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Gérer ses références bibliographiques : sortir de RefWorks Bibliothèque Michel Serres
Outils et solutions Ecole Centrale de Lyon- Septembre 2009
Gérer ses références bibliographiques
Sortir
du logiciel
PRESENTATION
L'Ecole centrale de Lyon va arrêter son abonnement à l'outil de gestion bibliographique Refworks
car elle juge qu'il ne garantit pas un niveau suffisant de protection des données des chercheurs et
des informations à caractère personnel. L'arrêt sera effectif à compter du 1er janvier 2010.
Afin de faciliter la transition vers de nouveaux outils, la bibliothèque vous accompagnera durant
les mois qui suivent. Ce document liste un ensemble d’outils pertinents utilisables du niveau
« élève 1ère année » au niveau « Chercheur ».
PRINCIPES :
La plupart des outils de gestion de références bibliographiques disposent de fonctions d’import-export
de leur base de données.
La marche à suivre consistera à :
1. Identifier un outil compatible avec votre traitement de texte vous servant à rédiger vos
documents (articles, rapports, thèses,…)
2. Exporter tout ou partie de sa base de données depuis Refworks sous la forme d’un fichier
dans un format identifié
3. Importer le fichier précédemment exporté dans un nouveau logiciel supportant ce format
POINTS CLÉS :
 Identifier les formats compatibles entre l’ancien et le nouvel outil (privilégier RIS)
 Identifier les données non standards (champs personnalisés, tag, notes)
 Penser aux fichiers joints (pdf d’articles,...) qu’il faudra réintroduire dans le nouvel outil
 Procéder si possible à un test sur une partie de sa base avant toute opération globale
OUTILS PROPOSÉS :
Utilisateurs WORD ou OpenOffice Utilisateurs LaTeX
 Zotero  BibTeX
 Bibus  JabRef
 EndNote  BibDesk
Découvrez de nouveaux outils et les comparer avec la base ECLORE (Inist/CNRS) :
http://eclore.veille.inist.fr/-/Eclore/?Eclore=interro
http://bibli.ec-lyon.fr/Formation 1

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Outils et solutions Ecole Centrale de Lyon- Septembre 2009
UTILISATEURS DE MICROSOFT ORD OU
ZOTERO
 Type d’outil : installation sur poste utilisateur (extension du navigateur Firefox)
 Statut : gratuit et libre
 Plate-forme : tout type de plate-forme supportant le navigateur Firefox
 Version recommandée : 1.0.10
 Fonctions travail collaboratif : Oui ; en test sur version 2.0+ (nombreuses autres
fonctionnalités)
 Téléchargement : http://www.zotero.org
 Ressources :
o Descriptif [fr] : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/zotero
o Actualités [fr] : http://zotero.hypotheses.org
o Tutoriels [fr] :
 Documentation officielle http://www.zotero.org/support/fr/start
 Introduction sur le site de l’Urfist PACA : http://tinyurl.com/lqc4mq
 Manuel des Hôpitaux de Lyon (44 pages) : http://tinyurl.com/cpar95
 Manuel de formation de Lyon 1 : http://tinyurl.com/yck7gmz
 Site de l’EHESS : http://lodel.ehess.fr/cerc/document.php?id=259
 Présentation : http://tinyurl.com/n7ldfx
 Présentation : http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_fi/Zotero_1_2008.pdf
 Tutoriels de l’UPMC : http://tinyurl.com/kl8dfz
 Procédure d’import-export :
o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic
Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou
« envoyer par email »
o Dans Zotero : Cliquer sur « Actions » et cliquer sur Importer… ; choisir le
fichier. Note : des problèmes d’encodage des caractères accentués peuvent survenir
Cas des fichiers joints : sélectionner une référence dans Zotero, cliquer sur , choisir « Attach
Stored Copy of File… » et sélectionner le fichier. Ou procéder par glisser-déposer de
l’explorateur de fichiers vers Zotero
BIBUS
 Type d’outil : installation sur poste utilisateur
 Statut : gratuit et libre
 Plate-forme : UNIX-like, Windows, MacOS X
 Version recommandée : 1.5rc1
 Fonctions travail collaboratif : partage de la base de données possible sur un réseau
 Téléchargement : http://sourceforge.net/projects/bibus-biblio/
 Ressources :
o Descriptif [fr] : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/bibus
o Tutoriels [fr] :
 Documentation officielle : http://tinyurl.com/3o3anl
http://bibli.ec-lyon.fr/Formation 2

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Outils et solutions Ecole Centrale de Lyon- Septembre 2009
 Diaporama : http://www.projet-plume.org/files/Bibus_journee_PLUME.pdf
 Procédure d’import-export :
o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic
Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou
« envoyer par email »
o Dans Bibus : Fichier > Importer > choisir “RIS” et UTF-8 en encodage de fichier
Cas des fichiers joints : Sélectionnez une référence. Menu « Référence » > Editer la référence.
Dans la fenêtre d’édition > onglet « Fulltext files » > chercher le fichier via pour le
champ « File/URL ». Note : la procédure peut être automatisée via les noms de fichiers
EndNote
 Type d’outil : installation sur poste utilisateur
 Statut : payant et propriétaire
 Plate-forme : Windows, MacOS X
 Version recommandée : EndNote X+
 Fonctions travail collaboratif : possibilité de couplage avec un compte EndNote Web qui
dispose de fonctions de travail collaboratif
 Téléchargement : http://www.endnote.com
 Ressources :
o FAQ [en] : http://www.endnote.com/support/faqs/index.asp
o Tutoriel [fr] de l’Université de Laval : http://tinyurl.com/kjlh8a
o Présentations des Urfist [fr] :
 http://urfist.u-strasbg.fr/supports/bddbi_fi/EndNote_1_2008.pdf
 http://tinyurl.com/l7txdp (plusieurs supports pour EndNote X, X1, X2)
 Procédure d’import-export :
o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic
Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou
« envoyer par email »
Voir : http://www.endnote.com/support/Faqs/Import/faq13.asp
o Dans EndNote : Ouvrir une base existante ou créer une nouvelle base.
Puis Fichier > Import… > choisir le fichier d’import et « Reference Manager (RIS) »
dans les options d’import. Note : les doublons peuvent être supprimés ou signalés et
l’encodage modifié à l’import
Cas des fichiers joints : Sélectionnez une référence. Puis menu Références > PDF > « Lier à un
PDF… »
UTILISATEURS DU LOGICIEL
Format et outils BibTeX
BibTeX est un puissant outil logiciel permettant aux auteurs utilisant LaTeX de gérer leurs références
bibliographiques lors de la rédaction d’un document. Par extension, BibTeX désigne aussi le format de
fichier contenant les références bibliographiques dans l’environnement LaTeX.
Il existe des logiciels facilitant la saisie, la recherche et la gestion des références, basés sur BibTeX. Ces
logiciels disposent de fonctions avancées comme l’interrogation de bases de données distantes (ArXiv,
Pubmed, etc.) ou la recherche dans des fichiers attachés (pdf d’articles, etc.). Plus d’information :
 http://www.projet-plume.org/fr/fiche/bibtex
 http://www.eleves.ens.fr/home/peyre/BibTeX.pdf
http://bibli.ec-lyon.fr/Formation 3

4.
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JabRef
 Type d’outil : interface graphique de gestion de références bibliographiques ; installation sur
poste utilisateur
 Statut : gratuit et libre
 Plate-forme : UNIX-like, Windows, MacOS X (nécessite une machine JAVA)
 Version recommandée : 2.5
 Fonctions travail collaboratif : partage du fichier de base de données (BibTeX) possible
 Téléchargement : http://jabref.sourceforge.net/download.php
 Ressources :
o Descriptif [fr] : http://www.projet-plume.org/fr/fiche/jabref
o Tutoriel [fr] :
 Documentation officielle : http://jabref.sourceforge.net/help/fr/Contents.php
 Court tutoriel : http://stephlefevre.free.fr/logiciels/JabRef.php
 Diaporama : http://www.projet-plume.org/files/jabref.pdf
 Procédure d’import-export :
o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « Bibliographic
Software (EndNote, Reference Manager, ProCite) » puis choisir « télécharger » ou
« envoyer par email »
o Dans JabRef : Fichier > Importer dans une nouvelle base. Les clés BibTeX sont
générées automatiquement. Les doublons sont identifiés pour suppression éventuelle
Cas des fichiers joints : double-cliquer sur une référence > dans l’onglet , puis cliquer
sur au niveau de l’entrée « File » et choisir le fichier (pdf,….) à lier à la référence
BibDesk
 Type d’outil : interface graphique de gestion de références bibliographiques ; installation sur
poste utilisateur
 Statut : gratuit et libre
 Plate-forme : MacOs X
 Version recommandée : v1.3.21
 Fonctions travail collaboratif : partage du fichier de base de données (BibTeX) possible
 Téléchargement : http://bibdesk.sourceforge.net
 Ressources :
o Descriptif [fr] : http://www.framasoft.net/article4272.html
o Documentation [en] : http://bibdesk.sourceforge.net/manual/
o Support [en] : http://sourceforge.net/apps/mediawiki/bibdesk/index.php
o BibDesk + CiteUlike : http://www.academicproductivity.com/2009/citeulike-bibdesk-
sync-your-references-and-live-smarter/
 Procédure d’import-export :
o Dans Refworks : Outils > Exporter les références > choisir le format « BibTeX –
Refworks ID » ou « Bibliographic Software (EndNote, Reference Manager,
ProCite) » puis choisir « télécharger » ou « envoyer par email »
o Dans BibDesk : Fichier > Ouvrir (choisir l’encodage UTF-8). Dans le cas d’un fichier
RIS, l’extension doit être « .ris ». Sauvegarder ce fichier avant son ouverture.
Cas des fichiers joints : Double-cliquer sur une référence pour ouvrir la fenêtre d’édition.
Sélectionnez le fichier à joindre dans l’explorateur et le déposer dans la zone « Drop Files Here »
http://bibli.ec-lyon.fr/Formation 4