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                             Gap Analysis

           Andy Jarvis, Julián Ramírez, Nora Castañeda, Robert Hijmans and
                                   Jacob Van Etten
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Diversidad




                                               Credit: CIAT
Credit: ICRISAT     Credit: Cary Fowler/GCDT




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                          X

Credit: .Bambo./FLICKR
                              Solanum bulbocastanum

         Papa
   Solanum tuberosum

                                                      Resistencia a Gota
                                                        (Phythophtora infestans)
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Credit: Global Crop Diversity Trust   Credit: CIAT
CGIAR
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Why Gap Analysis?

• CG collections suffer from both over- and
  under- collecting

• Duplications increase costs

• But also significant gaps in the collections
Why Gap Analysis?

• Tool to assess crop genetic and geographical diversity.

• Allows detecting non-fulfilled species collections as well
  as defining which species should be collected and where
  these collections should be focused.

• Assesses the current extent at which the ex situ
  conservation system is correctly holding the genetic
  diversity of a particular genepool.
The Gap Analysis pathway

Taxonomy review   Data gathering   Georeferentiaton




     Final        Gap Analysis      Environmental
recommendations      process        data gathering
The Gap Analysis process
•   Identifying gaps
                          Geographic dimension

                                             Proxy for:
                                             • Diversity
                                             • Possibly biotic traits




    Taxonomic dimension                     Environmental dimension

    Proxy for:                               Proxy for:
    • Range of traits                        • Abiotic traits
H
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The Rugosi and Acutifolii case


        • Section Acutifolii                                                        • Section Rugosi
                –    P. acutifolius                                                         – P. angustissimus
                –    P. acutifolius var. acutifolius                                        – P. filiformis
                –    P. acutifolius var. latifolius                                         – P. carteri
                –    P. acutifolius var. tenuifolius
                –    P. parvifolius




Debouck, D. (2009). Cahiers de Phaséologie – section Rugosi. Retrieved November 3, 2009, from http://isa.ciat.cgiar.org/urg/
Debouck, D. (2009). Cahiers de Phaséologie – section Acutifolii. Retrieved November 3, 2009, from http://isa.ciat.cgiar.org/urg/
Prioritization results
High Priority Taxa (HPT)
• Where to find the most?
High Priority Taxa (HPT)
  • HPT for Rugosi andAreas
        and Protected Acutifolii

                     P. acutifolius var. latifolius

                          Section: Acutifolii




   P. carteri

Section: Rugosi
High Priority Taxa (HPT)
• HPT and Protected Areas
Are there analyses for other crops?

13 crop genepools analyzed, 7 analyses in the pipeline
Recommendations on which taxa are priority to conserve
Maps indicating what and where to collect
Results publicly available at: http://gisweb.ciat.cgiar.org/GapAnalysis/
Taxon-level and genepool level
          priorities
Methodology and code
Methodology
                          Code
Priorities list per genepool
Georeferenced datasets
http://gisweb.ciat.cgiar.org/GapAnalysis/
                                            Gap Analysis
Gracias!
     n.p.castaneda@cgiar.org

      Presentación disponible en:
  http://www.slideshare.net/ciatdapa
http://www.slideshare.net/laguanegna

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Castaneda N - Gap Analysis

  • 1. © Neil Palmer (CIAT) Gap Analysis Andy Jarvis, Julián Ramírez, Nora Castañeda, Robert Hijmans and Jacob Van Etten
  • 3. Diversidad Credit: CIAT Credit: ICRISAT Credit: Cary Fowler/GCDT Credit: Cavagnaro Credit: J. Cherfas/IPGRI Credit: INIAP
  • 4. Usos - Mejoramiento X Credit: .Bambo./FLICKR Solanum bulbocastanum Papa Solanum tuberosum Resistencia a Gota (Phythophtora infestans)
  • 5. Bancos de Germoplasma Credit: Caperton27/FLICKR Credit: IRRI Credit: Global Crop Diversity Trust Credit: CIAT
  • 7. The Svalbard Global Seed Vault Credit: Kitsune Noir/FLICKR
  • 8. Why Gap Analysis? • CG collections suffer from both over- and under- collecting • Duplications increase costs • But also significant gaps in the collections
  • 9. Why Gap Analysis? • Tool to assess crop genetic and geographical diversity. • Allows detecting non-fulfilled species collections as well as defining which species should be collected and where these collections should be focused. • Assesses the current extent at which the ex situ conservation system is correctly holding the genetic diversity of a particular genepool.
  • 10. The Gap Analysis pathway Taxonomy review Data gathering Georeferentiaton Final Gap Analysis Environmental recommendations process data gathering
  • 11. The Gap Analysis process • Identifying gaps Geographic dimension Proxy for: • Diversity • Possibly biotic traits Taxonomic dimension Environmental dimension Proxy for: Proxy for: • Range of traits • Abiotic traits
  • 12. H ig h Pr io rit y Ta xa M ed iu m Pr io rit y Ta xa Lo w Pr io rit y Ta xa Taxa priorization N o co ns er va tio n re qu ir e d
  • 13. The Rugosi and Acutifolii case • Section Acutifolii • Section Rugosi – P. acutifolius – P. angustissimus – P. acutifolius var. acutifolius – P. filiformis – P. acutifolius var. latifolius – P. carteri – P. acutifolius var. tenuifolius – P. parvifolius Debouck, D. (2009). Cahiers de Phaséologie – section Rugosi. Retrieved November 3, 2009, from http://isa.ciat.cgiar.org/urg/ Debouck, D. (2009). Cahiers de Phaséologie – section Acutifolii. Retrieved November 3, 2009, from http://isa.ciat.cgiar.org/urg/
  • 15. High Priority Taxa (HPT) • Where to find the most?
  • 16. High Priority Taxa (HPT) • HPT for Rugosi andAreas and Protected Acutifolii P. acutifolius var. latifolius Section: Acutifolii P. carteri Section: Rugosi
  • 17. High Priority Taxa (HPT) • HPT and Protected Areas
  • 18. Are there analyses for other crops? 13 crop genepools analyzed, 7 analyses in the pipeline Recommendations on which taxa are priority to conserve Maps indicating what and where to collect Results publicly available at: http://gisweb.ciat.cgiar.org/GapAnalysis/
  • 19. Taxon-level and genepool level priorities
  • 24. Gracias! n.p.castaneda@cgiar.org Presentación disponible en: http://www.slideshare.net/ciatdapa http://www.slideshare.net/laguanegna