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1  sur  33
La génétique pour
améliorer la santé
des bovins
Au sein de l’UMT
webinaire eBIS actu 2
Méthodologie pour la
gestion des populations
- développement de nouvelles
méthodes d’évaluation
génétique (mutations causales,
single step, évaluations en
croisement, interactions GxE)
- gestion des populations
(variabilité génétique, objectifs de
sélection…)
- management des troupeaux
(plans d’accouplements, prédictions
carrière)
Elevages de précision &
nouveaux caractères dans un
contexte de transition
écologique
Caractères :
Efficience alimentaire,
Emission GES
Santé, résilience
Adaptation au changement
climatique
Qualité des produits
Anomalies génétiques…
Dynamique et
expression
des génomes
- Caractérisation des
polymorphismes du
génome
- Méthylation: déterminisme
génétique, lien avec néo-
mutations
- Génétique inverse
- Annotation du génome,
régulation du génome
webinaire eBIS actu 3
Nombreux projets sur les
caractères de santé
Mortalité -
Anomalies
génétiques
Réponse immune
des veaux -
Colostrum
Résistance
aux Tiques
Résistance aux
strongles Sarcosporidiose &
Myosite
éosinophilique
Paratuberculose
Mammites
Lésions podales
Métabolisme –
Mobilisation des
réserves corporelles
Un animal productif,
en bonne santé,
à tous ses stades de
vie
Carnets sanitaires
Lésions podales
Réponse immune
des veaux -
Colostrum
Des caractères faiblement
héritables…
27 mars 2023
webinaire eBIS actu 4
• Les caractères de santé ont souvent des h² faibles (<
10%)
Génétique
Environnement
- élevage;
- saison;
- région
- méth. de mesure…
Erreur
Phénotype
• Héritabilité = part de la performance due à la génétique
à l’interprétation de l’héritabilité
Une h² faible ne signifie pas qu’il
n’y a pas de variabilité génétique
mais que la variabilité totale est
essentiellement non génétique
… mais avec une variabilité souvent
importante qui permet un progrès
génétique
27 mars 2023
webinaire eBIS actu 5
• Le critère le plus important est le coefficient de variation (CVg)
génétique
• Un CVg élevé signifie une variation possible de la moyenne
importante, sous sélection directe ou indirecte
• Exple : corrélation génétique défavorable entre production et fertilité
femelle (-0,40)  forte dégradation dans les années 1980-2000
(-15% pour la fertilité)
Caractère h2 g Moyenne CVg=g/moyenn
e
Lait 0.30 600 kg 8000 kg 7.5 %
Taux protéique 0.50 1.4 g/kg 31 g/kg 4.5%
Fertilité 0.01 5% 40% 12.5%
Mammites
Clin,
0,02 5% 40% 12,5%
La sélection
génomique de la
résistance aux
lésions des
pieds
Un enjeu majeur dans les élevages
laitiers
webinaire eBIS actu 7
• La 3ème cause de réformes
en forte augmentation sur les 20
dernières années
Enquête
Cniel/Idele,
2022
Projet CASDAR 2013 (GénoPedix)
absence de financement
Initiatives individuelles autour de
consortia menées par des
Entreprises de Sélection
Apis-Gene POD² sur la validation
d’outils de collecte et la construction de
population de référence
La collecte des phénotypes
webinaire eBIS actu 8
• Des outils d’enregistrements (tablettes tactiles)
• Un centre de formation unique des pareurs : CFPPA du Rheu
• Plus de 20 lésions décrites dans le référentiel –
harmonisation au sein d’un groupe ICAR
• Pathologies multifactorielles : origines infectieuses,
traumatiques, métaboliques…
• L’éleveur choisit les animaux à parer
Lien
atlas
ICAR
en
Français
2022 : projet d’évolution des
initiatives antérieures vers le Single
Step
webinaire eBIS actu 9
• Des populations de référence largement accrues depuis les premières mises
en place (phénotypes et génotypes)
• Une méthodologie semblable aux autres caractères :
Single Step mis en place au printemps 2022
• Des modèles adaptés aux données :
 Prise en compte des parages successifs d’un animal
 Prise en compte du caractère infectieux de la Dermatite digitée seulement dans
les élevages dans lesquels la dermatite est présente
• Répondre aux attentes et aux spécificités raciales :
 Répondre aux attentes : des OS Holstein et Normande
 MO3 (Umotest) en race Montbéliarde
Plus de 20 lésions dont 11
obligatoires avec des fréquences
variables par patte
webinaire eBIS actu 10
Nom lésion Code Lésion Plage de fréquence
Fracture de la corne FC 0.5 - 2.3%
Fistule Tablon Onglon Interne FTO 0.0 - 0.3%
Limace LI 5.6 - 6.8%
Nécrose de la Pince NP 0.7 - 1.3%
Ouverture Ligne Blanche OBL 8.2 - 15.5%
Panaris PAN 0.3 - 0.4%
Plaie Interdigitée PI 0.4 - 1.0%
Rotation Onglon RT 2.6 - 10.2%
Seime cerclée SC 0.1 - 0.4%
Seime SE 0.6 - 2.7%
Seime Longitudinale Externe SEE 0.2 - 0.2%
Seime Longitudinale Interne SEI 0.8 - 1.4%
Ulcère de la sole US 2.9 - 3.3%
Supérieur à 3%
Regroupement
Nom lésion Code Lésion Plage de fréquence
Abcès Sole AS 0.7 - 1.1%
Autre AUT 1.0 - 1.1%
Bleime Circonscrite BLC 5.1 - 6.8%
Bleime Diffuse BLD 9.6 - 19.8%
Concavité Cerclage Muraille CCM 4.2 - 7.9%
Cerise CE (-> US) 1.7 - 2.9%
Corne Friable CF 0.2 - 0.5%
Coloration Jaune Corne CJC (->BLC) 0.0 - 0.1%
Décollement Corne Talon DCT 0.1 - 0.2%
Dermatite Digitée DER 8.0 - 16.0%
Décollement Sole DS (-> OBL) 3.3 - 3.8%
Erosion Corne Talon ER 18.3 - 26.6%
3 lésions infectieuses
11
Dermatite digitée
(notation 0 à 4)
Erosion de la corne
du talon (notation 0 à 3)
Lien
atlas
ICAR
en
Françai
Limace
(notation 0 à 3)
Infection de la peau digitée et (ou)
interdigitée avec une érosion, une
ulcération souvent douloureuse et (ou)
une hyperkératose ou prolifération
chronique
Erosion de la corne du talon,
typiquement en forme de V
Excroissance interdigitée de
tissus fibreux
4 lésions non infectieuses
12
Bleime Diffuse
(notation 0 à 3)
Ouverture de la
ligne Blanche (notation
0 à 3)
Lien
atlas
ICAR
en
Françai
Ulcère de la sole
(notation 0 à 3)
Coloration diffuse de la sole
de couleur rouge vif à
jaunâtre
OBL demeurant visible après un
parage fonctionnel  inflammation
nécro purulente dans le niveau de
gravité le plus élevé
Trou dans la corne de la sole
laissant apparaitre du tissu vif
ou nécrosé
Bleime Circonscrite
(notation 0 à 3)
Différenciation nette entre la
corne de coloration anormale
et la corne saine colorée
normalement
2 autres lésions d’intérêt
13
Nécrose de la Pince (notation 0 à 3)
Lien
atlas
ICAR
en
Françai
Rotation de l’onglon
(notation 0 à 3)
Nécrose de la pince avec
affection du tissu osseux (3ème
phalange) qui peut entraîner une
amputation
Torsion interne de l’un ou l’autre
des onglons. Le bord dorsal de
la muraille déviant de l’axe du
pied
A l’échelle de la
patte :
• 30 à 45% des pattes
vues sont saines
(aucune des 11
lésions obligatoires)
• 30% = 1 lésion
• 20% = 2 lésions
• 10% = 3 lésions et +
(jusqu’à 9 lésions)
Sélection des données (1)
webinaire eBIS actu 14
• Des femelles dont :
• les 2 parents sont connus
• les 2 pattes arrières (a minima) sont vues lors de la visite par un pareur
• Lactation 1 à 5 avec un contrôle de performance officiel (20 à 25% de perte)
311 732 261 681 1 926 144
Nb de vaches x visite 106 595 75 475 542 386
Nb de vaches x visite avec 2 pattes ARR vues / L1-L5 / CL Officiel 79 190 62 266 438 997
Nb de vaches 44 227 35 032 245 331
dont génotypés 12 034 10 151 34 817
MON - Umotest
Nb de pattes parées de vaches
NOR HOL
Sélection des données (2)
webinaire eBIS actu 15
• Des femelles dont :
• Stade de lactation compris entre 1 et 550 jours
• Parage au moins 120 jours après le précédent (sauf si degré de sévérité
supérieur)
• Phénotype évalué : Synthèse à l’animal avec le degré de sévérité
maximal observé pour chacune des lésions évaluées
• Seulement 12 à 21% des vaches vues sont saines
• Proportion de vaches vues plusieurs fois reste faible (1/3)
Lésion / Degré gravité 0 cumul 1-3 0 cumul 1-3 0 cumul 1-3
ER 66% 33.9% 67% 33.2% 61% 39.2%
DER 76% 24.0% 57% 43.4% 65% 35.0%
BLD 67% 32.7% 71% 29.1% 75% 25.3%
OLB 67% 32.8% 72% 27.7% 83% 17.0%
LI 87% 12.8% 70% 29.9% 86% 13.5%
BLC 86% 14.0% 86% 14.1% 84% 16.0%
US 90% 10.0% 82% 17.7% 87% 13.4%
RO 85% 15.2% 97% 2.8% 95% 5.1%
NP 98% 1.7% 95% 5.2% 97% 3.2%
Sain / atteint 15% 85% 12% 88% 21% 79%
46 - Umotest 56 66
Coût estimé par cas* Lésion / Degré gravité 0 cumul 1-3 0 cumul 1-3 0 cumul 1-3
25 € ER 66% 33.9% 67% 33.2% 61% 39.2%
50 à 350€ DER 76% 24.0% 57% 43.4% 65% 35.0%
25 € BLD 67% 32.7% 71% 29.1% 75% 25.3%
100 à 500€ OLB 67% 32.8% 72% 27.7% 83% 17.0%
100 € LI 87% 12.8% 70% 29.9% 86% 13.5%
25 € BLC 86% 14.0% 86% 14.1% 84% 16.0%
200 à 950€ US 90% 10.0% 82% 17.7% 87% 13.4%
25 € RO 85% 15.2% 97% 2.8% 95% 5.1%
200 à 950€ NP 98% 1.7% 95% 5.2% 97% 3.2%
Sain / atteint 15% 85% 12% 88% 21% 79%
* Estimation issues de Whay et Shearer (2017) / Dolechek (2019) / Oniris - Innoval
46 - Umotest 56 66
/ communication personnelle Duvauchelle (IDELE)
Des différences raciales importantes
selon les lésions (fréquence par
vache)
webinaire eBIS actu 16
Fréquenc
e
Le modèle d’évaluation génétique
webinaire eBIS actu 17
• Moins de 40% des vaches sont parées plusieurs fois
• Et seulement 20 % sur des lactations différentes.
• Corrélations entre lactations élevées (entre 0.85 et 1 entre les L1, L2 et L3+ aux NLD
et Pays Nordiques)
 Considère que les caractères sont les mêmes quel que soit le rang de lactation
• Modèle multicaractères avec répétabilité
phénotypes = effets fixes + génétiques + envt perm + résiduelle
Phéno : 1, 2, 3 en
fonction du degré
de gravité de la
lésion / 0 pour sain
Part non
expliquée de la
performance que
le modèle
cherche à
minimiser
effets fixes :
(troupeau x année,
pareur, age vêlage,
stade lact, mois
vêlage…)
environnement
permanent lié à la
vache 
répétabilité
Les paramètres génétiques en
webinaire eBIS actu 18
Des héritabilités faibles (0.01 à 0.10) – Des répétabilités non négligeable pour LI et
NP
• Corrélations faibles entre les blocs, très peu étant significatives
DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité
DER 0.08 0.18
ER 0.04 0.09
LI 0.10 0.41
NP 0.01 0.34
BLC 0.04 0.08
BLD 0.02 0.05
OLB 0.05 0.17
US 0.06 0.17
RO 0.02 0.11
non
infectieuse
Infectieuse
DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité
DER 0.08 0.68 0.71 0.18
ER 0.04 0.50 0.09
LI 0.10 0.41
NP 0.01 0.48 0.55 0.50 0.58 0.34
BLC 0.04 0.44 0.47 0.89 0.19 0.08
BLD 0.02 0.43 0.40 0.32 0.05
OLB 0.05 0.63 0.20 0.17
US 0.06 0.17
RO 0.02 0.11
Infectieuse
non
infectieuse
2 Blocs de caractères bien corrélés entre eux :
• Lésions infectieuses : DER, ER, LI (0.50-0.71)
• Lésions non infectieuses : NP, BLC, BLD, OLB, US, RO, notamment BLC-US =
0.89
DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité
DER 0.08 0.68 0.71 -0.17 -0.14 0.18
ER 0.04 0.50 0.22 0.28 0.18 0.09
LI 0.10 0.41
NP 0.01 0.48 0.55 0.50 0.58 0.34
BLC 0.04 0.44 0.47 0.89 0.19 0.08
BLD 0.02 0.43 0.40 0.32 0.05
OLB 0.05 0.63 0.20 0.17
US 0.06 0.17
RO 0.02 0.11
Infectieuse
non
infectieuse
Les paramètres génétiques en
webinaire eBIS actu 19
Héritabilités faibles (0.02 à 0.08), sauf LI (0.22) – répétabilités non négligeable pour LI et
NP
• Corrélations faibles plutôt négatives entre les blocs
2 Blocs de caractères bien corrélés entre eux :
• Lésions infectieuses corrélées favorablement entre elles, notamment DER-LI à
0.80
• Lésions non infectieuses corrélées favorablement entre elles, notamment BLC-
US à 0.78
DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité
DER 0.08 0.18
ER 0.02 0.04
LI 0.22 0.47
NP 0.03 0.39
BLC 0.03 0.06
BLD 0.03 0.06
OLB 0.07 0.23
US 0.07 0.23
RO 0.05 0.19
Infectieuse
non
infectieuse
DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité
DER 0.08 0.37 0.80 0.18
ER 0.02 0.04
LI 0.22 0.47
NP 0.03 0.43 0.39
BLC 0.03 0.50 0.31 0.78 0.06
BLD 0.03 0.45 0.30 0.36 0.06
OLB 0.07 0.25 0.36 0.23
US 0.07 0.23
RO 0.05 0.19
Infectieuse
non
infectieuse
DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité
DER 0.08 0.37 0.80 -0.45 -0.25 -0.26 -0.39 -0.27 0.18
ER 0.02 0.31 0.04
LI 0.22 -0.29 -0.24 -0.23 -0.16 -0.22 0.47
NP 0.03 0.43 0.39
BLC 0.03 0.50 0.31 0.78 0.06
BLD 0.03 0.45 0.30 0.36 0.06
OLB 0.07 0.25 0.36 0.23
US 0.07 0.23
RO 0.05 0.19
Infectieuse
non
infectieuse
Les paramètres génétiques en
webinaire eBIS actu 20
Héritabilités faibles (0.04 à 0.09) – répétabilités non négligeable pour LI et NP
• Corrélations faibles entre les blocs, très peu étant significatives
2 Blocs de caractères bien corrélés entre eux :
• Lésions infectieuses corrélées favorablement entre elles (0.34-0.65)
• Lésions non infectieuses corrélées favorablement entre elles, notamment BLC-
US à 0.84
DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité
DER 0.04 0.13
ER 0.04 0.06
LI 0.09 0.39
NP 0.06 0.37
BLC 0.04 0.08
BLD 0.04 0.06
OLB 0.08 0.18
US 0.05 0.19
RO 0.07 0.17
Infectieuse
non
infectieuse
DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité
DER 0.04 0.58 0.65 0.13
ER 0.04 0.34 0.06
LI 0.09 0.39
NP 0.06 0.37
BLC 0.04 0.26 0.36 0.84 0.36 0.08
BLD 0.04 0.17 0.32 0.46 0.06
OLB 0.08 0.49 0.18
US 0.05 0.21 0.19
RO 0.07 0.17
Infectieuse
non
infectieuse
DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité
DER 0.04 0.58 0.65 0.26 0.32 -0.20 0.13
ER 0.04 0.34 0.44 0.44 0.06
LI 0.09 0.39
NP 0.06 0.37
BLC 0.04 0.26 0.36 0.84 0.36 0.08
BLD 0.04 0.17 0.32 0.46 0.06
OLB 0.08 0.49 0.18
US 0.05 0.21 0.19
RO 0.07 0.17
Infectieuse
non
infectieuse
L’Evaluation génétique Single Step
webinaire eBIS actu 21
• Evaluation « pilote » avec HSSGBLUP (Tribout et al. 2020) en
janvier 2023
MON NOR HOL
Nb de phénotypes 65 462 41 957 321 976
Nb d'animaux avec phénotypes 39 020 26 388 197 255
Nb de typages 17 381 12 437 44 442
Nb d'animaux évalués - Run 1 98 019 73 307 497 459
Nb d'animaux évalués - Run 2 538 028 158 409 1 065 617
• Exemple de la dermatite digitée en Holstein
Résultats de l’évaluation « pilote »
Fréquences de lésions observées
f(index ♀)
27 mars 2023
webinaire eBIS actu 22
0
1000
2000
3000
4000
5000
6000
7000
8000
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
-1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5
Effectifs
de
femelles
%
de
vaches
atteintes/saines
Classe d'index
sévère moyen
léger Sain Avec un index à -1, seulement
37% d’animaux sans dermatite,
contre 77% avec un index de +1
37%
77%
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
-1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5
Effectifs
de
femelles
%
de
vaches
atteintes/saines
Classe d'index
sévère moyen
léger Sain
Résultats de l’évaluation « pilote »
Fréquences de Dermatite f(index ♀)
webinaire eBIS actu 23
27%
75%
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
3500
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
-1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5
Effectifs
de
femelles
%
de
vaches
atteintes/saines
Classe d'index
sévère moyen
léger Sain
50%
87%
Résultats de l’évaluation « pilote »
Fréquences de Limace f(index ♀)
webinaire eBIS actu 24
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
-1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5
Effectifs
de
femelles
%
de
vaches
atteintes/saines
Classe d'index
sévère moyen
léger Sain
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
3500
4000
0
10
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30
40
50
60
70
80
90
100
-1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5
Effectifs
de
femelles
%
de
vaches
atteintes/saines
Classe d'index
sévère moyen
léger Sain
70%
98%
64%
97%
27%
93%
Le facteur de risque est x3 à x4 pour une vache
avec une valeur génétique de -1 par rapport à 0
Divise le risque
par 3,7 de 30% à
8%
26
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
3500
4000
4500
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
-1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5
Effectifs
de
femelles
%
de
vaches
atteintes/saines
Classe d'index
sévère moyen
léger Sain
0
500
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1500
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0
10
20
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Effectifs
de
femelles
%
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vaches
atteintes/saines
Classe d'index
sévère moyen
léger Sain
0
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100
-1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5
Effectifs
de
femelles
%
de
vaches
atteintes/saines
Classe d'index
sévère moyen
léger Sain
Résultats de l’évaluation « pilote »
Fréquences Ulcère de la sole f(index ♀)
webinaire eBIS actu
71%
96%
67%
99%
54%
96%
Le facteur de risque est x3 à x4 pour une vache
avec une valeur génétique de -1 par rapport à 0
Divise le risque
par 4 de 32% à
8%
27
Des pathologies race spécifique (1)
webinaire eBIS actu
• Nécrose de la pince : pathologie en  notamment en
Normande qui guérit difficilement et aboutit souvent à une
amputation / réforme
0
1000
2000
3000
4000
5000
6000
7000
8000
9000
10000
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
-1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5
Effectifs
de
femelles
%
de
vaches
atteintes/saines
Classe d'index
Atteint
Sain
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
3500
4000
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
-1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5
Effectifs
de
femelles
%
de
vaches
atteintes/saines
Classe d'index
Atteint
Sain
Divise le risque
par 18 de 18% à
1%
28
Des pathologies race spécifique (2)
27 mars 2023
webinaire eBIS actu
• Rotation de l’onglon : entraine une usure anormale de l’onglon qui
nécessite un parage fonctionnel pour répartir les charges entre les
onglons
0
1000
2000
3000
4000
5000
6000
7000
8000
9000
10000
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
-1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5
Effectifs
de
femelles
%
de
vaches
atteintes/saines
Classe d'index
Atteint
Sain
0
500
1000
1500
2000
2500
3000
3500
4000
0
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
-1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5
Effectifs
de
femelles
%
de
vaches
atteintes/saines
Classe d'index
Atteint
Sain
Des évolutions génétiques
favorables
27 mars 2023
webinaire eBIS actu 29
• En race Holstein – lésions infectieuses
DER
LI
Index « pilotes » moyens des
mâles
(par année de naissance)
Index « pilotes » moyens des
femelles
(par année de naissance)
Des évolutions génétiques
favorables
27 mars 2023
webinaire eBIS actu 30
• En race Holstein – lésions non infectieuses
OBL
US
Index « pilotes » moyens des
mâles
(par année de naissance)
Index « pilotes » moyens des
femelles
(par année de naissance)
Des évolutions génétiques
favorables
27 mars 2023
webinaire eBIS actu 31
• Progrès génétique légèrement favorable ou neutre en et
DER
46
US
46
US
56
DE
R
56
Index « pilotes » moyens des
mâles
(par année de naissance)
Index « pilotes » moyens des
mâles
(par année de naissance)
Des travaux toujours en cours
webinaire eBIS actu 32
• La phase de R&D de l’UMT eBIS est finalisée
• L’objectif de sélection reste à construire ou à actualiser
 La construction d’une synthèse répondant aux besoins spécifiques de
chacune des races, choix sur les caractères à diffuser et
sélectionner… (possiblement certaines lésions disponibles uniquement dans
certaines races : Nécrose Pince en Normande, et Rotation de l’onglon en
Montbéliarde)
 L’appropriation de cette première évaluation pilote et faire de
possibles ajustements
• L’organisation de la chaîne de diffusion des valeurs
 Mettre en place un système d’info adapté
 Le déploiement à GenEval
Les messages à retenir
webinaire eBIS actu 33
• Malgré des h² faibles, la forte variabilité génétique sous-jacente est
encourageante et les évolutions génétiques devraient rapidement être
favorables
• Intérêt fort pour les nouveaux phénotypes, comme sont ces données
harmonisées collectées par les pareurs, avec les infos clés permettant de
définir l’environnement de collecte de la donnée, notamment le pareur… et
de pouvoir faire évoluer cette collecte en fonction des observations du
terrain
• Du phénotypage en continu, régulier au cours de la carrière d’une vache,
L’objectif est d’avoir une population de référence, toujours à jour et
représentative de la diversité (races, environnement de production, rang de
lactation…)
Merci de votre
attention.
Si vous avez des
questions, elles
sont les
bienvenues…

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  • 1. La génétique pour améliorer la santé des bovins
  • 2. Au sein de l’UMT webinaire eBIS actu 2 Méthodologie pour la gestion des populations - développement de nouvelles méthodes d’évaluation génétique (mutations causales, single step, évaluations en croisement, interactions GxE) - gestion des populations (variabilité génétique, objectifs de sélection…) - management des troupeaux (plans d’accouplements, prédictions carrière) Elevages de précision & nouveaux caractères dans un contexte de transition écologique Caractères : Efficience alimentaire, Emission GES Santé, résilience Adaptation au changement climatique Qualité des produits Anomalies génétiques… Dynamique et expression des génomes - Caractérisation des polymorphismes du génome - Méthylation: déterminisme génétique, lien avec néo- mutations - Génétique inverse - Annotation du génome, régulation du génome
  • 3. webinaire eBIS actu 3 Nombreux projets sur les caractères de santé Mortalité - Anomalies génétiques Réponse immune des veaux - Colostrum Résistance aux Tiques Résistance aux strongles Sarcosporidiose & Myosite éosinophilique Paratuberculose Mammites Lésions podales Métabolisme – Mobilisation des réserves corporelles Un animal productif, en bonne santé, à tous ses stades de vie Carnets sanitaires Lésions podales Réponse immune des veaux - Colostrum
  • 4. Des caractères faiblement héritables… 27 mars 2023 webinaire eBIS actu 4 • Les caractères de santé ont souvent des h² faibles (< 10%) Génétique Environnement - élevage; - saison; - région - méth. de mesure… Erreur Phénotype • Héritabilité = part de la performance due à la génétique à l’interprétation de l’héritabilité Une h² faible ne signifie pas qu’il n’y a pas de variabilité génétique mais que la variabilité totale est essentiellement non génétique
  • 5. … mais avec une variabilité souvent importante qui permet un progrès génétique 27 mars 2023 webinaire eBIS actu 5 • Le critère le plus important est le coefficient de variation (CVg) génétique • Un CVg élevé signifie une variation possible de la moyenne importante, sous sélection directe ou indirecte • Exple : corrélation génétique défavorable entre production et fertilité femelle (-0,40)  forte dégradation dans les années 1980-2000 (-15% pour la fertilité) Caractère h2 g Moyenne CVg=g/moyenn e Lait 0.30 600 kg 8000 kg 7.5 % Taux protéique 0.50 1.4 g/kg 31 g/kg 4.5% Fertilité 0.01 5% 40% 12.5% Mammites Clin, 0,02 5% 40% 12,5%
  • 6. La sélection génomique de la résistance aux lésions des pieds
  • 7. Un enjeu majeur dans les élevages laitiers webinaire eBIS actu 7 • La 3ème cause de réformes en forte augmentation sur les 20 dernières années Enquête Cniel/Idele, 2022 Projet CASDAR 2013 (GénoPedix) absence de financement Initiatives individuelles autour de consortia menées par des Entreprises de Sélection Apis-Gene POD² sur la validation d’outils de collecte et la construction de population de référence
  • 8. La collecte des phénotypes webinaire eBIS actu 8 • Des outils d’enregistrements (tablettes tactiles) • Un centre de formation unique des pareurs : CFPPA du Rheu • Plus de 20 lésions décrites dans le référentiel – harmonisation au sein d’un groupe ICAR • Pathologies multifactorielles : origines infectieuses, traumatiques, métaboliques… • L’éleveur choisit les animaux à parer Lien atlas ICAR en Français
  • 9. 2022 : projet d’évolution des initiatives antérieures vers le Single Step webinaire eBIS actu 9 • Des populations de référence largement accrues depuis les premières mises en place (phénotypes et génotypes) • Une méthodologie semblable aux autres caractères : Single Step mis en place au printemps 2022 • Des modèles adaptés aux données :  Prise en compte des parages successifs d’un animal  Prise en compte du caractère infectieux de la Dermatite digitée seulement dans les élevages dans lesquels la dermatite est présente • Répondre aux attentes et aux spécificités raciales :  Répondre aux attentes : des OS Holstein et Normande  MO3 (Umotest) en race Montbéliarde
  • 10. Plus de 20 lésions dont 11 obligatoires avec des fréquences variables par patte webinaire eBIS actu 10 Nom lésion Code Lésion Plage de fréquence Fracture de la corne FC 0.5 - 2.3% Fistule Tablon Onglon Interne FTO 0.0 - 0.3% Limace LI 5.6 - 6.8% Nécrose de la Pince NP 0.7 - 1.3% Ouverture Ligne Blanche OBL 8.2 - 15.5% Panaris PAN 0.3 - 0.4% Plaie Interdigitée PI 0.4 - 1.0% Rotation Onglon RT 2.6 - 10.2% Seime cerclée SC 0.1 - 0.4% Seime SE 0.6 - 2.7% Seime Longitudinale Externe SEE 0.2 - 0.2% Seime Longitudinale Interne SEI 0.8 - 1.4% Ulcère de la sole US 2.9 - 3.3% Supérieur à 3% Regroupement Nom lésion Code Lésion Plage de fréquence Abcès Sole AS 0.7 - 1.1% Autre AUT 1.0 - 1.1% Bleime Circonscrite BLC 5.1 - 6.8% Bleime Diffuse BLD 9.6 - 19.8% Concavité Cerclage Muraille CCM 4.2 - 7.9% Cerise CE (-> US) 1.7 - 2.9% Corne Friable CF 0.2 - 0.5% Coloration Jaune Corne CJC (->BLC) 0.0 - 0.1% Décollement Corne Talon DCT 0.1 - 0.2% Dermatite Digitée DER 8.0 - 16.0% Décollement Sole DS (-> OBL) 3.3 - 3.8% Erosion Corne Talon ER 18.3 - 26.6%
  • 11. 3 lésions infectieuses 11 Dermatite digitée (notation 0 à 4) Erosion de la corne du talon (notation 0 à 3) Lien atlas ICAR en Françai Limace (notation 0 à 3) Infection de la peau digitée et (ou) interdigitée avec une érosion, une ulcération souvent douloureuse et (ou) une hyperkératose ou prolifération chronique Erosion de la corne du talon, typiquement en forme de V Excroissance interdigitée de tissus fibreux
  • 12. 4 lésions non infectieuses 12 Bleime Diffuse (notation 0 à 3) Ouverture de la ligne Blanche (notation 0 à 3) Lien atlas ICAR en Françai Ulcère de la sole (notation 0 à 3) Coloration diffuse de la sole de couleur rouge vif à jaunâtre OBL demeurant visible après un parage fonctionnel  inflammation nécro purulente dans le niveau de gravité le plus élevé Trou dans la corne de la sole laissant apparaitre du tissu vif ou nécrosé Bleime Circonscrite (notation 0 à 3) Différenciation nette entre la corne de coloration anormale et la corne saine colorée normalement
  • 13. 2 autres lésions d’intérêt 13 Nécrose de la Pince (notation 0 à 3) Lien atlas ICAR en Françai Rotation de l’onglon (notation 0 à 3) Nécrose de la pince avec affection du tissu osseux (3ème phalange) qui peut entraîner une amputation Torsion interne de l’un ou l’autre des onglons. Le bord dorsal de la muraille déviant de l’axe du pied A l’échelle de la patte : • 30 à 45% des pattes vues sont saines (aucune des 11 lésions obligatoires) • 30% = 1 lésion • 20% = 2 lésions • 10% = 3 lésions et + (jusqu’à 9 lésions)
  • 14. Sélection des données (1) webinaire eBIS actu 14 • Des femelles dont : • les 2 parents sont connus • les 2 pattes arrières (a minima) sont vues lors de la visite par un pareur • Lactation 1 à 5 avec un contrôle de performance officiel (20 à 25% de perte) 311 732 261 681 1 926 144 Nb de vaches x visite 106 595 75 475 542 386 Nb de vaches x visite avec 2 pattes ARR vues / L1-L5 / CL Officiel 79 190 62 266 438 997 Nb de vaches 44 227 35 032 245 331 dont génotypés 12 034 10 151 34 817 MON - Umotest Nb de pattes parées de vaches NOR HOL
  • 15. Sélection des données (2) webinaire eBIS actu 15 • Des femelles dont : • Stade de lactation compris entre 1 et 550 jours • Parage au moins 120 jours après le précédent (sauf si degré de sévérité supérieur) • Phénotype évalué : Synthèse à l’animal avec le degré de sévérité maximal observé pour chacune des lésions évaluées • Seulement 12 à 21% des vaches vues sont saines • Proportion de vaches vues plusieurs fois reste faible (1/3)
  • 16. Lésion / Degré gravité 0 cumul 1-3 0 cumul 1-3 0 cumul 1-3 ER 66% 33.9% 67% 33.2% 61% 39.2% DER 76% 24.0% 57% 43.4% 65% 35.0% BLD 67% 32.7% 71% 29.1% 75% 25.3% OLB 67% 32.8% 72% 27.7% 83% 17.0% LI 87% 12.8% 70% 29.9% 86% 13.5% BLC 86% 14.0% 86% 14.1% 84% 16.0% US 90% 10.0% 82% 17.7% 87% 13.4% RO 85% 15.2% 97% 2.8% 95% 5.1% NP 98% 1.7% 95% 5.2% 97% 3.2% Sain / atteint 15% 85% 12% 88% 21% 79% 46 - Umotest 56 66 Coût estimé par cas* Lésion / Degré gravité 0 cumul 1-3 0 cumul 1-3 0 cumul 1-3 25 € ER 66% 33.9% 67% 33.2% 61% 39.2% 50 à 350€ DER 76% 24.0% 57% 43.4% 65% 35.0% 25 € BLD 67% 32.7% 71% 29.1% 75% 25.3% 100 à 500€ OLB 67% 32.8% 72% 27.7% 83% 17.0% 100 € LI 87% 12.8% 70% 29.9% 86% 13.5% 25 € BLC 86% 14.0% 86% 14.1% 84% 16.0% 200 à 950€ US 90% 10.0% 82% 17.7% 87% 13.4% 25 € RO 85% 15.2% 97% 2.8% 95% 5.1% 200 à 950€ NP 98% 1.7% 95% 5.2% 97% 3.2% Sain / atteint 15% 85% 12% 88% 21% 79% * Estimation issues de Whay et Shearer (2017) / Dolechek (2019) / Oniris - Innoval 46 - Umotest 56 66 / communication personnelle Duvauchelle (IDELE) Des différences raciales importantes selon les lésions (fréquence par vache) webinaire eBIS actu 16 Fréquenc e
  • 17. Le modèle d’évaluation génétique webinaire eBIS actu 17 • Moins de 40% des vaches sont parées plusieurs fois • Et seulement 20 % sur des lactations différentes. • Corrélations entre lactations élevées (entre 0.85 et 1 entre les L1, L2 et L3+ aux NLD et Pays Nordiques)  Considère que les caractères sont les mêmes quel que soit le rang de lactation • Modèle multicaractères avec répétabilité phénotypes = effets fixes + génétiques + envt perm + résiduelle Phéno : 1, 2, 3 en fonction du degré de gravité de la lésion / 0 pour sain Part non expliquée de la performance que le modèle cherche à minimiser effets fixes : (troupeau x année, pareur, age vêlage, stade lact, mois vêlage…) environnement permanent lié à la vache  répétabilité
  • 18. Les paramètres génétiques en webinaire eBIS actu 18 Des héritabilités faibles (0.01 à 0.10) – Des répétabilités non négligeable pour LI et NP • Corrélations faibles entre les blocs, très peu étant significatives DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité DER 0.08 0.18 ER 0.04 0.09 LI 0.10 0.41 NP 0.01 0.34 BLC 0.04 0.08 BLD 0.02 0.05 OLB 0.05 0.17 US 0.06 0.17 RO 0.02 0.11 non infectieuse Infectieuse DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité DER 0.08 0.68 0.71 0.18 ER 0.04 0.50 0.09 LI 0.10 0.41 NP 0.01 0.48 0.55 0.50 0.58 0.34 BLC 0.04 0.44 0.47 0.89 0.19 0.08 BLD 0.02 0.43 0.40 0.32 0.05 OLB 0.05 0.63 0.20 0.17 US 0.06 0.17 RO 0.02 0.11 Infectieuse non infectieuse 2 Blocs de caractères bien corrélés entre eux : • Lésions infectieuses : DER, ER, LI (0.50-0.71) • Lésions non infectieuses : NP, BLC, BLD, OLB, US, RO, notamment BLC-US = 0.89 DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité DER 0.08 0.68 0.71 -0.17 -0.14 0.18 ER 0.04 0.50 0.22 0.28 0.18 0.09 LI 0.10 0.41 NP 0.01 0.48 0.55 0.50 0.58 0.34 BLC 0.04 0.44 0.47 0.89 0.19 0.08 BLD 0.02 0.43 0.40 0.32 0.05 OLB 0.05 0.63 0.20 0.17 US 0.06 0.17 RO 0.02 0.11 Infectieuse non infectieuse
  • 19. Les paramètres génétiques en webinaire eBIS actu 19 Héritabilités faibles (0.02 à 0.08), sauf LI (0.22) – répétabilités non négligeable pour LI et NP • Corrélations faibles plutôt négatives entre les blocs 2 Blocs de caractères bien corrélés entre eux : • Lésions infectieuses corrélées favorablement entre elles, notamment DER-LI à 0.80 • Lésions non infectieuses corrélées favorablement entre elles, notamment BLC- US à 0.78 DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité DER 0.08 0.18 ER 0.02 0.04 LI 0.22 0.47 NP 0.03 0.39 BLC 0.03 0.06 BLD 0.03 0.06 OLB 0.07 0.23 US 0.07 0.23 RO 0.05 0.19 Infectieuse non infectieuse DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité DER 0.08 0.37 0.80 0.18 ER 0.02 0.04 LI 0.22 0.47 NP 0.03 0.43 0.39 BLC 0.03 0.50 0.31 0.78 0.06 BLD 0.03 0.45 0.30 0.36 0.06 OLB 0.07 0.25 0.36 0.23 US 0.07 0.23 RO 0.05 0.19 Infectieuse non infectieuse DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité DER 0.08 0.37 0.80 -0.45 -0.25 -0.26 -0.39 -0.27 0.18 ER 0.02 0.31 0.04 LI 0.22 -0.29 -0.24 -0.23 -0.16 -0.22 0.47 NP 0.03 0.43 0.39 BLC 0.03 0.50 0.31 0.78 0.06 BLD 0.03 0.45 0.30 0.36 0.06 OLB 0.07 0.25 0.36 0.23 US 0.07 0.23 RO 0.05 0.19 Infectieuse non infectieuse
  • 20. Les paramètres génétiques en webinaire eBIS actu 20 Héritabilités faibles (0.04 à 0.09) – répétabilités non négligeable pour LI et NP • Corrélations faibles entre les blocs, très peu étant significatives 2 Blocs de caractères bien corrélés entre eux : • Lésions infectieuses corrélées favorablement entre elles (0.34-0.65) • Lésions non infectieuses corrélées favorablement entre elles, notamment BLC- US à 0.84 DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité DER 0.04 0.13 ER 0.04 0.06 LI 0.09 0.39 NP 0.06 0.37 BLC 0.04 0.08 BLD 0.04 0.06 OLB 0.08 0.18 US 0.05 0.19 RO 0.07 0.17 Infectieuse non infectieuse DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité DER 0.04 0.58 0.65 0.13 ER 0.04 0.34 0.06 LI 0.09 0.39 NP 0.06 0.37 BLC 0.04 0.26 0.36 0.84 0.36 0.08 BLD 0.04 0.17 0.32 0.46 0.06 OLB 0.08 0.49 0.18 US 0.05 0.21 0.19 RO 0.07 0.17 Infectieuse non infectieuse DER ER LI NP BLC BLD OLB US RO répétabilité DER 0.04 0.58 0.65 0.26 0.32 -0.20 0.13 ER 0.04 0.34 0.44 0.44 0.06 LI 0.09 0.39 NP 0.06 0.37 BLC 0.04 0.26 0.36 0.84 0.36 0.08 BLD 0.04 0.17 0.32 0.46 0.06 OLB 0.08 0.49 0.18 US 0.05 0.21 0.19 RO 0.07 0.17 Infectieuse non infectieuse
  • 21. L’Evaluation génétique Single Step webinaire eBIS actu 21 • Evaluation « pilote » avec HSSGBLUP (Tribout et al. 2020) en janvier 2023 MON NOR HOL Nb de phénotypes 65 462 41 957 321 976 Nb d'animaux avec phénotypes 39 020 26 388 197 255 Nb de typages 17 381 12 437 44 442 Nb d'animaux évalués - Run 1 98 019 73 307 497 459 Nb d'animaux évalués - Run 2 538 028 158 409 1 065 617
  • 22. • Exemple de la dermatite digitée en Holstein Résultats de l’évaluation « pilote » Fréquences de lésions observées f(index ♀) 27 mars 2023 webinaire eBIS actu 22 0 1000 2000 3000 4000 5000 6000 7000 8000 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 -1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5 Effectifs de femelles % de vaches atteintes/saines Classe d'index sévère moyen léger Sain Avec un index à -1, seulement 37% d’animaux sans dermatite, contre 77% avec un index de +1 37% 77%
  • 23. 0 500 1000 1500 2000 2500 3000 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 -1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5 Effectifs de femelles % de vaches atteintes/saines Classe d'index sévère moyen léger Sain Résultats de l’évaluation « pilote » Fréquences de Dermatite f(index ♀) webinaire eBIS actu 23 27% 75% 0 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 -1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5 Effectifs de femelles % de vaches atteintes/saines Classe d'index sévère moyen léger Sain 50% 87%
  • 24. Résultats de l’évaluation « pilote » Fréquences de Limace f(index ♀) webinaire eBIS actu 24 0 500 1000 1500 2000 2500 3000 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 -1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5 Effectifs de femelles % de vaches atteintes/saines Classe d'index sévère moyen léger Sain 0 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500 4000 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 -1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5 Effectifs de femelles % de vaches atteintes/saines Classe d'index sévère moyen léger Sain 70% 98% 64% 97% 27% 93% Le facteur de risque est x3 à x4 pour une vache avec une valeur génétique de -1 par rapport à 0 Divise le risque par 3,7 de 30% à 8%
  • 25. 26 0 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500 4000 4500 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 -1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5 Effectifs de femelles % de vaches atteintes/saines Classe d'index sévère moyen léger Sain 0 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 -1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5 Effectifs de femelles % de vaches atteintes/saines Classe d'index sévère moyen léger Sain 0 1000 2000 3000 4000 5000 6000 7000 8000 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 -1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5 Effectifs de femelles % de vaches atteintes/saines Classe d'index sévère moyen léger Sain Résultats de l’évaluation « pilote » Fréquences Ulcère de la sole f(index ♀) webinaire eBIS actu 71% 96% 67% 99% 54% 96% Le facteur de risque est x3 à x4 pour une vache avec une valeur génétique de -1 par rapport à 0 Divise le risque par 4 de 32% à 8%
  • 26. 27 Des pathologies race spécifique (1) webinaire eBIS actu • Nécrose de la pince : pathologie en  notamment en Normande qui guérit difficilement et aboutit souvent à une amputation / réforme 0 1000 2000 3000 4000 5000 6000 7000 8000 9000 10000 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 -1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5 Effectifs de femelles % de vaches atteintes/saines Classe d'index Atteint Sain 0 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500 4000 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 -1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5 Effectifs de femelles % de vaches atteintes/saines Classe d'index Atteint Sain Divise le risque par 18 de 18% à 1%
  • 27. 28 Des pathologies race spécifique (2) 27 mars 2023 webinaire eBIS actu • Rotation de l’onglon : entraine une usure anormale de l’onglon qui nécessite un parage fonctionnel pour répartir les charges entre les onglons 0 1000 2000 3000 4000 5000 6000 7000 8000 9000 10000 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 -1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5 Effectifs de femelles % de vaches atteintes/saines Classe d'index Atteint Sain 0 500 1000 1500 2000 2500 3000 3500 4000 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 -1.5 -1 -0.5 0 0.5 1 1.5 Effectifs de femelles % de vaches atteintes/saines Classe d'index Atteint Sain
  • 28. Des évolutions génétiques favorables 27 mars 2023 webinaire eBIS actu 29 • En race Holstein – lésions infectieuses DER LI Index « pilotes » moyens des mâles (par année de naissance) Index « pilotes » moyens des femelles (par année de naissance)
  • 29. Des évolutions génétiques favorables 27 mars 2023 webinaire eBIS actu 30 • En race Holstein – lésions non infectieuses OBL US Index « pilotes » moyens des mâles (par année de naissance) Index « pilotes » moyens des femelles (par année de naissance)
  • 30. Des évolutions génétiques favorables 27 mars 2023 webinaire eBIS actu 31 • Progrès génétique légèrement favorable ou neutre en et DER 46 US 46 US 56 DE R 56 Index « pilotes » moyens des mâles (par année de naissance) Index « pilotes » moyens des mâles (par année de naissance)
  • 31. Des travaux toujours en cours webinaire eBIS actu 32 • La phase de R&D de l’UMT eBIS est finalisée • L’objectif de sélection reste à construire ou à actualiser  La construction d’une synthèse répondant aux besoins spécifiques de chacune des races, choix sur les caractères à diffuser et sélectionner… (possiblement certaines lésions disponibles uniquement dans certaines races : Nécrose Pince en Normande, et Rotation de l’onglon en Montbéliarde)  L’appropriation de cette première évaluation pilote et faire de possibles ajustements • L’organisation de la chaîne de diffusion des valeurs  Mettre en place un système d’info adapté  Le déploiement à GenEval
  • 32. Les messages à retenir webinaire eBIS actu 33 • Malgré des h² faibles, la forte variabilité génétique sous-jacente est encourageante et les évolutions génétiques devraient rapidement être favorables • Intérêt fort pour les nouveaux phénotypes, comme sont ces données harmonisées collectées par les pareurs, avec les infos clés permettant de définir l’environnement de collecte de la donnée, notamment le pareur… et de pouvoir faire évoluer cette collecte en fonction des observations du terrain • Du phénotypage en continu, régulier au cours de la carrière d’une vache, L’objectif est d’avoir une population de référence, toujours à jour et représentative de la diversité (races, environnement de production, rang de lactation…)
  • 33. Merci de votre attention. Si vous avez des questions, elles sont les bienvenues…

Notes de l'éditeur

  1. Bonjour à tous, Nous avons aujourd’hui choisi de vous proposer un webinaire sur la thématique « La génétique pour améliorer la santé des bovins »
  2. L’UMT eBIS est organisé autour de 3 pôles. Un premier concerne la thématique « dynamique et expression des génomes », le second s’intitule « Elevage de précision et nouveaux caractères dans un contexte de transition écologique » et le dernier « méthodologie pour la gestion des populations » Dans le 2ème pôle, nous traitons des sujets de génétique de l’efficience alimentaire, d’Emission de Gaz à effet de Serre, d’Adaptation au changement climatique, de qualité des produits, d’Anomalie génétique, de Résilience et de Santé. La thématique santé
  3. compte de nombreux projets, qui touche aux aspects Métabolisme – mobilisation des réserves corporelles, L’étude de la mortalité et de multiples anomalies génétique, La réponse immune des veaux et l’étude du colostrum, la résistance aux strongles, aux tiques, un sujet autour de la sarcosporidiose et la saisie de carcasse pour myosite éosinophique, la paratuberculose, l’étude génétiques de pathologies enregistrées dans les carnets sanitaire, des mammites ou des lésions podales. C’est sur ce dernier sujet et sur la réponse immune des veaux que nous avons décidé de faire un focus lors de ce webinaire.
  4. Mais auparavant, une petite remarque générale. Les caractères de santé sont généralement faiblement héritables, moins de 10%... C’est-à-dire que la part de la performance due à la génétique est faible comparativement à celle liée à l’environnement. Mais il ne faut pas oublié que contrairement à l’environnement qui est facilement réversible (un ensilage de mauvaise qualité peut être corrigé ou impactera une unique campagne), la génétique est transmise aux générations suivantes et impact le long terme. Et le 2ème point essentiel est qu’héritabilité faible ne veut pas dire qu’il n’y a pas de variabilité génétique
  5. … elle est même d’ailleurs souvent importante dans les caractères de santé. Le critère important à regarder est le coefficient de variation génétique qui se calcule à partir de l’écart-type génétique (sigma g) et de la moyenne des performance du caractère. Si on calcule ce critère pour 4 caractères, 2 caractères laitiers avec h² modérée à importante que sont le lait et le taux protéique, et 2 caractères de faible h² que sont la fertilité et les mammites cliniques avec respectivement des héritabilités de 1 à 2%, on s’aperçoit que les coefficients de variations sont 2 à 3 fois plus important pour les caractères de faible héritabilité. Ce Coeff de Variation génétique élevé signifie qu’il est possible de faire évoluer la moyenne de façon importante sous l’effet d’une sélection directe ou indirecte. Par exemple, la corrélation génétique défavorable entre production laitière et fertilité, a entrainé, via une sélection indirecte une forte dégradation des performances de fertilité dans les années 1980-2000. Donc il faut bien gardé à l’esprit que malgré des h² affichées souvent faible pour les caractères de santé, la génétique est un vrai levier d’action sur le long terme et j’espère vous l’illustrer avec la présentation de ce premier sujet sur …
  6. La sélection génomique de la résistance aux lésions des pieds.
  7. C’est un sujet qui constitue un enjeu majeur des élevages laitiers. C’est actuellement la 3ème cause de réformes si on regarde les résultats d’une enquête récente du CNIEL et IDELE sur l’analyse des causes de réformes dans plus de 500 élevages. Après les cellules/mammites et les problèmes de repro, les boiteries sont le motif principal de réforme cité pour 18% des vaches, et ce chiffre est en forte augmentation sur les 20 dernières années. Depuis 10 ans, nous avons essayé de travailler sur ce sujet des boiteries. Nous avions proposé un projet CASDAR qui s’appelait GénoPedix mais qui n’a pas été financé. Suite à ce projet, des initiatives individuelles autour de consortia menées par des Entreprise de Sélection ont vue le jour, avec l’appui d’un programme Apis-Gene POD2 sur la validation des outils de saisies et la construction de population de référence.
  8. La collecte de phénotypes est un enjeu majeur, une étape clé comme dans de nombreux projets autour des nouveaux caractères. La phase d’initiation de la collecte de l’information est critique. Des outils d’enregistrements, principalement sur tablettes tactiles ont été développés par différentes entreprises. Un point favorable pour l’harmonisation des données est que l’ensemble des pareurs sont issus d’une formation unique, délivrée par le CFPPA du Rheu. L’autre point, sur une vision plus internationale est la participation active de Gilles Thomas, d’IDELE, dans le groupe ICAR sur la santé des pieds. Ce groupe a décrit de façon commune plus de 20 lésions observées en élevage et a synthétisé son travail dans un ATLAS disponible dans différentes langues sur le site ICAR. Un point, moins favorable, mais dont il faut avoir conscience est le fait que tous les animaux ne sont pas parés… même en plusieurs chantiers. C’est en général, l’éleveur qui détermine la liste des animaux à parer. Certaines vaches seront vues plusieurs fois, d’autres jamais.
  9. Ce projet démarré à l’été 2022 correspond à de multiples besoins. Pour certaines races disposant d’initiatives antérieures, c’était le moment de mettre à jour la méthodologie, en se basant sur la méthode Single Step, généralisée aux caractères évalués par GenEval depuis le printemps 2022, et qui permet de prendre en compte une population de référence largement accrue à la fois en terme de phénotypes et de génotypes depuis les premiers développement Et d’autre part de proposer des modèles, scientifiquement plus adaptés aux données actuelles, notamment en permettant de prendre en compte les parages successifs d’un animal et non son unique premier parage, et d’autre part de mettre en œuvre une remarque pertinente de Raphaël Guatteo de l’école vétérinaire de Nantes pour tenir compte du caractère infectieux de la Dermatite Digitée. C’est-à-dire que dans les élevages dont les vaches n’ont jamais été en contact avec la dermatite digitée, nous ne sommes pas capable d’évaluer la sensibilité / résistance des animaux vu qu’ils n’y ont jamais été confrontés. Et d’autre part, ce projet répond à un timing commun des OS Holstein et Normande et aux besoins de la plateforme d’innovation MO3 qui intègre notamment Umotest en race Montbéliarde.
  10. Dans les bases de données qui nous ont été transmises, on a plus d’une 20aine de lésions répertoriées sont 11 font l’objet d’un enregistrement obligatoires. Ces lésions obligatoires sont celles en gras. En général, ces lésions obligatoires correspondent à celles qui ont une fréquence supérieure à 3% (cellules mentionnées en bleu) et font partie des lésions sur lesquels on a travaillé pour développer une évaluation génétique, aux exceptions près de la Seime dont l’enregistrement est obligatoire, mais qui n’a pas été prise en compte dans l’étude génétique et la nécrose de la pince qui elle a une fréquence encore plus faible, mais compte tenu de son impact fort sur l’animal a été intégré à l’étude. A noter également, que certaines lésions correspondant aux cellules en jaune font l’objet de regroupement avec d’autres lésions pour être prise en compte dans les évaluations génétiques.
  11. Je vais vous présenter brièvement quelques lésions qui ont fait l’objet du travail génétique. On a retenu 3 lésions infectieuses que sont la dermatite digitée, l’érosion de la corne du talon et la limace. La dermatite digitée est une Infection de la peau digitée et (ou) interdigitée avec une érosion qui présente une ulcération souvent douloureuse et (ou) une hyperkératose ou prolifération chronique. Les pareurs notent pour chaque pied levé l’absence ou la présence de chacune des lésions et un niveau de gravité qui est sur 3 classes : de 1 le moins sévère à 3 le plus sévère, à l’exception de la dermatite digitée qui est fonction d’un stade d’évolution en 4 classes. Erosion de la corne du talon, typiquement en forme de V Et la limace qui est une excroissance interdigitée de tissus fibreux.
  12. Nous avons aussi étudié 4 lésions non infectieuses La Bleime diffuse qui est une coloration diffuse d’une lésion de la sole La Bleime circonscrite qui est elle marquée par une coloration localisé de la corne L’Ouverture de la Ligne Blanche, qui est une lésion le long de la ligne blanche qui demeure visible après un parage fonctionnel et qui peut aller jusqu’à une inflammation nécro purulente dans le niveau de gravité le plus élevé Et enfin, l’ulcère de la sole, qui correspond à un trou dans la corne de la sole qui laisse apparaitre un tissu vif ou nécrosé… je vous laisse imaginé l’impact du milieu dans lequel se promène l’animal sur ce type de lésion.
  13. Et enfin, 2 autres lésions que nous avons intégré à l’étude : La nécrose de la pince qui affecte le tissu osseux de la 3ème phalange et qui peut entrainer une amputation de l’onglon atteint dans les cas les plus avancé et La rotation de l’onglon qui est une torsion interne de l’un des onglons. Cette lésion n’est pas grave en soit, mais nécessite un parage fonctionnel. Lorsqu’on fait un bilan des données disponibles, on s’aperçoit que suivant les races, 30 à 45% des pattes vues sont saines, c’est-à-dire qu’elles n’ont aucune des 11 lésions obligatoires, que 30% ont 1 lésions, 20% 2 lésions et 10% 3 lésions ou plus… le maximum étant 9 lésions. Mais ça c’est à la patte, nous verrons qu’au niveau de l’animal, il y a moins d’animaux qui n’ont que des pattes vues saines.
  14. Pour l’évaluation génétique, on a sélectionné les données dont : Au final, on avait 44000 vaches avec phénotypes dont 12000 avec typage en race Montbéliarde, 35 000 vaches dont 10 000 avec typage en race Normande Et 245 000 vaches dont près de 35000 avec typages en race Holstein
  15. Nous avons également retenues seulement les données de vaches parées avec un … Le phénotype évalué est une synthèse à l’animal, avec le degré de sévérité maximal sur l’ensemble des pattes pour chacune des lésions… et au niveau de l’animal seulement entre 12 et 21% des vaches vues dans les différentes races sont saines, c’est-à-dire aucune lésion observée. A noté également, que la proportion de vaches vues à plusieurs reprises reste faible… autour d1/3 des données
  16. Quand on regarde les différentes lésions, on observe des différences raciales assez importante. Les lésions sont classées par fréquences… des plus au moins fréquente. J’ai également indiqué à titre indicatif le coût approximatif de chacune des lésions. On voit que pour 2 des 3 lésions les plus fréquentes, l’incidence économique reste limité au coût du parage fonctionnel… mais que pour certaines lésions, notamment celles qui peuvent entrainer des réformes comme l’Ulcère de la sole ou la Nécrose de la Pince les coûts peuvent être conséquent. Quand on regarde les lésions, notamment celles qui induisent des coûts par les soins et les pertes de production ou de réformes, on observe des différences raciales qui peuvent être importante. La dermatite est plus présente chez les vaches Normande alors que l’ouverture de la ligne blanche est plus présente en Montbéliarde. La nécrose de la pince, même si elle reste peu fréquente touche principalement la Normande
  17. Lorsque nous avons défini le modèle d’évaluation génétique, nous sommes partis du constat que moins de 40% des vaches étaient parées plusieurs fois, mais surtout que seulement 20% d’entre elle était parées plusieurs fois sur des lactations différentes. Au vue des corrélations élevées, entre 0,85 et 1 entre les 1ère, 2ème et 3ème lactation et plus aux pays bas et dans les pays nordique, nous avons considéré que chaque caractère était le même quel que soit le rang de lactation et donc Nous avons privilégié un modèle multicaractères : avec nos 9 caractères précédemment présentés avec prise en compte de la répétabilité des performances au cours de la carrière de l’animal. Le phénotypes de type 0 1 2 3 est donc expliqué par une somme des effets fixes tels que l’effet troupeau année, le pareur, l’age et le mois de vêlage, son stade de lactation… des effets génétiques, un effet d’environnement permanent lié à la vache pour prendre en compte la répétabilité des données et une résiduelle.
  18. Je vais vous présenter rapidement les paramètres génétiques qui ont été estimées pour chacune des races. En Holstein, mais comme dans les 2 autres races, les héritabilités sont faibles : entre 1 et 10%, et les répétabilités de certains caractères, notamment la Limace et Nécrose de la pince sont non négligeables On observe des blocs de corrélations, intra lésion infectieuse donc DER, LI et ER et entre lésions non infectieuse NP, BLC, BLD, OLB, US et RO, notamment avec une corrélation forte entre BLC et US J’ai fait le choix d’alléger les tableaux en supprimant les corrélations proche de zéro et non significatives Sur les corrélations entre lésions infectieuses et non infectieuses les corrélations sont faibles et souvent pas significative