très répondu dans l’environnement (sol, plantes …) mais c’est surtout l’eau qui est son élément de
prédilection (GERME AQUAPHILE)
Ainsi dans les unités de soins, le germe colonisent l’environnement et le matériel médico-chrirgical en particulier ceux
contenant de l’eau (solutions antiseptiques, préparations injectables, sondes , nébuliseurs, respirateurs, siphons
d’éviers , robinets…)
Il ne fait pas partie de la flore commensale, mais peut être un agent de colonisation.

8. 4) PSEUDOMONAS AERUGINOSA
4.2) CARACTERE BACTERIOLOGIQUES:
Ce sont des bacilles a Gram négatif rectiligne, a coloration uniforme, sans rassemblement particulier des corps bactériens,
mobiles par un seul flagelle polaire , non sporulés, non capsulés mais capables de produire un glycocalyx et/ou un slime.de
nature polysaccharidique
Cette dernière propriété lui donne la capacité de donner des colonies mucoide capables de former des biofilms et ainsi de
coloniser aussi bien les surfaces inertes que vivantes

10. 4) PSEUDOMONAS AERUGINOSA
4.2) CARACTERES CULTURAUX
• Germes non exigeants qui poussent très bien sur des milieux de base comme (gélose/bouillon nutritif) ,aérobie stricte .
• Cette bactérie préfère pousser a 30° (altération alimentaire) plutôt que 37°
• Pousse bien sur les milieux sélectifs pour les bacilles a Gram négatif non exigeants (ex Hektoen, Mac conkey…)
• Apres 18 à 24h on obtient une culture abondante en milieu liquide (trouble homogène + voile en surface lié au caractère
aérobie stricte).
• Sur milieu solide, les colonies sont polymorphes, grosses le plus souvent et prennent un aspect en « Œuf au plat »
• Les souches produisant le slime donnent de très grosses colonies coulantes
• Pseudomonas aeruginosa dégage une doseur aromatique (Fleurs de Seringa ou de Jasmin) et produisent un ou plusieurs
pigments visibles sur gélose nutritive

14. 4) PSEUDOMONAS AERUGINOSA4.4) PRODUITS ELABORES FACTEURS DE PATHOGENICITE:
 Les Adhésines et les Flagelles : rôle dans la colonisation et des surfaces
inertes et vivantes et dans le processus infectieux
 Alginate : substrat de base du glycocalyx et du slime, role dans la
protection de la bactérie ainsi que dans l’installation de l’infection
chronique
 Le lipopolysaccharide : toxique et antigénique, rôle dans l’installation de
l’état de Choc
 Enzymes :
*Exoenzymes U et S : role dans la neutralisation des défenses immunitaires et
la destruction tissulaire
*Autres : Elastase, phospholipases, protéases … ayant entre autr une fonction
hémolytique ,role dans l’invasion et la destruction tissulaire
 Toxines :
*Exotoxine A entraine une inhibition de la synthèse protéique , la mort
cellulaire et la nécrose tissulaire
*Enterotoxines : impliqués dans les entérites a Pseudomonas aeruginosa
 Pigments : plusieurs dont les plus importants sont la pyocyanine
(caractéristique de l’espèce aeruginosa) et la pyoverdine, ce sont des
capteurs du Fer, élément indispensable a la survie et a la virulence
bactérienne.

15. 4) PSEUDOMONAS AERUGINOSA
4.3) POUVOIR PATHOGENE DE PSEUDOMONAS AERUGINOSA:
Pseudomonas aeruginosa est peu virulent pour l’individu normal ; le bacille pyocyanique est en revanche un agent infectieux
redoutable lorsque les défenses immunitaires du sujet sont altérées. P. aeruginosa est l’exemple type de la bactérie pathogène
opportuniste
Les malades particulièrement sensibles sont :
• les nourrissons
• les personnes âgées
• les sujets atteints d’affections graves, chroniques, métaboliques (diabète) mais surtout hématologiques ou cancéreuses.
• Les traitements immunosuppresseurs
• Chez les brûlés, cette infection est l’une des causes majeures de mortalité.
• le traitement curatif ou préventif des malades à haut risque par des antibiotiques à large spectre

16. 4) PSEUDOMONAS AERUGINOSA
4.3) POUVOIR PATHOGENE DE PSEUDOMONAS AERUGINOSA:
P. aeruginosa est invasif et toxinogène
Parmi les infections les plus importantes nous trouvons :
Les infections respiratoires :
• En réanimation et soins intensifs : patients intubé et ventilés en particulier (facteur de risque surajouté), parfois
épidémique
• Patients avec pathologies pulmonaires chroniques : BPCO , Mucoviscidose …
Dans ce dernier cas , l’isolement des souches hyper-muqueuses devient de plus en plus fréquent avec l’age et l’éradication de
plus en plus difficile. C’est un élément de mauvais pronostic.
Infections oculaires : de type kératite, endophtalmie et panophtalmie
• Les collyres ou les solutions pour lentilles de contact contaminées ou même l’eau du robinet
• Il peut entraîner des infections superficielles de l’œil. Les infections sont rares mais elles sont gravissimes.
• La panophtalmie (fonte purulente de l’œil) est une complication redoutable de la chirurgie ou des investigations
ophtalmologiques.

17. 4) PSEUDOMONAS AERUGINOSA
4.3) POUVOIR PATHOGENE DE PSEUDOMONAS AERUGINOSA:
Infections oto-rhino-laryngologiques:
L’otite externe banale s’observe en particulier chez les nageurs en raison de la prédilection de la bactérie pour les milieux
humides, mais également en zone tropicale ou après un traumatisme.
Une forme d’otite externe à bacille pyocyanique a été décrite sous le terme « d’oreille des plongeurs » ; P. aeruginosa est en
cause également dans les périchondrites du pavillon.
L’otite maligne externe à bacille pyocyanique a pu être observée chez les diabétiques âgés, les nouveau-nés, les sidéens
Infections cutanées :
• Chez le sujet sain, on peut observer un onyxis, avec périonyxis réalisant l’ongle vert ainsi que des infections cutanés
comme des folliculites lors d’un contacte avec une eau très contaminée
• Chez les sujets fragilisés nous pouvons retrouver l’ecthyma gangrenosum (Leucémique) , l’infection du sujet brulé
Autres : infections urinaires, infections ostéo-articulaires, infection sur prothèses, infections du site opératoire, infections
neuroméningés , Entérites, Bactériémies…

19. 4) PSEUDOMONAS AERUGINOSA
4.4) PROFIL DE SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES ET TRAITEMENT DES INFECTIONS A P.aeruginosa
RESISTANCES NATURELLES:
P.eeruginosa est une germe NATURELLEMENT MULTI-RESISTANT, cette propriété est due a l’accumulation de nombreux
mécanismes de résistances (production d’enzymes inactivatrices, imperméabilité membranaire, présence de systèmes
d’efflux…) certains de ces mécanismes ne sont toujours pas connu.
Ceci lui confère une résistance aux :
-Les Pénicillines G,M et les aminopénicillines
-Les céphalosporines de 1ère ,2ème et certaines 3ème générations
-Certaines carbapenems
-Le groupe MLS
-les glycopeptides
-Les rifamycines
-Le cotrimoxazole
-Les quinolones de 1ère génération et certaines molécules de deuxième génération
-Certains aminosides
-les cyclines
-les furanes
-les nitro-imidazolés

20. 4) PSEUDOMONAS AERUGINOSA
4.4) PROFIL DE SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES ET TRAITEMENT DES INFECTIONS A P.aeruginosa
Molecules utilisées pour le traitement :
Le choix est limité , les molécules les plus utilisées sont :
- Les pénicillines anti-pyocyaniques associés ou non aux inhibiteurs des beta-lactamases (Carboxy et Ureido-pénicillines )
-Certaines céphalosporines de 3ème génération associés ou non aux inhibiteurs des beta lactamases : Ceftazidime , ceftolozane
-Certaines céphalosporines de 4ème génération
- Certaines carbapénèmes notamment l’Imipenem qui possède une activité accrue sur ce germe
- Certains Aminosides comme l’Amikacine la gentamicine et la tobramycine
- Certaines fluoroquinolones comme la ciprofloxacine qui possède une activité accrue sur ce germe
- La fosfomycine
- Les polymixines (Colistine) en dernier recours.
Dans ce sens , les tests de sensibilité aux antibiotiques a chaque isolement de ce germe sont obligatoires

21. 4) PSEUDOMONAS AERUGINOSA
4.4) PROFIL DE SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES ET TRAITEMENT DES INFECTIONS A P.aeruginosa
RESISTANCES ACQUISES:
Très nombreuses, touche les antibiotiques, les antiseptiques et les désinfectant, certains isolats sont toto-résistants, pour cela , ce
germe est classé dans la liste ESKAPE de l’OMS.
Parmi les mécanismes notables , nous pouvons citer :
-La production d’une carbapenemase capable de confère une résistance a toute la famille des beta-lactamines
-la production d’enzymes et les mutation des cibles des aminosides
-La mutation de l’ADN gyrase qui confère une résistance a toutes les fluoroquinolones
Souvent, ces mécanismes sont associés .

22. SAUVAGE CARBAPENEMASE SOUCHE
PAN-RESISTANTE

23. G ACINETOBACTER

24. 5.1) CLASSIFICATION ET HABITAT NATUREL
PProteobacteria
CGammaproteobacteria
O Pseudomonadales
FMoraxellaceae
GAcinetobacter
Ebaumannii
Le genre Acinetobacter compte de nombreuses espèces, sa classification est complexe et en remaniement fréquent
L’espèce type, Acinetobacter baumannii, est impliquée dans plus de 75% des infections au GAcinetobacter.
Ce pathogène opportuniste occupe une place de plus en plus importante en médecine humaine en particulier depuis la guerre d’Irak ou ce
germe a causée d’importante infections chez les soldats américains, mais aussi en raison de l’explosion des résistances qui revêtent un
caractère épidémique
Acinetobacter est un germe ubiquitaire, les difficultés de classification ont fait que l’habitat précis d’A.baumannii n’est pas bien établi.
Ce germe résistant dans l’environnement notamment a la dessiccation, peut coloniser et persister dans les unités de soin , au niveau des
surfaces, objets et personnes, d’autres facteurs faisant que ce germe ait émergé particulièrement bien adapté en milieu de soins (utilisation
de certains médicaments…) sont toujours en cours d’étude, cependant il est clair que sa plasticité génomique en est pour beacoup
A.baumannii n’est pas considéré comme un germe de la flore normale mais un germe de colonisation

25. 5.2) CARACTERE BACTERIOLOGIQUES:
Ce sont des bacilles a Gram négatif qui apparaissent sous microscope forme coccoide , a coloration hétérogène (mélange
Gram+ GRAM-) simulant des cocci Gram+ (difficlement décolorée par l’alcool),, immobiles , non sporulés, certaines
souches sont capsulés et donnent des colonies mucoide capables de former des biofilms et ainsi de coloniser aussi bien les
surfaces inertes que vivantes
5) ACINETOBACTER BAUMANNII

26. 5.2) CARACTERES CULTURAUX
• Germe non exigeant qui pouss très bien sur des milieux de base comme (gélose/bouillon nutritif) ,aérobie stricte .
• Cette bactérie pousse a 37°, mes préfère des température plus élevés (caractère utilisé pour l’identification)
• Pousse bien sur les milieux sélectifs pour les bacilles a Gram négatif non exigeants (ex Hektoen, Mac conkey…)
• Apres 18 à 24h on obtient une culture abondante en milieu liquide
• Sur milieu solide, les colonies sont petites et grossissent avec le temps , la culture dégage une odeur de chaussettes sales.
5) ACINETOBACTER BAUMANNII

28. 5.4) PRODUITS ELABORES FACTEURS DE PATHOGENICITE:
Comparé aux autres bacilles a Gram négatif impliqués en pathologie infectieuse, A.baumannii est considéré comme un germe « peu virulent » ,
ces facteurs de pathogénicité sans peu connus , nous pouvons en citer :
 Les Adhésines ,la capsule et formation de biofilm: rôle dans la colonisation des surfaces inertes et vivantes ,dans le processus infectieux ,
l’échappement immunitaire et l’injection de substances bactériennes dans les cellules de l’hote
 Le lipopolysaccharide : toxique et antigénique
 Enzymes : comme les phospholipases, ce sont des facteurs d’invasions
 Les systèmes de capture du fer : essentiels a la survie bactérienne, apoptotiques pour les cellules de l’hote
5) ACINETOBACTER BAUMANNII

29. 5.3) POUVOIR PATHOGENE :
• Acinetobacter baumannii est considéré comme peu virulent, les infections sont surtout d’ordre nosocomial , elles
surviennent sur des terrains profondément fragilisés comme les patients hospitalisés au long cours en soins intensifs.
• Les infections communautaires sont rarissimes, et surviennent aussi sur des terrains favorisants (BPCO, tabagisme
chronique…)
 La principale localisation sont les poumon, ce germe est a l’origine de pneumonie communautaire et nosocomiales avec
des taux de mortalités allant de 40% a 70%.
 Les autres infections, moins fréquente sont représentés par les bactériémies, les méningites les infections des os et des
Tissus mou
Malgré la confrontation clinico-biologique, l’imputabilité de la mortalité a l’infection par Acinetobacter baumannii sont
difficiles a établir
5) ACINETOBACTER BAUMANNII

30. 5.4) PROFIL DE SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES ET TRAITEMENT DES INFECTIONS A A.baumannii
RESISTANCES NATURELLES :
Similaires a celles de Pseudomonas aeruginosa a quelques différences près, cependant les souches sensibles d’Acinetobacter
baumannii offrent plus de choix thérapeutiques :
*Cycline
*Cotrimoxazole
*Quinolones de 2ème et 3ème génération
RESISTANCES ACQUISES:
Très nombreuses, certains isolats sont toto-résistants, pour cela , ce germe est classé dans la liste ESKAPE de l’OMS.
Parmi les mécanismes notables , nous pouvons citer :
-La production d’une carbapenemase capable de confère une résistance a toute la famille des beta-lactamines
-la production d’enzymes et les mutation des cibles des aminosides
-La mutation de l’ADN gyrase qui confère une résistance a toutes les fluoroquinolones
Souvent, ces mécanismes sont associés , car le germe est capable d’acquérir et de remanier de grosses quantités de gènes.
5) ACINETOBACTER BAUMANNII

31. 6) DIAGNOSTIC DES INFECTIONS A PSEUDOMONAS AERUGINOSA ET
ACINETOBACTER BAUMANNII
*repose sur la culture de divers prélèvements : pus d’abcès, écouvillonnages de lésions sèches, sang pour hémoculture,
biopsies, fragments d’ongle, pus d’oreille, aspiration trachéo-bronchique …
L’esemmencement se fait sur divers milieux non spécifiques (gélose nutritive, gélose au sang frais/ cuit / bouillon
d’enrichissement) et spécifiques (géloses Hektoen, SS, Drigalski…) orienté par l’examen microscopique
l’examen direct (état frais et surtout après coloration de Gram) permet une orientation rapide par mise en évidence de la
morphologie et de la mobilité (ou non) des bactéries
l’identification repose sur les tests biochimiques voire moléculaires. Le tout est suivi obligatoirement des tests de sensibilité aux
antibiotiques (notamment la recherche des mécanismes de résistance et la détermination des concentrations minimales
inhibitrices)
Des tests rapides de type immunochromatographie, biologie moléculaire ou encore de spectrométrie de masse ou agglutination
permettent un diagnostic rapide des mécanismes de résistance
.

32. 7) PROPHYLAXIE DES INFECTION A PSEUDOMONAS ET ACINETOBACTER
La prophylaxie repose sur l’application des mesures d’hygiène individuelle (traitement des lésions pouvant
représenter une porte d’entrée à des infections plus graves) et collective (lutte contre les infections dans les
hôpitaux, surveillance des cuisines). Le lavage des mains est ainsi le moyen de lutte le plus performant
Le portage manuel est la base de la transmission directe interhumaine des souches notamment en milieu
hospitalier.
Les infections par les souches multi-résistantes impliquent l’isolement des patients infectés et la conduite
d’enquètes épidémiologiques et d’hygiène hospitalière pour en determiner le reservoir et le vecteur et d’en
juguler la diffusion
Une état une épidémie ou un état d’endémicité des infections par ce type de germe impose de revoir la
politique d’hygiène hospitalière et habitudes de prescription