SlideShare une entreprise Scribd logo
1  sur  66
Télécharger pour lire hors ligne
Bienvenue à Soutenance publique
de thèse de Doctorat/PhD
Biotechnologies et Productions Animales
Option: Amelioration Génétique et Systèmes de Production
Félix Meutchieye
Ing. Agro., MSc
République du Cameroun
Republic of Cameroon
Peace – Work - Fatherland
Université de Dschang
University of Dschang
Scholae Thesaurus Dschangensis Ibi Cordum
Faculté d’Agronomie et des Sciences
Agricoles
Faculty of Agronomy and Agricultural
Sciences
Département des Productions Animales
Department of Animal Production
2
Biodiversité moléculaire des
écotypes de chèvres (Capra hircus)
du Cameroun
3
Titre:
Plan de l’exposé
• Introduction
• Matériels et Méthodes
• Résultats et discussions
• Conclusions et perspectives
4
5
Biodiversité = la variabilité des organismes vivants de
toute origine (Nations Unies, 1992) => Capital vital global
Figure 2: Différentes échelles de la biodiversité
Introduction
Introduction
6
Enjeu mondial: effets néfastes des changements climatiques :
la biodiversité
 la sécurité alimentaire (FAO, 2010).
Les animaux domestiques sont un maillon clé dans la
recherche des réponses durables (FAO, 2008).
Figure 1: Illustration d’une scene de vie dans un environnement semi- aride
Declaration de Malabo
% role élevage (AU,
2014) :
- Resilience de + 70%
des petits producteurs
-Accroissement de +
30% de l’investissement
7
Marqueurs génétiques:
 Phénotypiques: couleur, resistance... hérédité simple
 Biochimiques: isoenzymes/isozymes
 Moléculaires (ADN): RFLP, RAPD, AFLP, SSR, ADNmt
Figure 3: Polymorphisme de l’ADN avec des marqueurs microsatellites
Introduction
Etude de diversité
Marqueurs
moléculaires
neutres
Introduction
8
Problème global : Erosion des RGAn dans le monde
Solution globale: Déclaration d’Interlaken (FAO, 2007)
Situation régionale : Variable et pauvre en Afrique
Figure 4: Statut des stratégies et plans d’action de gestion des ressources
génétiques animales par région (Source: FAO, 2015)
Figure 5 : Risques d’érosion génétique chez les animaux domestiques (FAO, 2015)
9
Introduction
Croissance
numerique
importante
30% du cheptel
mondial en
Afrique
Interet
specifique en
raison de sa
riche diversite
biologique
Introduction
10
Diver
sité
Histo
rique
Cultu
relle
Traits
speci
fiques
Speciali
sation
Potentiel
d'adaptation
Adapta
tion
Socio-
econo
mique
Recherche
Securité
alimentaire
Usages
uniques
Aperçu sur les Caprins au Cameroun
Figure 6: Usages des caprins
Diversité phénotypique richeFonctions plurielles
Introduction
11
Descriptions majoritairement morpho-physiques
(Doutresoulle, 1947; Epstein, 1951 et 1962 ; Devendra et Burns,
1982 ; Lauvergne et al., 1993; Meutchieye, 2008).
Appellations => la variabilité (Epstein, 1962; Wangtchibing,
1990; Le Gal et Planchenault, 1993 ; Devendra et Burns, 2001),
Aucune évaluation biomoléculaire (FAO et al., 2003 ; RC, 2012) .
Part de la variabilité moléculaire dans le polymorphisme
phénotypique des écotypes de chèvres du Cameroun?
Hypothèse de travail : La diversité caprine au Cameroun est le
fait de la variabilité agro-écologique
Introduction
12
Objectif général: Contribuer à une meilleure connaissance
de la chèvre locale du Cameroun
Objectifs spécifiques : déterminer les caractéristiques
majeures du polymorphisme de
• 8 écotypes caprins du Cameroun à partir de 12 et 17
marqueurs microsatellites hétérologues et homologues;
• l’ADN mitochondrial des 8 écotypes caprins;
Introduction
13
Objectifs spécifiques (suite):
• En déduire la structure et les relations phylogénétiques
des 8 écotypes, et enfin,
• Evaluer l’efficacité relative des approches utilisées dans la
caractérisation de la diversité moléculaire.
En vue de leur amélioration génétique et de leur
préservation
14
Matériels & Méthodes
Figure 7 : Carte des zones agro-écologiques du Cameroun
(Source : IRAD, 2008)
Zones d’étude
Cinq (05) zones agro-
écologiques du Cameroun:
Soudano-sahélienne
 Hautes savanes guinéennes
Hautes terres de l’Ouest
Forestière humide à régime
pluviométrique monomodal
 Forestière humide à régime
pluviométrique bimodal
15
Matériels & Méthodes
Ecotypes Types morphologiques Mensurations Robe Objectifs
Sahelienne (CHSHL) Longipes HG ≥65cm;PV =20-45kg Plus blanche Viande, peau, lait
Kirdi (CHKRD) Longipes-Mediopes HG≈ 60cm; PV=20-35kg Variable Viande, peau, lait
Djallonke SG (DJHSG) Longipes-Mediopes HG≤ 60cm; PV=15-40kg Variable Viande, peau (lait)
Djallonke OU (DJHTOU) Longipes-Brevipes HG≤ 60cm; PV=15-30kg Variable Viande et petits
Djallonke NW (DJHTNW) Longipes-Brevipes HG≤ 60cm; PV=15-30kg Variable Viande
Djallonke FC (DJFOC) Brevipes HG≤ 55cm; PV=15-25kg Variable Viande
Djallonke FE (DJFOE) Brevipes HG≤ 55cm; PV=15-25kg Variable Viande
Djallonke Cotes (DJCOT) Brevipes HG≤ 55cm; PV=15-25kg Variable Viande
Sources: Douffissa (1983 et 1986), Yaya (1988), Lauvergne et al. (1993), Ngo Tama et al.
(1996), Planchenault et Boutonnet (1997) ; Meutchieye et al. (2008) et Choupamom
(2009)
Tableau 1 : Principales caractéristiques des écotypes caprins du Cameroun
16
Matériels & Méthodes
Figure 8 : Photos des écotypes de chèvres étudiées (Source : Meutchieye)
17
Matériels & Méthodes
Echantillonnage et collecte des tissus
Des poils et sang des chèvres adultes (males et femelles), non
apparentées étaient choisis au hasard dans des exploitations
Tableau 2 : Répartition des échantillons par période et écotypes
De l’ADN obtenu du sang de 21 chèvres locales (petite chèvre orientale
africaine = East African Small Goat)
18
Matériels & Méthodes
Tache de sang sec
Figure 9 : Photo du sang sur une carte FTA (Source : Meutchieye)
19
Matériels & Méthodes
Extraction de l’ADN génomique
Figure 10 : Schéma du protocole d’extraction de l’ADNg du sang séché de chèvre
(Sambrook et al., 1989)
20
Matériels & Méthodes
Vérification de la qualité et normalisation l’ADN génomique
Figure 11 : Profil de teneur d’ADNg d’un extrait de sang de chèvre
OD260/OD280
21
Matériels & Méthodes
Tab. 7 : Caractéristiques des microsatellites hétérologues utilisés (FAO, 2004b)
Choix des microsatellites hétérologues et homologues
22
Matériels & Méthodes
Tab. 8 : Caractéristiques des microsatellites homologues utilisés (FAO, 2011a)
23
Matériels & Méthodes
Tableau 9 : Composition du ready mix pour amplification
des microsatellites hétérologues
24
Matériels & Méthodes
Tableau 10 : Composition du ready mix pour amplification
des microsatellites homologues
25
Matériels & Méthodes
Tableau 11 : Profil thermique d’amplification par PCR des échantillons
Figure 12 : Fragments amplifiés sur gel d’agarose 2%
26
Matériels & Méthodes
Génotypage et analyses des fragments
Figure 13 : Electrophérogrammes mono et polymorphe du microsatellite INRA063
27
Matériels & Méthodes
Choix de la séquence de la boucle D de l’ADNmt
Tableau 12: Caractéristiques des amorces de l’ADNmt (position 15711 à 16489)
Source: Sardina et al., (2006).
28
Matériels & Méthodes
Tableau 13 : Composition du ready mix pour amplification de la séquence de boucle D de
l’ADNmt
Tableau 14 : Profil thermique de la PCR pour la boucle D de l’ADNmt
29
Matériels & Méthodes
Figure 14 : Schéma du protocole de purification de l’ADNmt de chèvre
Purification de l’ADNmt
30
Matériels & Méthodes
Figure 15 : Profil des fragments amplifiés sur gel d’agarose 1%
Génotypage et analyses des fragments
Et 83 accessions pour l’identification de la sequence consensus
Un total de 28 séquences caprines d’alignement disponibles de GenBank a été
considéré: 06 d’Afrique de l’est (Tanzanie) ; 06 d’Europe occidentale (Espagne, France,
Suisse et Italie) ;06 du Moyen Orient (Egypte, Iran et Turquie) ; 06 du sud-est asiatique
(Chine et Inde) ; 03 d’Asie centrale (Azerbaïdjan, Laos et Mongolie) ; 01 du Pacifique
(Australie).
31
Matériels & Méthodes
Evaluation des indicateurs de diversité génétique
Diversité génétique intra population
Protocole de Peakall et Smouse (2009) sous GenAlex 6.0. Les paramètres
considérés ont été les suivants :
- Nombre moyen d’allèles par locus
-Fréquence allélique: estimée selon (Nei, 1968).
- Déviation à l’Equilibre de Hardy Weinberg : estimée au seuil de 5%.
-Hétérozygotie et diversité de gène : estimations de Ho et de He
calculées selon Nei (1978).
-Taux de polymorphisme : directement estimé dans l’échantillon étudié.
- Coefficient de consanguinité FIS: mesure de l’écart des individus à l’état
hétérozygote dans la population.
32
Matériels & Méthodes
Diversité génétique interpopulation
Protocole de Peakall et Smouse (2012) sous GenAlex 6.5.
- Nombre d’allèles privés : mesure de la richesse allélique spécifique ;
- F statistiques de Wright : indices de fixation (FIS), de différenciation (FST)
et de consanguinité globale (FIT).
- Corrélations croisées des FST : estiment l’identité et la divergence des
écotypes ont été calculées sous Arlequin et sous GenAlex 6.5
- Flux de genes (Nm) : mesure la différenciation génétique au sein de la
population globale sous l’effet des migrants effectifs par génération.
- Index de Shannon (sHa): mesure de la richesse globale de la population.
- Contenu de l’Information Polymorphique (PIC): estimé des fréquences
alléliques des sujets distants de chaque écotype.
- Distances génétiques et relations: construction du dendrogramme
Neighbour Joining (NJ) a été faite sous PowerMarker V.3.25 selon Liu et
Mouse (2005) pour estimer les distances génétiques Ds de Nei entre des
paires d’écotypes de chèvres sur la base des marqueurs microsatellites.
33
Diversité génétique interpopulation (suite)
- Analyse par Composantes Principales (ACP): Composantes Principales
estimées obtenues avec les programmes PowerMarker V.3.25 et Darwin
3.0.
- Edition et la correction du brin inverse des fragments amplifiés de
l’ADNmt : faites sous Chromas Lite. Alignement et estimation des
Mutations effectués sous Clustal X.2 et ATGC PhySic Online.
- Séquence consensus : mise en évidence sous DNAsp et MEGA5 sur la
base des séquences tirées du GenBank.
- Haplogroupes et Haplotypes : déterminés ainsi que leur paramètres
associés (nombre, diversité et clades) sous les programmes MEGA5,
DNAsp, NetWork 4.6.0.0 sur la base des séquences de référence boucle D
de l’ADNmt de chèvres dans la base GenBank selon la procédure de Naderi
et al. (2007) et Vacca et al. (2010).
- Arborescence phylogénétique (variabilité des clades) : construite sous les
programmes MEGA5, FigTree et SplisTree).
34
Analyses statistiques
Les différents indices ont été calculés sous le logiciel Arlequin 3.5.1.3 pour
des niveaux de signification obtenus à 10.000 permutations (Schneider et
al., 1997).
Le test de sphéricité de Barlett a été utilisé pour évaluer la nullité de
l’hypothèse des corrélations croisées entre indices (Tanagra, 2012).
Le modèle statistique du PIC est le suivant:
L’Analyse de la Variance Moléculaire (AMOVA) estimée en utilisant les
procédures décrites par Weir et Cockerham (1984), Excoffier et al. (1992)
et Weir (1996) sous GenAlex 6.0 et Arlequin 3.5.1.3.
L’estimation du niveau dilution (admixture) de la population caprine a été
faite selon l’approche Pritchard et al. (2000), et Falush et al. (2003 et
2007). L’algorithme utilisé était Bayesien.
Matériels & Méthodes
35
Analyses statistiques
Les différents indices ont été calculés sous le logiciel Arlequin 3.5.1.3 pour
des niveaux de signification obtenus à 10.000 permutations (Schneider et
al., 1997).
Le test de sphéricité de Barlett a été utilisé pour évaluer la nullité de
l’hypothèse des corrélations croisées entre indices (Tanagra, 2012).
Le modèle statistique du PIC est le suivant:
L’Analyse de la Variance Moléculaire (AMOVA) estimée en utilisant les
procédures décrites par Weir et Cockerham (1984), Excoffier et al. (1992)
et Weir (1996) sous GenAlex 6.0 et Arlequin 3.5.1.3.
L’estimation du niveau dilution (admixture) de la population caprine a été
faite selon l’approche Pritchard et al. (2000), et Falush et al. (2003 et
2007). L’algorithme utilisé était Bayesien.
Matériels & Méthodes
36
Résultats & Discussions
R1: Biodiversité génétique des écotypes caprins à partir des
microsatellites hétérologues
• Nombre d’allèles: 0 à 6 pour l’ensemble des écotypes avec une de 2 (1,833
pour l’écotype DJCOT à 2,833 pour l’écotype CHKRD). L’écotype DJFOE est le plus
monomorphique.
• Taux d’hétérozygoties : Ho et He plus élevés pour l’écotype DJHSG (0,825) =>
taux de consanguinité plus faible, donc un système de reproduction plus contrôlé.
• Index de fixation (F) : DJFOE présente un excès d’homozygotie = forte
situation de consanguinité par rapport à une population panmictique alors que les
autres écotypes présentent plutôt un excès d’heterozygotie
De manière générale, une riche biodiversité génétique caractérise la très
grande majorité des écotypes considérés (82,5%).
37
Résultats & Discussions
Table 15 : PIC, diversité de gène et estimés de Fst en fonction des
microsatellites
38
Résultats & Discussions
Tableau 16: Pourcentage des locus polymorphiques par écotype
39
Résultats & Discussions
Tableau 17 : Tests de probabilités de l’équilibre de Hardy Weinberg par
marqueur et en fonction de l’écotype
40
Résultats & Discussions
Tableau 18 : Fréquence des allèles privés en fonction des écotypes
7 marqueurs pour 10 alleles privés dont 3 pour DJHTNW
41
Résultats & Discussions
DJHSG
DJFOE
DJHTO
CHSHL
DJHTNW
CHKRD
DJCOT
DJFOC
Coord.2
Coord. 1
CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké des Hautes savanes guinéennes;
DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord-
Ouest; DJFOC= Chèvre Djallonké de la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre
Djallonké de la région côtière
Figure 16 : Analyse par Coordonnées Principales des écotypes caprins du Cameroun
42
Résultats & Discussions
CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké des Hautes savanes guinéennes;
DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord-
Ouest; DJFOC= Chèvre Djallonké de la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre
Djallonké de la région côtière
Figure 17 :Structure des populations caprines du Cameroun
43
Résultats & Discussions
CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké des Hautes savanes guinéennes; DJHTOU=
Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord-Ouest; DJFOC= Chèvre
Djallonké de la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre Djallonké de la région côtière
Figure 18: Relations phylogénétiques entre les écotypes caprins du Cameroun
44
Résultats & Discussions
R2: Biodiversité génétique des écotypes caprins à partir des microsatellites
homologues
- Nombre d’allèles : 1 à 10 pour l’ensemble des écotypes. Jusqu'à 11
pour les types génétiques CHKRD et EASG. C’est l’écotype DJFOE qui a
été le plus monomorphique
- Taux d’hétérozygoties : Ho et He varient de 0,052 (écotype DJFOE)
à 0,550 (écotype CHSHL), et 0,232 (écotype DJFOE) à 0,644 (écotype
CHSHL). EASG a la variabilité génétique la plus importante avec Ho =
0,665 et He = 0,706.
- Index de fixation (F): variable. L’écotype DJFOE présente une très
forte situation de consanguinité (F = -0,48).
La très grande majorité des écotypes considérés (83%) résentent
une riche très biodiversité génétique.
45
Résultats & Discussions
Table 19 : PIC, diversité de gène et estimés de FST en fonction des
microsatellites
46
Résultats & Discussions
Tableau 20: Pourcentage des locus polymorphiques en fonction de
l’écotype
47
Résultats & Discussions
•EASG = East African Small Goat ; CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké des Hautes savanes guinéennes;
DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord-Ouest; DJFOC= Chèvre Djallonké de
la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre Djallonké de la région côtière * P<0,05 ; ** P<0,01 ; *** P<0,001
Tableau 21 : Tests de probabilités de l’équilibre de Hardy Weinberg par marqueur
et en fonction de l’écotype
48
Résultats & Discussions
Tableau 22: Fréquence des allèles privés en fonction de l’écotype
11 marqueurs pour 23 alleles privés dont 9 pour EASG
49
Résultats & Discussions
Entre Ecotypes
6%
Entre Indiv
45%
Intra Indiv
49%
Pourcentages de la Variance Moleculaire
Figure 19 : Représentation graphique de l’AMOVA des caprins du Cameroun
50
Résultats & Discussions
EASG
DJFOC DJFOE
CHKRD
DJCOT
DJHSG
DJHTNW
DJHTO
CHSHL
Coord.2
Coord. 1
EASG = East African Small Goat ; CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre
Djallonké des Hautes savanes guinéennes; DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ;
DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord-Ouest; DJFOC= Chèvre Djallonké de la Forêt-Centre ;
DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre Djallonké de la région côtière
Figure 20: Analyses par Coordonnées Principales des écotypes caprins
51
Résultats & Discussions
EASG = East African Small Goat ; CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké des Hautes savanes guinéennes;
DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord-Ouest; DJFOC= Chèvre
Djallonké de la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre Djallonké de la région côtière
Figure 21 : Structure des populations caprines du Cameroun par des microsatellites
homologues
52
Résultats & Discussions
EASG = East African Small Goat ; CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké
des Hautes savanes guinéennes; DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre
Djallonké des Hautes terres du Nord-Ouest; DJFOC= Chèvre Djallonké de la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre
Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre Djallonké de la région côtière
Figure 22: Interrelations estimées entre les écotypes de chèvres du Cameroun
53
Résultats & Discussions
R3 : Biodiversité génétique des écotypes caprins à partir de l’ADNmt
Figure 23 : Vue partielle de l’alignement des séquences de la position 309 à 659
54
Résultats & Discussions
Tableau 23 : Taux moyen de substitution des nucléotides de l’ADNmt des caprins
en fonction de différents modèles
55
Résultats & Discussions
Figure 24: Principaux clades à partir des mutations de l’ADNmt chez les chèvres
du Cameroun
56
Résultats & Discussions
Figure 25 : Origines phylogéniques des chèvres du Cameroun à partir de l’ADNmt
57
Résultats & Discussions
Figure 26: Diversité des haplogroupes des chèvres du Cameroun à partir de l’ADNmt
58
Résultats & Discussions
R4 : Efficacité comparée des méthodes d’évaluation de diversité moléculaire
caprine
Les microsatellites homologues plus polymorphes que les
microsatellites hétérologues (4 regroupements possibles).
L’analyse de l’ADNmt a fait ressortir 5 clades, et uniquement en
rapport avec la diversité des origines maternelles.
En considérant les relations phylogénétiques, il apparaît que ce
sont les microsatellites homologues qui donnent des résultats
les plus vraisemblables au regard de la répartition
géographique des écotypes.
59
Résultats & Discussions
Les microsatellites ont permis l’identification des allèles privés
(plus important pour le jeu de microsatellites homologues)
L’analyse de l’ADNmt a été un outil complémentaire, notamment
la formation des clades sur la base des fréquences de mutations
et d’évolution minimum enregistrés.
Le matériel génétique de base dans cette étude a été
chromosomique (microsatellites) et mitochondrial (ADNmt).
Pris individuellement, l’effectivité de l’évaluation de la diversité
n’a pas été uniforme comme il apparaît selon les méthodes, aussi
bien, sur le plan intra qu’inter-population.
60
Conclusion
Les écotypes de chèvres du Cameroun ont une importante
diversité génétique, intra et inter écotypes.
Elles constituent une part spéciale dans la biodiversité
animale mondiale. Cette richesse génétique est le pilier de la
création des races, de leur amélioration en vue d’une bonne
exploitation et encore mieux de leur préservation.
Le polymorphisme relatif des microsatellites homologues
indiquent une meilleure aptitude de ce dernier groupe pour
des analyses de diversité plus élargies.
61
Conclusion
L’existence des allèles privés au sein des écotypes constitue un
atout majeur dans l’évaluation de l’adaptation des chèvres.
Les perturbations de l’Equilibre de Hardy Weinberg ont eu
pour facteurs le flux de gènes et la dilution par croisements
hasardeux entre écotypes.
Le flux de gènes bien que source de variation génétique, il
aboutira à l’uniformisation génotypique et donc à une
sérieuse perte de biodiversité s’il est constant.
62
Conclusion
Les 8 écotypes caprins considérés sont distincts
génétiquement, formant 4 groupes (certains se comportant
comme des hybrides entre types extrêmes).
Le peuplement caprin du Cameroun des origines maternelles
multiples et est du plus grand Haplogroupe A.
Le niveau de diversité des haplotypes des écotypes est élevé.
L’étude met en évidence la richesse génétique des écotypes
caprins du Cameroun et leurs interrelations.
63
Recommandations et perspectives
Recommandations :
 Utilisation des poils et adaptations des méthodes pour des
analyses moléculaires du bétail pour des raisons économiques;
 L’application préférentielle du panel microsatellites
homologues;
 Documentation/information publique sur les types
génétiques caprins du Cameroun;
 Développement d’un plan d’amélioration des caprins du
Cameroun et appui aux initiatives actuelles (Stations
spécialisées et groupements)
64
Recommandations et perspectives
Perspectives :
L’étude du polymorphisme de l’ADNmt pourrait être complétée
par l’analyse de la séquence SRYM18 transmise uniquement par
les mâles à la descendance chez les caprins du Cameroun.
L’analyse métagénomique permettrait d’associer les mutations
et délétions identifiées aux phénotypes spécifiques des
écotypes caprins du Cameroun.
Le polymorphisme du nucléotide monocaténaire (Single
nucleotide polymorphisms -SNPs) pourrait être appliqué dans
des investigations futures.
Enfin, cette investigation pourrait être étendue aux pays
limitrophes avec qui il y a échanges du matériel génétique
Remerciements
Africa Biosciences
Challenge Funds
65
Contributeurs
Académiques Financiers
Scientifiques
Techniques
66

Contenu connexe

Tendances

Calf management for dairy
Calf management for dairyCalf management for dairy
Calf management for dairyBill Kamadi
 
Guide d'élevage aviculture fermière
Guide d'élevage aviculture fermièreGuide d'élevage aviculture fermière
Guide d'élevage aviculture fermièreOverCI
 
Economics Of Broiler Farming
Economics Of Broiler FarmingEconomics Of Broiler Farming
Economics Of Broiler FarmingDeepa Menon
 
Effect of electromagnetic radiation on honey bee
Effect of electromagnetic radiation on honey beeEffect of electromagnetic radiation on honey bee
Effect of electromagnetic radiation on honey beeGopal Golvankar
 
Guide de l’alimentation pratique du troupeau bovin allaitant - Des conseils p...
Guide de l’alimentation pratique du troupeau bovin allaitant - Des conseils p...Guide de l’alimentation pratique du troupeau bovin allaitant - Des conseils p...
Guide de l’alimentation pratique du troupeau bovin allaitant - Des conseils p...Institut de l'Elevage - Idele
 
Avian influenza virus vaccines: the use of vaccination in poultry production
Avian influenza virus vaccines: the use of vaccination in poultry productionAvian influenza virus vaccines: the use of vaccination in poultry production
Avian influenza virus vaccines: the use of vaccination in poultry productionHarm Kiezebrink
 
Identification of rats and mice and their management
Identification of rats and mice and their managementIdentification of rats and mice and their management
Identification of rats and mice and their managementAbdul Hamid Nazari
 
Dairy farming activities
Dairy farming activitiesDairy farming activities
Dairy farming activitiessreedharm
 
Ecological principles of IPM
Ecological principles of IPMEcological principles of IPM
Ecological principles of IPMHARISH J
 
Common Breeds of Swine/Pigs
Common Breeds of Swine/PigsCommon Breeds of Swine/Pigs
Common Breeds of Swine/PigsSudhanBhusal
 
BROILER MANAGEMENT
BROILER MANAGEMENTBROILER MANAGEMENT
BROILER MANAGEMENTRahul Mittal
 
Animal fattening and fodders
Animal fattening and foddersAnimal fattening and fodders
Animal fattening and foddersILRI
 
Urea treatment of wheat straw
Urea treatment of wheat strawUrea treatment of wheat straw
Urea treatment of wheat strawDr. Waqas Nawaz
 

Tendances (20)

Calf management for dairy
Calf management for dairyCalf management for dairy
Calf management for dairy
 
Farming insects as food and feed - Arnold van Huis, Wageningen University
Farming insects as food and feed - Arnold van Huis, Wageningen UniversityFarming insects as food and feed - Arnold van Huis, Wageningen University
Farming insects as food and feed - Arnold van Huis, Wageningen University
 
Guide d'élevage aviculture fermière
Guide d'élevage aviculture fermièreGuide d'élevage aviculture fermière
Guide d'élevage aviculture fermière
 
Habitat manipulation in INSECT PEST MANAGEMENT.pptx
Habitat manipulation in INSECT PEST MANAGEMENT.pptxHabitat manipulation in INSECT PEST MANAGEMENT.pptx
Habitat manipulation in INSECT PEST MANAGEMENT.pptx
 
Basic sheep and goat husbandry
Basic sheep and goat husbandryBasic sheep and goat husbandry
Basic sheep and goat husbandry
 
Economics Of Broiler Farming
Economics Of Broiler FarmingEconomics Of Broiler Farming
Economics Of Broiler Farming
 
Effect of electromagnetic radiation on honey bee
Effect of electromagnetic radiation on honey beeEffect of electromagnetic radiation on honey bee
Effect of electromagnetic radiation on honey bee
 
Guide de l’alimentation pratique du troupeau bovin allaitant - Des conseils p...
Guide de l’alimentation pratique du troupeau bovin allaitant - Des conseils p...Guide de l’alimentation pratique du troupeau bovin allaitant - Des conseils p...
Guide de l’alimentation pratique du troupeau bovin allaitant - Des conseils p...
 
Avian influenza virus vaccines: the use of vaccination in poultry production
Avian influenza virus vaccines: the use of vaccination in poultry productionAvian influenza virus vaccines: the use of vaccination in poultry production
Avian influenza virus vaccines: the use of vaccination in poultry production
 
Identification of rats and mice and their management
Identification of rats and mice and their managementIdentification of rats and mice and their management
Identification of rats and mice and their management
 
Dairy farming activities
Dairy farming activitiesDairy farming activities
Dairy farming activities
 
Ecological principles of IPM
Ecological principles of IPMEcological principles of IPM
Ecological principles of IPM
 
Common Breeds of Swine/Pigs
Common Breeds of Swine/PigsCommon Breeds of Swine/Pigs
Common Breeds of Swine/Pigs
 
BROILER MANAGEMENT
BROILER MANAGEMENTBROILER MANAGEMENT
BROILER MANAGEMENT
 
Animal Husbandry World Vision 2
Animal Husbandry World Vision 2Animal Husbandry World Vision 2
Animal Husbandry World Vision 2
 
Animal fattening and fodders
Animal fattening and foddersAnimal fattening and fodders
Animal fattening and fodders
 
Urea treatment of wheat straw
Urea treatment of wheat strawUrea treatment of wheat straw
Urea treatment of wheat straw
 
Feeding management of livestock during scarcity
Feeding management of livestock during scarcityFeeding management of livestock during scarcity
Feeding management of livestock during scarcity
 
Calf management
Calf managementCalf management
Calf management
 
IBH in Poultry Dr. KHM
IBH in Poultry  Dr. KHMIBH in Poultry  Dr. KHM
IBH in Poultry Dr. KHM
 

En vedette

Activités de R&D en prodcuuction caprine: des interactions pour une recherche...
Activités de R&D en prodcuuction caprine: des interactions pour une recherche...Activités de R&D en prodcuuction caprine: des interactions pour une recherche...
Activités de R&D en prodcuuction caprine: des interactions pour une recherche...Institut de l'Elevage - Idele
 
Les enjeux de R&D pour la filière caprine de Poitou-Charente et Pays de la Loire
Les enjeux de R&D pour la filière caprine de Poitou-Charente et Pays de la LoireLes enjeux de R&D pour la filière caprine de Poitou-Charente et Pays de la Loire
Les enjeux de R&D pour la filière caprine de Poitou-Charente et Pays de la LoireInstitut de l'Elevage - Idele
 
Évaluation des activités anticancéreuses de quelques plantes utilisées dans ...
Évaluation des activités anticancéreuses de quelques  plantes utilisées dans ...Évaluation des activités anticancéreuses de quelques  plantes utilisées dans ...
Évaluation des activités anticancéreuses de quelques plantes utilisées dans ...Université de Dschang
 
Ctm un 10_biosfera_humanidad14
Ctm un 10_biosfera_humanidad14Ctm un 10_biosfera_humanidad14
Ctm un 10_biosfera_humanidad14VidalBanez
 
Paris Tableau 2014 - From 13 to 16 November - Press kit EN
Paris Tableau 2014 - From 13 to 16 November - Press kit ENParis Tableau 2014 - From 13 to 16 November - Press kit EN
Paris Tableau 2014 - From 13 to 16 November - Press kit ENAgence Colonnes
 
TravelTag - Freedom from Baggage Carousels
TravelTag - Freedom from Baggage CarouselsTravelTag - Freedom from Baggage Carousels
TravelTag - Freedom from Baggage CarouselsDigital Wavefront
 
Histoire revue par petit Grincheux série 4
Histoire revue par petit Grincheux série 4Histoire revue par petit Grincheux série 4
Histoire revue par petit Grincheux série 4Edmond Nollomont
 
Vender por internet con eventos virtuales
Vender por internet con eventos virtualesVender por internet con eventos virtuales
Vender por internet con eventos virtualesMiguel Arias
 
Fraude En La Red Jonathan
Fraude En La Red JonathanFraude En La Red Jonathan
Fraude En La Red Jonathaninformatica4
 
Presentazione Frosmo in italiano Nov2015
Presentazione Frosmo in italiano Nov2015 Presentazione Frosmo in italiano Nov2015
Presentazione Frosmo in italiano Nov2015 Manuel Furlotti
 
Macedònia "Superfashion"
Macedònia "Superfashion"Macedònia "Superfashion"
Macedònia "Superfashion"raguilafosch
 
End of Studies project: Malware Repsonse Center
End of Studies project: Malware Repsonse CenterEnd of Studies project: Malware Repsonse Center
End of Studies project: Malware Repsonse CenterAbdessabour Arous
 
WETEC Compellent Enterprise Manager 3.1
WETEC Compellent Enterprise Manager 3.1WETEC Compellent Enterprise Manager 3.1
WETEC Compellent Enterprise Manager 3.1Eddy Jennekens
 
Kees Schiphouwer Responsum onderzoek
Kees Schiphouwer Responsum onderzoekKees Schiphouwer Responsum onderzoek
Kees Schiphouwer Responsum onderzoekResponsum
 
Defendiendo nuestras-tradiciones-tomo-ii1-
Defendiendo nuestras-tradiciones-tomo-ii1-Defendiendo nuestras-tradiciones-tomo-ii1-
Defendiendo nuestras-tradiciones-tomo-ii1-Julio Andres
 

En vedette (20)

Activités de R&D en prodcuuction caprine: des interactions pour une recherche...
Activités de R&D en prodcuuction caprine: des interactions pour une recherche...Activités de R&D en prodcuuction caprine: des interactions pour une recherche...
Activités de R&D en prodcuuction caprine: des interactions pour une recherche...
 
Les enjeux de R&D pour la filière caprine de Poitou-Charente et Pays de la Loire
Les enjeux de R&D pour la filière caprine de Poitou-Charente et Pays de la LoireLes enjeux de R&D pour la filière caprine de Poitou-Charente et Pays de la Loire
Les enjeux de R&D pour la filière caprine de Poitou-Charente et Pays de la Loire
 
Évaluation des activités anticancéreuses de quelques plantes utilisées dans ...
Évaluation des activités anticancéreuses de quelques  plantes utilisées dans ...Évaluation des activités anticancéreuses de quelques  plantes utilisées dans ...
Évaluation des activités anticancéreuses de quelques plantes utilisées dans ...
 
Ctm un 10_biosfera_humanidad14
Ctm un 10_biosfera_humanidad14Ctm un 10_biosfera_humanidad14
Ctm un 10_biosfera_humanidad14
 
Relato de una CoP (2)
Relato de una CoP (2)Relato de una CoP (2)
Relato de una CoP (2)
 
Paris Tableau 2014 - From 13 to 16 November - Press kit EN
Paris Tableau 2014 - From 13 to 16 November - Press kit ENParis Tableau 2014 - From 13 to 16 November - Press kit EN
Paris Tableau 2014 - From 13 to 16 November - Press kit EN
 
TravelTag - Freedom from Baggage Carousels
TravelTag - Freedom from Baggage CarouselsTravelTag - Freedom from Baggage Carousels
TravelTag - Freedom from Baggage Carousels
 
Santiago cruz
Santiago cruzSantiago cruz
Santiago cruz
 
Histoire revue par petit Grincheux série 4
Histoire revue par petit Grincheux série 4Histoire revue par petit Grincheux série 4
Histoire revue par petit Grincheux série 4
 
Vender por internet con eventos virtuales
Vender por internet con eventos virtualesVender por internet con eventos virtuales
Vender por internet con eventos virtuales
 
Fraude En La Red Jonathan
Fraude En La Red JonathanFraude En La Red Jonathan
Fraude En La Red Jonathan
 
Presentazione Frosmo in italiano Nov2015
Presentazione Frosmo in italiano Nov2015 Presentazione Frosmo in italiano Nov2015
Presentazione Frosmo in italiano Nov2015
 
Mugshot Catalog Review
Mugshot Catalog ReviewMugshot Catalog Review
Mugshot Catalog Review
 
Digital Tattoo Workshop for BCLA/PNLA
Digital Tattoo Workshop for BCLA/PNLADigital Tattoo Workshop for BCLA/PNLA
Digital Tattoo Workshop for BCLA/PNLA
 
Macedònia "Superfashion"
Macedònia "Superfashion"Macedònia "Superfashion"
Macedònia "Superfashion"
 
End of Studies project: Malware Repsonse Center
End of Studies project: Malware Repsonse CenterEnd of Studies project: Malware Repsonse Center
End of Studies project: Malware Repsonse Center
 
WETEC Compellent Enterprise Manager 3.1
WETEC Compellent Enterprise Manager 3.1WETEC Compellent Enterprise Manager 3.1
WETEC Compellent Enterprise Manager 3.1
 
Kees Schiphouwer Responsum onderzoek
Kees Schiphouwer Responsum onderzoekKees Schiphouwer Responsum onderzoek
Kees Schiphouwer Responsum onderzoek
 
Defendiendo nuestras-tradiciones-tomo-ii1-
Defendiendo nuestras-tradiciones-tomo-ii1-Defendiendo nuestras-tradiciones-tomo-ii1-
Defendiendo nuestras-tradiciones-tomo-ii1-
 
Envolvedora stretch-hood-boreas
Envolvedora stretch-hood-boreasEnvolvedora stretch-hood-boreas
Envolvedora stretch-hood-boreas
 

Similaire à Biodiversité moléculaire des écotypes de chèvres (Capra hircus) du Cameroun

M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009
M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009
M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009Elsa von Licy
 
Poster 98 parasitologie
Poster 98 parasitologiePoster 98 parasitologie
Poster 98 parasitologieJIB Congress
 
UMT_STAR_webinaire_2023120105_selection_dans_ le_monde_IPalhiere_ADelpeuch.pdf
UMT_STAR_webinaire_2023120105_selection_dans_ le_monde_IPalhiere_ADelpeuch.pdfUMT_STAR_webinaire_2023120105_selection_dans_ le_monde_IPalhiere_ADelpeuch.pdf
UMT_STAR_webinaire_2023120105_selection_dans_ le_monde_IPalhiere_ADelpeuch.pdfInstitut de l'Elevage - Idele
 
Introduction la science Genomique, slides
Introduction la science Genomique, slidesIntroduction la science Genomique, slides
Introduction la science Genomique, slidesssuserbc9423
 
Entomologie moléculaire et étude de la structuration génétique des anophèles
Entomologie moléculaire et étude de la structuration génétique des anophèlesEntomologie moléculaire et étude de la structuration génétique des anophèles
Entomologie moléculaire et étude de la structuration génétique des anophèlesInstitut Pasteur de Madagascar
 
Utilisation des feuilles de manioc (Manihot esculenta Crantz) comme source al...
Utilisation des feuilles de manioc (Manihot esculenta Crantz) comme source al...Utilisation des feuilles de manioc (Manihot esculenta Crantz) comme source al...
Utilisation des feuilles de manioc (Manihot esculenta Crantz) comme source al...Université de Dschang
 
Les Empreintes Genetiques
Les Empreintes GenetiquesLes Empreintes Genetiques
Les Empreintes GenetiquesLonexax
 
La sélection génomique : principe et mise en oeuvre
La sélection génomique : principe et mise en oeuvreLa sélection génomique : principe et mise en oeuvre
La sélection génomique : principe et mise en oeuvreInstitut de l'Elevage - Idele
 
cours-biologie-moleculaire-neh.pdf
cours-biologie-moleculaire-neh.pdfcours-biologie-moleculaire-neh.pdf
cours-biologie-moleculaire-neh.pdfFatimaZohra85
 
Rapport_Final_Inventaire_Faune_Campo_08-09-2015
Rapport_Final_Inventaire_Faune_Campo_08-09-2015Rapport_Final_Inventaire_Faune_Campo_08-09-2015
Rapport_Final_Inventaire_Faune_Campo_08-09-2015Martijn_ter_Heegde
 
Conférence sur l'ADNe : introduction d'Argaly et Spygen
Conférence sur l'ADNe : introduction d'Argaly et SpygenConférence sur l'ADNe : introduction d'Argaly et Spygen
Conférence sur l'ADNe : introduction d'Argaly et SpygenBruno Rakedjian
 
2015 luis cours metagenomique
2015 luis cours metagenomique2015 luis cours metagenomique
2015 luis cours metagenomiquevguili
 

Similaire à Biodiversité moléculaire des écotypes de chèvres (Capra hircus) du Cameroun (20)

Polycopie_Aouf.pdf
Polycopie_Aouf.pdfPolycopie_Aouf.pdf
Polycopie_Aouf.pdf
 
M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009
M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009
M krahn organisation_genome_et_analyses_genomiques_2009
 
Poster 98 parasitologie
Poster 98 parasitologiePoster 98 parasitologie
Poster 98 parasitologie
 
UMTeBIS_conf - 20221013 - 2_Genomes.pptx
UMTeBIS_conf - 20221013 - 2_Genomes.pptxUMTeBIS_conf - 20221013 - 2_Genomes.pptx
UMTeBIS_conf - 20221013 - 2_Genomes.pptx
 
UMT_STAR_webinaire_2023120105_selection_dans_ le_monde_IPalhiere_ADelpeuch.pdf
UMT_STAR_webinaire_2023120105_selection_dans_ le_monde_IPalhiere_ADelpeuch.pdfUMT_STAR_webinaire_2023120105_selection_dans_ le_monde_IPalhiere_ADelpeuch.pdf
UMT_STAR_webinaire_2023120105_selection_dans_ le_monde_IPalhiere_ADelpeuch.pdf
 
eBIS Actu - 20220616 - 1 pôle genome
eBIS Actu - 20220616 - 1 pôle genomeeBIS Actu - 20220616 - 1 pôle genome
eBIS Actu - 20220616 - 1 pôle genome
 
Introduction la science Genomique, slides
Introduction la science Genomique, slidesIntroduction la science Genomique, slides
Introduction la science Genomique, slides
 
Entomologie moléculaire et étude de la structuration génétique des anophèles
Entomologie moléculaire et étude de la structuration génétique des anophèlesEntomologie moléculaire et étude de la structuration génétique des anophèles
Entomologie moléculaire et étude de la structuration génétique des anophèles
 
Utilisation des feuilles de manioc (Manihot esculenta Crantz) comme source al...
Utilisation des feuilles de manioc (Manihot esculenta Crantz) comme source al...Utilisation des feuilles de manioc (Manihot esculenta Crantz) comme source al...
Utilisation des feuilles de manioc (Manihot esculenta Crantz) comme source al...
 
Les Empreintes Genetiques
Les Empreintes GenetiquesLes Empreintes Genetiques
Les Empreintes Genetiques
 
La sélection génomique : principe et mise en oeuvre
La sélection génomique : principe et mise en oeuvreLa sélection génomique : principe et mise en oeuvre
La sélection génomique : principe et mise en oeuvre
 
ADN et génotypage
ADN et génotypageADN et génotypage
ADN et génotypage
 
eBIS Actu - 20220616 - 2 pangenome
eBIS Actu - 20220616 - 2 pangenomeeBIS Actu - 20220616 - 2 pangenome
eBIS Actu - 20220616 - 2 pangenome
 
ORAL STAGE
ORAL STAGEORAL STAGE
ORAL STAGE
 
cours-biologie-moleculaire-neh.pdf
cours-biologie-moleculaire-neh.pdfcours-biologie-moleculaire-neh.pdf
cours-biologie-moleculaire-neh.pdf
 
Les puces à adn
Les puces à adnLes puces à adn
Les puces à adn
 
Rapport_Final_Inventaire_Faune_Campo_08-09-2015
Rapport_Final_Inventaire_Faune_Campo_08-09-2015Rapport_Final_Inventaire_Faune_Campo_08-09-2015
Rapport_Final_Inventaire_Faune_Campo_08-09-2015
 
UMT_GPR_03_reserves_corporelles_DHazard.pptx
UMT_GPR_03_reserves_corporelles_DHazard.pptxUMT_GPR_03_reserves_corporelles_DHazard.pptx
UMT_GPR_03_reserves_corporelles_DHazard.pptx
 
Conférence sur l'ADNe : introduction d'Argaly et Spygen
Conférence sur l'ADNe : introduction d'Argaly et SpygenConférence sur l'ADNe : introduction d'Argaly et Spygen
Conférence sur l'ADNe : introduction d'Argaly et Spygen
 
2015 luis cours metagenomique
2015 luis cours metagenomique2015 luis cours metagenomique
2015 luis cours metagenomique
 

Plus de Université de Dschang

Education, extra curricular activities and opportunities
Education, extra curricular activities and opportunitiesEducation, extra curricular activities and opportunities
Education, extra curricular activities and opportunitiesUniversité de Dschang
 
Avom ongo workschop_29-30_ january 2018
Avom ongo workschop_29-30_ january 2018Avom ongo workschop_29-30_ january 2018
Avom ongo workschop_29-30_ january 2018Université de Dschang
 
Moussa colloque atm universite de dschang workshop en économie du développement
Moussa colloque atm universite de dschang workshop en économie du développementMoussa colloque atm universite de dschang workshop en économie du développement
Moussa colloque atm universite de dschang workshop en économie du développementUniversité de Dschang
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...Université de Dschang
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...Université de Dschang
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...Université de Dschang
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...Université de Dschang
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...Université de Dschang
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...Université de Dschang
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...Université de Dschang
 

Plus de Université de Dschang (20)

Nakou zinsou daniel
Nakou zinsou danielNakou zinsou daniel
Nakou zinsou daniel
 
Presentation de l'IUT FV de Bandjoun
Presentation de l'IUT FV de BandjounPresentation de l'IUT FV de Bandjoun
Presentation de l'IUT FV de Bandjoun
 
Journée MONDIALE DE LA TERRE
Journée MONDIALE DE LA TERREJournée MONDIALE DE LA TERRE
Journée MONDIALE DE LA TERRE
 
The story behind ICAD,
The story behind ICAD, The story behind ICAD,
The story behind ICAD,
 
Presentation of ICAD's activities
Presentation of ICAD's activities Presentation of ICAD's activities
Presentation of ICAD's activities
 
The art of public speaking
The art of public speakingThe art of public speaking
The art of public speaking
 
Education, extra curricular activities and opportunities
Education, extra curricular activities and opportunitiesEducation, extra curricular activities and opportunities
Education, extra curricular activities and opportunities
 
Discours voeux Recteur UDs 2019.
Discours voeux Recteur UDs 2019.Discours voeux Recteur UDs 2019.
Discours voeux Recteur UDs 2019.
 
Avom ongo workschop_29-30_ january 2018
Avom ongo workschop_29-30_ january 2018Avom ongo workschop_29-30_ january 2018
Avom ongo workschop_29-30_ january 2018
 
Presentation tankam&amp;tchekote
Presentation tankam&amp;tchekotePresentation tankam&amp;tchekote
Presentation tankam&amp;tchekote
 
Mignamissi atm uds janvier 2018
Mignamissi atm uds janvier 2018Mignamissi atm uds janvier 2018
Mignamissi atm uds janvier 2018
 
PPT these par Yanic KENHOUNG
PPT these par Yanic KENHOUNGPPT these par Yanic KENHOUNG
PPT these par Yanic KENHOUNG
 
Moussa colloque atm universite de dschang workshop en économie du développement
Moussa colloque atm universite de dschang workshop en économie du développementMoussa colloque atm universite de dschang workshop en économie du développement
Moussa colloque atm universite de dschang workshop en économie du développement
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
 
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
[Workshop en économie de développement:"Pertinence des politiques publiques d...
 

Dernier

Pas de vagues. pptx Film français
Pas de vagues.  pptx   Film     françaisPas de vagues.  pptx   Film     français
Pas de vagues. pptx Film françaisTxaruka
 
DIGNITAS INFINITA - DIGNITÉ HUMAINE; déclaration du dicastère .pptx
DIGNITAS INFINITA - DIGNITÉ HUMAINE; déclaration du dicastère .pptxDIGNITAS INFINITA - DIGNITÉ HUMAINE; déclaration du dicastère .pptx
DIGNITAS INFINITA - DIGNITÉ HUMAINE; déclaration du dicastère .pptxMartin M Flynn
 
L'Unité de Spiritualité Eudiste se joint à toute l'Église Universelle et en p...
L'Unité de Spiritualité Eudiste se joint à toute l'Église Universelle et en p...L'Unité de Spiritualité Eudiste se joint à toute l'Église Universelle et en p...
L'Unité de Spiritualité Eudiste se joint à toute l'Église Universelle et en p...Unidad de Espiritualidad Eudista
 
Aux origines de la sociologie : du XIXème au début XX ème siècle
Aux origines de la sociologie : du XIXème au début XX ème siècleAux origines de la sociologie : du XIXème au début XX ème siècle
Aux origines de la sociologie : du XIXème au début XX ème siècleAmar LAKEL, PhD
 
Apprendre avec des top et nano influenceurs
Apprendre avec des top et nano influenceursApprendre avec des top et nano influenceurs
Apprendre avec des top et nano influenceursStagiaireLearningmat
 
La Base unique départementale - Quel bilan, au bout de 5 ans .pdf
La Base unique départementale - Quel bilan, au bout de 5 ans .pdfLa Base unique départementale - Quel bilan, au bout de 5 ans .pdf
La Base unique départementale - Quel bilan, au bout de 5 ans .pdfbdp12
 
Copilot your everyday AI companion- OFFICE 365-
Copilot your everyday AI companion- OFFICE 365-Copilot your everyday AI companion- OFFICE 365-
Copilot your everyday AI companion- OFFICE 365-Majida Antonios, M.Ed.
 
Faut-il avoir peur de la technique ? (G. Gay-Para)
Faut-il avoir peur de la technique ? (G. Gay-Para)Faut-il avoir peur de la technique ? (G. Gay-Para)
Faut-il avoir peur de la technique ? (G. Gay-Para)Gabriel Gay-Para
 
Bibdoc 2024 - Sobriete numerique en bibliotheque et centre de documentation.pdf
Bibdoc 2024 - Sobriete numerique en bibliotheque et centre de documentation.pdfBibdoc 2024 - Sobriete numerique en bibliotheque et centre de documentation.pdf
Bibdoc 2024 - Sobriete numerique en bibliotheque et centre de documentation.pdfAtelier Canopé 37 - Tours
 
Bibdoc 2024 - L’Éducation aux Médias et à l’Information face à l’intelligence...
Bibdoc 2024 - L’Éducation aux Médias et à l’Information face à l’intelligence...Bibdoc 2024 - L’Éducation aux Médias et à l’Information face à l’intelligence...
Bibdoc 2024 - L’Éducation aux Médias et à l’Information face à l’intelligence...Atelier Canopé 37 - Tours
 
Vulnérabilité numérique d’usage : un enjeu pour l’aide à la réussitepdf
Vulnérabilité numérique d’usage : un enjeu pour l’aide à la réussitepdfVulnérabilité numérique d’usage : un enjeu pour l’aide à la réussitepdf
Vulnérabilité numérique d’usage : un enjeu pour l’aide à la réussitepdfSylvianeBachy
 
Présentation - Initiatives - CECOSDA - OIF - Fact Checking.pptx
Présentation - Initiatives - CECOSDA - OIF - Fact Checking.pptxPrésentation - Initiatives - CECOSDA - OIF - Fact Checking.pptx
Présentation - Initiatives - CECOSDA - OIF - Fact Checking.pptxJCAC
 
Newsletter SPW Agriculture en province du Luxembourg du 10-04-24
Newsletter SPW Agriculture en province du Luxembourg du 10-04-24Newsletter SPW Agriculture en province du Luxembourg du 10-04-24
Newsletter SPW Agriculture en province du Luxembourg du 10-04-24BenotGeorges3
 
Calendrier de la semaine du 8 au 12 avril
Calendrier de la semaine du 8 au 12 avrilCalendrier de la semaine du 8 au 12 avril
Calendrier de la semaine du 8 au 12 avrilfrizzole
 
Chana Orloff.pptx Sculptrice franco-ukranienne
Chana Orloff.pptx Sculptrice franco-ukranienneChana Orloff.pptx Sculptrice franco-ukranienne
Chana Orloff.pptx Sculptrice franco-ukranienneTxaruka
 
Bibdoc 2024 - Les intelligences artificielles en bibliotheque.pdf
Bibdoc 2024 - Les intelligences artificielles en bibliotheque.pdfBibdoc 2024 - Les intelligences artificielles en bibliotheque.pdf
Bibdoc 2024 - Les intelligences artificielles en bibliotheque.pdfAtelier Canopé 37 - Tours
 

Dernier (17)

Bulletin des bibliotheques Burkina Faso mars 2024
Bulletin des bibliotheques Burkina Faso mars 2024Bulletin des bibliotheques Burkina Faso mars 2024
Bulletin des bibliotheques Burkina Faso mars 2024
 
Pas de vagues. pptx Film français
Pas de vagues.  pptx   Film     françaisPas de vagues.  pptx   Film     français
Pas de vagues. pptx Film français
 
DIGNITAS INFINITA - DIGNITÉ HUMAINE; déclaration du dicastère .pptx
DIGNITAS INFINITA - DIGNITÉ HUMAINE; déclaration du dicastère .pptxDIGNITAS INFINITA - DIGNITÉ HUMAINE; déclaration du dicastère .pptx
DIGNITAS INFINITA - DIGNITÉ HUMAINE; déclaration du dicastère .pptx
 
L'Unité de Spiritualité Eudiste se joint à toute l'Église Universelle et en p...
L'Unité de Spiritualité Eudiste se joint à toute l'Église Universelle et en p...L'Unité de Spiritualité Eudiste se joint à toute l'Église Universelle et en p...
L'Unité de Spiritualité Eudiste se joint à toute l'Église Universelle et en p...
 
Aux origines de la sociologie : du XIXème au début XX ème siècle
Aux origines de la sociologie : du XIXème au début XX ème siècleAux origines de la sociologie : du XIXème au début XX ème siècle
Aux origines de la sociologie : du XIXème au début XX ème siècle
 
Apprendre avec des top et nano influenceurs
Apprendre avec des top et nano influenceursApprendre avec des top et nano influenceurs
Apprendre avec des top et nano influenceurs
 
La Base unique départementale - Quel bilan, au bout de 5 ans .pdf
La Base unique départementale - Quel bilan, au bout de 5 ans .pdfLa Base unique départementale - Quel bilan, au bout de 5 ans .pdf
La Base unique départementale - Quel bilan, au bout de 5 ans .pdf
 
Copilot your everyday AI companion- OFFICE 365-
Copilot your everyday AI companion- OFFICE 365-Copilot your everyday AI companion- OFFICE 365-
Copilot your everyday AI companion- OFFICE 365-
 
Faut-il avoir peur de la technique ? (G. Gay-Para)
Faut-il avoir peur de la technique ? (G. Gay-Para)Faut-il avoir peur de la technique ? (G. Gay-Para)
Faut-il avoir peur de la technique ? (G. Gay-Para)
 
Bibdoc 2024 - Sobriete numerique en bibliotheque et centre de documentation.pdf
Bibdoc 2024 - Sobriete numerique en bibliotheque et centre de documentation.pdfBibdoc 2024 - Sobriete numerique en bibliotheque et centre de documentation.pdf
Bibdoc 2024 - Sobriete numerique en bibliotheque et centre de documentation.pdf
 
Bibdoc 2024 - L’Éducation aux Médias et à l’Information face à l’intelligence...
Bibdoc 2024 - L’Éducation aux Médias et à l’Information face à l’intelligence...Bibdoc 2024 - L’Éducation aux Médias et à l’Information face à l’intelligence...
Bibdoc 2024 - L’Éducation aux Médias et à l’Information face à l’intelligence...
 
Vulnérabilité numérique d’usage : un enjeu pour l’aide à la réussitepdf
Vulnérabilité numérique d’usage : un enjeu pour l’aide à la réussitepdfVulnérabilité numérique d’usage : un enjeu pour l’aide à la réussitepdf
Vulnérabilité numérique d’usage : un enjeu pour l’aide à la réussitepdf
 
Présentation - Initiatives - CECOSDA - OIF - Fact Checking.pptx
Présentation - Initiatives - CECOSDA - OIF - Fact Checking.pptxPrésentation - Initiatives - CECOSDA - OIF - Fact Checking.pptx
Présentation - Initiatives - CECOSDA - OIF - Fact Checking.pptx
 
Newsletter SPW Agriculture en province du Luxembourg du 10-04-24
Newsletter SPW Agriculture en province du Luxembourg du 10-04-24Newsletter SPW Agriculture en province du Luxembourg du 10-04-24
Newsletter SPW Agriculture en province du Luxembourg du 10-04-24
 
Calendrier de la semaine du 8 au 12 avril
Calendrier de la semaine du 8 au 12 avrilCalendrier de la semaine du 8 au 12 avril
Calendrier de la semaine du 8 au 12 avril
 
Chana Orloff.pptx Sculptrice franco-ukranienne
Chana Orloff.pptx Sculptrice franco-ukranienneChana Orloff.pptx Sculptrice franco-ukranienne
Chana Orloff.pptx Sculptrice franco-ukranienne
 
Bibdoc 2024 - Les intelligences artificielles en bibliotheque.pdf
Bibdoc 2024 - Les intelligences artificielles en bibliotheque.pdfBibdoc 2024 - Les intelligences artificielles en bibliotheque.pdf
Bibdoc 2024 - Les intelligences artificielles en bibliotheque.pdf
 

Biodiversité moléculaire des écotypes de chèvres (Capra hircus) du Cameroun

  • 1.
  • 2. Bienvenue à Soutenance publique de thèse de Doctorat/PhD Biotechnologies et Productions Animales Option: Amelioration Génétique et Systèmes de Production Félix Meutchieye Ing. Agro., MSc République du Cameroun Republic of Cameroon Peace – Work - Fatherland Université de Dschang University of Dschang Scholae Thesaurus Dschangensis Ibi Cordum Faculté d’Agronomie et des Sciences Agricoles Faculty of Agronomy and Agricultural Sciences Département des Productions Animales Department of Animal Production 2
  • 3. Biodiversité moléculaire des écotypes de chèvres (Capra hircus) du Cameroun 3 Titre:
  • 4. Plan de l’exposé • Introduction • Matériels et Méthodes • Résultats et discussions • Conclusions et perspectives 4
  • 5. 5 Biodiversité = la variabilité des organismes vivants de toute origine (Nations Unies, 1992) => Capital vital global Figure 2: Différentes échelles de la biodiversité Introduction
  • 6. Introduction 6 Enjeu mondial: effets néfastes des changements climatiques : la biodiversité  la sécurité alimentaire (FAO, 2010). Les animaux domestiques sont un maillon clé dans la recherche des réponses durables (FAO, 2008). Figure 1: Illustration d’une scene de vie dans un environnement semi- aride Declaration de Malabo % role élevage (AU, 2014) : - Resilience de + 70% des petits producteurs -Accroissement de + 30% de l’investissement
  • 7. 7 Marqueurs génétiques:  Phénotypiques: couleur, resistance... hérédité simple  Biochimiques: isoenzymes/isozymes  Moléculaires (ADN): RFLP, RAPD, AFLP, SSR, ADNmt Figure 3: Polymorphisme de l’ADN avec des marqueurs microsatellites Introduction Etude de diversité Marqueurs moléculaires neutres
  • 8. Introduction 8 Problème global : Erosion des RGAn dans le monde Solution globale: Déclaration d’Interlaken (FAO, 2007) Situation régionale : Variable et pauvre en Afrique Figure 4: Statut des stratégies et plans d’action de gestion des ressources génétiques animales par région (Source: FAO, 2015)
  • 9. Figure 5 : Risques d’érosion génétique chez les animaux domestiques (FAO, 2015) 9 Introduction Croissance numerique importante 30% du cheptel mondial en Afrique Interet specifique en raison de sa riche diversite biologique
  • 11. Introduction 11 Descriptions majoritairement morpho-physiques (Doutresoulle, 1947; Epstein, 1951 et 1962 ; Devendra et Burns, 1982 ; Lauvergne et al., 1993; Meutchieye, 2008). Appellations => la variabilité (Epstein, 1962; Wangtchibing, 1990; Le Gal et Planchenault, 1993 ; Devendra et Burns, 2001), Aucune évaluation biomoléculaire (FAO et al., 2003 ; RC, 2012) . Part de la variabilité moléculaire dans le polymorphisme phénotypique des écotypes de chèvres du Cameroun? Hypothèse de travail : La diversité caprine au Cameroun est le fait de la variabilité agro-écologique
  • 12. Introduction 12 Objectif général: Contribuer à une meilleure connaissance de la chèvre locale du Cameroun Objectifs spécifiques : déterminer les caractéristiques majeures du polymorphisme de • 8 écotypes caprins du Cameroun à partir de 12 et 17 marqueurs microsatellites hétérologues et homologues; • l’ADN mitochondrial des 8 écotypes caprins;
  • 13. Introduction 13 Objectifs spécifiques (suite): • En déduire la structure et les relations phylogénétiques des 8 écotypes, et enfin, • Evaluer l’efficacité relative des approches utilisées dans la caractérisation de la diversité moléculaire. En vue de leur amélioration génétique et de leur préservation
  • 14. 14 Matériels & Méthodes Figure 7 : Carte des zones agro-écologiques du Cameroun (Source : IRAD, 2008) Zones d’étude Cinq (05) zones agro- écologiques du Cameroun: Soudano-sahélienne  Hautes savanes guinéennes Hautes terres de l’Ouest Forestière humide à régime pluviométrique monomodal  Forestière humide à régime pluviométrique bimodal
  • 15. 15 Matériels & Méthodes Ecotypes Types morphologiques Mensurations Robe Objectifs Sahelienne (CHSHL) Longipes HG ≥65cm;PV =20-45kg Plus blanche Viande, peau, lait Kirdi (CHKRD) Longipes-Mediopes HG≈ 60cm; PV=20-35kg Variable Viande, peau, lait Djallonke SG (DJHSG) Longipes-Mediopes HG≤ 60cm; PV=15-40kg Variable Viande, peau (lait) Djallonke OU (DJHTOU) Longipes-Brevipes HG≤ 60cm; PV=15-30kg Variable Viande et petits Djallonke NW (DJHTNW) Longipes-Brevipes HG≤ 60cm; PV=15-30kg Variable Viande Djallonke FC (DJFOC) Brevipes HG≤ 55cm; PV=15-25kg Variable Viande Djallonke FE (DJFOE) Brevipes HG≤ 55cm; PV=15-25kg Variable Viande Djallonke Cotes (DJCOT) Brevipes HG≤ 55cm; PV=15-25kg Variable Viande Sources: Douffissa (1983 et 1986), Yaya (1988), Lauvergne et al. (1993), Ngo Tama et al. (1996), Planchenault et Boutonnet (1997) ; Meutchieye et al. (2008) et Choupamom (2009) Tableau 1 : Principales caractéristiques des écotypes caprins du Cameroun
  • 16. 16 Matériels & Méthodes Figure 8 : Photos des écotypes de chèvres étudiées (Source : Meutchieye)
  • 17. 17 Matériels & Méthodes Echantillonnage et collecte des tissus Des poils et sang des chèvres adultes (males et femelles), non apparentées étaient choisis au hasard dans des exploitations Tableau 2 : Répartition des échantillons par période et écotypes De l’ADN obtenu du sang de 21 chèvres locales (petite chèvre orientale africaine = East African Small Goat)
  • 18. 18 Matériels & Méthodes Tache de sang sec Figure 9 : Photo du sang sur une carte FTA (Source : Meutchieye)
  • 19. 19 Matériels & Méthodes Extraction de l’ADN génomique Figure 10 : Schéma du protocole d’extraction de l’ADNg du sang séché de chèvre (Sambrook et al., 1989)
  • 20. 20 Matériels & Méthodes Vérification de la qualité et normalisation l’ADN génomique Figure 11 : Profil de teneur d’ADNg d’un extrait de sang de chèvre OD260/OD280
  • 21. 21 Matériels & Méthodes Tab. 7 : Caractéristiques des microsatellites hétérologues utilisés (FAO, 2004b) Choix des microsatellites hétérologues et homologues
  • 22. 22 Matériels & Méthodes Tab. 8 : Caractéristiques des microsatellites homologues utilisés (FAO, 2011a)
  • 23. 23 Matériels & Méthodes Tableau 9 : Composition du ready mix pour amplification des microsatellites hétérologues
  • 24. 24 Matériels & Méthodes Tableau 10 : Composition du ready mix pour amplification des microsatellites homologues
  • 25. 25 Matériels & Méthodes Tableau 11 : Profil thermique d’amplification par PCR des échantillons Figure 12 : Fragments amplifiés sur gel d’agarose 2%
  • 26. 26 Matériels & Méthodes Génotypage et analyses des fragments Figure 13 : Electrophérogrammes mono et polymorphe du microsatellite INRA063
  • 27. 27 Matériels & Méthodes Choix de la séquence de la boucle D de l’ADNmt Tableau 12: Caractéristiques des amorces de l’ADNmt (position 15711 à 16489) Source: Sardina et al., (2006).
  • 28. 28 Matériels & Méthodes Tableau 13 : Composition du ready mix pour amplification de la séquence de boucle D de l’ADNmt Tableau 14 : Profil thermique de la PCR pour la boucle D de l’ADNmt
  • 29. 29 Matériels & Méthodes Figure 14 : Schéma du protocole de purification de l’ADNmt de chèvre Purification de l’ADNmt
  • 30. 30 Matériels & Méthodes Figure 15 : Profil des fragments amplifiés sur gel d’agarose 1% Génotypage et analyses des fragments Et 83 accessions pour l’identification de la sequence consensus Un total de 28 séquences caprines d’alignement disponibles de GenBank a été considéré: 06 d’Afrique de l’est (Tanzanie) ; 06 d’Europe occidentale (Espagne, France, Suisse et Italie) ;06 du Moyen Orient (Egypte, Iran et Turquie) ; 06 du sud-est asiatique (Chine et Inde) ; 03 d’Asie centrale (Azerbaïdjan, Laos et Mongolie) ; 01 du Pacifique (Australie).
  • 31. 31 Matériels & Méthodes Evaluation des indicateurs de diversité génétique Diversité génétique intra population Protocole de Peakall et Smouse (2009) sous GenAlex 6.0. Les paramètres considérés ont été les suivants : - Nombre moyen d’allèles par locus -Fréquence allélique: estimée selon (Nei, 1968). - Déviation à l’Equilibre de Hardy Weinberg : estimée au seuil de 5%. -Hétérozygotie et diversité de gène : estimations de Ho et de He calculées selon Nei (1978). -Taux de polymorphisme : directement estimé dans l’échantillon étudié. - Coefficient de consanguinité FIS: mesure de l’écart des individus à l’état hétérozygote dans la population.
  • 32. 32 Matériels & Méthodes Diversité génétique interpopulation Protocole de Peakall et Smouse (2012) sous GenAlex 6.5. - Nombre d’allèles privés : mesure de la richesse allélique spécifique ; - F statistiques de Wright : indices de fixation (FIS), de différenciation (FST) et de consanguinité globale (FIT). - Corrélations croisées des FST : estiment l’identité et la divergence des écotypes ont été calculées sous Arlequin et sous GenAlex 6.5 - Flux de genes (Nm) : mesure la différenciation génétique au sein de la population globale sous l’effet des migrants effectifs par génération. - Index de Shannon (sHa): mesure de la richesse globale de la population. - Contenu de l’Information Polymorphique (PIC): estimé des fréquences alléliques des sujets distants de chaque écotype. - Distances génétiques et relations: construction du dendrogramme Neighbour Joining (NJ) a été faite sous PowerMarker V.3.25 selon Liu et Mouse (2005) pour estimer les distances génétiques Ds de Nei entre des paires d’écotypes de chèvres sur la base des marqueurs microsatellites.
  • 33. 33 Diversité génétique interpopulation (suite) - Analyse par Composantes Principales (ACP): Composantes Principales estimées obtenues avec les programmes PowerMarker V.3.25 et Darwin 3.0. - Edition et la correction du brin inverse des fragments amplifiés de l’ADNmt : faites sous Chromas Lite. Alignement et estimation des Mutations effectués sous Clustal X.2 et ATGC PhySic Online. - Séquence consensus : mise en évidence sous DNAsp et MEGA5 sur la base des séquences tirées du GenBank. - Haplogroupes et Haplotypes : déterminés ainsi que leur paramètres associés (nombre, diversité et clades) sous les programmes MEGA5, DNAsp, NetWork 4.6.0.0 sur la base des séquences de référence boucle D de l’ADNmt de chèvres dans la base GenBank selon la procédure de Naderi et al. (2007) et Vacca et al. (2010). - Arborescence phylogénétique (variabilité des clades) : construite sous les programmes MEGA5, FigTree et SplisTree).
  • 34. 34 Analyses statistiques Les différents indices ont été calculés sous le logiciel Arlequin 3.5.1.3 pour des niveaux de signification obtenus à 10.000 permutations (Schneider et al., 1997). Le test de sphéricité de Barlett a été utilisé pour évaluer la nullité de l’hypothèse des corrélations croisées entre indices (Tanagra, 2012). Le modèle statistique du PIC est le suivant: L’Analyse de la Variance Moléculaire (AMOVA) estimée en utilisant les procédures décrites par Weir et Cockerham (1984), Excoffier et al. (1992) et Weir (1996) sous GenAlex 6.0 et Arlequin 3.5.1.3. L’estimation du niveau dilution (admixture) de la population caprine a été faite selon l’approche Pritchard et al. (2000), et Falush et al. (2003 et 2007). L’algorithme utilisé était Bayesien. Matériels & Méthodes
  • 35. 35 Analyses statistiques Les différents indices ont été calculés sous le logiciel Arlequin 3.5.1.3 pour des niveaux de signification obtenus à 10.000 permutations (Schneider et al., 1997). Le test de sphéricité de Barlett a été utilisé pour évaluer la nullité de l’hypothèse des corrélations croisées entre indices (Tanagra, 2012). Le modèle statistique du PIC est le suivant: L’Analyse de la Variance Moléculaire (AMOVA) estimée en utilisant les procédures décrites par Weir et Cockerham (1984), Excoffier et al. (1992) et Weir (1996) sous GenAlex 6.0 et Arlequin 3.5.1.3. L’estimation du niveau dilution (admixture) de la population caprine a été faite selon l’approche Pritchard et al. (2000), et Falush et al. (2003 et 2007). L’algorithme utilisé était Bayesien. Matériels & Méthodes
  • 36. 36 Résultats & Discussions R1: Biodiversité génétique des écotypes caprins à partir des microsatellites hétérologues • Nombre d’allèles: 0 à 6 pour l’ensemble des écotypes avec une de 2 (1,833 pour l’écotype DJCOT à 2,833 pour l’écotype CHKRD). L’écotype DJFOE est le plus monomorphique. • Taux d’hétérozygoties : Ho et He plus élevés pour l’écotype DJHSG (0,825) => taux de consanguinité plus faible, donc un système de reproduction plus contrôlé. • Index de fixation (F) : DJFOE présente un excès d’homozygotie = forte situation de consanguinité par rapport à une population panmictique alors que les autres écotypes présentent plutôt un excès d’heterozygotie De manière générale, une riche biodiversité génétique caractérise la très grande majorité des écotypes considérés (82,5%).
  • 37. 37 Résultats & Discussions Table 15 : PIC, diversité de gène et estimés de Fst en fonction des microsatellites
  • 38. 38 Résultats & Discussions Tableau 16: Pourcentage des locus polymorphiques par écotype
  • 39. 39 Résultats & Discussions Tableau 17 : Tests de probabilités de l’équilibre de Hardy Weinberg par marqueur et en fonction de l’écotype
  • 40. 40 Résultats & Discussions Tableau 18 : Fréquence des allèles privés en fonction des écotypes 7 marqueurs pour 10 alleles privés dont 3 pour DJHTNW
  • 41. 41 Résultats & Discussions DJHSG DJFOE DJHTO CHSHL DJHTNW CHKRD DJCOT DJFOC Coord.2 Coord. 1 CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké des Hautes savanes guinéennes; DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord- Ouest; DJFOC= Chèvre Djallonké de la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre Djallonké de la région côtière Figure 16 : Analyse par Coordonnées Principales des écotypes caprins du Cameroun
  • 42. 42 Résultats & Discussions CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké des Hautes savanes guinéennes; DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord- Ouest; DJFOC= Chèvre Djallonké de la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre Djallonké de la région côtière Figure 17 :Structure des populations caprines du Cameroun
  • 43. 43 Résultats & Discussions CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké des Hautes savanes guinéennes; DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord-Ouest; DJFOC= Chèvre Djallonké de la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre Djallonké de la région côtière Figure 18: Relations phylogénétiques entre les écotypes caprins du Cameroun
  • 44. 44 Résultats & Discussions R2: Biodiversité génétique des écotypes caprins à partir des microsatellites homologues - Nombre d’allèles : 1 à 10 pour l’ensemble des écotypes. Jusqu'à 11 pour les types génétiques CHKRD et EASG. C’est l’écotype DJFOE qui a été le plus monomorphique - Taux d’hétérozygoties : Ho et He varient de 0,052 (écotype DJFOE) à 0,550 (écotype CHSHL), et 0,232 (écotype DJFOE) à 0,644 (écotype CHSHL). EASG a la variabilité génétique la plus importante avec Ho = 0,665 et He = 0,706. - Index de fixation (F): variable. L’écotype DJFOE présente une très forte situation de consanguinité (F = -0,48). La très grande majorité des écotypes considérés (83%) résentent une riche très biodiversité génétique.
  • 45. 45 Résultats & Discussions Table 19 : PIC, diversité de gène et estimés de FST en fonction des microsatellites
  • 46. 46 Résultats & Discussions Tableau 20: Pourcentage des locus polymorphiques en fonction de l’écotype
  • 47. 47 Résultats & Discussions •EASG = East African Small Goat ; CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké des Hautes savanes guinéennes; DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord-Ouest; DJFOC= Chèvre Djallonké de la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre Djallonké de la région côtière * P<0,05 ; ** P<0,01 ; *** P<0,001 Tableau 21 : Tests de probabilités de l’équilibre de Hardy Weinberg par marqueur et en fonction de l’écotype
  • 48. 48 Résultats & Discussions Tableau 22: Fréquence des allèles privés en fonction de l’écotype 11 marqueurs pour 23 alleles privés dont 9 pour EASG
  • 49. 49 Résultats & Discussions Entre Ecotypes 6% Entre Indiv 45% Intra Indiv 49% Pourcentages de la Variance Moleculaire Figure 19 : Représentation graphique de l’AMOVA des caprins du Cameroun
  • 50. 50 Résultats & Discussions EASG DJFOC DJFOE CHKRD DJCOT DJHSG DJHTNW DJHTO CHSHL Coord.2 Coord. 1 EASG = East African Small Goat ; CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké des Hautes savanes guinéennes; DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord-Ouest; DJFOC= Chèvre Djallonké de la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre Djallonké de la région côtière Figure 20: Analyses par Coordonnées Principales des écotypes caprins
  • 51. 51 Résultats & Discussions EASG = East African Small Goat ; CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké des Hautes savanes guinéennes; DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord-Ouest; DJFOC= Chèvre Djallonké de la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre Djallonké de la région côtière Figure 21 : Structure des populations caprines du Cameroun par des microsatellites homologues
  • 52. 52 Résultats & Discussions EASG = East African Small Goat ; CHSHL = Chèvre Sahélienne ; CHKRD= Chèvre Kirdi ; DJHSG= Chèvre Djallonké des Hautes savanes guinéennes; DJHTOU= Chèvre Djallonké des Hautes terres de l’Ouest ; DJHTNW= Chèvre Djallonké des Hautes terres du Nord-Ouest; DJFOC= Chèvre Djallonké de la Forêt-Centre ; DJFOE= Chèvre Djallonké Forêt-Est ; DJCOT = Chèvre Djallonké de la région côtière Figure 22: Interrelations estimées entre les écotypes de chèvres du Cameroun
  • 53. 53 Résultats & Discussions R3 : Biodiversité génétique des écotypes caprins à partir de l’ADNmt Figure 23 : Vue partielle de l’alignement des séquences de la position 309 à 659
  • 54. 54 Résultats & Discussions Tableau 23 : Taux moyen de substitution des nucléotides de l’ADNmt des caprins en fonction de différents modèles
  • 55. 55 Résultats & Discussions Figure 24: Principaux clades à partir des mutations de l’ADNmt chez les chèvres du Cameroun
  • 56. 56 Résultats & Discussions Figure 25 : Origines phylogéniques des chèvres du Cameroun à partir de l’ADNmt
  • 57. 57 Résultats & Discussions Figure 26: Diversité des haplogroupes des chèvres du Cameroun à partir de l’ADNmt
  • 58. 58 Résultats & Discussions R4 : Efficacité comparée des méthodes d’évaluation de diversité moléculaire caprine Les microsatellites homologues plus polymorphes que les microsatellites hétérologues (4 regroupements possibles). L’analyse de l’ADNmt a fait ressortir 5 clades, et uniquement en rapport avec la diversité des origines maternelles. En considérant les relations phylogénétiques, il apparaît que ce sont les microsatellites homologues qui donnent des résultats les plus vraisemblables au regard de la répartition géographique des écotypes.
  • 59. 59 Résultats & Discussions Les microsatellites ont permis l’identification des allèles privés (plus important pour le jeu de microsatellites homologues) L’analyse de l’ADNmt a été un outil complémentaire, notamment la formation des clades sur la base des fréquences de mutations et d’évolution minimum enregistrés. Le matériel génétique de base dans cette étude a été chromosomique (microsatellites) et mitochondrial (ADNmt). Pris individuellement, l’effectivité de l’évaluation de la diversité n’a pas été uniforme comme il apparaît selon les méthodes, aussi bien, sur le plan intra qu’inter-population.
  • 60. 60 Conclusion Les écotypes de chèvres du Cameroun ont une importante diversité génétique, intra et inter écotypes. Elles constituent une part spéciale dans la biodiversité animale mondiale. Cette richesse génétique est le pilier de la création des races, de leur amélioration en vue d’une bonne exploitation et encore mieux de leur préservation. Le polymorphisme relatif des microsatellites homologues indiquent une meilleure aptitude de ce dernier groupe pour des analyses de diversité plus élargies.
  • 61. 61 Conclusion L’existence des allèles privés au sein des écotypes constitue un atout majeur dans l’évaluation de l’adaptation des chèvres. Les perturbations de l’Equilibre de Hardy Weinberg ont eu pour facteurs le flux de gènes et la dilution par croisements hasardeux entre écotypes. Le flux de gènes bien que source de variation génétique, il aboutira à l’uniformisation génotypique et donc à une sérieuse perte de biodiversité s’il est constant.
  • 62. 62 Conclusion Les 8 écotypes caprins considérés sont distincts génétiquement, formant 4 groupes (certains se comportant comme des hybrides entre types extrêmes). Le peuplement caprin du Cameroun des origines maternelles multiples et est du plus grand Haplogroupe A. Le niveau de diversité des haplotypes des écotypes est élevé. L’étude met en évidence la richesse génétique des écotypes caprins du Cameroun et leurs interrelations.
  • 63. 63 Recommandations et perspectives Recommandations :  Utilisation des poils et adaptations des méthodes pour des analyses moléculaires du bétail pour des raisons économiques;  L’application préférentielle du panel microsatellites homologues;  Documentation/information publique sur les types génétiques caprins du Cameroun;  Développement d’un plan d’amélioration des caprins du Cameroun et appui aux initiatives actuelles (Stations spécialisées et groupements)
  • 64. 64 Recommandations et perspectives Perspectives : L’étude du polymorphisme de l’ADNmt pourrait être complétée par l’analyse de la séquence SRYM18 transmise uniquement par les mâles à la descendance chez les caprins du Cameroun. L’analyse métagénomique permettrait d’associer les mutations et délétions identifiées aux phénotypes spécifiques des écotypes caprins du Cameroun. Le polymorphisme du nucléotide monocaténaire (Single nucleotide polymorphisms -SNPs) pourrait être appliqué dans des investigations futures. Enfin, cette investigation pourrait être étendue aux pays limitrophes avec qui il y a échanges du matériel génétique
  • 66. 66