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Package R Markdown:
Un outil pour générer des pages html avec R Studio

Réunion du Groupe Utilisateurs de R
« FLtauR »
6 Novembre 2013
Sophie LAMARRE – Plateforme GeT-Biopuces à Toulouse
Email: sophie.lamarre@insa-toulouse.fr
Plan
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.

Qu’est-ce que R Markdown?
Cas d’utilisations
Comment ca marche?
Plus de détails
Vers une mise en page personnalisée
Pour aller plus loin
Conclusion
Annexes
2
1. Qu’est ce que R Markdown?
• C’est un package de R qui combiné à R Studio,
permet de créer de manière simplifiée des pages
web.
• Sur la page web on peut mettre:
–
–
–
–
–
–

du code R
le résultat de l‘exécution
des graphiques
des images
des formules
…
3
2. Cas d’utilisations
• Pour créer un cours que l’on veut publier en
ligne (avec Rpubs)
• Pour réaliser un compte rendu avec affichage
des résultats (issu des commandes tapées
dans R), que l’on souhaite communiquer à
d’autres personnes (sans avoir à s’initier au
Latex pour écrire des rapports avec Sweave)
• …
4
3. Comment ca marche?
• Le package « markdown » fonctionne avec le
package « knitr » (à télécharger sur le CRAN
lors de la première utilisation)
• Ce dernier permet d’inclure et d’exécuter le
code R qui génère des tableaux et/ou des
graphiques (au lieu d’insérer les tableaux
et/ou les graphiques exécutés préalablement)
-> reproductibilité des documents
5
3. Comment ca marche?
• On ouvre R Studio
• On créé un fichier R Markdown

6
3. Comment ca marche?
• On enregistre le fichier que l’on vient de créer
(de toute façon, R Studio demandera à ce qu’il porte un nom
pour qu’il puisse transformer le fichier en un format .html).

On appuie sur « Knit HTML »

7
3. Comment ca marche?
• On obtient notre page html générée

8
3. Comment ca marche?
• Dans notre dossier, on a:
– Un fichier .rmd: contenu de la page web

Package Knitr:
Permet la
compilation du
code R

– Un fichier .md: contient le code R traduit (ex: résultats des
tableaux et des graphiques)
Package
markdown:
Génère la
page web

– Un fichier .html: page web créée
– Un dossier « figure »: contient les graphiques, images
créés

9
3. Comment ca marche?
• Si on souhaite publier en ligne notre page:
On clique sur « Publish »

Attention, la page sera publique

10
3. Comment ca marche?
• Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks:
Créer une page web directement à partir du code R!

On clique sur le dernier icône à droite

11
3. Comment ca marche?
• Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks:
Créer une page web directement à partir du code R!

12
4. Plus de détails
• Ajouter du code et voir le résultat:
Le code sur le fichier .Rmd

Le résultat de la page Html

13
4. Plus de détails
• Affichage d’un graphique généré avec R:
Le résultat de la page Html

Le code sur le fichier .Rmd

14
4. Plus de détails
• Insérer un tableau:
Le code sur le fichier .Rmd

Le résultat de la page Html

15
4. Plus de détails
• Insérer une équation:
Le code sur le fichier .Rmd

Le résultat de la page Html

16
4. Plus de détails
• Insérer une image:
Le code sur le fichier .Rmd

Le résultat de la page Html

17
4. Plus de détails
• Insérer un lien vers une page Internet:
Le code sur le fichier .Rmd

Le résultat de la page Html

18
4. Plus de détails
• Insérer une citation:
Le code sur le fichier .Rmd

Le résultat de la page Html

19
5. Vers une mise en page personnalisée
•

Par défaut, la mise en page est un peu sommaire:
– Pas de couleurs
– Tableaux sans bordures
– Texte non souligné
– …

20
5. Vers une mise en page personnalisée
•

On peut grâce à la feuille de style CSS modifier cette mise en page.
La procédure à suivre est la suivante:
– copier la feuille de style CSS nommée “markdown.css” qui se trouve dans le
répertoire du package “Markdown” (endroit où tous les packages sont stockés)
– la renommer
– Modifier la feuille de style avec la mise en page que l’on souhaite (exemple:
couleurs aux titres, bordures aux tableaux …)
– la placer à l'endroit où on a stocké notre fichier .Rmd .
– Ensuite, dans notre fichier .Rmd, on écrit en haut: la ligne suivante entourée de
“<” et “>”:
link href=“my_custom.css” rel=“stylesheet”

21
5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme

Avec mise en forme

22
5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme

Avec mise en forme

23
5. Vers une mise en page personnalisée
Sans mise en forme

Avec mise en forme

24
6. Pour aller plus loin
D’autres fonctionnalités existent et n’ont pas été montrées lors de cette séance:

• Réaliser des graphiques interactifs avec GoogleVis et les afficher sur la page
web créée
http://rpubs.com/gallery/googleVis

• Convertir la page web en format pdf avec Pandoc
Sous Linux, une fois la page web créée:
- Ouvrir une console
- Se placer dans le répertoire où se trouve le fichier « .md »
- Taper: pandoc-s Nom_fichier.md –o Nom_fichier.pdf
Attention: la mise en page est altérée (tableaux déformés, couleurs non originales …).
Sinon, la méthode basique, imprimer dans fichier pdf marche bien aussi!

• Et bien d’autres encore!
25
7. Conclusion
Package intéressant qui permet de créer des
rapports reproductibles sous forme de pages
web, facilement sans avoir à connaître
Le langage Latex ni Html.

26
8. Annexes
Le code .Rmd utilisé dans cette présentation

27
8. Annexes
Le code .Rmd utilisé dans cette présentation

28
8. Annexes
Le code .Rmd utilisé dans cette présentation

29
8. Annexes
Le code .css utilisé dans cette présentation

30
8. Annexes
Le code .css utilisé dans cette présentation

31
8. Annexes
Le code .css utilisé dans cette présentation

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8. Annexes
Le code .css utilisé dans cette présentation

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Presentation r markdown

  • 1. Package R Markdown: Un outil pour générer des pages html avec R Studio Réunion du Groupe Utilisateurs de R « FLtauR » 6 Novembre 2013 Sophie LAMARRE – Plateforme GeT-Biopuces à Toulouse Email: sophie.lamarre@insa-toulouse.fr
  • 2. Plan 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. Qu’est-ce que R Markdown? Cas d’utilisations Comment ca marche? Plus de détails Vers une mise en page personnalisée Pour aller plus loin Conclusion Annexes 2
  • 3. 1. Qu’est ce que R Markdown? • C’est un package de R qui combiné à R Studio, permet de créer de manière simplifiée des pages web. • Sur la page web on peut mettre: – – – – – – du code R le résultat de l‘exécution des graphiques des images des formules … 3
  • 4. 2. Cas d’utilisations • Pour créer un cours que l’on veut publier en ligne (avec Rpubs) • Pour réaliser un compte rendu avec affichage des résultats (issu des commandes tapées dans R), que l’on souhaite communiquer à d’autres personnes (sans avoir à s’initier au Latex pour écrire des rapports avec Sweave) • … 4
  • 5. 3. Comment ca marche? • Le package « markdown » fonctionne avec le package « knitr » (à télécharger sur le CRAN lors de la première utilisation) • Ce dernier permet d’inclure et d’exécuter le code R qui génère des tableaux et/ou des graphiques (au lieu d’insérer les tableaux et/ou les graphiques exécutés préalablement) -> reproductibilité des documents 5
  • 6. 3. Comment ca marche? • On ouvre R Studio • On créé un fichier R Markdown 6
  • 7. 3. Comment ca marche? • On enregistre le fichier que l’on vient de créer (de toute façon, R Studio demandera à ce qu’il porte un nom pour qu’il puisse transformer le fichier en un format .html). On appuie sur « Knit HTML » 7
  • 8. 3. Comment ca marche? • On obtient notre page html générée 8
  • 9. 3. Comment ca marche? • Dans notre dossier, on a: – Un fichier .rmd: contenu de la page web Package Knitr: Permet la compilation du code R – Un fichier .md: contient le code R traduit (ex: résultats des tableaux et des graphiques) Package markdown: Génère la page web – Un fichier .html: page web créée – Un dossier « figure »: contient les graphiques, images créés 9
  • 10. 3. Comment ca marche? • Si on souhaite publier en ligne notre page: On clique sur « Publish » Attention, la page sera publique 10
  • 11. 3. Comment ca marche? • Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks: Créer une page web directement à partir du code R! On clique sur le dernier icône à droite 11
  • 12. 3. Comment ca marche? • Une autre fonctionnalité intéressante Notebooks: Créer une page web directement à partir du code R! 12
  • 13. 4. Plus de détails • Ajouter du code et voir le résultat: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 13
  • 14. 4. Plus de détails • Affichage d’un graphique généré avec R: Le résultat de la page Html Le code sur le fichier .Rmd 14
  • 15. 4. Plus de détails • Insérer un tableau: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 15
  • 16. 4. Plus de détails • Insérer une équation: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 16
  • 17. 4. Plus de détails • Insérer une image: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 17
  • 18. 4. Plus de détails • Insérer un lien vers une page Internet: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 18
  • 19. 4. Plus de détails • Insérer une citation: Le code sur le fichier .Rmd Le résultat de la page Html 19
  • 20. 5. Vers une mise en page personnalisée • Par défaut, la mise en page est un peu sommaire: – Pas de couleurs – Tableaux sans bordures – Texte non souligné – … 20
  • 21. 5. Vers une mise en page personnalisée • On peut grâce à la feuille de style CSS modifier cette mise en page. La procédure à suivre est la suivante: – copier la feuille de style CSS nommée “markdown.css” qui se trouve dans le répertoire du package “Markdown” (endroit où tous les packages sont stockés) – la renommer – Modifier la feuille de style avec la mise en page que l’on souhaite (exemple: couleurs aux titres, bordures aux tableaux …) – la placer à l'endroit où on a stocké notre fichier .Rmd . – Ensuite, dans notre fichier .Rmd, on écrit en haut: la ligne suivante entourée de “<” et “>”: link href=“my_custom.css” rel=“stylesheet” 21
  • 22. 5. Vers une mise en page personnalisée Sans mise en forme Avec mise en forme 22
  • 23. 5. Vers une mise en page personnalisée Sans mise en forme Avec mise en forme 23
  • 24. 5. Vers une mise en page personnalisée Sans mise en forme Avec mise en forme 24
  • 25. 6. Pour aller plus loin D’autres fonctionnalités existent et n’ont pas été montrées lors de cette séance: • Réaliser des graphiques interactifs avec GoogleVis et les afficher sur la page web créée http://rpubs.com/gallery/googleVis • Convertir la page web en format pdf avec Pandoc Sous Linux, une fois la page web créée: - Ouvrir une console - Se placer dans le répertoire où se trouve le fichier « .md » - Taper: pandoc-s Nom_fichier.md –o Nom_fichier.pdf Attention: la mise en page est altérée (tableaux déformés, couleurs non originales …). Sinon, la méthode basique, imprimer dans fichier pdf marche bien aussi! • Et bien d’autres encore! 25
  • 26. 7. Conclusion Package intéressant qui permet de créer des rapports reproductibles sous forme de pages web, facilement sans avoir à connaître Le langage Latex ni Html. 26
  • 27. 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation 27
  • 28. 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation 28
  • 29. 8. Annexes Le code .Rmd utilisé dans cette présentation 29
  • 30. 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation 30
  • 31. 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation 31
  • 32. 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation 32
  • 33. 8. Annexes Le code .css utilisé dans cette présentation 33