UMT SPR CP 2014 06 23
Impact du virus Schmallenberg sur les
performances de reproduction dans les
troupeaux ovins laitiers...
UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte
 Virus Schmallemberg
 Isolement et identification en novembre 2011 (prélèvement
Allemagne...
UMT SPR CP 2014 06 23
Situation en Europe fin Aout 2012
UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte : France
 Période I (été 2011 – 31 aout 2012) : SBV congénital
 1129 élevages ovins confi...
UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte : France : période II
Source Plateforme ESA octobre 2013
BOVINS OVINS
UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte : France – période II
09.2012 10.2012
11.2012 12.2012
Source Plateforme ESA octobre 2013
UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte
 Impact dans les troupeaux avec SBV congénital confirmé
 Source : GDS France 04/06/2012
...
UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte
 Impact dans les troupeaux avec SBV congénital confirmé
 Source : Plateforme ESA octobre ...
UMT SPR CP 2014 06 23
Contexte
 Peu ou pas de données sur exposition / impact
 Peu de données globales de circulation en...
UMT SPR CP 2014 06 23
Objectif de l’étude Schmalovin
 Evaluer impact de la circulation 2012 (2013 ?) sur les
paramètres d...
UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : sélection des élevages
 Elevages ovins laitiers Rayon Roquefort en CLO 2010
 Département 12 ...
UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : localisation des élevages
EFFECTIF
25
15
5
AVEYRON
TARN
UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : calendrier prélèvement lait
de tank
Calendrier IA dans les lots en CLO (193 élevages)
LT LT LT...
UMT SPR CP 2014 06 23
M&M :prélèvements laits individuels
 Elevages en CLO répartis sur toute la gamme de DOtank
 60 bre...
UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : analyse des laits
 ID Screen® Schmallenberg virus Milk Indirect (Idvet)
 Règles d’interpréta...
UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : données reproduction
 Sources : SIEOL, campagnes 2010 à 2014 (février)
 Données individuelle...
UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : analyse statistique
 Unité statistique
 Elevage : ensemble des brebis à l’IA
 Lot de brebis...
UMT SPR CP 2014 06 23
M&M : analyse statistique
 Relation lait individuel / lait de tank
 Régression linéaire / non liné...
UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : relation individuel / tank
 Lait individuels : 3593 laits individuels, 591 positif (16....
UMT SPR CP 2014 06 23
Pourcentage de brebis séropositives (%)
0 20 40 60 80
Ln(%DOtank)
2,0
2,5
3,0
3,5
4,0
4,5
5,0
5,5
Ré...
UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : relation individuel / tank
 Définition de 3 groupes
 G1 = DOtank=< 40 % : séroprévalen...
UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : évolution DOtank
Groupe : ----1 --- 2 --- 3 --- TOUS
Avril 2013 à Février 2014
Origine :...
UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : évolution statuts
troupeaux
 Evolution des statuts des troupeaux
 Résultats similaires...
UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : statuts SBV et repro
 CAMPAGNE 2012-2013
 ADULTES : par élevage
Nb élevages % retour %...
UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : statuts SBV et repro
 CAMPAGNE 2012-2013
 AGNELLES : par élevage
Nb élevages % retour ...
UMT SPR CP 2014 06 23
Résultats : statuts SBV et repro
 CAMPAGNE 2012-2013
 ADULTES : par lot d’IA
% vides Nb lots Effet...
UMT SPR CP 2014 06 23
Discussion
 Schéma d’étude et M&M
 Variations des DOtank : signification biologique ?
 difficulté...
UMT SPR CP 2014 06 23
Discussion
 Résultats
 Forte circulation virale en 2012
 50 % des troupeaux avec séroprévalence >...
UMT SPR CP 2014 06 23
Remerciements
Soutien Financier
Prochain SlideShare
Chargement dans…5
×

Impact du virus Schmallenbergsur les performances de reproduction dans les troupeaux ovins laitiers du Rayon Roquefort - Résultats préliminaires

662 vues

Publié le

Fabien Corbière1,2
1 -UMT Santé des Troupeaux de Petits Ruminants
2 -UMR 1225 IHAP INRA ENVT

Publié dans : Ingénierie
0 commentaire
0 j’aime
Statistiques
Remarques
  • Soyez le premier à commenter

  • Soyez le premier à aimer ceci

Aucun téléchargement
Vues
Nombre de vues
662
Sur SlideShare
0
Issues des intégrations
0
Intégrations
222
Actions
Partages
0
Téléchargements
4
Commentaires
0
J’aime
0
Intégrations 0
Aucune incorporation

Aucune remarque pour cette diapositive

Impact du virus Schmallenbergsur les performances de reproduction dans les troupeaux ovins laitiers du Rayon Roquefort - Résultats préliminaires

  1. 1. UMT SPR CP 2014 06 23 Impact du virus Schmallenberg sur les performances de reproduction dans les troupeaux ovins laitiers du Rayon Roquefort Fabien Corbière1,2 1 - UMT Santé des Troupeaux de Petits Ruminants 2 - UMR 1225 IHAP INRA ENVT Résultats préliminaires
  2. 2. UMT SPR CP 2014 06 23 Contexte  Virus Schmallemberg  Isolement et identification en novembre 2011 (prélèvement Allemagne été 2011 – fièvre et chute de lait)  Orthobunyavirus (Akabane)  Epizootie de malformations congénitales  Première circulation été 2011- hiver 2012  Ovins >= Bovins >> caprins (Buffle, Bison, Chevreuil)  Quasiment tous les pays de l’UE (excepté Portugal, Lituanie, Chypre au début 2013)
  3. 3. UMT SPR CP 2014 06 23 Situation en Europe fin Aout 2012
  4. 4. UMT SPR CP 2014 06 23 Contexte : France  Période I (été 2011 – 31 aout 2012) : SBV congénital  1129 élevages ovins confirmés  2018 élevages bovins confirmés  17 élevages caprins confirmés  Période II (1.09.2012 –31.08.2013) : SBV congénital  2332 élevages avec suspicion(s) (1896 BV, 386 OV, 50 CP)  1834 élevages confirmés (1541 BV, 271 OV, 32 CP)  Période III (1.09.2013 –14.05.2014) : SBV congénital  99 élevages avec suspicion(s) (79 BV, 18 OV, 2 CP)  15 élevages confirmés (12 BV, 2 OV, 1 CP) Source Plateforme ESA octobre 2013
  5. 5. UMT SPR CP 2014 06 23 Contexte : France : période II Source Plateforme ESA octobre 2013 BOVINS OVINS
  6. 6. UMT SPR CP 2014 06 23 Contexte : France – période II 09.2012 10.2012 11.2012 12.2012 Source Plateforme ESA octobre 2013
  7. 7. UMT SPR CP 2014 06 23 Contexte  Impact dans les troupeaux avec SBV congénital confirmé  Source : GDS France 04/06/2012  574 élevages enquêtés (563 lots ovins, 11 lots caprins)
  8. 8. UMT SPR CP 2014 06 23 Contexte  Impact dans les troupeaux avec SBV congénital confirmé  Source : Plateforme ESA octobre 2013  16% (n=44) des élevages ovins atteints en saison II avaient déjà été touchés par le SBV (formes congénitales) en saison I
  9. 9. UMT SPR CP 2014 06 23 Contexte  Peu ou pas de données sur exposition / impact  Peu de données globales de circulation en dehors des déclarations  Peu ou pas de données consolidées sur l’impact en début de gestation (avortements précoces…)  Quelques données sur séroprévalence intra-troupeaux Gache, Vet Rec 2013 N=77 N=78
  10. 10. UMT SPR CP 2014 06 23 Objectif de l’étude Schmalovin  Evaluer impact de la circulation 2012 (2013 ?) sur les paramètres de reproduction  Suivre la circulation 2013  Evaluer le niveau de circulation virale 2012 en élevage ovin laitier  Evaluer le niveau de séroprévalence intra-troupeau
  11. 11. UMT SPR CP 2014 06 23 M&M : sélection des élevages  Elevages ovins laitiers Rayon Roquefort en CLO 2010  Département 12 et 81  Taille supérieure à 50 brebis  Sélection des cantons avec >= 8 élevages (11 cantons)  Liste de 257 élevages sur 357 (72 %)  Lait de tank en analyse de paiement au LIAL Aurillac  228 présents en avril 2013 / 257 (89 %)  Elargissement à l’ensemble des troupeaux ovins laitiers de ces cantons (hors CLO) en mai 2013  Liste de 385 élevages au pointage
  12. 12. UMT SPR CP 2014 06 23 M&M : localisation des élevages EFFECTIF 25 15 5 AVEYRON TARN
  13. 13. UMT SPR CP 2014 06 23 M&M : calendrier prélèvement lait de tank Calendrier IA dans les lots en CLO (193 élevages) LT LT LT LT LT LT 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 Fev 13 Mars Avril Mai Juin Juillet Aout Sept Oct Nov Dec janv-14 Fevrier %deslotsd'IA Adultes Agnelles STATUT « INITIAL » 2013 STATUT « FINAL » 2013 STATUT « INTERMEDIAIRE»
  14. 14. UMT SPR CP 2014 06 23 M&M :prélèvements laits individuels  Elevages en CLO répartis sur toute la gamme de DOtank  60 brebis primipares (ou 2ieme lactation)  Entre 16 avril et 16 mai 2013 (même date intra-troupeau)
  15. 15. UMT SPR CP 2014 06 23 M&M : analyse des laits  ID Screen® Schmallenberg virus Milk Indirect (Idvet)  Règles d’interprétation selon fabricant (Bovin)  Lait individuel : Neg ≤ 50% < Douteux ≤ 60% < Positif  Lait tank : Neg ≤ 30% < Douteux ≤ 40% < Positif  Performances (Bovin)  Lait individuel : Sp = 99.05% [97.2 – 99.7] ; Se = 96.5 % [93.5 – 98.2]  Lait de tank : Sp = 100 % [97.5 – 100.0] ; Se = ? Dilution possible au 1/32
  16. 16. UMT SPR CP 2014 06 23 M&M : données reproduction  Sources : SIEOL, campagnes 2010 à 2014 (février)  Données individuelles  Rang de lactation  Date de mise à la repro, date de mise-bas  N° lot, mode de reproduction  Anomalies repro (vide, avortement avec lait, sans lait)  193 élevages avec données complètes  Sélection des lot d’IA uniquement > 40 brebis de 2019 à 2013  Connaissance plus stricte des performances  83.7% (q1 = 76% ; q3 = 94%) des brebis et 98% (q1 = 91% ; q3=100%) des agnelles  1194 lots adultes ; 990 lots agnelles, 13 mixtes sur les 5 campagnes  58 % de élevages avec 2 lots, 18.1% avec 3 lots  Taille médiane 144 (q1= 94, q3 = 237, maximum 562)
  17. 17. UMT SPR CP 2014 06 23 M&M : analyse statistique  Unité statistique  Elevage : ensemble des brebis à l’IA  Lot de brebis > 40 à l’IA  Brebis à l’IA  Analyse séparée Adultes / Agnelles  Critères de jugement  % brebis / agnelles avec retour en chaleur (mise-bas sur retour)  % brebis / agnelles avortées tardivement (avec ou sans lait)  % brebis / agnelles vides
  18. 18. UMT SPR CP 2014 06 23 M&M : analyse statistique  Relation lait individuel / lait de tank  Régression linéaire / non linéaire après transformation ln des données  Relations statut SBV et performance de reproduction  LOT : régression linéaire mixte avec effet aléatoire élevage  BREBIS : régression logistique effet aléatoire brebis, lot et élevage
  19. 19. UMT SPR CP 2014 06 23 Résultats : relation individuel / tank  Lait individuels : 3593 laits individuels, 591 positif (16.4%), 65 (1.8%) douteux DTX = NEG : Médiane = 10.8 % (q1 = 3.3 ; q3 = 23.3) DTX = POS : Médiane = 12.5 % (q1 = 5.0 ; q3 = 25.0) Prévalence apparente intra-troupeau 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100 0 5 10 15 20 25 Pourcentage de brebis séropositives Pourcentagedesélevages
  20. 20. UMT SPR CP 2014 06 23 Pourcentage de brebis séropositives (%) 0 20 40 60 80 Ln(%DOtank) 2,0 2,5 3,0 3,5 4,0 4,5 5,0 5,5 Résultats : relation individuel / tank  Réduction significative DOtank  avec effectif en lactation : -2.4 % pour 50 brebis supplémentaires  Augmentation du niveau laitier moyen du troupeau en lactation (-6.6 points DOtank / 0.5 litre) R² = 0.68, p<10-4
  21. 21. UMT SPR CP 2014 06 23 Résultats : relation individuel / tank  Définition de 3 groupes  G1 = DOtank=< 40 % : séroprévalence « faible » (< 10 % ?)  G2 = 40% < DOtank =< 90 % : séroprévalence moyenne (10 -25 % ?)  G3 = Dotank > 90 % : séroprévalence « forte » (> 25 % ?) DO tank (%) 0 20 40 60 80 100 120 140 160 PourcentagedebrebisL1séropositives(%) 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100
  22. 22. UMT SPR CP 2014 06 23 Résultats : évolution DOtank Groupe : ----1 --- 2 --- 3 --- TOUS Avril 2013 à Février 2014 Origine :  effet concentration / dilution du lait de tank selon niveau de production?  Circulation SBV ?
  23. 23. UMT SPR CP 2014 06 23 Résultats : évolution statuts troupeaux  Evolution des statuts des troupeaux  Résultats similaires selon les règles fabricant (NEG, POS, DTX) Effectif (% par mois) Avril Mai Juin Nov Janvier Février Groupe 1 95 42.22 82 37.27 108 32.24 147 53.85 161 52.61 151 42.42 Groupe 2 78 34.67 73 33.18 99 29.55 81 29.67 98 32.03 132 37.08 Groupe 3 52 23.11 65 29.55 128 38.21 45 16.48 47 15.36 73 20.51
  24. 24. UMT SPR CP 2014 06 23 Résultats : statuts SBV et repro  CAMPAGNE 2012-2013  ADULTES : par élevage Nb élevages % retour % vides % avortées Moyenne Moyenne Moyenne 2009-2011 170 29.36 a 2.91 a 0.39 a Groupe 1 82 29.99 a 2.94 a 0.28 a Groupe 2 54 30.16 a 3.65 a 0.40 a Groupe 3 34 29.58 a 5.01 b 0.41 a * Tests des rangs pour données appariés Statut d’avril 2013
  25. 25. UMT SPR CP 2014 06 23 Résultats : statuts SBV et repro  CAMPAGNE 2012-2013  AGNELLES : par élevage Nb élevages % retour % vide % avortées Moyenne Moyenne Moyenne 2009-2011 142 18.54 a 7.51 a 0.81 a Groupe 1 74 20.02 a 6.03 a 0.64 a Groupe 2 42 16.32 a 7.44 a 0.57 a Groupe 3 26 19.37 a 9.90 a 1.07 a Tests des rangs pour données appariés Statut d’avril 2013
  26. 26. UMT SPR CP 2014 06 23 Résultats : statuts SBV et repro  CAMPAGNE 2012-2013  ADULTES : par lot d’IA % vides Nb lots Effet P value Référence 2009-2011 3.09 Groupe 1 106 -0.1 0.81 Groupe 2 62 +0.40 0.49 Groupe 3 40 +3.65 <10-4 Modèles linéaires mixtes avec effet élevage, ajusté sur taille des lots et le mois d’IA Statut d’avril 2013
  27. 27. UMT SPR CP 2014 06 23 Discussion  Schéma d’étude et M&M  Variations des DOtank : signification biologique ?  difficultés à définir le statut des troupeaux  Lait de tank : manque de sensibilité et de spécificité  Biais de classification  Impact sur les comparaisons des performances de reproduction ?  Influence du niveau de production  Augmentation significative des Dotank avec la réduction du niveau de production du troupeau (fin de campagne laiti-=ère 2013)  Très variable selon les élevages  Difficultés à faire une estimation précise (décalage date de Contrôle individuel et date de prélèvement lait de tank)
  28. 28. UMT SPR CP 2014 06 23 Discussion  Résultats  Forte circulation virale en 2012  50 % des troupeaux avec séroprévalence > 10 %  Impact circulation SBV  Faible en moyenne sur le Rayon  augmentation % adultes vides dans les élevages fortement séropositifs  N’exclut pas des conséquences fortes ponctuellement  Circulation 2013 ???  Analyse à finalisée…
  29. 29. UMT SPR CP 2014 06 23 Remerciements Soutien Financier

×